5D5CA

In meso in situ serial x-ray crystallography structure of lysozyme at 100 k
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
publication title In meso in situ serial X-ray crystallography of soluble and membrane proteins at cryogenic temperatures.
pubmed doi rcsb
total genus 49
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2015-08-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 5d5cA00
1WTMA 2RSCA 2WARA 3A3QA 4R0FA 1ALCA 1LZYA 1J1OY 1OUIA 3A96A 4ETBA 3QE8A 2B5ZA 5KXWA 1OUFA 1LMAA 1RFPA 3WYHA 1KIRC 2I25L 2DQCY 4CFOA 3W6BA 1IOQA 4WG7A 3CSZA 5LAGA 3WUAA 1OP9B 6LYTA 1B5ZA 3P68A 1GEZA 1JKAA 1BWIA 4G49A 4ZIXA 2ZNXY 1EQ4A 2X0AA 1WVUA 1GBYA 1UIGA 1GF9A 4QDNA 1EL1A 1YL1X 4NGVA 3AW7A 2Z2EA 4TWSA 5IDDA 4R6CA 1B7SA 1LJKA 5APCA 1LZRA 1QUSA 1LMTA 4WO6A 1VAUA 1LZAA 4NHPA 1DI3A 1G7MC 4OOTA 4YENA 5HMVA 1IOSA 1JIYA 1O23A 1B2KA 5LVKA 1BGIA 4UWNA 1LJ3A 3IJUA 7LYZA 1JSEA 5L3HA 1DPXA 3VWOA 2BQDA 1LPIA 4LYOA 5KXLA 2LZ2A 3A34A 5A3ZA 1LMPA 3HBHA 3N9AA 3ATNA 3W6FA 5APFA 4DD2A 1Z55A 1A4VA 3A94A 2FYCA 3M18B 1UUZC 2Q0MX 2W1YA 3T36A 1IP6A 4NGLA 5LVGA 2Z12A 4H1PA 1LOZA 1HNLA 1LJEA 5LYZA 5KJ9A 4QY9A 1LHMA 3FE0A 1BB6A 1QIOA 1HERA 4H90A 5D5CA 1INUA 4WOAA 3D3DA 3RNXA 1JEFA 1YILA 1VFBC 1NHEA 2YBNA 4MSTA 8LYZA 1XGUC 2BQBA 4NG8A 1IWUA 4OWEA 2BQOA 1LSMA 2Z39A 4H8XA 1LZ9A 4LT0A 1LMOA 4W94A 1WVVA 1IWYA 1LHLA 5B07A 2BQNA 1LZCA 4ET9A 1JKBA 1TDYA 1T3PA 3A95A 4DWXA 1FN5A 1CJ7A 1XGQC 1HMKA 1IO5A 2EPEA 2F2NA 4HJYA 1GAZA 4HTKA 4MR1A 5KKIA 4WM6A 4DDAA 4Z98A 3WVYA 1LSCA 1IWTA 4G4BA 4HSFA 3TXDA 3WUMA 1HSXA 3WU7A 2W1LA 1NWGA 1DKKA 1GB8A 3RW8A 1B5UA 3WW5A 1UIBA 2BQGA 3TMUA 1IWVA 2YBHA 1DXJA 1LZGA 3A67Y 3AYQA 4E3UA 5DLAA 1AKIA 1JTTL 1GB9A 2BLYA 2FBBA 1LMCA 3KAMA 1KXYA 5J7CA 2Z19A 5KXYA 4II8A 1IOCA 5M1YA 5ILCA 1BHZA 3B0OA 3W6DA 2LHMA 1WQQA 4OWHA 4ZFPA 1CKFA 4NSIA 1GFJA 1LSYA 