140LA

Role of backbone flexibility in the accommodation of variants that repack the core of t4 lysozyme
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMAQQKRWDEMAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTLRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title The role of backbone flexibility in the accommodation of variants that repack the core of T4 lysozyme.
pubmed rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1993-10-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 140lA00
1JTMA 3HH3A 3HDFA 195LA 1G06A 4ARMB 4E97A 245LA 6LZMA 3HT9A 1P2RA 1L27A 2RH1A 1KS3A 137LA 1CU6A 130LA 2B6WA 1LYGA 3SB5A 3F9LA 169LA 1L95A 3L64A 4DAJA 3DN0A 182LA 1G07A 1L76A 1L96A 1QT3A 1L66A 209LA 3JR6A 191LA 3FADA 4ZPUA 3QAKA 152LA 1G0PA 3HT8A 4GBRB 2LZMA 253LA 4YXCA 3DN4A 1L17A 163LA 144LA 1L51A 111LA 1G0QA 2HUKA 1OV7A 1C6AA 166LA 246LA 3NYAA 3CDRA 4W53A 141LA 127LA 259LA 1L43A 1L60A 1L86A 3G3XA 1CU0A 1QS9A 1DYEA 3L2XA 2B7XA 3C83A 3SBBC 1QTVA 3C81A 1C6BA 4LDLA 2O7AA 4I7TA 3UONA 4YX7C 2HULA 1L21A 140LA 1TLAA 1C61A 4EKQA 7LZMA 2OE7X 1L49A 3DMZA 3HWLA 2RBOA 1C6MA 1L10A 4YXAC 1L97A 232LA 1LI6A 164LA 3SB8A 188LA 2OU8A 1L28A 4W56A 2RBSA 1LWGA 1SX7A 1I6SA 1L90A 1L37A 4I7PA 1L0KA 258LA 3OE9A 1T8AA 3NY8A 2RBNA 1K28A 1DYGA 1L73A 1QT6A 3D4SA 1L57A 1L18A 2RBRA 1P5CA 234LA 1D3MA 2OE4X 2RAYX 1P7SA 2LCBA 3GUPA 108LA 1DYAA 1C6EA 156LA 1L20A 5LZMA 1OVHA 239LA 1CU5A 1EPYA 1L36A 1L63A 1PQIA 113LA 3GUOA 1LYHA 1G0GA 2LC9A 1T97A 126LA 1L45A 4I7NA 3C7WA 3RUNA 2OTYX 1CV1A 1QT4A 252LA 2RB0X 4OO9A 1T8FA 1P6YA 224LA 3HU8A 4EXMA 150LA 1L58A 201LA 3RZEA 3C8RA 1P3NA 3C8SA 1PQMA 160LA 223LA 4I7JA 1L47A 3PDSA 4IAPA 4GRVA 4PJZA 5I14A 175LA 1LYEA 1P56A 159LA 2L78A 173LA 1LGXA 1L93A 1L48A 1OV5A 3LZMA 248LA 104LA 4DKLA 119LA 3GUIA 3DN3A 1C6KA 1ZYTA 3DKEX 1QTDA 4I7OA 3SB9A 102LA 3CDQA 115LA 2ANXA 168LA 1LYIA 3K2RA 4I7RA 1L12A 240LA 213LA 3V2WA 1L64A 157LA 2HUMA 162LA 212LA 238LA 1L81A 1L68A 1LLHA 3DN2A 2OTZX 2QB0B 103LA 2RBPA 1QUGA 1C6DA 1PQJA 4ARQA 128LA 1C6GA 118LA 1SWYA 260LA 1LI2A 1L75A 1QS5A 1JTNA 1QT5A 210LA 1C6IA 1QT8A 3OE6A 3SB6A 198LA 237LA 4S0WA 1L15A 172LA 3HH4A 1CV6A 138LA 