4WO9A

Lysozyme post-surface acoustic waves
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
publication title Precise Manipulation and Patterning of Protein Crystals for Macromolecular Crystallography Using Surface Acoustic Waves.
pubmed doi rcsb
source organism Gallus gallus
total genus 47
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2014-10-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4wo9A00
4WLTA 1TCYA 2ZQ4A 4WM1A 3OK0A 4YENA 2BQKA 3LHMA 1D9UA 3WVXA 4C5FA 3RW8A 4E3UA 5J7CA 3P66A 4OWHA 1D6QA 4WM4A 4IASA 4J1AA 1JISA 4LT3A 1JTPL 1FLWA 4G4BA 1OQMA 2XJWA 1YL0X 1UIAA 1B7OA 3W6FA 1JIYA 1LSFA 3CT5A 2YBNA 3ATNA 1OUBA 4C3WA 1HC0A 1GF7A 1DPXA 1FBIX 1UA6Y 4PJ2C 1LJFA 1NHEA 3CT1A 4LZTA 5E4PA 1LZDA 1A2YC 1YAQA 4DD0A 4DT3A 4N8ZA 1N4FA 1B2KA 5FSTA 5LVKA 2BQAA 1UIFA 4B49A 1GEZA 1QSAA 4PRUA 5I4XA 2LZTA 3LZTA 4NSJA 1IY4A 4YOPA 1CJ7A 1DPWA 1JTOL 5KXWA 1JEFA 1QSWA 1DI5A 2YSSC 4HJVA 3IJVA 3RNXA 5FDJA 1IWVA 4XJFA 4LFXA 3TMXA 1BHZA 1REZA 1D0MA 3TXDA 4TX7A 1LZYA 2W1LA 3A3QA 3QY4A 4UWVA 5LAFA 1LHMA 1HEOA 2IFFY 3N9AA 1REYA 4L41A 5KXRA 1BB7A 1Z55A 2YBLA 1B7RA 2Z2EA 1EQEA 1LYOA 4GCFA 1EL1A 2PC2A 3P64A 2X0AA 153LA 4LFPA 1LMOA 1G7MC 4H91A 1WQPA 4WL7A 4NHSA 4GN4A 3FI7A 4DD7A 1UICA 5LYTA 1LZTA 4LYBA 1XEIA 3W6EA 2C8PA 1LZBA 1GE4A 1YKZX 3WMKA 5KXZA 4R6CA 3A91A 3AZ6A 1IP5A 3EMSA 3LYOA 4N0JA 1GBWA 3WW5A 4XN6A 1IC4Y 3WUMA 2BQNA 2LYZA 3RT5X 1B9OA 1A4VA 1IC7Y 3A6BY 1GB6A 1F6RA 1WTMA 1GFEA 3QNGA 1DXJA 4RW2A 5A3EA 1LSMA 1CKGA 5LVJA 1RE2A 1J1PY 1I56A 1SQ2L 1WQMA 4TUNA 3WVYA 1GFHA 1IR8A 4NG1A 2NWDX 2LHMA 1ZVYB 4DD2A 4WLXA 4MR1A 1YILA 2YVBA 1GXXA 3TXJA 4R0FA 4ETDA 1J1OY 3LYTA 1HHLA 5AMYA 1B5XA 1D0LA 5KXYA 1B5YA 1LJIA 2YBHA 1IOCA 1HF4A 2BPUA 3CT0A 5B1GA 3A34A 1YL1X 4N5RA 3ZEKA 1QTEA 2MECA 4MCKA 1GB8A 1HEPA 2DQIY 1LJ3A 1OUDA 1LSCA 3ATOA 2B5ZA 4NHTA 3TXKA 4HTNA 4I8SA 3AW6A 1WVUA 1NMMA 2DQAA 5KXLA 3M3UA 5B05A 2BLXA 4J7VA 4ETBA 1H6MA 1ALCA 4QDNA 4PHIA 5APEA 1GXV2 5KXMA 193LA 1LJEA 4NGLA 4PGJB 1UIGA 1BVKC 2BQGA 1VAUA 5E9RA 1UCOA 5B06A 1OUIA 4H9EA 4NSIA 3W6CA 5APFA 1I20A 5HNCA 5FELA 