1L38A

Contributions of engineered surface salt bridges to the stability of t4 lysozyme determined by directed mutagenesis
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQEKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Contributions of engineered surface salt bridges to the stability of T4 lysozyme determined by directed mutagenesis.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1991-01-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l38A00
1L95A 4I7LA 1L79A 209LA 1DYGA 187LA 1L49A 258LA 4W59A 3CDOA 3DN6A 4DJHA 4I7OA 3LZMA 231LA 2B72A 1XEPA 3DKEX 109LA 3SB8A 3CDTA 216LA 2B6ZA 250LA 5LZMA 4ARMB 1L01A 2B6XA 3OE6A 3EMLA 1C6LA 2B6YA 236LA 2HULA 191LA 1L08A 104LA 200LA 3CDQA 3GUNA 3HH3A 218LA 206LA 239LA 4W52A 1L91A 166LA 1L45A 1QSBA 223LA 229LA 1C66A 1L34A 4AQNA 198LA 4I7KA 2HUMA 4ARMA 1SWZA 3JR6A 3GUPA 1LYFA 195LA 1L76A 205LA 185LA 1CVKA 2RBOA 2NTGA 1L50A 1P36A 1L43A 1L62A 3SB5A 1K28A 2B75A 175LA 3OE8A 3DNAA 253LA 4I7SA 4I7QA 234LA 1QUOA 1L89A 2HUKA 112LA 1L46A 108LA 4I7JA 252LA 3C82A 2OE4X 1CV6A 1C6PA 1LGWA 139LA 1CU3A 228LA 2F2QA 1SX7A 3C8QA 3HDEA 1DYCA 1C6IA 1L16A 261LA 111LA 2RH1A 1C68A 4ZPUA 1KY1A 1L47A 146LA 1L84A 3HUAA 163LA 140LA 1C6GA 1L70A 1L27A 3HT8A 4W55A 226LA 2B6TA 1L60A 2OTZX 1SSYA 2F47A 1G1WA 248LA 1L25A 3C81A 156LA 1QTVA 4I7RA 113LA 1C67A 1ZWNA 3GUJA 1D3MA 2RBSA 1CV1A 4IAPA 1CUQA 1CU5A 2B73A 1G1VA 1L33A 1L30A 2B74A 1B6IA 126LA 1L36A 1L21A 1L31A 3C7WA 3SB9A 4DKLA 4I7TA 3DMXA 2RB2X 1L77A 122LA 1P7SA 1L86A 3C80A 260LA 1LGXA 1P3NA 3SB6A 1L32A 1CU6A 182LA 3QAKA 4S0WA 1LYDA 3HU9A 1C6EA 4I7PA 1L37A 1L07A 1L10A 1L85A 1C6JA 1L06A 1LWGA 3OE9A 4K5YA 1L99A 155LA 1G0QA 2OE7X 1QTCA 1SSWA 183LA 162LA 1LYHA 1KW5A 4EPFA 219LA 243LA 1G0LA 1KW7A 3DN1A 181LA 244LA 1G0PA 1QUDA 4EKQA 2O79A 190LA 1CU2A 1QUGA 1C6QA 3UONA 145LA 4I7NA 3FADA 2QB0B 1L73A 3GUKA 1TLAA 211LA 2ANXA 1QT3A 1D9WA 4LDOA 1SX2A 4LDEA 192LA 1PQOA 1L69A 221LA 3RUNA 1L63A 2Q9EA 1LGUA 1LI3A 178LA 1QSQA 1JTMA 3SBAA 3GUIA 1L18A 2A4TA 1OV7A 4PJZA 4YXAC 220LA 2OEAX 119LA 1L0KA 2O4WA 1L00A 4EPIA 2OU8A 2O7AA 1L26A 1PQKA 3HUKA 1C6NA 1QT4A 1L12A 1QTHA 197LA 3OE0A 1L81A 114LA 4DAJA 222LA 1L71A 152LA 1LYGA 1G07A 196LA 1L23A 1P56A 1OYUA 1QT6A 4GBRB 232LA 1C6TA 142LA 2Q9DA 148LE 2RB0X 2ANVA 1C61A 2L78A 3FI5A 1L38A 242LA 1C69A 1L55A 1OWYA 3HH5A 