1C6JA

T4 lysozyme mutant c54t/c97a/l99a in the presence of 8 atm krypton
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords PROTEIN (LYSOZYME)
publication title Size versus polarizability in protein-ligand interactions: binding of noble gases within engineered cavities in phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 61
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-12-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1c6jA00
1SWYA 1G07A 147LA 1CTWA 1QTCA 217LA 1L07A 3SB7A 1OYUA 3G3XA 3HH5A 1C6FA 237LA 250LA 3HU9A 1CU2A 1P37A 1L25A 3OE6A 1L92A 3NY8A 4I7LA 145LA 1L77A 1L61A 3GUMA 1L34A 1LWGA 1L13A 2QARC 1L33A 1ZWNA 1D2WA 1L19A 1OV5A 4ARMB 1L63A 1B6IA 1CX6A 3G3VA 1CV3A 2ANXA 1L18A 1C60A 4ZPUA 234LA 4W52A 215LA 182LA 2B6TA 2Z6BA 3HTFA 1L24A 256LA 3C8SA 172LA 1L54A 2RAYX 1L69A 1QTZA 1L00A 1L98A 1SWZA 3C8QA 3SB9A 1OVJA 1C6EA 146LA 1L95A 247LA 1L64A 1L45A 233LA 3HT9A 3GUKA 1QTHA 156LA 1XJTA 1C6TA 109LA 220LA 4I7RA 1L49A 1L03A 3CDOA 1L86A 1P5CA 141LA 3HTGA 1LI6A 4DKLA 1L71A 3RUNA 3HTBA 1L46A 4ARPA 1G0KA 1G1WA 1L57A 4I7OA 3L2XA 3ODUA 1DYAA 163LA 125LA 1L88A 3DMXA 1G0MA 1PQIA 1LYGA 1QTDA 249LA 229LA 1L29A 1C6KA 1D3MA 1QT3A 3F9LA 114LA 3HH3A 1L41A 226LA 246LA 2OU9A 142LA 170LA 210LA 192LA 1T97A 1D3NA 3PBLA 1CV6A 180LA 1L70A 148LE 1SSWA 1L11A 4W53A 3CDVA 3DMZA 196LA 1LYFA 1L96A 1C6BA 143LA 1KNIA 3HDEA 261LA 1TLAA 4YXAC 1L09A 1CUPA 1L28A 3HT8A 3DMVA 3PDSA 1L36A 1L47A 3GUIA 2O79A 127LA 199LA 1L06A 1QT4A 262LA 190LA 5I14A 236LA 3HU8A 152LA 2LC9A 1G1VA 1L23A 2OTYX 1QT7A 1L37A 4ARQB 151LA 2LZMA 197LA 138LA 3GUJA 3JR6A 3GUNA 1L38A 4LDLA 7LZMA 1L14A 2B74A 4GRVA 3V2YA 160LA 3CDQA 173LA 1L76A 1L97A 213LA 221LA 4YX7C 1C6NA 1C66A 257LA 2F32A 1DYBA 209LA 239LA 2RAZX 4EPIA 1JTNA 4EPFA 181LA 1L20A 149LA 2RBPA 1EPYA 1L91A 1LYIA 4I7JA 140LA 4EXMA 1C6MA 1G0PA 3OE9A 3SB8A 1CVKA 3HUKA 4EKQA 1QS5A 1L87A 253LA 6LZMA 1CV5A 4LZMA 1C65A 1C6IA 3FI5A 254LA 1L01A 1PQDA 157LA 1P64A 1LI3A 1L72A 3GULA 3HWLA 1L50A 2NTGA 4I7TA 1C69A 162LA 1C63A 1CV4A 1L12A 1L66A 1L48A 1C6PA 1T8GA 258LA 3HUQA 4ARLA 1OVKA 4ARMA 1KY1A 166LA 2F47A 2HUKA 3OE8A 1DYEA 1L26A 1L04A 1L85A 161LA 