5KXXA

Hen egg white lysozyme at 278k, data set 7
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Isomerase
molecule keywords Lysozyme C
publication title Conformational variation of proteins at room temperature is not dominated by radiation damage.
pubmed doi rcsb
source organism Gallus gallus
total genus 55
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2016-07-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 5kxxA00
2BQNA 4LYMA 1B7QA 4LYTA 1WQPA 1DZBX 1DI3A 2A7DA 4B0DA 4ETDA 4WG7A 1LZCA 5C6IA 1LKRA 1EQEA 1GF0A 4NGJA 4NSGA 3ZVQB 1GFAA 5HLLA 5APCA 1BWJA 3CT1A 4QY9A 2F4GA 5B59A 4NGKA 9LYZA 1LYSA 2N5ZA 3TXBA 3WYHA 1CJ8A 1CJ6A 2MEEA 2FBBA 4OWCA 4NFVA 1JUGA 1HSXA 1I1ZA 4WLYA 1IWUA 1JSFA 1HEPA 2YBJA 2BAAA 2H9KA 1JJ1A 1GBYA 4PRQA 5FELA 3W3EA 1LJJA 3WU7A 4BADA 2F2NA 1TDYA 4DD3A 5KXTA 1XEIA 5KXNA 1TAYA 4OWEA 5T3FA 1XFPL 5I5QA 1VAUA 4IATA 3WVYA 4YM8A 1FLUA 4M4OA 5KXPA 2W1YA 2BPUA 2G4QA 4WM4A 4DD7A 4WMGA 1EQ4A 3A96A 1GB5A 4A7DA 4ANRA 3TXFA 4DD2A 5LXWA 1LZYA 5FEKA 2HECA 5DN4A 4LFPA 4CJ2A 1TBYA 4B4JA 4WL6A 1VEDA 2EIZC 2ZNWY 2HEDA 1LYYA 3IJUA 4W96A 4D9ZA 3P4ZA 5FDJA 1YQVY 4J1AA 5IDDA 1VDPA 4HV2A 3F6ZA 4EOFA 1LSAA 2YBIA 1GB3A 1T3PA 2IFFY 1YAQA 2BQCA 4NGLA 1IP6A 1B7SA 1H87A 1LSZA 2XBRA 4HTNA 4MSTA 5KXMA 1AZFA 2CDSA 5L9JA 4LGKA 1DPWA 1O23A 1IY4A 3MGWA 4DT3A 3AZ5A 5E4PA 1FLQA 1GDXA 3CB7A 1H6MA 4WLXA 3VWOA 2LZ2A 1NWGA 4ZIXA 1GB9A 1D9UA 1IP3A 1XGRC 1LZEA 1OUCA 207LA 1LZTA 1ZVYB 3B0OA 194LA 1B5UA 1P2CC 1JJ3A 1LMPA 3WXTA 1FKVA 5HMJA 4AGAA 4TTDA 3A94A 1J1PY 3GXRA 4DYGA 2CGIA 4Z98A 1HFXA 4H9HA 2BQKA 3A90A 3FE0A 1JKBA 2DQEY 2EKSC 2FBDA 4H92A 4LYZA 4NSHA 8LYZA 3RZ4A 3D3DA 1LZNA 4OOTA 1LZ5A 2BLYA 1LSCA 1GEZA 1GAZA 3B0KA 2H9JA 1UIGA 4NSIA 5J7CA 4XJGA 193LA 1LSNA 4H90A 1CKFA 1LSBA 1OUAA 5KXRA 1J1XY 3P68A 208LA 3QY4A 4PPOA 4C5FA 4WO9A 3G3AB 1LZ9A 1RCMA 1XGTC 5KXKA 1EL1A 2HTXA 4HJVA 1HMLA 1ALCA 4CFOA 1OUEA 1GD6A 2D4JA 1LZ4A 4LFXA 132LA 3B72A 3WULA 1LJGA 1WQRA 4G9SA 3IWRA 1B7LA 1LHJA 2BQHA 1ZMYL 1GF4A 2BQBA 1GFJA 1HSWA 1YAPA 4N1CC 4QGZA 2YBMA 1G7IC 1LZDA 1B7PA 1IWZA 1LMTA 