1GB5A

Crystal structure of mutant human lysozyme substituted at the surface positions
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAGNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME
publication title Role of surface hydrophobic residues in the conformational stability of human lysozyme at three different positions.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 54
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2000-06-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1gb5A00
2W1MA 1HEPA 1RI8B 1LSZA 1D0LA 2DQFC 5ILCA 1OUEA 2BAAA 2ZNXY 3OK0A 1AT6A 4E3UA 5I4XA 1VDSA 4GCFA 1GFHA 1YIKA 1DI4A 1D9UA 1JEFA 1LKSA 3GXRA 4Z3MA 1YILA 4H9IA 1Z55A 3LYZA 3AJNA 4B0DA 2FBBA 3F6ZA 1AT5A 4H9HA 3TXJA 4WL7A 1MELL 3A6CY 2MEGA 4XENA 3P4ZA 3AZ5A 1YAMA 4HJVA 2D4IA 1B7SA 2BQGA 1WQOA 1B7LA 3A90A 4HTQA 4PRUA 5B1GA 1HHLA 3IJVA 1FLYA 1C46A 1LZ4A 1BGIA 3A8ZA 1J1XY 2MEBA 4FJRA 3B0KA 5HQ1A 153LA 1ZMYL 2XBRA 4XJFA 1F6RA 1LJHA 3K3TA 4MCKA 2BQJA 1OUAA 1BHZA 1JKDA 1GFEA 4ET8A 1XGUC 1JHLA 2FBDA 1F6SA 2LZTA 3GXKA 1FKQA 3WXUA 3TXEA 4AGAA 4ETCA 1LYOA 4YM8A 1JIYA 3LZTA 3W6FA 1GF8A 5AMYA 3M3UA 4NHQA 1LZ6A 2F30A 3BKVA 2BQFA 1SQ2L 5DM9A 5DL9A 5HNCA 1QQYA 1B0DA 4LYTA 2HECA 1F0WA 3B0IA 1LZCA 1YANA 1OP9B 2HU3A 1REMA 4OWHA 3TXIA 2ZNWY 2HUBA 1GDXA 1AM7A 2DQIY 4D9ZA 1IP4A 4X3BA 3AZ4A 1DKKA 1RFPA 1BQLY 1J1PY 1REZA 4N0JA 1GFAA 4G49A 3WW5A 1IR7A 1QSAA 1LJ4A 5KJ9A 1INUA 4WM4A 5KY1A 1DQJC 3ATNA 1E8LA 2H9JA 1IWZA 1JJ3A 1TBYA 5KXRA 1IORA 1G7HC 3WULA 1FBIX 2ZYCA 1N4FA 1ZVYB 1GFKA 5LVKA 4LYMA 1UC0A 1DI3A 1QSWA 1CNSA 4Z98A 1VDTA 5LYTA 1WQRA 1CKDA 5FHWA 1UICA 4IATA 4ML7A 1LSPA 3WL2A 1GF6A 1G7IC 4RDSA 1LHLA 1GE1A 1GFTA 1XFPL 3ZVQA 2F4GA 4H91A 5KXNA 1LMOA 5I5QA 4WLDA 5KXSA 5J7CA 3TMWA 1GBXA 1UIFA 2HEEA 1DPWA 1B7QA 3LYMA 1C10A 5A3EA 134LA 1JSEA 1LCNA 5B05A 1HENA 1DZBX 4ETAA 3OJPA 4TWSA 1HEWA 4OOOA 4OWCA 4DDCA 4J1AA 5C6JA 1B5WA 1WTNA 2C8OA 4NFVA 1JTOL 2DQGY 2ZQ3A 3A95A 1NMMA 2DQJY 4B1AA 1D6QA 4NGVA 1BWIA 1RE2A 2W1YA 1EQ4A 3WXTA 1LZ1A 4WO9A 3B6LA 1GFVA 1OUDA 3B0OA 4H93A 4HPEA 4LGKA 3WPJA 4YEOA 5LYMA 2YBNA 1BB6A 