1LI2A

T4 lysozyme mutant l99a/m102q bound by phenol
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINQVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title A Model Binding Site for Testing Scoring Functions in Molecular Docking
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2002-04-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1li2A00
1L23A 1L53A 1C6TA 234LA 1L73A 1CU6A 1L56A 3DN4A 1P56A 1LYJA 1CV6A 1L35A 1C66A 1SWZA 1L05A 2RBNA 1G0GA 248LA 3RZEA 139LA 119LA 3HH5A 2OTYX 1L88A 140LA 2OE4X 222LA 1D3FA 3OE8A 240LA 108LA 1L40A 3GUKA 3HUAA 1L36A 226LA 2RBOA 1QT5A 2RBSA 165LA 1C60A 1C6QA 3C8RA 3C81A 1C6CA 1QS5A 158LA 1C6MA 1SSWA 151LA 209LA 1L18A 3NY8A 4I7SA 243LA 114LA 1L92A 3F9LA 2NTGA 1L14A 3PDSA 239LA 4DAJA 113LA 5LZMA 1L74A 1L69A 1L99A 1SSYA 109LA 1L12A 1QT7A 115LA 1C63A 2QARC 212LA 141LA 1L77A 4LDLA 142LA 1KNIA 214LA 221LA 3HTGA 2O79A 1T97A 4ZPUA 2OU9A 1C6KA 1G1WA 1DYEA 4GBRB 1QT3A 3DN8A 1L06A 1LGXA 218LA 3GUNA 104LA 3GUMA 2O7AA 156LA 2B73A 3DMZA 3G3VA 252LA 3HTBA 1DYBA 129LA 4EJ4A 1QSBA 1OVJA 1L15A 1L85A 4DJHA 1G0JA 2B70A 2OTZX 148LE 1L03A 1L45A 171LA 1L61A 1P6YA 1D9WA 2B6XA 1QUOA 1QT6A 1CV3A 4W55A 1CV5A 1P37A 1CVKA 110LA 1L41A 4I7PA 178LA 215LA 3HT7A 2Q9EA 1C6JA 1L68A 233LA 3NY9A 4AQNA 1C6PA 1CTWA 138LA 1QTHA 4OO9A 2RB0X 2OU0X 6LZMA 1C62A 247LA 1CUQA 1CU5A 1DYCA 205LA 3HT9A 206LA 3SB9A 1L17A 180LA 2F32A 1L71A 1L51A 1PQIA 1L75A 3OE6A 1QTBA 2QB0B 4ARLA 2A4TA 4EPIA 1C6DA 253LA 3G3WA 1LYEA 3CDQA 1QT8A 157LA 1LLHA 2F47A 3CDTA 167LA 1D3MA 3CDVA 1QSQA 244LA 3HDFA 1KY0A 1L66A 2LZMA 3GUPA 3SBBC 210LA 3HT8A 1CV4A 1L48A 1PQMA 1C6FA 1EPYA 2B6YA 3CDRA 2CUUA 1LWGA 3FADA 163LA 1C67A 2B6WA 2RB2X 245LA 1P3NA 4I7OA 1QS9A 1TLAA 150LA 1PQDA 1OV7A 1QT4A 1OVHA 1DYGA 1C6LA 1JTNA 230LA 197LA 4ARJA 176LA 1L10A 147LA 1PQKA 1T8AA 160LA 189LA 1L07A 4PJZA 1QTZA 1XJUA 3SB8A 1L91A 235LA 4W51A 3QAKA 186LA 2LCBA 3C7ZA 4ARQA 3DNAA 3V2YA 155LA 1G07A 2L78A 3FI5A 4W58A 3SB7A 1OWYA 1D2WA 2RAYX 1L38A 146LA 1L26A 1LPYA 3C82A 3DMXA 1G0PA 159LA 1G0QA 1L70A 261LA 3FA0A 4I7NA 1L76A 1P64A 1C6GA 1L97A 1OYUA 4I7LA 3C8SA 1L33A 1LYHA 1WTHA 