1LKSA

Hen egg white lysozyme nitrate
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME
publication title Structures of monoclinic lysozyme iodide at 1.6 A and of triclinic lysozyme nitrate at 1.1 A.
pubmed doi rcsb
total genus 50
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1997-10-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1lksA00
1CJ7A 5KXPA 1GF6A 1IWXA 4TWSA 1WQPA 2BQBA 1JITA 1GBWA 2MEGA 5APDA 5T3FA 4X3BA 4MCKA 1GF0A 3AZ4A 3AZ5A 3CSQA 4YENA 4U3XB 1LTMA 1B0DA 4RLNA 1YANA 3A8ZA 2ZYCA 3G3AB 1YAMA 4GCDA 1HEOA 1NMMA 3A90A 3E3DA 3A92A 3TXIA 3W6AA 4WLDA 1HEWA 5D5FA 4J1AA 1GF5A 5L9JA 1QSWA 1KIPC 1ZVHL 3CSRA 3ULRA 3EBAB 1UCOA 1LSMA 1B7PA 4NHIA 1GXXA 1JSFA 2B5ZA 1EQ4A 5FSTA 4CFPA 4LYBA 194LA 1AT6A 1GBSA 1XGRC 4NFVA 3TMXA 4OWCA 1HERA 4H9AA 2XTHA 4CGEA 1LSYA 2N5ZA 1LKRA 1LHMA 4P2EA 4D9ZA 1EQ5A 4TTDA 1BB7A 1IC5Y 4GN4A 2YBIA 4NHQA 1LAAA 1B9OA 1XGTC 2A7DA 2MEBA 4PHIA 4UWNA 1JPOA 4WM2A 2G4PA 3WL2A 4GCFA 4ETEA 4ZEEA 5C6JA 1OQMA 3N9CA 2LYZA 4RLMA 5KKIA 1YKYX 2MEDA 1D9UA 1LHIA 1FKQA 1F10A 3EO5A 4GLVA 1HSWA 3ZVQA 4HJVA 1GDWA 1REXA 2DBTA 3MGWA 1XEKA 1LZEA 1YKXX 4ZIXA 1A2YC 2MEIA 1DKKA 1KXYA 1H6MA 5KXSA 1IY4A 1I56A 4H91A 1JUGA 3LZ2A 4C3WA 4ETCA 2YDGA 3RU5A 4DD2A 4OWEA 1B7QA 1GD6A 1IO5A 4H1PA 1G7JC 4QEQA 1GFRA 2HEBA 2YBHA 1LSCA 4DD3A 5FDJA 5IELA 1E8LA 3RW8A 4BADA 2LYOA 2H5ZA 4OWBA 1TAYA 1JJ3A 1IWZA 1LZCA 3ATOA 1OUBA 3B6LA 3P65A 4FJRA 4BAPA 4CJ2A 5HMJA 4DD1A 2LYMA 2MECA 2Q0MX 3A94A 4AGAA 4G49A 3A67Y 7LYZA 4LYCA 4FDYA 1O23A 5F9UA 2XJWA 4HTQA 1JJ1A 1GXV2 4A7DA 3TXBA 1VDQA 1B5YA 2ZNWY 134LA 3W6CA 1LHJA 1J1XY 2DQAA 3GXRA 5FCPA 3W3EA 1IP3A 1GFEA 1LYSA 2EQLA 1RJCB 1OUEA 3WMKA 2LZTA 1NBZC 1YAOA 3B0KA 3GXKA 5KXTA 4LYTA 1DQJC 1D6PA 5DM9A 5LVKA 5LA8A 4HTKA 1C45A 5I4WA 2BAAA 1LJKA 1YILA 5FELA 1TCYA 2D4JA 1HEMA 1GPQC 1LMTA 5LXWA 2BQNA 1GE2A 5M1YA 1B5VA 1ZVYB 2DQFC 1GF8A 2PC2A 3IWRA 2C8OA 1RCMA 1LJ4A 2F4AA 4NSIA 4YM8A 1HEQA 1WQOA 2X0AA 3CB7A 4LFPA 4DDAA 4W96A 3WW6A 1G7IC 2YBNA 1YROA 4WLXA 1TEWA 4WM4A 4HPEA 3ATNA 1JTOL 1MLCE 4M4OA 1EL1A 4NGVA 4ANRA 4ETAA 