3GUIA

T4 lysozyme m102e/l99a mutant with buried charge in apolar cavity--apo structure
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
160
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDCEGYYTIGIGHLLTKSPDLNAAKSELDKAIGRNNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAINEVFQMGVTGVAGFTNVLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQCPDRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Use of stabilizing mutations to engineer a charged group within a ligand-binding hydrophobic cavity in T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 160
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2009-03-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3guiA00
151LA 3HH5A 1L02A 2RB2X 4W56A 258LA 139LA 1L93A 1D2WA 3L64A 1L82A 2Z6BA 4PJZA 1L12A 1L53A 1LYJA 237LA 1L52A 3GUNA 2OTZX 4DJHA 2B7XA 220LA 3GULA 1OV7A 231LA 3K2RA 1L27A 140LA 3HUQA 1PQJA 1QTZA 4ARJA 2B75A 4W54A 1CUQA 119LA 1QUDA 227LA 3VW7A 3DMZA 3HDFA 3DMVA 172LA 3CDQA 1LW9A 3SB8A 1L86A 115LA 1L79A 1QUGA 2OE7X 2OU0X 1DYFA 1L18A 3HT6A 129LA 103LA 3HU9A 211LA 3GUJA 195LA 1L25A 157LA 1SX7A 102LA 1D2YA 3HTBA 1L95A 200LA 3HTDA 1DYGA 3C7YA 7LZMA 175LA 1K28A 3SN6R 1LYEA 192LA 3HWLA 1L40A 3HDEA 1KW7A 1L24A 1C6AA 144LA 1L50A 4AQNA 3HH6A 2O7AA 186LA 249LA 141LA 199LA 215LA 4E97A 1L01A 3PBLA 1L22A 3GUOA 1CU0A 1QT4A 1LYGA 1OWZA 3F9LA 2OEAX 4EPIA 2RBNA 4W52A 3C83A 1T97A 201LA 232LA 1CV6A 1DYCA 1L56A 1LGXA 1C60A 4ZPUA 3C7WA 223LA 1L39A 1L88A 171LA 198LA 1CV1A 4I7LA 1T8FA 4W55A 4I7RA 1P56A 1L99A 214LA 110LA 191LA 1L75A 4I7KA 2QB0B 1L03A 1C6HA 3G3VA 120LA 1QT6A 1ZYTA 217LA 1L57A 1WTHA 1SSYA 1QUHA 2B6XA 4W51A 4W53A 1P64A 212LA 4YXAC 1L06A 234LA 221LA 3LZMA 1P36A 3C8QA 3NY8A 127LA 107LA 161LA 1C6GA 1TLAA 2LZMA 3SBBC 3G3XA 4EPFA 219LA 2Q9EA 3RZEA 196LA 1D3FA 1L43A 1QT5A 2L78A 1L44A 3HUKA 3GUKA 1C6IA 1L32A 3C8SA 3DKEX 1L96A 1L87A 209LA 1C6MA 1C6BA 112LA 1L15A 1XJUA 1L64A 1L68A 3GUIA 1OVHA 224LA 2B74A 1P2RA 1L97A 4I7SA 109LA 183LA 1L30A 176LA 260LA 2B6TA 1OYUA 2RBQA 1D9WA 4ARMA 3OE6A 181LA 1L07A 1CX7A 3OE9A 1L63A 247LA 1L45A 1D3NA 2OE9X 1CV4A 2HUKA 2Q9DA 2RBSA 3C8RA 1L47A 2O4WA 3NY9A 1L37A 118LA 1KNIA 1QSBA 3HT8A 1C6NA 1L60A 3DMXA 168LA 