4RLMA

Hen egg-white lysozyme solved from serial crystallography at a synchrotron source, data processed with crystfel
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
publication title Room-temperature serial crystallography at synchrotron X-ray sources using slowly flowing free-standing high-viscosity microstreams.
pubmed doi rcsb
total genus 47
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2014-10-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4rlmA00
3TMVA 1DPWA 2AUBA 5IDDA 1F6SA 4LZTA 1LAAA 1GFUA 1LZYA 2I26L 4NGKA 5ILCA 4D9ZA 1A4VA 4XJIA 3WVXA 1LZTA 1LZRA 5KXRA 1I56A 5KXLA 1CJ8A 4AXTA 1LZ8A 4DD3A 5LVHA 3WW5A 1BGIA 1WQMA 3MGWA 5B06A 4PGJB 2BQCA 2BQEA 1UIBA 1FLWA 1HNLA 1JKBA 4LT0A 4J1BA 1FKQA 4N9RA 3A95A 1WQQA 4C5FA 4N8ZA 2DQDY 4NHIA 4UWNA 4ETBA 3CT0A 2LYMA 5A3ZA 1DPXA 1JJ0A 4W96A 4YM8A 5KY1A 1HFXA 5E9RA 1DKJA 1B0DA 1WVUA 4BAPA 3WPJA 1GXXA 4RDSA 4WG7A 4Z41A 4OWHA 1ZVHL 2MEHA 1I20A 1XGRC 5II3A 4M4OA 4L41A 1IR9A 2G4PA 3TMWA 1LMAA 2DQFC 1BB4A 4G4HA 1GF3A 4GLAA 4NGYA 1FN5A 4N5RA 4DD9A 1UIEA 1WQRA 4X3BA 1RFPA 1LZ1A 3A6BY 1GBYA 1MLCE 3TXHA 3WH1A 1B5ZA 2F4AA 3A90A 3ZVQB 1HSXA 2DQHY 3AJNA 4WM2A 1JTOL 135LA 1LHIA 1GE2A 3A3QA 1IIZA 1LOZA 1OUCA 2CDSA 4BAFA 4E3UA 5LVJA 1GE4A 1PZYA 4XADA 2HEAA 3CSZA 2LZTA 1UIDA 2DQAA 1ZMYL 3TXBA 4YENA 2A7FA 1RJCB 5KXPA 5HMVA 2XBSA 4J1AA 2C8OA 2MEEA 5L3HA 6LYTA 1JJ3A 1LSDA 1LYSA 4DDCA 3WUMA 4G4CA 1YKZX 4B0DA 7LYZA 1EQ4A 2A7DA 1AKIA 1IY3A 1H87A 1GDXA 2BQNA 2BPUA 1VATA 5APEA 4OWEA 3CT5A 1GFTA 1HENA 1DI5A 1TCYA 2BQIA 3OJPA 1GBXA 1OUHA 2B5ZA 3LN2A 4GCFA 3P68A 5DL9A 1FLYA 1CKDA 4XN6A 5FEKA 1HERA 1LSAA 193LA 2H5ZA 4PRQA 1LJNA 4P2EA 3GXKA 4H9CA 3IJVA 1GB7A 5B1FA 2YBJA 1JSFA 4NGOA 4RLNA 1LJHA 1UICA 1NKHA 4I8SA 3A94A 5F9XA 5DM9A 2ZNWY 4GCEA 9LYZA 1DQJC 4WM5A 1B5XA 1GFRA 1VDSA 4GCBA 2BQBA 4MCKA 1GF4A 1YKXX 1CKFA 2XTHA 2YSSC 5KXMA 4UWUA 4OWBA 1LZ5A 1WTMA 3A91A 3WYHA 5KKJA 1OUGA 4NHPA 3BKVA 3WUNA 4YEMA 1SLYA 1OUIA 1NMMA 1LHHA 2W1XA 4B4JA 5L9JA 5KXNA 5I4XA 1CKCA 3HFMY 1IOCA 4J0LA 4HTNA 1VEDA 4YF2A 3ZVQA 5LINA 4H94A 4NIJA 1JKAA 1B2KA 2MEDA 