4DD7A 3BKVA 1VFBC 3LHMA 2W1LA 1C43A 5B1FA 1VDSA 3OK0A 1DXJA 1PS5A 1GEZA 1A4VA 1LJNA 1LZBA 1IR8A 1XGQC 2AUBA 4GN5C 1UICA 1LMOA 2ZIKA 1LZAA 4W94A 1LZ4A 2DQGY 1WQRA 2LZ2A 2D4KA 3K3TA 2BQLA 4OWHA 1UBZA 2I6ZA 5LVHA 2XBRA 1NHEA 4R0FA 1REMA 1GFHA 1G7MC 1LZNA 3P64A 3WULA 5KXZA 5B59A 1CNSA 1XEIA 1GF4A 1IWVA 9LYZA 1J1PY 2BQAA 4LFXA 1LSEA 5JENB 3W6EA 133LA 2HU3A 3J4GA 1YAPA 1MELL 5ILCA 3HBDA 1GFVA 1NF5A 5KXRA 5LYZA 2ZQ4A 3CT1A 3AYQA 1LZTA 1V7TA 1BWHA 153LA 5E4PA 1KIRC 3QY4A 4H8YA 1BQLY 4H9IA 3WXUA 1BB4A 2HEAA 4L41A 3A6BY 1LOZA 5ILFA 1C46A 1JSEA 4MR1A 1LSAA 1IX0A 1B7OA 4DDBA 4J1BA 2HU1A 1GB3A 4DDCA 4HJYA 1ZMYL 3AB6A 1B7RA 2VB1A 4QGZA 1J1OY 1DPXA 3WUMA 4NHTA 1C10A 2C8PA 2ZILA 3TXHA 1GB6A 4WM1A 1HNLA 3RT5X 1GE0A 4LYZA 4NG8A 1IORA 1NQIA 4DYGA 1YQVY 2D91A 3VWOA 4B4JA 1QDRA 4H8ZA 2D4IA 4XJBA 3AJNA 4DC4A 2DQIY 1OUGA 1CKGA 1LCNA 1LJJA 1LZGA 1DZBX 1HFXA 2BQKA 3FE0A 4H9BA 2W1YA 1XEJA 5F81A 2ZQ3A 4CHXA 4WMGA 1IC7Y 3WU9A 2BQCA 1LJHA 4ETBA 1IOSA 2Z37A 1KXWA 4NIJA 2WARA 3FI7A 1GEVA 3W6DA 4Z3MA 5C6LA 4LT2A 5APFA 5KXNA 1D0KA 5EBHA 1Z55A 1LSGA 2BQOA 4NGKA 1UC0A 3RZ4A 5LAFA 1LJEA 4PJ2C 1IOQA 1IVMA 1GBOA 4GLAA 4HP0A 5LVJA 1LMCA 3EXDA 1RFPA 4H92A 1UIAA 3TMUA 2Z38A 4J7VA 4N8ZA 1CJ6A 3T36A 2Z39A 4LT1A 1ALCA 4PGJB 4II8A 4IJ4A 1UACY 2YSSC 1B5ZA 1DI5A 5KXLA 1IP2A 3B72A 4GN3A 1LZRA 5A3EA 5DL9A 1GE1A 1IP6A 1UIDA 2YBJA 3LZTA 3A34A 1GFAA 4TSBA 1IP7A 3TXJA 2BPUA 1JJ0A 3OJPA 1WVVA 4QY9A 1LYZA 4Z41A 2A7FA 4NWHA 1BB3A 3WVYA 2HECA 2YBLA 3J6KA 3P68A 3TMVA 5DLAA 4NSJA 1OUJA 2EKSC 3WUAA 1LSNA 3A95A 1UIFA 2HTXA 4ET8A 4G4CA 5KY1A 4NHSA 3T6UA 207LA 4WO6A 4XN6A 4NGYA 1OUIA 1QQYA 1HMLA 3IJVA 5KXMA 5KXWA 1EQEA 2BQEA 5IHGA 4WO9A 1WQNA 1GBXA 4G9SA 4H9HA 4EMNA 4H94A 1IWYA 1LZ6A 2LHMA 4R6CA 5APEA 3ZVQB 1FN5A 3WXTA 1BVKC 5I4YA 1GWDA 2FBBA 5I53A 3D3DA 2FBDA 4NSHA 4WM5A 1BWIA 4WL6A 1QDTA 5HNLA 1GB9A 4B4EA 1GBYA 4WLYA 3A91A 2G4NA 3CSZA 3D9AC 3LYTA 5IDDA 2DQEY 1GB2A 3AZ7A 1LSFA 2HEFA 5LAGA 1NKHA 2FYDA 1XFPL 1HFYA 2Z2EA 4BAFA 1BB6A 1FKVA 4H9EA 1LHLA 2Z2FA 1LSPA 1JKCA 2DKVA 1LJIA 132LA 1NBYC 1WQQA 2FYCA 2DQJY 