1HEOA 3EXDA 1GBOA 4GN3A 1E8LA 1GF5A 4YEOA 1EQEA 1XSFA 5FDJA 1B7MA 3AZ4A 4LYZA 3QY4A 1V7TA 2ZYPA 4LYBA 2NWDX 2MEEA 1EQ5A 1OQMA 2F4GA 4TSBA 1DZBX 1F6SA 4TX7A 4B4EA 1RE2A 5B1GA 3WH1A 5KXKA 5DL9A 4LFXA 4NG1A 4J1AA 1XGRC 4YOPA 1GXXA 1CJ8A 1LZDA 132LA 1YQVY 1GAYA 3T6UA 1LMNA 3ZEKA 4QGZA 1FLUA 2DQJY 1JKDA 2I26L 1DQJC 5KKJA 5HLLA 4H9IA 4HPEA 3AZ5A 1KXXA 1F10A 1NQIA 2Z2FA 1ZVHL 1LSPA 2BQAA 4LYCA 3TXBA 1JKCA 2FBDA 1IORA 4ETDA 2ZQ3A 3AZ7A 5KXRA 1LZTA 1YROA 5E4PA 5LVJA 1GPQC 4DDCA 2DQAA 3A6CY 4HP0A 3SP3A 1DPWA 1LSEA 3D9AC 1IWXA 2CGIA 4ML7A 4NGYA 1P2CC 2MEIA 3HBDA 3TXKA 3WPJA 3LYZA 3B72A 4H9AA 4BS7A 4YF2A 2YBMA 5FSTA 1B5XA 2D91A 1J1XY 1YKYX 2BQMA 2LZTA 4MCKA 4RLNA 3A8ZA 4ET8A 2HEAA 3J6KA 2BPUA 3W3EA 4H9FA 3CT5A 4LT1A 4PHIA 4XENA 2ZYCA 4RW1A 1UBZA 1GFUA 1UIFA 1UIAA 2Y8PA 4PPOA 5HQ1A 1B5WA 208LA 5II3A 1CKCA 4GCDA 1LSZA 2CJLA 4WL7A 1CKHA 5HNLA 1FLYA 1HFZA 1LYZA 1VDPA 3TXEA 4WG1A 2D6BA 1LZ5A 5F9UA 2IHLA 1XFPL 5I53A 1JUGA 2EKSC 2G4QA 3GXRA 1LTMA 5T3FA 5FEKA 1ZV5L 1LSBA 1WQMA 2YDGA 4P2EA 1C43A 3LYMA 1HFXA 4OWCA 2Z38A 1IIZA 4WMGA 1BWHA 1FLWA 1OUCA 4N1CC 3WXUA 1GEVA 2DQDY 3LN2A 1I1ZA 1HFYA 2PC2A 2DQEY 1HC0A 3CB7A 4UWVA 5JENB 1CJ9A 1LYYA 3N9CA 3B0KA 3QNGA 1HHLA 2YBLA 4IATA 3TXFA 3W6CA 3IJVA 4GN4A 1D6QA 1GE4A 4HJVA 1OUJA 4RDSA 4H9BA 1N4FA 4XJDA 1GXV2 1B5YA 2W1XA 1TBYA 4N0JA 5LVHA 1BWJA 1GDXA 1RJCB 1KIQC 4XJGA 1CKGA 1LYOA 4NSJA 4H93A 4B4JA 5IELA 1LJFA 4LFPA 1JWRA 4J1BA 2DQFC 4WM3A 5KXSA 1DI4A 1GF4A 5I54A 1WTNA 1LHJA 4N1EI 4NSHA 1J1PY 3A93A 1QDTA 2YSSC 4H8ZA 4XADA 1IC4Y 2Z37A 1AT6A 1C10A 1GDWA 1GFHA 4CJ2A 4WL6A 1BVXA 1LZ1A 1CJ6A 1WQNA 3EO5A 1REYA 3K3TA 1GD6A 4NWEA 1NMMA 4PRUA 1BB7A 1WQRA 4LZTA 3A3RX 1OUDA 1GE0A 1IP4A 1GB7A 3BKVA 3LZ2A 1LSDA 1LZBA 2DQGY 4GN5C 3WULA 4DDBA 1HEQA 1GB6A 3WPLA 1LJNA 1QQYA 4NGKA 2ZQ4A 1YANA 4NGIA 4WLTA 4NHIA 1CKDA 1HSWA 3AJNA 1MLCE 1GFTA 5F16A 1GE3A 