4NGOA

Previously de-ionized hew lysozyme batch crystallized in 1.0 m cocl2
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
publication title Weak protein-cationic co-ion interactions addressed by X-ray crystallography and mass spectrometry.
pubmed doi rcsb
total genus 52
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2013-11-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4ngoA00
2IFFY 1CKGA 5LVKA 3TXFA 1LYOA 1UIAA 1BWHA 2CDSA 4NSJA 1FDLY 1OP9B 1IOCA 1C7PA 3AGGG 3KAMA 4J0LA 1WQNA 1LZGA 2D4IA 4RW2A 1LZBA 4X3BA 1BVKC 1GE0A 1WTNA 3P68A 2G4QA 3B72A 1OUHA 4RLMA 4N1EI 1IP6A 2W1YA 1O23A 1HFXA 3D3DA 2BAAA 1JTTL 4NSGA 1JWRA 4AGAA 1WVVA 4LT3A 1JJ3A 4ZEEA 3K3TA 3WPLA 1IP2A 4WLDA 2G4NA 2LZ2A 1V7SA 4LFXA 1JKCA 1A4VA 1AZFA 1IVMA 5HMVA 2Z38A 1UIBA 1DKJA 1G7MC 4B49A 4TX7A 1D0MA 1GEVA 4WOAA 1HC0A 4WM3A 1BVXA 1GF4A 5LA8A 1IO5A 2BQJA 1VDTA 4NFVA 2Q0MX 2I25L 4MCKA 1AT6A 4NGIA 1GFUA 3WL2A 4H93A 4LZTA 1B7NA 3WPJA 1UIEA 4LT0A 4NWEA 2BQCA 2Z19A 1BHZA 1UIHA 1YKXX 4BS7A 1B5WA 1JEFA 1LCNA 2Y8PA 4N8ZA 4H9FA 5HNCA 1BGIA 4HPEA 1AM7A 3N9CA 3TXIA 1LZYA 1HSXA 5L3HA 1GD6A 3CB7A 1GE1A 1IP7A 4IJ4A 1TDYA 4NGJA 4UWNA 1LZ8A 4WLTA 4LYMA 4H9HA 1GFKA 2ZYCA 5E4PA 2BQHA 2LYZA 1GB2A 1YROA 1RJCB 5F9UA 1UC0A 1LMAA 3WMKA 1B7LA 3WUAA 4H9BA 4XN6A 4DD7A 2A7FA 4XJIA 2ZQ3A 1YKYX 5D5CA 4G4BA 4B4EA 1LHMA 1DXJA 1FLWA 1B5YA 1NDGC 4HPIA 3RZ4A 1C08C 3CSZA 1LHKA 4H1PA 4RW1A 5I4WA 1LHLA 1D9UA 2MEAA 3P4ZA 1EQ4A 5F81A 1DI4A 1DQJC 1KXYA 3G3AB 4HJVA 4LT2A 4NIJA 4NHIA 5FEKA 3A95A 3BKHA 3T6UA 5K7OA 3AZ4A 2BLXA 5IELA 4XJBA 5T3FA 5LYMA 2BQGA 1CJ8A 2DQHY 3EBAB 4H9EA 3LZ2A 4HSFA 1BB4A 1SQ2L 1J1PY 4NSHA 4OWBA 1GDXA 5J7CA 1IY3A 2H9KA 1B7PA 5KXNA 2DQIY 4OOTA 4H8YA 1AKIA 208LA 3W6EA 4HV1A 4B4JA 1HFYA 1JSFA 4LYZA 2LHMA 1LZCA 5EBHA 4XJGA 1VDQA 1LZ9A 1LZ4A 1IR7A 2LYOA 4TSBA 1DPXA 1CKCA 2ZIJA 153LA 1YKZX 4CFOA 5KXTA 2MEFA 1MLCE 1UACY 4XENA 2W1LA 4RLNA 5II3A 2EPEA 1DKKA 4PRUA 4M4OA 2HEDA 1GBYA 1FN5A 3ZEKA 2Z37A 1RFPA 1OUGA 2CJLA 1BWIA 5IHGA 1IC5Y 3AZ6A 3BKVA 1HEMA 2YBJA 4G4HA 4HJZA 4KXIA 3TXEA 1IIZA 2F4AA 1B7SA 