1LGUA

T4 lysozyme mutant l99a/m102q
Total Genus 56
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINQVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title A Model Binding Site for Testing Scoring Functions in Molecular Docking
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 56
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2002-04-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1lguA00
1KY1A 3RUNA 3HH5A 1L28A 3GUKA 163LA 2OU0X 3QAKA 205LA 1C6NA 1G0JA 1C62A 1L27A 1PQJA 4ARQB 4AQNA 1L70A 1KNIA 3C83A 2CUUA 4EPFA 2OTZX 1SSWA 1QUDA 1CX6A 3CDVA 5I14A 1LGXA 2RBSA 4EKRA 119LA 201LA 4YX7C 1K28A 159LA 1CU5A 232LA 1C6KA 4LDOA 3F8VA 2ANXA 1T8AA 1DYGA 1QTDA 1C60A 4IAPA 4W55A 225LA 2OE9X 111LA 3C7YA 2RBPA 1G0GA 162LA 1LYEA 2B6WA 1C6PA 2HUMA 3HH6A 181LA 3NY8A 3GUJA 1D9WA 1L52A 113LA 2Z6BA 230LA 1WTHA 3L2XA 2B6YA 4EKSA 3D4SA 102LA 4W53A 2Q9EA 3HTDA 1L05A 1OVKA 1OVHA 1LYJA 2B73A 1C66A 214LA 1L94A 130LA 1C6IA 1D2YA 1L64A 3HTFA 3LZMA 1G1VA 4I7QA 1L10A 1XEPA 4W56A 1L34A 1L77A 3HT9A 1L42A 1L44A 4OO9A 3ODUA 138LA 3UONA 1L67A 2L78A 127LA 1CUPA 1C6CA 1OWZA 1PQKA 1L51A 3C82A 4EKPA 2A4TA 1L11A 1L03A 1P6YA 1C6BA 1LI3A 115LA 1L35A 1T8FA 3DNAA 1L00A 152LA 1L45A 1QTBA 3HDFA 1C6EA 3DKEX 1L93A 1QTHA 1L72A 3NY9A 3RZEA 1LW9A 1CV5A 258LA 155LA 1L24A 1L82A 2RAYX 1C6AA 1B6IA 3VW7A 1L79A 1T97A 1LLHA 1C6JA 2B6XA 128LA 3DMZA 1L18A 1C6HA 1JQUA 3V2WA 160LA 1L97A 240LA 120LA 3HUKA 1L40A 1C64A 1C6FA 1PQDA 2OU9A 229LA 220LA 4I7LA 2QB0B 4ZPUA 3SBAA 4I7PA 1C6LA 3G3XA 257LA 3HT7A 1L66A 3C7ZA 144LA 1SX2A 168LA 253LA 1L12A 1PQOA 1C6TA 226LA 175LA 3HH4A 259LA 3OE8A 4I7RA 3SB5A 125LA 2NTGA 2OTYX 256LA 131LA 1P5CA 1P56A 2RB0X 1LWKA 4EXMA 252LA 3HT8A 3HWLA 145LA 1JTMA 1QSBA 1L39A 2RBRA 1L25A 1L0KA 212LA 3SB7A 1L08A 1L96A 1L59A 2OU8A 1C6DA 1P2LA 151LA 1G1WA 3C80A 223LA 1C63A 150LA 1L61A 3FADA 4PJZA 185LA 2F47A 109LA 1L04A 1CTWA 3G3WA 3SB9A 1T8GA 1L31A 243LA 1L95A 129LA 1L85A 164LA 137LA 1C67A 2RB1X 1L80A 254LA 1L56A 241LA 1SWYA 1L58A 1JTNA 1SX7A 4K5YA 1L0JA 2RBQA 112LA 3CDTA 1KW5A 1L88A 1L81A 1C65A 1L33A 1QUGA 3C81A 1C68A 1KY0A 1L32A 1PQMA 189LA 1LWGA 1L36A 103LA 192LA 