3SB7A

Cu-mediated trimer of t4 lysozyme d61h/k65h/r76h/r80h by synthetic symmetrization
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
163
structure length
163
Chain Sequence
PMNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKHEAEHLFNQDVDAAVHGILHNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title An approach to crystallizing proteins by metal-mediated synthetic symmetrization.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 54
structure length 163
sequence length 163
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2011-06-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3sb7A00
1SWYA 1C6GA 236LA 3HT7A 4EKQA 1L0JA 2F32A 231LA 4ARMB 3V2YA 169LA 1L20A 1QTVA 168LA 3C7WA 1T97A 1L0KA 1P5CA 3HU8A 3NY9A 1L15A 1L68A 104LA 172LA 1L85A 1L10A 1L42A 4W52A 3HT6A 1DYEA 157LA 1L12A 1L18A 259LA 1CX6A 222LA 1L08A 1OVJA 1L82A 1L02A 2O7AA 166LA 1T8FA 2RBNA 232LA 1L99A 3VW7A 247LA 1CVKA 242LA 1L32A 2NTHA 4W58A 256LA 1CUQA 1SSYA 4I7SA 1L21A 1C6NA 1DYFA 109LA 1JQUA 2RAZX 1CV4A 1QTCA 3JR6A 1LWKA 3HH3A 2B6XA 1C6PA 170LA 1L48A 1L93A 1P64A 2QARC 226LA 3HTBA 1XJTA 102LA 3SB9A 4LDOA 3OE8A 3L2XA 239LA 1QTZA 1PQJA 1G0JA 1DYAA 1L84A 2Q9DA 182LA 1OWYA 1L73A 1SX7A 2B74A 1CX7A 1QS5A 2ANXA 155LA 1L14A 1G0GA 219LA 3GUMA 1QTDA 3NY8A 1L56A 1CV1A 1T8GA 107LA 1LWGA 260LA 140LA 2CUUA 4DKLA 2B7XA 146LA 1LYJA 237LA 1C6FA 1L27A 212LA 199LA 3SB5A 3F9LA 152LA 4GBRB 191LA 1LYIA 245LA 2F2QA 1ZYTA 1L49A 6LZMA 1TLAA 1C66A 3C82A 3CDTA 149LA 1C6LA 3GUNA 4W57A 4LDEA 2A4TA 188LA 1G0KA 4ARMA 3OE6A 1L46A 3C7YA 2ANVA 4ARJA 142LA 3HWLA 1QUOA 1D3FA 3RUNA 120LA 1QT4A 4YXAC 1D9WA 163LA 2RBSA 1L61A 151LA 1L86A 1L89A 1L75A 183LA 178LA 103LA 1QT6A 3DN6A 1NHBA 1L95A 192LA 128LA 1L69A 233LA 174LA 257LA 243LA 1B6IA 4PJZA 1C69A 3QAKA 185LA 1L39A 1ZURA 3HTDA 3UONA 1JTMA 210LA 5I14A 3CDQA 4W51A 244LA 1CU5A 3HTFA 1D3JA 1LI6A 138LA 1L83A 2LCBA 2B6WA 1LPYA 4AQNA 1C6HA 158LA 3HTGA 131LA 1OV5A 254LA 1L74A 2RBRA 1L92A 125LA 1QSQA 4PK0A 1C6JA 1L23A 1OWZA 4K5YA 1L77A 3SBAA 113LA 122LA 197LA 206LA 1L70A 1SWZA 4EKSA 200LA 1C64A 2B72A 4I7KA 3NYAA 1L97A 4ARLA 4W59A 1C6DA 2B75A 1L79A 1CV0A 3HH5A 1G0MA 1P7SA 1L59A 1PQKA 201LA 4I7JA 184LA 1QTHA 