1SSYA

Crystal structure of phage t4 lysozyme mutant g28a/i29a/g30a/c54t/c97a
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIAAAHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Alanine-scanning mutagenesis of the beta-sheet region of phage T4 lysozyme suggests that tertiary context has a dominant effect on beta-sheet formation
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 55
structure length 164
sequence length 164
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2004-03-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1ssyA00
1L93A 1OV7A 1L60A 1SSWA 3C80A 1P56A 3HUAA 103LA 3DN3A 1TLAA 3CDQA 1C6CA 3QAKA 1L23A 1KY0A 3SB6A 2F47A 2RH1A 1LW9A 2OU8A 4DAJA 197LA 123LA 165LA 1L77A 1L74A 1L67A 3HTBA 151LA 1QUGA 4W51A 4YXCA 1D3NA 4GRVA 1DYAA 119LA 1L64A 1CV0A 1L28A 2OTYX 192LA 1CUQA 3PDSA 1LYGA 234LA 2B6XA 1CU3A 3HWLA 172LA 2LCBA 1C69A 1L54A 1L70A 4K5YA 3C83A 1L20A 2CUUA 2QARC 3EMLA 1L22A 209LA 217LA 1ZWNA 3C82A 3C81A 2LZMA 1QS9A 256LA 4LDLA 1DYGA 4W59A 1L16A 212LA 1KS3A 238LA 1L13A 1OVKA 4EJ4A 2RBRA 182LA 1CVKA 1CX7A 1K28A 3G3VA 1WTHA 1C6QA 1CV4A 1L59A 4GBRB 2F2QA 2B6WA 1G06A 2RBPA 3FI5A 4W52A 1L03A 3SBAA 248LA 145LA 4I7PA 1QT5A 4I7OA 257LA 1L33A 2HUMA 142LA 1LLHA 3UONA 1SX7A 7LZMA 1JTMA 1L53A 1DYFA 2RB0X 1LGXA 2B74A 1QUHA 2IGCA 1C6JA 1L55A 3HH5A 1KNIA 1LYFA 1QT8A 4W54A 1L99A 3SN6R 254LA 225LA 2NTGA 4PK0A 113LA 3HU8A 2Q9DA 1LWGA 219LA 2OE9X 3C8RA 3HUQA 4EPIA 2OTZX 2RAYX 1C6IA 3HDEA 3HUKA 1SWZA 1L56A 1P2RA 3HTGA 174LA 3CDOA 1LWKA 1LYIA 1QTDA 4E97A 170LA 129LA 148LE 3NY8A 4ARMA 1P37A 1PQKA 1L48A 3C7ZA 1G1VA 3HDFA 4I7MA 102LA 4ARPA 1JTNA 138LA 1L81A 1L71A 1LI2A 1QTZA 4OO9A 1L34A 1QT7A 3DKEX 261LA 3FA0A 1L90A 131LA 1L91A 3SB7A 3SB5A 1D3FA 4LDOA 1CU5A 1LGUA 2O4WA 4AQNA 108LA 1L85A 4W57A 3JR6A 1I6SA 1DYEA 1G0JA 2RB2X 3DN2A 164LA 1C67A 229LA 155LA 1L43A 3SB8A 1DYCA 1OYUA 4I7NA 1G0QA 4PJZA 1L46A 1C6DA 1DYBA 1CV1A 4DJHA 5LZMA 3SBBC 1ZYTA 4W55A 1L30A 1D3MA 1D2YA 1SWYA 1L08A 2B6YA 1L80A 196LA 2B75A 1C6TA 3C8QA 4I7RA 4EKRA 3K2RA 1P2LA 1LI3A 3GULA 177LA 1C62A 3GUOA 180LA 2OEAX 242LA 215LA 239LA 4S0WA 169LA 1L31A 1ZURA 214LA 1C61A 1L95A 1C66A 1L38A 3DMXA 1L79A 1P6YA 2OU0X 