1LYGA

Dissection of helix capping in t4 lysozyme by structural and thermodynamic analysis of six amino acid substitutions at thr 59
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVINKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Dissection of helix capping in T4 lysozyme by structural and thermodynamic analysis of six amino acid substitutions at Thr 59.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1992-08-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1lygA00
4ZPUA 1C6QA 169LA 3C7YA 161LA 108LA 1P5CA 1L87A 3CDVA 1C6KA 1L33A 1KNIA 1L23A 206LA 1DYDA 3HH4A 3SBBC 3C7ZA 1C62A 1D9WA 1I6SA 162LA 165LA 258LA 1SWYA 1CU2A 1D3MA 2B70A 3HWLA 128LA 242LA 4I7MA 1C6TA 1JQUA 1L30A 1LYEA 1LGUA 210LA 3RUNA 168LA 195LA 256LA 1L15A 1L71A 1L34A 156LA 1QS5A 1L65A 1QUGA 3HU9A 2RAZX 1L21A 3C7WA 4EKSA 157LA 4EJ4A 1L29A 1P6YA 243LA 4OO9A 3GUKA 5LZMA 147LA 3SB9A 4LDLA 6LZMA 1C6PA 4ARQA 2Q9EA 1G07A 3SN6R 4PJZA 3HH3A 2CUUA 255LA 3V2YA 237LA 143LA 1LWKA 3DMVA 4K5YA 2OE7X 1C6GA 3DN8A 1L28A 3DMXA 1CV3A 223LA 1C6NA 1P56A 4LDEA 1QT8A 166LA 1L73A 1QT6A 7LZMA 257LA 1G0GA 3C81A 1LPYA 1L07A 4EXMA 4PK0A 155LA 4ARQB 1G0QA 3FADA 1QUDA 4I7QA 1PQMA 1KW5A 3PBLA 1CU3A 1KY0A 1L95A 1L46A 158LA 1OV5A 167LA 1ZYTA 2O79A 183LA 260LA 1C6HA 2B6ZA 2B6YA 1SSYA 238LA 1L69A 1L61A 1LGWA 1L17A 185LA 1KY1A 3FA0A 1L72A 253LA 1L39A 2O7AA 2B6TA 1L36A 144LA 1L12A 1L22A 4EKPA 192LA 2OE4X 2RBNA 4W56A 3HTDA 129LA 1T8AA 1L16A 189LA 3EMLA 236LA 172LA 1CUPA 1QT7A 4EKQA 1L19A 1L49A 102LA 3C82A 3F8VA 241LA 2ANVA 1CV5A 173LA 1D2YA 104LA 4AQNA 149LA 1XEPA 1EPYA 2RB0X 1SSWA 3SB8A 4ARLA 1L86A 140LA 1C67A 1DYAA 248LA 1L62A 4EPFA 2OTZX 3NY9A 2L78A 1XJUA 232LA 250LA 3SB6A 254LA 1L31A 1L96A 1CX6A 3GULA 1L93A 1L66A 1QTZA 1C6IA 2HULA 3D4SA 3GUIA 1PQIA 4I7SA 1P3NA 200LA 1C69A 1L35A 1L53A 1L43A 2B74A 3V2WA 1L74A 5I14A 2RB2X 127LA 4I7JA 178LA 1L97A 217LA 3QAKA 1LI2A 160LA 1LYDA 213LA 233LA 1L76A 1L09A 1OWYA 3HUAA 199LA 111LA 1L48A 1LW9A 1L58A 1C6JA 1L37A 3GUNA 1QS9A 4YXAC 1L83A 1C60A 3C80A 182LA 2OTYX 1LYHA 2F32A 1QTVA 1C6EA 187LA 186LA 2LCBA 2RBQA 2NTHA 1SWZA 1K28A 1PQJA 4ARPA 3HUKA 1L55A 3GUMA 1L0JA 3HT7A 3DKEX 1T8GA 