1C10A 4BAFA 4OWAA 4M6DA 1QTEA 5LINA 1LJEA 1OUAA 3VWOA 2HU1A 4AXTA 7LYZA 1LZNA 2BPUA 2F2NA 3WH1A 1JUGA 1GBWA 1QDRA 1ZMYL 1KIRC 3ZVQA 1OUFA 1D0KA 4WG1A 1LZSA 2FYCA 4KPMA 1IEEA 1XGUC 5E9RA 1LOZA 1IC7Y 2BQNA 4IATA 5KKJA 5KY1A 1JKDA 3AYQA 1LJJA 4J1BA 4GLAA 1JISA 132LA 1IP4A 2GV0A 4ETBA 1YILA 2Z18A 1AT5A 1IX0A 1GB7A 2HEBA 1HELA 1REYA 4XJFA 1I20A 4DD2A 1KXWA 5DN4A 4NGYA 4ETCA 1IOSA 1UCOA 1GB6A 2X0AA 3CT5A 3MGWA 4UWVA 1YAPA 4WMGA 5FDJA 1LYYA 4GCDA 4LYCA 4KT3A 2ZWBA 4NY5A 1OQMA 3M18B 1UUZC 1KIQC 3A8ZA 1C43A 1INUA 4PJ2C 1IOTA 1J1XY 1LJ3A 1I56A 2ZYPA 3ATOA 4FDYA 4NGLA 1CJ9A 1B0DA 5KXMA 3P64A 1D6PA 3M3UA 1GF6A 2F4GA 4R0FA 1BB5A 1HEPA 4LGKA 4DC4A 4XADA 1GBSA 4W96A 5LYTA 1GBXA 1YANA 4H91A 5APDA 3ULRA 3ZVQB 3RU5A 1GXV2 1YQVY 5D5FA 1A2YC 1VATA 1YL1X 1B7QA 5B59A 2FBDA 2F30A 5HMJA 5KXKA 1C46A 1HNLA 1V7TA 5I5QA 6LYTA 6LYZA 4UWUA 4OWEA 4PRQA 3TXBA 4C5FA 1DI3A 135LA 207LA 4LFPA 4N0JA 1FKVA 2HEEA 1GWDA 3J6KA 4H9AA 3A67Y 1JTPL 1XGRC 1LSMA 1CJ7A 2D6BA 2DBTA 5HNLA 1LSNA 1B7MA 1EQEA 1LZTA 1LYZA 2MEEA 1LSPA 1XFPL 2YBNA 1LSYA 2HU3A 1HF4A 1QQYA 3AGHA 4NG8A 3WVXA 3OJPA 2D91A 2N5ZA 4OW1A 3E3DA 1VDSA 1LMTA 3TMUA 1HSWA 3HBDA 4LYBA 1GF0A 1CKDA 2MECA 2EQLA 1OUDA 2RSCA 3W6BA 3IJUA 1IOQA 1JHLA 4H9CA 3LHMA 5KXYA 5F16A 1LMCA 1IY4A 1LZDA 2BQOA 3A6BY 1LJKA 1F6SA 1VDPA 4EOFA 1CKFA 4OWCA 2I6ZA 4WL7A 3WW6A 2ZQ4A 5LVHA 2YDGA 4B1AA 1RCMA 1IWXA 1LJGA 1NKHA 1IP5A 1HHLA 2MEHA 1LKRA 4EMNA 4DD3A 1G7LC 1BB7A 5FCPA 1HENA 3CT1A 2HUBA 4II8A 1IWYA 4DDBA 3TXHA 5HQ1A 1YAQA 2Z39A 1CJ6A 4H8XA 1HERA 2W1MA 4NGZA 4IASA 4LYOA 1DPWA 4NWHA 4NHSA 4E3UA 1VAUA 2DQDY 4HTQA 4J1AA 5LA5A 1BB3A 3WW5A 3A3RX 1B5VA 2ZIKA 4GN5C 2H5ZA 1LSDA 5APEA 1WTMA 3CT0A 1Z55A 5LAFA 5KJ9A 4N9RA 1UBZA 4H8ZA 1B7RA 2DQFC 4ETDA 1E8LA 4A7DA 1IWWA 2CGIA 4TTDA 1IWZA 5KXWA 4ETAA 1NDMC 2C8PA 5LAGA 4N1CC 1BQLY 2BQLA 2Z12A 4I0CA 3LYTA 1GF5A 4TWSA 2D4KA 1DI5A 4B0DA 5APFA 3B0IA 4TUNA 2EIZC 1OUJA 5DN5A 3AZ7A 2YVBA 3IJVA 4ETEA 5I54A 4CGEA 4ML7A 3QY4A 1B2KA 1CKHA 4YF2A 4NHQA 1F6RA 4H94A 1LSFA 1QUTA 2ZNWY 3EO5A 1CNSA 2Z2EA 1ALCA 5I53A 3A6CY 1RI8B 4WO9A 3WXUA 