1OUAA 4MSTA 2BQFA 1C43A 4LYZA 3WPJA 3LYZA 5LVGA 1IOQA 1JKDA 1B7MA 4P2EA 4FJRA 4TWSA 1GAYA 4NGKA 5LXWA 3WYHA 1GF0A 4GCDA 1GE1A 2N5ZA 1IP7A 1NBZC 1HFYA 2MEFA 2FBBA 1BVXA 1NDMC 4WG1A 4B4JA 1C10A 2D4JA 4M6DA 2ZYCA 1GB3A 3AB6A 4DC4A 1LZEA 1HMLA 1AT5A 1LMAA 3CB7A 5A3ZA 3CQLA 5ILCA 3VWOA 4H90A 4GN3A 4WOAA 1HEWA 1LMPA 3D3DA 5DM9A 3WUAA 3HBHA 1CJ6A 4WMGA 5L3HA 1BWHA 2HEBA 4DYGA 1CKCA 1GBSA 1QUTA 3D9AC 1HENA 1LMQA 1LZAA 3AZ5A 5LA8A 3EBAB 1NKHA 1LHIA 2F2NA 1REMA 1IWXA 1WQOA 2YDGA 4XJGA 1NDGC 4RDSA 1LZGA 3IJUA 5KKIA 2Z2FA 1P2CC 1G7HC 4H9AA 3T36A 4Z3MA 1ZMYL 1JJ3A 1JJ1A 2ZWBA 1FLQA 4OWBA 4B4EA 4BADA 4ZFPA 5DL9A 2Z19A 1UBZA 1HFZA 4FDYA 1B5UA 3ZVQB 5FEKA 1WQQA 4LYOA 2MEIA 154LA 1HMKA 4BS7A 133LA 2DBTA 2G4QA 4LYMA 1JPOA 5LYMA 1IWTA 1IEEA 3LYMA 4HJZA 5KXTA 1HELA 1DI3A 2BQMA 2BQHA 4NGIA 3TMUA 4IJ4A 1I1ZA 2VB1A 5I53A 4YF2A 1YAMA 5D5CA 2CWIA 1LSAA 2MEGA 2F4GA 3TXHA 5APDA 5JENB 1FN5A 1YAOA 4W94A 3WULA 1GF5A 3A92A 5FCPA 1OUCA 1UACY 2EKSC 5D5FA 3W3EA 4LT1A 4HTKA 3G3BB 1LPIA 4H1PA 5B1FA 1HSWA 4ZIXA 1VDQA 4H8XA 135LA 2Z38A 1RCMA 3AJNA 1UC0A 3B0IA 4Z98A 3ZVQA 1IP4A 3AW7A 1LJJA 1T6VL 2DQDY 2MEAA 1JKBA 3CSQA 1G7IC 4WLYA 3WUNA 4DWXA 4RLMA 5KXNA 4NHPA 1RI8B 3W6DA 1KIPC 4BAFA 2D6BA 1KXYA 1PS5A 1UIHA 5F9XA 1LJHA 2HUBA 4PRQA 1LYZA 2Q0MX 4NHQA 5I54A 4CJ2A 2CDSA 1DZBX 2BQOA 3HFMY 1GHLA 4HPIA 1GE3A 3B0KA 1GFGA 1DKKA 4LYCA 5FHWA 1IWUA 1GBZA 1LZCA 2I26L 4QGZA 3A93A 3TMVA 1LHHA 1FDLY 5C6JA 4NHIA 1LHLA 3B72A 1UIEA 1XEKA 4NWEA 1IWZA 4LYTA 1RJCB 2Z37A 4YEOA 5F16A 4G4CA 3WXUA 3WXTA 1JHLA 4M4OA 1GDWA 1VDTA 4G4HA 2G4PA 4QEQA 3ULRA 1IP2A 1GBOA 1BWJA 5HMJA 2HECA 2BQLA 3GXKA 1LYYA 1ZVHL 3B6LA 1B7PA 1W08A 2XBRA 2ZILA 2H5ZA 1IIZA 3BKHA 1QIOA 1GF6A 5LVIA 4WM5A 3CSZA 2MEHA 1XGQC 1LMTA 1WTNA 1VDSA 5I4YA 134LA 2DQHY 1FLUA 2HEEA 1LMCA 1LKSA 1YKXX 4GLAA 4ANRA 1QTKA 1LSGA 2YBMA 2DQJY 4ET8A 1DKJA 1IR7A 1LJKA 5I4WA 1YKYX 5C6LA 4HJYA 7LYZA 3F6ZA 3FE0A 4NGJA 1WVVA 4PPOA 1B5WA 1LZSA 4NGYA 1AZFA 1F0WA 2GV0A 4H8ZA 4UWNA 2HTXA 4GN5C 1E8LA 2BQCA 1GF8A 1LZ4A 4KL7A 1LSYA 1HEMA 1LSPA 1J1XY 2LYMA 4HTQA 2ZNWY 3AGGG 1IP3A 1XEJA 