1G0JA

Crystal structure of t4 lysozyme mutant t152s
Total Genus 63
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
63
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITSFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords PROTEIN (LYSOZYME)
publication title Structural and thermodynamic analysis of the binding of solvent at internal sites in T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 63
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2000-10-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1g0jA00
1LYIA 4I7OA 1L10A 1WTHA 262LA 3D4SA 1QT3A 1OV7A 2B6WA 2NTHA 3G3XA 1C6MA 213LA 4DKLA 177LA 1DYDA 1KW7A 102LA 1G06A 1K28A 1T8GA 3DN0A 198LA 252LA 3HH4A 2O7AA 1CTWA 1L85A 1C67A 211LA 3F9LA 3FI5A 3V2WA 4W55A 2Q9DA 196LA 1CV5A 4I7JA 1D2WA 3C8QA 1B6IA 261LA 1T97A 191LA 119LA 4PK0A 2RBPA 1P37A 3NYAA 244LA 235LA 3DN3A 4W51A 1XEPA 4GBRB 1D3NA 1QSQA 1L08A 216LA 1LI2A 1L95A 223LA 1OV5A 242LA 4EKPA 1C6LA 1L61A 2B6ZA 2B6YA 1L73A 3CDOA 110LA 1P64A 2L78A 4AQNA 239LA 1QSBA 1L74A 4LDOA 163LA 108LA 1LWKA 3GUMA 2OU8A 4OO9A 3SN6R 4LZMA 1L83A 3GUJA 1QTHA 1JTMA 1C6TA 3C81A 1L87A 1OWYA 1LYDA 3HU8A 2B6XA 1CX7A 1CX6A 1L59A 155LA 218LA 148LE 1L25A 4ZPUA 3RUNA 4GRVA 1C61A 1QTZA 1L58A 1TLAA 1KW5A 1QT6A 1L62A 169LA 221LA 3DN4A 224LA 2Q9EA 1L55A 175LA 4W52A 1QUOA 3G3VA 2LCBA 165LA 3OE0A 1CV4A 129LA 1L71A 2RB1X 1LPYA 1L65A 1L50A 1CU5A 1ZYTA 1L39A 186LA 4EXMA 1CUQA 185LA 1CUPA 3QAKA 168LA 1CVKA 1LI6A 1L31A 1LYGA 1QT5A 254LA 3GUKA 1QUDA 2O4WA 1QTDA 144LA 226LA 1L90A 260LA 1G0KA 1G07A 1PQJA 1L15A 1C64A 3HTDA 1T6HA 3C80A 247LA 3C8RA 1L57A 220LA 189LA 1QTBA 4S0WA 1C62A 1C68A 1C6EA 1L45A 137LA 1OVJA 1L69A 1L19A 3NY8A 237LA 3RZEA 1G0QA 3PBLA 1XJUA 109LA 1L09A 1LYHA 1L36A 1L56A 5I14A 2A4TA 231LA 1L18A 1P2LA 1KY0A 188LA 2OTYX 1PQOA 3DKEX 1QT8A 225LA 1DYGA 1L76A 2QB0B 1C66A 2B72A 1QS5A 3C7YA 141LA 3ODUA 2CUUA 253LA 1JQUA 174LA 248LA 3SB8A 138LA 4ARQA 1L0KA 4ARLA 233LA 3SB5A 3L2XA 3HUKA 1C6GA 258LA 3CDTA 1PQMA 3HUQA 241LA 1P46A 1ZWNA 1C69A 171LA 1L05A 2RBQA 251LA 1PQIA 1QT4A 249LA 4W58A 4EKRA 1SWZA 122LA 1L16A 151LA 1JTNA 229LA 1CU0A 3GUIA 4EKQA 1QT7A 2IGCA 1L29A 197LA 2OE9X 1L47A 118LA 