1L21A 4ARJA 211LA 130LA 1CU0A 4W51A 5LZMA 1XEPA 1KW5A 2RBOA 3C7WA 158LA 1P2LA 4IAPA 230LA 1L16A 1K28A 1CV1A 1L08A 1G0QA 1OV7A 150LA 3VW7A 4OO9A 1P3NA 1L74A 1L30A 228LA 1LI2A 3HTDA 2B7XA 1L53A 1T8AA 1L62A 3HUAA 184LA 2B70A 1QUOA 123LA 1LYDA 1L89A 1L42A 2OE4X 3HH4A 4W59A 2B6YA 2RB1X 2B75A 219LA 1SX7A 1L27A 2CUUA 200LA 1L83A 195LA 3UONA 1L0JA 3EMLA 1LYHA 1L94A 1WTHA 2B72A 205LA 1G0JA 3DN6A 4I7PA 252LA 1L35A 2L78A 2OU0X 1L51A 2OEAX 3QAKA 4W56A 1JTMA 119LA 3CDTA 1I6SA 4W58A 244LA 1C6QA 1ZURA 4I7QA 4S0WA 1D3FA 3DN2A 1QUDA 1QUGA 3HH6A 3DNAA 103LA 1C61A 2OU8A 1QS9A 164LA 3HT6A 4W54A 1P46A 1PQKA 3V2WA 186LA 1LWKA 260LA 110LA 177LA 102LA 1L17A 1C64A 1C67A 1PQMA 245LA 3NYAA 1L75A 1OWYA 1P36A 4LDEA 2O4WA 1DYDA 1L15A 1L93A 1D9WA 1L60A 4GBRB 2F2QA 223LA 159LA 113LA 3GUOA 4I7MA 1DYFA 3HDFA 240LA 115LA 1CV0A 218LA 4LDOA 4PJZA 104LA 108LA 1L73A 2Q9EA 1L02A 1C6DA 255LA 175LA 1CUQA 1L68A 3DKEX 2O7AA 1CU6A 187LA 144LA 4PK0A 1C6HA 155LA 1LYJA 216LA 1QSQA 1QTBA 4K5YA 1LGXA 3C80A 1QT6A 2OTZX 126LA 241LA 1CU3A 1QUHA 2HUMA 3DN3A 3GUPA 242LA 3RZEA 1C6GA 206LA 1L59A 1G0GA 1C6CA 131LA 1L22A 2ANVA 1KS3A 1L99A 1CU5A 1L31A 1LW9A 1QT5A 3C7YA 4I7NA 4EKPA 1L58A 3G3WA 1SSYA 183LA 235LA 4I7KA 139LA 3C83A 1L80A 201LA 3K2RA 1L05A 118LA 1KW7A 227LA 128LA 4W57A 4W55A 1D3JA 1LGWA 3SB5A 4I7SA 2RB0X 1D2YA 3SN6R 1SX2A 191LA 198LA 248LA 1C68A 1L44A 2RB2X 3C8RA 3HT7A 2RBSA 2B6WA 1XJUA 1PQJA 1G0LA 1C6JA 259LA 2OE7X 1L67A 2NTHA 1L39A 1P2RA 2Q9DA 174LA 4EJ4A 1ZYTA 2LCBA 1QT8A 4DAJA 120LA 3C81A 4AQNA 1P56A 1LLHA 4E97A 1L90A 2B73A 1T8FA 222LA 1C6LA 1LYEA 112LA 2RH1A 3F8VA 1OWZA 1LPYA 238LA 1G06A 1L82A 171LA 212LA 188LA 1OVHA 225LA 4DJHA 214LA 3SBBC 1NHBA 178LA 1L40A 1KY0A 2B6ZA 224LA 3D4SA 1DYGA 165LA 1CX7A 1L81A 1P7SA 1JQUA 3C82A 189LA 3DN4A 3DN1A 3L64A 111LA 3DN8A 2RBQA 4EKRA 2RBRA 107LA 1L10A 2OE9X 1L43A 1L65A 3SBAA 168LA 2B6XA 3NY9A 176LA 1QSBA 4EKSA 251LA 2IGCA 3OE0A 1L0KA 1L52A 2QB0B 2A4TA 232LA 1C62A 167LA 1L79A 3DN0A 185LA 1P6YA 1T6HA 1L32A 4ARQA 169LA 1QTVA 1LGUA 122LA 2RBNA 3CDRA 3LZMA 243LA 231LA 1PQOA 1L84A 137LA 1C6AA 3FA0A 3SB6A 3FADA 2HULA 4YXCA 129LA 1L56A 1DYCA 1L55A 