4ARLA

Structure of the inactive pesticin d207a mutant
Total Genus 119
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
119
sequence length
347
structure length
342
Chain Sequence
VPAFLFSGSTLSSYRPNITIALPHYVDLPGRSNFKLMYIMGFPIDTEMEKDSEYSNKIRQESKISKTEGTVSYEQKITVETGQEKDGVKVYRVMVLEGTIAESIEHLDKKENEDILNNNRNRIVLADNTVINFDNISQLKEFLRRSVNIVDHDIFSSNGFEGFNPTSHFPSNPSSDYFNSTGVTFGSGVALGQRSKQDLLNDGVPQYIADRLDGYYMLRGKEAYDKVRTAPLTLSDNEAHLLSNIYIDKFSHKIEGLFNDANIGLRFSDLPLRTRTALVSIGYQKGFKLSRTAPTVWNKVIAKDWNGLVNAFNNIVDGMSDRRKREGALVQKDIDSGLLKLE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords PESTICIN
publication title Structure and Mechanistic Studies of Pesticin, a Bacterial Homolog of Phage Lysozymes.
pubmed doi rcsb
source organism Yersinia pestis
total genus 119
structure length 342
sequence length 347
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-04-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF16754 Pesticin Bacterial toxin homologue of phage lysozyme, C-term
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4arlA02
1L62A 3NYAA 1L88A 120LA 1ZURA 1L95A 3LZMA 2RBOA 130LA 165LA 3DMVA 2B75A 1L85A 113LA 1NHBA 1T97A 2RBQA 2B6WA 4EXMA 1C63A 1L82A 242LA 3PDSA 1CUQA 1ZYTA 4I7SA 3CDRA 173LA 1C66A 4EKPA 3SBAA 4I7PA 175LA 1L39A 2B72A 4EKSA 4ARQA 4LDLA 3DN6A 226LA 1CUPA 1L15A 1PQIA 1PQMA 1C6NA 1P64A 4PK0A 1C6PA 1QT5A 4LZMA 1QSBA 1QTDA 1L87A 191LA 1SSWA 256LA 4I7MA 1C65A 3CDVA 4I7QA 138LA 1CVKA 3C80A 166LA 1CX7A 1L59A 1D2YA 3DN3A 3GUJA 1P37A 3SB6A 4W56A 2B6TA 3QAKA 1L71A 2Z6BA 1C61A 3HH5A 2NTGA 172LA 214LA 4EKRA 1JTNA 244LA 114LA 155LA 1L21A 1QUOA 4I7JA 1C6BA 1L37A 3DN1A 1L61A 1LI3A 257LA 3SN6R 2Q9DA 4I7TA 1P5CA 3G3WA 169LA 1JTMA 1L33A 1L74A 3HU8A 1L45A 258LA 1D9WA 3DMZA 3HT9A 223LA 197LA 1L49A 1SX7A 187LA 2B6ZA 251LA 3CDOA 206LA 5I14A 1C6HA 3HTDA 3SB5A 3V2YA 4W53A 3OE0A 1QS5A 1SX2A 1L83A 1PQJA 1G0MA 1L77A 145LA 1L24A 3FI5A 4YXCA 2LC9A 237LA 1P2LA 1L70A 3GUPA 4EPIA 2OE7X 3CDQA 3EMLA 4S0WA 1OWZA 3HDEA 1L34A 1CV4A 3DMXA 1L48A 1CV3A 221LA 4EKQA 3C81A 229LA 241LA 1L28A 1L44A 1PQDA 1CU0A 3SBBC 1DYGA 3GUOA 109LA 159LA 1C64A 2OEAX 171LA 1T8FA 1KW7A 118LA 1C6LA 233LA 178LA 2ANVA 123LA 239LA 4EPFA 250LA 3G3XA 238LA 246LA 1C6KA 252LA 3HH3A 1CTWA 1L12A 137LA 167LA 3HT6A 111LA 1L30A 2B74A 1TLAA 3K2RA 1LWGA 1QTBA 