3DNAA 1OVKA 1QTCA 2B74A 4LDEA 1LW9A 222LA 1KNIA 2OTZX 156LA 1L84A 1PQKA 1QTVA 140LA 1L94A 2HUKA 1NHBA 1C6AA 4I7MA 1L02A 1G0LA 3OE9A 1L12A 4ARQB 3FA0A 143LA 1L22A 2OE4X 164LA 160LA 1QUHA 3C8SA 1L23A 2B6TA 1L06A 3OE6A 3SB7A 130LA 1KY1A 1P3NA 2B7XA 2OU9A 3GULA 3DN8A 1C6JA 205LA 212LA 4I7QA 3HDFA 167LA 2ANXA 131LA 142LA 4E97A 4ARMA 227LA 4I7LA 4EPFA 1D3JA 209LA 1G0MA 107LA 1L82A 1CV1A 3L64A 256LA 1KS3A 1P5CA 1L38A 1L20A 1G1WA 1LYJA 1L04A 1SSWA 4W54A 1SWYA 243LA 3JR6A 4YXAC 1LWGA 146LA 1L72A 3DMZA 1SSYA 4K5YA 1CU3A 2F47A 126LA 1L92A 3HWLA 180LA 1L30A 1L77A 5LZMA 4W59A 123LA 1G0PA 238LA 1C60A 192LA 1P7SA 259LA 1C6PA 1OWZA 2Z6BA 1L32A 1OVHA 3HTBA 195LA 1L86A 1L93A 128LA 1PQDA 2ANVA 2NTGA 2RBOA 3CDQA 3C7WA 182LA 3GUPA 1L26A 1LGUA 159LA 228LA 2RB0X 166LA 1L24A 1CU6A 1D3MA 4ARMB 1EPYA 149LA 1C6CA 1L67A 111LA 3UONA 161LA 3GUOA 245LA 1L11A 3HT8A 1L0JA 246LA 2OU0X 145LA 3CDVA 103LA 1L46A 4I7SA 2LC9A 4I7PA 4YX7C 1L75A 1L53A 112LA 1LGXA 184LA 4I7KA 1CU2A 230LA 3DMXA 3DMVA 139LA 1L96A 4YXCA 1L54A 125LA 2B75A 3HH3A 1L37A 1LLHA 162LA 3HT7A 1DYBA 1I6SA 3PDSA 1LYEA 4LDLA 2B70A 4W56A 1C6QA 3CDRA 206LA 1L91A 1LI3A 232LA 1C6NA 158LA 1SX2A 176LA 1L44A 3HDEA 4EKSA 181LA 3GUNA 3FADA 172LA 1QUGA 199LA 1L98A 3K2RA 1L63A 1C6HA 4PJZA 3SBAA 1QS9A 4DAJA 1L17A 3SBBC 1L64A 1CV6A 1C6DA 1L80A 1L68A 6LZMA 1D3FA 3VW7A 1L03A 3C83A 3HTFA 236LA 219LA 1CV0A 3F8VA 214LA 1L27A 1L40A 1DYFA 3EMLA 114LA 4I7NA 1L34A 215LA 3DN1A 3DN6A 3HUAA 234LA 178LA 3HTGA 2O79A 1L48A 1C6BA 2RAYX 183LA 3NY9A 1L14A 1L41A 200LA 4W57A 2RBRA 1XJTA 1L66A 104LA 2F2QA 3OE8A 1D2YA 1LGWA 1L43A 4I7RA 1P36A 2OE7X 257LA 3HT9A 255LA 7LZMA 3C7ZA 4ARJA 2HUMA 173LA 1L99A 210LA 1L89A 170LA 1L00A 1C65A 1ZURA 217LA 1P6YA 113LA 2LZMA 1L51A 3C82A 152LA 157LA 1G0JA 1L42A 3HT6A 1L49A 3SB6A 4ARPA 1L01A 1DYCA 1CV3A 1C63A 1L60A 120LA 1SX7A 1L79A 1C6KA 4DJHA 3HU9A 3V2YA 2HULA 1L52A 1L21A 2RBNA 2RH1A 2RB2X 187LA 3DN2A 1T8AA 4EPIA 1D9WA 115LA 2RBSA 1G0GA 3HH6A 1P56A 1C6FA 150LA 1L70A 1L97A 2QARC 3G3WA 240LA 1L35A 1DYAA 1L88A 2RAZX 1DYEA 127LA 1LYFA 3LZMA 1T8FA 1P2RA 190LA 1L13A 3HH5A 4EJ4A 1G1VA 4I7TA 147LA 1L81A 2F32A 3SB9A 201LA 1L28A 250LA 1L33A 4IAPA 4W53A 1L07A 