3C7ZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1QTCA 4ETDA 1OYUA 1LZCA 5C6IA 3HU9A 1CU2A 4QY9A 9LYZA 1L92A 3NY8A 3TXBA 3WYHA 2FBBA 1L77A 1JUGA 1L33A 4WLYA 1IWUA 5FELA 1HEPA 1D2WA 1OV5A 4BADA 1CV3A 1L18A 1XFPL 5I5QA 1VAUA 4ZPUA 4YM8A 1FLUA 2Z6BA 182LA 4A7DA 4ANRA 256LA 4CJ2A 4WL6A 2HEDA 1LYYA 3IJUA 4W96A 2RAYX 3C8QA 4J1AA 1C6EA 4HV2A 1LSAA 1QTHA 156LA 2IFFY 220LA 109LA 2BQCA 4MSTA 5KXMA 2CDSA 1LI6A 1O23A 4DKLA 1IY4A 3AZ5A 5E4PA 4ARPA 3VWOA 1G0KA 2LZ2A 1L57A 1D9UA 1LZEA 1OUCA 207LA 3B0OA 1B5UA 3WXTA 1FKVA 3DMXA 1G0MA 5HMJA 4AGAA 229LA 1HFXA 1QT3A 4LYZA 114LA 2EKSC 4NSHA 8LYZA 142LA 4OOTA 1LSCA 2H9JA 3PBLA 1CV6A 1J1XY 3QY4A 4C5FA 1LZ9A 1RCMA 1HMLA 4CFOA 3DMZA 1GD6A 2D4JA 196LA 1LYFA 1C6BA 143LA 3IWRA 1B7LA 2BQHA 1TLAA 4QGZA 1L28A 3PDSA 1WQNA 1LMTA 1L06A 236LA 1IOQA 3HU8A 6LYZA 2G4NA 1G1VA 1IWYA 4XJHA 5LVGA 2OTYX 1UACY 2XJWA 1AT5A 1UBZA 1DKJA 1LHMA 4XJDA 4LDLA 1L14A 5E9RA 2B74A 4IJ4A 1CJ9A 2Z37A 1C6NA 1C66A 2F32A 5DM9A 209LA 1LJIA 1FKQA 181LA 2RBPA 4WL7A 1CKHA 4RW1A 3WUAA 1QUSA 3OE9A 3SB8A 5A3EA 6LZMA 1L87A 1JKDA 4UWNA 1CV5A 4DWXA 4NGYA 3HWLA 4G4HA 3AW7A 4I7TA 1IP7A 3AGHA 5LYMA 3RNXA 3HUQA 1CV4A 4OOOA 1L48A 4ARLA 4DDAA 1B7OA 1KIPC 2F47A 1IWTA 1L85A 161LA 2FYDA 3LYZA 4H9CA 130LA 5F81A 3C7WA 158LA 4IAPA 230LA 1L16A 3TMUA 1K28A 1L08A 4WM2A 1LZ6A 2MEDA 3VW7A 1IOTA 1IOSA 1L30A 1IOCA 1GDWA 228LA 1LI2A 3CT5A 1HEMA 1T8AA 3ULRA 4WO6A 4WLTA 1QUOA 4QDNA 1L89A 4LYBA 4RW2A 1E8LA 2BQEA 2BQFA 1OP9B 2OE4X 4NGZA 219LA 1LJEA 2CUUA 1GBSA 195LA 4LYOA 1LZAA 1OUHA 1OUDA 4BS7A 4UWVA 4NHQA 4J1BA 4GN3A 1LSPA 1LSYA 252LA 2L78A 4N0JA 5ILCA 2Z12A 1IC4Y 1I6SA 244LA 1C6QA 1LHLA 2YBHA 1ZURA 4IASA 4XYYA 2BQGA 4WG1A 1V7TA 1JEFA 1QUGA 3AW6A 3DNAA 4W54A 4HTQA 3V2WA 4YOPA 186LA 4NHIA 3WPKA 260LA 102LA 3B0IA 1C64A 1HENA 4H9AA 3TXIA 5APEA 3AZ6A 4AXTA 4GCEA 4LDEA 4WM1A 1KXXA 1D9WA 4LT1A 3RT5X 1LZ8A 4NGVA 2F2QA 3T36A 5APDA 2AUBA 1HEQA 5DN5A 4C3WA 4LDOA 4RLMA 154LA 5II3A 1J1OY 1BB6A 3AYQA 5LA5A 5KXOA 4HPEA 1GF3A 4N5RA 2O7AA 4B4IA 5HNCA 4LT0A 3TMVA 1QTBA 1HF4A 2G4PA 1TCYA 1CU3A 5I4XA 2HUMA 3GUPA 1IWWA 2EPEA 3A34A 206LA 1L59A 1GHLA 1GAYA 1FLYA 4KPMA 1GFEA 4I7NA 2YBNA 1HFZA 1L58A 2EQLA 3G3WA 1SSYA 1PZYA 4I7KA 1CNSA 