1XSFA 1GAYA 1FBIX 1HELA 2EIZC 1LKSA 3QE8A 1IP4A 1QTKA 2CWIA 1GFKA 4N0JA 5HLLA 2HEDA 5FHWA 1LSZA 2BQJA 2Z12A 3WVXA 1QUTA 3TMWA 5KXYA 3A93A 1LMAA 6LYTA 3LN2A 4HV1A 1JEFA 4LGKA 2F30A 1I1ZA 1FLYA 1B7SA 2BQFA 4ZFPA 4WL7A 1QIOA 1LSDA 1LSBA 3EMSA 2EPEA 3WU7A 5F9XA 2CDSA 1WTMA 1SLYA 2ZWBA 1QTEA 3W6BA 1VDTA 2CJLA 1YAQA 2BLXA 4HSFA 1LZ8A 3AZ6A 5J7CA 5B05A 3A3RX 1IOCA 1D0MA 4B49A 1P2CC 4ETDA 3WPLA 1OUAA 1GE3A 3WUNA 4J0LA 4LYMA 4B1AA 4PRUA 2I25L 4UWVA 3QNGA 2HEEA 2BLYA 1OUDA 4DT3A 4B0DA 3WPKA 1UIHA 2HUBA 1XGUC 5B1GA 4C5FA 5KJ9A 4E3UA 1I20A 1W6ZA 1IOTA 4H93A 4WG7A 5C6IA 1JTPL 1G7LC 4N1CC 4GCEA 2BQGA 4XJHA 5LIOA 1YIKA 1HEPA 4BS7A 6LYZA 1QUSA 1GFUA 1YL1X 4NG1A 5KKJA 4OWAA 2W1XA 4ET9A 1F0WA 1GDXA 1KXXA 2ZYPA 1IIZA 4H90A 1WTNA 4WG1A 3P66A 4G4HA 1HHLA 2ZNXY 4NGOA 1XGPC 1IY3A 3ZEKA 1T6VL 1B7NA 2G4QA 3HBEX 4NGWA 4OOTA 2DQCY 1DKJA 5L3HA 4DWXA 3WW5A 1LMQA 5APCA 4TX7A 1VATA 1UUZC 2F4GA 3AGGG 5I54A 1BVXA 1NDMC 2MEHA 1HENA 4KXIA 8LYZA 1GB8A 2BQMA 2YVBA 1BWJA 1B5UA 1OUCA 5AMYA 1UIGA 5A3ZA 3CT5A 5D5CA 1LMPA 4RW2A 1UIBA 1GF9A 2I26L 1G7HC 1LYYA 4DD9A 2BQHA 4XJFA 2XBSA 4Z98A 5F14A 1GFTA 2D6BA 3F6ZA 5HQ1A 4H9CA 1W08A 4NGZA 1GBZA 4NGLA 1HC0A 2GV0A 1B2KA 1CKCA 1GB7A 2Y8PA 3A3QA 2MEEA 4RDSA 1DPWA 4I0CA 1REYA 1FLWA 5LVGA 3CQLA 1CJ8A 4WM6A 3AW7A 1B7MA 4XJGA 1IP5A 1N4FA 4XJIA 1OUFA 3IJUA 4NGJA 1RE2A 2BQDA 1LZ5A 2ZIJA 4QDNA 2W1MA 3HFMY 4NSGA 4OW1A 4YEMA 1JTTL 4NY5A 4MSTA 1JISA 3LYMA 3LYZA 1IWTA 3TXEA 1GFJA 1INUA 1GB5A 4XADA 1UIEA 4NWEA 5LYMA 1LJFA 4KT3A 3RNXA 1DI4A 193LA 1DI3A 1GHLA 1BHZA 1T3PA 1HMKA 2Z19A 3AW6A 4KPMA 4NHPA 3AGIA 1GF7A 3LYOA 1IWWA 1IC4Y 4LT0A 1GAZA 4KL7A 1JKBA 4PRQA 3WPJA 4WLTA 1PZYA 1LZ9A 1LYOA 4I8SA 5LINA 1BGIA 1CJ9A 1AZFA 2NWDX 2RSCA 3P4ZA 4HV2A 1YL0X 3N9EA 4PPOA 5DN5A 4XYYA 3B0IA 3CT0A 3TXGA 4WOAA 4M6DA 3TXFA 4GCBA 1YKZX 2H9KA 135LA 1JWRA 1IR9A 1BB5A 3B0OA 4O34A 1CKDA 4UWUA 3SP3A 1HFZA 1OP9B 1OUHA 1GFGA 1CKHA 1GB0A 1GF3A 4GCCA 3AGHA 1VDPA 4HJZA 1HSXA 2F2NA 3HBHA 1WVUA 5DN4A 4B4IA 4DD0A 1LZ1A 5I4XA 4ML7A 4HTNA 2IFFY 1LZSA 4YOPA 3W6FA 1GE4A 1H87A 1KIQC 1LHKA 4H9FA 