1C6EA

T4 lysozyme mutant c54t/c97a/l99a in the presence of 2 atm xenon
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords PROTEIN (LYSOZYME)
publication title Size versus polarizability in protein-ligand interactions: binding of noble gases within engineered cavities in phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-12-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1c6eA00
1G0KA 1CU6A 1C63A 4IAPA 2B6ZA 1SSWA 1KW7A 1DYCA 206LA 3SB5A 140LA 3GUKA 1QS5A 1C6LA 256LA 1L93A 1L71A 3G3XA 1NHBA 2LZMA 3FADA 2RBNA 110LA 2B70A 3HUKA 3C81A 205LA 3HWLA 2B73A 1CV5A 1CX6A 4W51A 3V2WA 1L01A 209LA 1B6IA 231LA 1L21A 3SN6R 6LZMA 1L10A 4EKRA 1C6FA 3C8SA 1L49A 1JTNA 184LA 1P6YA 1C68A 250LA 258LA 3K2RA 4DAJA 1XEPA 145LA 198LA 1L05A 1K28A 1L26A 1P3NA 3HH6A 7LZMA 175LA 1OYUA 228LA 3C7ZA 1P7SA 3HTBA 4DKLA 138LA 1XJTA 170LA 213LA 2RBRA 1CU2A 2L78A 2B6YA 164LA 1D3MA 187LA 3DN3A 1L28A 1C6DA 2OE9X 4ARJA 1L34A 147LA 4I7TA 3GUNA 108LA 1L42A 3DMXA 1PQMA 255LA 2OEAX 222LA 1D9WA 4W57A 1L83A 1L84A 1L76A 3GUIA 4EJ4A 3HH3A 142LA 1DYDA 159LA 1L37A 2HULA 1KY0A 1C6QA 163LA 1JQUA 3F9LA 1LYGA 156LA 3C7WA 3HU9A 5I14A 1KNIA 1QUHA 212LA 249LA 240LA 188LA 1LYJA 1L04A 122LA 1D2WA 4LDLA 4EPIA 233LA 2RB1X 3F8VA 139LA 4W53A 2F47A 127LA 3NY9A 1KY1A 3C83A 3GUJA 114LA 200LA 1P64A 1ZWNA 239LA 1QS9A 1L33A 4ARQB 1L13A 1L30A 113LA 1L23A 1XJUA 3HDFA 1L53A 1L79A 3G3WA 4W55A 226LA 1L24A 1PQKA 4LZMA 1QSQA 2QARC 3OE0A 1C69A 1L15A 162LA 1QTZA 3DN4A 111LA 224LA 119LA 1C6PA 248LA 2OU9A 1DYEA 1OVJA 235LA 1QT7A 1L86A 3DKEX 137LA 4LDOA 3PBLA 3NY8A 3CDVA 241LA 103LA 3SBAA 3CDQA 4YXCA 1DYGA 4W54A 242LA 1L52A 3LZMA 1L36A 1L35A 4ARMB 181LA 3C80A 3JR6A 118LA 1L25A 227LA 1D3NA 2F32A 3VW7A 1JTMA 3DN2A 1C65A 168LA 3HTDA 1QTBA 186LA 176LA 1OVHA 1L14A 3CDRA 1DYFA 104LA 1L43A 1L68A 4I7MA 1G0MA 1OV7A 1G0PA 148LE 3HT6A 3HTGA 3C8RA 4EXMA 252LA 217LA 2Q9EA 3G3VA 3GUOA 1LYFA 1L08A 143LA 158LA 1L09A 1D3FA 1CU5A 1L20A 1L12A 4OO9A 1LI3A 2B6TA 2RBOA 1LYHA 4W56A 1L45A 1C64A 178LA 261LA 1L94A 3OE8A 165LA 1L70A 201LA 2B6WA 1L96A 1L47A 230LA 1L41A 1L63A 1LYEA 1LI2A 4K5YA 1L77A 238LA 1PQDA 3L64A 1P2LA 4EKQA 157LA 