1L52A 4I7KA 1L32A 1L13A 2NTHA 1CU3A 1L22A 1L53A 2Q9EA 4ZPUA 218LA 127LA 1L66A 1L06A 1QT4A 2IGCA 1L98A 190LA 1L94A 1L05A 3HT8A 4AQNA 4DAJA 1P3NA 1L18A 1C6JA 1LYFA 200LA 1SWYA 2O7AA 3CDTA 192LA 225LA 1C6DA 1L16A 1QTVA 1C60A 1KS3A 1L29A 1L25A 3SB9A 227LA 1C6CA 230LA 234LA 235LA 1G1WA 1L58A 1DYCA 1L42A 3C7ZA 3UONA 1D3FA 1QUGA 1C6EA 1P2RA 1L07A 253LA 176LA 1L43A 1QT6A 260LA 162LA 262LA 245LA 189LA 228LA 3JR6A 2HULA 2B73A 4OO9A 1LWKA 180LA 1P36A 1QSQA 1LW9A 1CU5A 1L26A 3DNAA 1KNIA 104LA 144LA 4ARPA 3V2WA 3C8RA 142LA 1C6IA 1P6YA 1L63A 1I6SA 1D3MA 3SB7A 259LA 243LA 1SSYA 3C7YA 122LA 1C67A 3HTBA 2LCBA 1L97A 2OU8A 1L10A 216LA 198LA 119LA 261LA 3HUQA 3L64A 140LA 2RBNA 1G06A 1LYJA 1L51A 1PQOA 1XJTA 210LA 4I7NA 1L79A 255LA 236LA 4PJZA 1G0KA 143LA 1T8GA 1L27A 1ZWNA 4GBRB 1L50A 1C62A 7LZMA 4W55A 2L78A 3GUKA 152LA 1L84A 2B70A 2OTZX 2F47A 4DJHA 1L17A 247LA 195LA 3ODUA 1L02A 1G0LA 1K28A 1T8AA 1XJUA 1L65A 174LA 3HUAA 3OE8A 1L31A 1B6IA 1L40A 4ARLA 107LA 1OYUA 160LA 1L08A 2OU9A 148LE 3HH6A 199LA 1L67A 3RZEA 183LA 1G0GA 1LI2A 220LA 1PQKA 240LA 3HDFA 4ARMB 1OV7A 1L11A 1CV1A 3NY8A 1JQUA 249LA 1LYDA 211LA 1L09A 1QT8A 1L93A 3FADA 168LA 2OU0X 1L01A 1D3NA 1L92A 254LA 177LA 1L56A 3F9LA 5LZMA 1DYAA 1G0QA 1C6QA 4GRVA 1L96A 1L76A 2QARC 4ARJA 149LA 2RB0X 156LA 215LA 139LA 184LA 1L0KA 2OTYX 3HU9A 3DN0A 1C68A 2RAYX 3GUNA 2RAZX 1L38A 151LA 3F8VA 1C6MA 164LA 1QS9A 1T6HA 205LA 4E97A 1L99A 1L72A 126LA 157LA 1CU2A 4W57A 1L86A 2B6YA 4K5YA 1CU6A 3HT7A 3C83A 2LZMA 1LYGA 4YX7C 4DKLA 2A4TA 141LA 1L23A 3D4SA 4I7OA 146LA 1KY1A 102LA 1L90A 1DYBA 3HTGA 1L04A 2OE4X 1L19A 1XEPA 158LA 112LA 1L35A 3HH4A 1P7SA 1DYFA 1L00A 3DN4A 1QUDA 1CV6A 1QTHA 1KY0A 2HUKA 1L54A 4W51A 2O79A 224LA 128LA 188LA 1L55A 170LA 1LGWA 1P56A 1L69A 3C7WA 4YXAC 2HUMA 3HWLA 1L47A 3HTFA 2B6XA 1G07A 108LA 1D2WA 2RB2X 1G0JA 1WTHA 4LDEA 3HUKA 3L2XA 1LGXA 2RBPA 1L80A 1G1VA 4ARQB 3GUIA 1LI6A 163LA 129LA 1L60A 232LA 1C6TA 1DYDA 3DN2A 3VW7A 4EJ4A 1L81A 4ARMA 1KW5A 2F2QA 4I7RA 217LA 1OVJA 2O4WA 2RH1A 115LA 1LYEA 1L73A 248LA 1OWYA 1QTZA 1L20A 2F32A 1L68A 2RB1X 1LGUA 1LYIA 2QB0B 2RBSA 4IAPA 3SB8A 212LA 1QUHA 1C6FA 1LLHA 4I7LA 1QTCA 161LA 3G3VA 1L57A 4W59A 1OVKA 1OVHA 3PBLA 1SWZA 1L41A 1D3JA 231LA 2CUUA 4LDOA 3GUMA 1CV0A 147LA 186LA 3C8SA 213LA 1QT7A 3C82A 201LA 1C69A 1CX6A 1L64A 1P46A 103LA 