1L07A

Contributions of hydrogen bonds of thr 157 to the thermodynamic stability of phage t4 lysozyme
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGFWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Contributions of hydrogen bonds of Thr 157 to the thermodynamic stability of phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 57
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1988-02-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l07A00
3SB8A 1C6CA 2OU8A 1L83A 1L14A 4I7TA 182LA 1C63A 4W59A 176LA 4I7LA 1L48A 128LA 188LA 180LA 1G0KA 4W52A 3C81A 1G07A 2F47A 1L90A 146LA 127LA 1L75A 2IGCA 3DKEX 1QT5A 2B6ZA 115LA 3NY8A 239LA 1L08A 1P5CA 1LWGA 1OVJA 4ARJA 2LC9A 2O7AA 227LA 1LYFA 231LA 102LA 130LA 3HH5A 3DN1A 173LA 1L65A 1CX6A 1L70A 3DMXA 3HT9A 1L74A 1LGUA 1L54A 1L82A 195LA 1DYAA 3QAKA 2B73A 1C6GA 1SX2A 249LA 2RBQA 3F8VA 3EMLA 4I7KA 1L85A 3HH3A 4EXMA 2A4TA 1JTMA 2RBOA 112LA 3C82A 2RAZX 141LA 3ODUA 161LA 251LA 1SWYA 1L19A 1LI2A 255LA 2RAYX 103LA 1L29A 3HH6A 1PQJA 1L97A 3NYAA 1L86A 3HUAA 1ZWNA 230LA 221LA 1PQKA 1L25A 3DN2A 248LA 1QS9A 4I7OA 1CU0A 235LA 1CTWA 1C6BA 3C7WA 229LA 1DYFA 1T8GA 1QUOA 3L64A 1L03A 4ARLA 144LA 3DN6A 1P37A 196LA 1L69A 1L60A 3PDSA 4AQNA 1L12A 2HUMA 197LA 1LLHA 254LA 1C6EA 1P7SA 1LYIA 3V2WA 2Q9EA 2QB0B 3PBLA 3GUJA 4IAPA 1C6LA 228LA 158LA 1QUHA 261LA 111LA 1QT3A 1L35A 1L57A 1L62A 1L98A 1G0JA 3CDOA 150LA 4I7JA 2O79A 4PK0A 1K28A 2HULA 1C6DA 2B70A 3GUOA 1LGWA 259LA 4EKRA 177LA 125LA 4ARMB 1CV4A 1JQUA 1LYEA 2RBNA 4I7RA 2ANXA 4W55A 4LDLA 1L61A 1CV1A 1OV7A 169LA 4YXAC 1L64A 2OE9X 4I7MA 1P56A 1B6IA 1CV5A 1L20A 140LA 3HT6A 220LA 3OE8A 4W56A 1CV6A 3L2XA 1L22A 2B74A 252LA 1C62A 3D4SA 3HU8A 151LA 1C6JA 1OV5A 113LA 1L34A 108LA 1L39A 3C83A 1LYHA 1L24A 1L66A 3HTDA 3HDFA 1L02A 1L43A 1L44A 4LZMA 245LA 4ARPA 1QTHA 1L72A 4ZPUA 186LA 4LDEA 1PQMA 1G0PA 170LA 1L37A 1G0MA 2OU0X 4DKLA 4GBRB 3C7YA 190LA 1KW7A 1L38A 1WTHA 148LE 1D2YA 1L76A 1C61A 174LA 1C6MA 3DMZA 4W58A 2B72A 2Z6BA 244LA 3SN6R 1L01A 165LA 1L95A 1OVHA 211LA 4S0WA 1KW5A 1OVKA 1L91A 1SSWA 237LA 1C6HA 1G0QA 1L84A 2RBRA 1L51A 3C8RA 167LA 5I14A 139LA 4EKSA 1LW9A 1DYEA 1ZYTA 