1L02A 3CDTA 1T6HA 1G0JA 2HUMA 1LGUA 2B7XA 3SB6A 107LA 1QT5A 3ODUA 4W52A 1ZURA 189LA 1L92A 199LA 3NYAA 254LA 1LLHA 1OVKA 1CVKA 1ZYTA 1C6JA 2ANVA 3QAKA 3SBBC 1C6HA 1LYDA 1QT6A 2OU0X 1G1VA 247LA 1L46A 3DMVA 1CX7A 126LA 1L75A 120LA 3DN8A 3HT9A 1CU3A 1QUGA 4W58A 1G0LA 215LA 4LDEA 1C6AA 160LA 2IGCA 2Z6BA 4ARQA 4YX7C 1L06A 1OWZA 1SSYA 1P36A 1L58A 2OE4X 1L69A 4ARLA 244LA 196LA 1L82A 1L97A 246LA 3L2XA 155LA 1L74A 1L60A 3SB7A 130LA 1C61A 1L00A 3FA0A 1L29A 2A4TA 1CUQA 1LGWA 1L81A 131LA 220LA 251LA 2O4WA 1L38A 1LYIA 1P46A 1L87A 3UONA 1LPYA 4DJHA 1C6KA 1DYBA 1LW9A 141LA 2CUUA 197LA 1CV6A 2B72A 2RBPA 214LA 180LA 1C6TA 1EPYA 1QUOA 1C6NA 2RB2X 3C82A 3HUAA 3SB8A 3C8QA 3DMZA 4ARMA 1QTHA 1T8AA 1L19A 2NTGA 1L51A 1SX7A 1L11A 1P5CA 1QTDA 1L0KA 1CV1A 2B6XA 218LA 259LA 3OE6A 4I7QA 146LA 1L59A 1SWZA 219LA 1C6CA 1SX2A 1L66A 2RH1A 3HTFA 3HDEA 1L31A 225LA 2OU8A 1CTWA 1WTHA 1OV5A 4I7JA 2Q9DA 1L32A 1L80A 3HH4A 3RZEA 1C66A 4GRVA 211LA 1L72A 1L91A 1QUDA 1L40A 1QT4A 4EPFA 2RAYX 3SB9A 3PDSA 1PQJA 1L56A 4PK0A 1L27A 3HT7A 4AQNA 1P56A 2RBSA 1PQIA 1L95A 3DN1A 1C6BA 1L73A 149LA 4I7PA 183LA 2RBQA 3D4SA 2F2QA 1KS3A 1G0GA 1D2YA 123LA 1L55A 151LA 1L99A 4I7RA 4I7NA 1L88A 115LA 5LZMA 1L85A 4ARPA 192LA 234LA 4GBRB 1QT8A 185LA 3DN0A 3HH5A 1L39A 1L07A 2LC9A 1CUPA 173LA 1L50A 3GULA 2NTHA 1L64A 2B74A 144LA 1G06A 102LA 237LA 2O79A 1L67A 169LA 1T8GA 1QSBA 1L65A 2OE7X 4I7KA 2O7AA 1C62A 3CDOA 1L57A 129LA 4S0WA 3OE9A 3DN6A 1LGXA 4YXAC 1QTCA 1L03A 2HUKA 1L98A 1C6GA 232LA 1C6IA 1TLAA 2RB0X 1T97A 2ANXA 4W59A 3V2YA 229LA 4I7SA 210LA 1L0JA 1SWYA 1G07A 1L17A 262LA 2B75A 125LA 128LA 4I7OA 1C67A 1QT3A 166LA 182LA 1P37A 1CV3A 1CV4A 4E97A 236LA 1L16A 1CV0A 245LA 3DNAA 195LA 1I6SA 3GUMA 3RUNA 161LA 174LA 191LA 1C60A 1P2RA 1LI6A 1KW5A 190LA 260LA 177LA 152LA 1LWKA 1L54A 1L90A 1PQOA 4ZPUA 4EKSA 172LA 1D3JA 1OWYA 3HUQA 1L22A 167LA 3HT8A 150LA 4PJZA 4I7LA 3C7YA 1G1WA 3EMLA 1L62A 1L89A 1C6EA 109LA 1C6MA 2RAZX 1DYAA 1LWGA 1T8FA 1L61A 223LA 221LA 1L44A 1G0QA 171LA 1L48A 2LCBA 257LA 3HU8A 243LA 1CU0A 3GUPA 1L18A 112LA 3FI5A 253LA 2OTZX 2QB0B 216LA 1QTVA 2OTYX 4EKPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1G0KA 