3HUQA

Thieno[3,2-b]thiophene in complex with t4 lysozyme l99a/m102q
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPDLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINQVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPDRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Predicting ligand binding affinity with alchemical free energy methods in a polar model binding site.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 57
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2009-06-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3huqA00
1L10A 1PQIA 2O4WA 2L78A 1C6HA 1B6IA 1L12A 1G0MA 4I7NA 1P37A 1LYDA 111LA 1QTHA 232LA 4W56A 3G3XA 171LA 189LA 190LA 181LA 220LA 3FA0A 174LA 3GUJA 1L79A 229LA 1C6TA 1L89A 3NY9A 3HTDA 152LA 1L35A 1PQMA 3DN2A 243LA 240LA 2RBOA 170LA 1L17A 118LA 3HU9A 1DYFA 2ANXA 3HH5A 159LA 3DN3A 3HTGA 1P2RA 1TLAA 1C6IA 4YXAC 1L50A 2CUUA 1G1WA 1L02A 1G0QA 3HT9A 176LA 4OO9A 1L92A 4W58A 3F8VA 1LYGA 119LA 1C63A 1L47A 1L98A 131LA 1OV7A 2F32A 3SB6A 3V2WA 3VW7A 1C6MA 3DNAA 4W57A 4W59A 3HTBA 3C82A 1P7SA 4K5YA 169LA 234LA 1L32A 177LA 1CV4A 3CDTA 1OYUA 244LA 236LA 1L63A 228LA 1L33A 3L64A 1C68A 1C6CA 1QSQA 1KS3A 3C8QA 4PJZA 2RAYX 2RB1X 1CU5A 4AQNA 4S0WA 1CU2A 3HH6A 1D2WA 1JTNA 1L59A 223LA 1QUHA 2HUMA 4I7TA 139LA 163LA 1L68A 4I7KA 1QUGA 1P2LA 3HT8A 3DMVA 4EPFA 1EPYA 3GUNA 1L06A 1K28A 1L82A 226LA 1L83A 110LA 1QTVA 1NHBA 142LA 1LGUA 258LA 1C6EA 1P5CA 1L13A 3C81A 1QUDA 1LYFA 2HUKA 2OTYX 3C83A 1QTZA 1D9WA 256LA 173LA 218LA 3OE8A 3QAKA 1C69A 4LZMA 1KW7A 2RB2X 149LA 2Q9EA 1C62A 1PQKA 1C6PA 1L44A 249LA 3DN8A 2O7AA 102LA 178LA 1L81A 3K2RA 2OE7X 1L18A 161LA 1OWZA 3SB5A 120LA 1L0KA 1L36A 1L74A 2LCBA 2OU9A 1L11A 1XEPA 1L00A 1C66A 4EJ4A 1G0PA 4IAPA 151LA 1LGWA 1L23A 1P56A 1CV3A 3NYAA 1L73A 188LA 1QS5A 1L15A 4W55A 246LA 187LA 1D3FA 3FI5A 147LA 213LA 1T8FA 215LA 2F47A 158LA 4W52A 130LA 4EKQA 1CV0A 3GUOA 1L94A 145LA 1OVKA 3SN6R 1CVKA 185LA 1G06A 4I7LA 217LA 1L42A 1L91A 160LA 4ARMA 1C65A 1L57A 3CDRA 4EPIA 1QSBA 1OVHA 242LA 1OV5A 104LA 1L76A 1L43A 1P3NA 157LA 4DJHA 2B70A 1L04A 4ARMB 252LA 1L29A 3UONA 3RZEA 125LA 4YX7C 2RBSA 4EKSA 1L09A 1DYGA 2OTZX 255LA 4PK0A 