4ET9A

Hen egg-white lysozyme solved from 5 fs free-electron laser pulse data
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
publication title High-resolution protein structure determination by serial femtosecond crystallography.
pubmed doi rcsb
total genus 49
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-04-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4et9A00
135LA 4N9RA 3N9CA 4OOOA 1GXXA 1NBYC 2DQJY 3W3EA 2XTHA 4X3BA 1GDXA 1JEFA 1FLUA 1JSEA 1LZ9A 3EO5A 3TMUA 1IP2A 1GB7A 4M4OA 5IHGA 1CJ6A 3W6DA 3W6CA 4E3UA 1GAYA 3LHMA 4WG1A 1B9OA 1XFPL 1CKGA 1LHLA 4NHQA 2LZ2A 4NWEA 4TX7A 1LSZA 4FJRA 1RCMA 5DN4A 5KXZA 1RFPA 5B05A 1DPWA 5JENB 4H91A 2MEIA 4ETAA 2DQEY 2YBHA 4XJFA 1BVXA 1FLQA 5L3HA 3WL2A 4ZFPA 2C8PA 1JTTL 4HPIA 3A3QA 2BQCA 1WTNA 1VDPA 1IO5A 3AGHA 3A92A 1GE4A 4G49A 2I6ZA 1NF5A 1JTOL 3WU8A 2PC2A 5FEKA 1LZNA 1NBZC 4H8YA 1JITA 4UWVA 1OUEA 2BQIA 1I1ZA 3OK0A 1BHZA 4FDYA 1HENA 1W6ZA 1IR8A 1WQNA 4HV1A 4CFOA 5ILCA 1LHHA 2A7DA 2ZQ3A 4RW1A 4DD9A 1I56A 2DQAA 2DQFC 3D9AC 4NG8A 1LSBA 3M18B 3RNXA 1F6SA 1I20A 5KXMA 1XGRC 1LSEA 4WM1A 1LZTA 1G7LC 4XJHA 4NGVA 1IWUA 1D6QA 2I25L 3W6EA 5K7OA 4H8XA 1IP1A 2NWDX 4H9FA 1FKVA 4J1BA 1GDWA 1HFZA 4WM6A 3B72A 1CKCA 1LZCA 1J1PY 2HEFA 1BGIA 3TMXA 3P4ZA 1LJHA 2A7FA 3VWOA 3WMKA 4H9EA 4WOAA 4II8A 1GF4A 3ATOA 4RLNA 1LSFA 4PHIA 1JSFA 1LMQA 3AW6A 2DQIY 2BQFA 1BB7A 1AM7A 1D0LA 1ALCA 1IOQA 1YL0X 1FDLY 1UCOA 3B0KA 3WPLA 2RSCA 1B5VA 1OUGA 1OP9B 4DD2A 3AZ6A 1BB6A 5KKIA 1B0DA 1IP6A 2BQBA 3AB6A 1OUCA 4J1AA 3A93A 2DQCY 2LYZA 1HSXA 2DQHY 3CSQA 1A4VA 1LTMA 4CGEA 1EL1A 1XGUC 1CJ7A 2D4KA 2F2NA 5LAGA 5KXOA 5F9XA 1IC5Y 2FYDA 1H6MA 2BLXA 2B5ZA 4H93A 2YBMA 2LYMA 4H9HA 1XGQC 3W6BA 1EQ4A 1EQ5A 1UA6Y 3IJUA 1D0KA 3P68A 2YBIA 2XBSA 2MEHA 2ZILA 4NGZA 4DD0A 5B06A 1YKYX 1NQIA 2MEBA 3QNGA 1C7PA 2Z12A 5A3EA 2BPUA 3KAMA 2EIZC 3N9AA 4R0FA 