1HELA 3G3BB 4HTNA 5KXMA 1ZMYL 1LZNA 1LHIA 1LKRA 4B1AA 4ETCA 4HPIA 1IY3A 5KXPA 4J0LA 3CT0A 4XN6A 3A91A 4QEQA 5L3IA 1LKSA 2MEDA 3ATOA 2H5ZA 5FCPA 2XTHA 3A6BY 4Z3MA 1LHKA 2LYMA 5I4XA 5KXZA 2HU3A 1B7RA 2LYZA 2C8PA 3CSRA 5FELA 3ULRA 4GCFA 1GHLA 1BB5A 4LT2A 3N9EA 4PJ2C 3WL2A 5DN5A 1G7HC 2DBTA 1GFEA 4IJ4A 1QUTA 4GCCA 4W96A 4DT3A 1YAPA 2HEFA 4KPMA 3HFMY 4GCBA 1UICA 4NHQA 4KXIA 1HF4A 1TCYA 1H87A 1OUAA 1AZFA 1REMA 1IP5A 4KT3A 5E9RA 1BB3A 1JPOA 1NF5A 3EBAB 5F9XA 3ZVQB 1UCOA 3AGHA 1A2YC 5LYMA 2HEBA 2BLXA 5B05A 4WM2A 5B06A 194LA 2EIZC 3FI7A 4O34A 1GB2A 5DN4A 5F81A 1XGTC 2DQHY 1C7PA 4H9CA 2CWIA 2Z18A 4NSGA 3HBEX 4BAPA 1D0KA 4CFPA 4DYGA 1GFKA 1LZ8A 1B7QA 1LZSA 1OUHA 2C8OA 4UWUA 1TEWA 3AB6A 1B0DA 1WQOA 2AUBA 1UACY 2BQHA 1SQ2L 2HECA 5APDA 1HEMA 1GFRA 4H8YA 4OOOA 1CNSA 2MEFA 3LHMA 4H9EA 5APEA 1FKVA 1QDRA 1IC7Y 3A92A 4GCEA 4HTQA 1OUGA 1JHLA 1IWWA 1XGPC 1GB0A 3E3DA 3OK0A 1LJJA 1UIDA 1YAOA 2HTXA 2IFFY 5AMYA 5LVIA 3CT1A 4HV1A 1JJ3A 1IVMA 4G4CA 1HENA 1W08A 4PGJB 3A90A 5KXOA 1B7LA 2ZILA 5KXTA 1LHHA 3OJPA 4NHSA 4U3XB 3AGGG 1TAYA 4G4HA 4BADA 2DKVA 2GV0A 4N5RA 2H9JA 4LGKA 4AXTA 1D6PA 4NIJA 2HU1A 4DD7A 5F14A 1G7JC 1PZYA 2BQJA 2A7FA 3MGWA 1B7PA 1JTPL 4L41A 2XBRA 1LZ6A 4Z46A 1IP7A 2BQEA 1LJIA 4DD3A 1LYSA 1LZEA 1REZA 4TTDA 2F30A 1D0MA 4H94A 1PS5A 4I0CA 1QTEA 3G3AB 4J7VA 4CHXA 4WM1A 4DC4A 207LA 2D4KA 1IR7A 4XJIA 2LYOA 3EMSA 1GF7A 1FLQA 1F0WA 133LA 1LSFA 2A7DA 2MEGA 1JJ0A 1BVKC 3M3UA 2G4PA 3W6EA 1KXWA 5IHGA 1LJHA 1LZ4A 2BQLA 3WPKA 3LYTA 4RLMA 1LMQA 1HEWA 1UA6Y 1VDQA 1SLYA 4NEBA 1YKZX 1GB5A 4FDYA 4NY5A 1B7OA 4ANRA 1GF3A 1DI5A 1BQLY 2H9KA 1LCNA 3WU9A 3WVXA 4M4OA 4LT3A 193LA 1MELL 3CQLA 4B4IA 1GFVA 1QTKA 5B1FA 5LAFA 1IWZA 4NHTA 5ILFA 5C6LA 5LINA 2D4JA 1B5VA 5LYTA 2FYDA 5DM9A 4RW2A 1IP1A 1JITA 1GBZA 1VATA 1G7IC 3AZ6A 2MEAA 1GF6A 2VB1A 5FHWA 3RT5X 1C45A 1IP3A 3AW6A 4OWAA 4XJHA 1B7NA 