1OUDA 1IP6A 4YEOA 5K7OA 3W3EA 1EL1A 1KW7A 2FBBA 4WLTA 206LA 4HTKA 4PRQA 1NHBA 1B5UA 1ALCA 4HJZA 2HTXA 2HECA 2ZIKA 2A7DA 2RBNA 3HUKA 4XADA 1IWVA 4NIJA 1E8LA 1CV5A 3RU5A 1QSWA 3TXKA 4UWUA 3K3TA 1QSAA 1L10A 3ZVQB 1AKIA 1B5YA 3QE8A 1JTNA 184LA 1C68A 1XEPA 1LYYA 1L05A 3HH6A 138LA 5IELA 213LA 4WLDA 1GXXA 187LA 3G3BB 1DI5A 1PQMA 255LA 1CJ7A 2OEAX 222LA 1MLCE 4NGLA 1L84A 2XJWA 4TX7A 1GB3A 3A90A 5APFA 3RZ4A 3SP3A 1C6QA 163LA 2HUBA 1BWIA 2PC2A 1NBYC 4KPMA 249LA 1D2WA 1GF6A 1B5WA 1QDRA 3G3AB 1LMTA 5KXLA 3A96A 1L33A 1TAYA 1L30A 4MCKA 1L53A 3J4GA 1BB5A 1XEJA 2QARC 3OE0A 4DDAA 162LA 1LZ8A 1QTZA 3LHMA 2Z2FA 3AJNA 4YF2A 5F81A 1HERA 1C6PA 248LA 1QT7A 3DKEX 137LA 3AGGG 1BGIA 3NY8A 1GD6A 1LZ1A 4W54A 2D4JA 1L36A 5KXPA 1L25A 4XENA 1VDPA 4G4HA 1JTMA 1GDXA 4U3XB 1JHLA 4AGAA 3HTDA 5LYTA 4A7DA 5KXRA 4OOOA 1OVHA 3CDRA 4PRUA 5EBHA 104LA 1G7MC 4Z98A 1G0PA 2BLYA 1XEIA 3N9CA 3HTGA 3C8RA 252LA 4TSCA 3GUOA 4OW1A 1LYFA 1LZ9A 1L09A 3EBAB 4FJRA 1D3FA 4DYGA 1L12A 2Z12A 2B6TA 4N0JA 1GWDA 1LYHA 4W56A 3WU7A 1OUFA 5HMJA 178LA 3OE8A 2F2NA 2DKVA 2B6WA 1LYEA 1JITA 1VFBC 2H5ZA 2W1YA 4EKQA 2DQIY 1VEDA 1HMKA 1OUCA 1LGUA 1KIQC 4LFXA 4IJ4A 1BVXA 1L92A 1LJJA 199LA 2YBLA 3GXKA 1LLHA 1OVKA 5IDDA 1CVKA 4PGJB 2OU0X 1G1VA 1GBWA 4LGKA 1JISA 1L75A 120LA 1XGRC 4W58A 5LINA 4LYTA 2IGCA 3OK0A 1P2CC 3ZEKA 1G7IC 1L06A 1SSYA 208LA 1LHMA 1B2KA 1EQ5A 3WVYA 196LA 3WPKA 3RNXA 155LA 2BQMA 1L74A 1XGUC 1DZBX 3SB7A 3P64A 1JWRA 5KY1A 1L00A 1BB7A 3TXJA 1LSYA 1IR8A 1L29A 1CUQA 3M3UA 1WQOA 1GB5A 1LZ4A 1HFZA 220LA 5HMVA 1B7MA 2BQKA 251LA 3WUNA 2O4WA 1IP7A 5I54A 141LA 197LA 1REXA 3T6UA 1HSXA 180LA 1YILA 2ZYCA 3HUAA 1QUOA 5A3EA 3WL2A 4J7VA 5F9UA 4HJYA 1YIKA 2NTGA 1ZVYB 1L11A 4DD9A 5I4XA 4WM2A 1QTDA 1CV1A 1CNSA 1GF7A 259LA 3OE6A 4I7QA 3M18B 4DD0A 4GLAA 1SX2A 2DQDY 1L31A 4ZFPA 5A3ZA 1L32A 1C66A 1XFPL 1LMAA 4EPFA 2RAYX 3SB9A 1IP2A 1BVKC 3PDSA 3TXHA 1C10A 1GE1A 4PK0A 1A2YC 1CJ9A 1UA6Y 4Z46A 3WUAA 149LA 1CKCA 2Z18A 2AUBA 4NHPA 2F2QA 1CJ6A 123LA 1L55A 4I7NA 1LKRA 5LZMA 1LSEA 1L85A 1QT8A 1SQ2L 4HSFA 3A67Y 185LA 3DN0A 4NGWA 1DI4A 1LJ4A 1WTNA 1RI8B 4NGOA 173LA 1ZMYL 1L50A 4GN3A 3HBEX 4H9HA 1G06A 2OE7X 3LZ2A 2O7AA 