226LA

Generating ligand binding sites in t4 lysozyme using deficiency-creating substitutions
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNGAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Generation of ligand binding sites in T4 lysozyme by deficiency-creating substitutions.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1997-06-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 226lA00
2O7AA 1L00A 3NY9A 252LA 1DYDA 146LA 4EKSA 3FA0A 3V2YA 1LYIA 1PQDA 1C6GA 1SSWA 2Q9DA 3SB7A 107LA 1CUPA 3VW7A 3SB6A 2LC9A 3GULA 2OU9A 1L20A 3HT9A 108LA 257LA 1L13A 2NTGA 2RAYX 1SX2A 3GUKA 4DJHA 1G06A 1L01A 1C66A 3C8RA 4ARLA 4YXCA 1L92A 3OE8A 3F8VA 160LA 1T8FA 4EKQA 1L02A 3HUKA 3HTBA 2QARC 1QT4A 238LA 2RAZX 4I7SA 2OE7X 1L57A 1PQKA 126LA 261LA 2HUKA 1L95A 1OVJA 102LA 1L50A 159LA 163LA 1KS3A 3SBBC 248LA 4AQNA 1SWZA 1L55A 4LDEA 1P46A 1L24A 224LA 1L98A 1CV1A 1L72A 241LA 212LA 182LA 198LA 150LA 1G0QA 1C64A 1L44A 199LA 1L93A 1CUQA 225LA 114LA 1ZYTA 3HUAA 1C6PA 221LA 3LZMA 3C7YA 1OVKA 206LA 1QTVA 1C6DA 1T97A 247LA 167LA 1LW9A 1L80A 2ANXA 1L31A 4I7KA 141LA 129LA 3QAKA 3OE9A 1L34A 1QS5A 1LYHA 1L73A 260LA 178LA 223LA 2QB0B 1WTHA 166LA 1QTZA 2RBQA 2B6ZA 1OVHA 142LA 2Q9EA 4EPFA 233LA 2L78A 1L49A 2B6XA 4EXMA 220LA 1C6MA 250LA 1XEPA 1C6CA 3HTDA 2RBRA 1KW5A 2F47A 1L25A 1L53A 1L91A 2RBOA 1SSYA 1CV3A 3C8SA 1CU2A 1G0KA 173LA 243LA 1L94A 1L33A 1P36A 1C6TA 195LA 236LA 2F2QA 1C6HA 1P2LA 1L48A 3DMVA 152LA 245LA 1L90A 1C6EA 180LA 3GUPA 1L85A 2RB1X 196LA 1C67A 1L96A 1G1VA 1L51A 1QTDA 229LA 4I7RA 1PQJA 1OV7A 3K2RA 3DN2A 1C6NA 217LA 1L64A 1L14A 1D9WA 1L89A 3UONA 3HT6A 4DKLA 3HH6A 4GRVA 4ARMB 242LA 1OYUA 209LA 4I7MA 3G3WA 1G1WA 3EMLA 120LA 1L60A 3DN4A 4I7OA 1CVKA 177LA 122LA 1LGXA 4ARMA 197LA 2B6TA 205LA 4LZMA 2OE4X 144LA 4ARJA 4EPIA 1QT5A 3GUNA 1L82A 1L59A 1K28A 4ARQB 3DN0A 258LA 1XJUA 1NHBA 1L07A 1L15A 4W57A 1D3FA 1C6BA 3HT8A 183LA 1CV0A 1P3NA 3CDVA 4ARQA 1G07A 4EKPA 