3FA0A

Evaulaution at atomic resolution of the role of strain in destabilizing the temperature sensitive t4 lysozyme mutant arg96-->his
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Evaluation at atomic resolution of the role of strain in destabilizing the temperature-sensitive T4 lysozyme mutant Arg 96 --> His.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 57
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2008-11-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3fa0A00
2B75A 176LA 3HDFA 1C6PA 139LA 2OU9A 4I7TA 1PQMA 1G0GA 1L13A 4ZPUA 3K2RA 234LA 4I7LA 1L03A 1EPYA 4DKLA 3HH3A 1L84A 1DYGA 2QB0B 171LA 3DN4A 1PQIA 3DMZA 110LA 1D9WA 3CDQA 1CUQA 4W52A 1L69A 188LA 1KW5A 1L96A 238LA 151LA 3RZEA 157LA 4W51A 4LZMA 239LA 119LA 3OE9A 1L75A 1NHBA 3HUAA 1DYDA 3OE6A 4YX7C 1L41A 1LYIA 129LA 1L40A 1I6SA 1LGXA 1G0PA 1QUHA 4I7MA 244LA 1C6HA 3DN3A 6LZMA 1C6BA 4YXCA 114LA 197LA 1L37A 3OE0A 1CU2A 4I7PA 1SSWA 1L55A 1L92A 1L90A 250LA 3F8VA 1L12A 1LGUA 1CV0A 1L82A 1LYHA 2OTYX 224LA 3QAKA 159LA 1L33A 189LA 2OTZX 163LA 3HT7A 4ARMA 1L0KA 122LA 247LA 1C69A 1JTMA 115LA 1P56A 1G0JA 158LA 229LA 131LA 112LA 215LA 1L02A 3SB6A 1P46A 1L38A 181LA 1L00A 1L72A 1CTWA 3VW7A 3CDVA 257LA 3PBLA 1L22A 1CV3A 3DN2A 3SB8A 4EJ4A 1XEPA 2F2QA 1LPYA 198LA 2RBSA 4ARQA 3HTFA 123LA 1C6JA 2B74A 1C6CA 222LA 1L83A 1JTNA 1P5CA 1L42A 3OE8A 2B6WA 1QTVA 1L05A 2RAYX 1C6AA 206LA 3SBAA 3HDEA 3GUMA 1L54A 1L65A 1L51A 3FI5A 2RB2X 3SB5A 130LA 1L44A 4I7KA 149LA 196LA 137LA 1C6LA 3L64A 111LA 4LDOA 1G1WA 1KY0A 1OVJA 4EPIA 1C66A 1CV4A 1C6FA 1C64A 243LA 178LA 1LYDA 2OE7X 3GUNA 1LYGA 1CV5A 1JQUA 107LA 3C8SA 182LA 1P36A 4GRVA 1L76A 245LA 148LE 4W53A 1SX2A 1L79A 1L20A 1CX7A 1DYAA 1D3NA 1L59A 1C6MA 3C82A 169LA 1KY1A 162LA 4E97A 109LA 4W55A 3HTGA 1PQDA 1G06A 1OVKA 1L09A 4W54A 4EKSA 4ARPA 2OEAX 2OU8A 1C65A 1L0JA 1CVKA 2RBRA 3HUQA 1D3MA 4I7JA 4W59A 3DN8A 2B6YA 190LA 5I14A 1CV1A 3CDOA 2RBPA 180LA 240LA 2ANVA 4S0WA 152LA 1C67A 165LA 144LA 4I7SA 1L57A 1QT4A 143LA 258LA 120LA 3JR6A 214LA 256LA 1OYUA 231LA 1LGWA 4I7QA 108LA 242LA 1C6IA 2RBOA 4DAJA 1XJTA 167LA 1G0QA 1P6YA 1D3JA 1QTBA 1L08A 3C7YA 1OVHA 1P3NA 1L70A 1L01A 3LZMA 