254LA

Lysozyme
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKSTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME
publication title A relationship between protein stability and protein function.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 57
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1997-11-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 254lA00
3DMXA 1L94A 3RUNA 3G3XA 1L88A 167LA 120LA 3VW7A 118LA 211LA 1C6QA 3DN8A 1CV0A 1LPYA 1L79A 3HH6A 4W57A 1C6TA 200LA 139LA 259LA 1C68A 1L80A 161LA 144LA 2RBRA 1L75A 1L22A 4EXMA 1L51A 222LA 1L97A 1QT7A 1ZWNA 1G0GA 3DMZA 236LA 1C62A 3G3WA 1P7SA 125LA 1C6PA 1L76A 2HUKA 177LA 1QTVA 1SX2A 1L34A 262LA 1C6DA 1L63A 225LA 1C65A 1CX7A 109LA 1L89A 3DNAA 4YXAC 3DN0A 126LA 127LA 187LA 159LA 1LI3A 257LA 1C6KA 1G1WA 1T8AA 2LZMA 1L37A 2Q9DA 3UONA 220LA 3HUAA 250LA 2OU0X 173LA 3CDOA 176LA 1LI2A 174LA 2RBPA 1DYFA 160LA 1L96A 209LA 1XEPA 252LA 260LA 2B6TA 253LA 1L14A 1LGXA 2B6WA 3GUIA 4W52A 1T6HA 1L24A 2LCBA 147LA 3CDQA 1G0JA 150LA 151LA 148LE 2B7XA 4I7LA 1L07A 172LA 1QUGA 1L33A 1SWZA 1L86A 3HTDA 3PDSA 1OV7A 3GUMA 3OE6A 3HTGA 103LA 1LYEA 1KY0A 243LA 3GUPA 2RB1X 4LDLA 1L29A 1C6NA 214LA 1OYUA 191LA 140LA 142LA 1C64A 1QS9A 3C7WA 1TLAA 230LA 4I7QA 2RB0X 1SSYA 2NTGA 1D2WA 180LA 156LA 1L43A 1C67A 1L40A 1OVKA 1PQIA 3CDTA 1L46A 4LDOA 1L42A 228LA 107LA 1C60A 2Q9EA 183LA 233LA 3HDEA 152LA 1ZURA 5I14A 1QTHA 3FA0A 2LC9A 1OV5A 3C7YA 1L57A 1L71A 1L32A 4ARMB 1L91A 1P36A 235LA 3GUOA 2A4TA 1CUQA 201LA 192LA 2CUUA 1QT4A 231LA 2ANXA 3C7ZA 1C6EA 1C69A 1ZYTA 112LA 1G0QA 3GUNA 3HT6A 158LA 1C6HA 2B73A 1KW7A 1QT5A 163LA 138LA 3DMVA 1L61A 2B6YA 1P6YA 1CU6A 254LA 234LA 4S0WA 1C6CA 1L50A 1P5CA 1L60A 1D3NA 1C6LA 102LA 171LA 1QTZA 1CU5A 1CUPA 3QAKA 4W56A 1QTCA 2OEAX 1P2LA 227LA 110LA 1L73A 3GUKA 255LA 1CV6A 4I7SA 210LA 3DN3A 168LA 5LZMA 3V2YA 2F2QA 1L99A 1QTDA 1C6IA 143LA 3C83A 1L06A 1L68A 4ARMA 1OWYA 