4ETAA

Lysozyme, room temperature, 400 kgy dose
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
publication title High-resolution protein structure determination by serial femtosecond crystallography.
pubmed doi rcsb
total genus 48
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-04-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4etaA00
1C08C 1YAOA 2F4AA 3AZ4A 3QNGA 1REYA 2X0AA 4NGYA 1JKDA 1BB5A 4NG1A 3M18B 1IP1A 4HJYA 3A91A 3WPLA 2YDGA 3TXBA 3WW6A 5II3A 1HF4A 1LSFA 4HV2A 4NGWA 1DI4A 208LA 1EQ5A 1LHJA 2CDSA 4NGZA 6LYZA 1UC0A 4OW1A 3W6BA 2LYZA 4AGAA 1HSXA 3LYMA 3A95A 3T6UA 1B7QA 4DDBA 1VAUA 5KXPA 4ET8A 1XSFA 1QDRA 1B5YA 5LYMA 5L3IA 1B5WA 1JSEA 4YF2A 3TMVA 3CSQA 1IP7A 4Z3MA 2BLXA 2Z39A 4PHIA 1LZ9A 1LZEA 2AUBA 1CJ9A 1JHLA 3QE8A 3B6LA 1KIPC 2BQMA 4DT3A 1IP5A 5A3ZA 3AGGG 4DD0A 5L3HA 1CJ7A 1PS5A 4NY5A 1LAAA 2BAAA 4DD1A 2Z2EA 1D0LA 1JTTL 2G4PA 3A6BY 3MGWA 4OWAA 1LYYA 4DDCA 4UWVA 1VFBC 4CGEA 3RT5X 1LSBA 2LYOA 4HP0A 1DQJC 4PPOA 1LHMA 2RSCA 1GE2A 5AMYA 4R0FA 5F9UA 1IC7Y 1C7PA 1GFHA 2IFFY 4DD3A 2BQCA 3N9AA 1IIZA 1D0MA 4H9HA 3IJUA 1IWYA 4ML7A 2H5ZA 1LZ8A 4WM1A 1AKIA 1GXXA 1I1ZA 1IOSA 207LA 4KT3A 4RDSA 4W94A 4WLYA 4A7DA 4B0DA 5KXKA 1OUAA 2D4KA 1GD6A 5F9XA 4NGKA 3T36A 3WVYA 1HEQA 2FBBA 1LYSA 2BQFA 2W1YA 1YROA 1LOZA 5DN5A 2Z18A 4OWEA 2HECA 4NSHA 2DBTA 4N5RA 5KXOA 9LYZA 4GCCA 2CJLA 4I0CA 4WOAA 1IY4A 3EXDA 4KXIA 153LA 1FKVA 1LSEA 1IR8A 4WG7A 1BVXA 1JJ3A 4J0LA 1GB7A 2MECA 1B5ZA 1YILA 4YEOA 2BQJA 4GCEA 2DQAA 4TSBA 4H9AA 3TXDA 1XGTC 3WPKA 1F10A 4GN4A 3AGHA 3ZVQB 2FYDA 1IR9A 1UICA 3CT5A 3TXHA 1UUZC 5B07A 5C6IA 1LZSA 3ULRA 4XJGA 1J1PY 1CKDA 4H9CA 4XJHA 4LZTA 4LT3A 1KIQC 3RZ4A 1TCYA 2ZYPA 3A93A 3A96A 2YBIA 1IP2A 3WMKA 3FI7A 1QTEA 3CT0A 1FN5A 1GAZA 2NWDX 2MEAA 5DL9A 2XBRA 4J7VA 1B0DA 4G4HA 1H6MA 2BLYA 3OK0A 3WVXA 1GXV2 1AM7A 1B5UA 2I6ZA 2D91A 2F4GA 4LYZA 1QUTA 1D0KA 4GCBA 3P65A 1LMCA 1GB9A 1GFGA 1XEJA 1LZCA 4HTQA 1GF0A 2XBSA 5HQ1A 1INUA 1DKKA 1GE1A 4GN3A 1LMNA 2G4QA 4I8SA 1HFYA 3GXRA 4NHSA 5T3FA 5HMVA 2YBLA 1HFXA 1YL0X 1NBZC 1GFRA 5C6LA 1KIRC 1IEEA 