3HT9A

2-methoxyphenol in complex with t4 lysozyme l99a/m102q
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPDLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINQVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPDRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Predicting ligand binding affinity with alchemical free energy methods in a polar model binding site.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2009-06-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3ht9A00
4PJZA 3HT8A 249LA 2B70A 1L41A 1L69A 259LA 187LA 1L58A 156LA 3FI5A 1G0JA 1L22A 229LA 4I7SA 220LA 1ZWNA 1L56A 1L00A 1WTHA 4I7MA 2OU9A 1QTCA 2Q9EA 7LZMA 1L47A 128LA 1QTZA 1LYJA 1JQUA 1L02A 1L85A 3DN6A 1C67A 2B72A 231LA 1LGUA 4I7OA 4I7RA 244LA 1C6KA 1L42A 3GUKA 182LA 2OTYX 4W59A 3NYAA 1C65A 1L53A 1LI6A 1TLAA 1L91A 4LZMA 146LA 2RBOA 214LA 178LA 138LA 1L67A 222LA 3HTDA 1CU6A 1DYCA 2CUUA 4I7PA 1L0KA 1PQIA 3HTBA 254LA 262LA 216LA 4W58A 148LE 1QTVA 3HTGA 1D3NA 1G0QA 2RAZX 109LA 1P3NA 4LDOA 1L16A 1CV3A 137LA 3DMXA 1QTBA 192LA 3HWLA 166LA 1L88A 4EPFA 4IAPA 4EKRA 1CV0A 1L77A 143LA 1L66A 218LA 1G0GA 4LDEA 3EMLA 1D3MA 1C6LA 1KS3A 1L72A 4DKLA 1QT7A 246LA 1L28A 4W52A 1L21A 1LI2A 4I7QA 4W56A 1G0LA 1LGWA 227LA 1DYGA 1L31A 2B74A 250LA 177LA 1CV5A 1L50A 1C6FA 1L57A 2B6WA 4EPIA 3SB5A 126LA 175LA 1OVHA 3V2YA 4W55A 167LA 1L62A 256LA 3GUPA 4I7NA 3DN1A 1P46A 1LW9A 2B75A 3GUIA 3HH6A 213LA 1OV7A 158LA 2B73A 188LA 140LA 1OWYA 186LA 1DYAA 2RB1X 3K2RA 1L46A 1LWGA 171LA 1L55A 3L64A 1CU5A 2LC9A 1QT6A 3G3VA 1G07A 201LA 180LA 1C69A 1L10A 3RZEA 1QUHA 4ARMA 206LA 4EKQA 3C7WA 1L68A 1L35A 3CDQA 1L75A 1C6PA 1L09A 130LA 1L54A 3DKEX 1T97A 1T8AA 3JR6A 6LZMA 253LA 2OEAX 4YX7C 3SN6R 1CVKA 1C6TA 1L04A 1SSYA 1LLHA 4W57A 3RUNA 234LA 3CDTA 1D2WA 215LA 1L70A 3DN0A 221LA 2RBQA 1NHBA 103LA 1L98A 165LA 189LA 1L92A 2ANXA 2B6XA 3DN2A 1JTMA 232LA 159LA 1L82A 2OU0X 1ZURA 1L20A 1D3JA 1L23A 1L39A 1QT5A 1CTWA 