1QT7A 1C69A 3OE0A 215LA 7LZMA 149LA 1LPYA 125LA 1QS9A 2B6WA 3DNAA 145LA 1CU0A 200LA 1DYBA 231LA 218LA 3DMXA 1L04A 1L83A 1P2RA 3ODUA 1P6YA 1LYDA 2RBNA 184LA 240LA 4ZPUA 175LA 3HH5A 235LA 1C6LA 157LA 1QTHA 3GUIA 3PDSA 1G0LA 4I7TA 1L47A 113LA 1L68A 254LA 2OEAX 1L97A 2A4TA 4W59A 1G0MA 1LWGA 1L11A 2B73A 4YXAC 1LI2A 6LZMA 239LA 2RH1A 1QUGA 1L38A 147LA 1L0JA 1L22A 1L74A 186LA 2OE9X 171LA 1QTBA 3SB9A 1C65A 255LA 251LA 187LA 1LWKA 170LA 4I7NA 1CV6A 4EKRA 246LA 2B70A 1L39A 1L03A 1TLAA 1D2WA 162LA 1LYEA 1B6IA 181LA 1L0KA 2B75A 3HDEA 3OE6A 2RBSA 1L30A 3DKEX 2O79A 111LA 1DYAA 228LA 2CUUA 2RBPA 2LCBA 249LA 1CTWA 3DMZA 3G3XA 115LA 1P37A 148LE 1D3JA 1C68A 119LA 2O4WA 2HULA 2F32A 3DN8A 1L21A 4I7JA 1DYFA 1L69A 1L05A 1L65A 1XJTA 3C80A 189LA 1L36A 1C63A 190LA 1L52A 1QSQA 127LA 1D3MA 1G0PA 1EPYA 1L88A 1L87A 1C6IA 1JQUA 4LDOA 1G0JA 1JTNA 156LA 130LA 3HWLA 3C7WA 1L61A 1L79A 1L32A 1OWYA 1PQOA 201LA 1C6QA 216LA 1OWZA 4DAJA 2B7XA 1C6JA 1PQMA 214LA 232LA 176LA 1P56A 164LA 172LA 174LA 2OTYX 3C83A 3GUJA 2OU8A 1L56A 3PBLA 1L77A 3V2WA 1L75A 1L66A 1L28A 1L99A 1L84A 4LDLA 1L16A 3C82A 1QT3A 1C62A 138LA 1QUHA 1L81A 1T8GA 1QSBA 3C81A 253LA 1ZURA 1LYFA 259LA 3NYAA 4I7PA 3FADA 234LA 244LA 3C8QA 1CX6A 1L58A 1T8AA 1L37A 3FI5A 4GBRB 2HUMA 3HU9A 1C60A 262LA 131LA 4I7LA 165LA 1L43A 4I7QA 4IAPA 1SX7A 1OV5A 222LA 2LZMA 1L18A 1KY1A 1CV4A 211LA 112LA 3DN3A 3HH4A 1QUOA 3HTGA 3SB8A 4EJ4A 104LA 3SN6R 1I6SA 1L12A 1QTCA 1L46A 1DYGA 1L45A 1L08A 1T6HA 1L63A 3CDTA 4W51A 191LA 2B6YA 103LA 1CU6A 1L41A 1LI3A 1L71A 1QUDA 213LA 143LA 1LLHA 4W55A 158LA 2IGCA 1KW7A 230LA 1L70A 1L09A 188LA 123LA 3HUQA 3G3VA 1L29A 4PK0A 3SB5A 1SWYA 110LA 1C61A 1P7SA 237LA 1JTMA 1L06A 1L10A 4S0WA 3RUNA 139LA 4W54A 1L27A 1L42A 1L67A 2Z6BA 1L19A 140LA 2B74A 1QT8A 155LA 2NTHA 4W53A 1LGWA 256LA 3C7ZA 1L17A 5I14A 1KNIA 1C6KA 3GUMA 1C6AA 1D3NA 151LA 1P64A 185LA 169LA 3SBAA 3D4SA 2RB0X 1DYCA 227LA 1PQIA 137LA 118LA 2OTZX 2B72A 