4I8SA 3RU5A 2BQFA 1IC5Y 1F6RA 4XYYA 3WMKA 154LA 1IEEA 2BQKA 2MEHA 3CSQA 1NBZC 1AT5A 1QSAA 2EQLA 4C3WA 2DQIY 1GBWA 1G7LC 5L9JA 1JJ1A 1FBIX 1IOTA 1FKQA 1NDMC 3AGIA 1JTOL 4WLXA 1LSNA 5I5QA 1C46A 3TMXA 4B0DA 4DD1A 2I6ZA 1YL0X 4NGOA 4AGAA 4HV2A 1BB4A 3GXKA 6LYZA 1D0LA 1W6ZA 4G9SA 1IP2A 3TMVA 2YVBA 3P66A 1YAMA 3WXTA 1IX0A 4B49A 4C5FA 1XEKA 4EOFA 3ZVQA 4WLYA 5LA8A 1JSFA 2G4NA 1I56A 4WM5A 1VDTA 1GF0A 4TSCA 3TMWA 5LIOA 5EBHA 4IASA 1FDLY 1RCMA 1GB3A 1GWDA 3B6LA 2F4AA 4NGZA 4A7DA 1ZVYB 1YKXX 4H92A 4NGWA 4NWHA 1YAQA 2CDSA 1AM7A 4DD9A 5K7OA 4XJBA 1GFAA 2YBIA 3BKHA 1H6MA 4HJZA 4ETEA 1LSAA 2D4IA 4H91A 2BQCA 1XEJA 135LA 1GE2A 1QSWA 2XBSA 1DKJA 4NFVA 3TXGA 1T6VL 1UC0A 1GF8A 3TXIA 2W1MA 4M6DA 1I20A 1KIPC 2BQIA 4PRQA 4GLAA 4XJFA 5KXNA 5C6JA 5I4WA 2YBJA 4GLVA 5A3EA 5KY1A 1GBXA 2XJWA 4KL7A 4N8ZA 1OUEA 1VEDA 2ZIKA 1C08C 4OW1A 1WQPA 4LYTA 1IR8A 1D9UA 4Z41A 2MECA 4CGEA 4YEMA 4WM4A 1HEPA 4TUNA 2HEEA 5HNCA 4YM8A 5LA5A 3IWRA 4OWBA 4ETAA 3B0IA 4DD0A 3RZ4A 4EMNA 4ZEEA 1XEIA 3TXHA 5D5FA 4FJRA 3TXJA 5KXXA 153LA 3LYOA 1HMLA 4WLDA 3WU8A 1GBSA 1OUBA 4X3BA 1IR9A 4NGJA 2BAAA 2ZWBA 4D9ZA 1B9OA 1IY4A 1REXA 1RI8B 1GFGA 4N9RA 1LSGA 1NDGC 2ZIJA 1UIEA 9LYZA 1UIHA 3WUNA 5B59A 1NKHA 134LA 1LJ4A 3WW6A 5I4YA 1LJGA 4BAFA 1YIKA 2HEDA 1V7SA 2ZNWY 3P64A 4LYMA 3F6ZA 3J4GA 4H9HA 1NBYC 1LAAA 3W6AA 1JISA 1VDSA 5HMJA 5C6IA 3P4ZA 2N5ZA 3P65A 2MEBA 2HUBA 3LZTA 5LXWA 1GE1A 4WO9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1WTMA 2RSCA 3CDVA 2B6ZA 3A3QA 1ALCA 1OUIA 3A96A 4ETBA 5KXWA 1OUFA 1KIRC 2I25L 2DQCY 1L21A 1L19A 1L74A 6LYTA 248LA 1L60A 1GF9A 4QDNA 1YL1X 120LA 1B7SA 4I7PA 1QUSA 4YENA 103LA 1BGIA 4UWNA 5L3HA 3VWOA 1LPIA 3ATNA 2O4WA 3W6FA 1A4VA 4EKQA 4W57A 251LA 1L07A 1IP6A 4H1PA 1ZWNA 2HULA 5D5CA 3D3DA 1L0KA 1VFBC 210LA 4MSTA 8LYZA 1IWUA 1LWKA 1LZ9A 1LYJA 4W94A 2BQNA 4ET9A 1HMKA 1IO5A 1C6GA 1G07A 