167LA 2B7XA 3GUMA 257LA 1LW9A 1QT3A 1I6SA 3HH4A 3C8SA 126LA 156LA 3PBLA 4W51A 186LA 1L45A 4ZPUA 4DKLA 1L38A 1SX7A 109LA 3HTFA 144LA 1L71A 227LA 4W53A 1LGXA 3HU8A 3NY8A 1L64A 2B6TA 230LA 1G07A 1QTBA 1G1VA 2RH1A 1C6KA 3CDVA 1L75A 3OE9A 3SBBC 1CV1A 1L85A 4LDOA 4I7MA 1L61A 2QARC 3GUPA 1L39A 1LPYA 114LA 1DYBA 4I7SA 1L37A 1L05A 1ZWNA 1C64A 3C80A 7LZMA 1CU3A 1QUOA 1LI6A 128LA 3OE6A 107LA 1L48A 1DYEA 3DN6A 1LYIA 164LA 1JQUA 1QTDA 1SX2A 129LA 211LA 3L2XA 3GUIA 254LA 3DN1A 1L01A 1QT5A 1L21A 3SB8A 166LA 1L65A 4I7PA 2B73A 1L51A 1C60A 1L69A 1P6YA 1T97A 253LA 103LA 127LA 3DN4A 212LA 1SWZA 3HWLA 2NTGA 1QT8A 1L84A 1XJUA 1L40A 1P46A 2IGCA 1L46A 1L93A 1JTMA 1L87A 1DYCA 262LA 3HH3A 237LA 1L95A 1CV6A 2Z6BA 4E97A 1L25A 146LA 1LYHA 1DYAA 206LA 1CV5A 200LA 1C6BA 238LA 3SBAA 1C6LA 143LA 137LA 3DN0A 175LA 197LA 1C6AA 1CX7A 1LWGA 1QTCA 248LA 1L55A 2QB0B 1D2YA 3EMLA 4LDLA 2A4TA 1L26A 1L27A 1ZYTA 1SWYA 4ARQA 224LA 1OVJA 1KNIA 1P64A 214LA 3C7ZA 199LA 165LA 1C67A 2HULA 141LA 1C6JA 4ARQB 4EXMA 182LA 233LA 1L49A 2RAZX 3HT6A 184LA 1L56A 1P36A 1ZURA 4ARPA 3V2YA 1C6QA 1L99A 1QT6A 172LA 1L60A 3DKEX 6LZMA 3PDSA 1L53A 5I14A 3FADA 1C6GA 1L22A 2RB0X 113LA 3JR6A 2B75A 1SSYA 150LA 1C6FA 1PQDA 198LA 115LA 1G0GA 4ARLA 1L20A 1T8AA 3D4SA 4I7QA 4GRVA 3C7YA 4I7RA 2F2QA 1CU6A 1G0KA 250LA 1L72A 1L96A 5LZMA 2B74A 1KW5A 1LLHA 1L24A 239LA 140LA 108LA 122LA 1L31A 1L67A 2Q9DA 1L16A 3SB9A 1L77A 2NTHA 245LA 221LA 1CUQA 1SSWA 1KY1A 3RUNA 1L41A 4DAJA 209LA 1PQJA 1D3JA 3DMZA 3HUAA 1LI3A 1L19A 1G0JA 3G3VA 155LA 3CDQA 4ARJA 192LA 261LA 3GULA 1C6NA 2B6WA 1D3NA 1L88A 1LYEA 2LC9A 1L14A 2OE9X 2RBRA 1L86A 3C8RA 4EKPA 2ANVA 195LA 1CTWA 3LZMA 2OU0X 3HDFA 1L58A 148LE 241LA 1C6DA 1KY0A 1DYDA 1L97A 1L30A 1XJTA 1CUPA 1G0LA 1QS9A 2B6XA 210LA 2OEAX 3DMXA 3ODUA 1L08A 1WTHA 3F9LA 2RBQA 235LA 259LA 251LA 2OU8A 3G3WA 1CX6A 4EKRA 3OE0A 1LWKA 138LA 1CU0A 3C7WA 1L0JA 1L80A 1L34A 4GBRB 1T8GA 1L28A 1LI2A 3CDOA 2RBPA 1PQOA 1LYJA 1QT7A 205LA 2B6YA 3HT7A 191LA 1L07A 1L03A 1L66A 168LA 2B72A 4W54A 4YXCA 1QT4A 2B6ZA 196LA 1D3MA 1L62A 4LDEA 162LA 4I7JA 2LZMA 1L52A 2O79A 3HUKA 216LA 123LA 3HDEA 180LA 231LA 260LA 219LA 225LA 2RBNA 3GUKA 1OWYA 201LA 4I7OA 183LA 