3OE9A 3SBBC 4DJHA 2F47A 1DYCA 1L39A 3HDFA 145LA 3NY9A 186LA 4EKPA 1L53A 170LA 4ARLA 4ARQA 1P56A 1LGUA 4I7TA 3JR6A 3DKEX 4DAJA 1L31A 1LYHA 1L52A 2OU9A 1L30A 3F8VA 165LA 1P64A 2B70A 7LZMA 1L27A 1KS3A 149LA 258LA 223LA 1G0LA 146LA 2RB2X 1T8FA 1JTMA 206LA 4AQNA 3LZMA 1PQKA 4EKQA 1QTBA 1C66A 3EMLA 128LA 1L44A 2RH1A 3HT8A 111LA 1D2YA 123LA 1SX7A 119LA 4W58A 1LYFA 3G3VA 1QS5A 3HH5A 164LA 1DYBA 3L2XA 1L92A 232LA 1CVKA 2B6ZA 2IGCA 251LA 2OU8A 3GUJA 1PQMA 1LYGA 1LI6A 2B75A 3CDRA 1T97A 3DN2A 4EKRA 3SB8A 1XJTA 1LLHA 4YXCA 219LA 113LA 3HU8A 2OE4X 4W51A 4EJ4A 3DN6A 1PQJA 1LWGA 1L65A 3FADA 238LA 1D9WA 162LA 1L28A 1L67A 1G0PA 226LA 1G07A 169LA 2OTYX 181LA 3DN1A 1C6BA 2RBNA 4DKLA 3K2RA 2RBOA 3HH3A 166LA 1EPYA 4YX7C 3SB5A 1L04A 1C6MA 1KW5A 4EKSA 1L77A 2ANVA 4W59A 129LA 1CV4A 195LA 1L72A 2HULA 3FI5A 2RAYX 1OVHA 1C6GA 2F32A 3SB6A 185LA 4K5YA 1L90A 1LYIA 1G06A 3V2WA 3C8RA 247LA 3NY8A 1L36A 3F9LA 2NTHA 1QUDA 1L05A 4I7OA 1L45A 2Z6BA 249LA 3GULA 114LA 1L35A 4I7MA 4GRVA 4E97A 2OE9X 3RZEA 1CU0A 1CX6A 6LZMA 1L98A 182LA 1L00A 205LA 1C61A 1L03A 1L82A 3HT7A 3HT9A 1L47A 1OVJA 4I7RA 1LGWA 4PJZA 224LA 1L41A 3L64A 1L56A 2RAZX 190LA 216LA 3HH4A 1D3FA 3CDVA 245LA 1QUHA 131LA 1OWZA 3SB9A 2RBSA 199LA 3OE0A 4I7KA 217LA 1L49A 4LDEA 3PBLA 3C82A 237LA 4I7NA 3C81A 1CU2A 229LA 189LA 1P37A 108LA 4OO9A 4ARJA 1P3NA 221LA 1QT6A 2OE7X 122LA 196LA 1L66A 1L26A 1P46A 3C80A 1L85A 4ARPA 3SN6R 212LA 2B72A 248LA 256LA 184LA 3NYAA 4EPIA 1QUOA 1QT3A 1SSWA 4I7JA 1L16A 1DYAA 1QSQA 1D3JA 175LA 1PQOA 1QSBA 3SBAA 1L93A 3SB7A 1D3MA 1L12A 1L95A 198LA 130LA 115LA 1CTWA 197LA 1CU3A 1B6IA 246LA 1LYJA 4W53A 1L58A 3HUKA 1L62A 1L0KA 218LA 1DYGA 1K28A 1I6SA 1L0JA 1G1VA 4I7PA 3C8SA 1L17A 1SWYA 188LA 1L87A 1L13A 215LA 1C6FA 1LYDA 1L81A 2RBQA 1JQUA 2O4WA 3HUQA 1T8GA 1DYEA 1WTHA 1L23A 1L21A 1C63A 2OTZX 4LZMA 1L20A 4EPFA 141LA 1JTNA 4W55A 3HTFA 2QARC 2O79A 1L15A 1C6AA 1KNIA 1XJUA 1DYDA 3HTBA 4IAPA 241LA 