4I7QA 2OU9A 2F2QA 1G0LA 1L19A 125LA 177LA 143LA 1CVKA 1L06A 1C63A 242LA 1L0JA 1P36A 230LA 3GUMA 1L02A 122LA 1LGUA 1QUDA 1G0KA 1JQUA 4DJHA 1ZWNA 1L07A 1L46A 2A4TA 4W51A 1DYDA 1CU2A 4EPFA 2Z6BA 1C6JA 2CUUA 205LA 1L42A 1L77A 1L70A 4W52A 255LA 1C6QA 1L67A 1L32A 1C67A 180LA 1CX7A 110LA 214LA 1D9WA 1C62A 176LA 1SSWA 1CV3A 225LA 1SWZA 3G3WA 1LW9A 3HT7A 3HH6A 2RBQA 3HU9A 109LA 1DYBA 3CDVA 107LA 1L34A 184LA 1XJTA 233LA 139LA 185LA 149LA 1L00A 114LA 2QARC 1QUHA 3C8QA 3HTDA 1L01A 1LYJA 1CX6A 1QTHA 4I7SA 3DN8A 1L54A 1L71A 4K5YA 1L22A 1CTWA 4ARMA 1L89A 3HTBA 3GULA 231LA 3DNAA 2B6XA 1L98A 4ARLA 1SSYA 222LA 1B6IA 218LA 146LA 178LA 181LA 1XJUA 1WTHA 1LYFA 1OVJA 190LA 3HTFA 4ARJA 1C6PA 1OWZA 220LA 1L59A 1L88A 170LA 3F8VA 148LE 1OWYA 1L80A 3HTGA 1L03A 3GUKA 4LZMA 3FI5A 1C6NA 1C6LA 1L11A 1QTCA 3VW7A 1L82A 2B6ZA 1L08A 3SN6R 1QSBA 1L72A 151LA 3C82A 1L31A 1D3NA 256LA 3HUQA 262LA 129LA 4EKRA 1C6FA 215LA 3NY9A 1C65A 1L55A 1ZURA 4W59A 2Q9DA 1L26A 1D2YA 1L56A 145LA 1L91A 1L04A 1QTZA 1L40A 131LA 1L33A 1L29A 244LA 183LA 217LA 1C69A 3HT6A 2NTGA 2OU0X 4I7KA 1QT7A 3HH5A 2Q9EA 247LA 3DN6A 3DN1A 221LA 1CUPA 1L14A 1G1WA 1L61A 1C68A 4EJ4A 3SB7A 4AQNA 1LWKA 1QUOA 1CV5A 1C64A 2O4WA 142LA 1T6HA 1CV4A 3DMXA 1L41A 120LA 3HUKA 1PQDA 3EMLA 3HDEA 186LA 1NHBA 257LA 4EPIA 1D3FA 1LI3A 226LA 2B70A 2IGCA 4EKPA 3CDOA 3CDTA 1PQKA 1C66A 3G3VA 1G1VA 227LA 1DYCA 3C80A 4W57A 1CUQA 1L39A 123LA 1XEPA 4LDOA 1DYFA 3OE8A 1KY1A 2B72A 1QTBA 3C7ZA 1KW7A 1L24A 3SBAA 2B73A 1CU3A 3HUAA 1C6HA 1G0JA 4ARQB 216LA 2B75A 3ODUA 1C6TA 1T8GA 3GUNA 3OE0A 158LA 147LA 1L25A 187LA 174LA 1L94A 3GUJA 1OYUA 1C6CA 1C60A 1P64A 1L53A 2F32A 1P37A 1KNIA 161LA 4LDEA 219LA 1L23A 2RB2X 197LA 1CV0A 228LA 1L85A 4I7MA 1P46A 3V2YA 1L83A 1SX2A 1P2LA 1L74A 200LA 1LGWA 1L99A 1L79A 2F47A 171LA 1KY0A 250LA 1L35A 2RAZX 236LA 1D3JA 2B74A 1LPYA 155LA 1L05A 2ANVA 1G0MA 1L65A 1L92A 2OE9X 1L13A 1D2WA 2RB1X 243LA 165LA 4I7LA 1L09A 249LA 1L44A 1QSQA 167LA 1L84A 1L16A 1L62A 1L30A 241LA 3C7YA 3FA0A 4PK0A 2O79A 4W58A 4EKSA 2OEAX 2B6TA 3PBLA 229LA 1KW5A 235LA 1OVKA 254LA 4W55A 206LA 211LA 1L50A 1LYDA 112LA 1L69A 1PQOA 189LA 1L52A 1L87A 199LA 2NTHA 1L38A 251LA 4ARPA 