1L54A 1C61A 222LA 3SB7A 1L90A 247LA 112LA 3HUQA 2OE4X 1L70A 1T6HA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1HF4A 2BQJA 4I7NA 1G0MA 1LPIA 1KIRC 1P37A 4DD9A 1IWVA 1QTHA 171LA 1GF7A 1OUIA 190LA 1YL0X 4PPOA 220LA 1JEFA 1L79A 2HEBA 243LA 4PGJB 1L17A 118LA 5ILFA 159LA 1B5VA 3DN3A 5FELA 4AXTA 1QUTA 1TLAA 4LYCA 7LYZA 2Z18A 2BQOA 2W1MA 4YXAC 1HEOA 4H92A 1HFYA 1YAQA 1QTKA 1C63A 131LA 3WULA 1OV7A 3VW7A 1C6MA 1HEWA 4W59A 3TXBA 4K5YA 1B7RA 1L32A 3WPJA 1DKKA 2LYZA 1LZ8A 1REMA 236LA 4H8ZA 3AW7A 1L63A 4CGEA 1BHZA 1L33A 4J1BA 3RZ4A 9LYZA 1LJ4A 1QSQA 3RW8A 2RAYX 1YKZX 4S0WA 1KXXA 2H9JA 1LZEA 1YKXX 1GFUA 3HT8A 4EPFA 4B4IA 1L06A 1K28A 110LA 1GFEA 4NHSA 194LA 1LGUA 207LA 1P5CA 1L13A 1QUDA 1WQMA 1QTZA 1B7MA 1D9WA 3OE8A 3TXDA 3QAKA 2I26L 1DI5A 2Q9EA 1C62A 1PQKA 4D9ZA 1F6RA 4EOFA 3DN8A 102LA 178LA 1L81A 1KXWA 4NHQA 1YAPA 1DI3A 1LSGA 2LCBA 1JTOL 4WM6A 1LZRA 1L00A 1LGWA 1HC0A 1HELA 1P56A 4N8ZA 4G49A 5KXSA 4ETCA 213LA 215LA 2F47A 1L94A 145LA 3TXGA 1IP2A 1CVKA 185LA 4I7LA 4YF2A 1GBZA 4LFPA 2MEDA 1L57A 4EPIA 1AT6A 1QSBA 104LA 1L76A 1LSMA 1L43A 3UONA 5KXPA 3RZEA 1RFPA 1FN5A 5HNLA 1IP4A 1F10A 3ATOA 2W1LA 255LA 4BAFA 2C8PA 5LVHA 5F16A 2B7XA 1QT3A 1I6SA 126LA 1LJIA 3D3DA 1CKGA 2A7DA 109LA 3CT0A 1L64A 1G7MC 2YBNA 1G07A 1C6KA 1TAYA 3CT5A 3SBBC 1CV1A 1L85A 3ZVQA 1RI8B 5II3A 1A4VA 1GB0A 1QQYA 1LPYA 1H87A 1LSPA 1L37A 2WARA 4WO6A 1CU3A 3QNGA 107LA 3DN6A 1LYIA 164LA 1LZNA 1QTDA 1SX2A 211LA 3L2XA 1L01A 1FBIX 3LYOA 1J1OY 3IJUA 8LYZA 1L65A 4I7PA 1LZGA 1B7OA 1LHHA 1L84A 1XJUA 1L46A 1C46A 4H9AA 1DYCA 3W6DA 4H94A 1C7PA 3HH3A 237LA 4HJYA 1W6ZA 4Z41A 1CV6A 6LYZA 146LA 206LA 1QIOA 4G9SA 238LA 4NHTA 1JKCA 3CSQA 2ZYCA 1JTPL 4CJ2A 193LA 154LA 1WQRA 248LA 5DL9A 4GN4A 4B0DA 5E4PA 1SQ2L 1GBSA 1GB5A 4HSFA 3TXKA 1L27A 1ZYTA 1QDTA 1LSCA 3W3EA 224LA 1XEJA 1KNIA 1GE1A 5KKJA 214LA 4LT2A 165LA 1GB9A 2HULA 4ARQB 4EXMA 4ETDA 4O34A 1LJ3A 1V7TA 4YENA 1L49A 2MEEA 4NSGA 1L56A 1P36A 4ARPA 1GE4A 1L99A 1QT6A 4ETBA 1JWRA 3PDSA 1L53A 2LZ2A 5I14A 1HEQA 2RB0X 1C6FA 1LZ1A 1D6PA 1G0GA 4ARLA 1L20A 3LZ2A 1T8AA 4NWEA 4LT1A 4PRUA 3A8ZA 140LA 1L67A 1FLQA 1L16A 1L77A 2NTHA 1BQLY 5K7OA 221LA 132LA 5I4WA 3ZVQB 5APDA 1L19A 4P2EA 3WUNA 155LA 4UWUA 