1OYUA 2B73A 2OEAX 1C6IA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LYIA 4I7OA 3LN2A 1TDYA 1QT3A 4B4IA 1F10A 4I0CA 1HSWA 1OUIA 3RNXA 4RW1A 252LA 2D4IA 4NHQA 3MGWA 1LSDA 2O7AA 3WU9A 5JENB 4W55A 2Q9DA 3C8QA 2EQLA 119LA 5FSTA 4DQ7A 1GAYA 4HTQA 4YEOA 5HQ1A 3DN3A 1XEPA 1D3NA 1L95A 1OV5A 1WTMA 4M6DA 3ZVQB 5D5FA 1XGRC 5DN5A 3AJNA 1WQOA 1L74A 3HBHA 4LDOA 1GB9A 4YOPA 2Z39A 5B07A 1JTMA 1LYDA 3J4GA 5IDDA 1CX6A 1L59A 1BVXA 1B7RA 3ATNA 4I8SA 1C61A 5LA8A 4CFOA 2EIZC 1NBZC 3AYQA 3E3DA 2I26L 4W52A 1FLUA 1GB3A 1VDQA 1QUOA 2CJLA 3QNGA 165LA 1GDWA 3A3QA 1CV4A 1L50A 1ZYTA 2MEHA 1QQYA 4EXMA 1J1PY 3AZ4A 2F30A 1CUPA 1REYA 168LA 1GDXA 1LI6A 4LT0A 4N8ZA 3TMWA 1W6ZA 4M4OA 1JKBA 5HMVA 5C6IA 1JTTL 2DQJY 1CNSA 1REZA 1C62A 2A7DA 4EMNA 1L69A 1L19A 1I56A 3PBLA 4LFXA 1QDTA 1IR8A 1LYSA 2FYDA 5LAFA 231LA 4NSIA 4DQJA 1DYGA 3WU7A 2LZTA 3WVXA 2Z2FA 1LSAA 1JQUA 174LA 1TBYA 4ARQA 1GF9A 3EMSA 233LA 3SB5A 1YANA 4LYOA 1GHLA 4WMGA 1IY4A 2HTXA 1GB8A 4XJDA 6LYTA 3CQLA 251LA 1QT4A 249LA 4W58A 4EKRA 1GFUA 122LA 1L16A 2YSSC 3AGGG 151LA 1JTNA 4P2EA 1CU0A 1LHKA 1GPQC 2ZQ3A 3CSRA 197LA 1FKQA 3DNAA 4NWEA 3WL2A 2HEAA 1QTVA 3CT1A 1LZ5A 1FLQA 140LA 1LZTA 2HUKA 5E9RA 1L02A 1G0LA 1VDPA 3FI7A 4W96A 160LA 5B59A 1NF5A 3OE6A 1L06A 5FCPA 5HLLA 3SB7A 2B7XA 1KY1A 4E3UA 3DN8A 1RI8B 131LA 4ARMA 4CJ2A 3B0IA 4EPFA 1D3JA 1DI3A 1L82A 1GFRA 3L64A 256LA 1MELL 1YILA 5KXNA 1G7IC 4XJHA 5LYZA 1LJKA 5LZMA 1QDRA 2W1MA 1G0PA 1C60A 1P7SA 1UACY 259LA 1P2CC 4IASA 3HFMY 3CDQA 1PQDA 5J7CA 1XGTC 1NKHA 1LGUA 1GBZA 4WG7A 1C6CA 111LA 3UONA 161LA 1B2KA 1GEVA 5I4WA 246LA 3SP3A 1B7NA 1GF5A 4LT3A 103LA 1B7OA 1D9UA 4H9IA 2YDGA 4I7SA 5DM9A 5HMJA 1VAUA 1CKCA 230LA 3DMXA 1OUAA 2BQEA 1V7SA 1HFZA 207LA 1UUZC 4YEMA 4KT3A 1LLHA 1GF3A 3A95A 5LAGA 4XJBA 162LA 1B5WA 3HT7A 4OW1A 2A7FA 5IELA 4LDLA 4ETBA 4W56A 3N9EA 1LI3A 4HTKA 232LA 158LA 4DC4A 3LYZA 4H9EA 5DLAA 2YBNA 1OUEA 3FADA 4XJFA 1VEDA 1QUGA 1FBIX 1L98A 4PJZA 3SBAA 3TXDA 1B9OA 1HF4A 1JTOL 4DDAA 1C6DA 2BLXA 1WQMA 1HELA 4XYYA 1D3FA 1N4FA 4WLTA 4LZTA 1CKGA 1L27A 114LA 1A4VA 1L34A 208LA 215LA 2EPEA 3DN6A 4WL6A 4WO6A 1L48A 7LYZA 1WQPA 1L14A 1XEJA 1GFTA 1EQEA 1L66A 2F2QA 2DQAA 3OE8A 9LYZA 1D2YA 1IOSA 3HT9A 2OE7X 257LA 4DD2A 