2Z2FA

X-ray crystal structure of bovine stomach lysozyme
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFERCELARTLKKLGLDGYKGVSLANWLCLTKWESSYNTKATNYNPSSESTDYGIFQINSKWWCNDGKTPNAVDGCHVSCSELMENDIAKAVACAKHIVSEQGITAWVAWKSHCRDHDVSSYVEGCTL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C-2
publication title Stability of Bovine Stomach Lysozyme in Acidic Condition
rcsb
source organism Bos taurus
total genus 50
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2007-05-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2z2fA00
1REYA 1IP7A 5KXMA 3D9AC 4H9EA 4WL6A 2DQDY 1YAPA 3E3DA 1FBIX 1UC0A 2MEFA 1GBYA 1N4FA 2HTXA 1HSWA 2MEGA 2Z19A 2YBHA 3WW5A 1C08C 1LSNA 1YILA 2XJWA 4DWXA 7LYZA 1GXXA 2H9JA 4G4BA 2CDSA 4KPMA 1GE4A 1YAMA 1YAOA 1J1OY 1OUJA 1G7IC 5C6IA 5IELA 1IWTA 1GF9A 3AGGG 4NWEA 1YKXX 1YKYX 3CSQA 5T3FA 4BAPA 1GFRA 1RCMA 4DYGA 2DQIY 5L9JA 3AZ4A 1LZSA 2HU1A 1JJ3A 1P2CC 1RFPA 1NWGA 1IY4A 1REZA 3OJPA 4NHSA 3ZVQA 2AUBA 2B5ZA 4DDCA 4U3XB 5KXKA 1GB9A 1VATA 4HTKA 1LMAA 1F6RA 2HUBA 4IJ4A 1Z55A 1UIEA 3TXKA 5L3HA 1HFZA 1HFXA 4II8A 3BKHA 4MR1A 4X3BA 1OUCA 1T3PA 4NSJA 1AKIA 2ZIKA 3J4GA 4LZTA 1LMOA 4NHTA 1BHZA 1UACY 3IJUA 3CSZA 2BLXA 1JISA 5IDDA 3W6AA 2HEFA 4NIJA 4WOAA 1NBYC 4H90A 2H5ZA 1MLCE 5C6JA 1IWWA 1VDTA 1VFBC 4Z41A 1GAYA 4XADA 1REMA 1UIDA 4LYOA 1LMPA 2FBDA 2MEEA 2Y8PA 6LYZA 2D4IA 3A92A 4YOPA 1UIGA 4HSFA 1QDRA 1GF3A 5DN4A 3CB7A 5LYMA 1QDTA 2RSCA 3F6ZA 4C3WA 1IWVA 4ETEA 2BQIA 3P68A 1LZCA 2DQFC 4TTDA 3LN2A 1EL1A 2EPEA 4LYMA 1MELL 1LJGA 1BWIA 1IP6A 1FKVA 1LZDA 1OUIA 4XYYA 3TXGA 1LJIA 1LJNA 2DQAA 3WU7A 6LYTA 1V7TA 1TDYA 208LA 1KIRC 5LYTA 4L41A 1IP5A 1XSFA 2Q0MX 2XTHA 5K7OA 4NGWA 1LMTA 4YEOA 1GXV2 2F4AA 3ULRA 1LHJA 4RDSA 1LZ4A 1LZ8A 1IR9A 4WM5A 1CKGA 4B0DA 5KXOA 2MEDA 1I1ZA 1UIHA 4XJIA 1IP4A 1I56A 1W6ZA 2G4QA 1D9UA 1LSFA 2VB1A 3A8ZA 4H9AA 1UIAA 1LZYA 1IO5A 1HNLA 1GFEA 3LYZA 4GN4A 5I5QA 5KXLA 4PJ2C 4RLMA 4XENA 4QGZA 3TXFA 2IHLA 1WQNA 3IJVA 4GCFA 3P66A 1XGUC 4ANRA 4XJGA 3FI7A 1XEKA 3WXUA 3D3DA 3TXIA 1D0LA 2I6ZA 1VDSA 1NQIA 2YBJA 4H94A 2Z39A 4RLNA 5FEKA 4DDBA 4H9BA 1JSFA 4DT3A 2YDGA 3W6BA 