1D3JA 1ZURA 4LDLA 1L98A 4PK0A 1L90A 1L82A 3G3XA 141LA 172LA 1LI6A 4W56A 3NY9A 1DYFA 1KNIA 1L61A 1CV4A 168LA 1D3FA 1QUHA 4EXMA 1P5CA 233LA 3D4SA 170LA 1JTNA 1P46A 201LA 1CV0A 3DN8A 4I7MA 2F32A 1L58A 2B7XA 167LA 2LZMA 1L19A 3G3WA 1L80A 1L94A 3HTFA 102LA 1C64A 128LA 1L42A 240LA 2B6WA 2NTHA 4OO9A 246LA 1P6YA 3L64A 1L65A 1C6BA 1KY0A 1L59A 1G0MA 188LA 213LA 4ARLA 1C6FA 118LA 1L14A 3C8RA 1CX6A 1G0GA 1L75A 1CV3A 3V2YA 2OE9X 1L22A 130LA 1QT5A 1P2RA 149LA 4ARQB 1L72A 3G3VA 1D2WA 107LA 1OVJA 214LA 4EKSA 2RBPA 249LA 125LA 1D2YA 1L35A 1L03A 1KS3A 1L96A 4GRVA 1L52A 3HWLA 3HT7A 1QT7A 1L54A 1L17A 1L48A 131LA 165LA 2LCBA 1C65A 1I6SA 129LA 7LZMA 1PQJA 1NHBA 1L15A 4W58A 4LZMA 1WTHA 3PBLA 1L04A 1T6HA 1C60A 186LA 245LA 3HUQA 1QS9A 2RAYX 1OVHA 4E97A 1OVKA 1PQIA 1L64A 3GUOA 2OU9A 215LA 2RBNA 1CX7A 3GULA 3DN2A 241LA 1CUPA 247LA 1LWKA 1LYIA 150LA 158LA 169LA 151LA 257LA 1L05A 3NY8A 212LA 1L83A 4ARJA 1L29A 237LA 254LA 1T8GA 1DYBA 1LW9A 3HTGA 1CV5A 1L20A 4EKPA 1L09A 180LA 3DN3A 3V2WA 1LPYA 1L13A 1C6DA 1OWZA 3HDFA 173LA 1L39A 3CDVA 3HTDA 3HU8A 2Z6BA 1L11A 1PQMA 225LA 1L41A 2RBQA 1XJTA 1LYJA 1XJUA 147LA 115LA 1L40A 3PDSA 3RZEA 3NYAA 1L74A 1LYEA 5I14A 1QTBA 1P64A 3K2RA 3DMZA 3HT6A 3SBBC 4YXCA 3C7YA 1T8AA 3CDRA 1PQDA 1L51A 1G06A 1C6AA 138LA 103LA 2OTYX 199LA 2B70A 3DMVA 1ZYTA 1CU0A 3ODUA 4W53A 177LA 1C62A 1QS5A 1L56A 3C8SA 1L66A 1QTZA 1L0JA 157LA 1JQUA 4EJ4A 189LA 184LA 159LA 1L02A 144LA 171LA 1L44A 230LA 4ARPA 1QTDA 1G0KA 2RB1X 4YX7C 1QT8A 110LA 127LA 161LA 3DN0A 1C6MA 2OU0X 1LI2A 210LA 1P2LA 259LA 3L2XA 160LA 174LA 143LA 1G0JA 137LA 227LA 1L28A 224LA 3GUMA 1L97A 1L87A 1C63A 1DYAA 1T97A 4W57A 1SWYA 2CUUA 123LA 2QARC 1P37A 256LA 1DYEA 4W54A 3SN6R 2IGCA 3C7ZA 2RBRA 1LLHA 1L24A 4EKRA 1L67A 1L68A 1D3NA 1L92A 1L93A 255LA 235LA 1EPYA 3HH6A 4ARQA 3DN4A 3HTBA 1C6HA 120LA 3C83A 2LC9A 251LA 6LZMA 1OV5A 262LA 176LA 3HH4A 1L57A 2RAZX 1L53A 4W51A 3FA0A 1DYDA 3SB7A 238LA 1L88A 1C6KA 3VW7A 164LA 1C6CA 1T8FA 3F9LA 217LA 3F8VA 1CTWA 3HT9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1UIDA 1REYA 5FHWA 1TBYA 5F16A 1LZ6A 209LA 3W6FA 4DJHA 1NKHA 3OJPA 2D6BA 3DKEX 1MLCE 3SB8A 216LA 4ARMB 2B6XA 2A7DA 1C6LA 2HULA 4N5RA 1GE0A 1L08A 200LA 3CDQA 4HTQA 4EMNA 1LSCA 1GF9A 1HFXA 1VFBC 3A6CY 3A67Y 4HJZA 4W52A 1L45A 1XEIA 1GFTA 4ZIXA 4RLMA 4H8ZA 2NTGA 3SB5A 2B75A 