139LA

Rapid crystallization of t4 lysozyme by intermolecular disulfide crosslinking
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFCQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDCVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Rapid crystallization of T4 lysozyme by intermolecular disulfide cross-linking.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1993-09-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 139lA00
1DYAA 4ARMB 1CU0A 2OE4X 1G0MA 2ANXA 1QT6A 169LA 1L92A 223LA 149LA 112LA 1L95A 2F32A 1L86A 1QT8A 1CUPA 1L04A 1L79A 1QTCA 196LA 103LA 1L67A 3DMVA 1QTZA 1C6JA 1C62A 1DYGA 1L01A 1L35A 3HTDA 4I7RA 145LA 230LA 3GUNA 1DYFA 1L53A 168LA 1L90A 170LA 1L39A 1XJUA 1OVJA 1C6EA 224LA 260LA 3HWLA 3GUOA 1T6HA 160LA 1L0KA 1C6DA 120LA 1L80A 1ZYTA 3EMLA 1L65A 197LA 1CV5A 171LA 3DN1A 1T8FA 1LWKA 3DMXA 262LA 4DAJA 122LA 130LA 164LA 222LA 231LA 4EPIA 1QTHA 3CDTA 2RB2X 1SWZA 4DJHA 1KS3A 2ANVA 177LA 3GUKA 102LA 1OVHA 1C6AA 4W56A 1L20A 3SB8A 2Q9EA 3HT6A 238LA 3DMZA 163LA 1L33A 1L63A 1L10A 1QS5A 213LA 1QT5A 3GUPA 4W55A 1LYHA 3C82A 3SB9A 227LA 1SSWA 178LA 1L42A 1OV7A 1L64A 129LA 1CV0A 247LA 1L00A 1L21A 1LWGA 1QUDA 1L74A 1WTHA 108LA 3DN0A 1PQIA 1L96A 3FA0A 1C6NA 3HDFA 1XJTA 1OVKA 141LA 1L82A 4W59A 242LA 4GRVA 3HU9A 1L11A 232LA 1L06A 1L59A 209LA 3HT9A 2LCBA 155LA 225LA 4OO9A 2B6XA 4W57A 221LA 2OU9A 1NHBA 1L13A 1L08A 216LA 1L60A 249LA 1P64A 3PBLA 4LDOA 4YXAC 1C67A 1DYDA 212LA 2O4WA 3HH6A 1L88A 4EKPA 1L0JA 157LA 2RH1A 1QTBA 4I7JA 1JTMA 1L77A 1QS9A 1G07A 2RBNA 185LA 3C81A 3GUIA 3OE9A 107LA 2OTZX 233LA 1TLAA 234LA 2RBSA 158LA 3G3WA 1G0QA 3F9LA 1CV3A 236LA 109LA 3HH5A 1G0KA 162LA 1L40A 2F47A 215LA 1KY0A 1OWZA 1LYJA 1L12A 4DKLA 1L09A 3FI5A 1L93A 2OE9X 2B70A 4AQNA 4EKQA 1T8AA 250LA 4EPFA 1D3NA 1LLHA 1L97A 1L83A 1C6TA 1SSYA 1PQJA 2B6ZA 2B6TA 1CU2A 1OYUA 2OE7X 190LA 1OWYA 1LI6A 3LZMA 3UONA 1QT3A 115LA 1P7SA 161LA 1L73A 191LA 2RBPA 1L19A 