1XJUA 4I7KA 247LA 122LA 140LA 4YXAC 3SBBC 1CV1A 1P3NA 2RB2X 3HDEA 246LA 2B6TA 3HTBA 142LA 1LYFA 3C8SA 1CU6A 3OE0A 1L74A 5LZMA 1L98A 172LA 107LA 3GUMA 219LA 1ZURA 2IGCA 1L73A 1P64A 1QT7A 1L26A 4DAJA 1CV0A 1C6GA 3DMXA 141LA 251LA 146LA 174LA 1G07A 1DYBA 218LA 4GBRB 215LA 2NTHA 1L83A 1L91A 1G0LA 1CX7A 1L21A 3DN2A 1D2WA 2HULA 158LA 1L30A 2B72A 2F32A 123LA 236LA 177LA 3GUPA 1L90A 255LA 1L50A 3DN0A 260LA 173LA 216LA 3DN8A 161LA 1L92A 1L14A 4PK0A 190LA 3HUQA 2F2QA 1NHBA 3K2RA 1TLAA 1DYFA 1QTZA 139LA 4I7MA 149LA 4ARJA 169LA 195LA 1SSYA 2Q9DA 2B7XA 3HTGA 1L19A 1G0QA 1L76A 1LYDA 1P36A 2RBOA 1CV4A 4DJHA 242LA 3C7WA 210LA 3EMLA 197LA 1L23A 1P2RA 3NYAA 147LA 4W59A 1L09A 2B6ZA 1L37A 1L86A 1ZYTA 3FA0A 235LA 167LA 4ARMB 233LA 1C6MA 1L69A 217LA 178LA 1G0PA 171LA 245LA 110LA 1L01A 1L15A 3FI5A 1L43A 244LA 4W52A 2LZMA 1P46A 1QTCA 1L16A 1QT3A 1L02A 1OV7A 2ANVA 3PBLA 4E97A 249LA 1G0MA 1OWYA 3JR6A 3HUAA 183LA 114LA 108LA 3GUNA 1LPYA 1L57A 1L46A 1L62A 231LA 1L49A 1DYCA 4ARLA 239LA 2LC9A 1L55A 3GUIA 1L07A 1L71A 1QUHA 1D3FA 4ARPA 1D3MA 118LA 180LA 1L87A 4I7TA 1G0KA 4GRVA 188LA 1G06A 1LYIA 3G3VA 126LA 1L22A 3DN1A 3C8RA 157LA 1L65A 250LA 3CDQA 1D3NA 2O7AA 2OEAX 3SN6R 1C61A 3F9LA 221LA 3CDRA 1L38A 2QARC 186LA 237LA 2RH1A 4W54A 1QT6A 4LDLA 1OVJA 2O79A 1L41A 1DYAA 3DN6A 209LA 1LGUA 3HT6A 1ZWNA 3GUOA 3OE6A 3C8QA 1CV6A 227LA 198LA 1CV3A 2RBNA 3DMVA 7LZMA 1KW7A 1QS9A 1QS5A 4I7SA 222LA 3HH3A 1L29A 1L54A 2B70A 166LA 1P7SA 4YXCA 1QUOA 4I7JA 4LDEA 4W58A 3CDOA 3GULA 1C6QA 2B74A 1EPYA 3OE9A 4LZMA 1T6HA 3DN4A 1LGWA 1CVKA 1LI6A 4EKQA 1PQIA 238LA 104LA 6LZMA 4I7NA 1DYDA 1OYUA 206LA 1L20A 213LA 2LCBA 143LA 4ARMA 199LA 1L47A 200LA 156LA 1KS3A 1QT8A 2B75A 1I6SA 170LA 4EPIA 1XJTA 196LA 1L89A 228LA 1CU2A 2O4WA 1L60A 1D3JA 2HUKA 1L99A 182LA 1L13A 176LA 2OE7X 1L84A 3L64A 4S0WA 262LA 1QT5A 184LA 3SB8A 4DKLA 191LA 4W51A 1LYGA 1L48A 1L53A 1L63A 2RAZX 1DYEA 1L06A 1SWZA 1LI2A 2OE4X 248LA 4EJ4A 3DN3A 165LA 148LE 1CU3A 1C69A 3PDSA 1CUQA 3SB6A 1QT4A 1L68A 4ARQA 1QTVA 1L17A 1QSQA 261LA 3V2YA 1CU0A 234LA 1P37A 1L75A 1OV5A 3HU8A 4I7OA 211LA 1LYHA 4W57A 3HU9A 224LA 187LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3RUNA 