1L82A

Design and structural analysis of alternative hydrophobic core packing arrangements in bacteriophage t4 lysozyme
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAFINLVFQMGETGIAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTLRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Design and structural analysis of alternative hydrophobic core packing arrangements in bacteriophage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 61
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1991-11-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l82A00
1QT8A 227LA 122LA 4ARPA 1L20A 1NHBA 1C6BA 3C80A 1L23A 1PQDA 173LA 1L31A 4ARLA 4DJHA 2O79A 1CUPA 107LA 180LA 1L05A 171LA 1T8FA 259LA 1P6YA 1L80A 1L40A 114LA 1PQIA 3PBLA 1LGUA 161LA 4LZMA 262LA 3RUNA 1CV6A 2OE7X 1L56A 159LA 1C64A 1L00A 1C6FA 1SSWA 138LA 152LA 1QUHA 198LA 168LA 3SBBC 3QAKA 191LA 219LA 1L49A 1L43A 4W51A 250LA 221LA 1P37A 238LA 1L38A 4I7LA 1CU5A 1CX6A 1L12A 1L36A 1LLHA 2RBPA 246LA 1ZWNA 1L29A 213LA 1C60A 2OE4X 1L24A 244LA 4ARMA 1L07A 188LA 3HDFA 1B6IA 206LA 3HH5A 215LA 1L15A 2QARC 1ZYTA 147LA 141LA 1C6JA 1L99A 123LA 3G3VA 4I7MA 4W54A 3C83A 1QT4A 2HUMA 241LA 1L91A 3ODUA 3SBAA 150LA 2OTZX 113LA 1C6KA 1L50A 200LA 205LA 175LA 4DAJA 1C61A 3SB8A 1D3NA 1L32A 1LW9A 3HH6A 1L59A 1L16A 1KW7A 1PQJA 201LA 2OU0X 1QTHA 3GUNA 258LA 3CDOA 4EKPA 192LA 130LA 2LC9A 4I7QA 167LA 1PQOA 1C68A 3OE9A 3HUQA 1QS5A 3HDEA 3GUOA 139LA 1C66A 1L13A 1L98A 183LA 119LA 127LA 237LA 2IGCA 125LA 1XEPA 2RB2X 3DN2A 1XJTA 1L42A 1L74A 1JTNA 1QT3A 1QTVA 3SB5A 2RAZX 1LI6A 222LA 1L83A 1L47A 4PK0A 1DYGA 4EPIA 2OTYX 142LA 3HUKA 1TLAA 210LA 126LA 2ANVA 223LA 1SX2A 4I7RA 187LA 2RBQA 1DYEA 129LA 248LA 1C6NA 185LA 234LA 146LA 1QUOA 2NTGA 3EMLA 3FADA 1LYDA 115LA 4I7PA 4I7OA 1QT7A 1LGXA 111LA 165LA 1L87A 1CTWA 1LGWA 242LA 231LA 1L52A 230LA 4OO9A 156LA 1SX7A 1I6SA 128LA 1C6DA 3DN0A 4LDLA 217LA 2NTHA 2B6ZA 214LA 1L28A 1C67A 102LA 1P64A 1LYHA 109LA 166LA 1L51A 3RZEA 143LA 181LA 1C6EA 255LA 2Z6BA 3CDVA 110LA 157LA 3GUJA 144LA 1DYDA 2HULA 3C8RA 2F47A 3G3WA 249LA 3HT8A 4ARQB 1P5CA 209LA 190LA 1L75A 1OVJA 1P56A 2O7AA 1QTDA 3HH3A 1JTMA 1L71A 216LA 1L76A 1L61A 