3AGGG 1J1XY 1XGUC 4QEQA 1IOTA 3TXJA 2HECA 3P65A 2ZWBA 5C6IA 2W1YA 3D3DA 3B0KA 4KPMA 4NWHA 1CNSA 1JKDA 4H1PA 2BQOA 2ZYCA 4U3XB 1D9UA 3WXTA 5I5QA 1KXXA 1C08C 4I0CA 1JEFA 1WQPA 5LVKA 4DD1A 1BWIA 4DD7A 4EMNA 1GXV2 1IC5Y 4NSHA 1XGTC 1CJ9A 2BQFA 2W1LA 1LSPA 2YBHA 4TX7A 1H6MA 2MEAA 3A34A 1TBYA 4XYYA 1FDLY 1QSWA 1LMTA 1QTEA 4HP0A 2Z18A 1REXA 2G4QA 4ZEEA 3W3EA 1IR7A 1UIGA 4TWSA 2HEFA 3K3TA 2BLYA 1JIYA 2X0AA 1BB6A 1IWTA 1CKHA 1LSEA 5HMJA 2CJLA 3LYZA 3WVYA 2BQJA 1JPOA 1CJ7A 1DZBX 2F4GA 4NHTA 4WLTA 1NDMC 1C43A 3AW6A 4NY5A 5LAFA 1LSGA 4NGZA 5JENB 2NWDX 1LZ9A 4OW1A 3WUAA 1B5UA 1GBZA 3ULRA 2MEGA 4LT3A 207LA 4PHIA 3ATOA 3J6KA 1GFHA 3G3AB 2LYZA 4B1AA 1IVMA 1EL1A 2WARA 5LYTA 1EQ5A 1LHJA 2DQCY 4R6CA 5KXOA 4NG1A 2EPEA 3AYQA 3B0OA 2XJWA 3RW8A 1P2CC 2F2NA 3AZ5A 3FI7A 1QUTA 1W6ZA 4LFPA 1UIFA 1GF9A 1GEVA 154LA 1B7SA 5F14A 1UIHA 1LMPA 2DBTA 5AMYA 5FELA 4LYTA 4H9FA 4OOTA 4DT3A 1GDWA 3LYOA 3LZ2A 3W6DA 4Z46A 3M3UA 1NHEA 4GCCA 3W6BA 3AW7A 5IHGA 1GE0A 5DN5A 3WW6A 1GB5A 1IWWA 1NBYC 1JHLA 1IWUA 1LZNA 4UWVA 2HTXA 2FBBA 3CB7A 1O23A 3T6UA 3LYTA 2YBNA 5HQ1A 1QIOA 2Z2FA 5LVIA 2EKSC 153LA 4MSTA 2IHLA 4ANRA 1LHKA 4N1CC 4NSIA 4TSCA 1LZSA 5B05A 4OWCA 4G9SA 2BQGA 5HLLA 1XEKA 2HEBA 4NGWA 1IOQA 1HEQA 2C8PA 133LA 2F30A 3BKHA 4WMGA 4ZFPA 3LHMA 3TXDA 2W1MA 4IATA 1D0KA 1YL0X 1B9OA 4H92A 2FYCA 3CSQA 2MEIA 4J7VA 1B7QA 4NGLA 1IC7Y 1HELA 2EQLA 2BQMA 1GB6A 3P66A 4G49A 4ML7A 2YDGA 1LJ4A 1JWRA 3N9CA 4HTQA 3WL2A 5KXWA 1G7MC 1JITA 1GHLA 4GN5C 5B07A 5KKIA 3WU9A 3QE8A 3WPLA 3W6EA 1AT6A 5KXTA 4YOPA 2YVBA 1BQLY 5APCA 4WM3A 5LVGA 3EMSA 1B7OA 1FLUA 3VWOA 1GBSA 3QY4A 1UC0A 4G4BA 4CHXA 4ETDA 3KAMA 1NDGC 4TSBA 5FHWA 3EXDA 3AB6A 3W6CA 2PC2A 5HNCA 5I4YA 4WM6A 1IWYA 1JUGA 1LMQA 4ET8A 1BWHA 3ZEKA 1IP2A 2D4IA 1YROA 2HEDA 1VAUA 5LYZA 4W94A 1LYZA 1RI8B 3A67Y 1XGPC 194LA 1LPIA 3A6CY 5F81A 3B0IA 5FSTA 4C3WA 1C45A 1YIKA 2BQAA 5IELA 4LYBA 3LYMA 1GF0A 3CT1A 2DQEY 4DDAA 3G3BB 4ETCA 4NHQA 5C6LA 4HPIA 4PRUA 2I25L 5C6JA 4H8YA 1REYA 1TEWA 4DD0A 1YILA 2H9JA 2MECA 3W6FA 4HV2A 1GB9A 1WQOA 3A92A 4KL7A 5KXZA 2D6BA 4KXIA 1KXYA 5LA8A 1IP4A 1NWGA 2BQDA 1RCMA 