3C8SA

Contributions of all 20 amino acids at site 96 to the stability and structure of t4 lysozyme
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRECALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Contributions of all 20 amino acids at site 96 to the stability and structure of T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Bacteriophage t4
total genus 58
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2008-02-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3c8sA00
1DYCA 1C6NA 242LA 3DN4A 128LA 4LDLA 1QT7A 1D2WA 1D9WA 1TLAA 1T6HA 3CDTA 200LA 1L95A 3HT6A 1L41A 3RUNA 3DN2A 1XEPA 197LA 156LA 1KY1A 3HUKA 1LGUA 2L78A 216LA 1JTMA 1L96A 3C7YA 1L21A 122LA 1P3NA 1G06A 3CDRA 1DYDA 1L12A 214LA 174LA 1L27A 149LA 4I7JA 169LA 1QTBA 1QTHA 2OE4X 3DN6A 1C6MA 151LA 1L77A 1OVKA 1QSQA 1QUGA 3C83A 112LA 255LA 4LDEA 3GUKA 1OYUA 1K28A 1L04A 4I7MA 3SB7A 2Q9DA 3HU8A 150LA 1OVJA 1L39A 3HTGA 143LA 1P56A 187LA 3G3WA 1L08A 256LA 1PQDA 261LA 223LA 3OE6A 4ARMA 3GUIA 1L16A 4DKLA 3C8QA 239LA 147LA 4W59A 2RH1A 1L56A 4EPIA 247LA 3DKEX 1QS5A 4W57A 2O7AA 196LA 3JR6A 2B74A 166LA 1CX6A 1WTHA 2O79A 4YX7C 1C61A 220LA 1C65A 1CU6A 1D2YA 1L15A 3L2XA 3HWLA 141LA 1L85A 3CDVA 1QSBA 1LYDA 118LA 1L54A 3EMLA 231LA 1L86A 3OE9A 3PDSA 168LA 1L87A 1QT8A 1L0JA 1QTZA 144LA 1C6PA 3SB6A 155LA 3HH6A 213LA 4W56A 1D3NA 1L48A 1L90A 1QUOA 3HH3A 2B6ZA 3VW7A 1CUQA 1LYGA 4K5YA 1G0KA 1NHBA 2RBOA 3HT8A 2B7XA 1CU5A 1L10A 4W52A 3GUPA 113LA 1L45A 258LA 3D4SA 4EKPA 4EKRA 210LA 1L36A 236LA 230LA 2B6YA 188LA 3HUAA 1L98A 3DN0A 1L44A 1CV4A 1L05A 119LA 1PQOA 1LGWA 3HT9A 4I7TA 4PJZA 1OV5A 3SB5A 1CTWA 172LA 4GBRB 4ARMB 4ARJA 182LA 3HUQA 4S0WA 250LA 3C82A 1L89A 3C8SA 251LA 1CVKA 3OE0A 1LWGA 1CV1A 190LA 2B73A 2RBRA 3F8VA 3CDQA 1D3MA 107LA 1L70A 1P6YA 177LA 1C6EA 2OTZX 245LA 109LA 114LA 4I7SA 259LA 2RBQA 2OU8A 1L71A 1LI2A 3L64A 1G0JA 1C60A 1LPYA 3C81A 146LA 1LYJA 3SBBC 1C6AA 1T97A 145LA 1L32A 1L88A 1L66A 158LA 3DN3A 1L59A 192LA 1T8AA 4IAPA 1L46A 1C62A 142LA 1L18A 252LA 1L82A 4EKQA 131LA 1CV3A 1L33A 1L19A 232LA 1L0KA 1L26A 189LA 1L91A 3NY8A 1L50A 3GUMA 1L62A 162LA 1G0GA 1L63A 1L73A 3V2YA 178LA 3GUNA 3NY9A 2F2QA 1C6TA 