4HJYA 5KKIA 4HTKA 1C6IA 4WM6A 3WVYA 1IWTA 1C6DA 3WUMA 3TXDA 1B5UA 2L78A 3TMUA 128LA 1LZGA 3A67Y 3SB5A 4E3UA 1AKIA 1GB9A 2FBBA 5KXYA 1SWYA 1L68A 2LHMA 1WQQA 1CKFA 1GFJA 3OE9A 1L92A 1QT4A 143LA 4GN3A 227LA 3HUKA 260LA 4LYZA 2MEEA 4YXCA 1OQMA 2F4GA 2F47A 1DZBX 1L57A 4IAPA 5B1GA 3WH1A 3GUOA 1L24A 4J1AA 1XGRC 1GXXA 1OWYA 1LMNA 3PBLA 1JKDA 219LA 1L36A 1KXXA 1NQIA 4YXAC 3TXBA 2FBDA 1IORA 1LZTA 1GPQC 3SP3A 1T6HA 1LSEA 221LA 3D9AC 2CGIA 3HBDA 1ZYTA 173LA 4H9AA 4I7NA 254LA 5FSTA 155LA 1L81A 2B73A 2LCBA 262LA 2HEAA 1LI6A 2BPUA 1P5CA 4K5YA 4W52A 181LA 1L55A 1QUOA 1L85A 1L65A 5II3A 1CKCA 234LA 2CJLA 1CKHA 1LYZA 2QB0B 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1WTM A;  2RSC A;  2WAR A;  3A3Q A;  4R0F A;  1ALC A;  1LZY A;  1J1O Y;  1OUI A;  3A96 A;  4ETB A;  3QE8 A;  2B5Z A;  5KXW A;  1OUF A;  1LMA A;  1RFP A;  3WYH A;  1KIR C;  2I25 L;  2DQC Y;  4CFO A;  3W6B A;  1IOQ A;  4WG7 A;  3CSZ A;  5LAG A;  3WUA A;  1OP9 B;  6LYT A;  1B5Z A;  3P68 A;  1GEZ A;  1JKA A;  1BWI A;  4G49 A;  4ZIX A;  2ZNX Y;  1EQ4 A;  2X0A A;  1WVU A;  1GBY A;  1UIG A;  1GF9 A;  4QDN A;  1EL1 A;  1YL1 X;  4NGV A;  3AW7 A;  2Z2E A;  4TWS A;  5IDD A;  4R6C A;  1B7S A;  1LJK A;  5APC A;  1LZR A;  1QUS A;  1LMT A;  4WO6 A;  1VAU A;  1LZA A;  4NHP A;  1DI3 A;  1G7M C;  4OOT A;  4YEN A;  5HMV A;  1IOS A;  1JIY A;  1O23 A;  1B2K A;  5LVK A;  1BGI A;  4UWN A;  1LJ3 A;  3IJU A;  7LYZ A;  1JSE A;  5L3H A;  1DPX A;  3VWO A;  2BQD A;  1LPI A;  4LYO A;  5KXL A;  2LZ2 A;  3A34 A;  5A3Z A;  1LMP A;  3HBH A;  3N9A A;  3ATN A;  3W6F A;  5APF A;  4DD2 A;  1Z55 A;  1A4V A;  3A94 A;  2FYC A;  3M18 B;  1UUZ C;  2Q0M X;  2W1Y A;  3T36 A;  1IP6 A;  4NGL A;  5LVG A;  2Z12 A;  4H1P A;  1LOZ A;  1HNL A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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