3N9EA 1HMKA 5I4WA 4LYZA 4II8A 2HU1A 3J4GA 5LYMA 1G7HC 1IWVA 4LYCA 2LYOA 3EBAB 3TXEA 1IP5A 1KIRC 5B59A 4XJHA 4NSJA 1VDTA 2BLXA 1GB8A 4N0JA 2Z12A 1LJFA 4HJZA 1OUJA 1GB0A 4H8ZA 5I54A 1DI4A 1GD6A 1LTMA 1AT5A 3T36A 4NWEA 1HEWA 1LYYA 1HMLA 1LSFA 1YAMA 5ILFA 1LSBA 1IWXA 2FYDA 4PPOA 4IASA 1V7TA 4H93A 3IWRA 3F6ZA 4CJ2A 1DXJA 4MR1A 1D6QA 3WMKA 1IOSA 1LZBA 1LZEA 1XEIA 2BQLA 1HHLA 2G4NA 4FDYA 4RLMA 1WQNA 1WTNA 1YAQA 3W6AA 1SQ2L 1LHMA 1J1PY 5LIOA 2H9KA 1XSFA 3TXKA 4LGKA 1YL1X 4ETAA 4OWAA 2XBRA 1DI3A 1B5VA 1GWDA 4WOAA 5M1YA 4RW1A 2D91A 1YKYX 1QDTA 1IR8A 1QTKA 1CJ6A 1BVKC 4DD2A 1UUZC 1AZFA 2BQHA 5LAGA 1B7PA 1N4FA 4Z3MA 1JJ1A 4H9AA 1A2YC 1MELL 1GPQC 1KXWA 4XJGA 2BQKA 3AZ6A 1G7JC 5KXSA 4M6DA 1FLQA 2FBDA 4O34A 1GFKA 3N9AA 1IP6A 1JSEA 1JISA 3P64A 1LSCA 1NBZC 4QGZA 8LYZA 3WXUA 3CSRA 1LHLA 4KT3A 4NHSA 4XJFA 1F6RA 3RU5A 4TTDA 1GBOA 5EBHA 1LSNA 1DKKA 3HBEX 1BB5A 1GE1A 4HJYA 4PJ2C 4BADA 1GAZA 1T3PA 1IP1A 1LCNA 4GN3A 4YEOA 1LKSA 1LJ3A 3A93A 1ZVYB 1JKCA 1TDYA 1IP3A 2ZNXY 3SP3A 2EIZC 3LZTA 1LJJA 4ZIXA 4NGVA 3M18B 2DQIY 2MEFA 1LZAA 1VFBC 5DLAA 4WLYA 4GN4A 1REZA 4H9EA 5K7OA 1OUAA 2D4JA 2Z37A 4ET9A 1B5YA 1HSWA 4H8XA 1UBZA 1BWJA 1RE2A 1OP9B 4XJBA 4LT1A 1LSMA 1YAPA 1LMOA 4NSGA 1B7RA 2DQGY 4LYOA 3RT5X 4HJVA 1TAYA 5F16A 1F10A 1B5WA 2YBLA 1BHZA 3WPKA 132LA 4WM4A 5APFA 1J1OY 3WULA 1LZGA 1QUSA 1GE3A 1GFEA 1LYOA 4H91A 4H9BA 3P4ZA 4Z98A 2VB1A 4B4IA 1IEEA 1HC0A 3AGIA 1NF5A 1V7SA 3A8ZA 1LSYA 2ZIKA 2HUBA 4NG8A 1UACY 1AM7A 1IC4Y 1GB3A 134LA 1IX0A 1LZDA 4N1EI 1GBWA 4XENA 1GFJA 1B7LA 1QQYA 2Z19A 1GEZA 4WO9A 1C7PA 1ZV5L 4XJDA 4DC4A 5KXKA 5APDA 1JTPL 1HFYA 1IY4A 1HEOA 2CWIA 3A3RX 5A3EA 4B4EA 4TUNA 1GFAA 1EQEA 1LJGA 3OK0A 4H9HA 2BAAA 4B49A 1W08A 2DQJY 4WG1A 1UCOA 2Z39A 5FDJA 3TXGA 1GF8A 1HFZA 1CKGA 3E3DA 3WU8A 6LYZA 3RZ4A 1BB7A 4HPEA 3AGHA 2Y8PA 4QY9A 1PS5A 4CFOA 1IORA 1XEJA 5HNLA 1YAOA 5I53A 4HV1A 5F9UA 4AGAA 2ZIJA 1LJIA 2DKVA 1REMA 4ETEA 1Z55A 1VDPA 4IJ4A 1D6PA 1GAYA 4H90A 4CGEA 1XGQC 4H9IA 3GXRA 1UIAA 1INUA 2ZYPA 4NFVA 2YBIA 3TMUA 3TMXA 4DWXA 1HEPA 3D9AC 4QDNA 2YBMA 2GV0A 3IJUA 2N5ZA 1D0LA 1I1ZA 4HTKA 1FKVA 1G7IC 