1CV4A 1C6DA 183LA 3CDVA 1L83A 2OTZX 1L61A 119LA 3HT6A 1PQJA 144LA 149LA 3QAKA 1L15A 1CU3A 1L45A 251LA 1OWZA 1C61A 1L29A 3GUOA 1LGXA 1L84A 2RBRA 1P7SA 2HUMA 3HH5A 3OE8A 211LA 1L12A 3C80A 4DJHA 2HULA 1L49A 228LA 3CDOA 1QT3A 3DMZA 3HT7A 3LZMA 198LA 1L80A 1P37A 3ODUA 1L89A 3HH3A 172LA 3OE6A 255LA 3HUQA 3SB6A 1L90A 247LA 176LA 1CV6A 108LA 1SX7A 200LA 248LA 2RH1A 4W53A 2B6ZA 3SBAA 1L30A 2A4TA 104LA 1C6IA 2RB2X 1P56A 225LA 3GUJA 3HDFA 3HTFA 1SSWA 1PQMA 1L18A 2OE7X 1L24A 1DYDA 4ZPUA 1L32A 115LA 1L14A 3DN3A 238LA 219LA 1OV5A 1JTNA 157LA 113LA 1LI3A 196LA 1L03A 142LA 1DYEA 4ARLA 1CU2A 1CX7A 160LA 5LZMA 1L79A 1C6CA 1QT8A 3VW7A 1QTDA 4DAJA 190LA 1C62A 3OE0A 1I6SA 1LYFA 123LA 3DN4A 1QSBA 1C64A 155LA 1L52A 3V2WA 1G0MA 2B6YA 184LA 1SX2A 240LA 4ARPA 1L60A 4GBRB 1L64A 245LA 2RBSA 205LA 2RBPA 3HU9A 3DNAA 258LA 1L33A 1QS9A 1L27A 1CUPA 210LA 1KY1A 1C6NA 3PDSA 1L40A 1L76A 1P64A 3FADA 1C6QA 260LA 3C7YA 1L11A 2RAYX 4K5YA 1G1VA 1C6GA 152LA 3C82A 242LA 1L97A 1DYFA 2O4WA 1D3FA 1PQOA 110LA 2B6TA 230LA 1B6IA 1LYDA 1XJTA 4ARQB 1XEPA 243LA 2QB0B 1L38A 169LA 217LA 3C8SA 1L36A 1L17A 2RBNA 3SB8A 3C8QA 1OVJA 1L81A 2LZMA 151LA 1ZYTA 3GUMA 1QTHA 4YXCA 191LA 3NY9A 239LA 3GULA 1C68A 1C6EA 4I7JA 147LA 1CUQA 1L01A 1OVKA 3SB9A 1T6HA 1DYBA 1L06A 3D4SA 2ANVA 2Q9DA 195LA 4EKSA 199LA 1C6MA 3GUNA 233LA 1P5CA 3HU8A 1L99A 1LYIA 1G06A 226LA 1C66A 150LA 1C63A 2Z6BA 3HDEA 1L51A 4PK0A 1G0PA 257LA 1L0JA 1C6HA 120LA 1P36A 111LA 2OE9X 1EPYA 1L25A 2NTHA 1L96A 1C6AA 1L71A 4LDLA 197LA 1K28A 236LA 168LA 1OYUA 2F2QA 118LA 1L34A 1KNIA 1PQKA 4I7TA 185LA 1CX6A 1KW7A 1L63A 3CDRA 2LCBA 3SBBC 3C83A 4AQNA 1L74A 127LA 173LA 1L44A 3G3WA 1CV1A 1L94A 1LYGA 1L07A 1PQDA 1C6JA 1T8FA 3FA0A 2O7AA 4E97A 4OO9A 2F32A 3NY8A 1L93A 1L48A 1L86A 164LA 3HUKA 4YXAC 125LA 1P2LA 4EXMA 209LA 1QSQA 4S0WA 4EKPA 2B7XA 2OE4X 1T8GA 139LA 1QUGA 2L78A 224LA 145LA 1KY0A 102LA 237LA 107LA 3C7ZA 1XJUA 1L26A 252LA 3C81A 1L19A 4I7LA 3UONA 3OE9A 1SWYA 