3F8VA 3FI5A 3HH4A 108LA 1CU2A 150LA 1L16A 1CU0A 3DN2A 218LA 3OE0A 1LI3A 1P2LA 246LA 4GRVA 2RH1A 161LA 148LE 1L35A 1L58A 190LA 3L64A 216LA 2HULA 1L34A 187LA 1DYCA 1G0LA 2OU8A 4E97A 1OV7A 253LA 1ZWNA 130LA 1D2WA 147LA 1L17A 4I7OA 1C6TA 3C8QA 238LA 220LA 2F47A 1P36A 1KY0A 1P37A 1QSBA 224LA 171LA 180LA 1C6AA 1L60A 1LGUA 4LDLA 2O4WA 3SB8A 1OYUA 1KY1A 1D2YA 1L06A 1KS3A 3DMVA 1D3MA 2LC9A 3LZMA 4EJ4A 1LGWA 213LA 195LA 1DYDA 3G3WA 4W53A 1K28A 223LA 137LA 3CDVA 4EXMA 198LA 3CDOA 3HT9A 160LA 258LA 1L04A 2OTZX 1L96A 1C6MA 262LA 2QB0B 4S0WA 1P6YA 1CV3A 1G0PA 3G3VA 1CTWA 211LA 126LA 3D4SA 4ZPUA 1CU3A 1L31A 1PQDA 3DKEX 227LA 4ARPA 1OVHA 181LA 2RBOA 215LA 1KW7A 1D3NA 249LA 255LA 189LA 3GUPA 2OU0X 4I7QA 3ODUA 165LA 1EPYA 1QT3A 1T8AA 115LA 2OE4X 1PQIA 4I7TA 1P2RA 1L52A 1QUDA 217LA 1C65A 1L90A 1L47A 110LA 1LYFA 3DN3A 1KNIA 3DNAA 3SB6A 3DN0A 1T6HA 2B70A 1XJUA 1LYEA 186LA 1LYHA 2L78A 129LA 1L11A 162LA 3GULA 1XEPA 1L22A 1WTHA 2HUKA 1C6CA 4ARQB 1L63A 1DYBA 2RBQA 3GUOA 1L76A 1QT5A 1L67A 2OU9A 1P56A 3C81A 235LA 225LA 4IAPA 1L55A 4DJHA 118LA 144LA 1L87A 1LLHA 1P46A 2B6ZA 3SBBC 1L62A 2HUMA 3SN6R 1L24A 1OVKA 252LA 145LA 1PQOA 1G1VA 3C8RA 4I7NA 159LA 1L37A 1L09A 1L44A 1L80A 1L40A 1L88A 1QT7A 3HDFA 2OE9X 156LA 1L43A 2B6TA 127LA 4W54A 1L07A 1L29A 1L65A 3GUKA 3DN8A 5LZMA 3PBLA 1SX2A 228LA 1L28A 176LA 2RAYX 1C6IA 209LA 1C63A 1G07A 1PQMA 251LA 205LA 3DMZA 3OE9A 1C6QA 1LYDA 3C83A 4EKRA 2OEAX 3HDEA 1G0QA 4YX7C 4OO9A 1L13A 1LYGA 1CU6A 3FADA 1QT8A 1JTNA 1C67A 1L54A 2B6YA 2IGCA 1L33A 2RBPA 2B73A 4EPFA 1L00A 164LA 1L19A 2O79A 175LA 230LA 4YXCA 1G06A 1QUGA 3DN4A 4I7PA 4I7LA 1P3NA 1C6KA 177LA 112LA 234LA 2RB0X 1KW5A 123LA 3GUIA 1L94A 1CV5A 1L81A 143LA 3HUQA 4W55A 1C61A 1L98A 2RB1X 4DAJA 2RB2X 229LA 261LA 3DN1A 1L41A 1LW9A 141LA 139LA 119LA 1L05A 1L53A 4EPIA 1CV6A 1I6SA 1C60A 1LI2A 1L64A 3HUKA 167LA 1C6EA 3C7ZA 1C6BA 1L30A 2LZMA 3C8SA 4I7MA 250LA 2OE7X 1L91A 7LZMA 3RZEA 240LA 1QUHA 173LA 3SB7A 4ARQA 3CDRA 1C62A 3HUAA 1L03A 3EMLA 248LA 1L25A 1L57A 1LGXA 1QS9A 1C68A 4I7RA 3V2WA 3FA0A 241LA 1QTBA 1SSWA 3C80A 196LA 1L26A 1L71A 114LA 221LA 4W56A 2NTGA 3G3XA 1DYGA 4EKPA 3K2RA 1L51A 4LZMA 3PDSA 2Q9EA 1G1WA 1CUPA 1L45A 111LA 3GUJA 3DMXA 3HH6A 