1CX7A 4W51A 1L42A 170LA 1L13A 4I7NA 1L72A 228LA 1L17A 1CU0A 1L37A 1KW5A 115LA 1LW9A 1QUHA 3C7WA 1DYGA 1C6BA 1C6KA 1L03A 1P46A 1QT5A 2B75A 198LA 2OE9X 186LA 165LA 2Z6BA 3CDOA 1L51A 3DMVA 3HT7A 4I7LA 3PBLA 1G1WA 3GULA 4LDOA 103LA 4EKSA 3OE8A 2F47A 3SBAA 1L38A 148LE 1LI3A 4EXMA 233LA 1P64A 1L06A 3FADA 2O4WA 2QB0B 1QTCA 2HUKA 4W58A 224LA 1L11A 3HH5A 4W55A 1L30A 2RAYX 1L84A 4EPFA 1L99A 1L24A 209LA 1G0LA 1C63A 262LA 1T8FA 1L75A 248LA 212LA 2RBSA 1L23A 1L74A 181LA 1OWZA 1QT6A 4OO9A 238LA 260LA 4ZPUA 111LA 1L49A 205LA 5I14A 3LZMA 1L22A 3ODUA 3HU9A 4W54A 240LA 201LA 4W53A 160LA 1KW7A 1C64A 257LA 140LA 1C6CA 4YXCA 1CV0A 1KY0A 1L20A 1L60A 1L53A 1D3FA 1L69A 2NTHA 1JTNA 2LC9A 1SWYA 1PQKA 1CV5A 3SB9A 1P7SA 3DN8A 108LA 254LA 3UONA 1PQJA 164LA 1G07A 183LA 2Q9EA 2NTGA 1L47A 1C6JA 3HTDA 123LA 1B6IA 176LA 3FI5A 1OV7A 1L65A 3NYAA 6LZMA 3V2WA 2B6TA 222LA 4DJHA 1L97A 1KNIA 2LCBA 253LA 191LA 2ANVA 1C6FA 1L57A 1OVHA 1LYFA 215LA 3SN6R 2RB0X 4EJ4A 4I7OA 4ARQB 1L35A 167LA 1L61A 1QS9A 206LA 2RB2X 3GUOA 129LA 1G0QA 110LA 1L34A 1SWZA 211LA 161LA 1C6LA 137LA 1L55A 3GUJA 2RAZX 1SSWA 234LA 219LA 3DMZA 163LA 218LA 3QAKA 5LZMA 3DN1A 2A4TA 3HDFA 1C66A 237LA 1QT3A 1CUPA 3SB8A 138LA 1L09A 1DYAA 2B70A 185LA 1QTVA 1C69A 1LLHA 1L02A 1CU2A 1LI6A 241LA 159LA 3C80A 4ARPA 152LA 2B6WA 2OEAX 1L80A 1L76A 2HUMA 120LA 4YXAC 127LA 139LA 1L31A 7LZMA 173LA 2F32A 243LA 1L07A 3K2RA 1C6IA 4I7QA 4AQNA 1QTDA 4ARQA 1QT4A 235LA 1ZURA 125LA 1LYEA 1C6HA 1L92A 1D3JA 1L68A 1PQMA 1XJUA 225LA 246LA 1LYIA 126LA 3RZEA 1P2RA 1L28A 195LA 1I6SA 3DMXA 221LA 4ARLA 157LA 199LA 1L58A 2CUUA 180LA 227LA 4LZMA 1OWYA 3HTBA 1LWKA 1JQUA 2RBPA 2HULA 175LA 2OE7X 3G3XA 3HH4A 229LA 4I7PA 1C6QA 1L64A 1G0PA 1P5CA 1C6DA 2QARC 3HDEA 2LZMA 1L43A 1L93A 1L52A 104LA 1EPYA 1C67A 1SX2A 1L00A 1L67A 217LA 102LA 3DNAA 1SSYA 1C68A 2OTYX 1XJTA 1L14A 3G3VA 3C8RA 1G0MA 2B6XA 1G1VA 184LA 1QUDA 4GRVA 1L40A 3FA0A 1CV6A 226LA 4I7KA 1C6GA 1L79A 1L01A 1DYFA 3HTFA 4DAJA 1KS3A 1SX7A 1PQIA 2IGCA 4I7RA 4PK0A 4E97A 1P36A 1DYBA 3F9LA 1ZWNA 244LA 1L94A 1P2LA 2ANXA 2B72A 130LA 1L29A 1ZYTA 3C7ZA 1L25A 249LA 171LA 1P37A 1L81A 1CU3A 2RB1X 1T8GA 1DYEA 2OU9A 1LGXA 1L83A 2RBNA 1LYHA 2OU0X