1C60A 1SWZA 3HH4A 163LA 223LA 1QT4A 1QUDA 174LA 4EJ4A 141LA 1L95A 1D2YA 1D9WA 181LA 2F47A 2IGCA 1L08A 235LA 131LA 1P6YA 4GRVA 5I14A 3C8RA 1LPYA 3G3XA 3DN8A 1L65A 3HT9A 114LA 1L37A 1LYHA 2RB0X 3HUAA 1G0KA 1CU0A 1QUOA 2QARC 1L43A 1L73A 3PBLA 162LA 1KW5A 3DMVA 241LA 161LA 2O79A 4W51A 212LA 3F8VA 1P2RA 1QS5A 3SB7A 1LWKA 2OU8A 4ARJA 4ARQA 1G1WA 4ARMB 170LA 261LA 1C6BA 129LA 2HUKA 1L05A 1L59A 2NTGA 1LYEA 112LA 4W54A 3L2XA 122LA 1L13A 1L87A 3F9LA 4I7KA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1FLWA 1B5WA 1DPWA 4IASA 1B0DA 3LYOA 2YBNA 1L22A 4ETDA 1C46A 1JJ0A 2DBTA 3B0KA 2F4AA 1LSDA 1QTCA 2Q9EA 2IHLA 1B2KA 4HPIA 1JQUA 4CGEA 1L02A 1C67A 1LGUA 1LZ9A 3AZ7A 1B5ZA 4H91A 1H87A 146LA 1KXWA 4NGZA 3A95A 1CU6A 1FDLY 5IELA 2CUUA 3TXEA 2BQHA 1IY3A 1GE1A 216LA 4LYZA 1LZ4A 1CV3A 3CT1A 4LYMA 1IWYA 4DDBA 1L77A 1L66A 4J7VA 2W1LA 1C6LA 3OJPA 2H5ZA 3J6KA 5APCA 1BWHA 1NWGA 2LZTA 1AT5A 4W56A 1G0LA 1LGWA 2CDSA 3ATNA 227LA 1DYGA 1GF0A 250LA 177LA 2EPEA 1L50A 4WLTA 4WOAA 4EPIA 3V2YA 1HENA 3WL2A 5KXNA 1GFRA 1LW9A 1DQJC 1F6SA 3HH6A 1OV7A 1LHIA 4WG7A 188LA 2HECA 1AT6A 1I56A 1L46A 2D91A 1L55A 4HV2A 1CU5A 1C08C 4C5FA 1TBYA 201LA 5KJ9A 6LYTA 2FYCA 1BB6A 1LHMA 3WXTA 1DPXA 3A6CY 3CDQA 1A2YC 4GN4A 3G3BB 3WUNA 3A6BY 5LYMA 3DKEX 5KKIA 1IWXA 4P2EA 4IATA 3SN6R 1ZMYL 1SSYA 4OW1A 4PHIA 3RUNA 3CDTA 1D2WA 4H9BA 3DN0A 1L98A 189LA 1GFAA 2BQJA 4DQ5A 4H9HA 159LA 1OUIA 3W6AA 1DZBX 1GF8A 1B5XA 1ZURA 2DQAA 1L23A 1CTWA 2ZYCA 1XGRC 5APFA 3WXUA 3AGGG 2Q0MX 3CDVA 2OTZX 1GE3A 1PQJA 1CU3A 1L45A 1GF7A 3CT5A 4NGLA 3RW8A 1L84A 4TWSA 1GBYA 3OE8A 5DL9A 1L12A 2BQBA 8LYZA 228LA 1GAYA 3DMZA 3HT7A 2W1MA 4H8ZA 1UIGA 1L89A 3OE6A 3W3EA 255LA 1D6QA 3HUQA 1L90A 1IP3A 1YANA 1CKFA 2XBSA 176LA 5HNLA 4ETAA 1YQVY 2FBDA 4W53A 1L30A 104LA 1C6IA 1SSWA 1D0KA 2LHMA 3WMKA 2DQJY 1L24A 1L32A 2YDGA 1L14A 1LZBA 238LA 1OV5A 4RW1A 1JTNA 1DYEA 1JISA 1IP6A 1CX7A 4PRQA 1UA6Y 1L79A 1GEZA 4OOOA 3VW7A 4NSGA 1G7IC 1QSBA 155LA 3W6FA 2B6YA 