3WXTA 1GFVA 4HTNA 1YAOA 1LZ1A 5B06A 4XJDA 5KXSA 3W6FA 2BQMA 3A92A 3QE8A 3TMVA 1LMPA 2XBRA 1VEDA 1BB6A 1LZAA 2AUBA 4ANRA 3AW7A 3GXRA 1F0WA 4WLXA 5F9XA 2BLYA 1IWVA 1UICA 3B6LA 3WPKA 3WYHA 1GB8A 4PHIA 5LIOA 1TBYA 3SP3A 1IP3A 1D6QA 2LZTA 4HJYA 4DDCA 5LXWA 1LJIA 2DQEY 3WU9A 4XYYA 2IHLA 1GAZA 1VFBC 3TMWA 3TXKA 4RDSA 4WM2A 4Z41A 5LVIA 2G4PA 3WU8A 3P66A 3W6AA 1GFGA 1XGPC 1P2CC 1GF8A 2BQIA 1REZA 4GLVA 1H87A 2HECA 1FKQA 4GCCA 1WQOA 4G49A 4TSCA 4U3XB 3WUNA 4CFPA 1LZEA 1HEWA 4QDNA 2YBMA 4QGZA 5ILCA 1JJ1A 3RT5X 4BADA 1LYSA 8LYZA 1FLYA 3GXKA 1GFHA 1NF5A 2YBLA 1LSZA 3RNXA 4R6CA 1JITA 1QTKA 1G7JC 1YIKA 2MEBA 1NBYC 1LZ5A 1LJNA 2BQDA 2CWIA 1REMA 3A96A 3P65A 3WU7A 1NBZC 1GEZA 4N5RA 1XSFA 1LMQA 4J7VA 2H9JA 1IR8A 1GB9A 1PZYA 2LYMA 3WULA 1JSEA 1H6MA 4HP0A 2ZILA 4MR1A 3TXGA 1JPOA 1YAMA 1EQ5A 1QUSA 1IWTA 3OK0A 4YOPA 3EXDA 4DDAA 4WM5A 4NGOA 2D4JA 5B1FA 4KL7A 1HMKA 1XEKA 1DZBX 4WM1A 1GFTA 1UIFA 1WQQA 4YEOA 4QY9A 1NHEA 2HTXA 3N9AA 1LPIA 3F6ZA 3A91A 2XJWA 2Z2FA 3WVYA 5F14A 4MSTA 5FSTA 1G7HC 1TAYA 1PS5A 4NSIA 5C6JA 1HEOA 5LVGA 2BQAA 3IWRA 1JTOL 2MEDA 3CSRA 1YL0X 3CQLA 1IC4Y 1WQRA 2EKSC 1GFRA 3EMSA 4WL6A 3D9AC 1TEWA 3FI7A 1GBOA 1LJ4A 4GCFA 4W94A 1HEQA 2WARA 2A7DA 1XGTC 5A3EA 1GBZA 1GPQC 5KXPA 1FLUA 1OUBA 1GFJA 1LSCA 4DYGA 4LT1A 4NGWA 4YENA 1HFZA 4ZFPA 2BQKA 1LAAA 5KXXA 1SLYA 4NG1A 1UA6Y 5JENB 2FYDA 2MEIA 3WUMA 1LJHA 5KXLA 5IDDA 4WLYA 5FHWA 154LA 4Z3MA 2XBSA 5I4YA 4GN4A 4GCEA 2C8OA 4GN3A 1IP1A 1QSWA 4FJRA 4DD1A 1LZ6A 5FELA 3A34A 4YM8A 1GF9A 1REXA 1UIGA 2BQBA 4P2EA 3AW6A 5LYZA 4G9SA 4BAPA 1GHLA 1ZVYB 2B5ZA 2I26L 3AZ5A 1D0LA 1JKBA 1XGQC 4NHTA 2YBHA 4OOOA 1OUCA 4ET8A 5I4XA 1LSEA 1FBIX 3LYZA 1IORA 1WQMA 4NGVA 1NQIA 4WM4A 1FLQA 5APCA 1JJ0A 1W08A 1B9OA 1HMLA 1NWGA 4Z98A 3W6DA 1QIOA 1LHJA 1KIPC 4GCBA 5L9JA 5KXZA 1BWJA 1LSAA 1JIYA 4ET9A 1XEJA 134LA 1GB3A 2YBIA 1GAYA 1GF7A 2HEAA 4LYTA 5DM9A 3B0OA 4OWHA 1T3PA 3A93A 3W6CA 5ILFA 4PGJB 1GF3A 4C3WA 1W6ZA 9LYZA 1F10A 2BQFA 1WQPA 2NWDX 4H9IA 4NEBA 4CJ2A 2XTHA 1ZVHL 3LYMA 5KXOA 3ATNA 3AJNA 1LZRA 3J4GA 4B4IA 4WG7A 1WVUA 2DQGY 133LA 4NGKA 1UIDA 5DL9A 1C45A 