1C6MA 3HUAA 1DYBA 3DN8A 2IGCA 229LA 180LA 1L23A 1B6IA 1L29A 3V2YA 1G0GA 253LA 228LA 1CU6A 252LA 3NY8A 1C6GA 4W51A 1C6HA 241LA 3CDQA 142LA 1T8GA 1L99A 189LA 1QUGA 1L62A 237LA 199LA 1L54A 254LA 1L58A 1DYEA 1L41A 1C6QA 218LA 1C6CA 1P36A 3HT7A 4PJZA 1C6BA 3GUMA 1L87A 1CU5A 1L91A 1L51A 165LA 1PQDA 245LA 1CTWA 4EXMA 159LA 1CU3A 2RAYX 2HUMA 156LA 3C7WA 2OTYX 2OU0X 3RZEA 1C64A 2B73A 1LYDA 2RAZX 1C6KA 2QARC 139LA 1KW7A 1P2LA 2CUUA 147LA 1P6YA 4ARMA 3HUQA 1L56A 4ARQB 1C6FA 244LA 3HH4A 1QUHA 1L03A 4I7TA 4W52A 5I14A 1QTVA 1P2RA 4EJ4A 1L46A 1L85A 1P3NA 1L15A 1CV1A 1L52A 1L17A 4ARLA 175LA 1L36A 259LA 125LA 123LA 1LI3A 1SWYA 152LA 2LC9A 1KY1A 2A4TA 198LA 176LA 1L24A 1L30A 3C8RA 3L64A 119LA 1ZURA 1QT4A 173LA 3C7YA 1D3MA 1L43A 1L75A 1OV5A 3HTGA 4EKRA 1L98A 2RBQA 3RUNA 4E97A 261LA 3OE8A 1PQKA 3G3XA 3SBAA 1PQOA 201LA 4PK0A 1C6LA 4W54A 4I7OA 2B75A 3SB7A 1L16A 1LW9A 1CX6A 217LA 3NYAA 4LDLA 1L27A 4W58A 3VW7A 1SX2A 2RBOA 2B72A 1C63A 166LA 1CX7A 3GUJA 172LA 1L94A 3D4SA 3SB5A 1L69A 111LA 210LA 251LA 2B6YA 3HTFA 3DN6A 1JQUA 1LYEA 113LA 1G1WA 2OEAX 1EPYA 2NTHA 104LA 246LA 4YXCA 1L81A 1L48A 1JTNA 4LDEA 1L50A 226LA 1QTDA 3DKEX 1P5CA 1D3JA 1L32A 1L71A 4K5YA 239LA 1L57A 1LGXA 1L61A 3HUKA 188LA 2RBRA 183LA 1CUQA 205LA 206LA 1C61A 1G0LA 1L44A 138LA 1L25A 4IAPA 1L47A 1QSBA 2F2QA 1C66A 110LA 114LA 167LA 3PDSA 3SN6R 1C65A 4W53A 126LA 1P46A 1D2YA 1L72A 1QSQA 4EKSA 2RB1X 3CDOA 1LGWA 1LYFA 1LYIA 219LA 1G0PA 3HU8A 1L68A 3OE6A 1LI2A 3ODUA 184LA 137LA 6LZMA 240LA 1D9WA 258LA 187LA 3DN2A 3OE0A 2L78A 2NTGA 3C80A 1L70A 1T97A 2B74A 1L66A 3DN3A 148LE 2B7XA 243LA 1L18A 2Z6BA 1LPYA 1L28A 3C8QA 3HDEA 4I7LA 1L26A 1PQMA 1L02A 1QUOA 1L07A 4I7KA 143LA 1SX7A 1KW5A 4LZMA 1G0JA 192LA 2OU8A 4GBRB 3C8SA 1G1VA 1L76A 3FADA 3G3VA 2LZMA 255LA 1C6IA 1D2WA 2O7AA 235LA 140LA 1L34A 220LA 3C83A 1L89A 2RB0X 3F8VA 182LA 214LA 1P37A 3HH3A 2O79A 1I6SA 1KNIA 7LZMA 4I7QA 1DYCA 151LA 1C69A 4ARPA 3DN4A 1L22A 