1L54A 168LA 1D2YA 3CDRA 3F9LA 4OO9A 3GUOA 4W58A 3JR6A 3L2XA 1LGUA 4K5YA 210LA 1P5CA 4YX7C 128LA 3HDFA 4E97A 1DYEA 4W52A 1CX7A 3HH3A 3CDOA 1L62A 3CDQA 3HTFA 2ANVA 5LZMA 1LI6A 1ZWNA 1KY0A 1CU5A 3DN1A 4PJZA 3HU8A 3NY8A 1L23A 226LA 4W56A 3DN6A 4ARPA 1L86A 109LA 161LA 1LYGA 2OU0X 192LA 1L76A 219LA 1C6FA 1QT6A 1CU3A 3HT7A 1L26A 3RZEA 1L40A 1CV5A 1L35A 1G0GA 2RB2X 1LYJA 3L64A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2YBHA 2AUBA 1OUJA 1L00A 1IP1A 1XGRC 5LAGA 3FA0A 3AZ6A 3V2YA 1PQDA 1JUGA 4DD9A 1AM7A 1C6GA 1SSWA 4NGKA 1RI8B 3SB7A 5F9UA 1CUPA 3VW7A 1FLUA 1UACY 1XEKA 1B7LA 1ALCA 4DJHA 2NTGA 3GUKA 4WLXA 1P2CC 3TMVA 4ARLA 5LVJA 3OE8A 4PGJB 3A93A 3HTBA 2QARC 1QTEA 4B4EA 238LA 2BQLA 4OWAA 1L57A 2XBSA 1JJ0A 159LA 1NBYC 1D0KA 3SBBC 1WQMA 1WTNA 5KXKA 1GFGA 4J0LA 1JWRA 224LA 1L98A 1LYZA 241LA 198LA 1G0QA 1C64A 4WM2A 1O23A 4HJZA 1CUQA 114LA 3HBEX 1LSAA 5FSTA 4H8ZA 1IC4Y 247LA 2ANXA 4DQ7A 4W96A 5HQ1A 1LYHA 1L73A 3IJVA 1BVKC 1DI4A 1HELA 3HBHA 3WPLA 1YAMA 1L49A 1UIGA 4EXMA 220LA 1F0WA 3WL2A 1XEPA 4NHQA 1L53A 2RBOA 1B7MA 3ULRA 4B1AA 1G0KA 1LJJA 2BQAA 4HJVA 2F2QA 1HEOA 1L33A 1L94A 4RDSA 3WPKA 5DN4A 4BAPA 1LZGA 1LMQA 1JTPL 1L85A 2RB1X 3A91A 4GCFA 1G1VA 2BQKA 1L51A 1W6ZA 2H9KA 229LA 1F6SA 2DQDY 3K2RA 1LMTA 2Y8PA 4WM5A 3UONA 1GDXA 2H5ZA 1UA6Y 4ARMB 1GFTA 1C08C 1OYUA 3G3WA 1G1WA 3DN4A 1V7SA 4I7OA 2I26L 4C3WA 3RU5A 1LZEA 1CKGA 4RW1A 1RCMA 2B6TA 4LZMA 3GUNA 1L82A 1ZMYL 3DN0A 1YAOA 258LA 1XJUA 1NHBA 1AT6A 3WU8A 2FBDA 1YROA 2BQNA 1CV0A 1P3NA 4ARQA 1CJ6A 1E8LA 1B5XA 1GF7A 215LA 125LA 1QS9A 2B6WA 145LA 200LA 2HECA 4XYYA 1L04A 5M1YA 4N9RA 1IWYA 1DI5A 5I4YA 175LA 1C6LA 3IWRA 1QIOA 1EQ5A 2HU1A 4CFOA 1BB4A 3WVXA 5FCPA 2A4TA 1JKAA 1FKVA 4W59A 4GLAA 3N9AA 1CNSA 4YXAC 1J1PY 1LJ4A 6LZMA 1L38A 1L0JA 186LA 2OE9X 1MLCE 1B5WA 1HNLA 1XEJA 4YF2A 4CJ2A 1GXXA 2MEDA 1LWKA 4EKRA 4GCCA 1LYEA 1B6IA 2YDGA 1NKHA 1L0KA 1XFPL 7LYZA 4PRQA 2XQOA 1YAPA 3OE6A 2LYOA 4BS7A 2O79A 2CUUA 1IWWA 3DMZA 