1NMMA 1WQNA 3EBAB 5B05A 1GBOA 1DXJA 4GN4A 3QNGA 5I4YA 5HMVA 7LYZA 5LIOA 3AGGG 1DI5A 2ZIJA 2MECA 4WLDA 1B2KA 1IP2A 4ZFPA 2BQMA 3W6DA 2YDGA 3A3QA 3WMKA 1IOQA 3CSZA 2DQJY 1GE4A 1NDGC 3W6BA 1GEVA 3A92A 6LYZA 1UIAA 1B7RA 2G4NA 1IWYA 4XJHA 5LVGA 3B6LA 2LYOA 1UACY 1NBZC 2XJWA 1AT5A 4NIJA 1UBZA 1DKJA 1PS5A 2BLXA 2Z38A 1ZV5L 3LYMA 1LHMA 5L3HA 1GBXA 1GXV2 4XJDA 1VATA 1KIRC 5KJ9A 4N9RA 5E9RA 3WVXA 4QEQA 2VB1A 4IJ4A 1EQ5A 1SQ2L 4CGEA 1CJ9A 1F0WA 2Z37A 3WUMA 5LINA 2GV0A 4YEMA 5DM9A 5F9XA 1IWVA 1LJIA 4XADA 1FKQA 4NGIA 4Z46A 1IP4A 1CJ7A 1REMA 1MLCE 1YROA 1IR8A 3HFMY 4WL7A 4Z41A 1CKHA 4RW1A 3WUAA 1GBWA 1QUSA 3A93A 3EXDA 1OUIA 5A3EA 2MEFA 1UIHA 2DQAA 1JKDA 4UWNA 4LZTA 4DWXA 2ZILA 3ZVQA 3J6KA 4G49A 4NGYA 1GF9A 4E3UA 1IP1A 4TSBA 1YL1X 4L41A 4G4HA 3AW7A 1IY3A 5KXLA 4OW1A 1IP7A 3AGHA 1C45A 5LYMA 1LZ1A 4GCFA 1V7SA 1FBIX 134LA 3RNXA 4OOOA 1CKGA 2C8OA 1B7OA 1KIPC 2BQOA 4DDAA 2XBSA 2Q0MX 1JISA 1B5ZA 1IWTA 1JTPL 1WQMA 1ZVHL 3LYTA 2I6ZA 4II8A 2FYDA 3LYZA 1LZRA 1GFTA 1BWIA 3CSQA 3P66A 4H9CA 5EBHA 5F81A 4RDSA 3LZTA 2HEAA 1GFVA 4NG8A 4H9BA 4OWAA 3EMSA 3CQLA 3TMUA 1LJHA 1A4VA 1BQLY 1LJKA 4WM2A 1JJ0A 1LZ6A 3WW6A 1LZGA 1LJNA 4ET8A 2MEDA 1UC0A 1JTTL 1IOTA 1QDTA 1IOSA 1AM7A 1UIEA 1TEWA 3A95A 1GPQC 1HNLA 1IOCA 1GDWA 4FDYA 4FJRA 1LHIA 2LZTA 4NSJA 3TXKA 1AT6A 5JENB 1NDMC 1QTEA 3A8ZA 3CT5A 2ZYCA 3A67Y 1DI4A 1HEMA 1VDTA 3N9EA 1QSWA 2MEBA 4WLTA 1UIDA 4WO6A 3ULRA 2HU3A 1GFUA 4XN6A 1JITA 3E3DA 2D4KA 4MR1A 5B06A 3N9AA 4QDNA 3FI7A 4ETAA 4PRUA 4LYBA 1GXXA 1KXYA 4RW2A 1D6QA 1E8LA 2BQEA 2BQFA 1OP9B 1BGIA 4ZEEA 4CHXA 4NGZA 1LSFA 1NBYC 1BB7A 4OWHA 1LKSA 1LJFA 1B5YA 1LJEA 1WVVA 1XGUC 2MEIA 1LYZA 1B9OA 4NGOA 3RU5A 2X0AA 1GBSA 4BS7A 4LYOA 1LZAA 1OUHA 1G7JC 1D6PA 1OUDA 4UWVA 2DQGY 4NHQA 1QTKA 2DBTA 3LN2A 5M1YA 4J1BA 4GN3A 4X3BA 1FDLY 4DDBA 1LSPA 3W6CA 1VDSA 2Y8PA 1JTOL 1IP5A 1SLYA 1LSYA 2DQHY 2LYMA 1DQJC 4N0JA 5ILCA 1D0LA 3N9CA 2Z12A 5KY1A 4H8XA 5F14A 2DQIY 1IC4Y 2HEEA 5LYTA 1G7LC 5F9UA 1LHLA 3TXGA 2DQFC 1REYA 2YBHA 4IASA 1I56A 4XYYA 1IR9A 2BQGA 4WG1A 1V7TA 1JEFA 3AW6A 5B1FA 1GB7A 2CWIA 5F16A 1LPIA 1WTNA 2I26L 1IIZA 