5DLAA 5KXRA 4QGZA 3HH5A 1L28A 1JITA 4Z46A 1D9UA 2BLXA 1UIBA 4HTQA 1SSWA 3CDVA 4MCKA 1IR9A 2RBSA 1GE3A 4HP0A 119LA 201LA 3A90A 4YX7C 3WULA 4WM3A 5KXWA 1C6KA 1LHHA 4M4OA 3F8VA 1DYGA 1XSFA 1QDRA 2HU3A 1G0GA 1LYEA 2B6WA 3WL2A 1GF4A 2Z6BA 4OWHA 1B7RA 4KT3A 102LA 4RLMA 5I4WA 1JTOL 3HTDA 1OUGA 4H93A 4AXTA 4NSIA 1L64A 1NWGA 4XYYA 5B06A 1XEPA 4DQ7A 1L34A 4X3BA 1WQOA 3EBAB 4ANRA 4UWNA 138LA 2DQHY 127LA 5F9XA 1B7MA 4MR1A 1JSEA 1AM7A 1PQKA 4N9RA 4ML7A 4NFVA 3AGGG 2A4TA 3FI7A 3ULRA 1T8FA 2W1XA 3DNAA 1OUAA 2MEFA 152LA 1QTBA 1VDQA 3HDFA 3WW5A 4N1CC 1LJHA 1L72A 1WQMA 3D9AC 3WU8A 1LYYA 4WM2A 1F6RA 1L82A 2RAYX 3VW7A 3RZ4A 1GHLA 1LSCA 4ET8A 3QNGA 1LSZA 128LA 2BQDA 1L18A 1B7LA 3V2WA 1YROA 3AGHA 1L97A 120LA 1L40A 1BB5A 3RU5A 1C64A 1B7QA 4B4IA 1IVMA 220LA 3HT7A 6LYTA 144LA 1SX2A 168LA 3GXKA 253LA 1PQOA 1C6TA 5HNLA 226LA 259LA 4GCDA 3BKVA 1C10A 2OTYX 1P56A 3RNXA 3HWLA 1LZ8A 1QSBA 1NQIA 1L39A 2LHMA 212LA 3SB7A 1L96A 1L59A 1XGPC 1P2LA 3ATNA 1IWWA 1GFEA 3FADA 2N5ZA 4XJIA 1W6ZA 4DQ5A 1T8GA 1L31A 1GEVA 243LA 1UIDA 129LA 1L85A 5L3IA 1BWJA 1KW5A 2FYDA 2MEDA 4ZFPA 1C68A 1KY0A 192LA 3AGIA 3B0OA 4YXAC 1CV1A 3ZVQB 2D4IA 2G4QA 1GF3A 2IHLA 2D4KA 1XEKA 3C8SA 5KXZA 5LZMA 5FELA 172LA 1HEQA 4DAJA 1CV0A 3DMXA 1XGUC 1D6QA 146LA 1G07A 1L83A 1HEOA 1CX7A 1O23A 4DD1A 4G49A 3B6LA 1GE2A 1XEIA 4BAPA 3AZ6A 2EQLA 3LYOA 4O34A 1NDMC 1REXA 2F32A 123LA 177LA 4UWVA 1L90A 134LA 1IR7A 1L50A 1LHKA 260LA 5L9JA 2BQLA 4DDCA 4QY9A 3W6AA 1XEJA 4CFOA 2F2QA 2HEDA 2YBJA 5LINA 1QTZA 4YOPA 1A2YC 4M6DA 195LA 2FYCA 1CKFA 1UC0A 3G3BB 4PGJB 3CSQA 1GD6A 1LYDA 2RBOA 4WM1A 1QQYA 197LA 4H90A 1P2RA 3NYAA 5APCA 1RCMA 4NHSA 147LA 5KXOA 3WW6A 1F10A 1GB6A 1L86A 4ARMB 1BHZA 1C6MA 1L69A 3TXKA 8LYZA 1G0PA 171LA 3FI5A 5HQ1A 1FBIX 3HBHA 1OUCA 1P46A 2BAAA 4NGWA 1GDWA 2XBRA 1G0MA 1HENA 1LZ9A 4HPIA 4WL6A 1GBSA 1D0MA 3CSZA 1DYCA 2LC9A 2Z37A 4H9IA 3GUIA 135LA 1D3MA 1VDPA 1NKHA 1B7OA 1G06A 4II8A 1IX0A 2I25L 3A6BY 126LA 1OUJA 1XGQC 1KIQC 157LA 1LZ1A 3A8ZA 3CQLA 5KKJA 1GFKA 4J7VA 4WM5A 2O7AA 4Z41A 1C61A 1IO5A 1BB6A 4I8SA 1D0LA 237LA 4NHIA 1BQLY 4IATA 1L41A 1DYAA 4EOFA 3AZ4A 4HV1A 3WUMA 4C5FA 3OE6A 4GN5C 4WLYA 3EO5A 4XJFA 