3DN4A 1CV1A 244LA 1L10A 1CV3A 1L11A 1L19A 178LA 1QT8A 1L01A 2L78A 2HUMA 3D4SA 4PK0A 1LWKA 3ODUA 1L38A 1L64A 1L84A 1L08A 1L54A 3C8QA 1L18A 239LA 3HU9A 1P2RA 3HWLA 157LA 1NHBA 1L09A 2O7AA 137LA 242LA 4W54A 2QB0B 1G0KA 1LW9A 1C6JA 155LA 1L25A 1L55A 1L48A 1L02A 1L69A 2B74A 1L74A 1CV5A 4GBRB 1G0MA 3OE8A 2B6XA 1PQDA 261LA 4ZPUA 1KY1A 1L59A 104LA 4ARQB 1L70A 1L83A 240LA 213LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3RT5X 4LGKA 4TUNA 118LA 3W6AA 2YBJA 4DQJA 1UACY 1L79A 1UBZA 1BB4A 1LZ9A 2LHMA 259LA 2RSCA 1C68A 5DLAA 4WL7A 5KXSA 1L75A 1L22A 4HV2A 222LA 1L97A 2BQDA 1QT7A 1GBOA 1G0GA 2LYZA 1UIEA 236LA 1C62A 4NSGA 4Z46A 5F14A 1IWXA 1CKHA 2HUKA 3A90A 1QTVA 1GF4A 2ZQ4A 262LA 4NGVA 3DNAA 4KT3A 3DN0A 5L9JA 4OWBA 127LA 187LA 1VDSA 257LA 1OUJA 4G49A 4RLNA 4DT3A 2OU0X 5LA5A 3LYTA 1IOCA 160LA 1L96A 4NSHA 1IP7A 4PRUA 5AMYA 3GUIA 4XJHA 5F9XA 1G0JA 4H9AA 150LA 1FKQA 151LA 4NHIA 1B0DA 5B07A 1L33A 1CKFA 1SWZA 1XFPL 2ZYPA 1NDGC 1OV7A 3B72A 1GFHA 1LYEA 2RB1X 3ZVQB 1C64A 140LA 2X0AA 1SQ2L 4WO9A 4I7QA 2NTGA 4AXTA 180LA 1IEEA 1L40A 2G4NA 3LN2A 1PQIA 2ZIJA 4TSCA 2H9KA 3LYZA 3A34A 3J4GA 1IIZA 2Q0MX 233LA 2Z37A 3CT1A 1OV5A 1C43A 1L32A 1L91A 1IR9A 1P36A 5II3A 4DD7A 4OWHA 192LA 2CUUA 1OUHA 1C69A 3WH1A 4H8ZA 1OQMA 1G0QA 4LYMA 138LA 3RNXA 1GF0A 102LA 4L41A 1CU5A 3W6BA 1L73A 1JJ1A 3GUKA 4QDNA 4I7SA 4B4JA 1F10A 3W6FA 2HUBA 1BVKC 1WQMA 5B05A 3HBHA 1UIFA 2I6ZA 3TMXA 4UWUA 4W94A 4YM8A 1DI3A 1DYCA 186LA 1HSXA 4DD3A 4ARQA 1GFEA 1P56A 2HEDA 3JR6A 3DKEX 1BB7A 4DAJA 1L31A 4J1BA 5LYZA 1LMQA 1CKCA 1GDXA 1L30A 3F8VA 2N5ZA 1CJ9A 5KXTA 1P64A 1LHHA 2B70A 1XEKA 4DQ5A 4NHPA 1JSEA 4Z41A 1G0LA 1CJ6A 4AQNA 1PQKA 4RLMA 1GFGA 4EKQA 135LA 3EMLA 1IP5A 1SX7A 1LYFA 1QS5A 3HH5A 164LA 1DYBA 4G9SA 1LSCA 5LVKA 153LA 1JTOL 1CVKA 251LA 2OU8A 3GXKA 2BQCA 1PQMA 4EKRA 1XJTA 1LLHA 1RI8B 4H94A 1VAUA 4P2EA 1YAOA 4LYBA 1GEVA 3FE0A 1TBYA 1LWGA 238LA 1CJ7A 1GBXA 2BQIA 226LA 2H9JA 1LMOA 4AGAA 