2B6YA 261LA 192LA 196LA 3DMVA 4W54A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1IWVA 1NF5A 1G06A 4M6DA 1ZVYB 4DQ7A 4XJIA 1V7TA 3A95A 1YQVY 2DQHY 5KXXA 1LYGA 1JISA 1EQEA 2F2NA 1LMOA 2H9JA 4OW1A 182LA 4ZFPA 4TWSA 3P65A 4H90A 5LAGA 209LA 3AGGG 3M3UA 152LA 3RW8A 2Z2EA 1L17A 4ML7A 4XN6A 1F0WA 5KKIA 1L51A 4A7DA 3TXIA 1C6AA 246LA 1F6SA 1GE4A 2CWIA 3WU8A 1HEPA 1L43A 4OOOA 1L60A 1LSMA 1GF9A 1QS9A 4GCDA 1IP1A 4I8SA 1DKJA 1HFZA 1YANA 2B7XA 5LVHA 3SBBC 1UC0A 1LYSA 1IR9A 1LJJA 2HULA 2MEFA 2W1LA 1TLAA 4OWHA 1C61A 4WM3A 4WLDA 2ZYPA 3HWLA 1C6MA 1L10A 1L97A 1LI6A 1LSEA 164LA 1LZ5A 2YBMA 1LWGA 1I6SA 1YKZX 4RW2A 5KXTA 4BS7A 1K28A 1C7PA 3D4SA 3EBAB 208LA 1RE2A 2Z18A 1P7SA 1LHHA 3GUPA 4G49A 2LZTA 4Z46A 3AZ4A 193LA 1LMCA 3RUNA 4OO9A 4D9ZA 3HU8A 1LSBA 1L58A 1BB3A 201LA 3C8SA 2BQDA 3WVYA 3PDSA 4IAPA 4NGWA 4J1BA 2L78A 1QUSA 1L93A 1GF8A 1G7LC 4WLTA 1ZYTA 3KAMA 1G7HC 3WPJA 102LA 115LA 1B5VA 4I7RA 213LA 3V2WA 4J1AA 4NGZA 3J6KA 1ZVHL 1LYZA 3DN2A 2QB0B 103LA 1GDXA 1QUGA 2RBPA 1C6DA 1LSCA 128LA 3P4ZA 1C6GA 2MEIA 4YEMA 2MEHA 5LYMA 3F6ZA 1O23A 4ET9A 3A67Y 1IP4A 3HH4A 4QEQA 138LA 3LYOA 4H92A 2OU9A 1FDLY 1YKYX 177LA 1IP5A 1UACY 143LA 1L06A 1GBSA 4G4BA 1P36A 1QUDA 4Z3MA 5KXMA 5B59A 1FLQA 2XBSA 2D6BA 2A4TA 1LZNA 1QIOA 1FLYA 1C45A 1L42A 1LJ3A 1L70A 3AGIA 1L67A 2BPUA 1L32A 1VATA 2RSCA 1D9WA 4YENA 1QTEA 4H9EA 1D0LA 3QE8A 1SWZA 3G3WA 4ETEA 5HMVA 3TMVA 109LA 3TXJA 2HECA 2LYZA 3CDVA 1NWGA 2W1MA 4R6CA 185LA 1L00A 3W6AA 4X3BA 4ANRA 1LZCA 5EBHA 3HTDA 1LYJA 1QTHA 4HSFA 1LZ6A 3DN8A 1LSGA 1L71A 2HTXA 3AGHA 4WLYA 3G3BB 1GFVA 1XEJA 4GLVA 4ARLA 4GCEA 4XJGA 1CNSA 2IFFY 4WLXA 3WYHA 222LA 5FDJA 1LMQA 1LSDA 2A7FA 146LA 181LA 1I1ZA 1OWZA 1GB9A 4LZTA 2FYCA 5I54A 1OWYA 2B5ZA 1L80A 4WOAA 1L11A 1NBZC 153LA 2B6ZA 3SN6R 151LA 3C82A 1D3NA 5JENB 3HUQA 129LA 3NY9A 1GF5A 1L55A 1ZURA 1GB5A 1DPXA 1L26A 5APEA 1D2YA 145LA 2C8PA 1L04A 2MEBA 5KXOA 1LZGA 1VDSA 4LT0A 1L29A 5FELA 217LA 1C69A 4I7KA 5LVKA 2XQOA 1GFTA 1G1WA 4H91A 1GF3A 1C68A 4G4CA 4P2EA 3SB7A 1LHJA 1C64A 1GB6A 2O4WA 1T6HA 3A34A 4ETAA 120LA 3ZEKA 3HUKA 2F30A 3EMLA 186LA 5DN4A 1NHBA 4J0LA 4EPIA 1LI3A 1FN5A 1IC4Y 1C66A 1LMTA 3AW6A 1B7PA 1BQLY 1DYCA 1XEPA 2D91A 