3HU9A 1L36A 1L50A 214LA 2Z6BA 1L66A 1L01A 3HT8A 1L72A 2OTYX 1L38A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1SWYA 1QDRA 236LA 1VDTA 1L20A 5LVGA 3W6CA 1L0KA 3WMKA 4KXIA 4ETEA 1LHHA 3HU8A 5KXZA 1TAYA 1L15A 4CJ2A 4H9HA 259LA 2HU3A 4ET9A 1B7PA 222LA 1L08A 1BVXA 1C10A 2O7AA 2IHLA 4ANRA 1CVKA 242LA 2N5ZA 2HU1A 1BB3A 1UIGA 4J1AA 1BVKC 1GFHA 1LMAA 1B5XA 4G4BA 3JR6A 2B6XA 2F2NA 1L48A 1L93A 1P64A 4WLDA 226LA 2DQDY 5APEA 3HTBA 3SB9A 2MEHA 4WM1A 3W6AA 239LA 1GFUA 2YBMA 1LJNA 2FBBA 1L84A 3P64A 4WG7A 1GDXA 4U3XB 1SX7A 4H9EA 5L3IA 2ANXA 155LA 4E3UA 2CJLA 1GF7A 1TDYA 1GBWA 1MLCE 5L9JA 1T8GA 107LA 5LA8A 260LA 4GLVA 1LMOA 4TWSA 4DKLA 1JSFA 237LA 4WM3A 1C6FA 1NF5A 1GE1A 1IP6A 199LA 4NGVA 3F9LA 4GBRB 5LYMA 3TXDA 3TMWA 1BB6A 3FI7A 4XJDA 1YL1X 3CDTA 1LMTA 1OUCA 5F9UA 149LA 4LDEA 4ETCA 5FHWA 4DDCA 1LZ9A 5DL9A 4ARMA 5B07A 1HC0A 3C7YA 2CDSA 2DQJY 1LSPA 1AZFA 4YXAC 5F14A 2YBNA 4H9BA 2RBSA 1L61A 3CSZA 1L89A 178LA 4G9SA 1LYZA 4KL7A 3WVYA 128LA 2BQHA 1TCYA 174LA 3AZ4A 1HELA 1B7RA 3UONA 1J1OY 2BQNA 3CDQA 1GB9A 3A90A 1LI6A 5I54A 1BWHA 4NSJA 1C6HA 158LA 3HTGA 3KAMA 2Q0MX 131LA 1GE0A 2W1MA 2IFFY 5FELA 125LA 3ZVQA 1W6ZA 3SBAA 5LAFA 1LSCA 206LA 4PRQA 5LVIA 1L70A 1SWZA 2B72A 4I7KA 1LSYA 1VDSA 1JJ1A 2Y8PA 1C6DA 4I0CA 4MR1A 5KXTA 4MCKA 4LYTA 1H87A 1P7SA 4H8XA 1PQKA 184LA 1CU0A 132LA 4OWEA 2G4PA 1YL0X 1G7LC 5LINA 161LA 3L64A 2HULA 1XSFA 1G0LA 1HEWA 2OU8A 1KIRC 4I7OA 5HMJA 5KKJA 4B4IA 1REZA 5C6JA 5LYZA 220LA 4XJGA 1HEPA 3J4GA 4WLXA 1LJGA 1LKSA 4H94A 5B05A 1GFJA 1VATA 1AKIA 4HV2A 3DMVA 3ZEKA 1IOSA 195LA 3GXKA 3VWOA 4O34A 1GFEA 1VEDA 4B49A 3CDOA 2CWIA 3M18B 3HT9A 160LA 3IJUA 1LZ5A 1L96A 4NHPA 3AB6A 4II8A 1G0PA 5KXLA 5F16A 4W96A 1J1PY 208LA 4GN4A 1LZ1A 1FKVA 5IHGA 5I53A 1GB0A 2X0AA 1GFGA 1D6QA 3E3DA 1DZBX 5APFA 4M4OA 5A3EA 4ZEEA 1QT3A 2OE4X 3TXGA 4YM8A 4I7TA 217LA 1RJCB 2GV0A 1LPIA 1LYFA 3DN3A 3AZ6A 1F10A 1KNIA 3SB6A 5IDDA 2B70A 4J0LA 186LA 1FLUA 1UIDA 3HBHA 4G4HA 4NWEA 1RCMA 1HNLA 1XEPA 3A96A 2HUKA 3P65A 3W3EA 3GUOA 2YBJA 2EPEA 1L76A 5LAGA 3B72A 1G7IC 3B0IA 1B5ZA 235LA 4XJHA 1L55A 1LSBA 1LSEA 2YDGA 4D9ZA 1P46A 3SBBC 3WL2A 3AZ5A 3B6LA 1L62A 1JKAA 1OVKA 145LA 1JJ0A 3C8RA 4I7NA 2FBDA 2ZIKA 1KXXA 1LHJA 4J1BA 1HFXA 5I4YA 1FLYA 3TXKA 