1P2LA

T4 lysozyme core repacking mutant v87i/ta
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPIYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME
publication title Repacking the Core of T4 lysozyme by automated design
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 61
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2003-04-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1p2lA00
1L0JA 226LA 246LA 4I7JA 3SB6A 2OE7X 2A4TA 1LYIA 1QUGA 1L23A 1L43A 3GUMA 1L64A 3HT9A 3G3VA 1T8GA 1L86A 250LA 1PQJA 1L09A 4W57A 1D3NA 1G1WA 218LA 1L59A 257LA 3SBAA 2F47A 2B6XA 189LA 3SB7A 1QT8A 1L68A 1G0MA 1L52A 3HU8A 1D9WA 1G0JA 199LA 1L89A 3HTFA 1C6AA 166LA 3SBBC 1C6FA 229LA 244LA 131LA 3GUIA 127LA 3GUPA 2OE9X 225LA 1P2LA 1LYJA 1C67A 2RB1X 1KY1A 3HTDA 4W54A 1L50A 230LA 2O4WA 1WTHA 2B6TA 1D3MA 128LA 1DYCA 3HDFA 1C69A 1G0LA 170LA 258LA 3DMVA 3GUNA 140LA 3SN6R 1DYAA 3CDRA 4EKRA 3HT7A 2B6WA 1JTNA 1L05A 1L31A 4EXMA 3L64A 1LI2A 142LA 2F2QA 1L70A 1L62A 1L85A 251LA 1D2WA 235LA 177LA 4I7PA 1G0GA 1P64A 216LA 198LA 3DMXA 147LA 1L29A 195LA 3HUKA 115LA 3PBLA 1B6IA 3GUOA 3HH3A 205LA 3VW7A 1CU5A 137LA 150LA 1L67A 129LA 1L14A 187LA 4PJZA 1DYDA 1XJTA 1L56A 158LA 2OU8A 1JQUA 240LA 3SB8A 1L08A 1L83A 3HTBA 143LA 4ZPUA 1L17A 1LYFA 4I7NA 1QTDA 1L04A 1L60A 3SB5A 6LZMA 1C6NA 2B70A 1L99A 1QTHA 2RB0X 165LA 1QUOA 1P56A 3CDTA 157LA 1KW5A 1L98A 2B6YA 4EJ4A 2RAZX 1C6MA 122LA 180LA 3HH5A 1L61A 1ZWNA 3EMLA 163LA 2B73A 3C8SA 1L65A 3V2YA 3V2WA 3FADA 1L95A 1OWZA 4GBRB 1LYEA 1P6YA 2Q9EA 3HTGA 4OO9A 1JTMA 3QAKA 4LDLA 160LA 1LGXA 1D3JA 2OU0X 151LA 3K2RA 4EKPA 1L87A 112LA 1L82A 1L41A 1QTBA 1C65A 1XJUA 2ANVA 253LA 1SSWA 167LA 2O7AA 1L42A 2RAYX 1G0QA 1L21A 1G0KA 1L20A 1OVHA 1LW9A 3HDEA 183LA 1L02A 2LC9A 1T97A 109LA 3DN3A 4ARMA 3FA0A 4YXCA 149LA 155LA 3HH4A 3DKEX 1L94A 4I7LA 1L73A 176LA 3CDOA 118LA 4W55A 2B6ZA 4S0WA 3HH6A 1LI6A 2B72A 4IAPA 1L92A 192LA 1C6JA 161LA 4ARQA 1CV4A 2OEAX 1LYDA 1C6BA 1PQIA 2ANXA 3GUJA 4I7OA 3NY8A 1QT7A 3CDVA 3HT8A 1CTWA 1QS9A 4DKLA 3OE0A 2HUMA 1SWYA 4PK0A 1OV5A 5I14A 1C62A 1SX2A 3DN1A 3C81A 1L06A 214LA 1SWZA 236LA 3GULA 4W59A 3G3WA 3OE9A 3SB9A 1L53A 3D4SA 