1LLHA

Are carboxy terminii of helices coded by the local sequence or by tertiary structure contacts
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGIWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title A test of proposed rules for helix capping: Implications for protein design
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 57
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2002-04-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1llhA00
1G0QA 1L51A 3HUKA 209LA 1L05A 3HTDA 212LA 227LA 158LA 3EMLA 4I7MA 2OU0X 1C6KA 2OE4X 2RBSA 4ARPA 251LA 3NYAA 4W54A 206LA 111LA 2O79A 155LA 165LA 145LA 216LA 1DYAA 3GULA 3UONA 4LDEA 2OTZX 3HT7A 5LZMA 1KY1A 1QTDA 2B6WA 125LA 1G0KA 1CU6A 3FI5A 160LA 1G07A 2OU8A 4IAPA 1L17A 250LA 1L38A 228LA 2Q9DA 200LA 1L01A 3HTGA 1L93A 4W58A 1LI3A 1L39A 1KY0A 3JR6A 171LA 1T97A 1DYBA 1C6FA 1L28A 1P7SA 1P56A 1QTCA 1SSWA 3OE9A 4I7LA 178LA 1QUHA 2B73A 4DJHA 187LA 2B6YA 230LA 3DKEX 3V2WA 1C69A 3RUNA 3C7ZA 4ARMB 3HH3A 1L19A 3HUQA 4YX7C 1DYDA 2RH1A 1C65A 1P3NA 213LA 1KW5A 3LZMA 1OWYA 1C6IA 1OWZA 2O7AA 3DN8A 1L86A 3DN3A 177LA 3HU9A 226LA 2Z6BA 1L36A 120LA 1L22A 1L16A 1L74A 4YXAC 1QT7A 1LWGA 4W59A 3SB8A 1D2WA 147LA 1L70A 3HT8A 1L48A 258LA 7LZMA 1P37A 222LA 1OVHA 1L60A 1L80A 1L72A 183LA 195LA 262LA 4LDOA 1L06A 1L20A 223LA 3SB5A 1L95A 1L97A 1CUQA 1G1WA 1L25A 1L83A 3G3VA 197LA 131LA 2RAYX 214LA 1QT5A 3HTFA 4E97A 1LYDA 1C6LA 1D3NA 1D2YA 129LA 4EPFA 161LA 1G0MA 3C80A 4EJ4A 2RB1X 3HTBA 1D3MA 2RBRA 2B6TA 3GUIA 1DYGA 1SWYA 3DMVA 1L34A 1L71A 103LA 2F2QA 259LA 1LI6A 4W51A 2NTHA 188LA 3NY8A 1L54A 2B7XA 3SB7A 1WTHA 3SBAA 2RBOA 1PQDA 247LA 3NY9A 1LI2A 1QT3A 1SWZA 1QUOA 1C6BA 148LE 1QSQA 3HT9A 1L84A 1L53A 114LA 1CU5A 110LA 1L96A 184LA 1PQOA 1L35A 192LA 142LA 1OV5A 2RAZX 1L81A 249LA 1LYFA 1P5CA 3DN1A 3FADA 1LGXA 1LYHA 1L03A 1L87A 1CV1A 144LA 128LA 3OE6A 164LA 1L29A 1L21A 1L82A 3DMXA 167LA 141LA 1G0LA 1L73A 1L47A 126LA 1QS5A 3VW7A 1JTNA 1L42A 2Q9EA 1C6QA 3DN6A 261LA 176LA 4LDLA 211LA 236LA 4LZMA 1LGUA 186LA 1P2LA 241LA 3GUPA 113LA 218LA 1QT8A 3HWLA 1L85A 1L14A 1CTWA 138LA 2B70A 6LZMA 162LA 102LA 1L31A 3L64A 1L77A 4GRVA 1CV4A 1OV7A 