1F10A 2DQCY 1LZRA 3RZ4A 3A6CY 1WQNA 3E3DA 3HBEX 3K3TA 4QY9A 2EQLA 3WL2A 1KXWA 5LA5A 1CNSA 2EPEA 2Z18A 3P68A 3QE8A 4NIJA 3TXIA 4EOFA 4Z46A 1RFPA 2W1XA 4XADA 5M1YA 1IOSA 2ZQ3A 4AXTA 1D0KA 1GFJA 194LA 2D4IA 5DLAA 5KXSA 1LHKA 4DD3A 1IOTA 1T3PA 1LSZA 1B0DA 1TEWA 1OUJA 2Y8PA 1XGTC 4HPEA 5K7OA 2ZIJA 5HLLA 1W6ZA 2EIZC 3AGIA 4J1BA 1B5VA 4NY5A 1CJ9A 1HEQA 2BQJA 4RLNA 2HU3A 4H94A 3BKVA 1EQ5A 1GD6A 1BQLY 3W6BA 4H9FA 1IORA 1VATA 3A90A 3W6AA 1IVMA 1MELL 2MEEA 2FBDA 5B59A 1BWIA 8LYZA 1G7JC 1VDPA 1OUHA 5I5QA 4WM2A 3CSRA 2Z39A 4EMNA 1DI4A 4XJBA 1GE2A 1HFXA 1YAPA 2D91A 3WW6A 1GB9A 4KT3A 3KAMA 2F30A 3TXGA 5C6IA 5DN5A 4DD9A 1LOZA 3A94A 1LSDA 1IX0A 1TBYA 4IATA 4H93A 1XGUC 1B5ZA 2D4KA 1B7LA 1LCNA 3TXEA 4B1AA 1SLYA 5KY1A 1CJ8A 1GB0A 1LSEA 1IP6A 3MGWA 3WPLA 2BQIA 2DQFC 5LAGA 1JSFA 3TXFA 5T3FA 3A96A 1YANA 4J0LA 1AKIA 4OW1A 2MEDA 3LN2A 4NG8A 3J4GA 4G9SA 4OWAA 2LZ2A 4OWEA 5KJ9A 2HEAA 2BQEA 4HSFA 4LT2A 5APCA 5DN4A 1LZ8A 5LINA 5KXKA 1LJGA 1TDYA 1IR9A 2BQDA 5KKJA 1OP9B 3LZ2A 4H9HA 6LYZA 1IP1A 1GBXA 132LA 4BAPA 4TSBA 1LZ1A 1BB3A 4XJIA 4XENA 3EO5A 2A7FA 1BB4A 1BGIA 4RW1A 3M18B 1B7SA 3EXDA 4NGWA 2Z12A 3WU9A 3AZ7A 4U3XB 5LIOA 3WU7A 3SP3A 1FKVA 4WLDA 4TTDA 1IO5A 1KXXA 2MEBA 4CFPA 4N9RA 4WO6A 5KXPA 1GFKA 4LGKA 2ZIKA 5IELA 5KXOA 1B7QA 1LJ4A 5II3A 1LYSA 1GF9A 4XJDA 1C46A 1EQ4A 4WM6A 5L3IA 1GEVA 2CJLA 3OJPA 1IC5Y 3N9EA 4CHXA 1GF3A 4HV1A 2BQBA 4CFOA 1KIQC 4DDBA 1KIRC 6LYTA 1DQJC 1NQIA 1OUFA 3AZ4A 1QDTA 1JSEA 1B7NA 2W1MA 5L9JA 1JKCA 4KXIA 4KPMA 1C45A 1JJ0A 2ZYPA 3A8ZA 1O23A 4HV2A 4X3BA 1OUEA 2CGIA 1LKRA 1ZV5L 3J6KA 3N9CA 1GDXA 1CKHA 1JWRA 1INUA 1LSBA 1AM7A 2RSCA 4DD1A 1VFBC 3GXRA 2BLYA 4WL6A 1VEDA 1GB7A 5B07A 3AGHA 1QDRA 1V7SA 4N1CC 1HNLA 4NGOA 2H9JA 3WU8A 1LZ6A 1LMNA 1NBYC 1GFTA 1YIKA 4DDCA 1C7PA 2ZNXY 1QUSA 4XJHA 2YBJA 4ML7A 3TMWA 1FLYA 9LYZA 2H9KA 1NWGA 3A3RX 2AUBA 3T6UA 2C8OA 5HMVA 2BAAA 1GB5A 1GFUA 1LZNA 1PZYA 4GCEA 4WO9A 3WH1A 4B0DA 4XYYA 1JUGA 4YM8A 4H92A 4H9BA 4NGZA 5F14A 4H9CA 1UIDA 2HEDA 1LJNA 4H9IA 2FYDA 4II8A 4O34A 1HSXA 4G49A 1LZ5A 2I25L 1IWYA 4ZEEA 4ETAA 4ETCA 1MLCE 1YROA 1AT6A 