1C6DA

T4 lysozyme mutant c54t/c97a/l99a in the presence of 16 atm krypton
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords PROTEIN (LYSOZYME)
publication title Size versus polarizability in protein-ligand interactions: binding of noble gases within engineered cavities in phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-12-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1c6dA00
223LA 1QTCA 123LA 1CV5A 1LYIA 1L36A 209LA 1L35A 1D9WA 2HUMA 143LA 1L31A 1OVHA 1L79A 1C66A 1DYDA 3FI5A 3L2XA 1L01A 1P5CA 1L17A 3HH5A 184LA 247LA 2LZMA 2RB1X 3NY8A 2B73A 3OE6A 4DJHA 1CV3A 2OE9X 1P37A 1L90A 1G07A 110LA 254LA 1C65A 1JQUA 1ZURA 2RAZX 2OU9A 3GUPA 3SN6R 1L88A 234LA 1G0KA 1QTHA 3HH3A 2RBRA 1C61A 114LA 4I7KA 4W53A 1T8FA 1L73A 4ARMA 131LA 188LA 1G0JA 4EKRA 1G0LA 1QTDA 2RH1A 3DN0A 2B72A 3SB9A 1C60A 1ZYTA 1L55A 3DNAA 1QUGA 214LA 2F47A 1L19A 4I7SA 141LA 1T8AA 2O7AA 173LA 4I7NA 4LDLA 3HWLA 1OVJA 1L95A 1L44A 1L93A 1L80A 3HUAA 252LA 1L72A 228LA 2B74A 168LA 1L70A 1QUHA 1L34A 1LWKA 1LYFA 3HT9A 4W59A 1L65A 4K5YA 160LA 1L74A 1QUDA 1CTWA 1L75A 164LA 2IGCA 1CV6A 150LA 3DN2A 3D4SA 1JTMA 4ARQB 4EXMA 2RBPA 1L49A 1L11A 1JTNA 212LA 1XJTA 4I7LA 1XJUA 1L92A 1QUOA 140LA 1L69A 186LA 1L25A 3GUOA 3V2YA 159LA 3RZEA 3C81A 2RBQA 1QT3A 253LA 1L71A 3DKEX 1L0KA 130LA 2OE7X 1L10A 3CDRA 119LA 3NY9A 1C6AA 1DYCA 5I14A 1T8GA 217LA 192LA 1DYEA 4W52A 1L82A 3C8QA 1C6HA 1QSBA 1C6JA 256LA 260LA 3CDVA 221LA 1DYFA 2OU0X 4YXAC 241LA 2HUKA 1L85A 1L94A 3DMZA 1C6QA 3HTFA 1L62A 191LA 2RBOA 262LA 1L27A 115LA 206LA 2O79A 1L60A 122LA 156LA 1L46A 3QAKA 2RBNA 1P46A 1CUPA 3SBBC 1L98A 5LZMA 1QTZA 2OTYX 1L39A 3HT6A 1CV1A 1D3FA 139LA 137LA 226LA 1G06A 1KNIA 1L45A 3GULA 1L37A 4I7RA 187LA 1L56A 1C68A 236LA 4W51A 1L50A 1L21A 2OU8A 3K2RA 1LGXA 4AQNA 3L64A 147LA 1C67A 1C6CA 2B6ZA 2Q9DA 4PK0A 177LA 1L08A 4YXCA 4EKQA 144LA 233LA 259LA 172LA 222LA 4PJZA 225LA 3SB5A 4ARQA 3FA0A 245LA 185LA 3C7YA 4EJ4A 4LDOA 1P2LA 169LA 1C6MA 1LPYA 1DYGA 118LA 1PQIA 1D3JA 3SB6A 4IAPA 1L15A 197LA 4DKLA 2RB0X 4OO9A 4EKPA 1LI3A 2HULA 210LA 1L23A 2B7XA 227LA 2B6XA 3ODUA 104LA 3DN1A 4W54A 2O4WA 2QB0B 2NTHA 239LA 