1IIZA 1KIPC 4NHSA 5J7CA 4GN3A 4HSFA 2ZNWY 4LT1A 4NHTA 4B1AA 3TXFA 1QDTA 2CWIA 4B4IA 1CJ9A 1NKHA 1B7PA 1B7SA 1LMTA 4C3WA 4ETEA 1CKHA 4GCDA 3ULRA 3LN2A 4LYOA 1SQ2L 1XEIA 4ZIXA 1HHLA 1VDSA 4IJ4A 1LSDA 4H9CA 1ZVYB 1IWWA 4YOPA 5I4XA 1B5YA 2BQHA 1V7TA 2G4PA 1REXA 4RDSA 2BQOA 3TXBA 4NGYA 1HFXA 4ETCA 2EKSC 8LYZA 1GBWA 1LSYA 2DQGY 4WM2A 1C45A 1QUSA 1VDTA 4GLAA 1E8LA 1WQMA 5LAFA 4BAFA 2G4NA 4PGJB 4TTDA 1IWTA 1CKFA 2YSSC 1LJGA 4AGAA 4CHXA 1LJ3A 1YIKA 1OUAA 1HFYA 2VB1A 5LVHA 3T6UA 1OUHA 4QDNA 4YEOA 1YKZX 1C10A 1LJKA 2BQLA 5D5CA 4WM3A 4PRQA 5APEA 5F14A 2MEAA 5KXXA 5C6IA 1BWHA 5LIOA 1IR7A 1UIHA 5AMYA 4G4HA 1GFRA 1GB8A 3LZTA 4G9SA 3TXGA 2FBDA 1IY4A 3CQLA 4HJVA 2BQDA 1JKBA 3AZ4A 1LMOA 4QEQA 4BADA 1G7HC 4RW2A 1LOZA 1P2CC 3AGIA 1UIBA 153LA 5FDJA 4WL7A 4H9AA 3AGGG 1ZVHL 4BS7A 1LYSA 3SP3A 1CNSA 1QSWA 1B7LA 1HELA 1BWIA 1RI8B 1TDYA 5APCA 5I4WA 3LYMA 4BAPA 1MELL 2IFFY 1QSAA 3WW5A 1JISA 2CJLA 5KXNA 4I8SA 1FLWA 1YL1X 5LYZA 2YBLA 5KXSA 3TMWA 4EOFA 4HPEA 5APFA 4LYBA 4LYTA 4B4EA 1UACY 1HEWA 1J1XY 3IJVA 1B7NA 3OJPA 1XEJA 4R6CA 1GEZA 5KXRA 2H9KA 4LGKA 2ZQ4A 1B7QA 1HNLA 1DI4A 2I26L 3HBHA 1GBOA 4XJBA 1B7RA 5LVGA 2Y8PA 5KJ9A 4GCFA 4DC4A 2DQDY 2W1MA 2ZNXY 3A67Y 1GF9A 4PPOA 3WXUA 2D6BA 2GV0A 2LYOA 6LYZA 1B5ZA 5DLAA 1IX0A 1LSPA 1LCNA 4PJ2C 5KXPA 2D4JA 5HLLA 5IELA 4KPMA 3WUAA 1OUBA 4GCCA 5LVJA 2F4GA 2ZIJA 2EPEA 2HU3A 2Z38A 5E9RA 4AXTA 3A34A 1JTPL 1FLYA 194LA 1UIEA 5I54A 3WUNA 4NY5A 1HSWA 3WVYA 1F10A 1LMAA 3CB7A 4W94A 1GE2A 5L9JA 1VDQA 5LXWA 1IY3A 1LSCA 5FELA 5KXLA 2MEEA 4HJYA 4CFPA 4ETBA 1YILA 2CGIA 5B07A 2BQEA 4UWNA 1PZYA 2HEEA 4C5FA 1KIRC 1D9UA 3TXEA 2WARA 2HECA 1IP5A 4H1PA 9LYZA 1GD6A 3HFMY 1CJ8A 3J4GA 3MGWA 2YBNA 4TSCA 4WO6A 1LZAA 1OUDA 1REZA 3RZ4A 1DKJA 1LMNA 3P65A 1T6VL 1LZDA 3AYQA 3TXIA 1VEDA 5F9UA 1GBYA 1YAOA 3RU5A 3CT5A 3ZEKA 1JJ3A 3AZ7A 1GWDA 1IC4Y 1C08C 3WW6A 3P66A 