3HTBA 3SBBC 128LA 200LA 3DNAA 2QB0B 1XEPA 3QAKA 174LA 127LA 195LA 4S0WA 4I7PA 5LZMA 1QT7A 150LA 181LA 1L84A 3L2XA 3GULA 131LA 3C7ZA 4I7SA 1C60A 3SB6A 3HT8A 1G06A 1L45A 1K28A 2HULA 146LA 186LA 1L14A 1D3FA 248LA 4ZPUA 1C68A 4YX7C 1LYGA 3CDVA 1L38A 4ARQA 2Q9DA 1C6PA 1LGUA 3V2WA 2HUKA 1P56A 144LA 257LA 256LA 1L31A 4I7NA 3NY9A 1L05A 211LA 3CDRA 3JR6A 1CV6A 3K2RA 4I7MA 1CVKA 2B6WA 1L37A 1L55A 118LA 1ZWNA 4ARJA 1L49A 1CV4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2BLYA 2W1XA 169LA 1L92A 1LMQA 3WXUA 1D0KA 1CUPA 1L79A 103LA 1QTZA 4KT3A 1YIKA 4ET9A 4I7RA 1EQ5A 145LA 4ETAA 4LYOA 168LA 4GN5C 1OUFA 2BQGA 224LA 1OVJA 1YKYX 1T6HA 1C6DA 1XGUC 1L80A 3FI7A 3WUAA 1LZAA 1YL1X 2DQJY 4WO6A 1GXV2 2X0AA 4DAJA 122LA 4H8ZA 5FHWA 4YF2A 1LMTA 1N4FA 4RLNA 4L41A 231LA 2F2NA 5B06A 2MEGA 102LA 1L20A 4OOOA 1XEIA 4CFOA 1L33A 1B7PA 4R0FA 1JWRA 1SSWA 1L42A 1GFHA 1J1OY 247LA 1L21A 1LWGA 4LT0A 1CKHA 108LA 4G4CA 1XJTA 3LN2A 1JKBA 242LA 1LHKA 1B5ZA 1GFAA 2VB1A 4N5RA 232LA 2F4AA 1L06A 1AKIA 5LVGA 2LCBA 155LA 1GB2A 3GXKA 4RW2A 2RSCA 1H87A 1IY3A 221LA 1NHBA 1L13A 3A91A 5AMYA 1HERA 4MR1A 1BWIA 2EIZC 3VWOA 3P65A 1GFVA 1GEVA 1XEKA 2MEAA 2Z37A 1L88A 3N9CA 3QE8A 3FE0A 2RH1A 1QTBA 4I7JA 2HEFA 2LYOA 1BGIA 1LSZA 1REMA 1LHHA 185LA 3OE9A 234LA 4FJRA 1BWHA 4NFVA 4DKLA 4WM6A 2DQAA 4QY9A 2OE9X 4BS7A 3LHMA 250LA 2Z39A 1JJ3A 4EPFA 1W08A 4HV1A 3RT5X 2B6ZA 5IHGA 1LSEA 1JTPL 3ULRA 1OYUA 4WL7A 2DQCY 1B7QA 3UONA 4OWEA 1L19A 1JJ0A 5KXXA 2IGCA 2MEEA 1LHIA 253LA 4X3BA 1HMKA 5E4PA 3NY8A 2BQDA 3AGIA 3CDQA 1C10A 1L99A 5FELA 5D5FA 1KXYA 1L62A 4H9AA 1BWJA 4HTQA 1L58A 1ZVYB 4NGOA 1DYEA 1L41A 1C6QA 5KXZA 1L91A 1L51A 1IR8A 1REXA 4EXMA 1B7LA 4H94A 2RAYX 156LA 3C7WA 4P2EA 1OP9B 2OU0X 2B73A 1LYDA 4OWBA 4YEMA 4TUNA 2BQFA 2QARC 1IR7A 1GB0A 4Z98A 3WPKA 1IOSA 3HBDA 2CUUA 4W94A 1GWDA 147LA 1P6YA 5C6JA 4ARQB 1C6FA 5I14A 1QUHA 3W6FA 2A7DA 4EJ4A 5HMJA 1L15A 1L17A 3WU7A 1ZVHL 4ARLA 175LA 1L36A 125LA 8LYZA 123LA 1SWYA 