4DKLA 1NBZC 166LA 1L77A 4W59A 1XEIA 1HC0A 1JKDA 1D6PA 1OVHA 4J0LA 3SB6A 4B4IA 4K5YA 1LZCA 3ZEKA 4R0FA 1G06A 1IORA 3C8RA 134LA 4LYZA 4ETAA 1H87A 5LIOA 4I7OA 5C6LA 1LYZA 1L45A 1GEZA 1IP2A 114LA 1BGIA 1T3PA 4WLXA 6LZMA 5I4YA 1L98A 182LA 1L82A 5HLLA 3HT7A 5FDJA 4H9HA 1KXXA 1OVJA 2DQFC 190LA 5FSTA 216LA 3W6EA 4GN4A 245LA 1OWZA 4CJ2A 2YBLA 1I56A 3TXFA 4PRQA 2ZWBA 1UA6Y 3C82A 1RE2A 5B59A 1YILA 3GXRA 1XGPC 3TXJA 2OE7X 1LSPA 1GB2A 3A6CY 1L26A 1NF5A 2DQGY 3WMKA 2XBRA 1VFBC 3NYAA 1QUOA 4H90A 1SSWA 1JIYA 1GF3A 1I20A 1DZBX 1QSQA 175LA 1OUBA 2BQFA 1PQOA 2Y8PA 1QSBA 3M18B 2ZYCA 1D3MA 1JSFA 115LA 1CTWA 4NFVA 5LVGA 1B6IA 1LYJA 4N8ZA 1L0KA 218LA 5DM9A 1W6ZA 1I6SA 4HJZA 4B0DA 1BVXA 1NWGA 4I7PA 1QSWA 1L17A 2HEAA 188LA 1QUTA 1XGQC 4TSBA 5I54A 3RW8A 1LSAA 1IOTA 5ILFA 2RBQA 4J1AA 1JHLA 4QEQA 1DYEA 1WTHA 1ZVHL 1LJGA 1T6VL 3D3DA 2IHLA 1C63A 3RZ4A 3CT0A 4ET9A 1L20A 2D4IA 1OUGA 1JTNA 3HTFA 4CFOA 1F0WA 3WUNA 1LSFA 3KAMA 4LYTA 5E4PA 3HTBA 4J7VA 1CV1A 244LA 3WU9A 1IWYA 1BWIA 2CGIA 1XGUC 1CV3A 1OUEA 1VATA 1GB6A 2HUMA 3D4SA 1KXWA 3TXBA 1L38A 1L08A 1QTKA 1NHBA 4G4CA 137LA 4YEOA 1LW9A 1OUFA 3B6LA 1L25A 1L55A 4LT3A 1C46A 1L02A 1JKCA 2B74A 3T36A 1QDTA 194LA 2EQLA 1GF8A 207LA 5JENB 3TXGA 1G0MA 1IR8A 1L59A 1HHLA 1L70A 213LA 3RUNA 3G3XA 4HJVA 1L88A 2LZ2A 167LA 1QTEA 3VW7A 4H93A 1G7HC 1TDYA 1LPYA 1BB5A 1LJFA 5KXWA 1C6TA 1KIQC 5LAGA 3J6KA 1HEWA 1LJ3A 1OUCA 5FCPA 1D0LA 2RBRA 2F4AA 4EXMA 1L51A 1LJHA 1ZWNA 2HTXA 2DQDY 4NGIA 2Z2EA 177LA 1SX2A 3WVXA 1F6SA 1VDPA 1B5ZA 1C6DA 1IWTA 1L63A 5KXRA 109LA 1L89A 5L3IA 1G1WA 1T8AA 2LZMA 1L37A 3AJNA 3G3AB 2Q9DA 1GFVA 173LA 5FEKA 1J1XY 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1L86 A;  3HTD A;  3PDS A;  1OV7 A;  3GUM A;  3OE6 A;  3HTG A;  103L A;  1LYE A;  1KY0 A;  243L A;  3GUP A;  2RB1 X;  4LDL A;  1L29 A;  1C6N A;  214L A;  1OYU A;  191L A;  140L A;  142L A;  1C64 A;  1QS9 A;  3C7W A;  1TLA A;  230L A;  4I7Q A;  2RB0 X;  1SSY