1L33A 205LA 1L54A 126LA 2IGCA 256LA 251LA 137LA 3DN8A 3OE8A 1C61A 4DAJA 2HUMA 4EXMA 162LA 1DYAA 1C69A 1P37A 4GBRB 222LA 239LA 169LA 155LA 163LA 1L66A 2B73A 4LDEA 156LA 262LA 1L71A 184LA 1L90A 143LA 1L08A 216LA 1CX6A 255LA 170LA 1QTVA 2RB1X 122LA 1I6SA 1JQUA 3ODUA 1L81A 3L2XA 1L14A 1T8AA 3CDVA 1C6TA 1QTHA 177LA 2RB0X 1L62A 4PK0A 1B6IA 1QT7A 1CV0A 2NTGA 1L10A 3F8VA 1L83A 1L51A 1OVKA 4YXCA 1L59A 187LA 206LA 4ARQA 1C62A 242LA 1KY1A 3HTFA 3HH3A 1CVKA 1PQOA 4I7QA 1LYDA 1L76A 233LA 4S0WA 1L85A 2ANXA 1QT8A 182LA 261LA 1LI3A 4ARLA 1QSQA 1G0JA 6LZMA 1QS5A 2F2QA 1G07A 1C6QA 146LA 1D3JA 3UONA 4LDOA 128LA 4IAPA 1C66A 2B70A 1ZURA 145LA 2HULA 3CDTA 1L72A 1P3NA 226LA 1L09A 1LYIA 254LA 138LA 1CTWA 2RBPA 1L13A 1DYEA 3HU8A 4I7MA 1P6YA 4I7TA 164LA 1P7SA 1L35A 259LA 1OWYA 225LA 197LA 1C6CA 4YX7C 1LLHA 108LA 1C64A 123LA 2CUUA 166LA 1QTBA 3FI5A 2O79A 1C6PA 1CU5A 4I7PA 1ZWNA 1QTCA 1G1WA 3NYAA 1G0KA 2RBOA 3DN3A 1G0LA 1L42A 3CDOA 3OE0A 1KW5A 1SX2A 2RAZX 160LA 1L84A 252LA 1L05A 1L0KA 4W59A 4K5YA 1CV5A 3FADA 3EMLA 2OE4X 3DN4A 3G3WA 2B6ZA 1LYFA 1L36A 1EPYA 1SWZA 4EJ4A 2B6WA 152LA 1G0PA 4W57A 158LA 218LA 2OTYX 174LA 4EKSA 180LA 1L16A 3GUPA 1LWKA 1L89A 236LA 142LA 3DN0A 4GRVA 1LPYA 246LA 3RUNA 1QTDA 1L74A 3DNAA 243LA 1C68A 3HT9A 4I7JA 1JTNA 185LA 1LGWA 3C80A 2F47A 3DN2A 1L20A 3DN6A 257LA 159LA 178LA 1C6KA 2B6YA 3SBAA 1LI2A 1L21A 3PDSA 2LC9A 1C6DA 1C6LA 3FA0A 4ARQB 1G1VA 245LA 1PQDA 3HH4A 111LA 1L29A 1P46A 2NTHA 1L77A 1L58A 2A4TA 2OU9A 147LA 3DN1A 1C6FA 3C81A 3QAKA 1L00A 1DYDA 1JTMA 1L67A 1L69A 253LA 1CUPA 1L98A 1XJTA 4LZMA 4I7NA 4LDLA 1CU3A 1L70A 1PQIA 1L28A 235LA 114LA 190LA 1L46A 1L94A 104LA 165LA 1QT3A 2RAYX 2QARC 3HTGA 1KY0A 1L38A 1CU6A 244LA 1C6JA 1C63A 130LA 1L34A 1NHBA 1L19A 238LA 3CDRA 149LA 1C67A 230LA 1L92A 1C6EA 2ANVA 1SWYA 148LE 1DYBA 3SB5A 248LA 4OO9A 2F32A 4I7OA 1SSWA 188LA 240LA 1L11A 1OV5A 5I14A 3HUAA 167LA 189LA 3V2WA 4EKRA 1L17A 1LGUA 1P2LA 4EKPA 1LWGA 3GUMA 1L55A 1L73A 125LA 2RBRA 1L41A 1L26A 3SB7A 241LA 3SB6A 1L61A 1P5CA 2LCBA 3D4SA 1L0JA 1L91A 1PQKA 5LZMA 4ARMB 4W58A 4DKLA 3V2YA 3SB9A 1L23A 1G06A 1L31A 2RH1A 1LI6A 3JR6A 228LA 2B72A 4EKQA 1C65A 1G0MA 1G0GA 4ARPA 1L04A 1QS9A 1T8GA 1CV3A 1L49A 1D3MA 1L65A 1LYHA 