4EKRA

T4 lysozyme l99a/m102h with 2-cyanophenol bound
Total Genus 63
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
63
sequence length
175
structure length
175
Chain Sequence
PTTENLYFQGSMNIFEMLRIDEGLRLKIYKDCEGYYTIGIGHLLTKSPDLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINHVFQMGVTGVAGFTNVLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQCPDRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Engineering a model protein cavity to catalyze the Kemp elimination.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 63
structure length 175
sequence length 175
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-04-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4ekrA00
1L06A 258LA 180LA 4ARQB 2RBOA 164LA 187LA 1DYAA 4EKQA 122LA 2A4TA 4E97A 3L64A 1G0KA 3PBLA 1L32A 1CV5A 238LA 1L80A 4EKRA 220LA 1PQJA 2B6WA 1QT8A 4I7LA 1C6EA 114LA 1L60A 1L69A 1C60A 1L83A 1C6IA 1C6CA 3DMZA 1KW7A 2NTGA 1SX2A 195LA 1L92A 2O7AA 216LA 218LA 247LA 3OE0A 1T6HA 2QB0B 1L11A 1P6YA 4LDLA 142LA 172LA 1QUHA 1QUGA 3C7WA 162LA 1I6SA 1L95A 109LA 1T8FA 171LA 4W53A 120LA 144LA 1L64A 131LA 1LYEA 3SB7A 1L35A 3C83A 1G0MA 4I7MA 140LA 1C6JA 123LA 1L87A 3GUNA 3GUJA 1C6TA 2B75A 3C8SA 1L81A 1LGXA 2OU0X 1QT4A 239LA 1CV4A 3DNAA 119LA 2RB2X 3D4SA 1QS9A 1DYCA 3GUMA 4W52A 1ZYTA 4W55A 224LA 3SN6R 127LA 1QTCA 1L54A 3HT7A 1G0PA 3HUQA 1QTBA 1L10A 1L84A 1L23A 2B6YA 3V2WA 1L93A 1C6MA 1D3JA 1L20A 1QT5A 1CX6A 4W54A 1L00A 1L77A 111LA 178LA 2HUKA 4ARMA 3RZEA 250LA 256LA 1L96A 3HTGA 185LA 1ZURA 1L94A 4LDOA 189LA 2OE4X 1L42A 1KS3A 130LA 1P36A 5I14A 1C61A 2B6XA 1CUPA 1CU2A 1L57A 3PDSA 3HH5A 1C6LA 3DKEX 1SWYA 4EPFA 168LA 1B6IA 215LA 1L90A 1L22A 3GUIA 1QUOA 212LA 150LA 3CDQA 1C6KA 201LA 1CU6A 1P64A 167LA 1L51A 4EJ4A 4I7RA 1L01A 253LA 145LA 1L82A 1T8AA 3HH4A 3SB5A 3C8QA 4W59A 1OWZA 3F9LA 1L08A 1L97A 1QTDA 2F2QA 2NTHA 1LI2A 3V2YA 143LA 199LA 236LA 1LGUA 233LA 4EKSA 1JTNA 184LA 223LA 1G0GA 1L12A 3DMXA 1QTHA 1L30A 1PQIA 200LA 1P56A 2HUMA 1C66A 1CU3A 2OE9X 197LA 1L39A 177LA 2B73A 1L46A 3HUKA 4DKLA 1OV7A 2OEAX 1LI3A 3SBBC 1L02A 1L58A 1L99A 1L88A 1L24A 1OYUA 4K5YA 1D3NA 4I7OA 139LA 1LPYA 4EXMA 1L19A 2B70A 4W51A 173LA 2RBSA 3DN1A 254LA 1L62A 1LYJA 