110LA 219LA 1QT3A 131LA 2B7XA 1G0PA 4W52A 3OE6A 1L0JA 3DKEX 181LA 222LA 125LA 1LYHA 3C8QA 2ANXA 1OV5A 4W54A 196LA 150LA 1L03A 1L36A 3OE9A 1L46A 3NY9A 1LPYA 1DYEA 3FA0A 1L75A 3RUNA 3GULA 2OE9X 1EPYA 1L91A 1CV5A 6LZMA 3DN8A 209LA 4W58A 2RBRA 182LA 1C6GA 1C6AA 1L14A 1L89A 185LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3LZMA 4QDNA 1NHBA 1C10A 1G7MC 2W1XA 4WLXA 4A7DA 2PC2A 1OP9B 1GXXA 1L82A 3A92A 3PDSA 4ZIXA 1LZRA 3AW6A 1L39A 5KXWA 4LDLA 1LTMA 1EQEA 1OUEA 2A7FA 1IP3A 3TMXA 1LKRA 1PQIA 1P64A 191LA 4I7MA 1C65A 3CDVA 1WVUA 1HSWA 1DXJA 1SLYA 2Z2EA 4R6CA 1P37A 3EBAB 1MELL 1FDLY 4UWNA 1VATA 3QAKA 1JKCA 4HP0A 1XEKA 1LJJA 1C08C 3HH5A 2NTGA 2BQDA 172LA 214LA 4LYBA 2DQIY 4H93A 155LA 3P4ZA 4G4HA 3IWRA 2DQDY 1L61A 4PGJB 3SN6R 4G4CA 2Q9DA 2AUBA 4I7TA 4HPEA 1P5CA 169LA 258LA 1W6ZA 5A3ZA 1L49A 3SP3A 1YAQA 2HEAA 3TXDA 1C6HA 2B5ZA 3HTDA 3SB5A 3V2YA 1XGTC 4W53A 3WU8A 4NHSA 4M4OA 3FI5A 1E8LA 1P2LA 1L70A 1AKIA 3CDQA 4S0WA 3N9EA 4NSIA 1D0KA 1CV3A 2A7DA 1IWZA 1L44A 1JWRA 1XGQC 1FBIX 1KXXA 109LA 1C64A 3A91A 1CNSA 1KW7A 118LA 4DT3A 3WMKA 4EPFA 250LA 3G3XA 1LHLA 4GLAA 246LA 1L12A 137LA 167LA 4NG1A 5APDA 1L30A 2HTXA 3K2RA 1L52A 1TCYA 4DD2A 2NTHA 5D5CA 218LA 1L66A 4Z3MA 2MEIA 1L98A 2Z18A 3HT8A 1LYSA 3F6ZA 2Y8PA 1P3NA 4WG1A 3AJNA 2ZYPA 1QQYA 1WTNA 1L29A 3SB9A 3B6LA 1G1WA 3UONA 4NGWA 4PHIA 1IP6A 3HBEX 176LA 260LA 1LMAA 5B06A 162LA 2BQCA 245LA 1IIZA 1YIKA 4OO9A 2B73A 4J1BA 2BQOA 3AGHA 1QSQA 1CU5A 4NY5A 1P2CC 104LA 5I5QA 3C8RA 1P6YA 1I6SA 1LSZA 3OK0A 259LA 3J4GA 4DWXA 1LJFA 3TXBA 1L97A 2Z19A 1LJ3A 1L10A 198LA 4UWVA 3HUQA 140LA 1G06A 1CJ7A 1SQ2L 1L79A 1CKGA 143LA 1L27A 1ZWNA 4GBRB 3WVYA 3RW8A 4W55A 3GUKA 7LZMA 2W1LA 2OTZX 3WVXA 4E3UA 3EXDA 1JITA 1L65A 1GFVA 3OE8A 4LZTA 1OUJA 1UIBA 2FBBA 2F30A 1L40A 1DKJA 2ZIJA 1L08A 2OU9A 5DLAA 1LI2A 220LA 1VDQA 3A90A 3HDFA 1CV1A 2MEHA 3NY8A 1JQUA 1LYDA 1QT8A 1L93A 3FADA 4B49A 2OU0X 3BKHA 4DD0A 4DD7A 1FKVA 2FYCA 2BQLA 2CGIA 1PS5A 254LA 177LA 1B0DA 4O34A 1L96A 1IP7A 4UWUA 5LA5A 1YL0X 149LA 3AYQA 2MEAA 4TSCA 1LZNA 1C68A 1HELA 2F2NA 164LA 2DQAA 1L72A 4MR1A 1G7JC 3M3UA 4HPIA 4W57A 1L86A 2DQFC 2B6YA 1AT5A 4WM5A 1CU6A 3HT7A 1IC5Y 4CJ2A 5ILFA 4XJBA 4DKLA 2A4TA 5F9XA 146LA 4XJDA 2I25L 1GFUA 4N1EI 2OE4X 1INUA 1L19A 1IP5A 1LSCA 2LYMA 1L00A 1C7PA 4NWHA 1CV6A 5I4XA 1KY0A 1UBZA 2HUKA 193LA 2O79A 5L9JA 2LHMA 