218LA 3CDTA 175LA 1L66A 151LA 1L14A 1LYHA 108LA 1L06A 257LA 1L24A 1C6LA 171LA 1SX7A 4I7TA 1LLHA 4ARLA 1C6GA 111LA 1QTBA 1B6IA 1DYBA 261LA 157LA 235LA 3DN4A 3SBAA 1C6FA 1LYJA 1WTHA 3C8SA 1L07A 4E97A 1L86A 125LA 1L96A 1LW9A 1P64A 1C6IA 1SSWA 3CDQA 142LA 1CX6A 1OV7A 1OWZA 2NTGA 1L38A 3DN3A 178LA 1L28A 4LZMA 1L97A 1LYDA 4EPFA 1L03A 4I7MA 1G0MA 3C7ZA 4W57A 1L63A 1D3MA 3PBLA 1L00A 1L76A 1L54A 1L51A 2B75A 1G1WA 4LDEA 232LA 3HTBA 2OE4X 3DN6A 165LA 3HU8A 1L12A 4W58A 1KW5A 146LA 102LA 1G0QA 1PQDA 246LA 155LA 1L91A 4YX7C 1QTVA 1QS9A 1QS5A 200LA 1SX2A 4W56A 1L61A 2RBSA 149LA 1L13A 248LA 3G3VA 2Q9EA 3RUNA 145LA 4I7OA 1QT8A 1L68A 1G0PA 3G3WA 3C8RA 163LA 244LA 1P56A 2ANVA 4S0WA 3JR6A 3LZMA 2RAYX 1I6SA 158LA 112LA 1C69A 1L81A 1LI6A 1L99A 1OVKA 3C80A 1D3NA 1OWYA 1P7SA 229LA 3NYAA 198LA 1L29A 109LA 238LA 4EKSA 4I7JA 2CUUA 176LA 1G0GA 3HUKA 1LWGA 1L09A 255LA 3SB8A 2L78A 1L53A 1LYEA 148LE 1CU0A 1T6HA 1NHBA 1L43A 1L02A 4ZPUA 103LA 1D2WA 138LA 199LA 3GUKA 1PQOA 1L57A 4DAJA 1CU3A 1CX7A 127LA 3HU9A 243LA 3VW7A 129LA 219LA 1L89A 1P36A 1CVKA 6LZMA 1PQMA 167LA 1L42A 3C82A 189LA 126LA 3GUNA 3OE9A 3HUQA 196LA 3HDEA 166LA 1L41A 1LGUA 3GUMA 3UONA 1SWZA 2B70A 1G1VA 3F9LA 3EMLA 1L58A 1L47A 2A4TA 3F8VA 201LA 4EPIA 1C64A 3DN8A 2F2QA 1DYAA 242LA 1PQJA 3HTDA 1L18A 1L40A 182LA 3HTGA 258LA 7LZMA 2B6TA 220LA 3C83A 2B6WA 1SWYA 249LA 3GUJA 3OE0A 1EPYA 1L84A 1CU5A 170LA 1QT6A 1XEPA 251LA 1L33A 3HT7A 3PDSA 1LI2A 211LA 1L52A 3GUIA 3DMXA 4ARPA 4I7QA 4GRVA 1QT5A 2OTZX 3OE8A 113LA 1T97A 128LA 1C6EA 183LA 162LA 1C63A 205LA 180LA 1C6PA 4ARMB 161LA 240LA 215LA 3HDFA 1PQKA 1L67A 1C6NA 3CDOA 1CV0A 1C6DA 1SSYA 216LA 3G3XA 1P3NA 2B6YA 1LYGA 213LA 1OV5A 190LA 3SB7A 3V2WA 107LA 152LA 1QT4A 1L77A 1CV4A 1L83A 181LA 2F32A 1L0JA 1L26A 1L22A 224LA 4I7PA 1K28A 1C6KA 2RB2X 3FADA 195LA 1KS3A 3HH6A 1L48A 231LA 3HH4A 1L16A 120LA 4GBRB 1L59A 1L64A 2Z6BA 1OYUA 1LGWA 1TLAA 3C7WA 3DMVA 1L04A 1P6YA 1C6BA 1CUQA 230LA 1L05A 1KW7A 237LA 1QSQA 1C62A 174LA 1KY1A 1L30A 250LA 1KY0A 1L87A 1L20A 2LCBA 4W55A 1QT7A 2OEAX 3HT8A 1CU6A 1L32A 2ANXA 1ZWNA 2QARC 2LC9A 1D2YA 4ARJA 1P2RA 1CU2A 1C6TA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