1L03A 1CTWA 1CVKA 1SSWA 4YX7C 1L27A 3G3VA 1D3FA 1CV0A 1P7SA 1KW5A 248LA 1L73A 1L63A 103LA 6LZMA 1OWYA 161LA 1C63A 1L67A 1L50A 1JQUA 1OVHA 3GUOA 3G3XA 2B6TA 1C6BA 4I7QA 1C69A 2HULA 113LA 1L29A 107LA 3DN2A 2L78A 255LA 174LA 1CX7A 1G0QA 1QT3A 3DN0A 4ARMB 155LA 152LA 2RBNA 104LA 230LA 211LA 1P3NA 3QAKA 159LA 1L49A 1XJUA 2Z6BA 1P2LA 225LA 1CV3A 1D2WA 1NHBA 2LCBA 4S0WA 3ODUA 1C6NA 1P46A 1L26A 3EMLA 3HDFA 3G3WA 2Q9EA 2OTYX 3SBAA 2QARC 4ARPA 1SWZA 3HT8A 3FA0A 2RAZX 2ANXA 2RBPA 1XEPA 115LA 4IAPA 102LA 222LA 260LA 3UONA 1L61A 3OE9A 4GBRB 2RB0X 1L76A 1JTMA 4I7JA 251LA 4DJHA 3OE8A 1C64A 1LYIA 2RBRA 3C7YA 2B6ZA 3C7ZA 1LI6A 4W58A 1L91A 3SB9A 3HT6A 3NYAA 229LA 1P37A 1G1WA 183LA 4PJZA 3FI5A 1C6AA 244LA 2F47A 4YXCA 1L38A 1L79A 2OTZX 219LA 1C62A 213LA 1L59A 7LZMA 4AQNA 1G06A 3CDRA 1L15A 3CDVA 4ARJA 147LA 1LYFA 165LA 1L05A 190LA 1LYDA 2F32A 1CUQA 188LA 1L07A 1L33A 3GULA 4ARLA 126LA 1CU0A 2RAYX 232LA 1L48A 2B74A 1T97A 3HTBA 1L74A 2RB1X 1OVKA 1CV1A 1L65A 1PQOA 1L72A 1WTHA 1L56A 1LYHA 2CUUA 1KY1A 3HT9A 1G1VA 1L09A 1D2YA 2LC9A 1C6HA 1L70A 1LYGA 1LGWA 1L68A 1C6DA 1L21A 3SB6A 1EPYA 1L04A 3GUPA 3C8RA 4OO9A 1L55A 1L71A 1D9WA 4I7PA 1CV6A 4YXAC 4ARQA 4ZPUA 192LA 3NY8A 1DYBA 2OE7X 2O79A 234LA 1KNIA 4GRVA 1LWGA 1DYFA 1KY0A 217LA 156LA 1P2RA 1C67A 257LA 1CU5A 1OV5A 129LA 1C6FA 1DYGA 1QSQA 1L34A 4LDEA 163LA 3HUAA 1L86A 1L85A 1QTVA 1L98A 157LA 1L66A 1L45A 1QT7A 1T8GA 4I7NA 242LA 1D3MA 128LA 221LA 1PQMA 228LA 245LA 1C6GA 1L14A 2IGCA 108LA 1L13A 1L89A 1C6QA 158LA 259LA 1G0JA 3F8VA 2RH1A 1L18A 182LA 3DN4A 1L43A 4PK0A 237LA 149LA 4EPIA 1L16A 4EKPA 110LA 252LA 186LA 138LA 1SSYA 3K2RA 2B7XA 3LZMA 235LA 1K28A 1L31A 196LA 141LA 231LA 148LE 3VW7A 169LA 1TLAA 151LA 3L2XA 206LA 1LWKA 1SX7A 1QUDA 1L36A 1L47A 2OU8A 166LA 3JR6A 1QSBA 1C68A 1C6PA 1L53A 170LA 1L17A 3HH6A 209LA 3DN6A 4I7SA 2B72A 1G0LA 1QT6A 3HWLA 3NY9A 3C80A 3OE6A 3DN8A 3HU8A 2RBQA 261LA 1LLHA 3HU9A 3HTFA 4W57A 181LA 205LA 1L28A 4I7TA 175LA 214LA 2OU9A 2O4WA 160LA 5LZMA 3C82A 1PQDA 1P5CA 1L41A 1DYDA 118LA 176LA 125LA 1QTZA 198LA 1ZWNA 3HDEA 1QS5A 1L37A 3SB8A 3DMVA 4W56A 3FADA 191LA 4LZMA 210LA 243LA 1C65A 1L75A 1G07A 1L40A 2ANVA 4DAJA 1DYEA 137LA 3GUKA 240LA 246LA 3HTDA 3C81A 4I7KA 