4B49A 3TXJA 1LZBA 1LSYA 1DPXA 3WUAA 5J7CA 2YBMA 2D4JA 1FN5A 4NGYA 5LVKA 4A7DA 1UA6Y 5II3A 3WW6A 1KIPC 4C5FA 1GDXA 2DKVA 3AZ6A 4ML7A 5IHGA 3CT0A 1B7NA 194LA 1JHLA 1LMQA 2BQAA 3CT5A 1OUFA 4DD7A 1INUA 5C6LA 1GBXA 4NGLA 1LCNA 5E4PA 5B59A 1D6PA 1GB0A 4W94A 3P65A 1AT6A 1HFYA 3P64A 1LMCA 4HJYA 4ETDA 4LGKA 3TXEA 2BQFA 1YIKA 3A96A 4WL7A 3GXRA 4HV2A 2BLYA 2YBLA 5FCPA 1C45A 4PGJB 1EQEA 1LOZA 1WVUA 4KT3A 1LZ6A 5KY1A 3CT1A 4BADA 1HSXA 1LZAA 1LYOA 1XEIA 1JIYA 2LYZA 3IWRA 1NMMA 4LT0A 4TSCA 3WYHA 2CGIA 5LXWA 4H9HA 1XEJA 1AZFA 5D5FA 1JWRA 2EIZC 4NHQA 4NSIA 2HEAA 4DD2A 1DQJC 2FBBA 1IC4Y 1LAAA 2DQGY 4KXIA 4OOOA 1A2YC 1FLQA 1A4VA 3GXKA 5KXYA 1B7RA 4G4CA 4XJDA 9LYZA 4RW1A 1GB2A 1LSPA 5KXNA 1JTTL 4FJRA 4P2EA 4CJ2A 1UCOA 2GV0A 1FLUA 4J0LA 1B7PA 1H6MA 1OP9B 1QUSA 2BAAA 4LYZA 1GB6A 1NHEA 3A95A 4OWBA 3RNXA 1GFHA 3A94A 4PHIA 1IEEA 1OUDA 4GN3A 4NG1A 4WM2A 1ZV5L 1LKRA 1B5ZA 3WPLA 1LHKA 1B0DA 1WQRA 4G49A 4PRUA 4HPIA 3RZ4A 1GEZA 2ZYPA 1LYYA 4N8ZA 2BQLA 3WVYA 2G4PA 4TSBA 5HNCA 4H9CA 4H8XA 1TEWA 1OUAA 1QSAA 5FELA 1YROA 5L3IA 3LYOA 1LZ9A 4GCEA 2YBIA 5LIOA 4M4OA 1XGTC 2MEBA 3A67Y 1IWUA 1G7JC 2DQJY 5HNLA 5KJ9A 3J6KA 5KKJA 3WH1A 3W6FA 4ZFPA 1IC5Y 1IWXA 1LYZA 2F2NA 2Z18A 1T6VL 3EXDA 4WLTA 4WM6A 3WMKA 3B72A 4B4IA 5HQ1A 4CFOA 1GB3A 4E3UA 1JKDA 2C8PA 5F9XA 134LA 1UBZA 3CSRA 4B1AA 3B6LA 1GF5A 5APFA 1IOQA 1B5WA 4WLYA 3M18B 4AXTA 133LA 1HERA 8LYZA 5LINA 4YM8A 1F0WA 5LYZA 3WXTA 4H8YA 1AT5A 2PC2A 4NGJA 1LZRA 1QQYA 1XFPL 3ZVQB 1J1XY 1JEFA 5A3EA 1BVXA 4IATA 1H87A 5A3ZA 4I0CA 1JTOL 1JPOA 5DLAA 4BS7A 2W1MA 3ATNA 4UWNA 1LSBA 2X0AA 4NSGA 1WQQA 2WARA 4O34A 1LZGA 1HENA 1LPIA 1NDGC 1LHIA 1NBZC 3N9AA 1LSDA 2D4KA 3QE8A 4J7VA 4I8SA 2EQLA 1VDPA 1IVMA 1WTNA 3WU9A 3ZEKA 1KXWA 5F9UA 4ETCA 2MEIA 5F14A 1HHLA 1OUGA 1GE1A 5B07A 5KXZA 4DC4A 1QIOA 1SQ2L 5APDA 4LYCA 1IP1A 4OOTA 3WVXA 4M6DA 4ETBA 1B7QA 4J1BA 1RE2A 3TMVA 1IOCA 193LA 1BB7A 5AMYA 1YKZX 5KXRA 1B7SA 1LZEA 4NHIA 2HEBA 5HMJA 1GBWA 4Z46A 2W1LA 3SP3A 4EMNA 3FE0A 3QY4A 3K3TA 1IWYA 4GLVA 2DQHY 1LHHA 2CJLA 5JENB 2FYDA 1RJCB 5KXSA 5B1GA 1GFGA 3TXHA 2BQCA 1GBSA 2YBNA 5APCA 1HF4A 5ILFA 4NY5A 3LYTA 