2RB2X 1C68A 1CU5A 1QT7A 3HUQA 1PQOA 3UONA 3DN3A 6LZMA 118LA 3FA0A 5LZMA 241LA 3CDQA 1PQDA 1L30A 4PJZA 1L32A 1L26A 1QTZA 1T97A 2OU9A 178LA 1TLAA 1L71A 3CDTA 129LA 223LA 1G0LA 260LA 1L77A 226LA 3OE0A 1C6QA 1P64A 2B6TA 3OE9A 234LA 3SB6A 3HDEA 1C6PA 3HWLA 2B6YA 166LA 184LA 1L11A 4LDOA 4I7PA 1C6KA 3HU9A 1C6TA 1LI3A 240LA 4EJ4A 2L78A 1C6FA 2LZMA 1L18A 3C80A 1D3JA 1CU2A 4W51A 253LA 232LA 1L49A 3GUMA 2F2QA 2LCBA 2Q9DA 126LA 1XJUA 224LA 242LA 1QSQA 120LA 4I7NA 1D2WA 3VW7A 1L99A 200LA 1QUGA 1L13A 4W53A 3SBAA 1L33A 4EPIA 1CUPA 1L23A 147LA 2ANVA 1L06A 3SB5A 1C67A 243LA 191LA 1L67A 171LA 1C6IA 1L80A 3RUNA 1L59A 2O4WA 110LA 137LA 1G0GA 4OO9A 2RH1A 2QARC 1L16A 4I7QA 3G3WA 3OE6A 164LA 1CU3A 4EPFA 1L63A 1T6HA 131LA 1L94A 1PQIA 1KNIA 1SSYA 1QS5A 175LA 1D3NA 1P36A 257LA 4GRVA 1C69A 3HH4A 159LA 1L00A 1DYCA 1T8FA 3GUKA 3DMVA 1L17A 4I7SA 3LZMA 3HTGA 4ARQA 2HUKA 1L04A 123LA 107LA 3FI5A 119LA 219LA 1L27A 2RB0X 205LA 1L68A 247LA 2B7XA 1D3FA 1L05A 1L21A 156LA 1QT8A 1KY1A 201LA 215LA 3RZEA 192LA 3GUNA 1L09A 1OWZA 2OTZX 1L41A 2NTHA 1C6NA 1G06A 1QTBA 3C7ZA 2RBSA 1P3NA 4DAJA 213LA 4W57A 1L40A 246LA 1LYJA 3CDRA 168LA 1QTDA 233LA 3NY9A 185LA 114LA 143LA 1L0KA 2OE4X 1L42A 256LA 1CUQA 262LA 1CU6A 155LA 1L10A 2RBPA 216LA 160LA 1G1VA 1CV0A 1CVKA 1L31A 1LI6A 3G3XA 1CV3A 1C64A 138LA 1C60A 1P2LA 3HUKA 4EKPA 2OEAX 1C6AA 104LA 1C66A 1DYBA 250LA 3GULA 2B6WA 225LA 1L47A 1L28A 2OTYX 3SB9A 4YXCA 2CUUA 1G1WA 1L89A 4EKQA 4W54A 3HT7A 145LA 162LA 3GUPA 181LA 3FADA 4YX7C 1CX7A 1DYDA 1QUDA 1OYUA 2RB1X 1P2RA 3SB7A 1OWYA 183LA 1L0JA 1C65A 3SBBC 3DNAA 3HT8A 163LA 1T8AA 1XJTA 1L92A 1L96A 3GUIA 199LA 1KS3A 1L79A 1L07A 1LYGA 1L46A 1L52A 1QSBA 1L15A 1L36A 209LA 1L81A 3DN4A 4ARQB 1LWKA 1EPYA 2B75A 1LYDA 1L50A 3F9LA 1L73A 187LA 2F32A 1SWZA 157LA 189LA 1KY0A 1NHBA 1L55A 1P46A 122LA 152LA 222LA 218LA 7LZMA 198LA 3K2RA 1D3MA 1L56A 1P6YA 1L45A 1SX7A 1ZURA 109LA 1JTNA 3DN8A 212LA 238LA 206LA 1LPYA 3C8SA 2B6XA 3HTBA 4DJHA 217LA 4K5YA 1L58A 1L88A 258LA 1L93A 3JR6A 3V2YA 2NTGA 3G3VA 1L53A 1D9WA 4E97A 1QTVA 3DN0A 1DYGA 3C8QA 149LA 142LA 210LA 1QT6A 1L87A 3HTFA 214LA 236LA 1I6SA 3CDVA 172LA 1XEPA 1QT4A 1LGXA 2OE7X 