260LA 1SSYA 1C6AA 1CX7A 257LA 3D4SA 4K5YA 4EKQA 220LA 1CV4A 1EPYA 1DYCA 236LA 1L70A 2LCBA 2B6WA 195LA 1CVKA 1L21A 1L63A 3FA0A 2F2QA 164LA 1K28A 1L94A 1P2RA 4E97A 1C62A 1L62A 1L45A 137LA 4EPFA 4W52A 3C8QA 145LA 1L95A 1KW5A 1G0JA 1XJUA 3NYAA 2B6XA 1L08A 1LYFA 4EKRA 1L72A 1JQUA 1CU3A 1G0QA 1L03A 1LYEA 120LA 1CV3A 1C6GA 3HT7A 3K2RA 1C6HA 3FI5A 1QUDA 4ARMB 7LZMA 1C6QA 2OE9X 1LYGA 1L17A 1L79A 3DN4A 140LA 1G1WA 148LE 2OU9A 4IAPA 3DKEX 170LA 1L90A 3C81A 1L19A 2Q9DA 1L85A 2F32A 1L97A 3PDSA 1L86A 3SB7A 251LA 1L37A 104LA 1P3NA 131LA 1SWZA 1DYBA 2B6TA 4I7KA 1DYAA 1G07A 218LA 4PJZA 2OEAX 3UONA 4YXAC 3OE0A 4GRVA 1L64A 2B7XA 239LA 3CDTA 5LZMA 163LA 4GBRB 1CUQA 3C7WA 253LA 1OYUA 1LI2A 243LA 189LA 3HTGA 1D3JA 3C8SA 254LA 1T8GA 3OE6A 4I7SA 1G06A 3HU8A 3OE8A 4YX7C 6LZMA 2B73A 1L65A 3F9LA 232LA 4ARQA 162LA 182LA 184LA 3G3XA 3LZMA 4W59A 1L57A 3HUAA 3L2XA 2RB1X 1L33A 3HTBA 4I7JA 4S0WA 1G1VA 1L18A 1L96A 1KS3A 4W56A 3L64A 3V2WA 4W58A 1L26A 4LDOA 151LA 2LZMA 1L25A 1G0MA 1L88A 1L60A 1OV5A 1DYFA 1C6CA 1D2YA 1L69A 1G0PA 3DN6A 1T97A 1L09A 252LA 1QS9A 1L35A 1L89A 2B74A 1QUGA 2O4WA 1LWGA 158LA 1P46A 1L68A 3F8VA 1L02A 1P2LA 1L54A 247LA 1QTCA 1KY0A 1PQKA 4EKSA 212LA 1QTBA 4W55A 3C7YA 1P7SA 1L46A 199LA 1CU0A 1L53A 1L14A 1L22A 3SB9A 1G0LA 178LA 3DMZA 229LA 1LPYA 3VW7A 2RAYX 2HUKA 103LA 3DN8A 149LA 2L78A 3GUKA 3CDQA 1CV5A 1OVKA 1LYJA 1LI3A 2B6YA 3DMXA 1ZURA 1C69A 2RH1A 2RBNA 1CU2A 1L93A 228LA 1C6TA 1L10A 1L81A 233LA 226LA 4I7NA 3NY9A 2Q9EA 177LA 1L44A 1L92A 1LWKA 1D3FA 3C82A 2B72A 3DN1A 1L04A 3SB6A 1D2WA 3GUMA 4ZPUA 1L01A 1L82A 4DKLA 2B70A 197LA 1KY1A 1L11A 3CDRA 1SWYA 1L84A 196LA 1WTHA 3HT6A 186LA 240LA 3C7ZA 4EXMA 2RBRA 4ARJA 1L67A 1L27A 1L06A 1QT5A 118LA 3GULA 1L77A 2CUUA 2A4TA 108LA 1G0GA 3HTDA 4I7TA 112LA 1LYIA 169LA 1L0JA 160LA 1G0KA 1C63A 1T8AA 1CV1A 1C6PA 3DN3A 4W57A 4YXCA 1C65A 3GUPA 1L0KA 1QSBA 1OWZA 176LA 245LA 2RBSA 3V2YA 225LA 1L66A 5I14A 1QTZA 224LA 2QB0B 2RB0X 3HH4A 4W53A 2OU8A 1CV0A 1OVHA 1P36A 1L30A 211LA 1QT6A 2ANXA 1C6MA 3DNAA 1OWYA 1T6HA 4AQNA 3HT9A 1D3MA 3GUIA 3HTFA 3NY8A 3HWLA 1L48A 3JR6A 4EJ4A 235LA 1L73A 1L58A 174LA 1L55A 155LA 3DMVA 1D9WA 1L39A 2RBOA 256LA 261LA 1C6IA 3HU9A 1PQMA 