2H9JA 1OUHA 2Q0MX 1JISA 1GFJA 4B4IA 4ANRA 1DI5A 3AGIA 5LAGA 4II8A 1G7HC 1QSWA 3ZEKA 1JSFA 132LA 3W6FA 1FLUA 5KY1A 1SLYA 2BQBA 1BQLY 3W6DA 2W1XA 5LVKA 3ZVQA 1W6ZA 4HTNA 3TMUA 1MLCE 3A67Y 1UIDA 1LZBA 4NGOA 1BB3A 5KXSA 3TXKA 4MSTA 194LA 1DPWA 1LJJA 3AW7A 3LHMA 1B9OA 4WM5A 5APFA 2MEGA 2MEFA 4CFPA 1IR7A 1LMAA 1EL1A 2PC2A 1XGQC 4WL7A 4ZIXA 1LMPA 1JKBA 1UIBA 3CSZA 4N1CC 1GFTA 2HUBA 4H9IA 4LT1A 5FDJA 1J1XY 5LVHA 1OUJA 1WQPA 1XGRC 5A3EA 5KKJA 5KJ9A 1GB8A 5KXNA 1GF7A 2MEHA 1FLWA 2BQDA 1GBXA 1UIAA 4NIJA 1GEZA 4HTKA 1IOCA 1GF8A 4NWEA 5FSTA 3A92A 4DD9A 5ILCA 2CGIA 1B7RA 2YBNA 3WULA 4LT2A 193LA 2BQAA 4RLMA 1GFAA 1LZ1A 4NGJA 1B5XA 3TMWA 4B4EA 3N9CA 1LKRA 1NDGC 1NKHA 4H8ZA 1WQRA 1GE4A 4LYTA 2D4IA 2LZTA 3B0IA 1LZRA 5KXRA 1LZDA 1OUDA 4FJRA 4XJIA 1CKGA 3RW8A 4NG8A 1G7MC 1P2CC 1VDQA 2ZWBA 1I56A 4YM8A 133LA 2DQCY 2Z2FA 1LJFA 2C8OA 3GXKA 1CNSA 5B1FA 1ZMYL 4LYBA 1LKSA 2Z19A 1T6VL 1LHLA 2WARA 2I26L 2HU1A 4Z41A 2C8PA 1OUEA 3J6KA 1F6SA 4LYOA 1BB7A 4ET9A 1RJCB 1REZA 2Z12A 4H92A 5F14A 4WO6A 1FKQA 3AZ6A 1HSWA 4YEMA 1RI8B 3WU8A 5KXZA 1B5VA 3AYQA 4KPMA 1UA6Y 1D9UA 4RLNA 4CJ2A 1XGPC 4DD7A 4WL6A 1HFZA 1LJ3A 4QY9A 4NFVA 1BGIA 4NHTA 3TXGA 5F16A 4HSFA 1B7LA 1IWVA 4GLAA 2BQIA 1QUSA 1CJ6A 3A94A 3SP3A 1IORA 1GWDA 4U3XB 1LZTA 5KXYA 154LA 4ETBA 4NEBA 2BQHA 5KXTA 3TXIA 4TUNA 1LHIA 1RFPA 2G4NA 4O34A 1GB3A 2BQEA 1GE0A 1FDLY 1XFPL 1G7LC 1WQQA 2BQLA 1RCMA 5HNCA 1HERA 1NHEA 1SQ2L 3WU7A 1LZGA 4N8ZA 2IHLA 4M4OA 1D6QA 5E4PA 1LJHA 1OUFA 1JTOL 1YANA 1B7SA 3P64A 1JITA 1RE2A 1LHKA 1CKFA 5LVJA 1HHLA 1GE3A 3A8ZA 4X3BA 135LA 1IP6A 1PZYA 2D6BA 1LSYA 1WQOA 2GV0A 4ETCA 3B0KA 1BWJA 4LT0A 1HNLA 1LSAA 4OOOA 4PJ2C 3IWRA 1FLYA 3W6AA 3EMSA 4FDYA 1YAQA 4H9EA 1OUCA 4GN5C 4BS7A 2B5ZA 3P4ZA 1HEMA 1TAYA 1GB6A 1IVMA 1EQEA 1WTMA 2MEDA 4H93A 4LYCA 4C5FA 4N0JA 1BHZA 5I4XA 1LMOA 3CT1A 1JEFA 2MEEA 4LFPA 1QQYA 1FLQA 1G7JC 2ZNWY 2ZYCA 1JUGA 4PRUA 1JIYA 1GHLA 1W08A 3WW5A 4PRQA 3CB7A 3LYZA 4LYMA 2DQDY 1YAPA 4D9ZA 5LVIA 3LZTA 1KXWA 1B7OA 1LZ5A 4NGVA 1GF3A 2DQFC 1ZV5L 1GFEA 1XEIA 5IELA 2VB1A 1VDTA 3BKHA 5D5FA 1IOTA 1QIOA 1D6PA 