4W57A 2RAZX 184LA 145LA 1T8GA 3OE9A 1C68A 1L34A 260LA 1QTVA 1L67A 1OWZA 1NHBA 122LA 1I6SA 1L82A 223LA 5I14A 2B72A 103LA 259LA 3L64A 1C65A 246LA 4ARQB 125LA 3SB5A 1DYDA 1L54A 4YX7C 1L96A 123LA 7LZMA 1L86A 1XEPA 1C6NA 169LA 1D2YA 1L0KA 1CX7A 185LA 4EPFA 102LA 1P7SA 2OE7X 1L29A 1L39A 3HTDA 1G1VA 1C6AA 1C6HA 3F8VA 1L64A 236LA 1LYDA 1L04A 2IGCA 3HT6A 1JTMA 225LA 4I7JA 1CU2A 2B6TA 3HWLA 3HH3A 200LA 3HH4A 131LA 213LA 1L63A 1L94A 257LA 2B7XA 1L84A 3DMVA 195LA 1SWYA 3EMLA 1T8FA 1P46A 1L43A 1LGUA 1L50A 1DYAA 1L30A 1L08A 4IAPA 1L95A 3DKEX 4W56A 1L20A 3VW7A 4YXCA 3OE0A 120LA 1L11A 1KY1A 1L09A 4EKRA 149LA 1D3NA 181LA 4LZMA 1L79A 112LA 250LA 3C80A 168LA 1L89A 4EKQA 4LDEA 1LYGA 182LA 1L19A 3GUJA 1ZURA 4E97A 3C7WA 4I7QA 2RBRA 1CX6A 4W52A 3SN6R 1L52A 4DKLA 1L46A 3V2WA 3DN6A 262LA 172LA 1L55A 4I7RA 3PBLA 1L24A 3LZMA 1OV5A 1L13A 1OVKA 1PQJA 2F2QA 1QUHA 1G0KA 241LA 1LI3A 2RBQA 1L37A 3GUOA 4W59A 1ZWNA 1L00A 1K28A 1L27A 227LA 1PQOA 254LA 1QUGA 4EKPA 3D4SA 1C64A 256LA 2Z6BA 3GULA 1L47A 191LA 1KW5A 1XJTA 173LA 2B6ZA 251LA 2OE9X 118LA 3K2RA 237LA 1LI6A 1L83A 1G06A 3NYAA 166LA 3G3XA 238LA 1L22A 2HULA 1ZYTA 4YXAC 3C83A 4ARMA 2Q9DA 162LA 1SX7A 2OU8A 1L90A 164LA 232LA 1C6BA 3DN1A 3UONA 2HUMA 4I7KA 1L31A 161LA 4EXMA 4LDOA 1C61A 170LA 1L87A 1SX2A 188LA 1QTCA 4ARPA 1L93A 192LA 174LA 1CU0A 111LA 1L25A 2B74A 183LA 4I7MA 201LA 211LA 3HU8A 4S0WA 199LA 128LA 1G0MA 1LWKA 2OEAX 2RB1X 1L02A 219LA 229LA 1L01A 152LA 3HDEA 3HTFA 3DN0A 2NTHA 187LA 1P2LA 224LA 220LA 1LYIA 1L80A 198LA 4EKSA 1L0JA 4ARMB 3HU9A 1CUPA 249LA 4W53A 1LGWA 1L44A 2RBPA 143LA 1T6HA 3L2XA 1C6IA 3SBAA 190LA 1G0LA 1L81A 3SB6A 1DYFA 3HH6A 107LA 1L62A 1C6EA 2LC9A 1L72A 3JR6A 258LA 1L16A 1KS3A 1L32A 1QUDA 1L60A 1L98A 1L59A 3HUQA 231LA 1CV1A 1D3JA 1LI2A 4PK0A 1P5CA 177LA 3ODUA 1B6IA 216LA 137LA 2RH1A 1LYFA 196LA 3DN3A 144LA 3CDOA 1L42A 3C7YA 3GUIA 1KW7A 242LA 4I7TA 1L28A 2O4WA 3HUKA 228LA 2HUKA 1C69A 1P36A 1P2RA 1CU3A 4W54A 1CV0A 1LW9A 1L58A 1QTDA 3DN2A 1L57A 217LA 130LA 4K5YA 1JQUA 1L21A 3RUNA 127LA 1L65A 3C8QA 126LA 2B75A 2ANVA 2ANXA 175LA 255LA 4GRVA 1L49A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