3SN6R 1QSQA 1CU6A 1KNIA 1C6LA 1L34A 172LA 1L41A 1OV7A 2B75A 4LDEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2ZQ4A 1LZRA 2MEBA 4ARPA 1NHBA 3C80A 1L23A 180LA 171LA 1JTTL 1LAAA 4QEQA 5D5CA 2Z18A 3B0IA 3WL2A 1L40A 114LA 1XEIA 1PQIA 4IATA 1LGUA 2W1LA 161LA 4LZMA 2BQMA 1TBYA 1CV6A 4OWEA 1L00A 3BKVA 1B0DA 1JKAA 4CFPA 2BLXA 4DC4A 4WLXA 1F6RA 2BQOA 2Z12A 4NG1A 5LVKA 2Z2FA 1L43A 1OUEA 4G49A 221LA 4W51A 5LINA 3LYZA 1JEFA 5FELA 1DI5A 1LLHA 4A7DA 2RBPA 4B4JA 5KJ9A 1LYSA 1L07A 1IX0A 1LYZA 215LA 1IORA 2HEDA 1JIYA 141LA 4G9SA 2Q0MX 1FBIX 241LA 1L91A 1OUJA 5F9XA 3SBAA 2YBMA 5KXOA 205LA 2DQEY 1UA6Y 4DAJA 1XGRC 1YAOA 1LW9A 1T6VL 1TEWA 1KW7A 1PQJA 4HSFA 1QTHA 5FSTA 3TXIA 4WO6A 4BAPA 167LA 5AMYA 1LZNA 3A95A 3OE9A 3HUQA 1QS5A 4AXTA 1L13A 183LA 125LA 1D0LA 4LYBA 2RB2X 5A3ZA 4WM6A 1XJTA 1L42A 1QTVA 3EXDA 2RAZX 1LI6A 153LA 1YANA 1YILA 5ILCA 1G7HC 1L83A 1L47A 3HUKA 2LYOA 4DD2A 126LA 5M1YA 3ZVQA 4TSCA 1DYEA 3B72A 1WTNA 3FADA 4AGAA 115LA 1QT7A 3B0OA 1LGXA 1IY3A 1NBYC 1B7MA 2N5ZA 1CTWA 1IWZA 2BQKA 230LA 1LZ5A 2YBHA 217LA 2G4PA 5APEA 214LA 1RFPA 2FBDA 1C6EA 2HULA 4J1AA 3C8RA 2F47A 4UWVA 3G3WA 3HT8A 1GB0A 3ATNA 2HECA 1QTDA 1JTMA 4YF2A 4U3XB 3A6CY 1OUAA 4H9EA 1L61A 3TXFA 1D6QA 1GBXA 257LA 3CSQA 3WXTA 1CV4A 1GFEA 2BQHA 1L70A 1HMLA 2B6WA 1GBWA 1DI4A 1DI3A 5KY1A 164LA 1GFVA 1VDSA 4NWEA 2MEEA 2YBLA 145LA 4HPEA 1JHLA 2C8PA 4EKRA 5FDJA 5E4PA 120LA 1CV3A 3TMXA 1IR8A 4J1BA 1C6HA 1QTEA 4ET9A 3P64A 1GB9A 1LYGA 1L79A 1IR7A 1VATA 4ETBA 1GB2A 4N1CC 3J6KA 2CWIA 3DKEX 1L19A 1GE2A 1L85A 2EQLA 4KPMA 4HJVA 1L37A 1P3NA 2HEEA 3WYHA 131LA 4NGLA 1SWZA 5APDA 4PJZA 3UONA 4YXAC 1L64A 5HNLA 3BKHA 4H1PA 163LA 4TX7A 1IOTA 4H8YA 2G4NA 3C8SA 254LA 1T8GA 1LJGA 5DM9A 1B5UA 6LZMA 4N0JA 4LT1A 4OW1A 3AGGG 232LA 3A93A 4WG7A 4MSTA 1D9UA 4GCFA 3LZMA 3HTBA 4I7JA 5L3IA 4S0WA 1HFYA 1LSGA 1KS3A 4B1AA 3TXKA 4W58A 3G3BB 4J7VA 2LZMA 3WU8A 1OV5A 1B5VA 2Z38A 1D0MA 1D2YA 1KIRC 1DZBX 1G0PA 1UUZC 1AT6A 1IC7Y 1L89A 1XEKA 4ANRA 4DQJA 158LA 1L68A 3F8VA 1WVUA 4HJZA 247LA 1QTCA 4EKSA 3B6LA 5C6IA 1GBSA 1P7SA 3AZ5A 4G4HA 3A96A 3A91A 1NDGC 4KXIA 3W6AA 1LSNA 229LA 3DMZA 2HUKA 3DN8A 1HELA 149LA 1F6SA 2D4JA 1LYJA 1ZURA 5KXWA 1H6MA 1CU2A 228LA 1L81A 4ETCA 