1L57A 104LA 1C68A 1L47A 1T6HA 259LA 1P46A 4ARQB 235LA 1L09A 1L88A 1PQMA 1QT4A 109LA 2OE7X 3FADA 1CU6A 205LA 3OE0A 3D4SA 122LA 1LYJA 1C6PA 3HT6A 1T8FA 1L29A 1L62A 3DN1A 231LA 140LA 181LA 227LA 1PQJA 1QUDA 1C6AA 1C6HA 178LA 1L86A 159LA 1L58A 3VW7A 1QUOA 2RBOA 3C7YA 1OWZA 213LA 1NHBA 3CDVA 3OE6A 4W58A 1L65A 167LA 1G0KA 1XJTA 1LI6A 1L92A 1LYDA 1P3NA 236LA 3CDRA 247LA 4I7QA 2RAZX 107LA 152LA 1OVJA 2B72A 1LPYA 1JQUA 1CTWA 120LA 1L26A 1CU0A 2B6ZA 1G0MA 1QTVA 1L21A 1L72A 4EPFA 3L2XA 1CUPA 2F32A 255LA 1EPYA 1L82A 3G3XA 199LA 1L39A 237LA 139LA 1L40A 1QSQA 2B70A 1PQOA 223LA 1L44A 1C65A 1L87A 2RBQA 1L63A 3DN4A 1L75A 1L37A 201LA 241LA 1SX2A 3DN0A 3LZMA 3V2WA 3HH4A 221LA 1D2WA 1L14A 240LA 1L97A 1QTBA 1L42A 2O7AA 1L52A 253LA 186LA 3GUIA 210LA 3GUNA 1KW7A 1P36A 4I7JA 1XEPA 112LA 4EKQA 1D9WA 1L0JA 1QS5A 3F8VA 1P7SA 3GUKA 1DYDA 1G0LA 3ODUA 4DKLA 128LA 144LA 1L61A 1SSYA 188LA 1LYEA 4LZMA 149LA 141LA 1C6LA 3SB9A 162LA 3RUNA 1L11A 1G1WA 1L73A 1L41A 1QTHA 1L89A 2HUKA 4IAPA 1C6BA 2B7XA 161LA 262LA 2OU9A 191LA 1OVHA 2OE4X 4YX7C 1L19A 1L35A 233LA 1T8GA 137LA 4EKPA 246LA 228LA 244LA 211LA 1G07A 4I7KA 2B73A 2L78A 2Q9EA 3NY9A 3L64A 3C8SA 4I7SA 258LA 224LA 3HH3A 1D3JA 3HT8A 1C6GA 4ARLA 1C6MA 1L17A 245LA 1C63A 1CX6A 4EXMA 198LA 1C64A 2Z6BA 3DNAA 1CV3A 3HH6A 1G0GA 1CU2A 1L68A 1LGWA 1L83A 2ANVA 2O79A 3G3WA 1L06A 1L05A 3HT7A 171LA 4ARJA 6LZMA 1QTCA 1C6FA 1PQIA 243LA 146LA 110LA 185LA 230LA 1C6KA 5I14A 1L07A 115LA 1L32A 3OE8A 183LA 4ARMB 114LA 218LA 1B6IA 127LA 111LA 1L66A 4I7LA 1P5CA 1KW5A 3PBLA 1L36A 157LA 1L01A 1L45A 175LA 3F9LA 4I7TA 3GUPA 156LA 4W56A 1QT6A 250LA 1L94A 2LC9A 195LA 4EKSA 2RBSA 1L84A 184LA 189LA 1OV5A 1OWYA 2A4TA 1CV5A 118LA 130LA 166LA 1C60A 3HTFA 1L69A 2NTHA 251LA 187LA 226LA 3V2YA 1L02A 4ARQA 4LDEA 1L12A 1L27A 222LA 3DMVA 249LA 3OE9A 1L15A 2ANXA 2B6TA 1QT3A 1L49A 1L25A 1L96A 3CDTA 3DN8A 3C7WA 4W53A 176LA 1L51A 1L76A 3DMZA 3NYAA 1G0PA 1L18A 190LA 3DN6A 220LA 206LA 1LYHA 1KY1A 3HT9A 168LA 163LA 2QB0B 4ZPUA 1C6EA 160LA 1L10A 3GUMA 3HU9A 143LA 1PQDA 126LA 4YXAC 2HULA 1L24A 2RB1X 125LA 1T8AA 3HTDA 252LA 1P64A 1XJUA 1L00A 1L0KA 1L98A 150LA 158LA 3GUJA 147LA 3RZEA 200LA 232LA 1C6NA 260LA 2RBNA 173LA 