1NDMC 1BVKC 1LTMA 2Z37A 4TWSA 3WPJA 1IP3A 1O23A 2F2NA 4NSIA 5FELA 2HEFA 5LAFA 5APCA 4TX7A 1HEWA 1AT6A 1TDYA 1T3PA 2HEAA 4YOPA 1DZBX 5DLAA 1TBYA 4XJBA 5IDDA 1BB4A 1UIEA 1LJEA 1IWTA 1GF4A 2ZQ3A 3N9EA 4N1EI 1F0WA 4CHXA 1ZVHL 5M1YA 1NWGA 1LJGA 4H9BA 1LYOA 4NGLA 2A7DA 4P2EA 1MELL 5ILFA 1CKCA 2EQLA 4ZEEA 1LJIA 2W1LA 1LJ4A 1IY3A 1WTNA 4J1AA 1LSMA 4NHQA 5F81A 1YAMA 4OWHA 3WL2A 2MEBA 4N9RA 4EOFA 1UIFA 3WH1A 4ETDA 5J7CA 1NBYC 1YQVY 3ATOA 3M3UA 4MCKA 4QGZA 1IP4A 1JKCA 3EBAB 3KAMA 3A90A 1H87A 4LGKA 4W96A 1LJNA 4TTDA 4IATA 3LN2A 1GBOA 4WMGA 3AW6A 1GF6A 3E3DA 5LINA 4Z98A 4ZFPA 3F6ZA 1WQNA 1GFUA 4NHPA 1C43A 1QSAA 1G7IC 3LYOA 2ZNXY 4UWNA 1N4FA 3ATNA 2YBJA 5LA8A 1A4VA 3OJPA 5C6JA 2EIZC 8LYZA 1GDWA 1JWRA 3BKVA 2BQNA 3D9AC 1JJ0A 4G4CA 4WM6A 5I53A 1HEPA 4BAFA 3CSRA 1WVVA 4OOTA 1F6RA 1GBSA 5E9RA 3D3DA 1JPOA 3HFMY 4L41A 1NF5A 4M6DA 4XADA 4OWCA 1UIGA 2HEBA 1GAYA 4HPEA 5LXWA 4AXTA 1V7SA 5HMJA 5KKIA 1GDXA 3HBEX 4KL7A 1IWXA 1UIHA 5I4YA 4NSGA 5LYZA 4DC4A 4LFXA 4OWBA 3AB6A 2BQGA 4XYYA 1OP9B 1LSPA 4HPIA 4WM3A 7LYZA 5LVGA 3AZ5A 5B06A 3LZ2A 2H9KA 1JTPL 4J1BA 4WO9A 1HMLA 2LZ2A 4BADA 1GB5A 1LYZA 4G9SA 4TSCA 1DKJA 1YIKA 2YSSC 3AZ7A 4WM4A 2BPUA 4WLXA 3J4GA 2Z38A 1GB2A 4ETEA 1GFVA 4H9FA 4IASA 4NGIA 4R6CA 4H8XA 1LMQA 3WXTA 5K7OA 5B05A 5DM9A 1IWZA 1QTKA 1QDTA 4WLDA 5I5QA 5LA5A 1LSGA 5EBHA 1LMTA 5APEA 2FBDA 2FYCA 1DXJA 1BB6A 2DQHY 1ALCA 1VDPA 1GPQC 1VEDA 1I20A 4PGJB 3G3AB 3A3RX 1C45A 1IC5Y 1VATA 4H1PA 1V7TA 3W6CA 4WG1A 2BQOA 2YBMA 4G4BA 1GBZA 4YENA 1OUGA 1IOQA 4RW1A 1LPIA 4DD2A 3B72A 5LYTA 5KXLA 3G3BB 1REXA 3CQLA 4B4JA 1DPXA 5APDA 2I25L 1JJ1A 1CKHA 1IWUA 1KXYA 3WUNA 5B59A 5FCPA 1GB0A 2ZIJA 2ZILA 5B1GA 2A7FA 3WXUA 1LZ4A 5FEKA 4QEQA 3TXFA 4XJDA 1UACY 1LSNA 1ZVYB 1TEWA 1YL1X 1B7PA 2XTHA 4GCDA 3A3QA 5LIOA 3RNXA 1B2KA 5JENB 1LZYA 1UCOA 4NHIA 2D4JA 1GBWA 1WVUA 4H8YA 4ETAA 1GFKA 5HNLA 4B49A 1LZ6A 2EKSC 2BQKA 1BWIA 1WQMA 4GLVA 3HBHA 3LYTA 2Y8PA 3TXEA 4HJZA 1REMA 4XJFA 3W6EA 5L9JA 1HEOA 2HTXA 3QY4A 1CJ8A 2YBHA 3A34A 5I4WA 3EO5A 1VDSA 1JKAA 1YKZX 6LYTA 1LCNA 4DWXA 1BWHA 2N5ZA 1LSCA 3RU5A 4H90A 