3CT0A 152LA 1UIFA 1WTNA 3L64A 119LA 1ZURA 173LA 4ETDA 1L75A 4BAFA 1OV5A 4EKRA 3B0OA 1XFPL 4LZTA 3G3XA 3B6LA 4PK0A 2D4KA 1C6LA 4W54A 1JTTL 1IC7Y 2MEBA 1LW9A 1TAYA 1NF5A 1QUSA 3NYAA 1L27A 4RLMA 2RBOA 1V7SA 2B72A 3N9EA 166LA 3EBAB 1CX7A 3GUJA 2DQGY 3LYMA 251LA 3D3DA 1BB3A 2CJLA 5I53A 1TBYA 3A93A 4CGEA 2EQLA 1GBOA 2H9KA 246LA 1L81A 1IC4Y 4H90A 2F4GA 4LGKA 4LDEA 1B2KA 1L50A 1LJIA 3DKEX 2G4QA 1P5CA 3ZEKA 4UWUA 1L32A 1L57A 1J1PY 183LA 4AXTA 1UA6Y 5M1YA 4WL6A 5ILFA 5B07A 4Z3MA 1B0DA 4NHTA 5EBHA 4I0CA 1C66A 3PDSA 1C65A 3WVYA 3OJPA 5DN4A 1D2YA 4LT2A 1LYFA 1VDSA 3ODUA 5LYZA 184LA 4NY5A 3W6AA 4DDBA 5C6IA 1WQPA 1LAAA 2W1LA 2B74A 5F9UA 1L66A 148LE 2B7XA 2Z6BA 1LZ6A 5K7OA 1QIOA 2BQEA 4I7LA 1QUOA 4I7KA 9LYZA 4FDYA 4G49A 1YAPA 2HECA 1B7MA 5HNLA 1J1XY 192LA 3E3DA 4NGWA 1KIRC 1GE4A 3C8SA 2XTHA 2ZQ3A 4DC4A 1L76A 3FADA 1C6IA 1DPXA 3G3BB 2O7AA 140LA 1L34A 3C83A 2RB0X 4H93A 1LZEA 4NHIA 1KXWA 4UWVA 2HTXA 151LA 1AZFA 1C69A 1LJNA 2DQDY 3SBBC 5I5QA 1XEPA 174LA 127LA 1BVKC 1NHEA 1G7MC 4S0WA 1VDPA 2XBSA 1CNSA 1SQ2L 1WQRA 3C7ZA 3AW7A 2YBMA 1G06A 3WW5A 1L45A 1FLYA 1LSYA 1HC0A 1BB4A 1DXJA 1L38A 1NWGA 5DM9A 4NWHA 256LA 1GB3A 1VDTA 4WM1A 1NDMC 2I26L 2Z19A 3K2RA 3QNGA 4I7MA 1CVKA 1L37A 1L55A 1GE3A 3W6DA 1OQMA 3A67Y 1DYAA 4ARMB 4BAPA 2H5ZA 1GB5A 1G0MA 1LMAA 3TXEA 1LTMA 149LA 1L95A 1BB5A 1G7LC 1L86A 1QT8A 1L04A 2D6BA 1LYZA 1C6JA 4GCFA 4J0LA 3AZ6A 1C62A 1L01A 5LVJA 1DYFA 1L53A 4QDNA 1B5VA 4NHQA 1XJUA 3HWLA 120LA 4GN3A 4C3WA 1L65A 1JHLA 1WTMA 3ZVQA 5IELA 3DN1A 3DMXA 262LA 1HEMA 2H9JA 164LA 1B5WA 1JUGA 1DZBX 1QTHA 1SWZA 1KS3A 2ANVA 4M6DA 1UC0A 2IFFY 3T36A 4J1BA 3SB8A 3HT6A 4PHIA 1IOCA 238LA 208LA 163LA 5HNCA 2LYMA 1QS5A 213LA 1QT5A 3GUPA 4NSHA 4EMNA 4U3XB 1UICA 3IWRA 3SB9A 5LVKA 1GFTA 3WPLA 1L64A 1QSAA 1L00A 3T6UA 1WTHA 5APEA 3A6BY 1D0MA 3FA0A 1C6NA 3W6BA 1UBZA 1XGRC 4W59A 3HU9A 4QGZA 3HT9A 1GBZA 1HEOA 1NMMA 4DT3A 4G4BA 1LZRA 3P66A 2DQEY 2OU9A 4Z46A 1I20A 1DI3A 1GXXA 1GBYA 216LA 