5HNCA 1VEDA 4LT3A 1RI8B 5I5QA 2IHLA 5LA5A 4EOFA 3A6CY 3TXKA 4AXTA 1NWGA 3WU8A 1SQ2L 4XENA 1IP1A 2H9JA 4IASA 1D6QA 5KXXA 154LA 1C08C 5II3A 4YEOA 1LZDA 1NDGC 4IATA 1F6RA 1VAUA 5F16A 5B06A 1QSAA 1LJ3A 3M3UA 1C7PA 1LJGA 3A96A 4XJDA 1TDYA 3M18B 5E9RA 3WH1A 1IR7A 5KXKA 4G4BA 1F6SA 4RW1A 4N1EI 1IWUA 5KXOA 5B07A 4TUNA 5HMVA 5L3IA 1LHHA 1IEEA 1ZV5L 1LPIA 1TBYA 1FDLY 5FEKA 3KAMA 1LMNA 2Z18A 3BKHA 4CFOA 4Z46A 4NEBA 1LZYA 2DQHY 1AKIA 3G3BB 1JIYA 2BQIA 1JKDA 4LZTA 1UA6Y 1B5WA 4HPIA 4NGIA 3TXDA 4TSCA 1JHLA 1HF4A 1AM7A 2CGIA 5LVIA 1AT5A 2YBMA 4N9RA 1B5XA 1FLUA 208LA 1CKFA 4OOOA 4WM3A 1JKAA 2DQDY 3N9AA 3WYHA 4LYOA 1REZA 2MEFA 5LYTA 1V7SA 5K7OA 2MEAA 4H8XA 4YF2A 1WQMA 1D0LA 1FLQA 1B7LA 4N5RA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4K5YA 1IWXA 1L70A 145LA 1CX7A 1GF0A 1LYHA 3AZ4A 4YENA 2O4WA 4U3XB 4RLNA 3A8ZA 1L16A 4J1AA 1GF5A 1ZVHL 1L24A 3ULRA 4ARPA 1UCOA 1LSMA 2B75A 2B6YA 4CFPA 3GULA 4NFVA 1GBSA 3GUNA 2XTHA 233LA 1L36A 3HWLA 4TTDA 1IC5Y 2YBIA 4NHQA 2MEBA 4UWNA 4ZEEA 4RLMA 7LZMA 3EO5A 1LZEA 2MEIA 1DKKA 1XJUA 1I56A 4EJ4A 1LYIA 1L91A 2Z6BA 2YDGA 4OWEA 1GD6A 4H1PA 1L84A 2OU0X 1L97A 3RW8A 4BADA 2LYOA 1TAYA 1ZYTA 4CJ2A 3P65A 5HMJA 7LYZA 4FDYA 3HH4A 4HTQA 1JJ1A 1GXV2 3SB5A 4A7DA 1VDQA 2ZNWY 1OVJA 2RAZX 4W55A 3W3EA 1T8AA 2HUMA 1NBZC 3SB7A 1C6FA 1P36A 5LVKA 5I4WA 5FELA 1LMTA 1ZVYB 3FA0A 3ODUA 4NSIA 123LA 4LFPA 137LA 3WW6A 4WM4A 1C66A 1L81A 4YX7C 3LHMA 118LA 1C43A 3CDTA 1VDSA 1LJNA 1LMOA 1LZAA 2DQGY 1WQRA 2D4KA 3K3TA 4PK0A 1P46A 4IAPA 4R0FA 1GFHA 3P64A 5B59A 1XEIA 1GF4A 1IWVA 1G0KA 227LA 2BQAA 1LSEA 3J4GA 1V7TA 1DYCA 3QY4A 3OE8A 1BB4A 1C46A 1LSAA 1IX0A 3QAKA 1B7OA 4DDBA 1CU3A 3CDVA 2HU1A 1GB3A 4HJYA 1SX7A 1J1OY 1C10A 2C8PA 4DQJA 3RT5X 4NG8A 1L54A 1D3JA 3HU8A 1CKGA 119LA 1DZBX 1HFXA 3CDOA 1XEJA 1L60A 3WU9A 1LJHA 3C83A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1CJ7 A;  5KXP A;  1GF6 A;  1IWX A;  4TWS A;  1WQP A;  2BQB A;  1JIT A;  1GBW A;  2MEG A;  5APD A;  5T3F A;  4X3B A;  4MCK A;  1GF0 A;  3AZ4 A;  3AZ5 A;  3CSQ A;  4YEN A;  4U3X B;  1LTM A;  1B0D