3CDTA 226LA 1L52A 3DN3A 1L0KA 249LA 262LA 3HH3A 3CDOA 112LA 1L25A 146LA 1PQKA 1L44A 2Q9DA 1XJTA 1OVJA 241LA 1L0JA 3RUNA 2LZMA 1LW9A 227LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2H9KA 3CSZA 2BQEA 1L06A 4ET9A 258LA 4ARQB 5L9JA 2MEEA 1LSAA 4EKQA 122LA 1CKHA 3L64A 5L3IA 3PBLA 1L32A 4H93A 1L80A 1D0KA 5F16A 1WVVA 1QT8A 4WM2A 4M6DA 114LA 3WW6A 1HF4A 1C60A 1L83A 3D3DA 4LT3A 1XFPL 2NTGA 1SX2A 4WO6A 2O7AA 1DKKA 216LA 1EQ4A 5ILCA 3OE0A 1UIDA 3HBEX 4LDLA 4XENA 1HEPA 1GFUA 4TWSA 4Z98A 1D6QA 131LA 2YSSC 2BQDA 4MCKA 4NEBA 5F14A 4TX7A 1LYZA 123LA 2W1MA 3G3BB 2B75A 1LZ1A 4WLDA 4AGAA 1GFHA 4ZIXA 3GUMA 1GB5A 1CKCA 1LKRA 4M4OA 1GF3A 4PHIA 1L10A 1CNSA 1L84A 1L23A 2B6YA 5FEKA 4H8ZA 1J1OY 4E3UA 1CX6A 1AT6A 3QY4A 1L00A 4LYZA 250LA 1L96A 1ZURA 1YKYX 189LA 1OUGA 3T36A 1GWDA 1GBSA 1C61A 2B6XA 3PDSA 1CU2A 1L57A 3AW7A 5HNLA 3HH5A 4NGVA 3VWOA 1B7OA 1YL1X 4WL7A 168LA 1L22A 150LA 201LA 1LTMA 4DD1A 167LA 1PZYA 4I7RA 1L01A 1LMQA 3C8QA 1HFZA 2YVBA 4ZEEA 2HU1A 1QTDA 1W6ZA 1YQVY 5ILFA 2BQNA 5LYTA 3TXHA 1DXJA 236LA 184LA 1REMA 1KXWA 1L12A 3DMXA 1VDQA 2YBIA 1KIRC 5LA8A 2OE9X 177LA 2BPUA 3HUKA 1NDMC 1L99A 3AGIA 1D3NA 139LA 1JWRA 1FKVA 2B70A 2RBSA 4NHSA 2VB1A 1LHJA 1CTWA 1UIAA 1YAOA 1YANA 3AJNA 4YX7C 1L27A 2EIZC 2HU3A 4HSFA 1MELL 2X0AA 1LJ4A 1LZYA 3RZ4A 133LA 1L67A 4WM5A 3KAMA 5HLLA 4RLNA 4UWUA 3WULA 2DQDY 3WUNA 1XGPC 1EQEA 2HEEA 4YEOA 1L29A 3A94A 4YENA 4R0FA 3DN2A 2L78A 1G0QA 1B5UA 3WL2A 1QT3A 4FJRA 1GBWA 2DQAA 4ARMB 3A91A 1IWUA 1FLUA 152LA 2RBNA 211LA 1A4VA 1QUTA 5KXRA 4NGZA 1RCMA 1YILA 1HMKA 2G4QA 2B5ZA 4DQ5A 4S0WA 4OWCA 5KXPA 1IP2A 3A3QA 1OP9B 3HDFA 3G3WA 1VDPA 1GF9A 115LA 260LA 1L61A 1ZVYB 1YL0X 1RFPA 4DWXA 4GCCA 251LA 1YAQA 2B6ZA 4W58A 1L91A 3HT6A 1YAMA 3BKHA 229LA 1P37A 4H9CA 1C6AA 244LA 5APEA 4C5FA 1L38A 1L79A 3WXUA 4TSBA 5APFA 1J1XY 4ARJA 3CDVA 1LPIA 1LYFA 5I53A 4OWBA 5DN5A 1LYDA 4BADA 1IOCA 1LZAA 2LZTA 3GULA 1L48A 1PS5A 5KY1A 2RB1X 1CV1A 3WMKA 1L65A 1GB0A 2DBTA 1L72A 1WTHA 2Z2EA 4IJ4A 1L56A 2HECA 4GCDA 3HT9A 1AT5A 1L09A 5F9XA 3EXDA 1C45A 2ZNWY 4WL6A 4DD2A 2CWIA 3GUPA 3WUMA 4OO9A 1L55A 1DZBX 1JSEA 1LJHA 4YXAC 1OUIA 1B2KA 1WVUA 1DYBA 2ZWBA 2FBBA 1LSMA 1VDSA 4LYCA 5KXKA 1LWGA 4NHPA 3TXFA 4N1CC 4PGJB 2HEDA 1C67A 4KXIA 