1WVUA 5KXYA 4DDAA 4II8A 1UBZA 4NSJA 2HEFA 4YF2A 208LA 1IP5A 2MECA 4KT3A 4NGLA 1LTMA 3EO5A 4UWUA 1GAYA 1QUSA 3RW8A 1QIOA 4DD1A 2LYOA 1VDPA 3LN2A 4XYYA 5FELA 1GXV2 5LXWA 2HEDA 1YAPA 3N9CA 4H1PA 4XJDA 1JPOA 2D4KA 5M1YA 1EQ5A 1BWHA 4C3WA 1YL0X 4N5RA 4TUNA 1UCOA 4DDBA 1QTEA 1DKJA 3A96A 1GFGA 4WL6A 4ETBA 4HJYA 5B06A 1B7NA 4G4HA 1EQEA 4EOFA 1IEEA 5HMJA 1AZFA 1GB9A 4GCEA 1GE4A 1UIDA 1WQQA 1GEZA 4BAPA 1BB7A 1B7MA 3M18B 4IJ4A 1D0KA 4KPMA 3W6EA 1GFJA 2ZQ4A 1LMTA 5KXKA 4NG1A 3CT5A 1XEIA 1H87A 1LJIA 1EL1A 4XN6A 1BB4A 4B4JA 4DD7A 4G4CA 4QGZA 5B59A 4NSIA 1HMKA 5II3A 5KXMA 1LHIA 1GFRA 3EBAB 6LYTA 1GD6A 2ZILA 1UA6Y 1FLUA 5FDJA 3HBDA 3WU8A 1FLWA 2BQAA 4WLXA 1LSDA 3WUAA 2RSCA 1IY4A 2EPEA 3RNXA 5ILFA 1LSNA 1LJEA 3AGIA 3T36A 1KIRC 1T3PA 4J7VA 2LYZA 5C6IA 1IWWA 1NDMC 1HERA 3W3EA 2HTXA 3P64A 3LZ2A 3TXKA 1IWXA 1IOQA 1NBYC 1GWDA 1LJFA 4NSHA 4CJ2A 1LJ3A 3WPLA 194LA 4N1EI 4HPIA 4WOAA 1LJNA 4GN5C 1GBYA 5LA8A 4A7DA 1GE2A 3N9AA 1C43A 1UUZC 4LYBA 193LA 4ZFPA 1LZ5A 4NIJA 5K7OA 1NHEA 2BQKA 1IP1A 2EKSC 4HJZA 3W6AA 1LAAA 4H9CA 1T6VL 4HTKA 1LSMA 3CT1A 1D0MA 3WVXA 4AXTA 1IP6A 4YENA 1LHMA 4NGWA 2I6ZA 1LZGA 5JENB 4I0CA 3A94A 4QDNA 132LA 4O34A 4GCDA 2VB1A 2XBSA 1IR9A 1LJKA 3HFMY 4B4EA 4BAFA 1GF5A 1LZTA 1B5UA 3ZVQB 4B4IA 3CT0A 1GBOA 4WM3A 1IC4Y 1TEWA 2LHMA 4TSBA 1UACY 4GLAA 4HTNA 4DD2A 1B5ZA 3TMUA 1GB0A 2YBLA 4WG7A 5LVIA 2MEFA 4FDYA 4CGEA 1CJ9A 3A6BY 1HFXA 1XSFA 207LA 5DLAA 3TXGA 3WPKA 2MEEA 1CKFA 4B49A 1JTPL 5F9UA 3WVYA 1GPQC 3KAMA 1GXXA 4OWAA 2PC2A 2BQNA 5D5FA 1JJ0A 1HSXA 1UIGA 1IOCA 4G4BA 4N9RA 5F9XA 2BLXA 4OWBA 5I53A 4W94A 1LMAA 5F14A 1IR8A 2H9KA 1CJ6A 4IASA 6LYZA 1B7PA 5LINA 2BQIA 3QY4A 2MEHA 1NWGA 4NHSA 1LJGA 1C45A 1WVVA 3A93A 2YBIA 3TXBA 4TSCA 2ZIJA 1G7LC 4P2EA 2HU1A 1LJJA 1IOSA 1CKHA 1WQPA 3ATOA 3WUNA 1B5YA 3G3BB 3IJUA 2Z2FA 4PGJB 1LYZA 2I25L 2G4NA 2DQHY 3WW6A 1DI5A 4H9AA 1I1ZA 4WLYA 5B1FA 1YAOA 4BADA 3ULRA 4H9FA 1QTKA 3TXHA 4NHPA 5KKJA 1GF3A 4XJBA 3RU5A 1LZRA 3AZ7A 5LVGA 1OUBA 4DD3A 4CFOA 3A91A 1ZV5L 1QUTA 1B5XA 4NGZA 1IP7A 4U3XB 1REYA 2ZIKA 3D9AC 1IOTA 4R0FA 1IX0A 1LSCA 1GHLA 3T6UA 1QDTA 1GDWA 3SP3A 