2I25L 3MGWA 4Z3MA 1LYSA 4PPOA 4WMGA 1B7LA 4ET8A 1JSEA 1IIZA 3A3RX 4NSHA 2W1XA 1YAQA 1DPWA 3WUMA 2Z2FA 2A7DA 4NGZA 1GAZA 5LVGA 2BQEA 1GB8A 1JJ0A 4NGOA 2ZQ3A 1GE3A 1HMKA 3EBAB 1IWZA 4WM4A 1BVKC 2G4NA 3RT5X 4LT2A 2W1YA 1GF0A 2ZYCA 4NHPA 1JUGA 1FLYA 3CQLA 1LHLA 1LTMA 3AZ5A 3WPKA 2F30A 2YVBA 1GFUA 2H9KA 4WO9A 2BPUA 4ET9A 1WTMA 3W6DA 1IORA 1PS5A 4LFXA 2XBRA 4DD9A 4IASA 1BB3A 5LAGA 1C43A 4TX7A 5F81A 1IX0A 1E8LA 1JKCA 1LZTA 1GFAA 3AJNA 1C7PA 1DXJA 3TMXA 1SLYA 2Z37A 2Z2EA 1G7HC 3HFMY 153LA 1KIQC 5LVJA 5ILCA 2IFFY 5LAFA 1CJ6A 1EQ4A 1UUZC 1HELA 1JTPL 4ZIXA 3AZ7A 5HLLA 1XGQC 3WUNA 1LZNA 4OWCA 1CKFA 2ZILA 2D91A 2DBTA 2LYMA 1DI4A 4HTNA 1EQ5A 3LZ2A 4LT1A 3T6UA 4MSTA 4NGVA 4H91A 4DD0A 1REXA 4QEQA 1ALCA 1GFTA 1LSMA 1DKJA 1F10A 4FDYA 4W96A 1WQPA 4WG1A 3WU8A 1GEVA 1JITA 3AW7A 4H92A 2YSSC 4GCCA 5B05A 4UWVA 5LA5A 1GE0A 3QNGA 2C8OA 4OWAA 2F4GA 5I4YA 1HEQA 5B06A 3TXBA 1B7MA 2DQEY 3AGIA 1G7LC 4R6CA 1NDMC 1CJ8A 3AB6A 1C46A 1B9OA 1HEPA 1UIFA 4N0JA 1LZ5A 2XBSA 5EBHA 1LJKA 3B0KA 4Z98A 1B7OA 4XN6A 2D6BA 1GPQC 3G3AB 5D5CA 2ZWBA 1WVVA 5KXTA 3A6BY 4ZEEA 2N5ZA 1JKBA 1CKCA 4QY9A 1LHMA 3TMWA 1BWJA 1JJ1A 1NKHA 1BQLY 3RU5A 1LJJA 5KXPA 1F6SA 2NWDX 4KL7A 4TWSA 4DD3A 3EMSA 3LYMA 3M3UA 4H9IA 1XGRC 1TAYA 1TCYA 1FLWA 4WM3A 1FDLY 2FYCA 3AGHA 4NGKA 4YF2A 1CNSA 1B2KA 1B5VA 3ATOA 1GFVA 1LSAA 1GB7A 4WM1A 1D0MA 1WQOA 4H9FA 4XJFA 5I4WA 1BWHA 1DI3A 1GF6A 1GHLA 4OW1A 1IR7A 4XJBA 3VWOA 3P4ZA 1GFKA 1VAUA 4B4EA 5I4XA 1C10A 4N9RA 5DN5A 1B5YA 4NWHA 2ZIJA 4CFPA 1HC0A 1CKHA 4WLDA 4GCBA 3HBDA 1GF8A 1IOSA 1GF7A 1O23A 3A93A 5LVIA 1FKQA 1BB5A 1DZBX 1JKAA 4PRQA 132LA 2BQMA 2BQNA 1LKSA 2ZQ4A 4LYBA 4TUNA 4HPEA 1HMLA 1VDQA 4G4HA 1LJ3A 2HEDA 1UICA 4BAFA 2BQGA 2BQKA 2MEAA 1B5UA 3TXDA 5KXWA 4N5RA 2MECA 1TBYA 1XGPC 1D0KA 1CJ7A 2BQOA 5FHWA 3LZTA 1AM7A 2BQJA 1LSZA 1GE2A 4XJHA 2LZTA 5FSTA 1IP2A 4H93A 4NEBA 3T36A 3KAMA 4ETAA 5LA8A 1V7SA 1HEOA 4HJVA 4UWUA 5F16A 4J1AA 1GF4A 2BQHA 3AW6A 4GN5C 3A91A 1LMNA 2A7FA 1OUEA 4HTQA 5APEA 1UIBA 2HEEA 4HP0A 1HEWA 2LZ2A 4YENA 5FDJA 1OUBA 5KKIA 2HU3A 4AGAA 3HBEX 3WULA 1NF5A 4WO6A 4EOFA 3WL2A 1IY3A 2BQDA 4CGEA 4LFPA 