1LZ4A 1HMKA 4J7VA 1QUTA 4OWEA 1H87A 5L3IA 4EMNA 1LAAA 4ML7A 4YENA 134LA 3E3DA 1GFAA 4TUNA 1WQRA 2BQJA 3FI7A 3EBAB 1WVVA 4G4BA 1OUFA 2HEAA 1FN5A 2HEBA 1JJ1A 1GF8A 4PRUA 1BB5A 1IOCA 4QY9A 4DD1A 1DQJC 1JHLA 1J1OY 2D4IA 3G3BB 4DD3A 4DYGA 5I4YA 3B0OA 3G3AB 2Z18A 3LYZA 3WXTA 1XEKA 4GLVA 6LYTA 1JKDA 4WM5A 1G7MC 1UICA 2Z19A 5KXKA 3WVXA 1GFVA 4I0CA 3CT1A 1GF6A 1LSMA 1LZ6A 4LYMA 1LZ5A 2ZIKA 1LZEA 2BQMA 4NSJA 4DDCA 3IWRA 4CJ2A 3BKHA 2D91A 2BQKA 3RW8A 4KT3A 4NHIA 1LMPA 2ZYCA 4HTNA 5FSTA 2LHMA 2BAAA 1JKCA 1IORA 4H9IA 5B1FA 1QIOA 4W96A 4NFVA 4GCEA 5FHWA 4YEMA 5HNCA 1BWJA 3GXKA 4TSBA 3BKVA 1LHIA 1LJJA 2HUBA 1F0WA 4L41A 3CT0A 1HF4A 1LZBA 4UWUA 1RJCB 1B2KA 1GB5A 4GN4A 1FBIX 1LSGA 2Z2EA 4H9BA 1D0MA 4NSIA 2BQNA 1D6PA 1GE0A 1TBYA 1Z55A 2C8OA 5M1YA 4B49A 4WG7A 1BVKC 5KXYA 3TXKA 1GBZA 3A94A 1BQLY 4J0LA 4MCKA 4DD7A 1JKAA 5I53A 4ET9A 4H92A 4LFXA 5APDA 4OWHA 2Q0MX 1DI5A 3D3DA 1AZFA 1BB3A 4N5RA 154LA 1GF0A 1LHMA 1IWYA 1GB2A 1GB3A 2HEDA 4U3XB 3A91A 1WVUA 1LZGA 4H8ZA 3ATNA 3LYOA 1KXWA 3T36A 1VFBC 2H9JA 3AW7A 1LZ8A 4Z41A 1IOSA 2MEGA 1GF3A 1GB9A 1LKRA 2FYCA 1GFKA 5B59A 1AT5A 1LMCA 4KL7A 4OW1A 1INUA 2YDGA 1REYA 4G4CA 4HJZA 2MECA 4HTQA 4WLXA 4DDBA 1IC7Y 1UIDA 4HV2A 3AZ5A 4LT3A 4ETDA 1IOTA 1TCYA 4LT0A 4QGZA 2XJWA 3LZ2A 5EBHA 3WPJA 1HERA 1UUZC 3ZVQA 1LSNA 1TAYA 3CSRA 4DDAA 3EXDA 1HMLA 3B6LA 4NGWA 5DL9A 3HBDA 1GBXA 5LVKA 5HNLA 2F4AA 3EMSA 4LFPA 4LZTA 3W6AA 3WYHA 1NDGC 4NGOA 3AJNA 4NSHA 5FCPA 1IP7A 1JIYA 4XYYA 5D5FA 4N1CC 4D9ZA 7LYZA 5LYMA 1IP3A 4ET8A 1KXYA 5KXTA 2AUBA 1YQVY 1HEPA 4N0JA 1G7IC 1UIGA 4NSGA 1GHLA 3N9EA 1IVMA 1EQEA 1OUJA 4XJIA 2W1XA 1GE1A 1DI3A 1B5WA 1NMMA 3TXJA 4NGLA 1LZ1A 4YF2A 4WO9A 4H94A 1JPOA 2BQAA 2DBTA 1LJFA 4RLMA 5II3A 3TMVA 1XGPC 1B5UA 1DZBX 1GEVA 3A90A 3CSZA 5HMVA 1IWZA 3P64A 1NWGA 4YM8A 2HU1A 193LA 1B7MA 1UC0A 2ZWBA 3F6ZA 4LT2A 4XN6A 5C6LA 1A2YC 3WPKA 3J6KA 