4EKPA 1C63A 174LA 1L91A 1C60A 141LA 4EKQA 1PQOA 1KW7A 2B73A 3CDRA 4EPFA 3CDTA 3C81A 3V2YA 3C8QA 3FA0A 213LA 1C6EA 1KS3A 3HT9A 1QT5A 2ANXA 1G1VA 1L32A 2QARC 3NY8A 2OE4X 4W57A 127LA 1G0LA 223LA 1L85A 3ODUA 261LA 205LA 195LA 126LA 164LA 4W58A 1D2WA 142LA 1LI2A 2F47A 2LCBA 3C80A 183LA 1C6QA 228LA 1QSQA 1T8AA 1OWYA 4ARMB 1L58A 192LA 1CU6A 2RAZX 1LLHA 4K5YA 220LA 166LA 1PQKA 3FADA 1T8GA 199LA 2IGCA 1L07A 1L73A 1L04A 241LA 1L39A 1L19A 1T97A 251LA 227LA 3HU8A 1LI6A 2RBNA 1P37A 3UONA 1L46A 262LA 2HUKA 3DMXA 2Q9EA 1L64A 1DYFA 1C6GA 186LA 2B7XA 1DYEA 1LWGA 1LI3A 2F32A 172LA 3GUPA 1L61A 1QS9A 2HULA 2RB1X 175LA 1OWZA 1CU3A 1QT6A 1L49A 1CU0A 225LA 3GUIA 255LA 1QSBA 1L16A 210LA 1L89A 146LA 1D2YA 1L62A 2B6TA 4YXAC 253LA 2LC9A 1XJUA 191LA 1C6TA 201LA 1L17A 1P64A 2CUUA 156LA 1L45A 209LA 1L10A 3HH6A 118LA 1LYJA 232LA 1C6KA 1C6DA 249LA 1ZYTA 1L50A 226LA 1K28A 161LA 3HUKA 1L88A 1L63A 1L60A 1TLAA 217LA 1L87A 1WTHA 2A4TA 3G3XA 3HT8A 1L81A 3PDSA 216LA 2Q9DA 125LA 4I7RA 1L52A 168LA 1QT3A 1QT8A 3HU9A 2OE9X 102LA 184LA 1CUPA 3C7ZA 233LA 1L24A 260LA 1C68A 3GUOA 1L27A 1L74A 1PQJA 2B6XA 3NY9A 2RB0X 1L94A 1QS5A 1OV7A 1QUOA 1L26A 4LDEA 248LA 1L14A 1LWKA 1T8FA 1ZWNA 230LA 3RUNA 1L56A 3G3VA 1L86A 3DN1A 212LA 2HUMA 4DJHA 3HWLA 1C62A 1L53A 3GUKA 1QTDA 1SWYA 2O4WA 1C6NA 1L93A 3DNAA 1P2LA 3GUJA 1L34A 1QUGA 2LZMA 1L15A 2Z6BA 1QUDA 2B70A 2NTHA 1L99A 170LA 2RBQA 3EMLA 254LA 3C8RA 1D3FA 1L80A 3GULA 3F9LA 147LA 1CU5A 3HTBA 1ZURA 3HH4A 3DN0A 177LA 200LA 3DKEX 3DMVA 1L06A 1P2RA 4LDLA 4PJZA 4ARJA 1LYEA 150LA 252LA 4IAPA 1B6IA 160LA 211LA 2B72A 173LA 1L67A 185LA 1L97A 4PK0A 1QTZA 1L21A 1DYBA 4I7OA 1LYFA 1C61A 1L28A 3NYAA 3HTDA 1L35A 1CV6A 1SX7A 1G07A 1QTHA 1P7SA 140LA 1G0KA 2NTGA 221LA 2RH1A 1CX6A 1L43A 2L78A 1T6HA 4EKRA 138LA 236LA 237LA 1L47A 1L11A 1L71A 3D4SA 1L77A 3V2WA 7LZMA 3SB7A 4ARQB 145LA 1QTCA 1OV5A 2OU0X 3SBBC 1KNIA 219LA 1SWZA 3SN6R 1L29A 4OO9A 155LA 1L30A 4ARLA 113LA 1L36A 3C7WA 2O7AA 1QT7A 4AQNA 259LA 3HT6A 4EXMA 187LA 235LA 1LW9A 3C83A 3DN6A 4GBRB 1L18A 1L68A 3SB9A 1L48A 246LA 1L25A 128LA 1L31A 5LZMA 218LA 3HH5A 3G3WA 2B6ZA 1G0MA 4W56A 1L23A 104LA 1L98A 1L66A 103LA 1DYCA 3L2XA 1SSYA 2O79A 1L95A 