1GE0A 4I0CA 1F6SA 2DQGY 4YEMA 4B4IA 1XGPC 1UUZC 1GB2A 4AGAA 1D6PA 4LT0A 3A67Y 4NSHA 2XBSA 4NSGA 1JTTL 2HEFA 4OOTA 5F9UA 1CKDA 208LA 1CKFA 5HQ1A 3WPKA 1HERA 4CGEA 4OOOA 5F81A 3B0OA 4W96A 1GWDA 1TAYA 4H8YA 3P4ZA 2F4AA 4ET9A 4Z41A 1LZ9A 1GF4A 4GLVA 4NWHA 1GFRA 1G7LC 2IHLA 1BB6A 1XSFA 4N1EI 1XFPL 207LA 2HU1A 4UWUA 4HP0A 3TXBA 4WG7A 3A95A 1JKAA 4TSCA 1IWWA 1GFAA 2XTHA 3P65A 4D9ZA 1H87A 4OWCA 4WM3A 1QQYA 1OUGA 3RU5A 1XGRC 2A7DA 1REXA 5EBHA 5IHGA 5IDDA 3IWRA 1V7TA 1GBYA 4A7DA 2FYCA 1IY3A 2DQEY 2I6ZA 3G3AB 4GCBA 2WARA 4NEBA 2G4NA 1JITA 1BB5A 1LTMA 2YBIA 1UIBA 1YQVY 1FKQA 2LYOA 1GFVA 1LSNA 1WQRA 3HBDA 4GCCA 1GPQC 4NGVA 4ETEA 5ILFA 1LHJA 5KXXA 2W1YA 5LVHA 5LYZA 3AYQA 1LAAA 1C08C 4NFVA 5HNLA 4DDAA 2DKVA 1NF5A 1GAZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4WLTA 4WM1A 4YENA 3WVXA 2BQKA 4OWHA 4WM4A 4DAJA 2NTHA 1YL0X 2XJWA 3VW7A 3W6FA 2YBNA 4C3WA 1DPXA 1L84A 4PJ2C 1NHEA 3CT1A 4LZTA 3SB7A 1YAQA 4N8ZA 5FSTA 3HT8A 256LA 1GEZA 5I4XA 2LZTA 4NSJA 1L97A 1IY4A 4YOPA 1CJ7A 1DPWA 1JTOL 5KXWA 2YSSC 2RBOA 4HJVA 3C8QA 1QUDA 1IWVA 4XJFA 1L44A 3GUKA 1LZYA 3A3QA 238LA 1PQJA 3N9AA 246LA 1EL1A 1L10A 1I6SA 1L37A 4LFPA 1WQPA 4NHSA 1G0LA 1UICA 5LYTA 3W6EA 2C8PA 1LZBA 1LW9A 1IC4Y 2RB0X 211LA 235LA 3HUQA 3QNGA 1LSMA 1DYDA 5LZMA 1YILA 1J1OY 5KXYA 251LA 1HF4A 3CT0A 1L11A 3HTGA 2DQIY 3TXKA 4I8SA 3AW6A 2DQAA 5KXLA 3C82A 1JQUA 2ANXA 1C68A 4QDNA 4PHIA 5APEA 4W58A 193LA 5E9RA 4W51A 1OUIA 4NSIA 1L45A 1I20A 1L76A 3L64A 1C43A 1L89A 4LYZA 3WPJA 1L57A 2XQOA 103LA 1GAYA 5LXWA 1JTNA 1GE1A 2N5ZA 1NBZC 2MEFA 1NDMC 1QT3A 4M6DA 1GB3A 1L88A 1AT5A 1LMAA 5A3ZA 1QTVA 3VWOA 4WOAA 110LA 1HEWA 1LMPA 223LA 2RAZX 5DM9A 1CJ6A 3SB9A 3F8VA 1D2YA 3F9LA 3EBAB 1REMA 2YDGA 1LYGA 1LZGA 1XJUA 1P2CC 1B6IA 1JJ3A 1JJ1A 1ZMYL 1FLQA 2HUKA 4OWBA 3DMZA 4BADA 4ZFPA 1C6HA 3ZVQB 5FEKA 2MEIA 233LA 1L58A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4WLT A;  1TCY A;  2ZQ4 A;  4WM1 A;  3OK0 A;  4YEN A;  2BQK A;  3LHM A;  1D9U A;  3WVX A;  4C5F A;  3RW8 A;  4E3U A;  5J7C A;  3P66 A;  4OWH A;  1D6Q A;  4WM4 A;  4IAS A;  4J1A A;  