4NIJA 4HP0A 1LJFA 1XGQC 1L21A 4U3XB 3WUAA 4I7JA 4N0JA 1XJTA 1L65A 1L36A 1C63A 190LA 1T6VL 1GPQC 5B05A 127LA 1CKDA 1EPYA 4L41A 4IJ4A 4LDOA 1G0JA 5KXTA 4WL7A 1UIEA 1FN5A 3W6BA 1L61A 4DD3A 201LA 1LSEA 2C8OA 1C6JA 4II8A 1H6MA 232LA 4RW2A 1OUAA 4ETCA 174LA 4Z46A 1IIZA 3GUJA 1IOSA 4XJBA 1C46A 2VB1A 3VWOA 2Z37A 4X3BA 2B5ZA 1FDLY 4WG1A 1UICA 1QT3A 5KXMA 2BQHA 1NDMC 4YEMA 5KXWA 1QSBA 5LVKA 253LA 1ZURA 1GFAA 1CX6A 1GFJA 1KIRC 5B06A 4B0DA 4OOTA 3J6KA 4GBRB 1LZBA 3WMKA 3HU9A 1C60A 4FDYA 4XJHA 3AJNA 8LYZA 2BQJA 3TXKA 4Z3MA 3HFMY 1IWVA 1L08A 191LA 1CU6A 3EXDA 5FEKA 2DQFC 1BWHA 1LSBA 4GCDA 5I4WA 1DXJA 2ZNWY 5C6JA 3G3VA 1L29A 1VDTA 2YVBA 4J1BA 4AGAA 2CGIA 110LA 3E3DA 1ZV5L 2ZYPA 4S0WA 5JENB 4ZIXA 4DC4A 4W54A 1CKFA 1B7PA 2BQFA 1L19A 2CDSA 4M4OA 1YKXX 2G4NA 5LYZA 2W1MA 4XJDA 3K3TA 4LZTA 1C6AA 5DLAA 1DYCA 1IC7Y 1REYA 2MEHA 2B72A 1L54A 3CDRA 1B5VA 4OO9A 3JR6A 3L2XA 3WVYA 1LGUA 210LA 134LA 4LYTA 5LINA 4NGVA 1DYEA 1JKCA 4DD2A 4PPOA 3HH3A 1L62A 3HTFA 4TSBA 5DL9A 2ANVA 5LZMA 3DN1A 4H90A 4LFXA 4YEOA 2BQBA 4W56A 109LA 219LA 1QUTA 1CU3A 3B0KA 2C8PA 1QDTA 2RB2X 1QDRA 4NGOA 153LA 4EKSA 5L3IA 2Q9DA 3P66A 4H9IA 1LJHA 1CKHA 3B6LA 2LZ2A 4G4HA 3A6CY 2LC9A 3SB6A 1LZRA 3P64A 3RT5X 108LA 1EQEA 257LA 1L13A 2RAYX 1SX2A 1G06A 1GBOA 1L01A 5KJ9A 3C8RA 4YXCA 1LHMA 1CKCA 3W6CA 160LA 1B7NA 1L02A 2MEAA 4ETDA 4I7SA 1PQKA 5B59A 126LA 261LA 1TBYA 1JISA 2HUKA 102LA 1IOTA 4WMGA 9LYZA 163LA 1KS3A 3ZVQB 1JSFA 4AQNA 4LDEA 1BB7A 1IP6A 1GDWA 212LA 182LA 4H8YA 5KY1A 1BQLY 3HUAA 1ZYTA 221LA 3LZMA 1LSMA 2Z12A 1FKQA 3LZ2A 2I25L 4B4IA 1T97A 2NWDX 1LW9A 4I7KA 129LA 3QAKA 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5C6LA 1LZSA 111LA 1HEQA 5ILFA 1QUSA 1P37A 4H8XA 1C68A 119LA 2HULA 2F32A 1GF4A 1B5UA 4H9FA 4H93A 2A7DA 5EBHA 4ET9A 1UCOA 1L69A 1L05A 1GE1A 1QSQA 1IWXA 1YANA 1G0PA 1L87A 1JTNA 4LT2A 5LYMA 2FYCA 1A4VA 4NGLA 1OWYA 1PQOA 4NWHA 2Z38A 4DAJA 2B7XA 1W08A 1PQMA 2BQOA 1FLYA 4WM6A 3P4ZA 2OTYX 