4GRVA 1QT4A 1L28A 1L13A 102LA 138LA 260LA 1L24A 108LA 1G0PA 211LA 1L55A 234LA 2CUUA 2L78A 3PDSA 1I6SA 1C6HA 3C83A 1L74A 3G3XA 3NYAA 1QT6A 3OE8A 3CDQA 224LA 1L00A 1L19A 1PQKA 1P5CA 2RBQA 3HWLA 227LA 1QT3A 2B7XA 220LA 130LA 4EPFA 1L48A 4W52A 4YX7C 1CVKA 1EPYA 256LA 4YXAC 1L54A 4W53A 181LA 2LCBA 4LZMA 1L97A 1LWKA 1P7SA 123LA 233LA 1CUPA 4LDOA 2B74A 120LA 2NTGA 197LA 168LA 1ZYTA 125LA 209LA 110LA 1CX7A 1L22A 4ARLA 1P37A 185LA 242LA 3HT6A 4W56A 241LA 1QT5A 1P2RA 1LGWA 1L90A 1DYEA 4EKQA 206LA 1CUQA 3DMZA 249LA 1KNIA 222LA 201LA 238LA 1L33A 1C66A 1L10A 1L51A 1L01A 3C7WA 2RBOA 1L93A 144LA 3GUKA 3ODUA 1L81A 4ARPA 107LA 1KS3A 255LA 1L35A 3C82A 3L2XA 1CU3A 2HULA 1OVJA 7LZMA 4I7KA 223LA 262LA 1CU0A 114LA 173LA 1L76A 1P46A 1G07A 1QUHA 1C6LA 104LA 1L45A 1L79A 4EKSA 1DYGA 4I7MA 196LA 174LA 1L38A 1QSQA 232LA 239LA 113LA 1C68A 2HUKA 139LA 2F32A 2OE4X 1C6EA 146LA 1LI3A 1L46A 3JR6A 1LWGA 210LA 1CV3A 1L03A 1L12A 228LA 261LA 4I7QA 3RZEA 3C8RA 175LA 1QUDA 3DN8A 245LA 1L32A 1CV1A 2RBPA 219LA 4W51A 188LA 191LA 2RH1A 1L58A 1QSBA 1L96A 248LA 141LA 1C6PA 3LZMA 1D3FA 171LA 1C63A 259LA 1SX7A 3HU9A 3C7ZA 2Q9DA 1LPYA 4I7TA 217LA 231LA 1L77A 172LA 1PQOA 3F9LA 1L57A 1L72A 4I7RA 1XEPA 3DN4A 4DAJA 3FI5A 145LA 1CV0A 4W58A 1QTZA 2LZMA 1T8FA 1L25A 4E97A 1L44A 1L71A 1L88A 1K28A 190LA 1L11A 1CU2A 2QARC 1C64A 215LA 169LA 1C6TA 2Z6BA 1C6DA 1OV7A 1L69A 1L84A 4DJHA 1QTCA 1NHBA 1L34A 178LA 159LA 186LA 1G06A 4LDEA 4ARJA 1L30A 3HUQA 1OYUA 1SSYA 3HUAA 126LA 1T8AA 237LA 1L26A 2RBNA 1LYHA 2OTZX 1G1VA 1C6KA 1L27A 2RBSA 3UONA 4AQNA 1QS5A 1TLAA 1CU6A 1P3NA 156LA 2B75A 4ARMB 4EPIA 200LA 164LA 1C6IA 3DNAA 182LA 3RUNA 3NY9A 1L07A 1L16A 1LYGA 1L66A 148LE 111LA 2QB0B 3C8QA 221LA 1C61A 1L15A 1L36A 1OWYA 4ARQB 3C80A 1P36A 252LA 1L40A 1L91A 1L37A 243LA 1PQMA 1KW7A 1DYFA 1L18A 1OVKA 254LA 2OU9A 4I7SA 5LZMA 3F8VA 184LA 212LA 2NTHA 1CX6A 1C6CA 1LGUA 2RBRA 1CV6A 1LLHA 2OTYX 152LA 1L0KA 1DYBA 1L47A 247LA 119LA 2IGCA 103LA 1CV5A 2O79A 3C7YA 3DN0A 1ZURA 213LA 1C60A 1L80A 1D2YA 1KY0A 1C6QA 1T6HA 1L39A 1L75A 3DN2A 1QTVA 162LA 4K5YA 1L63A 3OE6A 1L49A 1PQDA 2RB2X 3DN6A 1C6GA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L0JA 