1P64A 4E97A 1DYFA 216LA 4EKRA 175LA 3HT8A 1C6CA 1KW7A 1D2WA 1TLAA 1C61A 4W55A 1L14A 190LA 1P37A 1P36A 262LA 1P2LA 1LYFA 2QARC 2O4WA 3NY8A 1D3FA 1QSBA 1L26A 1C6MA 4W59A 3OE0A 1L45A 226LA 3OE6A 1L54A 4YXCA 1P2RA 1DYEA 4GRVA 184LA 3PDSA 1L08A 221LA 4LZMA 3SBAA 245LA 146LA 191LA 3L2XA 1G1VA 4I7RA 252LA 1L70A 1L02A 4LDOA 240LA 112LA 1C6LA 1C6FA 1QTHA 4I7TA 1L81A 3G3WA 1L18A 177LA 139LA 2B75A 188LA 1DYCA 3F9LA 229LA 4I7PA 2B73A 1LYIA 196LA 234LA 3C8RA 218LA 1CU6A 1L77A 181LA 1PQDA 2B6WA 115LA 170LA 2HUMA 3DNAA 1CUQA 1L24A 1OV7A 2OU9A 2QB0B 230LA 4IAPA 1LI3A 1L47A 1L51A 3SB5A 1QT5A 1B6IA 219LA 1DYBA 1L11A 3HH5A 163LA 3GUOA 1L42A 1OWZA 3HH6A 1CV4A 4DKLA 1L10A 3HTBA 1PQKA 2Q9DA 2A4TA 3DN6A 4I7LA 159LA 1L06A 1L64A 1NHBA 198LA 1L40A 1L20A 1G06A 1G0PA 1QSQA 246LA 3L64A 3FI5A 228LA 2IGCA 2OEAX 1L80A 4W51A 1L41A 244LA 1CU0A 1OVKA 1L59A 1CVKA 220LA 126LA 1QT4A 171LA 3ODUA 3HTFA 1L98A 1C6DA 2B72A 131LA 4W53A 3VW7A 1QT3A 142LA 3C83A 3UONA 3LZMA 3DN2A 3OE9A 1CV1A 3C8QA 3HUQA 1L92A 3CDQA 3HT6A 3SB7A 1CTWA 103LA 215LA 2NTGA 249LA 1L01A 1L90A 261LA 4W57A 122LA 3CDTA 3DN0A 3GUPA 251LA 227LA 1L67A 2B6XA 151LA 1LLHA 1L44A 1QUHA 1WTHA 1T8FA 1L91A 1L27A 4W58A 1QUOA 1L88A 1ZWNA 2OE9X 3HDEA 2LC9A 109LA 3RZEA 1D3JA 110LA 235LA 205LA 2B7XA 1P46A 2RBRA 1LI6A 1PQOA 4GBRB 197LA 113LA 2RBPA 1G0KA 1G0LA 3HT9A 125LA 3GUJA 1L00A 1L79A 239LA 2HUKA 1L57A 1L94A 137LA 1L84A 3G3XA 148LE 212LA 1C68A 1XJTA 2RBOA 3DMZA 3DN3A 1C6BA 3CDOA 3DN1A 145LA 1L52A 3C8SA 3K2RA 4W52A 231LA 1L99A 3NYAA 4ARJA 3JR6A 152LA 1DYGA 1QTDA 4YX7C 1CX7A 3HTGA 1T6HA 107LA 1L32A 1QTCA 1LYJA 1T97A 176LA 180LA 1C6AA 4I7KA 1OVJA 224LA 259LA 1JTMA 2F47A 211LA 1L68A 1CV6A 1ZURA 3CDRA 1C66A 3HU8A 1JTNA 1LGXA 1OVHA 123LA 119LA 1L50A 209LA 2OU8A 150LA 1L25A 1L56A 118LA 1L75A 1L0KA 1L85A 4I7OA 4ARMA 1CU5A 1SX2A 164LA 130LA 1CV0A 1C64A 2RH1A 1KS3A 4W54A 1L60A 1SX7A 1L13A 120LA 4S0WA 141LA 4I7NA 4DAJA 2F2QA 1D3NA 3DN4A 225LA 222LA 2RAYX 2LZMA 1L63A 1OYUA 1LWGA 4ARMB 2RBSA 201LA 1L04A 1L05A 247LA 4DJHA 2RB1X 1G0JA 2OU0X 1C65A 1C63A 3G3VA 3HDFA 4EPIA 3OE8A 1L89A 2ANXA 1L82A 138LA 1P7SA 1G1WA 1G0MA 1LYGA 114LA 174LA 2Z6BA 1L03A 1L38A 214LA 1QTBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4ZPUA 5KXXA 2HEDA 3A34A 3TXDA 1DI3A 1CJ9A 1L33A 2ZIJA 4E3UA 206LA 3LYOA 1C08C 1GFAA 1YKZX 1FBIX 3C7ZA 3HBHA 1B7PA 1I6SA 3B0IA 2B70A 3HWLA 3RU5A 128LA 1LSMA 1L15A 1QS5A 1QUGA 2RAZX 1L21A 157LA 1P6YA 1LSZA 4ETBA 1LHJA 4XJDA 1DQJC 3ATNA 1LTMA 4UWNA 1DI4A 1B7QA 4PJZA 3HH3A 3V2YA 237LA 4WO9A 1C6GA 1OUCA 4YEOA 1L28A 4WL7A 2HUBA 3DMXA 1OUJA 4J0LA 223LA 1C6NA 4NSGA 4LDEA 4BAPA 4NEBA 1A4VA 4W96A 1YQVY 4EXMA 4ARQB 4NHPA 1G0QA 1WQNA 3FADA 1PQMA 1KW5A 3PBLA 1CU3A 158LA 1LPIA 1NMMA 3A91A 4DQ5A 3TMUA 1L17A 4DQJA 185LA 3HBEX 3N9AA 144LA 1L22A 4H8ZA 2MEFA 4EKPA 2OE4X 2XBRA 2F4GA 5JENB 4DQ7A 4HJYA 3HTDA 3AZ4A 1DKJA 3T36A 4LYMA 1GB3A 172LA 1IWVA 1WQPA 3CT0A 241LA 2ANVA 104LA 2RB0X 2RSCA 3SB8A 5APDA 3TXBA 1IX0A 1DYAA 1L62A 2OTZX 3NY9A 4KPMA 232LA 1LYZA 3AW7A 254LA 1F10A 1L31A 4ZFPA 1CX6A 3GULA 1C6IA 3D4SA 1UIHA 4HPEA 4TSCA 1L53A 3W3EA 5I14A 2ZQ4A 1EQ4A 3HBDA 1VDPA 4HTKA 4GCBA 217LA 2MEIA 1QTEA 199LA 111LA 1LMPA 2BAAA 5K7OA 1L58A 1L37A 2DQEY 5FELA 1LMTA 4I8SA 3C80A 4XJFA 1HMLA 4WG7A 1REZA 1BVKC 1HEMA 3IWRA 4LYOA 2CGIA 1C6EA 5B07A 186LA 2LCBA 4Z46A 5KXTA 1SWZA 1K28A 3HUKA 5F9XA 5C6LA 2DBTA 4MCKA 2Z12A 1HERA 1L0JA 5D5CA 4TSBA 2HEEA 1D2WA 5LVJA 1LMOA 3TXKA 5L9JA 4W55A 1NKHA 1P2LA 1SLYA 1LYFA 2EKSC 3WUMA 4TX7A 5LA8A 207LA 1YROA 4DT3A 1L54A 3EBAB 4YXCA 184LA 221LA 4PPOA 3SBAA 1GE3A 1BWIA 146LA 1G1VA 4I7RA 1GB7A 1ALCA 4LDOA 5FHWA 1C6FA 4I7TA 1L81A 1BB6A 1LHHA 1LSPA 1L18A 1KIPC 177LA 3ULRA 139LA 4QGZA 5LAFA 188LA 1B7MA 1JKDA 1XGTC 3F9LA 1N4FA 229LA 2Z37A 4YENA 1LYIA 1NBZC 1HNLA 4H8XA 4YEMA 2FYDA 218LA 3TXHA 1LZNA 1L77A 115LA 2HUMA 1CUQA 1L24A 4XJBA 4MR1A 1IVMA 1B6IA 4C3WA 4CJ2A 4LFPA 1QDTA 1L11A 3GXKA 3HH5A 163LA 4ETCA 2HECA 1YL1X 3HH6A 2HU3A 2G4QA 5F16A 4D9ZA 1C7PA 1L64A 1GE0A 4N0JA 1QSQA 3WH1A 1VATA 228LA 1LKSA 2Q0MX 1L41A 1CU0A 1L59A 2BQEA 3QY4A 1CVKA 4CHXA 132LA 4NGOA 1GF4A 2N5ZA 4NHQA 5APFA 4W53A 5DM9A 2HU1A 1JISA 142LA 1GBOA 3DN2A 3LZMA 1C10A 3CDQA 3RZ4A 3TMXA 1L90A 261LA 2W1XA 5HLLA 251LA 1IY4A 2Z18A 1OUGA 4NY5A 1LLHA 1GE4A 1WTHA 1LJKA 1WQQA 3HDEA 2D91A 1PQOA 3WVXA 1IWWA 2RBPA 1G0LA 1VFBC 1L00A 1IOCA 2BQGA 1GF0A 1JKBA 1IP6A 1IR8A 3A67Y 