4EOFA 3CQLA 5LXWA 2I6ZA 1LMNA 1D0MA 3A96A 4GCDA 1B7MA 1T6VL 2ZILA 4R0FA 1GF5A 2ZQ3A 4WO6A 2CGIA 1OQMA 1QSAA 1LZ4A 1NQIA 1F0WA 2Q0MX 4HSFA 5KXYA 3RNXA 5KJ9A 3ATNA 4BS7A 1YQVY 4GLVA 2HEEA 2Z38A 1GF7A 1LKRA 1IWZA 1IP7A 1GF6A 1HF4A 2ZQ4A 3QNGA 5D5FA 2IFFY 1IO5A 1GFVA 1LJKA 4LYMA 3B72A 4WLDA 3TXIA 5FCPA 1LJEA 1BB3A 1OUEA 5T3FA 1KIPC 1BVXA 1GFGA 1OUBA 2D4KA 3B6LA 5DN4A 2MEBA 1B7NA 1FBIX 3FE0A 2LZ2A 3WU7A 3AZ4A 4WLXA 1HEMA 1OUFA 1LMCA 1UA6Y 5L3IA 3HBDA 1C46A 4LT2A 2HU3A 208LA 1E8LA 5D5CA 1LSZA 1QDRA 4NGJA 3EO5A 3AZ7A 4RW2A 4WL7A 1G7LC 5KXXA 2Z2EA 1JTTL 4NEBA 5E4PA 1GB2A 1C10A 1KIQC 1VDQA 2RSCA 4WM1A 4CFPA 4NGIA 1LZCA 4DYGA 1WVVA 3TXFA 2LHMA 1YANA 4OOOA 4WL6A 1LZ6A 3HBHA 4DDBA 5B1GA 5LA5A 5J7CA 1OUDA 4LFXA 4A7DA 1XFPL 1ALCA 4FJRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4LZTA 1OYUA 5ILCA 4D9ZA 1I56A 1CJ8A 1WQMA 1L25A 232LA 4DAJA 4W55A 1WQQA 1WTHA 1L62A 4UWNA 4ETBA 3CDVA 3SBBC 1DPXA 1JJ0A 2RBOA 156LA 1QT3A 4BAPA 1WVUA 1L43A 3RZEA 1XGRC 4L41A 167LA 3TMWA 1LMAA 1TLAA 1GF3A 4GLAA 4NGYA 1UIEA 1WQRA 4X3BA 4ARQA 7LZMA 125LA 3WH1A 3A90A 3ZVQB 1HSXA 1LHIA 3A3QA 1C6EA 1OUCA 4BAFA 3SN6R 1C63A 3CSZA 3CDOA 2DQAA 3SBAA 1C6BA 4YENA 1KNIA 5KXPA 6LYTA 2MEEA 3C83A 5L3HA 4B0DA 2A7DA 1IY3A 1G0LA 4OWEA 1DI5A 1TCYA 3OJPA 1OUHA 2OE4X 1FLYA 1T8AA 191LA 1L67A 1LJNA 1CU5A 1L44A 3IJVA 4H9CA 1P2RA 2YBJA 4NGOA 3HH4A 1LYGA 4WM5A 1B5XA 1VDSA 4GCBA 2BQBA 234LA 3GUIA 2YSSC 4UWUA 3A91A 3F9LA 3WYHA 1SLYA 4W57A 3HFMY 4QEQA 1L87A 1P2LA 4NWHA 1JKDA 4S0WA 1WQPA 5LVKA 1L33A 261LA 4NSHA 2W1LA 4TX7A 1L09A 182LA 1LMTA 2HEFA 1LWGA 1JIYA 1IWTA 262LA 1LYJA 1NDMC 1L12A 3WUAA 3ULRA 3J6KA 1L76A 1EL1A 1EQ5A 2DQCY 4ZPUA 4R6CA 5KXOA 4NG1A 1L89A 3FI7A 1QUTA 1T8GA 216LA 1GF9A 2B75A 1GEVA 5F14A 1UIHA 5FELA 4LYTA 213LA 228LA 4OOTA 3LYOA 3W6DA 1LLHA 3GUJA 165LA 5DN5A 1L70A 1GB5A 1JHLA 2YBNA 3GUOA 5HQ1A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3TMV A;  1DPW A;  2AUB A;  5IDD A;  1F6S A;  4LZT A;  1LAA A;  1GFU A;  1LZY A;  2I26 L;  4NGK A;  5ILC A;  4D9Z A;  1A4V A;  4XJI A;  3WVX A;  1LZT A;  1LZR A;  5KXR