4ARJA 4H9CA 4KL7A 5J7CA 5FDJA 1D3NA 1I20A 4H9BA 2A7FA 5L3IA 1L86A 4XJDA 4EKPA 5KXWA 1CTWA 3LZMA 1HNLA 1SLYA 2OU0X 4HTNA 2DQFC 4N1EI 1KY0A 1DYDA 1L97A 2BQGA 1XJTA 4GCCA 3P68A 4NG8A 3AYQA 2RBQA 5B1GA 1LHIA 2OU8A 3AZ4A 3WXTA 3OE0A 4FDYA 1LZBA 3A93A 138LA 1CU0A 4H8YA 1DXJA 1L0JA 1EQ5A 3P4ZA 1L34A 1L28A 2RBPA 1PQOA 5E9RA 4H1PA 3A96A 4LZTA 1UACY 1C45A 4W54A 4YXCA 1GF5A 1QT4A 5IHGA 1GPQC 196LA 1D3MA 2ZQ3A 4LDEA 2G4NA 2LHMA 4TSCA 4WL6A 2MEFA 3EXDA 5B06A 3HDEA 1UA6Y 4N5RA 180LA 231LA 260LA 4XENA 3B0KA 2HTXA 2I25L 2RBNA 2H9KA 1NQIA 1N4FA 2XBRA 4WM3A 1LSBA 4X3BA 4I7OA 183LA 3SB7A 1FDLY 5F9XA 4WLXA 3HUQA 1C08C 2OE4X 5DLAA 3CQLA 5IELA 3LYZA 4N0JA 4W56A 181LA 3W6FA 174LA 1IEEA 229LA 1REXA 1LAAA 1ZMYL 240LA 1PS5A 3B0IA 3HU9A 1GWDA 3B6LA 1B7NA 4HPIA 5LYZA 4DYGA 1G1WA 1G0QA 1OUJA 176LA 5HNCA 3F8VA 1LYGA 4Z46A 1L47A 1CJ7A 2F30A 3V2WA 1FKVA 4W57A 1LJKA 2BLXA 3HTBA 234LA 177LA 1CV4A 3CDTA 1AKIA 1AZFA 5F81A 4G4BA 1VDSA 1C68A 1JKDA 1FKQA 1CU2A 4NGJA 1GEVA 1D2WA 1LJNA 1JTNA 223LA 4HTQA 2DQAA 1QUHA 4M6DA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1HF4 A;  2BQJ A;  4I7N A;  1G0M A;  1LPI A;  1KIR C;  1P37 A;  4DD9 A;  1IWV A;  1QTH A;  171L A;  1GF7 A;  1OUI A;  190L A;  1YL0 X;  4PPO A;  220L A;  1JEF A;  1L79 A;  2HEB A;  243L A;  4PGJ B;  1L17 A;  118L A;  5ILF A;  159L A;  1B5V A;  3DN3 A;  5FEL A;  4AXT A;  1QUT A;  1TLA A;  4LYC A;  7LYZ A;  2Z18 A;  2BQO A;  2W1M A;  4YXA C;  1HEO A;  4H92 A;  1HFY A;  1YAQ A;  1QTK A;  1C63 A;  131L A;  3WUL A;  1OV7 A;  3VW7 A;  1C6M A;  1HEW A;  4W59 A;  3TXB A;  4K5Y A;  1B7R A;  1L32 A;  3WPJ A;  1DKK A;  2LYZ A;  1LZ8 A;  1REM A;  236L A;  4H8Z A;  3AW7 A;  1L63 A;  4CGE A;  1BHZ A;  1L33 A;  4J1B A;  3RZ4 A;  9LYZ A;  1LJ4 A;  1QSQ A;  3RW8 A;  2RAY X;  1YKZ X;  4S0W A;  1KXX A;  2H9J A;  1LZE A;  1YKX X;  1GFU A;  3HT8 A;  4EPF A;  4B4I A;  1L06 A;  1K28 A;  110L A;  1GFE A;  4NHS A;  194L A;  1LGU A;  207L A;  1P5C A;  1L13 A;  1QUD A;  1WQM A;  1QTZ A;  1B7M A;  1D9W A;  3OE8 A;  3TXD A;  3QAK A;  2I26 L;  1DI5 A;  2Q9E A;  1C62 A;  1PQK A;  4D9Z A;  1F6R A;  4EOF A;  3DN8 A;  102L A; 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