4WM5A 3OE8A 1KY1A 4UWUA 4HJZA 3WU7A 3HUAA 4TSBA 216LA 2B75A 2VB1A 4NGLA 1GFHA 1YL0X 1G7MC 1DQJC 1OYUA 1P64A 1L53A 1OUEA 1YL1X 1GPQC 4N5RA 5APCA 2MECA 1GFAA 1L85A 2MEGA 3A96A 1P46A 3P64A 4HV2A 3WPKA 3GXRA 1WQQA 1B2KA 1LJNA 1KY0A 1IY4A 1D3JA 2B74A 3D3DA 5D5FA 5I53A 1JJ3A 1CKFA 2I6ZA 1IIZA 1L13A 165LA 1L09A 1HERA 2A7DA 1W08A 1L16A 1L62A 3TXEA 2O79A 1B5XA 2OEAX 4ETBA 1NQIA 135LA 1OVKA 1C10A 211LA 1IOQA 1L52A 3J4GA 3A3RX 4FDYA 251LA 1DI5A 4ZEEA 1OUJA 1NHEA 3HDFA 195LA 3G3AB 4FJRA 3WU9A 4ARMB 245LA 2C8OA 4E97A 3HT9A 3W6CA 1RCMA 1KS3A 2XJWA 1IP6A 1CU6A 1GBZA 5KXYA 1IOCA 3T36A 1AM7A 1IP7A 2B6WA 3TXGA 3SB5A 3A93A 1LMAA 1L95A 3L64A 1ZV5L 4DAJA 4XJFA 1F10A 1CJ7A 1G07A 4LYBA 1GHLA 4N9RA 1QT3A 2ZNXY 191LA 4ZPUA 3QAKA 4H8YA 2LZMA 1NDMC 5FHWA 3CDRA 141LA 259LA 3TXHA 3VWOA 1OP9B 1WVUA 1WTMA 3CSQA 3C83A 1T6VL 1QTVA 1LZDA 1CKGA 1JJ0A 2XBRA 3WPLA 1LJFA 4NGYA 1UICA 5LA8A 1JTOL 2OE7X 2HEEA 3DMZA 4EMNA 2RBOA 1VDTA 4YXAC 1LTMA 2PC2A 1LSAA 4TX7A 3SB8A 188LA 2W1YA 4W56A 4CFPA 2ZIKA 3OK0A 4PPOA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1IWV A;  1NF5 A;  1G06 A;  4M6D A;  1ZVY B;  4DQ7 A;  4XJI A;  1V7T A;  3A95 A;  1YQV Y;  2DQH Y;  5KXX A;  1LYG A;  1JIS A;  1EQE A;  2F2N A;  1LMO A;  2H9J A;  4OW1 A;  182L A;  4ZFP A;  4TWS A;  3P65 A;  4H90 A;  5LAG A;  209L A;  3AGG G;  3M3U A;  152L A;  3RW8 A;  2Z2E A;  1L17 A;  4ML7 A;  4XN6 A;  1F0W A;  5KKI A;  1L51 A;  4A7D A;  3TXI A;  1C6A A;  246L A;  1F6S A;  1GE4 A;  2CWI A;  3WU8 A;  1HEP A;  1L43 A;  4OOO A;  1L60 A;  1LSM A;  1GF9 A;  1QS9 A;  4GCD A;  1IP1 A;  4I8S A;  1DKJ A;  1HFZ A;  1YAN A;  2B7X A;  5LVH A;  3SBB C;  1UC0 A;  1LYS A;  1IR9 A;  1LJJ A;  2HUL A;  2MEF A;  2W1L A;  1TLA A;  4OWH A;  1C61 A;  4WM3 A;  4WLD A;  2ZYP A;  3HWL A;  1C6M A;  1L10 A;  1L97 A;  1LI6 A;  1LSE A;  164L A;  1LZ5 A;  2YBM A;  1LWG A;  1I6S A;  1YKZ X;  4RW2 A;  5KXT A;  4BS7 A;  1K28 A;  1C7P A;  3D4S A;  3EBA B;  208L A;  1RE2 A;  2Z18 A;  1P7S A;  1LHH A;  3GUP A;  4G49 A;  2LZT A;  4Z46 A;  3AZ4 A;  193L A;  1LMC A;  3RUN A;  4OO9 A;  4D9Z A;  3HU8 A;  1LSB A;  1L58 A;  1BB3 A; 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