216LA 1T97A 1CV6A 1L04A 1QSBA 1L50A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5L3IA 1DPXA 1LSAA 1SSWA 1XEKA 4UWNA 3WUAA 4FDYA 3CDQA 1LW9A 3F6ZA 2OU8A 4P2EA 194LA 1QUGA 1BB5A 2W1YA 1I20A 2ZQ4A 192LA 2XQOA 4TWSA 4H9BA 2Z18A 3PDSA 3HWLA 1FKVA 3AGIA 1GB8A 1GB2A 4GN5C 4ETDA 3WVXA 5FEKA 1JIYA 209LA 1ZWNA 5KXWA 4J7VA 1YAPA 1LJ4A 5FSTA 2BQAA 1DYGA 1L16A 3WPLA 238LA 4EJ4A 1OVKA 1BWHA 1GXXA 3IJVA 4GBRB 2F2QA 4NGZA 3ZVQA 248LA 2HUBA 5HNCA 1GFTA 1QT5A 1L33A 4NGYA 1YILA 1L53A 3D3DA 2IGCA 1C6JA 3W6AA 4HJYA 1KNIA 1LYFA 2CWIA 3B0KA 2NWDX 1HEOA 1XSFA 3SN6R 2BQLA 254LA 4OWCA 1LHLA 5HQ1A 3M3UA 4ETEA 219LA 4G49A 4EPIA 2YBLA 4Z41A 2LZTA 2MEGA 1GFVA 1NBYC 1NDGC 4D9ZA 3AYQA 3HUKA 1OUGA 1LZNA 1L56A 3WL2A 1EQ4A 3HTGA 2CGIA 193LA 2HTXA 2LYOA 148LE 1IX0A 5KXYA 1P37A 1KXWA 1L48A 5B1FA 4AXTA 3G3BB 5KXKA 3C7ZA 1OUDA 5M1YA 4I7MA 4N1EI 4ARPA 1LI2A 3DKEX 261LA 4I0CA 3FA0A 1T3PA 1LZ8A 1GFHA 4ETCA 5K7OA 5T3FA 2DQJY 1CKFA 4AQNA 108LA 1LJIA 3A92A 4HSFA 1GB9A 1WQMA 9LYZA 229LA 1YIKA 3RNXA 1DYBA 3TMWA 1OUBA 3SBBC 4W55A 1UC0A 1L30A 1WQPA 1F10A 5II3A 2B6YA 1L80A 2B75A 1C6TA 4W96A 2CDSA 1LZ9A 4RLMA 1IORA 1C45A 2DQCY 1GB7A 1LZBA 215LA 239LA 4S0WA 214LA 1L95A 5LA5A 1Z55A 2OU0X 3LYTA 104LA 1C68A 1L47A 1HEMA 1P46A 4U3XB 5APFA 1QT4A 3TXIA 109LA 3A90A 3LYOA 3FADA 1CU6A 1BWJA 2XJWA 3TMXA 1TEWA 1QUDA 1C6AA 1DI3A 1C6HA 4H94A 5C6JA 3AW7A 1QUOA 2RBOA 4H1PA 1L65A 2BQGA 3A6BY 2VB1A 1B7MA 2HEFA 1TCYA 236LA 4I7QA 3CSRA 4LYBA 1IWWA 1GFJA 3AGHA 152LA 1OVJA 5LA8A 1A2YC 1L26A 1CU0A 3FE0A 2ZYPA 4EPFA 4YEMA 1GD6A 255LA 3A3RX 3G3XA 199LA 2A7DA 2Z19A 1F6RA 1AZFA 1EL1A 1BVKC 1PQOA 1VAUA 4NGKA 4RDSA 4RLNA 1C65A 1ZVHL 4H8ZA 4DT3A 4BAFA 1GE0A 3HH4A 4BAPA 1QTBA 1L42A 2O7AA 5LIOA 5KKJA 3GUIA 3A96A 4GCDA 4I7JA 1YAQA 4EKQA 1D0LA 3F8VA 1P7SA 3GUKA 2FBDA 4LYCA 1G0LA 1JTTL 2Z37A 1SSYA 141LA 162LA 2FYCA 4WM3A 3KAMA 262LA 1IP2A 2D91A 2GV0A 1LPIA 1RFPA 1L19A 1UIGA 1XGTC 4HPIA 1IR8A 3WUMA 4B1AA 244LA 1IR9A 4I7KA 5C6LA 1WQRA 258LA 4LYTA 1C6GA 4ARLA 1BWIA 1C6MA 1C63A 1CX6A 2DQIY 2B5ZA 1C64A 1GF8A 3DNAA 5FCPA 1L68A 2MEEA 1L83A 3G3WA 1L06A 4IJ4A 3EBAB 4DD0A 3IWRA 1LSMA 1CJ8A 1QTCA 1LZRA 230LA 2LYMA 1JJ0A 4UWVA 4XADA 3OE8A 4ARMB 1LMCA 2I6ZA 1HF4A 3LN2A 3PBLA 