3WUAA 4CFOA 2XJWA 1J1OY 4EMNA 2DQIY 2LHMA 2YVBA 1DI3A 4XN6A 1GF5A 1EQ4A 2LYMA 3P68A 3TXJA 4NWHA 4C3WA 1IWWA 4XENA 4GCFA 3FE0A 1LZAA 4G49A 2CWIA 5DN4A 4IJ4A 2HEDA 134LA 1A2YC 3W3EA 2F30A 4QDNA 5KXWA 1LSDA 1XGUC 2DKVA 4DDAA 1LJKA 1AT5A 1YKXX 1XEKA 1Z55A 2ZIKA 3B0OA 4NSJA 5HLLA 5I54A 1KXXA 4HV1A 1OUIA 1GF9A 1YKYX 3WYHA 1LZNA 5FHWA 1IO5A 1B7MA 2EPEA 2HEEA 1NMMA 1GEVA 4RW2A 2ZQ4A 3AJNA 1HC0A 4HJVA 1IC4Y 2DQEY 1FBIX 4BAPA 5KXXA 4Z46A 1OQMA 3IJVA 1IX0A 4E3UA 2W1MA 4H94A 2HU3A 3VWOA 5IHGA 1NQIA 1UBZA 1LHHA 3HBDA 4WLTA 5D5CA 2MEIA 1B7NA 1C10A 3P66A 1C46A 1HMKA 1AZFA 1HENA 1LSZA 3A6CY 3K3TA 4H91A 4MR1A 4UWUA 3WUMA 1OUBA 2DQJY 3TMXA 1HELA 3WU9A 5KXMA 1E8LA 4B1AA 4DYGA 1GBYA 2DQGY 4WM2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4W56A 3AZ4A 2X0AA 4NGYA 4YXCA 1LLHA 4I7LA 1EQ5A 3W6BA 2LYZA 3C8QA 180LA 2RBOA 3LYMA 1L53A 3T6UA 1B7QA 1B5YA 1JSEA 4DQ5A 4YF2A 3TMVA 4PHIA 4LDEA 2BQMA 2QARC 3PDSA 1CJ7A 1PS5A 2IGCA 4DD1A 1JTTL 4UWVA 213LA 1LSBA 3FI5A 1CV1A 1L16A 1CX7A 3G3XA 2B72A 1C7PA 1GFHA 4DJHA 1SWZA 2BQCA 4H9HA 1IIZA 4ML7A 3IJUA 138LA 1IWYA 2H5ZA 4WLYA 1C69A 1IOSA 237LA 3FADA 5F9XA 1HEQA 2RBNA 5DN5A 1L12A 4OWEA 1L52A 1LWKA 1L71A 153LA 1IR8A 1BVXA 173LA 189LA 1LGWA 170LA 2MECA 1L0JA 4I7SA 1XGTC 1F10A 3ZVQB 3AGHA 1D3FA 2FYDA 1ZYTA 3CT5A 1UUZC 126LA 3A93A 150LA 2YBIA 1L13A 3FI7A 1QTEA 1C6GA 176LA 1JQUA 2MEAA 5DL9A 1B0DA 4G4HA 3OK0A 1C6CA 1GXV2 1AM7A 2I6ZA 4LYZA 1D0KA 4GCBA 1LMCA 3HH6A 1GFGA 1DKKA 1GE1A 2G4QA 4I8SA 4NHSA 2YBLA 1GFRA 1L19A 2H9JA 4B4IA 1CV4A 1L86A 1C6NA 132LA 3PBLA 3W6DA 3ZVQA 4NGOA 4MSTA 1B9OA 2B7XA 2MEGA 3C83A 4CFPA 4WL7A 187LA 4N1CC 5FDJA 1OUJA 5A3EA 5KKJA 4LDLA 147LA 1GF7A 1LWGA 161LA 1GBXA 4NIJA 4HTKA 1IOCA 3SB8A 4NWEA 4DD9A 2CGIA 4RLMA 125LA 1GFAA 2XQOA 1XJTA 4H8ZA 1WQRA 1GE4A 4LYTA 104LA 5KXRA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1C08 C;  1YAO A;  2F4A A;  3AZ4 A;  3QNG A;  1REY A;  2X0A A;  4NGY A;  1JKD A;  1BB5 A;  4NG1 A;  3M18 B;  1IP1 A;  4HJY A;  3A91 A;  3WPL A;  2YDG A;  3TXB A;  3WW6 A;  5II3 A;  1HF4 A;  1LSF