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1DYCA 3EMSA 1OUEA 1LSYA 1D2WA 1WQMA 1D9WA 1GF4A 1T6HA 5L9JA 3CDTA 3DN2A 1LHMA 4B4JA 3P66A 2D4IA 1XGQC 3HUKA 197LA 2Y8PA 1JTMA 3WPLA 1L96A 4LT3A 1VEDA 122LA 1P3NA 3GXRA 1G06A 1HMKA 4YOPA 1L12A 149LA 2OE4X 1QTHA 3LYOA 1YAPA 1L77A 2BQDA 3C83A 112LA 255LA 1GF6A 4HJVA 3TMVA 2C8OA 2H5ZA 4I7MA 150LA 1LYOA 5B05A 3A95A 3HTGA 1P56A 4FDYA 1NWGA 223LA 1JIYA 4UWVA 3C8QA 239LA 4ETCA 2ZWBA 1VAUA 2RH1A 5LA8A 5LYMA 247LA 2BQFA 5DN5A 1OUIA 4DD1A 3A6CY 1HSXA 4DD3A 4W57A 5KY1A 2O7AA 3A6BY 3JR6A 2O79A 3RT5X 3P65A 3BKVA 1LPIA 1IWUA 1L15A 1IC4Y 3L2XA 4HSFA 3HWLA 1QSBA 3OK0A 1LYDA 5FDJA 3EMLA 1NF5A 231LA 3OE9A 4LYMA 3W6EA 1CKFA 168LA 1B7LA 2BQCA 1L0JA 1LHHA 1UIGA 1DQJC 155LA 3ULRA 3QNGA 1NQIA 1QUOA 1LYGA 4K5YA 4TX7A 2F4GA 1NHBA 4TTDA 3HT8A 2B7XA 2EQLA 4C3WA 1HELA 4EKRA 1L36A 236LA 3WL2A 1IORA 1WVVA 4N9RA 2HEFA 119LA 1JKDA 1HHLA 1J1OY 1IOTA 5KJ9A 5LYTA 4WLDA 5KXLA 2IHLA 182LA 4WM3A 2Z12A 3A94A 3C82A 1L89A 1XEKA 3M18B 5B1FA 4DD2A 4BADA 2B73A 4MSTA 2B5ZA 2RBRA 1KXXA 1LZ1A 1GE1A 1D3MA 3W6FA 2D6BA 1DI4A 1LSPA 3WPKA 1L70A 1P6YA 1C6EA 1FN5A 114LA 2DQJY 2OU8A 1LZYA 4N0JA 4CHXA 1REXA 3TXKA 1LYJA 2GV0A 1L88A 3DN3A 1EL1A 1L59A 192LA 1I56A 2BQIA 2HEDA 3TXBA 4HTKA 2Z19A 2MEEA 1JJ0A 1LZSA 5C6LA 1CV3A 1QIOA 1JITA 4WG7A 1L62A 1HEOA 162LA 4H9BA 4DWXA 1L73A 178LA 1QDRA 1IVMA 2F2QA 1C6TA 5FCPA 4W51A 1ALCA 170LA 3N9EA 1L72A 1KW5A 5T3FA 2MEHA 1UACY 1IY4A 4YEOA 1C6KA 3TXJA 3LYMA 1P46A 1CNSA 1L51A 3PBLA 1XGUC 4EKSA 233LA 4M6DA 134LA 4N1CC 2N5ZA 5KXZA 1D0KA 2HU3A 3CT1A 1YAOA 3HH5A 5ILFA 4W55A 1GXV2 2DBTA 2RAYX 1VDQA 3LYZA 2DQCY 212LA 3P68A 181LA 2H9KA 1JWRA 238LA 1LZNA 260LA 2CDSA 2CWIA 3HU9A 240LA 160LA 1VDPA 140LA 1D0LA 5E4PA 1WQRA 1KY0A 1L20A 2BQNA 1PQKA 1ZVHL 108LA 254LA 4DQ5A 183LA 1W08A 1C6JA 2XQOA 3QE8A 176LA 1LZ8A 3NYAA 1L65A 1LJ4A 3FE0A 1IR8A 4ML7A 253LA 3HBHA 1C6FA 1JUGA 1L57A 1OVHA 4NHTA 3B72A 2FBBA 3CQLA 5I4XA 5F16A 4HTNA 3IWRA 1MLCE 1PZYA 4ANRA 1IP5A 129LA 2G4QA 161LA 1SSWA 4GN5C 219LA 4HJZA 1GFKA 1GF7A 1JKCA 5LZMA 5M1YA 2A4TA 4HPIA 1C66A 237LA 3AGGG 2YBHA 138LA 1DYAA 185LA 5L3HA 4WO6A 5LVHA 1C43A 4FJRA 208LA 2B6WA 1L80A 4B1AA 139LA 3RNXA 4KL7A 