4I7NA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4Z3MA 4B4EA 2B75A 4WO6A 4RLMA 4H8YA 176LA 3HDFA 1LAAA 1XSFA 5LA8A 2OU9A 1G0GA 1GFRA 2MEEA 4YEOA 1AKIA 4I7LA 5LINA 4NIJA 4DKLA 3HH3A 1L84A 1DYGA 1G7MC 1GB2A 2HEDA 3MGWA 4KXIA 1RFPA 4W52A 5B05A 1L69A 1IC7Y 1T6VL 3RZEA 4W51A 4LZMA 4J1BA 239LA 119LA 1NHBA 5KKJA 1LZ6A 1DYDA 1YL1X 4YX7C 1LYOA 1L41A 4GN4A 4NGJA 3G3AB 1L40A 2XJWA 4GN5C 1JTOL 1GB6A 4I7MA 244LA 1IOTA 1L37A 4I7PA 5D5FA 1SSWA 1IR9A 3F8VA 3QAKA 2HEAA 1LJNA 159LA 1L33A 2OTZX 3HT7A 3CB7A 115LA 1YANA 1P56A 4CFOA 1YAQA 158LA 1B0DA 1OUDA 2XBRA 112LA 1GDWA 5LVJA 3ATNA 1P46A 1NQIA 5I53A 4WOAA 5HLLA 1GB8A 1FN5A 3PBLA 1ZV5L 5T3FA 4EJ4A 1UC0A 198LA 4ARQA 4DD2A 1C6JA 1CKDA 1C6CA 4LYTA 4TUNA 222LA 4WG7A 1JTNA 1P5CA 1JTTL 1QTVA 1L05A 1LZ4A 1AM7A 1C6AA 5DM9A 5APEA 4LFXA 1J1OY 1LHIA 4N5RA 1L44A 3ULRA 1YAOA 1C66A 1CV4A 1C6FA 1C64A 243LA 4KT3A 5FEKA 1JQUA 1FLUA 107LA 132LA 1DPXA 148LE 3P68A 5M1YA 1IR8A 1L79A 1CX7A 1DYAA 2YSSC 4H93A 3HTGA 1OVKA 1L09A 1JISA 4G4HA 4W54A 2C8PA 1PS5A 2OEAX 3LHMA 5KXPA 4ARPA 5LIOA 1GFVA 1BGIA 4FDYA 3DN8A 2B6YA 190LA 4FJRA 1LZ5A 3CDOA 1LZYA 1LKSA 143LA 4DDCA 1HEWA 1LGWA 4A7DA 242LA 2DQIY 2RBOA 2HEEA 3B0IA 167LA 1G0QA 1GF0A 4R0FA 1P6YA 3C7YA 1A2YC 1C63A 2DQFC 1JKDA 1GBXA 174LA 1IY4A 3P4ZA 3A92A 1LZ1A 1PQOA 1KW7A 2B73A 3TMUA 1LSPA 3A6CY 3CDTA 4BAPA 4H8XA 1C6EA 1NWGA 1L32A 2BQDA 1JITA 4W57A 1G0LA 1C43A 1GE4A 3ODUA 1JHLA 1YKYX 4ARMB 1CU6A 4GLAA 3HBHA 4UWUA 220LA 1PQKA 4NFVA 2IHLA 2EQLA 1IP7A 2X0AA 5C6IA 4LZTA 2YBNA 1BB3A 1UIEA 262LA 1GFJA 1XGUC 3G3BB 1DYEA 1LWGA 1SQ2L 2FYDA 172LA 3GUPA 1OUCA 1QS9A 2RB1X 4OOOA 2W1YA 1D2YA 1LHMA 1CKGA 4YXAC 4XJFA 5LYTA 1XJUA 1OUGA 1L17A 1P64A 156LA 118LA 1UIAA 1W6ZA 249LA 1ZYTA 2I6ZA 5LVIA 1WQOA 161LA 1GEVA 4NGKA 1G7IC 1L88A 4YENA 4OWEA 1WTHA 2A4TA 2WARA 3RNXA 3PDSA 3RW8A 4I7RA 1L52A 4NSIA 5KXYA 1QT3A 1QT8A 1LZTA 1D0LA 1LOZA 2Z2EA 184LA 1CUPA 3C7ZA 4XJGA 1B5UA 2B6XA 2FBBA 3TMXA 1L94A 4QEQA 4TSBA 1JWRA 1SWYA 2O4WA 1L93A 1P2LA 5KXKA 2MEBA 1L34A 4W94A 1L15A 2Z6BA 1REYA 4ANRA 3C8RA 1L80A 5C6LA 4DDAA 1CJ7A 2ZYPA 1ZURA 2BQIA 5FELA 5L9JA 1JUGA 177LA 1B7LA 1P2RA 1FBIX 3N9AA 1B6IA 2D4JA 2VB1A 1KIQC 173LA 1L67A 2DQAA 1L97A 1AT5A 1GDXA 