3M18B 137LA 3WU7A 148LE 2RBOA 1JTOL 2WARA 3DMZA 1C6BA 4NGKA 1NWGA 2DKVA 1L99A 4W94A 1LMAA 152LA 107LA 2HTXA 1BWJA 4H92A 1LYJA 2F2NA 2YDGA 2DQIY 5II3A 1LHIA 224LA 4H91A 259LA 3A93A 2F47A 1YILA 3WUNA 2PC2A 3CDRA 1OVHA 123LA 119LA 2W1MA 1QQYA 1D0LA 1L56A 1HF4A 2IFFY 1L0KA 1L85A 1GWDA 1C64A 1B7LA 1DXJA 5F9UA 1I56A 4HV1A 3KAMA 4XENA 2F2QA 1TAYA 2BLXA 3DN4A 4ZEEA 1LMQA 2LZMA 1L63A 1LSEA 5F14A 4RW2A 1L04A 247LA 2OU0X 2NWDX 1ZVHL 3OE8A 1L89A 5KXLA 5B1FA 3WPJA 1UCOA 1G1WA 1L03A 1L38A 2ZNXY 3MGWA 1QTBA 3J4GA 1F6RA 1C6QA 1HELA 108LA 1P5CA 2YBHA 1L87A 3QE8A 1RI8B 3SBBC 1D9WA 1GXXA 162LA 258LA 1SWYA 1CU2A 3SP3A 2C8OA 1LJ4A 4LT1A 3K3TA 1LGUA 4NFVA 3RUNA 1UUZC 1RCMA 256LA 4X3BA 2LYZA 156LA 1L65A 4NHTA 4EKSA 3WMKA 5KKIA 4BS7A 4HP0A 2BQJA 1SQ2L 5DN5A 3LN2A 4LDLA 6LZMA 3TXJA 4H9IA 4ARQA 1BB3A 1LZGA 2CUUA 2AUBA 3DMVA 1T6VL 1LSBA 1IR7A 4OW1A 1G7JC 1IOSA 1CJ8A 3LYTA 2BQMA 257LA 3WU8A 155LA 1TEWA 2LYMA 1BB4A 3N9CA 3G3BB 1IWYA 1ZYTA 1VEDA 3WXTA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4ZPU A;  5KXX A;  2HED A;  3A34 A;  3TXD A;  1DI3 A;  1CJ9 A;  1L33 A;  2ZIJ A;  4E3U A;  206L A;  3LYO A;  1C08 C;  1GFA A;  1YKZ X;  1FBI X;  3C7Z A;  3HBH A;  1B7P A;  1I6S A;  3B0I A;  2B70 A;  3HWL A;  3RU5 A;  128L A;  1LSM A;  1L15 A;  1QS5 A;  1QUG A;  2RAZ X;  1L21 A;  157L A;  1P6Y A;  1LSZ A;  4ETB A;  1LHJ A;  4XJD A;  1DQJ C;  3ATN A;  1LTM A;  4UWN A;  1DI4 A;  1B7Q A;  4PJZ A;  3HH3 A;  3V2Y A;  237L A;  4WO9 A;  1C6G A;  1OUC A;  4YEO A;  1L28 A;  4WL7 A;  2HUB A;  3DMX A;  1OUJ A;  4J0L A;  223L A;  1C6N A;  4NSG A;  4LDE A;  4BAP A;  4NEB A;  1A4V A;  4W96 A;  1YQV Y;  4EXM A;  4ARQ B;  4NHP A;  1G0Q A;  1WQN A;  3FAD A;  1PQM A;  1KW5 A;  3PBL A;  1CU3 A;  158L A;  1LPI A;  1NMM A;  3A91 A;  4DQ5 A;  3TMU A;  1L17 A;  4DQJ A;  185L A;  3HBE X;  3N9A A;  144L A;  1L22 A;  4H8Z A;  2MEF A;  4EKP A;  2OE4 X;  2XBR A;  2F4G A;  5JEN B;  4DQ7 A;  4HJY A;  3HTD A;  3AZ4 A;  1DKJ A;  3T36 A;  4LYM A;  1GB3 A;  172L A;  1IWV A;  1WQP A;  3CT0 A;  241L A;  2ANV A;  104L A;  2RB0 X; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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