1UIAA 3W6CA 1LZ5A 1L64A 4YM8A 1AM7A 1WTMA 1BB5A 4G4HA 1HSXA 1KXYA 1YL0X 5F9UA 4LT2A 260LA 1L11A 2RAYX 2Z2FA 1G1VA 4K5YA 1C6GA 4DD7A 2ZNWY 1L97A 1D3FA 3QNGA 1GXV2 4XADA 230LA 1B6IA 1JTPL 1B7SA 2ZQ4A 4LYBA 1XJTA 1YKZX 1CKHA 4H94A 1NQIA 1XEPA 3AW6A 1L38A 1NF5A 2FBBA 1L36A 1L17A 4AGAA 4DD1A 5F14A 3QE8A 151LA 3AGHA 4BAPA 3E3DA 1REYA 1DKKA 3GULA 3AW7A 1OVKA 3SB9A 4NHTA 2XTHA 199LA 1LMOA 5LINA 1WVVA 2XBRA 5HMJA 1L99A 1LYIA 4R6CA 1H6MA 5KKJA 4PK0A 3D9AC 1L0JA 5LAGA 1JPOA 4NHSA 4HTNA 1C6HA 111LA 1P36A 5T3FA 2OE9X 2NTHA 1LKRA 1EQEA 4N1CC 236LA 2W1XA 4WLDA 4I7TA 1JJ1A 2Y8PA 2LCBA 5KXYA 3C83A 3EO5A 4NY5A 1O23A 1EQ5A 1L94A 4H92A 5LVKA 2I26L 1C6JA 1JTOL 2F32A 1QQYA 1LZYA 125LA 4EXMA 1OUBA 4WM5A 4DD0A 4S0WA 2W1YA 1IR9A 3AB6A 5APDA 1LZ1A 3TXBA 1VATA 4I7LA 3UONA 1LTMA 1G7MC 5I4WA 3HH4A 1VEDA 1DI3A 223LA 1QT4A 5K7OA 2AUBA 174LA 4EJ4A 1UC0A 6LYZA 5HQ1A 141LA 1KXXA 2C8OA 1C43A 1HNLA 2IGCA 1L08A 4GRVA 1JSFA 114LA 4G4CA 1LCNA 1L37A 1G0KA 4PJ2C 1GE2A 4WM2A 4UWNA 4XENA 1L73A 162LA 1KW5A 3RZ4A 1G7HC 4ANRA 1LWKA 1GFJA 5KXPA 3LHMA 1GAZA 1HHLA 3HBHA 4GN3A 1L05A 2H9KA 1LYEA 3L2XA 2MEGA 4GCBA 1L87A 1LJIA 4PJZA 1GBSA 1NHEA 1GXXA 1L69A 1LSNA 1GBOA 4RLNA 4Z41A 1VFBC 5B07A 1G0JA 2HEBA 4ET9A 1L56A 4Z3MA 1WTHA 128LA 3ULRA 1QTZA 2MEAA 3DN6A 4ZEEA 2B72A 2ZQ3A 4I7RA 1L42A 1B7MA 1AKIA 2OTYX 4YEOA 3NYAA 1TLAA 2YBHA 1L91A 4LZMA 3A91A 5LA8A 2DQHY 3TXKA 1GB9A 3T6UA 254LA 4ETCA 1GB5A 4W58A 5I5QA 1D3NA 1HEPA 2LYOA 4HTQA 2LZ2A 2DQGY 4NG1A 1L88A 4EKRA 4NFVA 1LZRA 1C10A 1UCOA 3LYTA 3TXIA 3GXKA 4H8YA 3EMLA 3P4ZA 1KS3A 1L72A 4DKLA 3VWOA 4KL7A 1QT7A 3D3DA 2MEDA 1F10A 1LI2A 3A93A 1INUA 4B4IA 1L31A 1LOZA 2YBIA 133LA 1C6FA 175LA 4AXTA 1GDWA 3GUPA 4GCCA 3DN1A 1LZCA 2B73A 1B7OA 3HFMY 1WQRA 2RB1X 3K2RA 4LYOA 1LMNA 3M18B 1EQ4A 1LKSA 2ZILA 180LA 1XGTC 1HEWA 1C69A 4DWXA 1L10A 5J7CA 3RZEA 1V7TA 1QUHA 3B0OA 1LSFA 1L75A 1C6PA 2BLXA 4HV1A 3WU8A 4UWUA 1RE2A 3W6DA 2BAAA 1J1PY 1C6TA 5FELA 1WQQA 1L70A 1LSBA 1UBZA 1YROA 