A;  4RLN A;  1YAN A;  3A8Z A;  2ZYC A;  3G3A B;  1YAM A;  4GCD A;  1HEO A;  1NMM A;  3A90 A;  3E3D A;  3A92 A;  3TXI A;  3W6A A;  4WLD A;  1HEW A;  5D5F A;  4J1A A;  1GF5 A;  5L9J A;  1QSW A;  1KIP C;  1ZVH L;  3CSR A;  3ULR A;  3EBA B;  1UCO A;  1LSM A;  1B7P A;  4NHI A;  1GXX A;  1JSF A;  2B5Z A;  1EQ4 A;  5FST A;  4CFP A;  4LYB A;  194L A;  1AT6 A;  1GBS A;  1XGR C;  4NFV A;  3TMX A;  4OWC A;  1HER A;  4H9A A;  2XTH A;  4CGE A;  1LSY A;  2N5Z A;  1LKR A;  1LHM A;  4P2E A;  4D9Z A;  1EQ5 A;  4TTD A;  1BB7 A;  1IC5 Y;  4GN4 A;  2YBI A;  4NHQ A;  1LAA A;  1B9O A;  1XGT C;  2A7D A;  2MEB A;  4PHI A;  4UWN A;  1JPO A;  4WM2 A;  2G4P A;  3WL2 A;  4GCF A;  4ETE A;  4ZEE A;  5C6J A;  1OQM A;  3N9C A;  2LYZ A;  4RLM A;  5KKI A;  1YKY X;  2MED A;  1D9U A;  1LHI A;  1FKQ A;  1F10 A;  3EO5 A;  4GLV A;  1HSW A; 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 1CKD A;  4UWU A;  3SP3 A;  1HFZ A;  1OP9 B;  1OUH A;  1GFG A;  1CKH A;  1GB0 A;  1GF3 A;  4GCC A;  3AGH A;  1VDP A;  4HJZ A;  1HSX A;  2F2N A;  3HBH A;  1WVU A;  5DN4 A;  4B4I A;  4DD0 A;  1LZ1 A;  5I4X A;  4ML7 A;  4HTN A;  2IFF Y;  1LZS A;  4YOP A;  3W6F A;  1GE4 A;  1H87 A;  1KIQ C;  1LHK A;  4H9F A;  5HNC A;  1VED A;  4LT3 A;  1RI8 B;  5I5Q A;  2IHL A;  5LA5 A;  4EOF A;  3A6C Y;  3TXK A;  4AXT A;  1NWG A;  3WU8 A;  1SQ2 L;  4XEN A;  1IP1 A;  2H9J A;  4IAS A;  1D6Q A;  5KXX A;  154L A;  1C08 C;  5II3 A;  4YEO A;  1LZD A;  1NDG C;  4IAT A;  1F6R A;  1VAU A;  5F16 A;  5B06 A;  1QSA A;  1LJ3 A;  3M3U A;  1C7P A;  1LJG A;  3A96 A;  4XJD A;  1TDY A;  3M18 B;  5E9R A;  3WH1 A;  1IR7 A;  5KXK A;  4G4B A;  1F6S A;  4RW1 A;  4N1E I;  1IWU A;  5KXO A;  5B07 A;  4TUN A;  5HMV A;  5L3I A;  1LHH A;  1IEE A;  1ZV5 L;  1LPI A;  1TBY A;  1FDL Y;  5FEK A;  3KAM A;  1LMN A;  2Z18 A;  3BKH A;  4CFO A;  4Z46 A;  4NEB A;  1LZY A;  2DQH Y;  1AKI A;  3G3B B;  1JIY A;  2BQI A;  1JKD A;  4LZT A;  1UA6 Y;  1B5W A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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