2YVBA 1NHEA 1HC0A 1DKKA 1LMAA 2W1LA 4HTQA 4HTKA 1IC5Y 1LMQA 4XJBA 4NY5A 4YOPA 4NHIA 5KXXA 1NQIA 1RE2A 4R6CA 4H93A 3WPKA 1BVXA 1B7NA 4XJFA 3RW8A 2Z39A 2C8PA 3AB6A 3B0IA 5LVJA 1HFYA 2LYZA 5KXYA 4HV1A 1GFHA 1HENA 4H9AA 2W1XA 4HJYA 1LYOA 2Z19A 3TXIA 5C6LA 1KIQC 1G7MC 1GB0A 2LHMA 5APEA 3AZ6A 2H5ZA 3ATNA 4AXTA 1IWXA 1GFRA 2ZYPA 4GCEA 4H9EA 1LSDA 4P2EA 4WM1A 1KXXA 4U3XB 2HEBA 4KL7A 4LT1A 4Z3MA 1YKXX 3AZ7A 4HJZA 3W6FA 1I20A 3RT5X 1LZ8A 4NGVA 3TXDA 3T36A 3WW5A 4BAFA 5KXWA 1LCNA 4UWUA 5APDA 2AUBA 1HEQA 4G4CA 3WU8A 5DN5A 4WOAA 1NF5A 4C3WA 1LSEA 4NHPA 4RLMA 154LA 5II3A 1J1OY 1LZSA 1BB6A 2F30A 1IX0A 1JPOA 1NKHA 3AYQA 4I8SA 1INUA 1GB2A 5LA5A 1GFKA 5KXOA 1B5WA 2DQCY 1G7HC 3AGIA 1GF7A 4HPEA 1VDQA 3HBHA 3P65A 4LYCA 1REXA 1CKDA 4DDCA 1GF3A 4N5RA 5A3ZA 3HBEX 5I4WA 5ILFA 5FSTA 4B4IA 5B07A 5HNCA 1GF8A 4LT3A 4LT0A 5DL9A 3TMVA 2D6BA 1GF6A 4I0CA 1LMOA 3M18B 3AJNA 4PHIA 4ETBA 3HBDA 1HEWA 1RJCB 1HHLA 3J4GA 1GE0A 4GCCA 1FN5A 1HF4A 1UUZC 1WQQA 2G4PA 4DD1A 1TCYA 5I4XA 1LTMA 1Z55A 1LHHA 1IWWA 1HEOA 2EPEA 3CSRA 5DLAA 2BQDA 3A34A 1GE2A 2HUBA 5LA8A 2A7FA 1YILA 3TMWA 4B4EA 2WARA 1GHLA 1GAYA 4H8ZA 4NGWA 5LYZA 1XEKA 1KXWA 2I25L 1AKIA 1FLYA 1VFBC 4KPMA 2PC2A 1GFEA 4HP0A 2D91A 1QDRA 1YAOA 3TXJA 2YBNA 1HFZA 2EQLA 5HQ1A 1B5XA 1XGPC 1LHKA 3AZ4A 1PZYA 1JKCA 1F6RA 4H9IA 4KXIA 1CNSA 3M3UA 1F10A 3ZEKA 1JSEA 2W1MA 3P64A 4B49A 2DKVA 5KXZA 3WPLA 4O34A 1GFGA 1HMKA 1WQOA 3CT0A 4B1AA 1XSFA 4J0LA 3TXHA 1WVUA 1N4FA 4H91A 135LA 3OJPA 4MCKA 4NWEA 4M6DA 5KKJA 4H9FA 3D9AC 1RFPA 4J7VA 4RLNA 1FLWA 2Z2FA 5FCPA 2Z18A 1MELL 1REZA 133LA 4GCDA 3TMXA 1QIOA 4DD9A 3G3BB 5KXSA 5IHGA 2F4AA 5IELA 4PGJB 2MEAA 4NHSA 1YIKA 1JKAA 3A6CY 4TUNA 1LJ3A 1B7MA 2MEGA 1UA6Y 4TX7A 1QQYA 5APFA 4WM6A 3LZ2A 2BQIA 1GBZA 5LVIA 4NEBA 4ET9A 4NWHA 1F6SA 3W6AA 3GXKA 2DQDY 1BB5A 4H94A 3QE8A 2MEHA 4WM3A 1YANA 1C46A 5D5CA 3A6BY 2HU1A 3K3TA 1YKYX 1BB4A 5AMYA 3LHMA 1BB3A 1UCOA 4GLVA 1RI8B 2ZNXY 1BHZA 4GCBA 1OQMA 4YENA 3SP3A 1CKCA 3WPJA 5L3IA 1GB8A 4DD0A 3BKHA 3BKVA 5I53A 4HPIA 1C7PA 1HERA 3ATOA 1GE3A 4KT3A 5B1GA 1JHLA 5C6JA 6LYTA 4R0FA 3KAMA 2ZQ4A 3EO5A 