223LA 1UACY 4NSJA 1LYIA 143LA 1OVHA 3AZ6A 1H87A 4NWEA 4ETAA 3HH5A 4N8ZA 5L3HA 2B73A 1JHLA 1CV3A 1IOTA 4H9EA 1L90A 3WVXA 254LA 1LZRA 1C65A 3G3AB 1ZURA 4G4CA 3SN6R 234LA 1JJ3A 5APDA 2RBRA 1BWHA 1B7LA 4I7KA 2MEBA 2BQGA 1I1ZA 4M6DA 1YKYX 188LA 1B5WA 4EKRA 1LMAA 1GE1A 2BQHA 2PC2A 2ZWBA 1IP6A 4ETDA 1HFXA 1QUGA 1V7SA 141LA 1RCMA 3HWLA 1OVJA 1L93A 154LA 1HERA 1L72A 1JJ0A 168LA 1QUHA 3HT9A 2F30A 5EBHA 1XGTC 1UIBA 4K5YA 1VFBC 1QSWA 6LYTA 1CTWA 2IHLA 2G4NA 164LA 1CV6A 3WU9A 1GBOA 1FKQA 1L49A 1JTNA 4H91A 4NHIA 1IWVA 1L92A 140LA 186LA 1IWZA 5HMVA 3TXKA 3TXBA 3WULA 1OUFA 130LA 1FDLY 119LA 3NY9A 4NHPA 4NGOA 2MEIA 1T8GA 217LA 5KXNA 1XGPC 4IATA 1XSFA 4YEOA 5B07A 4DYGA 1C6HA 1QSBA 3WPJA 2Z19A 4DD3A 5I4WA 1L94A 1G7LC 3HTFA 1B0DA 2RBOA 4DD7A 1BWJA 1GF0A 1L46A 2RBNA 1LZ9A 1B9OA 4N1EI 3SBBC 1L98A 1CV1A 1D3FA 1OP9B 5AMYA 2G4PA 4I7RA 1L56A 1LCNA 3IJUA 3A92A 1NKHA 2BLYA 4W94A 194LA 2OU8A 2F4GA 3K2RA 4LT3A 1A2YC 1LSFA 4YXCA 144LA 2BQKA 1RI8B 172LA 4TTDA 3A3QA 225LA 1QQYA 1V7TA 4RLMA 2I25L 1ZVYB 5T3FA 5IELA 5E4PA 1B7QA 1P2LA 1KXWA 169LA 5L9JA 1J1XY 1JTPL 1F0WA 1D3JA 1QUTA 3TXGA 3OJPA 2F4AA 4IAPA 1GBXA 4DKLA 4G4BA 1YAOA 2YDGA 1NDMC 4MSTA 1IR7A 4LFXA 3A3RX 104LA 5LVGA 4W54A 2O4WA 1IEEA 175LA 4N0JA 1LYHA 257LA 171LA 1SX7A 1JKBA 4II8A 4I7TA 1LLHA 4H90A 4ARLA 1REMA 1WTNA 1QTBA 1C6FA 1EQEA 1L96A 1RE2A 142LA 1OWZA 1L38A 5FCPA 2LYZA 4I7MA 1LSZA 2ZILA 3C7ZA 4TWSA 1GHLA 4MCKA 5B1GA 1L00A 4PHIA 1DXJA 1CJ9A 5KXTA 1VEDA 1GF5A 3QE8A 2DQCY 4QGZA 1KW5A 1EQ5A 2XBRA 102LA 1IWXA 4WO9A 1PQDA 5FEKA 1L91A 2ZYPA 3ATOA 1QTVA 1HEOA 1QS9A 5KXXA 4B4EA 1XEIA 1L61A 3G3VA 3RUNA 4EMNA 1L68A 4H9IA 163LA 244LA 1P56A 2ZYCA 2ANVA 1BB4A 1HNLA 3JR6A 1LHIA 1G7JC 158LA 112LA 3P68A 5ILCA 1LI6A 3AW7A 3A91A 1REXA 3CQLA 3E3DA 4WM1A 2BQNA 1OWYA 198LA 109LA 2C8PA 1DI4A 1GB6A 3MGWA 2MEHA 4J7VA 255LA 4P2EA 4NGWA 3A93A 1LKSA 2ZIJA 1T6HA 1CU0A 7LYZA 4NSHA 1D2WA 2CWIA 2W1LA 199LA 1B5VA 3GUKA 3QY4A 5B06A 4DAJA 4DDAA 5KY1A 1LSBA 1CU3A 1LMPA 243LA 129LA 219LA 1GAZA 4NGKA 4EOFA 3P65A 167LA 1L42A 1YANA 1YAMA 3C82A 189LA 1LSNA 4NSIA 3WXUA 196LA 3UONA 1SWZA 1KIPC 1G1VA 3WH1A 4LT2A 