1L56A 3HDEA 140LA 1OYUA 1CV5A 3CDRA 4I7TA 1LPYA 1NHBA 1L92A 3GUOA 1LYIA 243LA 1JTMA 1L40A 1EPYA 201LA 1L66A 5I14A 229LA 1L23A 215LA 1L59A 1P2RA 1L37A 1L68A 2F32A 108LA 1L98A 1PQKA 232LA 2QB0B 4OO9A 1QT4A 2RBNA 1PQMA 4I7NA 1L12A 1L50A 242LA 2CUUA 2F47A 2RBPA 4EXMA 2A4TA 159LA 233LA 1D3FA 1KW7A 219LA 1C6HA 2B74A 225LA 2NTGA 4ARJA 3SB6A 2RB0X 4ZPUA 1L44A 199LA 4EKRA 1L52A 3HT6A 182LA 1JQUA 4I7RA 1L79A 3D4SA 1L58A 175LA 1C64A 1QUDA 4I7PA 1G06A 1DYCA 3HUAA 1L27A 2B6ZA 3DMZA 1L13A 137LA 224LA 1L49A 3C7WA 1P46A 238LA 122LA 1L63A 4I7OA 3C8SA 2ANVA 1C6AA 1C6CA 1L30A 1L89A 1L62A 1C6PA 1KNIA 156LA 152LA 1OVJA 196LA 1L99A 1G1VA 3SN6R 234LA 1L26A 1C6TA 3SB9A 1P36A 4W56A 149LA 1L09A 1L07A 3K2RA 1XEPA 1C66A 260LA 3FA0A 3SBBC 205LA 1L0JA 107LA 4YXCA 3GUNA 237LA 4EKPA 3HU8A 1L88A 4GBRB 240LA 3HH6A 2B75A 1CUPA 1LGWA 235LA 3HDFA 3HH5A 3PBLA 1L0KA 185LA 1CV0A 151LA 1CU3A 1L04A 168LA 1C67A 1K28A 2OU9A 3GUKA 130LA 1C6MA 4W53A 1SX2A 3DN4A 4AQNA 1C6EA 1SX7A 1L00A 1C60A 104LA 2B6XA 1CX6A 1C6JA 1T6HA 109LA 3V2YA 180LA 1DYFA 1ZYTA 4EKSA 2B72A 210LA 1L45A 1DYEA 1G0PA 198LA 1C68A 2LCBA 4I7KA 3F9LA 1L24A 190LA 1PQJA 1L61A 245LA 2QARC 2OE9X 3CDQA 139LA 4EPIA 1I6SA 4K5YA 4ARLA 3C83A 1L67A 1CV6A 244LA 172LA 2O4WA 1L91A 118LA 1ZURA 255LA 4I7JA 112LA 146LA 246LA 189LA 170LA 1TLAA 1C6GA 143LA 4ARQA 1XJTA 1G0GA 1L76A 115LA 239LA 1T8GA 1LWKA 1L46A 2OE7X 1L55A 1L65A 231LA 1CV3A 1L02A 4PJZA 4W57A 3RZEA 2IGCA 123LA 191LA 217LA 166LA 3CDVA 3DN0A 3C8RA 1SSYA 257LA 119LA 2HUKA 1C62A 2OTYX 4DKLA 221LA 127LA 2L78A 4I7QA 1L94A 1L15A 1B6IA 4EKQA 4DAJA 1CX7A 4I7SA 1D3JA 1QT6A 1L57A 1C61A 253LA 3GUMA 220LA 3ODUA 1T8AA 3C81A 1LW9A 2LC9A 1L11A 2RBQA 1L18A 173LA 1T8FA 1LYEA 4ARQB 3OE8A 2OEAX 163LA 4S0WA 1ZWNA 1QTZA 3OE0A 181LA 3DN2A 2HUMA 1XJUA 252LA 1L90A 1L08A 1P6YA 1C6NA 150LA 1QSBA 254LA 1L75A 2ANXA 1CVKA 4ARMA 1L64A 1C6DA 3CDTA 1QTBA 1LYJA 1OVKA 1CU0A 3F8VA 1L32A 3G3WA 174LA 1QUGA 1L43A 3L2XA 2LZMA 3QAKA 3C82A 3GUJA 1D9WA 1C63A 3DNAA 1QTHA 2HULA 4PK0A 1L10A 3HH4A 1P64A 3PDSA 1G0JA 1LYGA 1LLHA 3C8QA 169LA 3CDOA 4W52A 157LA 2RB2X 1PQIA 256LA 1CU2A 1L41A 3C7YA 1QTVA 248LA 3G3XA 1L33A 4W55A 1L69A 