1L88A 4H9FA 1WTMA 1KIQC 3A3QA 2W1LA 4W54A 1LCNA 2BQAA 5LZMA 228LA 5DN4A 2B5ZA 176LA 2I6ZA 2EKSC 209LA 1G07A 3DMZA 3N9CA 3WPLA 2DQHY 3OE9A 4R6CA 1DKJA 1G0QA 4L41A 1WQNA 1LAAA 1IIZA 1CU6A 1QT8A 2G4QA 2IGCA 1I20A 1QSWA 1L33A 1HSWA 1LZGA 5AMYA 2B73A 4EPFA 1LJ3A 4XENA 1L00A 1L19A 1GB7A 230LA 1CKDA 1FBIX 3WXUA 3M3UA 1P3NA 2Z38A 1LSZA 1D0MA 2BLXA 1NDMC 4G49A 3WPKA 1L81A 3WPJA 1XGPC 3HUQA 4W55A 1LSFA 3DN1A 1IWTA 1L64A 1XGTC 1L30A 4DT3A 2OE7X 1DI4A 3LZ2A 4NWHA 1L91A 3WU7A 2BQEA 4GCFA 173LA 4RW2A 4ARQA 1L03A 3P68A 2EIZC 3GXRA 1L57A 1LGXA 1QS9A 2HEFA 4NGLA 3V2WA 5LVKA 1GF9A 3HBEX 1LZDA 2ZNXY 2ZYCA 4W56A 1BHZA 1QQYA 1GB8A 4M6DA 1G1WA 4ETDA 1GB5A 3DMXA 2F4AA 4WO9A 3HU9A 3RT5X 1L50A 1DXJA 1JEFA 5K7OA 1IR9A 1G7MC 2NWDX 4EKQA 1L0JA 1B2KA 231LA 169LA 3C7WA 3EMSA 1GFKA 194LA 104LA 172LA 1L42A 4W52A 3RNXA 1DYEA 3G3BB 4DD9A 3LYTA 2ZWBA 4H1PA 166LA 2RBNA 1LJFA 1L99A 1EQ5A 247LA 4Z41A 1L32A 5C6LA 1L21A 1ZVHL 1C6NA 4HV1A 1DYFA 109LA 3HH3A 170LA 4A7DA 153LA 1B5YA 2LYOA 1XJTA 3OJPA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1SWY A;  1QDR A;  236L A;  1VDT A;  1L20 A;  5LVG A;  3W6C A;  1L0K A;  3WMK A;  4KXI A;  4ETE A;  1LHH A;  3HU8 A;  5KXZ A;  1TAY A;  1L15 A;  4CJ2 A;  4H9H A;  259L A;  2HU3 A;  4ET9 A;  1B7P A;  222L A;  1L08 A;  1BVX A;  1C10 A;  2O7A A;  2IHL A;  4ANR A;  1CVK A;  242L A;  2N5Z A;  2HU1 A;  1BB3 A;  1UIG A;  4J1A A;  1BVK C;  1GFH A;  1LMA A;  1B5X A;  4G4B A;  3JR6 A;  2B6X A;  2F2N A;  1L48 A;  1L93 A;  1P64 A;  4WLD A;  226L A;  2DQD Y;  5APE A;  3HTB A;  3SB9 A;  2MEH A;  4WM1 A;  3W6A A;  239L A;  1GFU A;  2YBM A;  1LJN A;  2FBB A;  1L84 A;  3P64 A;  4WG7 A;  1GDX A;  4U3X B;  1SX7 A;  4H9E A;  5L3I A;  2ANX A;  155L A;  4E3U A;  2CJL A;  1GF7 A;  1TDY A;  1GBW A;  1MLC E;  5L9J A;  1T8G A;  107L A;  5LA8 A;  260L A;  4GLV A;  1LMO A;  4TWS A;  4DKL A;  1JSF A;  237L A;  4WM3 A;  1C6F A;  1NF5 A;  1GE1 A;  1IP6 A;  199L A;  4NGV A;  3F9L A;  4GBR B;  5LYM A;  3TXD A;  3TMW A;  1BB6 A;  3FI7 A;  4XJD A;  1YL1 X;  3CDT A;  1LMT A;  1OUC A;  5F9U A;  149L A;  4LDE A;  4ETC A;  5FHW A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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