1CJ8A 3B0OA 3NYAA 1YROA 4H9FA 3P64A 2EKSC 2MEAA 2NTGA 1I1ZA 221LA 1CX6A 133LA 4C5FA 3M3UA 1BB5A 1FKVA 1QQYA 1L11A 135LA 5B59A 5I4WA 1EL1A 3SB7A 3RU5A 4X3BA 2EIZC 3SBBC 2A7FA 1KNIA 5F16A 4WLDA 1QUTA 2XTHA 2F30A 155LA 1IIZA 1DZBX 1L30A 1LZNA 4ARLA 1G7LC 113LA 3C7WA 4CHXA 259LA 194LA 5KXLA 235LA 3TXEA 4H9IA 4MCKA 1W08A 2XQOA 3TMWA 4OWHA 1WTNA 218LA 3G3WA 4XJIA 2B6ZA 1L23A 104LA 5HMVA 1L98A 1L66A 3L2XA 1VDPA 3TXDA 1LZ9A 4WL6A 4H9BA 1C6PA 1UIBA 3EO5A 1DQJC 1PQMA 4H9CA 4EMNA 3WL2A 1L13A 1PZYA 1OUBA 4ZPUA 1L03A 3WULA 2D4IA 2B5ZA 1GFKA 5FDJA 110LA 2NWDX 3CDQA 188LA 3A3QA 4G9SA 1GB3A 3AYQA 1B7SA 1KXXA 4H1PA 5FCPA 4N0JA 4PHIA 4ETEA 3BKHA 1LYIA 129LA 2D4KA 1LJFA 4N9RA 1LGXA 4YOPA 4NHSA 1LSZA 1JKBA 1OUJA 1VDQA 2GV0A 3HBDA 4YXCA 197LA 3OE0A 3EBAB 4XYYA 1L12A 1CV0A 2OTYX 2Z2FA 1LJKA 1L0KA 247LA 5KXTA 1JSEA 1EQ4A 1GFTA 1JSFA 4NG1A 1CJ9A 131LA 3SB6A 1HMKA 1IO5A 1LMCA 3WMKA 3AGGG 3WUMA 5LXWA 1CTWA 4M6DA 257LA 1G7HC 154LA 1NMMA 4D9ZA 1CV3A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4Z3M A;  4B4E A;  2B75 A;  4WO6 A;  4RLM A;  4H8Y A;  176L A;  3HDF A;  1LAA A;  1XSF A;  5LA8 A;  2OU9 A;  1G0G A;  1GFR A;  2MEE A;  4YEO A;  1AKI A;  4I7L A;  5LIN A;  4NIJ A;  4DKL A;  3HH3 A;  1L84 A;  1DYG A;  1G7M C;  1GB2 A;  2HED A;  3MGW A;  4KXI A;  1RFP A;  4W52 A;  5B05 A;  1L69 A;  1IC7 Y;  1T6V L;  3RZE A;  4W51 A;  4LZM A;  4J1B A;  239L A;  119L A;  1NHB A;  5KKJ A;  1LZ6 A;  1DYD A;  1YL1 X;  4YX7 C;  1LYO A;  1L41 A;  4GN4 A;  4NGJ A;  3G3A B;  1L40 A;  2XJW A;  4GN5 C;  1JTO L;  1GB6 A;  4I7M A;  244L A;  1IOT A;  1L37 A;  4I7P A;  5D5F A;  1SSW A;  1IR9 A;  3F8V A;  3QAK A;  2HEA A;  1LJN A;  159L A;  1L33 A;  2OTZ X;  3HT7 A;  3CB7 A;  115L A;  1YAN A;  1P56 A;  4CFO A;  1YAQ A;  158L A;  1B0D A;  1OUD A;  2XBR A;  112L A;  1GDW A;  5LVJ A;  3ATN A;  1P46 A;  1NQI A;  5I53 A;  4WOA A;  5HLL A;  1GB8 A;  1FN5 A;  3PBL A;  1ZV5 L;  5T3F A;  4EJ4 A;  1UC0 A;  198L A;  4ARQ A;  4DD2 A;  1C6J A;  1CKD A;  1C6C A;  4LYT A;  4TUN A;  222L A;  4WG7 A;  1JTN A;  1P5C A;  1JTT L; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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