A;  1I56 A;  5KXL A;  1CJ8 A;  4AXT A;  1LZ8 A;  4DD3 A;  5LVH A;  3WW5 A;  1BGI A;  1WQM A;  3MGW A;  5B06 A;  4PGJ B;  2BQC A;  2BQE A;  1UIB A;  1FLW A;  1HNL A;  1JKB A;  4LT0 A;  4J1B A;  1FKQ A;  4N9R A;  3A95 A;  1WQQ A;  4C5F A;  4N8Z A;  2DQD Y;  4NHI A;  4UWN A;  4ETB A;  3CT0 A;  2LYM A;  5A3Z A;  1DPX A;  1JJ0 A;  4W96 A;  4YM8 A;  5KY1 A;  1HFX A;  5E9R A;  1DKJ A;  1B0D A;  1WVU A;  4BAP A;  3WPJ A;  1GXX A;  4RDS A;  4WG7 A;  4Z41 A;  4OWH A;  1ZVH L;  2MEH A;  1I20 A;  1XGR C;  5II3 A;  4M4O A;  4L41 A;  1IR9 A;  2G4P A;  3TMW A;  1LMA A;  2DQF C;  1BB4 A;  4G4H A;  1GF3 A;  4GLA A;  4NGY A;  1FN5 A;  4N5R A;  4DD9 A;  1UIE A;  1WQR A;  4X3B A;  1RFP A;  1LZ1 A;  3A6B Y;  1GBY A;  1MLC E;  3TXH A;  3WH1 A;  1B5Z A;  2F4A A;  3A90 A;  3ZVQ B;  1HSX A;  2DQH Y;  3AJN A;  4WM2 A;  1JTO L;  135L A;  1LHI A;  1GE2 A; 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 1GAY A;  4H90 A;  4CGE A;  1XGQ C;  4H9I A;  3GXR A;  1UIA A;  1INU A;  2ZYP A;  4NFV A;  2YBI A;  3TMU A;  3TMX A;  4DWX A;  1HEP A;  3D9A C;  4QDN A;  2YBM A;  2GV0 A;  3IJU A;  2N5Z A;  1D0L A;  1I1Z A;  4HTK A;  1FKV A;  1G7I C;  4EOF A;  3CQL A;  5LXW A;  2I6Z A;  1LMN A;  1D0M A;  3A96 A;  4GCD A;  1B7M A;  1T6V L;  2ZIL A;  4R0F A;  1GF5 A;  2ZQ3 A;  4WO6 A;  2CGI A;  1OQM A;  1QSA A;  1LZ4 A;  1NQI A;  1F0W A;  2Q0M X;  4HSF A;  5KXY A;  3RNX A;  5KJ9 A;  3ATN A;  4BS7 A;  1YQV Y;  4GLV A;  2HEE A;  2Z38 A;  1GF7 A;  1LKR A;  1IWZ A;  1IP7 A;  1GF6 A;  1HF4 A;  2ZQ4 A;  3QNG A;  5D5F A;  2IFF Y;  1IO5 A;  1GFV A;  1LJK A;  4LYM A;  3B72 A;  4WLD A;  3TXI A;  5FCP A;  1LJE A;  1BB3 A;  1OUE A;  5T3F A;  1KIP C;  1BVX A;  1GFG A;  1OUB A;  2D4K A;  3B6L A;  5DN4 A;  2MEB A;  1B7N A;  1FBI X;  3FE0 A;  2LZ2 A;  3WU7 A;  3AZ4 A;  4WLX A;  1HEM A;  1OUF A;  1LMC A;  1UA6 Y;  5L3I A;  3HBD A;  1C46 A;  4LT2 A;  2HU3 A;  208L A;  1E8L A;  5D5C A;  1LSZ A;  1QDR A;  4NGJ A;  3EO5 A;  3AZ7 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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