1JKAA 2DQCY 1V7TA 1G7JC 1GB6A 2YBMA 1TAYA 4XJHA 2LYMA 2W1LA 4ETEA 4LFXA 5I54A 4KXIA 2D4JA 3A3QA 1LYSA 2DQAA 3CB7A 4XADA 2D91A 4N8ZA 1IWTA 2H5ZA 1GBZA 2Z12A 2MEDA 1HNLA 4LYZA 4DD9A 3WH1A 4WG1A 5KKIA 1VFBC 1YL1X 1OUCA 1TCYA 4GLVA 4UWVA 2DBTA 5APCA 1KXXA 133LA 1GB3A 1UIEA 5LVJA 3AGHA 5KXTA 1B7OA 3WU7A 5E4PA 4NGJA 1NKHA 1YAQA 2GV0A 1NBZC 1HFZA 3EXDA 2MEIA 2DQEY 4R6CA 4TTDA 4XJGA 3A34A 7LYZA 135LA 1NQIA 4H9BA 3A3RX 5FSTA 4LZTA 1LSYA 3RT5X 4ZIXA 5LA5A 2F2NA 5F16A 2N5ZA 4H8YA 1B2KA 1LSEA 1QDRA 3E3DA 4NGIA 4WO6A 4GN4A 5KXWA 5L3HA 1WQMA 1GBSA 1WTMA 4NHIA 1CKGA 4YEMA 1LZSA 2BQDA 1IWYA 4N1CC 5KXZA 1C08C 1HC0A 1FKVA 1KXYA 4GN3A 4XJIA 3MGWA 1MLCE 5F81A 3HBEX 5KXOA 1HSWA 2NWDX 1LYYA 1VAUA 2XJWA 1DXJA 1NDGC 2YSSC 1UIAA 4RW2A 1I20A 4MSTA 4EMNA 3FE0A 4ET9A 5EBHA 4NWHA 1GE3A 2G4QA 2Y8PA 3A67Y 4PPOA 1KXWA 3TXDA 5APFA 8LYZA 4H8XA 1J1OY 4LYOA 1D6PA 5E9RA 4L41A 4TX7A 4WM5A 1KIPC 2BQBA 1C7PA 3TXFA 1OUJA 4ANRA 1LSBA 2BQLA 5APEA 4OW1A 1IWUA 4LT0A 5KXPA 4PHIA 4W96A 4C5FA 2CJLA 1GE0A 1LMNA 1B7RA 1IP3A 1TDYA 2MEAA 4PJ2C 4WM2A 2BLYA 2ZYPA 1GB7A 1JITA 3VWOA 4OOTA 1ALCA 5I4YA 5DN4A 1UIHA 3W6CA 4H8ZA 5KXXA 2F4AA 1HEQA 5LAFA 2I26L 4NSGA 1YROA 1IWVA 3AB6A 5LYZA 1GB2A 4NHTA 3B72A 3WUMA 1BVXA 3CSZA 4CFPA 1JISA 2Z18A 3TMXA 1REXA 1LOZA 1GBWA 4HSFA 4NGOA 4M4OA 1JSFA 1GB5A 3J4GA 1LZDA 4G9SA 4H94A 4H90A 1DPXA 4NY5A 5LVHA 2AUBA 2BQCA 1JWRA 1LPIA 1GF9A 3P68A 2A7DA 4H9EA 4LT1A 2BQMA 2LZ2A 1FDLY 1BVKC 4HV2A 1GEVA 2IHLA 4GCCA 3AGGG 1JKBA 1JTTL 4J1BA 1LZYA 9LYZA 1LZBA 2B5ZA 154LA 1LZ9A 1FLQA 1OQMA 1B9OA 1NF5A 1IP2A 2HEBA 1A4VA 2CDSA 4H92A 4M6DA 3LYTA 4DC4A 1KIQC 3P66A 1PZYA 5LAGA 5DN5A 2WARA 1SLYA 4HP0A 3J6KA 2Z19A 3LYOA 4J0LA 3N9EA 5B07A 5IELA 2FYCA 2CGIA 1YKZX 4WM6A 4Z46A 3AW7A 1LSFA 1GB8A 5HLLA 3W6BA 1VATA 2BQOA 1W6ZA 3D3DA 5LIOA 1JKCA 3W6DA 1RCMA 2G4PA 1HEOA 4UWNA 4RLMA 1RJCB 1P2CC 1ZVHL 1CJ8A 4I8SA 1VDQA 2C8PA 1GF7A 1GF4A 1JUGA 4BS7A 1HEMA 5KXLA 1LHJA 1F10A 1I56A 4WM1A 2Q0MX 4Z41A 1LHHA 1YKYX 2BPUA 2DKVA 3QNGA 1CKCA 4CHXA 1GFUA 1HMLA 2IFFY 5D5CA 1LSAA 4WLTA 4NEBA 1LZ8A 2Z39A 1GAZA 4HV1A 2EQLA 1LZEA 2Z37A 4NGKA 4DWXA 