5T3FA 129LA 1B5XA 4PRUA 1QSQA 163LA 1IR8A 2HTXA 4FDYA 1D3MA 2W1YA 221LA 1PQMA 4GCEA 2IGCA 3CB7A 1LHIA 1L89A 1HERA 158LA 4YF2A 3FI7A 4AXTA 1JSFA 2DQEY 3TMUA 1L18A 1LSYA 149LA 1O23A 252LA 1B7PA 4U3XB 1WQOA 1LOZA 3LZMA 3B0KA 231LA 1IP1A 1LHHA 206LA 1KXXA 4DT3A 1GFRA 1L47A 1XEJA 2OU8A 1WQQA 4B4IA 3JR6A 1L53A 3AW6A 209LA 3DN6A 4I7SA 4B4JA 3DN8A 1SQ2L 3HU8A 2CDSA 6LYTA 3HU9A 3HTFA 2DQGY 1BGIA 175LA 4PRQA 2O4WA 1JTPL 1P5CA 3EBAB 1DYDA 4TUNA 198LA 3SB8A 4LZMA 5C6IA 243LA 3HBDA 1L75A 1LSDA 1G07A 2ANVA 1HEWA 3A92A 3B0OA 1DYEA 2D91A 4I7KA 4XJBA 5F9UA 5KXWA 3DN3A 1L0KA 1ALCA 262LA 3HH3A 3CDOA 1L25A 146LA 1RE2A 2Q9DA 2C8PA 207LA 1CJ6A 4WMGA 180LA 3AB6A 4RW2A 2RBOA 5KXZA 3QE8A 4E97A 1LZTA 4EKRA 1GB3A 2B6WA 1B5VA 3W6FA 3AZ4A 1TDYA 2ZYCA 1L69A 1HEMA 1C6IA 1CKFA 3LYMA 1LZSA 1WQPA 4ANRA 1UIEA 218LA 1T6HA 1B5ZA 4HTQA 4NHQA 1IIZA 4DD3A 4NSIA 3C7WA 162LA 109LA 171LA 4W53A 1LYEA 2AUBA 3AZ5A 4I7MA 140LA 1C6JA 2H5ZA 3GUNA 4LYBA 4YOPA 4D9ZA 2ZIKA 1LGXA 2OU0X 1CV4A 1JTTL 2RB2X 4WM3A 1REYA 4OW1A 3WPJA 1GD6A 1DYCA 4WLYA 4H9HA 1LMCA 1JEFA 1GE2A 3SN6R 127LA 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1IOSA 2Z37A 4TTDA 183LA 1GE3A 2F47A 4YXCA 3TMWA 2OTZX 1LYYA 219LA 1C62A 1GF8A 4NGJA 3LHMA 1HSXA 1D0MA 1GXXA 4B4EA 1HNLA 2F32A 1CUQA 1L07A 1L33A 3TMVA 3CSQA 3W3EA 2B74A 1T97A 4NIJA 1TBYA 1VEDA 4N8ZA 1GB7A 1LYHA 5IELA 4ETBA 1L70A 5APCA 3W6CA 1LGWA 4NG8A 1C6DA 1L21A 2YBNA 4PPOA 4ML7A 2GV0A 4XJHA 3A96A 1QSAA 4X3BA 3D9AC 4OOTA 4ARQA 192LA 2OE7X 2O79A 3ATNA 4GRVA 1KY0A 217LA 1GPQC 2Z2FA 208LA 2MEGA 1CU5A 2EKSC 2ZNXY 1JJ0A 3TXBA 1L85A 5HQ1A 1LJNA 3WVYA 1L66A 1L45A 1T8GA 4CFPA 242LA 4XYYA 3ULRA 228LA 1C6GA 108LA 1C6QA 2BQMA 4KPMA 4NY5A 1G0JA 5B06A 1HC0A 4ET8A 2RH1A 4GLVA 3WVXA 1L43A 4EPIA 1GFKA 110LA 5E9RA 4LT0A 186LA 1IP4A 2B7XA 1K28A 5KKJA 151LA 1QUDA 1OUBA 1L36A 1C6PA 2HEFA 170LA 2B72A 5B1FA 1VDTA 3M3UA 3OE6A 5J7CA 3LYOA 1GBOA 4R6CA 5LVIA 5LVJA 205LA 2FYCA 5LZMA 1PQDA 1JISA 3J6KA 2DQJY 1JITA 1ZWNA 1QS5A 2Y8PA 2YBLA 3IJUA 3FADA 1B0DA 1C65A 4H91A 4OWEA 5JENB 2LYOA 1ZVHL 137LA 1EL1A 4N0JA 1UBZA 3HTDA 3C81A 5LXWA 1KIQC 3CDTA 1FN5A 249LA 1RI8B 112LA 2BLYA 1C10A 1XJTA 1OVJA 241LA 3CT1A 4J1BA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2H9K