1NDGC 4ETBA 1LPIA 1IORA 3A3RX 4LDOA 1RI8B 1C67A 4BADA 212LA 2G4NA 3TXHA 2YBLA 1GHLA 1QS9A 3HBHA 1G07A 4N1EI 1F10A 4W96A 4NG8A 3GUIA 107LA 2DQHY 2OTZX 233LA 1HSXA 2RBSA 2BQIA 194LA 3F9LA 5FSTA 1LJFA 2DBTA 1L40A 4J7VA 1LYJA 1B7RA 5KXTA 1L93A 1D0LA 1LSNA 2B70A 4AQNA 4EKQA 1GBSA 1T8AA 4WM4A 2I6ZA 3K3TA 1L97A 1PQJA 1GE2A 4HV2A 5APDA 1OWYA 1LI6A 1LJEA 4EOFA 161LA 1P7SA 4ZEEA 1LKRA 4NSIA 1C6MA 3HUAA 229LA 4GCCA 180LA 2CDSA 1CU6A 4WM2A 1C6GA 1C6HA 4HPIA 1LZBA 1QUGA 1RFPA 3WPJA 4GLAA 4PJZA 3GUMA 2F30A 1PQDA 3P68A 1C43A 3HBEX 5F16A 3RZEA 3W6CA 1VATA 4LYTA 1EQEA 3HUQA 3AJNA 4AGAA 1D6QA 1L03A 5LXWA 1LZYA 5L3IA 4IASA 2HEBA 1GBWA 1DI5A 1CV1A 3A8ZA 6LYZA 1QQYA 2I25L 2LYZA 1GF6A 3TMXA 1QT4A 1D3MA 1L43A 4B0DA 5T3FA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2BLY A;  2W1X A;  169L A;  1L92 A;  1LMQ A;  3WXU A;  1D0K A;  1CUP A;  1L79 A;  103L A;  1QTZ A;  4KT3 A;  1YIK A;  4ET9 A;  4I7R A;  1EQ5 A;  145L A;  4ETA A;  4LYO A;  168L A;  4GN5 C;  1OUF A;  2BQG A;  224L A;  1OVJ A;  1YKY X;  1T6H A;  1C6D A;  1XGU C;  1L80 A;  3FI7 A;  3WUA A;  1LZA A;  1YL1 X;  2DQJ Y;  4WO6 A;  1GXV 2;  2X0A A;  4DAJ A;  122L A;  4H8Z A;  5FHW A;  4YF2 A;  1LMT A;  1N4F A;  4RLN A;  4L41 A;  231L A;  2F2N A;  5B06 A;  2MEG A;  102L A;  1L20 A;  4OOO A;  1XEI A;  4CFO A;  1L33 A;  1B7P A;  4R0F A;  1JWR A;  1SSW A;  1L42 A;  1GFH A;  1J1O Y;  247L A;  1L21 A;  1LWG A;  4LT0 A;  1CKH A;  108L A;  4G4C A;  1XJT A;  3LN2 A;  1JKB A;  242L A;  1LHK A;  1B5Z A;  1GFA A;  2VB1 A;  4N5R A;  232L A;  2F4A A;  1L06 A;  1AKI A;  5LVG A;  2LCB A;  155L A;  1GB2 A;  3GXK A;  4RW2 A;  2RSC A;  1H87 A;  1IY3 A;  221L A;  1NHB A;  1L13 A;  3A91 A;  5AMY A;  1HER A;  4MR1 A;  1BWI A;  2EIZ C;  3VWO A;  3P65 A;  1GFV A;  1GEV A;  1XEK A;  2MEA A;  2Z37 A;  1L88 A;  3N9C A;  3QE8 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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