173LA 1L80A 131LA 113LA 3HT7A 1KS3A 1PQMA 250LA 210LA 2OU8A 1XEPA 229LA 3C7ZA 3C82A 1CU2A 1OVJA 150LA 1L48A 213LA 1QUOA 1G0QA 1T6HA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1J1PY 5I54A 1LZCA 5HNCA 1L02A 2RB2X 5LYMA 258LA 139LA 4NSIA 2Y8PA 4PJZA 5I5QA 1LYJA 1L52A 3GUNA 4NHPA 4H8XA 2B7XA 1OV7A 5KXWA 4ARJA 1CKGA 2B75A 5B07A 4W54A 119LA 1OP9B 227LA 4W94A 2XTHA 4NSGA 4N0JA 4XN6A 1GE4A 4GLAA 1L86A 2OE7X 4DD2A 2OU0X 1L18A 3ZEKA 1AT5A 1NWGA 4RW1A 1IOQA 2FYDA 4LYBA 103LA 3IJVA 1C7PA 4NGWA 4C3WA 3HTBA 200LA 3HTDA 1GF4A 2IFFY 5L3IA 5F81A 2HU3A 1L40A 4HV2A 1LHIA 1NBYC 5LYZA 9LYZA 144LA 1L50A 4WLYA 2O7AA 215LA 1QDRA 1LSPA 4QEQA 1QT4A 1OWZA 3W6BA 4W52A 1IOTA 1DI5A 1W08A 1LJJA 1V7SA 3MGWA 1C60A 2I26L 1FLQA 3C7WA 198LA 1GFGA 1GWDA 2CDSA 4W55A 5APCA 3FE0A 4HPEA 1L75A 1DKJA 4WMGA 2QB0B 1FKVA 1LKRA 1YKXX 1QT6A 4GN3A 1ZYTA 4DD1A 5F9UA 1IY4A 4YXAC 1LMOA 5KXZA 1L06A 3LZMA 1HF4A 161LA 2LZMA 1C6GA 4YEMA 2A7DA 1XEJA 3AGHA 4WL6A 2Q9EA 1D3FA 1L43A 2L78A 1VDSA 3DKEX 4ETAA 1T3PA 4QGZA 1C6MA 1L15A 2YBNA 1XJUA 1L64A 4GLVA 1OVHA 3WMKA 4H92A 8LYZA 176LA 1D9WA 5APEA 2HTXA 4CFOA 2PC2A 1LYZA 4DDBA 1L63A 247LA 5F9XA 4TWSA 134LA 1UBZA 2OE9X 4YF2A 1KXXA 2RBSA 1HFZA 4YENA 3NY9A 5JENB 3W6CA 1JTTL 1D0KA 4KPMA 1HFYA 3LYMA 168LA 1IWZA 4OWBA 4YM8A 1HFXA 1LHJA 1QIOA 3WVXA 1MLCE 4DAJA 2W1XA 4B49A 207LA 1GFKA 4CFPA 155LA 163LA 2B73A 4LDEA 262LA 3LN2A 1DQJC 184LA 2ZYPA 4WLTA 5IHGA 1UIGA 2RB1X 122LA 1JQUA 1GFEA 1FLUA 3L2XA 3CDVA 1QTHA 177LA 2RB0X 2EIZC 4PK0A 1B6IA 3TMUA 1L10A 3F8VA 4HTNA 1LHKA 4B4EA 4NGZA 1BB7A 1QQYA 1BB6A 2ANXA 1G0JA 1LHMA 135LA 4LDOA 1KXYA 4ZIXA 226LA 1LYIA 1L13A 1P6YA 164LA 3WVYA 1GFRA 4YX7C 1C6PA 1HMLA 1REYA 3T36A 2LYZA 3TXKA 1QTCA 2HEDA 3J6KA 1G0KA 1G0LA 1B5WA 4FDYA 3OE0A 2BQFA 2CJLA 4NHIA 4E3UA 1GXV2 1L84A 2DQEY 5I4YA 1L05A 1L0KA 1GE0A 4W59A 3W6AA 2ZQ3A 4K5YA 3FADA 2BQHA 1LZDA 3EMLA 3DN4A 3G3WA 2B6ZA 1EPYA 4OOOA 1WQNA 1OUCA 5FEKA 3QE8A 5KJ9A 2OTYX 2Q0MX 1B7NA 4BAPA 1XEIA 4HJZA 2DQFC 1JITA 3GXKA 4GRVA 1LPYA 3P64A 5B59A 2MEAA 3N9AA 1QUTA 243LA 3AGIA 1ZVYB 1LGWA 5ILFA 1LSNA 4PRUA 1NMMA 4GCFA 4WOAA 5FELA 1NDGC 2D4KA 3DN6A 4RLNA 1C6KA 1D9UA 4H9HA 1LSCA 1C6DA 5DN5A 1LSGA 245LA 4IATA 4RDSA 1PQDA 1LCNA 1NQIA 3IWRA 4DWXA 1L58A 2LZ2A 