1LGWA 1L69A 3C7WA 2HUMA 1L47A 2B6XA 108LA 1QDTA 1WTHA 2BQKA 3L2XA 1L80A 1LZGA 1G1VA 1L60A 1IY3A 1GEZA 4G9SA 4YF2A 3CSQA 4EJ4A 4XENA 1KW5A 1HHLA 1OVJA 5C6IA 115LA 1BHZA 2RBSA 1LYIA 3A3RX 4IAPA 3SB8A 5DN5A 4XJIA 4GCCA 212LA 1BGIA 1JHLA 5IDDA 2IFFY 1XGPC 161LA 1GFRA 1LZ1A 3G3VA 3HBDA 1OVHA 1OUHA 3PBLA 4R0FA 1IP2A 1JISA 4GN5C 3P64A 3C82A 3TXHA 3M18B 3CT0A 1XGUC 3AGGG 4WO6A 1B7SA 2G4QA 1IP4A 1B9OA 1GB0A 1L0JA 2BQFA 5KXPA 3TXFA 4W54A 2XJWA 3WUNA 4RW1A 1L36A 1GFHA 1LMPA 1L75A 3RUNA 1LZSA 1QUSA 1EPYA 1IWUA 1L91A 1YKXX 1CV5A 1JKAA 1G7IC 134LA 4W58A 2RBRA 182LA 2YBMA 1LHKA 1YQVY 2ZIKA 1CKDA 1L88A 4Z46A 1UIFA 3DMVA 1BB3A 3W6EA 2B75A 1G7LC 5KKIA 4IASA 1IR9A 3A93A 1ZYTA 4J0LA 1REMA 4GLVA 3SBAA 5KY1A 4OWHA 1TBYA 175LA 1GWDA 1RFPA 3AZ7A 2BPUA 2B72A 1DPWA 1B7QA 3LHMA 226LA 4NIJA 1CUPA 3A6CY 1L15A 1ZVYB 1C6PA 1QT5A 4LZMA 1L87A 256LA 1CVKA 3C80A 1CX7A 1JJ0A 1LJHA 2CDSA 3A6BY 1L71A 5DM9A 5B07A 1N4FA 3B72A 1IWWA 4WM3A 3LYZA 5LAGA 4CFPA 2HEBA 4KL7A 4DYGA 4DDAA 4LT0A 3ATOA 1NBYC 1JTNA 3TXGA 2HECA 2BQIA 3DN1A 1LI3A 257LA 3G3WA 3CB7A 1I56A 1L45A 4BADA 3DMZA 197LA 1WVVA 1HFXA 4QY9A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3LZM A;  4QDN A;  1NHB A;  1C10 A;  1G7M C;  2W1X A;  4WLX A;  4A7D A;  2PC2 A;  1OP9 B;  1GXX A;  1L82 A;  3A92 A;  3PDS A;  4ZIX A;  1LZR A;  3AW6 A;  1L39 A;  5KXW A;  4LDL A;  1LTM A;  1EQE A;  1OUE A;  2A7F A;  1IP3 A;  3TMX A;  1LKR A;  1PQI A;  1P64 A;  191L A;  4I7M A;  1C65 A;  3CDV A;  1WVU A;  1HSW A;  1DXJ A;  1SLY A;  2Z2E A;  4R6C A;  1P37 A;  3EBA B;  1MEL L;  1FDL Y;  4UWN A;  1VAT A;  3QAK A;  1JKC A;  4HP0 A;  1XEK A;  1LJJ A;  1C08 C;  3HH5 A;  2NTG A;  2BQD A;  172L A;  214L A;  4LYB A;  2DQI Y;  4H93 A;  155L A;  3P4Z A;  4G4H A;  3IWR A;  2DQD Y;  1L61 A;  4PGJ B;  3SN6 R;  4G4C A;  2Q9D A;  2AUB A;  4I7T A;  4HPE A;  1P5C A;  169L A;  258L A;  1W6Z A;  5A3Z A;  1L49 A;  3SP3 A;  1YAQ A;  2HEA A;  3TXD A;  1C6H A;  2B5Z A;  3HTD A;  3SB5 A;  3V2Y A;  1XGT C;  4W53 A;  3WU8 A;  4NHS A;  4M4O A;  3FI5 A;  1E8L A;  1P2L A;  1L70 A;  1AKI A;  3CDQ A;  4S0W A;  3N9E A;  4NSI A;  1D0K A;  1CV3 A;  2A7D A;  1IWZ A;  1L44 A;  1JWR A;  1XGQ C;  1FBI X;  1KXX A;  109L A;  1C64 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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