2Z38A 1GBZA 1DI5A 1QTKA 1CKDA 4LYTA 5M1YA 1IR8A 1LJEA 3OK0A 4DD1A 4OWEA 1DKKA 2LHMA 5B1FA 1LJ4A 1ZVHL 1GBOA 3EO5A 3A3QA 2Z12A 1QUTA 3A6CY 1LSGA 1GWDA 1QSWA 1GDWA 4H1PA 1YL0X 1I20A 3HBHA 3N9EA 3A90A 1IOTA 4B4JA 4GLAA 1GFJA 1BB6A 1OUHA 2EKSC 3A34A 1YL1X 2ZNXY 3LHMA 2ZNWY 4NGIA 4NFVA 1G7MC 5DM9A 3TMUA 2I26L 2MEHA 2LYOA 4HJZA 1CJ9A 3G3BB 4R0FA 3BKVA 4WLXA 2DQCY 3W6EA 5DL9A 1YQVY 4H8ZA 4D9ZA 4CHXA 1VEDA 4G9SA 1LSEA 1KXYA 4N1EI 3AYQA 1HEMA 1J1PY 4GCDA 4OWHA 4NG8A 1W08A 5E9RA 1D6QA 1KXXA 4N1CC 2BQBA 1LSCA 1RI8B 135LA 5KXXA 1GB5A 1LJHA 1LJFA 4WG7A 207LA 1QTEA 4DDAA 3B0IA 2CWIA 2HECA 4YEMA 1PZYA 5HMVA 1WQMA 5I54A 4HV1A 1B5XA 1YANA 3B0OA 4MCKA 3W3EA 4LT3A 3RW8A 1IC7Y 4QDNA 1ZVYB 1GD6A 5I53A 4RW2A 5LVHA 1LZ1A 1ZMYL 3W6CA 1BGIA 1IP3A 3N9CA 154LA 1OQMA 3WPJA 1BB4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1REYA 5KXMA 1L23A 4H9EA 3E3DA 1C63A 1L62A 1LGXA 1UC0A 1HSWA 2MEGA 1YILA 4DWXA 7LYZA 173LA 2H9JA 1L43A 248LA 1J1OY 3HTBA 5IELA 1GF9A 1GFRA 1RCMA 1LZSA 1D3FA 1QUGA 2HU1A 1RFPA 1IY4A 1GB9A 1VATA 1F6RA 2HUBA 1Z55A 3TXKA 5L3HA 1HFZA 1L73A 1L17A 1L39A 3IJUA 157LA 2BLXA 1JISA 5IDDA 229LA 215LA 1LW9A 2H5ZA 1MLCE 1LI6A 4LYOA 4YOPA 6LZMA 1L07A 1IWVA 1KS3A 1L63A 4AQNA 4OO9A 1QSQA 4TTDA 3LN2A 2B70A 1L31A 1L91A 1MELL 2RBSA 1L50A 3WU7A 1L65A 2DQAA 208LA 1LI2A 3GUIA 4RDSA 1LZ8A 5KXOA 4B0DA 4H9AA 2VB1A 1L55A 1GFEA 4GN4A 3TXFA 3IJVA 231LA 3OE6A 1L49A 3WXUA 3D3DA 1D0LA 1C6TA 2YBJA 5FEKA 5LA5A 2Z39A 4H9BA 2YDGA 3W6BA 1L0JA 3HT7A 4B49A 2B72A 5J7CA 5LVKA 2OU0X 1UA6Y 4C5FA 2DKVA 4ML7A 3CT0A 1B7NA 2NTGA 4DD7A 5E4PA 4W94A 1AT6A 1L60A 1LGUA 1L00A 4HV2A 5FCPA 4PGJB 1C60A 1WVUA 2LC9A 1LZ6A 4ARLA 1L13A 4BADA 1LYDA 2B6YA 1NMMA 4ARPA 4TSCA 4H9HA 1XEJA 1AZFA 2HEAA 1PQDA 1IC4Y 1LAAA 2DQGY 1QTDA 4OOOA 3UONA 1FLQA 1P5CA 4G4CA 233LA 4XJDA 4FJRA 4J0LA 1H6MA 108LA 3A94A 4LZMA 1L57A 1LKRA 254LA 3DKEX 2ZYPA 1L47A 4N8ZA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1REY A;  1IP7 A;  5KXM A;  3D9A C;  4H9E A;  4WL6 A;  2DQD Y;  1YAP A;  3E3D A;  1FBI X;  1UC0 A;  2MEF A;  1GBY A;  1N4F A;  2HTX A;  1HSW A;  2MEG A;  2Z19 