4EPIA 4H92A 4DD1A 3DN8A 5D5CA 242LA 3WL2A 4WLTA 1L40A 5L3IA 3WMKA 1UIGA 4Z3MA 2B6TA 220LA 4H9HA 2Z2FA 1UIDA 3A8ZA 4PRQA 2DQDY 1QT6A 1XEPA 5DM9A 3PDSA 211LA 1L52A 3GUIA 3DMXA 5F16A 1IY4A 1JSEA 128LA 1C6EA 4ZIXA 1C63A 1C08C 180LA 4ARMB 2YBLA 1C6NA 1CV0A 1C6DA 5APEA 4WLDA 2HEAA 1OV5A 107LA 4TX7A 1E8LA 1QT4A 132LA 1L83A 2F32A 5LA5A 1FKVA 1C6KA 195LA 1AZFA 5KXWA 3WW6A 1OYUA 3DMVA 1VDTA 5C6IA 1C6BA 1CUQA 4NGLA 1L05A 1UA6Y 1KW7A 5LVKA 174LA 1L30A 1KY0A 2LCBA 4NG8A 2XJWA 1QT7A 5DN4A 1LJKA 1VDSA 2EPEA 3W6EA 3AGIA 1ZWNA 2MEDA 3SP3A 1GB9A 1P2RA 1VATA 2FYDA 1TEWA 1YILA 2FBDA 1L36A 3A95A 1CKFA 4NGZA 1L79A 4H94A 1DYDA 207LA 1REYA 1P5CA 1L17A 1GBZA 1HSXA 4YEMA 184LA 5M1YA 5LYZA 247LA 2NWDX 2RB1X 2D4KA 1P37A 3LZTA 4B49A 110LA 1FBIX 4CFPA 4DQ5A 5I4YA 2RAZX 5FHWA 2OU9A 3ZVQA 1JWRA 1NWGA 2A7DA 5LAGA 1SLYA 114LA 1T8FA 4WOAA 5LYMA 1AT5A 2XTHA 1NHEA 3KAMA 3DN0A 2B72A 3SB9A 1OUGA 1LZ6A 3WXTA 1VAUA 3HBHA 3DNAA 3RU5A 214LA 2O7AA 173LA 1LJ4A 4LYMA 1L44A 5F9XA 1L80A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 223L A;  1UAC Y;  4NSJ A;  1LYI A;  143L A;  1OVH A;  3AZ6 A;  1H87 A;  4NWE A;  4ETA A;  3HH5 A;  4N8Z A;  5L3H A;  2B73 A;  1JHL A;  1CV3 A;  1IOT A;  4H9E A;  1L90 A;  3WVX A;  254L A;  1LZR A;  1C65 A;  3G3A B;  1ZUR A;  4G4C A;  3SN6 R;  234L A;  1JJ3 A;  5APD A;  2RBR A;  1BWH A;  1B7L A;  4I7K A;  2MEB A;  2BQG A;  1I1Z A;  4M6D A;  1YKY X;  188L A;  1B5W A;  4EKR A;  1LMA A;  1GE1 A;  2BQH A;  2PC2 A;  2ZWB A;  1IP6 A;  4ETD A;  1HFX A;  1QUG A;  1V7S A;  141L A;  1RCM A;  3HWL A;  1OVJ A;  1L93 A;  154L A;  1HER A;  1L72 A;  1JJ0 A;  168L A;  1QUH A;  3HT9 A;  2F30 A;  5EBH A;  1XGT C;  1UIB A;  4K5Y A;  1VFB C;  1QSW A;  6LYT A;  1CTW A;  2IHL A;  2G4N A;  164L A;  1CV6 A;  3WU9 A;  1GBO A;  1FKQ A;  1L49 A;  1JTN A;  4H91 A;  4NHI A;  1IWV A;  1L92 A;  140L A;  186L A;  1IWZ A;  5HMV A;  3TXK A;  3TXB A;  3WUL A;  1OUF A;  130L A;  1FDL Y;  119L A;  3NY9 A;  4NHP A;  4NGO A;  2MEI A;  1T8G A;  217L A;  5KXN A;  1XGP C;  4IAT A;  1XSF A;  4YEO A;  5B07 A;  4DYG A;  1C6H A;  1QSB A; 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