1IO5A 4ARQA 235LA 2G4PA 125LA 1JJ3A 1L92A 4KXIA 4WL7A 1HEMA 1LJ3A 225LA 1FKVA 3EO5A 1D6QA 4OWCA 1P2RA 3TXGA 4E3UA 221LA 1FLWA 4GLAA 1L58A 3WYHA 4LYBA 2CUUA 4LZMA 1BWIA 1JQUA 1KIRC 2RBPA 4PGJB 2HULA 3G3XA 3HH4A 1C6QA 1L64A 1LZBA 1P5CA 1YL0X 1DZBX 4HTQA 2IFFY 1C67A 1LMQA 1SX2A 102LA 3SP3A 2OTYX 1XJTA 3G3VA 1GB5A 1G1VA 3E3DA 1QUDA 1IY3A 1OUFA 4I7KA 2YBNA 1L01A 1DYFA 4I7RA 4H8ZA 1JTOL 244LA 1L94A 3P64A 130LA 1AM7A 1NDMC 3TXFA 4LYZA 3RZ4A 5APDA 1OQMA 2W1YA 5FEKA 1T8GA 1YANA 3AW6A 2BAAA 4N1EI 1LGXA 1L83A 4ZEEA 3ZVQB 1BHZA 1ZVYB 1GBXA 1WQPA 1LHIA 1UA6Y 242LA 3LHMA 4LDLA 1QT7A 2ZIJA 200LA 1UICA 3EBAB 1T6VL 1HF4A 156LA 1KY1A 216LA 1C45A 1BB7A 1L27A 3B0OA 2NWDX 1QTBA 3K3TA 1IOCA 1C6MA 1EQ4A 151LA 4NEBA 1QUGA 1K28A 2HECA 4WOAA 2G4NA 1L39A 1D0MA 256LA 1LSEA 1YKZX 3OE6A 1WTMA 3GUIA 1LKSA 3QY4A 1GB0A 1BB3A 5JENB 2LZ2A 3WUNA 4EPIA 3CT0A 3N9CA 3DKEX 196LA 1HEPA 4HV2A 1CX6A 1Z55A 1C61A 1KXYA 1C65A 3A92A 1CJ9A 1L54A 4P2EA 1IR7A 1L86A 4NSHA 1IP6A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1DYC A;  3EMS A;  1OUE A;  1LSY A;  1D2W A;  1WQM A;  1D9W A;  1GF4 A;  1T6H A;  5L9J A;  3CDT A;  3DN2 A;  1LHM A;  4B4J A;  3P66 A;  2D4I A;  1XGQ C;  3HUK A;  197L A;  2Y8P A;  1JTM A;  3WPL A;  1L96 A;  4LT3 A;  1VED A;  122L A;  1P3N A;  3GXR A;  1G06 A;  1HMK A;  4YOP A;  1L12 A;  149L A;  2OE4 X;  1QTH A;  3LYO A;  1YAP A;  1L77 A;  2BQD A;  3C83 A;  112L A;  255L A;  1GF6 A;  4HJV A;  3TMV A;  2C8O A;  2H5Z A;  4I7M A;  150L A;  1LYO A;  5B05 A;  3A95 A;  3HTG A;  1P56 A;  4FDY A;  1NWG A;  223L A;  1JIY A;  4UWV A;  3C8Q A;  239L A;  4ETC A;  2ZWB A;  1VAU A;  2RH1 A;  5LA8 A;  5LYM A;  247L A;  2BQF A;  5DN5 A;  1OUI A;  4DD1 A;  3A6C Y;  1HSX A;  4DD3 A;  4W57 A;  5KY1 A;  2O7A A;  3A6B Y;  3JR6 A;  2O79 A;  3RT5 X;  3P65 A;  3BKV A;  1LPI A;  1IWU A;  1L15 A;  1IC4 Y;  3L2X A;  4HSF A;  3HWL A;  1QSB A;  3OK0 A;  1LYD A;  5FDJ A;  3EML A;  1NF5 A;  231L A;  3OE9 A;  4LYM A;  3W6E A;  1CKF A;  168L A;  1B7L A;  2BQC A;  1L0J A;  1LHH A;  1UIG A;  1DQJ C;  155L A;  3ULR A;  3QNG A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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