1WQQA 1LJNA 1HEOA 4MR1A 1LKSA 2DKVA 1C43A 4NHPA 3TXHA 5B1GA 5LINA 208LA 2ZYPA 1QDRA 1ZV5L 2YVBA 5LYTA 1LPIA 2Z37A 4XENA 4Z98A 4OOTA 1GFUA 4P2EA 1RE2A 2H5ZA 1VATA 3K3TA 2Z39A 2MEFA 1IR9A 2HTXA 5DN5A 3TXDA 2CDSA 4NGKA 3A6BY 1HC0A 207LA 1QTEA 4B4JA 4O34A 4Z3MA 2G4QA 1KXXA 1DKKA 3QY4A 4GN5C 4OWCA 4A7DA 1JJ0A 5KXWA 1G7JC 133LA 4NGJA 5IDDA 3QE8A 1GF7A 4DWXA 2N5ZA 1GXV2 1LYOA 4TWSA 1LYZA 4NGIA 3WUMA 1B5XA 3ZVQB 5KY1A 1PS5A 2YBJA 5ILFA 2FBBA 3A3RX 4IASA 1LJ4A 2BLYA 1GPQC 3B0IA 5C6JA 2W1LA 1XGTC 1TEWA 1QQYA 3RT5X 4XADA 1VAUA 4GCBA 2EQLA 132LA 1YAMA 2F30A 4H90A 1GFTA 1GFHA 1YROA 2BQGA 2MEDA 4IATA 5LA5A 1AT6A 4NWHA 4NIJA 1GAZA 3A96A 1XSFA 1V7SA 3A6CY 1LZRA 1GE3A 1GFGA 1LJIA 1LHKA 1W08A 4WLDA 1KIQC 4N1EI 4OWBA 1GF5A 1LHJA 1CKDA 4B0DA 1YAPA 1UBZA 1QTKA 1IEEA 1WQPA 4ZEEA 1YANA 1HEMA 5F16A 4LYZA 1F6RA 5HMJA 1JUGA 4LYCA 1C46A 5KKJA 5LVIA 1WQOA 1LYYA 4N8ZA 4KXIA 5T3FA 1SLYA 1ZMYL 1JWRA 3WU7A 4ANRA 1HEQA 1OQMA 5A3ZA 2XBRA 4WMGA 4WLYA 3WULA 3WH1A 1NHEA 2Z2FA 1LZSA 4Z46A 1LSAA 4OWAA 1UIAA 1UIFA 1O23A 2W1YA 1GBSA 3HBEX 5E4PA 5HQ1A 4WLTA 1B7OA 1IWXA 1DPXA 2LZTA 1FKQA 2IHLA 4WM4A 3FE0A 4DT3A 1IP4A 1GB0A 4HTKA 5F81A 3W6FA 4WL6A 3A95A 4HP0A 1BB4A 3GXRA 1DXJA 4XJGA 1N4FA 4XJDA 3M3UA 4M6DA 3WU9A 1LJEA 1YAQA 5I5QA 5LA8A 2X0AA 4NG1A 1GB6A 1MLCE 4NEBA 5DM9A 1T3PA 1IWVA 1NDMC 1LZYA 1GFEA 1AKIA 1GFJA 1REMA 1YKXX 3LYTA 1OUIA 1WTMA 3A8ZA 4MSTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4N9RA 4OOOA 3N9CA 216LA 1GXXA 1LLHA 1QTCA 2XTHA 3HT7A 1JEFA 1FLUA 1LZ9A 1GB7A 1CJ6A 4E3UA 1B9OA 4NWEA 1LHLA 3WPKA 1L45A 220LA 1L46A 4FJRA 5DN4A 4H91A 1NHBA 3WL2A 2YBHA 3FA0A 4ZFPA 2A4TA 1T8GA 1JTTL 129LA 2BQCA 1SWZA 3AGHA 3C82A 1GE4A 3C8SA 2I6ZA 1L29A 4FDYA 1BHZA 1HENA 4CFOA 2O4WA 4HV1A 2ZQ3A 2ANXA 4RW1A 1L09A 253LA 3D9AC 1F6SA 5KXMA 131LA 1XGRC 1LSEA 2RBNA 4WM1A 5K7OA 2I25L 126LA 1P6YA 