4LFPA 1GFUA 1XGUC 1TBYA 5KXPA 1OP9B 3A93A 4H9IA 4W56A 4WLTA 4EKSA 1QTEA 1V7SA 189LA 1OV5A 130LA 1C60A 1GFGA 1LJHA 3V2YA 1LZ6A 1L02A 1L12A 5KXRA 4DQ5A 4H9EA 1UCOA 4QGZA 1LJ3A 1KXYA 1I1ZA 2B6TA 1B2KA 2DQFC 1L25A 3DN8A 3AB6A 1L51A 3TXBA 1L76A 1EQEA 1VATA 4LZTA 3AZ6A 206LA 4H9HA 4DDBA 1NWGA 1J1XY 1L10A 3GUMA 5APEA 3HU9A 1T8AA 252LA 2DKVA 2BLYA 5I4YA 158LA 3GUJA 147LA 1C6NA 260LA 5LAGA 2RBNA 1YKYX 1LZ5A 173LA 1LMNA 4GN4A 4M6DA 4NHPA 5F9UA 216LA 5E9RA 1GBWA 2F30A 1LJEA 3ZVQB 4ML7A 1OV7A 1L60A 3C80A 4LYZA 5APDA 2YSSC 1C6CA 1L23A 3SB6A 2RH1A 4DAJA 165LA 1L77A 1GB3A 4NSGA 4YXCA 2BQIA 1DYAA 119LA 1L64A 5C6IA 4Z3MA 1LYGA 172LA 3TXFA 4ET8A 1C69A 4CFPA 3QY4A 4WOAA 3C83A 5KXTA 1B5UA 4WM2A 4NIJA 2QARC 1IVMA 4E3UA 2BQOA 4KL7A 1NMMA 1GE1A 1OUAA 3B72A 2ZILA 212LA 4W59A 1L13A 1XEJA 1REZA 1HFYA 182LA 1D6PA 1CX7A 3CSZA 4DQJA 2Z38A 1C6QA 2B6WA 1G06A 2RBPA 3CT0A 4W52A 1DI4A 2YDGA 1LHIA 1HMKA 1F0WA 1JKBA 4PRQA 1LHMA 2HUMA 1WVUA 7LZMA 2ZWBA 2RB0X 1LGXA 4NGWA 3P68A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 5L3I A;  1DPX A;  1LSA A;  1SSW A;  1XEK A;  4UWN A;  3WUA A;  4FDY A;  3CDQ A;  1LW9 A;  3F6Z A;  2OU8 A;  4P2E A;  194L A;  1QUG A;  1BB5 A;  2W1Y A;  1I20 A;  2ZQ4 A;  192L A;  2XQO A;  4TWS A;  4H9B A;  2Z18 A;  3PDS A;  3HWL A;  1FKV A;  3AGI A;  1GB8 A;  1GB2 A;  4GN5 C;  4ETD A;  3WVX A;  5FEK A;  1JIY A;  209L A;  1ZWN A;  5KXW A;  4J7V A;  1YAP A;  1LJ4 A;  5FST A;  2BQA A;  1DYG A;  1L16 A;  3WPL A;  238L A;  4EJ4 A;  1OVK A;  1BWH A;  1GXX A;  3IJV A;  4GBR B;  2F2Q A;  4NGZ A;  3ZVQ A;  248L A;  2HUB A;  5HNC A;  1GFT A;  1QT5 A;  1L33 A;  4NGY A;  1YIL A;  1L53 A;  3D3D A;  2IGC A;  1C6J A;  3W6A A;  4HJY A;  1KNI A;  1LYF A;  2CWI A;  3B0K A;  2NWD X;  1HEO A;  1XSF A;  3SN6 R;  2BQL A;  254L A;  4OWC A;  1LHL A;  5HQ1 A;  3M3U A;  4ETE A;  219L A;  4G49 A;  4EPI A;  2YBL A;  4Z41 A;  2LZT A;  2MEG A;  1GFV A;  1NBY C;  1NDG C;  4D9Z A;  3AYQ A;  3HUK A;  1OUG A;  1LZN A;  1L56 A;  3WL2 A;  1EQ4 A;  3HTG A;  2CGI A;  193L A;  2HTX A;  2LYO A;  148L E;  1IX0 A;  5KXY A;  1P37 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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