1JIS A;  4LT3 A;  1JTP L;  1FLW A;  4G4B A;  1OQM A;  2XJW A;  1YL0 X;  1UIA A;  1B7O A;  3W6F A;  1JIY A;  1LSF A;  3CT5 A;  2YBN A;  3ATN A;  1OUB A;  4C3W A;  1HC0 A;  1GF7 A;  1DPX A;  1FBI X;  1UA6 Y;  4PJ2 C;  1LJF A;  1NHE A;  3CT1 A;  4LZT A;  5E4P A;  1LZD A;  1A2Y C;  1YAQ A;  4DD0 A;  4DT3 A;  4N8Z A;  1N4F A;  1B2K A;  5FST A;  5LVK A;  2BQA A;  1UIF A;  4B49 A;  1GEZ A;  1QSA A;  4PRU A;  5I4X A;  2LZT A;  3LZT A;  4NSJ A;  1IY4 A;  4YOP A;  1CJ7 A;  1DPW A;  1JTO L;  5KXW A;  1JEF A;  1QSW A;  1DI5 A;  2YSS C;  4HJV A;  3IJV A;  3RNX A;  5FDJ A;  1IWV A;  4XJF A;  4LFX A;  3TMX A;  1BHZ A;  1REZ A;  1D0M A;  3TXD A;  4TX7 A;  1LZY A;  2W1L A;  3A3Q A;  3QY4 A;  4UWV A;  5LAF A;  1LHM A;  1HEO A;  2IFF Y;  3N9A A;  1REY A;  4L41 A;  5KXR A;  1BB7 A;  1Z55 A;  2YBL A;  1B7R A;  2Z2E A;  1EQE A;  1LYO A; 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 1IO5 A;  1KXX A;  2MEB A;  4CFP A;  4N9R A;  4WO6 A;  5KXP A;  1GFK A;  4LGK A;  2ZIK A;  5IEL A;  5KXO A;  1B7Q A;  1LJ4 A;  5II3 A;  1LYS A;  1GF9 A;  4XJD A;  1C46 A;  1EQ4 A;  4WM6 A;  5L3I A;  1GEV A;  2CJL A;  3OJP A;  1IC5 Y;  3N9E A;  4CHX A;  1GF3 A;  4HV1 A;  2BQB A;  4CFO A;  1KIQ C;  4DDB A;  1KIR C;  6LYT A;  1DQJ C;  1NQI A;  1OUF A;  3AZ4 A;  1QDT A;  1JSE A;  1B7N A;  2W1M A;  5L9J A;  1JKC A;  4KXI A;  4KPM A;  1C45 A;  1JJ0 A;  2ZYP A;  3A8Z A;  1O23 A;  4HV2 A;  4X3B A;  1OUE A;  2CGI A;  1LKR A;  1ZV5 L;  3J6K A;  3N9C A;  1GDX A;  1CKH A;  1JWR A;  1INU A;  1LSB A;  1AM7 A;  2RSC A;  4DD1 A;  1VFB C;  3GXR A;  2BLY A;  4WL6 A;  1VED A;  1GB7 A;  5B07 A;  3AGH A;  1QDR A;  1V7S A;  4N1C C;  1HNL A;  4NGO A;  2H9J A;  3WU8 A;  1LZ6 A;  1LMN A;  1NBY C;  1GFT A;  1YIK A;  4DDC A;  1C7P A;  2ZNX Y;  1QUS A;  4XJH A;  2YBJ A;  4ML7 A;  3TMW A;  1FLY A;  9LYZ A;  2H9K A;  1NWG A;  3A3R X;  2AUB A;  3T6U A;  2C8O A;  5HMV A;  2BAA A;  1GB5 A;  1GFU A;  1LZN A;  1PZY A;  4GCE A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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