1GE3A 4GCDA 1L00A 1DYDA 1GF7A 3CQLA 1BB4A 3WULA 1GHLA 1CUPA 4LZMA 4WM2A 2LZTA 1L70A 1PQIA 4WM1A 1FLYA 5D5FA 1DPWA 1LJHA 4MR1A 5DL9A 104LA 2Z2EA 4LYZA 3HTGA 3LZ2A 1F6RA 1L38A 1C63A 130LA 1L19A 149LA 4AXTA 5L3HA 1YQVY 1GFVA 1IR7A 3SB5A 4OO9A 4BADA 4I7OA 5KXTA 4GCBA 2YBLA 3HUAA 4LFXA 1L17A 3CSRA 1IC7Y 2FBBA 4EKPA 125LA 1BWIA 1G7IC 4WM5A 241LA 2B5ZA 2LCBA 1NBZC 1KXWA 1C46A 1L91A 1YIKA 5LA5A 5LZMA 4ARMB 4BS7A 2RH1A 3JR6A 3LYTA 3W6EA 2F4GA 1C65A 1QS9A 1L80A 113LA 2OU8A 1XEPA 3C7ZA 3A3QA 1L48A 1QUOA 1G0QA 1T6HA 1JPOA 4M6DA 3AZ7A 1UC0A 2MEIA 4DDAA 1LSAA 3L64A 2Z6BA 2DBTA 1L53A 1OUIA 4XJDA 3BKHA 4DJHA 1IIZA 220LA 4DT3A 1UIEA 1GD6A 1ZMYL 1L27A 1C45A 1QTZA 1NF5A 1B5YA 1GF8A 1CUQA 2MEGA 1QUDA 3DMVA 2DQGY 1QTKA 3CDQA 1E8LA 115LA 1L79A 1QUGA 4ETEA 4HTQA 3HT6A 5LVJA 3ZVQA 157LA 1IWVA 4Z46A 1SX7A 102LA 1D2YA 4XENA 1IORA 1IR9A 2CWIA 3TXGA 7LZMA 3EMSA 175LA 4XJFA 2H9JA 5LIOA 5KXXA 1GE2A 1UIDA 3A93A 3E3DA 249LA 199LA 5E9RA 2F30A 4E97A 3PBLA 3RZ4A 1L22A 1XSFA 3GUOA 1LYGA 3F9LA 3HBEX 2BQBA 1T97A 1O23A 2ZIJA 1C08C 1L56A 1LGXA 1AKIA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1J1P Y;  5I54 A;  1LZC A;  5HNC A;  1L02 A;  2RB2 X;  5LYM A;  258L A;  139L A;  4NSI A;  2Y8P A;  4PJZ A;  5I5Q A;  1LYJ A;  1L52 A;  3GUN A;  4NHP A;  4H8X A;  2B7X A;  1OV7 A;  5KXW A;  4ARJ A;  1CKG A;  2B75 A;  5B07 A;  4W54 A;  119L A;  1OP9 B;  227L A;  4W94 A;  2XTH A;  4NSG A;  4N0J A;  4XN6 A;  1GE4 A;  4GLA A;  1L86 A;  2OE7 X;  4DD2 A;  2OU0 X;  1L18 A;  3ZEK A;  1AT5 A;  1NWG A;  4RW1 A;  1IOQ A;  2FYD A;  4LYB A;  103L A;  3IJV A;  1C7P A;  4NGW A;  4C3W A;  3HTB A;  200L A;  3HTD A;  1GF4 A;  2IFF Y;  5L3I A;  5F81 A;  2HU3 A;  1L40 A;  4HV2 A;  1LHI A;  1NBY C;  5LYZ A;  9LYZ A;  144L A;  1L50 A;  4WLY A;  2O7A A;  215L A;  1QDR A;  1LSP A;  4QEQ A;  1QT4 A;  1OWZ A;  3W6B A;  4W52 A;  1IOT A;  1DI5 A;  1W08 A;  1LJJ A;  1V7S A;  3MGW A;  1C60 A;  2I26 L;  1FLQ A;  3C7W A;  198L A;  1GFG A;  1GWD A;  2CDS A;  4W55 A;  5APC A;  3FE0 A;  4HPE A;  1L75 A;  1DKJ A;  4WMG A;  2QB0 B;  1FKV A;  1LKR A;  1YKX X;  1QT6 A;  4GN3 A;  1ZYT A;  4DD1 A;  5F9U A;  1IY4 A;  4YXA C;  1LMO A; 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