1C6HA 2OU0X 3TMXA 3DMZA 4II8A 1L14A 1GF4A 4I7OA 3ATOA 4RLNA 1KY1A 4GRVA 1DYFA 2F47A 1BB7A 3B0KA 1YL0X 2RSCA 3AZ6A 1BB6A 3ODUA 1L50A 1OUCA 3GUKA 2LYZA 1HSXA 1G07A 215LA 1A4VA 5LAGA 5KXOA 5F9XA 2FYDA 2BLXA 2LYMA 3HTGA 4W54A 1EQ4A 1D0KA 3P68A 2XBSA 195LA 1NQIA 219LA 2Z12A 4B4IA 1QDTA 1LYHA 1LMTA 1L20A 1CKHA 3ULRA 1L83A 4ARQB 1IWWA 1V7TA 4RDSA 3TXBA 1LYEA 4YX7C 8LYZA 1C45A 1KNIA 1L77A 4I7MA 1L24A 2G4NA 4PGJB 1EPYA 1LJGA 1LJ3A 1OUAA 4DKLA 2L78A 3T6UA 1OUHA 4QDNA 1C10A 5D5CA 5AMYA 4OO9A 4G9SA 1IY4A 3CQLA 4BADA 1P2CC 2OTYX 153LA 4E97A 1G0PA 2B74A 2OEAX 3SP3A 1OVHA 1CNSA 1B7LA 1BWIA 5I4WA 1I6SA 1P2RA 3GULA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 135L A;  4N9R A;  3N9C A;  4OOO A;  1GXX A;  1NBY C;  2DQJ Y;  3W3E A;  2XTH A;  4X3B A;  1GDX A;  1JEF A;  1FLU A;  1JSE A;  1LZ9 A;  3EO5 A;  3TMU A;  1IP2 A;  1GB7 A;  4M4O A;  5IHG A;  1CJ6 A;  3W6D A;  3W6C A;  4E3U A;  1GAY A;  3LHM A;  4WG1 A;  1B9O A;  1XFP L;  1CKG A;  1LHL A;  4NHQ A;  2LZ2 A;  4NWE A;  4TX7 A;  1LSZ A;  4FJR A;  1RCM A;  5DN4 A;  5KXZ A;  1RFP A;  5B05 A;  1DPW A;  5JEN B;  4H91 A;  2MEI A;  4ETA A;  2DQE Y;  2YBH A;  4XJF A;  1BVX A;  1FLQ A;  5L3H A;  3WL2 A;  4ZFP A;  2C8P A;  1JTT L;  4HPI A;  3A3Q A;  2BQC A;  1WTN A;  1VDP A;  1IO5 A;  3AGH A;  3A92 A;  1GE4 A;  4G49 A;  2I6Z A;  1NF5 A;  1JTO L;  3WU8 A;  2PC2 A;  5FEK A;  1LZN A;  1NBZ C;  4H8Y A;  1JIT A;  4UWV A;  1OUE A;  2BQI A;  1I1Z A;  3OK0 A;  1BHZ A;  4FDY A;  1HEN A;  1W6Z A;  1IR8 A;  1WQN A;  4HV1 A;  4CFO A;  5ILC A;  1LHH A;  2A7D A;  2ZQ3 A;  4RW1 A;  4DD9 A;  1I56 A;  2DQA A;  2DQF C;  3D9A C;  4NG8 A;  1LSB A;  3M18 B;  3RNX A;  1F6S A;  1I20 A;  5KXM A;  1XGR C;  1LSE A;  4WM1 A;  1LZT A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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