1QS9A 1KS3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4NIJA 1L05A 4H92A 1LZGA 2RBSA 3E3DA 1JSFA 3NYAA 2W1LA 155LA 1LMPA 3UONA 1VDSA 4ETDA 4LDEA 4NGLA 5LZMA 1KY1A 1GE4A 160LA 4XJGA 4HJZA 2Q9DA 2MEAA 5LYZA 4WMGA 4H9BA 1GF5A 2D4KA 5A3EA 4RLMA 1DYBA 1L28A 4I7LA 1JWRA 1N4FA 5J7CA 1GEVA 5DN5A 1LJIA 5C6JA 187LA 1EL1A 1HMKA 3AGIA 1QTEA 5F16A 1C43A 4ARMB 3FI7A 3HH3A 3AW6A 1WVVA 1YKYX 4CGEA 4YX7C 2RH1A 1C65A 1G7MC 4NGWA 1KW5A 1C6IA 4YENA 177LA 1UIFA 1OUHA 1WTNA 5II3A 1QDTA 4LYMA 4WOAA 3QE8A 8LYZA 4B4IA 1D2WA 2ZIKA 1L48A 4HP0A 4H91A 1P2CC 1P37A 1OP9B 1LSCA 4NSGA 2MEGA 195LA 4RW2A 1CUQA 1G1WA 5B07A 1L25A 1L83A 1IWUA 3G3VA 1OUJA 2HEAA 131LA 2RAYX 5LVHA 214LA 1QT5A 4E97A 4WL6A 1C6LA 4DDAA 1AZFA 1D2YA 1YL0X 4EPFA 1CNSA 3C80A 4EJ4A 1NDGC 5I4WA 3HTBA 2B6TA 5KXOA 1SWYA 3DMVA 1WQNA 3WPLA 2F2QA 1LI6A 4W51A 1TBYA 1YAMA 188LA 1TAYA 1LZ5A 1HF4A 1L54A 3SBAA 1GFRA 1LI2A 1IP6A 1C6BA 1LOZA 3HT9A 1LJHA 5KKJA 4IJ4A 5KXMA 1CU5A 1L35A 2DQCY 1OUGA 1SLYA 1LPIA 1IP4A 2DQGY 5KY1A 5APEA 4NSIA 2G4NA 2N5ZA 3CT0A 1LMQA 2BQLA 1L29A 1KXXA 1IOCA 167LA 1IP3A 1LZEA 1L73A 2FBBA 3VW7A 1JTNA 1L42A 1MELL 176LA 4LDLA 236LA 2DQEY 1C45A 4LZMA 1P2LA 218LA 3HWLA 1L85A 1GBZA 5EBHA 1CTWA 138LA 3EXDA 102LA 3B0IA 4GRVA 4Z3MA 1CV4A 4OOOA 1L56A 5LA8A 1JIYA 3D9AC 1CV5A 2H9JA 1LSPA 2VB1A 5LVIA 4NG8A 243LA 1JTMA 1L40A 4GLAA 4BAPA 3AYQA 1L66A 3B6LA 1WVUA 5L3HA 1GB6A 1NQIA 1L59A 1P2RA 1HC0A 2F32A 2BQNA 1B2KA 3W3EA 3WUMA 3WXUA 4O34A 3P4ZA 1PQMA 2Z2EA 1NBYC 1L12A 1L50A 242LA 3BKVA 1GDXA 2XJWA 1D3FA 1KW7A 1C6HA 3G3BB 1GE3A 2RB0X 3TMUA 1GB7A 1LHMA 1LYOA 4EKRA 1L52A 3HT6A 2MEIA 1KXYA 1L79A 1L58A 3VWOA 4NGYA 1HFYA 1L27A 122LA 1F10A 4B4JA 3C8SA 2ANVA 1C6AA 3ULRA 4LT0A 1KNIA 1OVJA 4WLDA 196LA 1L99A 1L07A 3RU5A 3TXKA 5E4PA 1C10A 1HMLA 3AZ7A 4EKPA 1T3PA 2DQHY 1LJFA 1D9UA 3PBLA 5K7OA 5IHGA 168LA 2AUBA 2ZYCA 1NF5A 4ETBA 1C6MA 4W53A 1SX2A 3D3DA 3DN4A 1C6EA 1SX7A 4CJ2A 2B6XA 3ZVQB 4DQJA 4NGIA 1T6HA 3M3UA 109LA 1IIZA 1Z55A 2BQGA 3WH1A 4ET9A 1LHLA 2B72A 1OUEA 1GXXA 210LA 2I26L 1DYEA 1G0PA 3K3TA 2BQHA 4H90A 4I7KA 5A3ZA 5LVJA 1YAQA 4G4BA 4DD7A 2OE9X 4AXTA 139LA 4EPIA 1I6SA 1LHJA 1L67A 4CHXA 244LA 2B5ZA 2Z18A 1NWGA 