234LA 1JUGA 3RT5X 1L35A 1C66A 1L05A 2F4GA 5J7CA 1B5ZA 1IY3A 4U3XB 1LYYA 3OE8A 4FJRA 2D91A 240LA 108LA 3LZTA 1LMOA 4WLDA 4G4HA 1WQOA 1L36A 2RBOA 3EBAB 4HTKA 3C8RA 3C81A 4WOAA 151LA 209LA 1C08C 2F2NA 1L18A 4I7SA 114LA 3F9LA 3IJUA 3PDSA 2LYOA 5M1YA 1IWXA 2IHLA 1GF5A 1L74A 1DI5A 3P66A 2MEGA 1SSYA 109LA 1L12A 1SLYA 1KIPC 3B0IA 3F6ZA 5B07A 1V7SA 141LA 5I54A 142LA 1LYOA 2C8OA 2O79A 2OU9A 1LKSA 1DYEA 1QT3A 1IWTA 1IVMA 218LA 104LA 3WW6A 156LA 2B73A 1B5XA 4AXTA 3HTBA 2D4IA 4NGWA 3HBDA 4NSGA 3TXJA 4EJ4A 1L85A 4DJHA 4H9FA 2BQEA 4LFPA 3A6BY 3RU5A 4LZTA 6LYZA 1DZBX 1P6YA 1QT6A 4RLNA 4W55A 3FI7A 2DQGY 1P37A 4BAFA 5AMYA 4ZFPA 2Q9EA 1B5UA 1C6JA 1L68A 233LA 1HC0A 1BHZA 1YIKA 1G7HC 1C6PA 1CTWA 1QTHA 1HENA 3GXKA 5A3ZA 5B1GA 5F14A 6LZMA 5LVJA 1MLCE 3QNGA 1DPXA 2W1YA 3HT9A 4TTDA 2F32A 1IOSA 1L71A 2QB0B 1GDWA 3AZ5A 253LA 3G3WA 5T3FA 1QT8A 4OOTA 4NSHA 1ZVHL 3AGGG 2MEIA 3CDTA 3WMKA 4OW1A 4KPMA 3HDFA 1IIZA 3CT1A 2EPEA 1L48A 1C6FA 1EPYA 4G9SA 1OUGA 3LYZA 2MEDA 1C67A 2B6WA 5KXYA 2YBHA 245LA 1TLAA 1IP2A 4KXIA 1DYGA 1H6MA 3LN2A 230LA 197LA 2VB1A 1L10A 5HNCA 4GCCA 3W6AA 4R6CA 160LA 1LZ6A 1OUHA 1QTZA 1BQLY 1REMA 3SB8A 5KKIA 1L91A 4ETBA 3C7ZA 4HTNA 3DNAA 3V2YA 4DYGA 3FI5A 3SB7A 2BQJA 4RW1A 1HSXA 2RAYX 1LPYA 1G0PA 1IWVA 1P64A 3P68A 1L97A 2ZIKA 3C8SA 3N9CA 1G7IC 4XJIA 1HF4A 4W57A 1F0WA 3T6UA 2RAZX 1FLYA 1IP6A 3OE9A 1QTVA 2DBTA 103LA 259LA 1XGRC 3L64A 1J1OY 1LJKA 3IWRA 3IJVA 4YX7C 123LA 1B7SA 4HP0A 1JTPL 1BWJA 4XJBA 102LA 4HSFA 1LJEA 3HTDA 1G1VA 1C6AA 3WUAA 3F8VA 1L64A 2LHMA 1L04A 2IGCA 4B1AA 2C8PA 5FSTA 1GE4A 1GDXA 3HH3A 4OWCA 3HH4A 1FLUA 2GV0A 2B7XA 2YBLA 3DMVA 5LA8A 195LA 1SWYA 1L43A 5B59A 4IAPA 1L95A 1GFTA 4B4IA 3OE0A 4LT0A 4BS7A 1QTEA 1LZNA 4NHTA 1KY1A 1N4FA 4DT3A 4NGKA 1B7LA 3ZEKA 2YBIA 1JTTL 1LYGA 2BQCA 5KKJA 3J6KA 1L52A 4HV2A 4RW2A 1L46A 3V2WA 4ETAA 172LA 1LMQA 3PBLA 4YM8A 3ULRA 1L13A 4NGJA 1OUDA 1GFGA 5LVKA 3T36A 1GEZA 1G0KA 4YENA 2BQHA 4H93A 2B5ZA 1GB7A 1ZWNA 3W6CA 4HJZA 254LA 4GCEA 4EKPA 1IC5Y 1REYA 1EQEA 1L47A 2Z6BA 1KW5A 1PS5A 1ZVYB 4WL7A 1REZA 154LA 1LI6A 2YBJA 2ZWBA 3NYAA 3G3XA 1L22A 2W1XA 3CB7A 2HULA 1IP5A 1EL1A 162LA 4NSJA 1FKQA 