3LZTA 1GE3A 3QNGA 2BQEA 5AMYA 5A3ZA 4L41A 2DQAA 4NHPA 1KXXA 4HTKA 4DD9A 4H92A 1GDWA 1RE2A 1I1ZA 3AB6A 1T6VL 3TXDA 1GB0A 1XEIA 1LHHA 4D9ZA 1LMOA 5HLLA 1B5XA 2DKVA 4QEQA 3AGIA 1EL1A 4WM6A 3TXJA 1LJFA 3TMXA 5C6LA 5LVJA 3HFMY 3FE0A 2DQCY 5B05A 1MELL 4DWXA 1LMNA 2FBBA 5B1GA 4YEMA 193LA 5C6IA 2YSSC 1LSGA 4WO6A 1NMMA 4PPOA 1GB5A 2W1XA 1QDTA 3RW8A 4H90A 5B07A 1GE4A 2ZNXY 5M1YA 3A94A 1QSAA 2PC2A 1B5ZA 1OUIA 3T36A 1IR9A 1GFEA 3LN2A 1G7IC 5KXRA 4CHXA 2DQJY 4ZIXA 1OUEA 4G4CA 4O34A 3G3BB 4DT3A 1LSBA 5DLAA 1LKSA 1ZV5L 4HV2A 4XJHA 3A90A 2HEFA 4DD0A 1LTMA 5KKIA 3B0KA 2MEGA 4I8SA 1GE2A 5L3IA 194LA 3HBEX 1B5UA 3A3QA 4Z46A 3W3EA 1N4FA 3HBHA 1IWUA 2VB1A 3N9EA 3LYOA 1JKAA 1TCYA 1B7OA 1LHIA 3CSQA 1GXXA 1J1OY 1GFAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L99A 1QSQA 1UIAA 1FDLY 1OP9B 216LA 1WTNA 3P68A 1OUHA 4RLMA 1O23A 1QT5A 1SWYA 4LT3A 4ZEEA 3K3TA 4W55A 3WPLA 2HULA 2LZ2A 4LFXA 1A4VA 1G7MC 2L78A 1D0MA 1GEVA 3C7ZA 4WOAA 1HC0A 5LA8A 2BQJA 4NFVA 2Q0MX 2I25L 1CV6A 1GFUA 1QT7A 4H93A 4LZTA 155LA 4NWEA 3CDTA 1UIHA 1LCNA 2Y8PA 138LA 5HNCA 1BGIA 4NGJA 249LA 4LYMA 1GFKA 259LA 3CDOA 1B7LA 2A7FA 185LA 4B4EA 1B5YA 3CSZA 4H1PA 187LA 5I4WA 1EQ4A 1KXYA 4LT2A 4NHIA 5K7OA 173LA 4I7MA 5LYMA 1QT6A 4HSFA 1DYAA 4H9EA 3LZ2A 1SQ2L 4PJZA 1GDXA 1IY3A 1G1VA 218LA 1DYEA 1C65A 1KW5A 2LHMA 5EBHA 1VDQA 1IR7A 1CKCA 1L40A 1YKZX 139LA 1L05A 2MEFA 1UACY 4M4OA 237LA 2Z37A 5IHGA 1IIZA 1C10A 4OWAA 3VWOA 7LYZA 2BPUA 2RAZX 3D4SA 1ZMYL 3ZVQA 4GLAA 1L55A 1L56A 1AT5A 1L02A 2RAYX 161LA 169LA 3CT5A 3MGWA 1YAPA 4GCDA 1QTDA 1L66A 1INUA 1J1XY 1L53A 2A4TA 1I56A 2ZYPA 1L97A 2OEAX 4EXMA 4LGKA 1C6DA 4W96A 5LYTA 3ULRA 4GBRB 1YL1X 255LA 1B7QA 1LGXA 168LA 150LA 5I5QA 3C7WA 1DI3A 4EKRA 1GWDA 3J6KA 3A67Y 1CJ7A 2D6BA 1B7MA 131LA 1C68A 4E97A 3HUAA 3OJPA 1P3NA 4OW1A 1LMTA 4LDLA 3HBDA 163LA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2IFF Y;  1CKG A;  5LVK A;  3TXF A;  1LYO A;  1UIA A;  1BWH A;  2CDS A;  4NSJ A;  1FDL Y;  1OP9 B;  1IOC A;  1C7P A;  3AGG G;  3KAM A;  4J0L A;  1WQN A;  1LZG A;  2D4I A;  4RW2 A;  1LZB