1QTCA 4ARMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L83A 1LHKA 1HSXA 4UWNA 4W59A 4NGZA 5KXMA 176LA 1GFRA 3AGGG 4I7LA 188LA 1LZTA 1ZVHL 1XGTC 2F47A 1UUZC 4NGWA 3ZEKA 5LXWA 2FYDA 4XYYA 3DKEX 1IOTA 1LWGA 1OVJA 4PHIA 2O7AA 134LA 4OWCA 3HH5A 4NGJA 3F6ZA 173LA 1L65A 1CX6A 3AYQA 4DDBA 3DMXA 1LGUA 1L54A 4HPEA 1DYAA 1SLYA 1SX2A 1GXXA 3F8VA 3EMLA 4I7KA 3HH3A 1GB8A 4CFPA 4ETEA 2RAZX 3ODUA 3LYZA 1SWYA 4GCFA 1L19A 1LI2A 103LA 3M3UA 4PPOA 4LGKA 1F10A 1PQKA 3DN2A 3D9AC 1QS9A 2BQBA 4I7OA 1LAAA 1JTTL 1QUSA 4I0CA 154LA 229LA 4H9CA 1DYFA 1CJ8A 3CT0A 1F6SA 1QUOA 1YKYX 1GFGA 144LA 4ARLA 1P37A 1G7JC 1GD6A 3PDSA 2HUMA 2MEAA 4TSBA 254LA 5I4XA 2W1XA 2Q9EA 1DKKA 3PBLA 2X0AA 1LZCA 4IAPA 261LA 111LA 1L35A 1L98A 150LA 4IASA 4WM3A 1C43A 4J1AA 1C6DA 2WARA 1FKQA 1LGWA 2W1MA 4DD3A 177LA 1LZGA 1GEZA 4GCDA 5HMVA 2RBNA 4I7RA 4XJDA 4LDLA 2DQEY 169LA 1BVKC 3N9CA 4YXAC 2OE9X 4I7MA 1LSMA 1CV5A 1GF4A 1L20A 1IORA 1LSDA 1IO5A 4W56A 252LA 3TXGA 1FBIX 4B0DA 3D4SA 3CSZA 3HU8A 151LA 1H6MA 4DD1A 108LA 1GAYA 3C83A 1F6RA 2IHLA 3HDFA 1L43A 5KY1A 4LT2A 2MECA 1OUBA 1PQMA 1GFAA 170LA 1L37A 1IVMA 4GBRB 3C7YA 190LA 1D2YA 5T3FA 1D9UA 3D3DA 4CGEA 1LZAA 3WVXA 2Z6BA 244LA 3SN6R 3ZVQA 4S0WA 1OVKA 1VEDA 5HQ1A 1JSFA 1WVUA 2BQNA 8LYZA 1G0QA 1J1XY 4WL7A 2RBRA 1L51A 1TCYA 1JJ1A 4NHIA 4EKSA 1LW9A 1PQOA 3UONA 6LZMA 3J6KA 3GXRA 5LZMA 3W6CA 2GV0A 2F4GA 3LZ2A 178LA 3LHMA 5LVGA 129LA 5ILFA 1D6QA 5HNLA 2EKSC 1L77A 226LA 1OUAA 1OUDA 1B9OA 4H1PA 1DXJA 2YBJA 5AMYA 1LHIA 4O34A 3HU9A 1C6FA 2LZMA 4PJ2C 1D3JA 5LYTA 232LA 4GCEA 1XJUA 3EMSA 4I7NA 3VW7A 4WLYA 1WQNA 1LMTA 1H87A 4B4EA 1VFBC 1QUGA 4R0FA 2Z2FA 1CUPA 4LFPA 1L06A 2DBTA 3RUNA 2BQIA 1QUTA 1G0GA 1GBSA 4OO9A 2BQHA 2RH1A 1L16A 4I7QA 1NMMA 164LA 3IJUA 1B5UA 2D91A 5DL9A 1JITA 1GB5A 4H9HA 1L94A 1PQIA 1LSNA 1SSYA 1HEOA 5K7OA 257LA 3A6CY 4ETBA 3DMVA 4KL7A 4I7SA 1IP5A 107LA 3FI5A 2CJLA 5KXRA 2RB0X 4B4JA 247LA 1LZDA 3A94A 4H9BA 1LJJA 4J1BA 3ULRA 3WL2A 4D9ZA 1KY1A 215LA 4B4IA 1IR7A 3TMUA 1NHEA 4NSHA 1QTBA 5DLAA 1P3NA 2H9JA 5APCA 1LZ6A 5C6IA 1WVVA 4H8YA 1CUQA 1UIEA 4XJFA 4HV2A 1L10A 4WG7A 2RBPA 216LA 1G1VA 1CV0A 2XTHA 5KXOA 1HFXA 1C64A 3HUKA 1XSFA 2LHMA 1C6AA 5B59A 