1GEZA 1BWJA 143LA 3HBEX 1G0GA 1L76A 2G4PA 3GXRA 2OE7X 1L55A 1UIGA 1GBXA 1L02A 4PJZA 1YAPA 191LA 217LA 2HEBA 3FE0A 1HENA 4BS7A 3T6UA 257LA 1IR8A 1GFEA 1GBSA 5KXLA 4DKLA 221LA 4HJVA 4GLVA 1L94A 4UWVA 1UIDA 2HEDA 3W6CA 4DAJA 1CX7A 1D3JA 1LMTA 4YEOA 2YBMA 1QT6A 2F4AA 1JTPL 220LA 1T8AA 4M4OA 4WLTA 1IP1A 173LA 1ZWNA 2FYCA 4PRQA 4WL7A 3AW7A 252LA 4ETAA 254LA 1J1XY 3A90A 5KKIA 4WO6A 3CDTA 2D4IA 1VEDA 1LYJA 154LA 2YDGA 1CU0A 3WPJA 1L32A 4RDSA 5C6IA 1QUGA 1YAOA 3A92A 5FEKA 5D5FA 3W6EA 1D9WA 2DBTA 2ZWBA 4PK0A 3TXGA 5B59A 1IWZA 1LLHA 3C8QA 4W52A 1JTOL 1LSEA 4NHQA 4NHSA 4W55A 1DI4A 4ARQB 1OUIA 1G0QA 1TEWA 209LA 1D0MA 1BWIA 1NKHA 227LA 1VATA 1BGIA 2O79A 145LA 3GULA 5IDDA 4LZTA 1GE0A 1TDYA 4LFXA 1CU6A 2C8OA 1BB5A 3WYHA 1D0KA 2DKVA 1L38A 4NSJA 1L01A 3HTGA 4D9ZA 3AGHA 2Y8PA 4W58A 1LI3A 1JSEA 3WU7A 3JR6A 171LA 3OE9A 1C6FA 1WQPA 1NDMC 1P56A 1IC5Y 1BQLY 4XJIA 2D6BA 4GCCA 3TXEA 1HEWA 1H87A 2B6YA 230LA 3DKEX 4WM2A 1YL1X 2XBRA 5LVKA 1PS5A 5APCA 2MEDA 3WVYA 2CJLA 2BQEA 2Z6BA 5KXNA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4NIJ A;  1L05 A;  4H92 A;  1LZG A;  2RBS A;  3E3D A;  1JSF A;  3NYA A;  2W1L A;  155L A;  1LMP A;  3UON A;  1VDS A;  4ETD A;  4LDE A;  4NGL A;  5LZM A;  1KY1 A;  1GE4 A;  160L A;  4XJG A;  4HJZ A;  2Q9D A;  2MEA A;  5LYZ A;  4WMG A;  4H9B A;  1GF5 A;  2D4K A;  5A3E A;  4RLM A;  1DYB A;  1L28 A;  4I7L A;  1JWR A;  1N4F A;  5J7C A;  1GEV A;  5DN5 A;  1LJI A;  5C6J A;  187L A;  1EL1 A;  1HMK A;  3AGI A;  1QTE A;  5F16 A;  1C43 A;  4ARM B;  3FI7 A;  3HH3 A;  3AW6 A;  1WVV A;  1YKY X;  4CGE A;  4YX7 C;  2RH1 A;  1C65 A;  1G7M C;  4NGW A;  1KW5 A;  1C6I A;  4YEN A;  177L A;  1UIF A;  1OUH A;  1WTN A;  5II3 A;  1QDT A;  4LYM A;  4WOA A;  3QE8 A;  8LYZ A;  4B4I A;  1D2W A;  2ZIK A;  1L48 A;  4HP0 A;  4H91 A;  1P2C C;  1P37 A;  1OP9 B;  1LSC A;  4NSG A;  2MEG A;  195L A;  4RW2 A;  1CUQ A;  1G1W A;  5B07 A;  1L25 A;  1L83 A;  1IWU A;  3G3V A;  1OUJ A;  2HEA A;  131L A;  2RAY X;  5LVH A;  214L A;  1QT5 A;  4E97 A;  4WL6 A;  1C6L A;  4DDA A;  1AZF A;  1D2Y A;  1YL0 X;  4EPF A;  1CNS A;  3C80 A;  4EJ4 A; 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