4R0FA 1LKRA 2BQNA 2XQOA 1GB5A 2Q9EA 5KXSA 177LA 1D2WA 3GUMA 3WVYA 4L41A 1L01A 1L82A 5B05A 1KY1A 1SWYA 4DDAA 1L67A 2HTXA 2Z39A 4WMGA 1GHLA 3A67Y 1OP9B 169LA 1IR9A 5EBHA 1BVXA 2BQDA 2FYCA 1C6PA 5HLLA 4YXCA 1L0KA 1OWZA 245LA 2RBSA 225LA 4IJ4A 1QTZA 2HUBA 4W53A 2RB0X 2OU8A 1OVHA 1P36A 3WW6A 211LA 4DD9A 2ANXA 1C6MA 2WARA 3DNAA 1OWYA 2BQCA 1QSWA 3P65A 3NY8A 1NBZC 3HWLA 1FLWA 2G4QA 235LA 3LYOA 4G4BA 1WQRA 1IEEA 155LA 2D6BA 3DMVA 1L39A 1SLYA 1C6IA 1PQMA 1INUA 1L34A 4NWHA 172LA 1QUSA 4LDEA 4J0LA 4H8XA 1JKBA 207LA 173LA 1XFPL 4ML7A 4BAFA 1CUPA 3RU5A 1P6YA 3A6BY 4NGVA 1NMMA 4H93A 4B4IA 2OE7X 4N1EI 159LA 1LKSA 5KXKA 1C43A 191LA 250LA 2H5ZA 1P37A 4N9RA 1L38A 2YBJA 4I7LA 2NWDX 4UWUA 3CT1A 1CU5A 1IP3A 246LA 1ZWNA 1L29A 3LN2A 213LA 2ZNXY 2OE4X 5B1FA 1L24A 4ARMA 1IOSA 188LA 3HDFA 1N4FA 1YAMA 1ZYTA 147LA 1C6JA 123LA 1OUHA 4W54A 3A3RX 4XJGA 2HUMA 1G7MC 1HMKA 150LA 1FKQA 4NSHA 200LA 3SB8A 1HEOA 2OU0X 1DXJA 1DPXA 3CDOA 192LA 2LC9A 2XTHA 1PQOA 1MELL 3HDEA 3GUOA 139LA 1AT5A 4H9FA 3GXKA 1IIZA 1L98A 237LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2ZQ4 A;  1LZR A;  2MEB A;  4ARP A;  1NHB A;  3C80 A;  1L23 A;  180L A;  171L A;  1JTT L;  1LAA A;  4QEQ A;  5D5C A;  2Z18 A;  3B0I A;  3WL2 A;  1L40 A;  114L A;  1XEI A;  1PQI A;  4IAT A;  1LGU A;  2W1L A;  161L A;  4LZM A;  2BQM A;  1TBY A;  1CV6 A;  4OWE A;  1L00 A;  3BKV A;  1B0D A;  1JKA A;  4CFP A;  2BLX A;  4DC4 A;  4WLX A;  1F6R A;  2BQO A;  2Z12 A;  4NG1 A;  5LVK A;  2Z2F A;  1L43 A;  1OUE A;  4G49 A;  221L A;  4W51 A;  5LIN A;  3LYZ A;  1JEF A;  5FEL A;  1DI5 A;  1LLH A;  4A7D A;  2RBP A;  4B4J A;  5KJ9 A;  1LYS A;  1L07 A;  1IX0 A;  1LYZ A;  215L A;  1IOR A;  2HED A;  1JIY A;  141L A;  4G9S A;  2Q0M X;  1FBI X;  241L A;  1L91 A;  1OUJ A;  5F9X A;  3SBA A;  2YBM A;  5KXO A;  205L A;  2DQE Y;  1UA6 Y;  4DAJ A;  1XGR C;  1YAO A;  1LW9 A;  1T6V L;  1TEW A;  1KW7 A;  1PQJ A;  4HSF A;  1QTH A;  5FST A;  3TXI A;  4WO6 A;  4BAP A;  167L A;  5AMY A;  1LZN A;  3A95 A;  3OE9 A;  3HUQ A;  1QS5 A;  4AXT A;  1L13 A;  183L A;  125L A;  1D0L A;  4LYB A;  2RB2 X;  5A3Z A;  4WM6 A;  1XJT A;  1L42 A; 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