A;  2YBH A;  3WW5 A;  1C08 C;  1LSN A;  1YIL A;  2XJW A;  4DWX A;  7LYZ A;  1GXX A;  2H9J A;  4G4B A;  2CDS A;  4KPM A;  1GE4 A;  1YAM A;  1YAO A;  1J1O Y;  1OUJ A;  1G7I C;  5C6I A;  5IEL A;  1IWT A;  1GF9 A;  3AGG G;  4NWE A;  1YKX X;  1YKY X;  3CSQ A;  5T3F A;  4BAP A;  1GFR A;  1RCM A;  4DYG A;  2DQI Y;  5L9J A;  3AZ4 A;  1LZS A;  2HU1 A;  1JJ3 A;  1P2C C;  1RFP A;  1NWG A;  1IY4 A;  1REZ A;  3OJP A;  4NHS A;  3ZVQ A;  2AUB A;  2B5Z A;  4DDC A;  4U3X B;  5KXK A;  1GB9 A;  1VAT A;  4HTK A;  1LMA A;  1F6R A;  2HUB A;  4IJ4 A;  1Z55 A;  1UIE A;  3TXK A;  5L3H A;  1HFZ A;  1HFX A;  4II8 A;  3BKH A;  4MR1 A;  4X3B A;  1OUC A;  1T3P A;  4NSJ A;  1AKI A;  2ZIK A;  3J4G A;  4LZT A;  1LMO A;  4NHT A;  1BHZ A;  1UAC Y;  3IJU A;  3CSZ A;  2BLX A;  1JIS A;  5IDD A;  3W6A A;  2HEF A;  4NIJ A;  4WOA A;  1NBY C;  4H90 A;  2H5Z A;  1MLC E;  5C6J A; 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 1UIB A;  2HEE A;  4HP0 A;  1HEW A;  2LZ2 A;  4YEN A;  5FDJ A;  1OUB A;  5KKI A;  2HU3 A;  4AGA A;  3HBE X;  3WUL A;  1NF5 A;  4WO6 A;  4EOF A;  3WL2 A;  1IY3 A;  2BQD A;  4CGE A;  4LFP A;  2Z38 A;  1GBZ A;  1DI5 A;  1QTK A;  1CKD A;  4LYT A;  5M1Y A;  1IR8 A;  1LJE A;  3OK0 A;  4DD1 A;  4OWE A;  1DKK A;  2LHM A;  5B1F A;  1LJ4 A;  1ZVH L;  1GBO A;  3EO5 A;  3A3Q A;  2Z12 A;  1QUT A;  3A6C Y;  1LSG A;  1GWD A;  1QSW A;  1GDW A;  4H1P A;  1YL0 X;  1I20 A;  3HBH A;  3N9E A;  3A90 A;  1IOT A;  4B4J A;  4GLA A;  1GFJ A;  1BB6 A;  1OUH A;  2EKS C;  3A34 A;  1YL1 X;  2ZNX Y;  3LHM A;  2ZNW Y;  4NGI A;  4NFV A;  1G7M C;  5DM9 A;  3TMU A;  2I26 L;  2MEH A;  2LYO A;  4HJZ A;  1CJ9 A;  3G3B B;  4R0F A;  3BKV A;  4WLX A;  2DQC Y;  3W6E A;  5DL9 A;  1YQV Y;  4H8Z A;  4D9Z A;  4CHX A;  1VED A;  4G9S A;  1LSE A;  1KXY A;  4N1E I;  3AYQ A;  1HEM A;  1J1P Y;  4GCD A;  4OWH A;  4NG8 A;  1W08 A;  5E9R A;  1D6Q A;  1KXX A;  4N1C C;  2BQB A;  1LSC A;  1RI8 B;  135L A;  5KXX A;  1GB5 A;  1LJH A;  1LJF A;  4WG7 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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