1C62A 4CGEA 1L57A 4H8XA 1JPOA 4YXAC 4NGJA 1L98A 232LA 1IEEA 1YL1X 1LJ3A 2DQHY 4W59A 5B06A 1YAQA 1UCOA 1GDWA 7LYZA 1GAZA 4WG7A 1QT3A 166LA 4KXIA 1P37A 1CV4A 135LA 1L16A 5JENB 1F10A 1I6SA 1J1OY 1P2RA 4N5RA 4R6CA 1LWKA 3AW7A 1REYA 1D3JA 1OWYA 3HUQA 1DQJC 2Z39A 3TMXA 150LA 4XJIA 3C7YA 1UIFA 3F6ZA 1G1WA 1LOZA 2MECA 3EMLA 1IOSA 109LA 4PPOA 4LYMA 3TXDA 223LA 4UWNA 221LA 4G4CA 3WU9A 5LA5A 4MR1A 1WQPA 4GN5C 3GUPA 4XJHA 1L18A 2OTZX 216LA 1QTVA 2OTYX 4YM8A 1QUTA 4IAPA 1DYCA 1NBZC 2A7FA 1BB3A 1UIAA 4C3WA 4TWSA 4Z41A 110LA 1GB7A 205LA 4RLMA 4LT2A 2B73A 1CX6A 1SLYA 1LAAA 1L21A 2GV0A 1RE2A 1C6FA 1T3PA 250LA 145LA 4DD7A 1L26A 1P3NA 3B6LA 1OYUA 228LA 3C7ZA 3FE0A 1GF4A 1REZA 2RBRA 5ILCA 5LIOA 1D3MA 3AZ4A 4H9EA 1C6DA 2BQCA 3GUNA 108LA 1L42A 2BQAA 4W57A 1L83A 1LZYA 4H9IA 2ZQ3A 3A92A 1CKDA 3D9AC 1HEWA 4BS7A 1LJNA 4EJ4A 4QEQA 3HH3A 1GBZA 1JKAA 1KY0A 1OUHA 1LYGA 156LA 3C7WA 5HLLA 5KKIA 8LYZA 1OQMA 240LA 1LYJA 122LA 4EPIA 233LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1G0K A;  1OUD A;  1IP6 A;  4YEO A;  5K7O A;  3W3E A;  1EL1 A;  1KW7 A;  2FBB A;  4WLT A;  206L A;  4HTK A;  4PRQ A;  1NHB A;  1B5U A;  1ALC A;  4HJZ A;  2HTX A;  2HEC A;  2ZIK A;  2A7D A;  2RBN A;  3HUK A;  4XAD A;  1IWV A;  4NIJ A;  1E8L A;  1CV5 A;  3RU5 A;  1QSW A;  3TXK A;  4UWU A;  3K3T A;  1QSA A;  1L10 A;  3ZVQ B;  1AKI A;  1B5Y A;  3QE8 A;  1JTN A;  184L A;  1C68 A;  1XEP A;  1LYY A;  1L05 A;  3HH6 A;  138L A;  5IEL A;  213L A;  4WLD A;  1GXX A;  187L A;  3G3B B;  1DI5 A;  1PQM A;  255L A;  1CJ7 A;  2OEA X;  222L A;  1MLC E;  4NGL A;  1L84 A;  2XJW A;  4TX7 A;  1GB3 A;  3A90 A;  5APF A;  3RZ4 A;  3SP3 A;  1C6Q A;  163L A;  2HUB A;  1BWI A;  2PC2 A;  1NBY C;  4KPM A;  249L A;  1D2W A;  1GF6 A;  1B5W A;  1QDR A;  3G3A B;  1LMT A;  5KXL A;  3A96 A;  1L33 A;  1TAY A;  1L30 A;  4MCK A;  1L53 A;  3J4G A;  1BB5 A;  1XEJ A;  2QAR C;  3OE0 A;  4DDA A;  162L A;  1LZ8 A;  1QTZ A;  3LHM A;  2Z2F A;  3AJN A;  4YF2 A;  5F81 A;  1HER A;  1C6P A;  248L A;  1QT7 A;  3DKE X;  137L A;  3AGG G;  1BGI A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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