3RZ4A 1JJ1A 1IIZA 3ZEKA 2EIZC 3CSRA 1XEKA 1LMPA 1FN5A 4MR1A 3IWRA 4LT2A 1W08A 3CSQA 4NWEA 3WYHA 4ETDA 2DQDY 5HMVA 5L9JA 2BQHA 1A2YC 2YVBA 2BQEA 1XEJA 1XGPC 4LFPA 3WMKA 4NG8A 4DYGA 1IO5A 5T3FA 1XGTC 3AYQA 4RW1A 1CJ7A 1LMCA 4YOPA 5APDA 2A7FA 2D6BA 2Z2EA 1B5VA 1BB3A 3AZ6A 4QEQA 4DD0A 5IDDA 4LT3A 1OUFA 1UIBA 1LMQA 4QY9A 4LYCA 4ZEEA 3LHMA 1G7MC 1LZAA 3TMVA 5IHGA 4OWEA 1VEDA 1YQVY 3FI7A 5FCPA 5I4WA 4RLNA 1LKRA 2Z38A 1LZNA 1PS5A 3QE8A 2YBJA 5C6LA 5HNLA 1IC7Y 1AKIA 1HFYA 1XGQC 2X0AA 3G3AB 3HBHA 1BB5A 3BKHA 2HEAA 4PRQA 3EMSA 1OUIA 1BWJA 1OUGA 5FEKA 1IVMA 2W1XA 2CWIA 1HELA 1IC5Y 2FYDA 3CQLA 2ZWBA 3P65A 4WMGA 5L3IA 1OUHA 1XGRC 3A92A 4KL7A 1YKXX 1LHKA 3AW6A 2YDGA 1IY3A 1H6MA 2YBHA 5A3ZA 3WU9A 1GF0A 1LSGA 1O23A 4GCBA 4DT3A 1WQNA 1V7SA 2XTHA 4NGYA 1HF4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
171LA 1LSZA 1L38A 2DQFC 3OK0A 5I4XA 1VDSA 4GCFA 1LYEA 1L34A 4H9IA 1Z55A 4H9HA 3FI5A 1P3NA 3P4ZA 3AZ5A 1C67A 1P2RA 5B1GA 3IJVA 4ARMA 1LZ4A 1BGIA 2MEBA 5HQ1A 1LJHA 3K3TA 4MCKA 3TXEA 2B6ZA 4ETCA 5AMYA 3M3UA 4NHQA 3BKVA 2BQFA 5HNCA 167LA 1QT3A 3V2YA 2HECA 2B70A 1LZCA 4I7MA 4OWHA 1REMA 160LA 1L71A 1L85A 3AZ4A 1RFPA 1BQLY 3CDOA 1GFAA 1QSAA 1XJTA 1C61A 4WM4A 224LA 1QTVA 1CV5A 3ATNA 1E8LA 2H9JA 3WULA 5LVKA 1CVKA 1L87A 4Z98A 1VDTA 3GULA 4IATA 1GF6A 1GE1A 2F4GA 5KXNA 241LA 190LA 1L44A 2RB2X 1GBXA 1LW9A 3C8QA 1C10A 1JSEA 231LA 2RBNA 4TWSA 4OWCA 5C6JA 4DJHA 4NFVA 2ZQ3A 2DQJY 108LA 1D6QA 1EQ4A 3B6LA 247LA 1SX7A 245LA 4I7QA 208LA 1IP5A 2MECA 4KT3A 3EO5A 184LA 5LXWA 4XJDA 4H1PA 1BWHA 4N5RA 4TUNA 1UCOA 4DDBA 1DKJA 1OWYA 3A96A 2OE4X 1GB9A 1WQQA 1D0KA 4KPMA 3W6EA 102LA 4DD7A 250LA 155LA 5II3A 1LHIA 206LA 111LA 2RAZX 1G07A 1GD6A 2ZILA 3WU8A 1L28A 1QSBA 4WLXA 1LSDA 3WUAA 1IY4A 2EPEA 1L95A 1L46A 3DN0A 4J7VA 1IWWA 1NDMC 1C6MA 3GUPA 1L98A 148LE 1L01A 3HDEA 1QT6A 1LJNA 3D4SA 1L42A 261LA 4EPFA 1UUZC 1QTHA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2W1M A;  1HEP A;  1RI8 B;  1LSZ A;  1D0L A;  2DQF C;  5ILC A;  1OUE A;  2BAA A;  2ZNX Y;  3OK0 A;  1AT6 A;  4E3U A;  5I4X A;  1VDS A;  4GCF A;  1GFH A;  1YIK A;  