A;  4X3B A;  1BVK C;  1GE0 A;  1WTN A;  3P68 A;  2G4Q A;  3B72 A;  1OUH A;  4RLM A;  4N1E I;  1IP6 A;  2W1Y A;  1O23 A;  1HFX A;  3D3D A;  2BAA A;  1JTT L;  4NSG A;  1JWR A;  4AGA A;  1WVV A;  4LT3 A;  1JJ3 A;  4ZEE A;  3K3T A;  3WPL A;  1IP2 A;  4WLD A;  2G4N A;  2LZ2 A;  1V7S A;  4LFX A;  1JKC A;  1A4V A;  1AZF A;  1IVM A;  5HMV A;  2Z38 A;  1UIB A;  1DKJ A;  1G7M C;  4B49 A;  4TX7 A;  1D0M A;  1GEV A;  4WOA A;  1HC0 A;  4WM3 A;  1BVX A;  1GF4 A;  5LA8 A;  1IO5 A;  2BQJ A;  1VDT A;  4NFV A;  2Q0M X;  2I25 L;  4MCK A;  1AT6 A;  4NGI A;  1GFU A;  3WL2 A;  4H93 A;  4LZT A;  1B7N A;  3WPJ A;  1UIE A;  4LT0 A;  4NWE A;  2BQC A;  2Z19 A;  1BHZ A;  1UIH A;  1YKX X;  4BS7 A;  1B5W A;  1JEF A;  1LCN A;  2Y8P A;  4N8Z A;  4H9F A;  5HNC A;  1BGI A;  4HPE A;  1AM7 A;  3N9C A;  3TXI A;  1LZY A;  1HSX A;  5L3H A;  1GD6 A; 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 1HEQ A;  2WAR A;  2A7D A;  1XGT C;  5A3E A;  1GBZ A;  1GPQ C;  5KXP A;  1FLU A;  1OUB A;  1GFJ A;  1LSC A;  4DYG A;  4LT1 A;  4NGW A;  4YEN A;  1HFZ A;  4ZFP A;  2BQK A;  1LAA A;  5KXX A;  1SLY A;  4NG1 A;  1UA6 Y;  5JEN B;  2FYD A;  2MEI A;  3WUM A;  1LJH A;  5KXL A;  5IDD A;  4WLY A;  5FHW A;  154L A;  4Z3M A;  2XBS A;  5I4Y A;  4GN4 A;  4GCE A;  2C8O A;  4GN3 A;  1IP1 A;  1QSW A;  4FJR A;  4DD1 A;  1LZ6 A;  5FEL A;  3A34 A;  4YM8 A;  1GF9 A;  1REX A;  1UIG A;  2BQB A;  4P2E A;  3AW6 A;  5LYZ A;  4G9S A;  4BAP A;  1GHL A;  1ZVY B;  2B5Z A;  2I26 L;  3AZ5 A;  1D0L A;  1JKB A;  1XGQ C;  4NHT A;  2YBH A;  4OOO A;  1OUC A;  4ET8 A;  5I4X A;  1LSE A;  1FBI X;  3LYZ A;  1IOR A;  1WQM A;  4NGV A;  1NQI A;  4WM4 A;  1FLQ A;  5APC A;  1JJ0 A;  1W08 A;  1B9O A;  1HML A;  1NWG A;  4Z98 A;  3W6D A;  1QIO A;  1LHJ A;  1KIP C;  4GCB A;  5L9J A;  5KXZ A;  1BWJ A;  1LSA A;  1JIY A;  4ET9 A;  1XEJ A;  134L A;  1GB3 A;  2YBI A;  1GAY A;  1GF7 A;  2HEA A;  4LYT A;  5DM9 A;  3B0O A;  4OWH A;  1T3P A;  3A93 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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