2HUMA 4A7DA 4KL7A 1L99A 1LJJA 3AB6A 170LA 1YROA 3RZ4A 3P65A 1CJ9A 4PJ2C 152LA 4DT3A 3CSQA 3K3TA 1DPWA 3LZTA 4HJZA 1CV3A 4LYMA 4DJHA 4H93A 193LA 4OOOA 4NHTA 4KXIA 2G4NA 1XSFA 1GXXA 4TUNA 187LA 4R0FA 1D9WA 132LA 3TXHA 4G4BA 3HH6A 1OP9B 1ZMYL 2QARC 3G3WA 2GV0A 2ZQ4A 1L88A 3LZMA 4WM3A 1LYFA 1JISA 3BKHA 4GCBA 1GFHA 1EL1A 1UIGA 1L13A 3HH5A 4QGZA 1CKFA 1IWXA 5F16A 2NWDX 3AW6A 5LXWA 4H91A 201LA 2MEGA 1L28A 4ANRA 1B5VA 4GCCA 1C6IA 1L10A 1WTHA 262LA 1OV7A 1WVUA 1G7JC 3G3XA 4DKLA 1C6MA 5KXWA 3A96A 1DYDA 2YBLA 1T8GA 4HPIA 4OWBA 5I5QA 1CTWA 3WXTA 1C67A 3FI5A 2YBJA 1IWUA 1ZV5L 1CV5A 1D2WA 261LA 1DI4A 1T97A 191LA 1RFPA 4PK0A 1LHMA 2DQFC 4DYGA 1IO5A 4GN4A 244LA 1GB0A 4WG1A 1HFXA 1QSQA 1LI2A 1NQIA 223LA 4CHXA 1L61A 1LZCA 4NG1A 4B49A 2B6YA 1QSBA 1UIAA 1IWWA 1LWKA 5KXZA 3GUMA 4OO9A 2FBDA 1GXV2 3B6LA 5LYTA 1C6TA 1L87A 3HU8A 1CX7A 1FKVA 1LMAA 3A91A 148LE 3RUNA 4XADA 4GRVA 4DD0A 1QTZA 1L58A 1WVVA 1TLAA 1KW5A 1QT6A 1GFAA 1HHLA 2X0AA 1GD6A 1FLWA 1UIDA 4NG8A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1LYI A;  4I7O A;  3LN2 A;  1TDY A;  1QT3 A;  4B4I A;  1F10 A;  4I0C A;  1HSW A;  1OUI A;  3RNX A;  4RW1 A;  252L A;  2D4I A;  4NHQ A;  3MGW A;  1LSD A;  2O7A A;  3WU9 A;  5JEN B;  4W55 A;  2Q9D A;  3C8Q A;  2EQL A;  119L A;  5FST A;  4DQ7 A;  1GAY A;  4HTQ A;  4YEO A;  5HQ1 A;  3DN3 A;  1XEP A;  1D3N A;  1L95 A;  1OV5 A;  1WTM A;  4M6D A;  3ZVQ B;  5D5F A;  1XGR C;  5DN5 A;  3AJN A;  1WQO A;  1L74 A;  3HBH A;  4LDO A;  1GB9 A;  4YOP A;  2Z39 A;  5B07 A;  1JTM A;  1LYD A;  3J4G A;  5IDD A;  1CX6 A;  1L59 A;  1BVX A;  1B7R A;  3ATN A;  4I8S A;  1C61 A;  5LA8 A;  4CFO A;  2EIZ C;  1NBZ C;  3AYQ A;  3E3D A;  2I26 L;  4W52 A;  1FLU A;  1GB3 A;  1VDQ A;  1QUO A;  2CJL A;  3QNG A;  165L A;  1GDW A;  3A3Q A;  1CV4 A;  1L50 A;  1ZYT A;  2MEH A;  1QQY A;  4EXM A;  1J1P Y;  3AZ4 A;  2F30 A;  1CUP A;  1REY A;  168L A;  1GDX A;  1LI6 A;  4LT0 A;  4N8Z A;  3TMW A;  1W6Z A;  4M4O A;  1JKB A;  5HMV A;  5C6I A;  1JTT L;  2DQJ Y;  1CNS A;  1REZ A;  1C62 A;  2A7D A;  4EMN A;  1L69 A;  1L19 A;  1I56 A;  3PBL A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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