1DI4 A;  1D9U A;  1JEF A;  1LKS A;  3GXR A;  4Z3M A;  1YIL A;  4H9I A;  1Z55 A;  3LYZ A;  3AJN A;  4B0D A;  2FBB A;  3F6Z A;  1AT5 A;  4H9H A;  3TXJ A;  4WL7 A;  1MEL L;  3A6C Y;  2MEG A;  4XEN A;  3P4Z A;  3AZ5 A;  1YAM A;  4HJV A;  2D4I A;  1B7S A;  2BQG A;  1WQO A;  1B7L A;  3A90 A;  4HTQ A;  4PRU A;  5B1G A;  1HHL A;  3IJV A;  1FLY A;  1C46 A;  1LZ4 A;  1BGI A;  3A8Z A;  1J1X Y;  2MEB A;  4FJR A;  3B0K A;  5HQ1 A;  153L A;  1ZMY L;  2XBR A;  4XJF A;  1F6R A;  1LJH A;  3K3T A;  4MCK A;  2BQJ A;  1OUA A;  1BHZ A;  1JKD A;  1GFE A;  4ET8 A;  1XGU C;  1JHL A;  2FBD A;  1F6S A;  2LZT A;  3GXK A;  1FKQ A;  3WXU A;  3TXE A;  4AGA A;  4ETC A;  1LYO A;  4YM8 A;  1JIY A;  3LZT A;  3W6F A;  1GF8 A;  5AMY A;  3M3U A;  4NHQ A;  1LZ6 A;  2F30 A;  3BKV A;  2BQF A;  1SQ2 L;  5DM9 A;  5DL9 A;  5HNC A;  1QQY A;  1B0D A;  4LYT A;  2HEC A;  1F0W A; 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 1LHH A;  1YKY X;  2BPU A;  2DKV A;  3QNG A;  1CKC A;  4CHX A;  1GFU A;  1HML A;  2IFF Y;  5D5C A;  1LSA A;  4WLT A;  4NEB A;  1LZ8 A;  2Z39 A;  1GAZ A;  4HV1 A;  2EQL A;  1LZE A;  2Z37 A;  4NGK A;  4DWX A;  3RZ4 A;  1JJ1 A;  1IIZ A;  3ZEK A;  2EIZ C;  3CSR A;  1XEK A;  1LMP A;  1FN5 A;  4MR1 A;  3IWR A;  4LT2 A;  1W08 A;  3CSQ A;  4NWE A;  3WYH A;  4ETD A;  2DQD Y;  5HMV A;  5L9J A;  2BQH A;  1A2Y C;  2YVB A;  2BQE A;  1XEJ A;  1XGP C;  4LFP A;  3WMK A;  4NG8 A;  4DYG A;  1IO5 A;  5T3F A;  1XGT C;  3AYQ A;  4RW1 A;  1CJ7 A;  1LMC A;  4YOP A;  5APD A;  2A7F A;  2D6B A;  2Z2E A;  1B5V A;  1BB3 A;  3AZ6 A;  4QEQ A;  4DD0 A;  5IDD A;  4LT3 A;  1OUF A;  1UIB A;  1LMQ A;  4QY9 A;  4LYC A;  4ZEE A;  3LHM A;  1G7M C;  1LZA A;  3TMV A;  5IHG A;  4OWE A;  1VED A;  1YQV Y;  3FI7 A;  5FCP A;  5I4W A;  4RLN A;  1LKR A;  2Z38 A;  1LZN A;  1PS5 A;  3QE8 A;  2YBJ A;  5C6L A;  5HNL A;  1IC7 Y;  1AKI A;  1HFY A;  1XGQ C;  2X0A A;  3G3A B;  3HBH A;  1BB5 A;  3BKH A;  2HEA A;  4PRQ A;  3EMS A;  1OUI A;  1BWJ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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