1L80A 1F10A 3C83A 3K2RA 3ZEKA 4B49A 1XSFA 3TXHA 4M6DA 4H91A 135LA 4W57A 1D3JA 4J7VA 4RLNA 4I7SA 2RB0X 1SX2A 198LA 248LA 1C68A 4GCDA 3G3BB 3HT7A 2F4AA 5IELA 1JKAA 1PQJA 1QQYA 1L67A 1GBZA 1P2RA 5LVIA 4NEBA 1ZYTA 3GXKA 3QE8A 3A6BY 3LHMA 1T8FA 222LA 4GLVA 1RI8B 3WPJA 1LPYA 3BKHA 4DD0A 4HPIA 238LA 5B1GA 1GE3A 1L82A 3KAMA 4TSCA 1OUFA 178LA 5LVHA 4YEOA 5HNLA 2B6ZA 1UIBA 3D4SA 1D0MA 3A91A 1L81A 4NG1A 1P7SA 2FYCA 3C82A 189LA 3DN4A 4ETEA 5LAGA 2RSCA 1L43A 4LT2A 5FHWA 176LA 3OE0A 1L52A 2YSSC 1L32A 169LA 1LGUA 1YL0X 2ZWBA 4H1PA 1GF5A 2ZIKA 137LA 3WU9A 1B5VA 129LA 1XGQC 1G07A 147LA 4LYTA 1CTWA 1WQPA 3SB7A 4WG7A 3HH5A 237LA 1GF0A 4NGJA 5HLLA 1GFAA 5APCA 3CT1A 1P37A 1L25A 1LYSA 1CJ8A 1CJ6A 4I7LA 1LWGA 2QARC 1JSFA 2H9KA 1L19A 1B6IA 3G3VA 5KXNA 4OWEA 1C60A 234LA 5KXPA 2W1YA 2BPUA 4W52A 215LA 3A96A 1GB5A 4DD2A 1L24A 5FEKA 5DN4A 1VEDA 172LA 1L98A 1SWZA 3P4ZA 5FDJA 1YQVY 5IDDA 1L64A 1L45A 3GUKA 1XJTA 1LSZA 4HTNA 3CDOA 1AZFA 1DPWA 3RUNA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1QTC A;  4ETD A;  1OYU A;  1LZC A;  5C6I A;  3HU9 A;  1CU2 A;  4QY9 A;  9LYZ A;  1L92 A;  3NY8 A;  3TXB A;  3WYH A;  2FBB A;  1L77 A;  1JUG A;  1L33 A;  4WLY A;  1IWU A;  5FEL A;  1HEP A;  1D2W A;  1OV5 A;  4BAD A;  1CV3 A;  1L18 A;  1XFP L;  5I5Q A;  1VAU A;  4ZPU A;  4YM8 A;  1FLU A;  2Z6B A;  182L A;  4A7D A;  4ANR A;  256L A;  4CJ2 A;  4WL6 A;  2HED A;  1LYY A;  3IJU A;  4W96 A;  2RAY X;  3C8Q A;  4J1A A;  1C6E A;  4HV2 A;  1LSA A;  1QTH A;  156L A;  2IFF Y;  220L A;  109L A;  2BQC A;  4MST A;  5KXM A;  2CDS A;  1LI6 A;  1O23 A;  4DKL A;  1IY4 A;  3AZ5 A;  5E4P A;  4ARP A;  3VWO A;  1G0K A;  2LZ2 A;  1L57 A;  1D9U A;  1LZE A;  1OUC A;  207L A;  3B0O A;  1B5U A;  3WXT A;  1FKV A;  3DMX A;  1G0M A;  5HMJ A;  4AGA A;  229L A;  1HFX A;  1QT3 A;  4LYZ A;  114L A;  2EKS C;  4NSH A;  8LYZ A;  142L A;  4OOT A;  1LSC A;  2H9J A;  3PBL A;  1CV6 A;  1J1X Y;  3QY4 A;  4C5F A;  1LZ9 A;  1RCM A;  1HML A;  4CFO A;  3DMZ A;  1GD6 A;  2D4J A;  196L A;  1LYF A;  1C6B A;  143L A;  3IWR A;  1B7L A;  2BQH A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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