1LMCA 4TSCA 1IO5A 1IEEA 2NWDX 1OUFA 4OWBA 5LVHA 4YEOA 1IR7A 3LYOA 5HNLA 3WXUA 1UIBA 4ML7A 1D0MA 5LAFA 3WH1A 4YF2A 3OK0A 1DPXA 1GB6A 1C43A 3A91A 3WL2A 1QSAA 5K7OA 4NG1A 4DC4A 1IORA 2FYCA 4N8ZA 1T6VL 4N1EI 4XJIA 1LSMA 4PJ2C 1JWRA 1LOZA 4ETEA 1LSGA 5LAGA 1YKZX 1C08C 2RSCA 4TWSA 4EMNA 5D5FA 1OUBA 1OUGA 2YBLA 1JIYA 1QUTA 4BAPA 1LJ4A 4LT2A 2XTHA 5FHWA 1BVKC 1IVMA 5I54A 1W6ZA 2B5ZA 1GWDA 2BQJA 2CJLA 3T6UA 1A2YC 4GN5C 2YSSC 1B0DA 3WUNA 4CFPA 2D4IA 4WM5A 2Z2EA 4NHTA 2BQAA 4G4BA 5LVKA 4ETCA 1LAAA 1UIFA 2BQLA 1WTMA 1C10A 4HSFA 1GE1A 1YL0X 2ZWBA 4H8YA 2IHLA 1LZBA 1LMNA 4H1PA 4XENA 1GF5A 1OUJA 2ZIKA 1HELA 1IC7Y 1W08A 1YAMA 3WU9A 153LA 4W94A 1XEJA 5KKIA 1BWHA 1B5VA 3TXEA 4GLAA 2ZQ3A 3W6EA 3A3RX 3IJVA 2HEFA 1D0KA 1UICA 1XGQC
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1QTCA 4ETDA 1OYUA 1LZCA 5C6IA 3HU9A 1CU2A 4QY9A 9LYZA 1L92A 3NY8A 3TXBA 3WYHA 2FBBA 1L77A 1JUGA 1L33A 4WLYA 1IWUA 5FELA 1HEPA 1D2WA 1OV5A 4BADA 1CV3A 1L18A 1XFPL 5I5QA 1VAUA 4ZPUA 4YM8A 1FLUA 2Z6BA 182LA 4A7DA 4ANRA 256LA 4CJ2A 4WL6A 2HEDA 1LYYA 3IJUA 4W96A 2RAYX 3C8QA 4J1AA 1C6EA 4HV2A 1LSAA 1QTHA 156LA 2IFFY 220LA 109LA 2BQCA 4MSTA 5KXMA 2CDSA 1LI6A 1O23A 4DKLA 1IY4A 3AZ5A 5E4PA 4ARPA 3VWOA 1G0KA 2LZ2A 1L57A 1D9UA 1LZEA 1OUCA 207LA 3B0OA 1B5UA 3WXTA 1FKVA 3DMXA 1G0MA 5HMJA 4AGAA 229LA 1HFXA 1QT3A 4LYZA 114LA 2EKSC 4NSHA 8LYZA 142LA 4OOTA 1LSCA 2H9JA 3PBLA 1CV6A 1J1XY 3QY4A 4C5FA 1LZ9A 1RCMA 1HMLA 4CFOA 3DMZA 1GD6A 2D4JA 196LA 1LYFA 1C6BA 143LA 3IWRA 1B7LA 2BQHA 1TLAA 4QGZA 1L28A 3PDSA 1WQNA 1LMTA 1L06A 236LA 1IOQA 3HU8A 6LYZA 2G4NA 1G1VA 1IWYA 4XJHA 5LVGA 2OTYX 1UACY 2XJWA 1AT5A 1UBZA 1DKJA 1LHMA 4XJDA 4LDLA 1L14A 5E9RA 2B74A 4IJ4A 1CJ9A 2Z37A 1C6NA 1C66A 2F32A 5DM9A 209LA 1LJIA 1FKQA 181LA 2RBPA 4WL7A 1CKHA 4RW1A 3WUAA 1QUSA 3OE9A 3SB8A 5A3EA 6LZMA 1L87A 1JKDA 4UWNA 1CV5A 4DWXA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2BQN A;  4LYM A;  1B7Q A;  4LYT A;  1WQP A;  1DZB X;  1DI3 A;  2A7D A;  4B0D A;  4ETD A;  4WG7 A;  1LZC A;  5C6I A;  1LKR A;  1EQE A;  1GF0 A;  4NGJ A;  4NSG A;  3ZVQ B;  1GFA