2HEBA 1HC0A 2OE7X 2A4TA 3G3BB 4B4EA 1JSEA 3WW5A 1GE1A 1L64A 3W6DA 4W57A 5JENB 1BHZA 1HF4A 4CFOA 1D3NA 5LA5A 1D0KA 3SBAA 3P65A 1HERA 5F9XA 3SB7A 1NQIA 2HTXA 1WQNA 5DN4A 4N0JA 1L89A 5LYTA 4KXIA 244LA 229LA 1JITA 1LYJA 4DD0A 4NFVA 4NGIA 1MLCE 5E9RA 230LA 2DQEY 3WH1A 1BVXA 1WTHA 4KL7A 5KKIA 4WM6A 1C69A 1G0LA 4UWUA 258LA 3DMVA 3GUNA 2MEGA 2MEIA 2YBMA 1REXA 2DQGY 1L31A 2H9KA 1GB6A 4G9SA 4EXMA 1XGRC 1OUIA 1IOQA 1AT6A 142LA 1YKYX 2IHLA 1L85A 3TMXA 3G3AB 1IP6A 4I7PA 5DM9A 198LA 2W1MA 1XEJA 1L29A 195LA 3HUKA 1B6IA 1YROA 3HH3A 205LA 1YANA 1YAMA 1DI3A 1LYOA 1L67A 3A95A 187LA 1LYYA 4PJZA 1L56A 158LA 4GCDA 4NGYA 4B1AA 3TXFA 1L17A 5KXOA 1L60A 4WM3A 6LZMA 5II3A 1XEIA 1L99A 3LZTA 1LZNA 2RB0X 1J1PY 2B6YA 2W1LA 1C6MA 122LA 4X3BA 1JPOA 1ZWNA 163LA 1GFGA 1L65A 4H9AA 3SP3A 3V2WA 2MECA 3B0KA 4NHQA 4Z46A 1LYEA 4OO9A 4LDLA 160LA 1LZDA 1LGXA 5IHGA 1W6ZA 1JEFA 1GB9A 112LA 1XJUA 5B1GA 4YOPA 1L20A 2ZQ3A 2FBBA 4DYGA 1RJCB 5C6IA 2DBTA 1MELL 118LA 3P4ZA 1LI6A 1TAYA 1XSFA 161LA 2OEAX 3GUJA 4I7OA 1HELA 2HUMA 1SWYA 3WUMA 4NIJA 4WO9A 1SX2A 1L06A 214LA 4W59A 1D6QA 1W08A 2X0AA 3SB9A 1LZ4A 1GB8A 1KIPC 1VDQA 1QT4A 4GRVA 1UIGA 1VAUA 1KIRC 260LA 2DQDY 3A6CY 1L24A 1G0PA 4W94A 211LA 234LA 2L78A 4LYBA 1C6HA 3NYAA 4WL7A 1QT6A 3AZ5A 3HWLA 227LA 5KXMA 4RW1A 1QT3A 2VB1A 220LA 1L48A 1CKDA 4YXAC 1T6VL 1VEDA 4HTKA 1XGUC 1IR7A 1JSFA 1CUPA 197LA 1GB3A 4XJHA 1CX7A 2DQFC 5B1FA 1FLQA 3HT6A 4W56A 241LA 3A6BY 4DC4A 1L90A 3TXHA 5L9JA 1OUAA 1IOTA 4XENA 1LJHA 5KXLA 3DMZA 1RCMA 4H8XA 2G4QA 1L81A 3QY4A 4II8A 1KS3A 255LA 1DKKA 3EXDA 1CU3A 1UCOA 1CKHA 2CJLA 1OVJA 223LA 2F2NA 5I53A 4N1CC 114LA 1QUHA 3A96A 3WXUA 1OUGA 4XJDA 5I4YA 1HEQA 1LHMA 174LA 239LA 1QSQA 4G4BA 154LA 113LA 2HUKA 2HEAA 1G7HC 1LI3A 2H5ZA 1JHLA 2HEEA 1OUDA 2N5ZA 5LYMA 1CV3A 4NWEA 5F81A 1BVKC 1LJ4A 1E8LA 4NGLA 3DN8A 1IWYA 1CV1A 1C7PA 1LHKA 4Z3MA 191LA 2RH1A 1D3FA 2HEFA 1LHJA 4HPEA 3WVYA 2BQAA 3AZ7A 217LA 1J1XY 2F30A 1PQOA 1IWTA 1EQ4A 3F9LA 1B2KA 1L72A 3LYZA 4NGVA 1XEPA 3FI5A 1LMOA 190LA 1L11A 1C64A 1IP7A 5APEA 4DD1A 1BB5A 1OV7A 1NMMA 178LA 4LDEA 3KAMA 2YDGA 1CKCA 3TXKA 1XGPC 1L26A 2A7DA 4P2EA 1HEWA 2BQKA 2OTZX 2D6BA 1L27A 1WQRA 