A;  3CSZ A;  2BQE A;  1L06 A;  4ET9 A;  258L A;  4ARQ B;  5L9J A;  2MEE A;  1LSA A;  4EKQ A;  122L A;  1CKH A;  3L64 A;  5L3I A;  3PBL A;  1L32 A;  4H93 A;  1L80 A;  1D0K A;  5F16 A;  1WVV A;  1QT8 A;  4WM2 A;  4M6D A;  114L A;  3WW6 A;  1HF4 A;  1C60 A;  1L83 A;  3D3D A;  4LT3 A;  1XFP L;  2NTG A;  1SX2 A;  4WO6 A;  2O7A A;  1DKK A;  216L A;  1EQ4 A;  5ILC A;  3OE0 A;  1UID A;  3HBE X;  4LDL A;  4XEN A;  1HEP A;  1GFU A;  4TWS A;  4Z98 A;  1D6Q A;  131L A;  2YSS C;  2BQD A;  4MCK A;  4NEB A;  5F14 A;  4TX7 A;  1LYZ A;  123L A;  2W1M A;  3G3B B;  2B75 A;  1LZ1 A;  4WLD A;  4AGA A;  1GFH A;  4ZIX A;  3GUM A;  1GB5 A;  1CKC A;  1LKR A;  4M4O A;  1GF3 A;  4PHI A;  1L10 A;  1CNS A;  1L84 A;  1L23 A;  2B6Y A;  5FEK A;  4H8Z A;  1J1O Y;  4E3U A;  1CX6 A;  1AT6 A;  3QY4 A;  1L00 A;  4LYZ A;  250L A;  1L96 A;  1ZUR A;  1YKY X;  189L A;  1OUG A;  3T36 A;  1GWD A;  1GBS A;  1C61 A;  2B6X A;  3PDS A;  1CU2 A;  1L57 A;  3AW7 A;  5HNL A;  3HH5 A;  4NGV A;  3VWO A;  1B7O A;  1YL1 X;  4WL7 A;  168L A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
 2H9K A;  3CSZ A;  2BQE A;  1L06 A;  4ET9 A;  258L A;  4ARQ B;  5L9J A;  2MEE A;  1LSA A;  4EKQ A;  122L A;  1CKH A;  3L64 A;  5L3I A;  3PBL A;  1L32 A;  4H93 A;  1L80 A;  1D0K A;  5F16 A;  1WVV A;  1QT8 A;  4WM2 A;  4M6D A;  114L A;  3WW6 A;  1HF4 A;  1C60 A;  1L83 A;  3D3D A;  4LT3 A;  1XFP L;  2NTG A;  1SX2 A;  4WO6 A;  2O7A A;  1DKK A;  216L A;  1EQ4 A;  5ILC A;  3OE0 A;  1UID A;  3HBE X;  4LDL A;  4XEN A;  1HEP A;  1GFU A;  4TWS A;  4Z98 A;  1D6Q A;  131L A;  2YSS C;  2BQD A;  4MCK A;  4NEB A;  5F14 A;  4TX7 A;  1LYZ A;  123L A;  2W1M A;  3G3B B;  2B75 A;  1LZ1 A;  4WLD A;  4AGA A;  1GFH A;  4ZIX A;  3GUM A;  1GB5 A;  1CKC A;  1LKR A;  4M4O A;  1GF3 A;  4PHI A;  1L10 A;  1CNS A;  1L84 A;  1L23 A;  2B6Y A;  5FEK A;  4H8Z A;  1J1O Y;  4E3U A;  1CX6 A;  1AT6 A;  3QY4 A;  1L00 A;  4LYZ A;  250L A;  1L96 A;  1ZUR A;  1YKY X;  189L A;  1OUG A;  3T36 A;  1GWD A;  1GBS A;  1C61 A;  2B6X A;  3PDS A;  1CU2 A;  1L57 A;  3AW7 A;  5HNL A;  3HH5 A;  4NGV A;  3VWO A;  1B7O A;  1YL1 X;  4WL7 A;  168L A; 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