A;  5HLL A;  5APC A;  1BWJ A;  3CT1 A;  4QY9 A;  2F4G A;  5B59 A;  4NGK A;  9LYZ A;  1LYS A;  2N5Z A;  3TXB A;  3WYH A;  1CJ8 A;  1CJ6 A;  2MEE A;  2FBB A;  4OWC A;  4NFV A;  1JUG A;  1HSX A;  1I1Z A;  4WLY A;  1IWU A;  1JSF A;  1HEP A;  2YBJ A;  2BAA A;  2H9K A;  1JJ1 A;  1GBY A;  4PRQ A;  5FEL A;  3W3E A;  1LJJ A;  3WU7 A;  4BAD A;  2F2N A;  1TDY A;  4DD3 A;  5KXT A;  1XEI A;  5KXN A;  1TAY A;  4OWE A;  5T3F A;  1XFP L;  5I5Q A;  1VAU A;  4IAT A;  3WVY A;  4YM8 A;  1FLU A;  4M4O A;  5KXP A;  2W1Y A;  2BPU A;  2G4Q A;  4WM4 A;  4DD7 A;  4WMG A;  1EQ4 A;  3A96 A;  1GB5 A;  4A7D A;  4ANR A;  3TXF A;  4DD2 A;  5LXW A;  1LZY A;  5FEK A;  2HEC A;  5DN4 A;  4LFP A;  4CJ2 A;  1TBY A;  4B4J A;  4WL6 A;  1VED A;  2EIZ C;  2ZNW Y;  2HED A;  1LYY A;  3IJU A;  4W96 A;  4D9Z A;  3P4Z A;  5FDJ A;  1YQV Y;  4J1A A;  5IDD A;  1VDP A; 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 2ZNX Y;  1BHZ A;  4GCB A;  1OQM A;  4YEN A;  3SP3 A;  1CKC A;  3WPJ A;  5L3I A;  1GB8 A;  4DD0 A;  3BKH A;  3BKV A;  5I53 A;  4HPI A;  1C7P A;  1HER A;  3ATO A;  1GE3 A;  4KT3 A;  5B1G A;  1JHL A;  5C6J A;  6LYT A;  4R0F A;  3KAM A;  2ZQ4 A;  3EO5 A;  1LMC A;  4TSC A;  1IO5 A;  1IEE A;  2NWD X;  1OUF A;  4OWB A;  5LVH A;  4YEO A;  1IR7 A;  3LYO A;  5HNL A;  3WXU A;  1UIB A;  4ML7 A;  1D0M A;  5LAF A;  3WH1 A;  4YF2 A;  3OK0 A;  1DPX A;  1GB6 A;  1C43 A;  3A91 A;  3WL2 A;  1QSA A;  5K7O A;  4NG1 A;  4DC4 A;  1IOR A;  2FYC A;  4N8Z A;  1T6V L;  4N1E I;  4XJI A;  1LSM A;  4PJ2 C;  1JWR A;  1LOZ A;  4ETE A;  1LSG A;  5LAG A;  1YKZ X;  1C08 C;  2RSC A;  4TWS A;  4EMN A;  5D5F A;  1OUB A;  1OUG A;  2YBL A;  1JIY A;  1QUT A;  4BAP A;  1LJ4 A;  4LT2 A;  2XTH A;  5FHW A;  1BVK C;  1IVM A;  5I54 A;  1W6Z A;  2B5Z A;  1GWD A;  2BQJ A;  2CJL A;  3T6U A;  1A2Y C;  4GN5 C;  2YSS C;  1B0D A;  3WUN A;  4CFP A;  2D4I A;  4WM5 A;  2Z2E A;  4NHT A;  2BQA A;  4G4B A;  5LVK A;  4ETC A;  1LAA A;  1UIF A;  2BQL A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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