3DMVA 1GF8A 4I7SA 1GF5A 1PS5A 1L54A 1WQPA 2B70A 1P7SA 4YXCA 1NF5A 1JPOA 3B72A 4W58A 4HV2A 2BPUA 1EPYA 3OE9A 1ALCA 3DN4A 3WUNA 3E3DA 3EMSA 1HELA 1LKRA 1PQIA 3N9EA 104LA 3P68A 4I7NA 1QTKA 4Z98A 206LA 199LA 1GAZA 2MEIA 1LJJA 156LA 1KS3A 1LJFA 2B75A 2F2NA 1XJTA 1GBWA 196LA 228LA 1LSPA 1RI8B 2HUKA 1IWVA 1B5XA 4WM4A 133LA 4DDAA 4LFPA 1VATA 3SB8A 184LA 191LA 4W51A 1LYGA 1L48A 1ZV5L 4YF2A 1LZNA 2LYZA 1T6VL 1UIEA 5A3ZA 1QTVA 1B9OA 3V2YA 1C43A 1WTMA 2BQJA 2RSCA 3HU9A 4ETAA 1LJGA 4NSJA 5E9RA 2MEHA 1KIRC 1RJCB 3AZ7A 3QAKA 4LZTA 2A7DA 1JTTL 1GFUA 1PQJA 3WVXA 1GF6A 4EPFA 3W3EA 2CUUA 1IP7A 1CX6A 1V7TA 4EKRA 1I20A 1CJ7A 232LA 1CU5A 3QE8A 4WL7A 1FLUA 1Z55A 2F30A 1HNLA 4PRQA 5KXKA 1T8AA 4OOOA 4DD2A 2OE9X 3C7YA 1LZBA 162LA 2HUMA 1LJKA 181LA 3GUJA 1CKHA 1WTHA 230LA 1EQ4A 3D4SA 1OUHA 1AT6A 2Q9EA 4WG1A 1OVKA 2B73A 3D3DA 2BQFA 2Z19A 1D2YA 3HTFA 1G1VA 3LYTA 4TSCA 4DC4A 1L44A 4OO9A 1GB5A 3UONA 2L78A 1CUPA 4XJBA 1LSAA 1IOCA 2EKSC 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3RUN A;  5DLA A;  5KXR A;  4QGZ A;  3HH5 A;  1L28 A;  1JIT A;  4Z46 A;  1D9U A;  2BLX A;  1UIB A;  4HTQ A;  1SSW A;  3CDV A;  4MCK A;  1IR9 A;  2RBS A;  1GE3 A;  4HP0 A;  119L A;  201L A;  3A90 A;  4YX7 C;  3WUL A;  4WM3 A;  5KXW A;  1C6K A;  1LHH A;  4M4O A;  3F8V A;  1DYG A;  1XSF A;  1QDR A;  2HU3 A;  1G0G A;  1LYE A;  2B6W A;  3WL2 A;  1GF4 A;  2Z6B A;  4OWH A;  1B7R A;  4KT3 A;  102L A;  4RLM A;  5I4W A;  1JTO L;  3HTD A;  1OUG A;  4H93 A;  4AXT A;  4NSI A;  1L64 A;  1NWG A;  4XYY A;  5B06 A;  1XEP A;  4DQ7 A;  1L34 A;  4X3B A;  1WQO A;  3EBA B;  4ANR A;  4UWN A;  138L A;  2DQH Y;  127L A;  5F9X A;  1B7M A;  4MR1 A;  1JSE A;  1AM7 A;  1PQK A;  4N9R A;  4ML7 A;  4NFV A;  3AGG G;  2A4T A;  3FI7 A;  3ULR A;  1T8F A;  2W1X A;  3DNA A;  1OUA A;  2MEF A;  152L A;  1QTB A;  1VDQ A;  3HDF A;  3WW5 A;  4N1C C;  1LJH A;  1L72 A;  1WQM A;  3D9A C;  3WU8 A;  1LYY A;  4WM2 A;  1F6R A;  1L82 A;  2RAY X;  3VW7 A;  3RZ4 A;  1GHL A;  1LSC A;  4ET8 A;  3QNG A;  1LSZ A;  128L A;  2BQD A;  1L18 A;  1B7L A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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