1TLAA 4RDSA 1CU6A 2B75A 3M3UA 4LFPA 164LA 1LPIA 1L07A 4PHIA 2QB0B 1FLWA 1UIDA 3C80A 1P36A 4ETCA 1L40A 1L91A 1L37A 1IP2A 1ALCA 1DYFA 4TSCA 2OU9A 4I7SA 1F0WA 5LZMA 1F6SA 2BQIA 4M4OA 5A3EA 5F16A 1LLHA 2YBHA 1LSEA 4I0CA 7LYZA 1LJNA 2BQOA 1T6HA 1L39A 4CHXA 1QTVA 1GB5A 4WM2A 1BB4A 5K7OA 3OE6A 4ETAA 4LZTA 2XBRA 2RB2X 1JTOL 1UICA 4GCBA 2D4KA 246LA 4GN4A 1LYIA 1GBXA 1UIFA 1NDMC 2D4JA 1L86A 4YEOA 5IDDA 1HFYA 2BQGA 1IY4A 1B5ZA 3TXGA 1LSNA 4RLNA 257LA 2D91A 3IJUA 4QEQA 2F47A 132LA 1HFZA 1G0MA 194LA 1D9WA 2YBLA 1G0JA 1FDLY 3HTFA 4WM4A 4HPIA 166LA 3LN2A 127LA 3GUPA 1IP3A 1I20A 1UA6Y 3IWRA 4H90A 1GFKA 2RB1X 4DWXA 4NGKA 3HTDA 3CSQA 1LZ5A 3N9EA 1LSFA 2DQJY 2B6TA 3A67Y 128LA 3M18B 4BS7A 1LJKA 140LA 3J4GA 3SN6R 4H94A 135LA 4EKRA 2LYZA 3HT7A 3TXBA 1DI4A 4CJ2A 4WM1A 3HFMY 1LI2A 1LSMA 4TWSA 3P66A 2FYCA 251LA 1D2WA 1GEVA 1JKAA 1LJIA 3PBLA 2ZQ4A 2Z19A 1IORA 1BB6A 150LA 1QDTA 1OUBA 4NHSA 3AW6A 1XJTA 3A90A 3W6CA 3ULRA 3SB8A 1GDWA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1L0J A;  2HEB A;  1HC0 A;  2OE7 X;  2A4T A;  3G3B B;  4B4E A;  1JSE A;  3WW5 A;  1GE1 A;  1L64 A;  3W6D A;  4W57 A;  5JEN B;  1BHZ A;  1HF4 A;  4CFO A;  1D3N A;  5LA5 A;  1D0K A;  3SBA A;  3P65 A;  1HER A;  5F9X A;  3SB7 A;  1NQI A;  2HTX A;  1WQN A;  5DN4 A;  4N0J A;  1L89 A;  5LYT A;  4KXI A;  244L A;  229L A;  1JIT A;  1LYJ A;  4DD0 A;  4NFV A;  4NGI A;  1MLC E;  5E9R A;  230L A;  2DQE Y;  3WH1 A;  1BVX A;  1WTH A;  4KL7 A;  5KKI A;  4WM6 A;  1C69 A;  1G0L A;  4UWU A;  258L A;  3DMV A;  3GUN A;  2MEG A;  2MEI A;  2YBM A;  1REX A;  2DQG Y;  1L31 A;  2H9K A;  1GB6 A;  4G9S A;  4EXM A;  1XGR C;  1OUI A;  1IOQ A;  1AT6 A;  142L A;  1YKY X;  2IHL A;  1L85 A;  3TMX A;  3G3A B;  1IP6 A;  4I7P A;  5DM9 A;  198L A;  2W1M A;  1XEJ A;  1L29 A;  195L A;  3HUK A;  1B6I A;  1YRO A;  3HH3 A;  205L A;  1YAN A;  1YAM A;  1DI3 A;  1LYO A;  1L67 A;  3A95 A;  187L A;  1LYY A;  4PJZ A;  1L56 A;  158L A;  4GCD A;  4NGY A;  4B1A A;  3TXF A;  1L17 A;  5KXO A;  1L60 A;  4WM3 A;  6LZM A;  5II3 A;  1XEI A;  1L99 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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