4LT1A 1LZ8A 4J7VA 5APEA 2ZILA 1LJJA 161LA 4EXMA 1C61A 2Q0MX 4IJ4A 4OOOA 7LYZA 1GD6A 1L93A 3A34A 4NWEA 3TXDA 183LA 1T3PA 1HEQA 1QIOA 4HJYA 2RB1X 3WYHA 4WG1A 219LA 1L01A 2BQNA 3DN0A 1BB7A 2H9JA 3A3QA 1GF4A 1LHHA 1L80A 198LA 4Z46A 4TX7A 1LMCA 4ETCA 5C6JA 2RBPA 1C6IA 1GF8A 1G0LA 2HECA 1C43A 4LYTA 107LA 4EOFA 1LZDA 2LC9A 3A95A 1BWHA 1L16A 1KS3A 4WLYA 1F6SA 1Z55A 1D0KA 2LYMA 3P64A 3EMSA 4PK0A 3AW6A 1B6IA 3W6BA 1HERA 137LA 3MGWA 4EMNA 1LYFA 196LA 3CDOA 4DD7A 4TUNA 1L42A 4E3UA 3N9AA 4NHSA 3RZ4A 3ATNA 4NHPA 4NG1A 1LJ4A 1HHLA 1GF0A 3A93A 4LT2A 1F10A 1JSFA 228LA 1GE3A 1C69A 2MEEA 3CT0A 1CU3A 1CV0A 1LW9A 1LSMA 1WQRA 4ANRA 4BAPA 5F81A 217LA 130LA 4K5YA 2MEHA 4I0CA 1IWUA 2RSCA 255LA 4GRVA 1C6TA 1TAYA 1P56A 4NWHA 1UICA 1G0GA 3RZEA 1I20A 1LZTA 4R0FA 4H9HA 1JKDA 2OE4X 222LA 1NBZC 2F30A 2DQFC 1L40A 3ATOA 3HUAA 1KIQC 4G49A 1LSDA 3WW5A 2G4PA 1GFAA 4GLVA 2NTGA 1L14A 1YAPA 4DAJA 113LA 2MEBA 2I25L 3OJPA 5KXKA 4OWBA 1L99A 1VFBC 1QQYA 4YF2A 3A96A 1QT7A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 234L A;  1JUG A;  3RT5 X;  1L35 A;  1C66 A;  1L05 A;  2F4G A;  5J7C A;  1B5Z A;  1IY3 A;  4U3X B;  1LYY A;  3OE8 A;  4FJR A;  2D91 A;  240L A;  108L A;  3LZT A;  1LMO A;  4WLD A;  4G4H A;  1WQO A;  1L36 A;  2RBO A;  3EBA B;  4HTK A;  3C8R A;  3C81 A;  4WOA A;  151L A;  209L A;  1C08 C;  2F2N A;  1L18 A;  4I7S A;  114L A;  3F9L A;  3IJU A;  3PDS A;  2LYO A;  5M1Y A;  1IWX A;  2IHL A;  1GF5 A;  1L74 A;  1DI5 A;  3P66 A;  2MEG A;  1SSY A;  109L A;  1L12 A;  1SLY A;  1KIP C;  3B0I A;  3F6Z A;  5B07 A;  1V7S A;  141L A;  5I54 A;  142L A;  1LYO A;  2C8O A;  2O79 A;  2OU9 A;  1LKS A;  1DYE A;  1QT3 A;  1IWT A;  1IVM A;  218L A;  104L A;  3WW6 A;  156L A;  2B73 A;  1B5X A;  4AXT A;  3HTB A;  2D4I A;  4NGW A;  3HBD A;  4NSG A;  3TXJ A;  4EJ4 A;  1L85 A;  4DJH A;  4H9F A;  2BQE A;  4LFP A;  3A6B Y;  3RU5 A;  4LZT A;  6LYZ A;  1DZB X;  1P6Y A;  1QT6 A;  4RLN A;  4W55 A;  3FI7 A;  2DQG Y;  1P37 A;  4BAF A;  5AMY A;  4ZFP A;  2Q9E A;  1B5U A;  1C6J A;  1L68 A;  233L A;  1HC0 A;  1BHZ A;  1YIK A;  1G7H C; 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