1OUIA 2VB1A 104LA 250LA 2HECA 2RSCA 1L28A 2BQJA 1G1WA 4W54A 145LA 4NGKA 2ZIJA 1LJEA 4OWBA 1D0LA 1A4VA 1DYDA 1NBYC 4HSFA 1L0JA 1C65A 3SBBC 5LIOA 2HEFA 5LVJA 3HT8A 4BS7A 4NGOA 3WXUA 1XJTA 3ATNA 5KJ9A 1KS3A 2EQLA 4B49A 3HFMY 4UWVA 4KT3A 4ANRA 1L81A 4GN4A 3P66A 4ARQB 1XEKA 1LWKA 5JENB 3WH1A 2I25L 1AZFA 1B7SA 1NDMC 4WM1A 2Q0MX 122LA 7LZMA 1L56A 1P6YA 1BWIA 1SX7A 5FELA 1GBWA 5LVKA 2Z12A 206LA 1GFHA 3C8SA 2B6XA 5L3IA 3HTBA 3P65A 217LA 1UIFA 4K5YA 4G4HA 3W3EA 9LYZA 3JR6A 4DC4A 4B1AA 4HJZA 4E97A 3A91A 2XBSA 5DM9A 1JJ3A 214LA 3CDVA 3OK0A 172LA 1DI5A 4H8ZA 2OU8A 4RW1A 4I7TA 4N8ZA 182LA 3TMWA 3A92A 2A7FA 180LA 1DKJA 4N0JA 1G07A 2D6BA 1GB7A 3WUAA 1O23A 2G4PA 127LA 1L75A 2IGCA 1WQRA 1B7QA 1QT5A 1XGPC 2B6ZA 3NY8A 1L08A 1UBZA 2LC9A 4YEOA 4PGJB 2BQGA 2F2NA 2FYCA 3WPLA 1WTNA 3DN1A 2G4NA 1L70A 5I53A 4NGIA 3HT9A 2BQDA 4RW2A 3T6UA 1L74A 195LA 1YROA 3QAKA 1HNLA 1G7IC 1C6GA 1BVXA 2DQIY 1UIGA 5FCPA 1XGRC 207LA 4WLDA 4L41A 2LYZA 1IC4Y 1JTMA 2HEEA 4X3BA 2RBOA 2Z2EA 4HTQA 5LYMA 5B1GA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1L83 A;  1LHK A;  1HSX A;  4UWN A;  4W59 A;  4NGZ A;  5KXM A;  176L A;  1GFR A;  3AGG G;  4I7L A;  188L A;  1LZT A;  1ZVH L;  1XGT C;  2F47 A;  1UUZ C;  4NGW A;  3ZEK A;  5LXW A;  2FYD A;  4XYY A;  3DKE X;  1IOT A;  1LWG A;  1OVJ A;  4PHI A;  2O7A A;  134L A;  4OWC A;  3HH5 A;  4NGJ A;  3F6Z A;  173L A;  1L65 A;  1CX6 A;  3AYQ A;  4DDB A;  3DMX A;  1LGU A;  1L54 A;  4HPE A;  1DYA A;  1SLY A;  1SX2 A;  1GXX A;  3F8V A;  3EML A;  4I7K A;  3HH3 A;  1GB8 A;  4CFP A;  4ETE A;  2RAZ X;  3ODU A;  3LYZ A;  1SWY A;  4GCF A;  1L19 A;  1LI2 A;  103L A;  3M3U A;  4PPO A;  4LGK A;  1F10 A;  1PQK A;  3DN2 A;  3D9A C;  1QS9 A;  2BQB A;  4I7O A;  1LAA A;  1JTT L;  1QUS A;  4I0C A;  154L A;  229L A;  4H9C A;  1DYF A;  1CJ8 A;  3CT0 A;  1F6S A;  1QUO A;  1YKY X;  1GFG A;  144L A;  4ARL A;  1P37 A;  1G7J C;  1GD6 A;  3PDS A;  2HUM A;  2MEA A;  4TSB A;  254L A;  5I4X A;  2W1X A;  2Q9E A;  1DKK A;  3PBL A;  2X0A A;  1LZC A;  4IAP A;  261L A;  111L A;  1L35 A;  1L98 A;  150L A;  4IAS A;  4WM3 A;  1C43 A;  4J1A A; 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