A;  2NTG A;  1D2W A;  180L A;  156L A;  1L43 A;  1C67 A;  1L40 A;  1OVK A;  1PQI A;  3CDT A;  1L46 A;  4LDO A;  1L42 A;  228L A;  107L A;  1C60 A;  2Q9E A;  183L A;  233L A;  3HDE A;  152L A;  1ZUR A;  5I14 A;  1QTH A;  3FA0 A;  2LC9 A;  1OV5 A;  3C7Y A;  1L57 A;  1L71 A;  1L32 A;  4ARM B;  1L91 A;  1P36 A;  235L A;  3GUO A;  2A4T A;  1CUQ A;  201L A;  192L A;  2CUU A;  1QT4 A;  231L A;  2ANX A;  3C7Z A;  1C6E A;  1C69 A;  1ZYT A;  112L A;  1G0Q A;  3GUN A;  3HT6 A;  158L A;  1C6H A;  2B73 A;  1KW7 A;  1QT5 A;  163L A;  138L A;  3DMV A;  1L61 A;  2B6Y A;  1P6Y A;  1CU6 A;  254L A;  234L A;  4S0W A;  1C6C A;  1L50 A;  1P5C A;  1L60 A;  1D3N A;  1C6L A;  102L A;  171L A;  1QTZ A;  1CU5 A;  1CUP A;  3QAK A;  4W56 A;  1QTC A;  2OEA X;  1P2L A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3RT5 X;  4LGK A;  4TUN A;  118L A;  3W6A A;  2YBJ A;  4DQJ A;  1UAC Y;  1L79 A;  1UBZ A;  1BB4 A;  1LZ9 A;  2LHM A;  259L A;  2RSC A;  1C68 A;  5DLA A;  4WL7 A;  5KXS A;  1L75 A;  1L22 A;  4HV2 A;  222L A;  1L97 A;  2BQD A;  1QT7 A;  1GBO A;  1G0G A;  2LYZ A;  1UIE A;  236L A;  1C62 A;  4NSG A;  4Z46 A;  5F14 A;  1IWX A;  1CKH A;  2HUK A;  3A90 A;  1QTV A;  1GF4 A;  2ZQ4 A;  262L A;  4NGV A;  3DNA A;  4KT3 A;  3DN0 A;  5L9J A;  4OWB A;  127L A;  187L A;  1VDS A;  257L A;  1OUJ A;  4G49 A;  4RLN A;  4DT3 A;  2OU0 X;  5LA5 A;  3LYT A;  1IOC A;  160L A;  1L96 A;  4NSH A;  1IP7 A;  4PRU A;  5AMY A;  3GUI A;  4XJH A;  5F9X A;  1G0J A;  4H9A A;  150L A;  1FKQ A;  151L A;  4NHI A;  1B0D A;  5B07 A;  1L33 A;  1CKF A;  1SWZ A;  1XFP L;  2ZYP A;  1NDG C;  1OV7 A;  3B72 A;  1GFH A;  1LYE A;  2RB1 X;  3ZVQ B;  1C64 A;  140L A;  2X0A A;  1SQ2 L;  4WO9 A;  4I7Q A;  2NTG A;  4AXT A;  180L A;  1IEE A;  1L40 A;  2G4N A;  3LN2 A;  1PQI A;  2ZIJ A;  4TSC A;  2H9K A;  3LYZ A;  3A34 A;  3J4G A;  1IIZ A;  2Q0M X; 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