A;  4HV2 A;  4NGW A;  1DI4 A;  208L A;  1EQ5 A;  1LHJ A;  2CDS A;  4NGZ A;  6LYZ A;  1UC0 A;  4OW1 A;  3W6B A;  2LYZ A;  4AGA A;  1HSX A;  3LYM A;  3A95 A;  3T6U A;  1B7Q A;  4DDB A;  1VAU A;  5KXP A;  4ET8 A;  1XSF A;  1QDR A;  1B5Y A;  5LYM A;  5L3I A;  1B5W A;  1JSE A;  4YF2 A;  3TMV A;  3CSQ A;  1IP7 A;  4Z3M A;  2BLX A;  2Z39 A;  4PHI A;  1LZ9 A;  1LZE A;  2AUB A;  1CJ9 A;  1JHL A;  3QE8 A;  3B6L A;  1KIP C;  2BQM A;  4DT3 A;  1IP5 A;  5A3Z A;  3AGG G;  4DD0 A;  5L3H A;  1CJ7 A;  1PS5 A;  4NY5 A;  1LAA A;  2BAA A;  4DD1 A;  2Z2E A;  1D0L A;  1JTT L;  2G4P A;  3A6B Y;  3MGW A;  4OWA A;  1LYY A;  4DDC A;  4UWV A;  1VFB C;  4CGE A;  3RT5 X;  1LSB A;  2LYO A;  4HP0 A;  1DQJ C;  4PPO A;  1LHM A;  2RSC A;  1GE2 A;  5AMY A;  4R0F A;  5F9U A;  1IC7 Y;  1C7P A;  1GFH A;  2IFF Y;  4DD3 A;  2BQC A;  3N9A A; 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 1LZ6 A;  2EKS C;  2BQK A;  1BWI A;  1WQM A;  4GLV A;  3HBH A;  3LYT A;  2Y8P A;  3TXE A;  4HJZ A;  1REM A;  4XJF A;  3W6E A;  5L9J A;  1HEO A;  2HTX A;  3QY4 A;  1CJ8 A;  2YBH A;  3A34 A;  5I4W A;  3EO5 A;  1VDS A;  1JKA A;  1YKZ X;  6LYT A;  1LCN A;  4DWX A;  1BWH A;  2N5Z A;  1LSC A;  3RU5 A;  4H90 A;  3WUA A;  4CFO A;  2XJW A;  1J1O Y;  4EMN A;  2DQI Y;  2LHM A;  2YVB A;  1DI3 A;  4XN6 A;  1GF5 A;  1EQ4 A;  2LYM A;  3P68 A;  3TXJ A;  4NWH A;  4C3W A;  1IWW A;  4XEN A;  4GCF A;  3FE0 A;  1LZA A;  4G49 A;  2CWI A;  5DN4 A;  4IJ4 A;  2HED A;  134L A;  1A2Y C;  3W3E A;  2F30 A;  4QDN A;  5KXW A;  1LSD A;  1XGU C;  2DKV A;  4DDA A;  1LJK A;  1AT5 A;  1YKX X;  1XEK A;  1Z55 A;  2ZIK A;  3B0O A;  4NSJ A;  5HLL A;  5I54 A;  1KXX A;  4HV1 A;  1OUI A;  1GF9 A;  1YKY X;  3WYH A;  1LZN A;  5FHW A;  1IO5 A;  1B7M A;  2EPE A;  2HEE A;  1NMM A;  1GEV A;  4RW2 A;  2ZQ4 A;  3AJN A;  1HC0 A;  4HJV A;  1IC4 Y;  2DQE Y;  1FBI X;  4BAP A;  5KXX A;  4Z46 A;  1OQM A;  3IJV A;  1IX0 A;  4E3U A;  2W1M A;  4H94 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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