4ET8A 165LA 4RW2A 1L92A 4LFXA 3P65A 232LA 1L82A 2OU0X 2EQLA 153LA 1L39A 1YIKA 4TX7A 1FKQA 1C6DA 4I0CA 3T36A 2I6ZA 4HP0A 1IP5A 119LA 2HEDA 4M6DA 1JUGA 3WYHA 4WL6A 4DQJA 4H9EA 3QAKA 1L15A 251LA 1C61A 3TXJA 3GUOA 1LGXA 1LJKA 4QGZA 2HUMA 2BPUA 3HH5A 1IEEA 1YILA 1ZVYB 1IWVA 4NGYA 1L49A 1QT3A 4ETBA 3LZMA 198LA 1W6ZA 1P37A 3HH3A 3WH1A 132LA 3GXRA 3B72A 1SX7A 200LA 248LA 2B6ZA 3GUJA 1P56A 1TAYA 1PQMA 1L18A 4NWHA 3QY4A 3WUMA 5LVHA 115LA 4H9CA 1LZNA 1GPQC 3M3UA 1LI3A 1L03A 5LIOA 4BADA 3IWRA 4MSTA 5KXRA 2HEFA 2BQMA 1C6CA 4DAJA 190LA 1YAQA 1E8LA 5KXXA 1G0MA 4B49A 1L60A 4LT1A 1A4VA 2YSSC 205LA 2RBPA 3W6BA 1HMKA 1JKCA 3DNAA 4TUNA 1QS9A 1L27A 210LA 1GF5A 1KY1A 3PDSA 2HU3A 4NEBA 1C6QA 2H9JA 152LA 3C82A 242LA 1KIRC 1B5VA 4ZFPA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1FLW A;  1B5W A;  1DPW A;  4IAS A;  1B0D A;  3LYO A;  2YBN A;  1L22 A;  4ETD A;  1C46 A;  1JJ0 A;  2DBT A;  3B0K A;  2F4A A;  1LSD A;  1QTC A;  2Q9E A;  2IHL A;  1B2K A;  4HPI A;  1JQU A;  4CGE A;  1L02 A;  1C67 A;  1LGU A;  1LZ9 A;  3AZ7 A;  1B5Z A;  4H91 A;  1H87 A;  146L A;  1KXW A;  4NGZ A;  3A95 A;  1CU6 A;  1FDL Y;  5IEL A;  2CUU A;  3TXE A;  2BQH A;  1IY3 A;  1GE1 A;  216L A;  4LYZ A;  1LZ4 A;  1CV3 A;  3CT1 A;  4LYM A;  1IWY A;  4DDB A;  1L77 A;  1L66 A;  4J7V A;  2W1L A;  1C6L A;  3OJP A;  2H5Z A;  3J6K A;  5APC A;  1BWH A;  1NWG A;  2LZT A;  1AT5 A;  4W56 A;  1G0L A;  1LGW A;  2CDS A;  3ATN A;  227L A;  1DYG A;  1GF0 A;  250L A;  177L A;  2EPE A;  1L50 A;  4WLT A;  4WOA A;  4EPI A;  3V2Y A;  1HEN A;  3WL2 A;  5KXN A;  1GFR A;  1LW9 A;  1DQJ C;  1F6S A;  3HH6 A;  1OV7 A;  1LHI A;  4WG7 A;  188L A;  2HEC A;  1AT6 A;  1I56 A;  1L46 A;  2D91 A;  1L55 A;  4HV2 A;  1CU5 A;  1C08 C;  4C5F A;  1TBY A;  201L A;  5KJ9 A;  6LYT A;  2FYC A;  1BB6 A;  1LHM A;  3WXT A;  1DPX A;  3A6C Y;  3CDQ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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