5ILCA 2OU8A 3PBLA 1HFZA 1GB9A 1LZCA 5APEA 2HEAA 1OUCA 1L66A 1LZTA 5F9XA 1L99A 1GF3A 1LSDA 1GHLA 1C62A 138LA 2G4QA 1WTMA 1LHHA 1PZYA 259LA 5LIOA 2F30A 234LA 4NGIA 1D0LA 1L58A 4A7DA 2HUMA 1LHKA 262LA 131LA 2EIZC 165LA 1GF6A 4IAPA 1B7OA 2LZMA 1L18A 3HH4A 112LA 5D5CA 3WU9A 1SQ2L 3EO5A 104LA 3SN6R 2IFFY 1L46A 1T6HA 4NY5A 4W51A 1L41A 1LI3A 1HMKA 4MR1A 1GAYA 4H9AA 5KXXA 1QUDA 4GN4A 143LA 1LZ6A 2EKSC 1B7RA 158LA 2IGCA 1VEDA 188LA 3P68A 1OUEA 2DQAA 4PK0A 1SWYA 1LSNA 2CWIA 237LA 1XGPC 3TXDA 1AZFA 1LHLA 1L27A 1D6PA 1L67A 1Z55A 140LA 4ETEA 1QT8A 155LA 3M3UA 4W53A 3AZ5A 256LA 3C7ZA 4N8ZA 4TTDA 1GBZA 2BQCA 2XJWA 1C6KA 3GUMA 1LHJA 1D3NA 4G4BA 2D4IA 3SBAA 2XBRA 227LA 1PQIA 137LA 1EQ4A 2ZWBA 1G7IC 2MEEA 1JPOA 3HDFA 1GB0A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2YBH A;  2AUB A;  1OUJ A;  1L00 A;  1IP1 A;  1XGR C;  5LAG A;  3FA0 A;  3AZ6 A;  3V2Y A;  1PQD A;  1JUG A;  4DD9 A;  1AM7 A;  1C6G A;  1SSW A;  4NGK A;  1RI8 B;  3SB7 A;  5F9U A;  1CUP A;  3VW7 A;  1FLU A;  1UAC Y;  1XEK A;  1B7L A;  1ALC A;  4DJH A;  2NTG A;  3GUK A;  4WLX A;  1P2C C;  3TMV A;  4ARL A;  5LVJ A;  3OE8 A;  4PGJ B;  3A93 A;  3HTB A;  2QAR C;  1QTE A;  4B4E A;  238L A;  2BQL A;  4OWA A;  1L57 A;  2XBS A;  1JJ0 A;  159L A;  1NBY C;  1D0K A;  3SBB C;  1WQM A;  1WTN A;  5KXK A;  1GFG A;  4J0L A;  1JWR A;  224L A;  1L98 A;  1LYZ A;  241L A;  198L A;  1G0Q A;  1C64 A;  4WM2 A;  1O23 A;  4HJZ A;  1CUQ A;  114L A;  3HBE X;  1LSA A;  5FST A;  4H8Z A;  1IC4 Y;  247L A;  2ANX A;  4DQ7 A;  4W96 A;  5HQ1 A;  1LYH A;  1L73 A;  3IJV A;  1BVK C;  1DI4 A;  1HEL A;  3HBH A;  3WPL A;  1YAM A;  1L49 A;  1UIG A;  4EXM A;  220L A;  1F0W A;  3WL2 A;  1XEP A;  4NHQ A;  1L53 A;  2RBO A;  1B7M A;  3ULR A;  4B1A A;  1G0K A;  1LJJ A;  2BQA A;  4HJV A;  2F2Q A;  1HEO A;  1L33 A;  1L94 A;  4RDS A;  3WPK A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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