3LYZA 3OE8A 2PC2A 3QY4A 1FN5A 1C08C 5A3ZA 4GCBA 1QUOA 108LA 252LA 2OE4X 2BLYA 3C8QA 3HDEA 5APCA 4HV2A 1C6IA 4B49A 1C68A 3AW6A 1HMLA 1KY1A 1L47A 1BGIA 5LVIA 3B0OA 1YL1X 163LA 1C6GA 1QSWA 2Z2FA 4W55A 1G1WA 4PRUA 1DZBX 1T6VL 3EMSA 4HV1A 4Z41A 2RBSA 5K7OA 5ILFA 1CV1A 1CU5A 2D4IA 5KKJA 1B5UA 4FDYA 126LA 3LYMA 4LFPA 3WUMA 5LYZA 4DKLA 3HBEX 5KXNA 1CKDA 2RB2X 3QE8A 1ALCA 4H9CA 3C80A 1LSBA 4XN6A 1LGXA 5KJ9A 1GAZA 1L32A 1CU6A 3QAKA 4H9FA 3A91A 135LA 4S0WA 1I20A 1EL1A 1L07A 1L85A 1LWGA 4NEBA 4K5YA 2OE7X 1WQNA 1QUSA 1LZAA 1LCNA 3E3DA 2D4JA 2BQNA 1VDTA 1YAQA 181LA 244LA 4WG1A 3W6AA 1G0PA 1FLYA 4PRQA 3UONA 1LJIA 2BQEA 145LA 3J6KA 3W6BA 1GEVA 1DPWA 1GF3A 3WULA 2RSCA 1CJ9A 3A93A 1QT3A 4LDOA 4WG7A 1SX2A 132LA 1UA6Y 1L69A 5I54A 3RNXA 178LA 3SBAA 1LZYA 4G49A 4GLVA 4ML7A 1LMQA 4PJZA 220LA 1JITA 4PGJB 1HFZA 1C46A 2Z37A 2OU8A 8LYZA 1QT4A 1QTHA 1L12A 1YIKA 1GFKA 4QY9A 5B1GA 222LA 152LA 1LYGA 196LA 1LZ8A 1JJ0A 4GBRB 3TMWA 4DT3A 232LA 1LHLA 2RB0X 1C61A 3TXHA 2I6ZA 3AZ5A 1OWYA 1D3JA 5KY1A 1ZURA 1JKDA 3A3QA 1L90A 4GLAA 2Q0MX 4H9AA 172LA 1E8LA 2MEIA 2Z39A 5LA5A 4N8ZA 170LA 1JTNA 1LSGA 201LA 1CV0A 2B7XA 2ZIJA 2LZMA 3GXKA 1OUFA 1L19A 4G9SA 4NHIA 4E3UA 208LA 1LAAA 4LYZA 3B0IA 2B6WA 246LA 3P66A 1L59A 1G0MA 4ARLA 118LA 1LPIA 1CX6A 1XFPL 1L75A 1CV3A 2OE9X 2ZQ4A 130LA 1XSFA 1AZFA 5F9XA 1HEMA 214LA 125LA 1L35A 1I56A 1L03A 2FYDA 1HELA 1AM7A 1JHLA 1L52A 1FKQA 1L96A 4TX7A 1QT7A 5KXKA 1L48A 165LA 2W1LA 129LA 7LZMA 1PQJA 1GE3A 1T6HA 1OP9B 4NWHA 1L64A 2OU9A 1WQPA 3W3EA 215LA 1HERA 5KXYA 3AGIA 1DI5A 1J1PY 5LAFA 1BWIA 3TXEA 158LA 257LA 3HBDA 154LA 1YKXX 1IWZA 1YROA 3IWRA 1G7IC 4EKPA 4WLXA 3WPLA 3DN3A 180LA 3V2WA 2BQFA 1L13A 4FJRA 173LA 1L39A 4LYMA 2DQDY 3HTDA 3HU8A 1XJTA 1LYJA 3AZ7A 5LIOA 1XJUA 3PDSA 1IX0A 1OUGA 4LZTA 4NGOA 3BKHA 3SBBC 4YXCA 3C7YA 1GF7A 1T8AA 2YSSC 1GBZA 138LA 2MEGA 103LA 1GF0A 3G3BB 2YVBA 3T6UA 4M6DA 1L56A 1VDPA 3CT5A 4J1AA 4LT2A 4EJ4A 3TXGA 4HJVA 1HEWA 159LA 1L02A 5B59A 1L44A 5E4PA 4ARPA 4YM8A 4YX7C 1QT8A 2EKSC 161LA 3DN0A 1C6MA 4GN5C 1WVUA 259LA 3LYOA 160LA 1G0JA 137LA 5T3FA 1L87A 1IR8A 1DYAA 1T97A 1LJKA 1SWYA 1P37A 1VDSA 1G7MC 4W54A 1RFPA 1BB7A 3SP3A 1TCYA 2WARA 1XGTC 1L24A 1L68A 255LA 1B5XA 235LA 1HC0A 4IATA 2LC9A 5D5FA 1OV5A 262LA 2F4AA 176LA 2YBJA 1IWUA 2HEBA 3VW7A 1D9UA 1OUIA 4O34A 1L95A 4TWSA 4AGAA 4I7LA 258LA 1DYGA 4W59A 4WM3A 3CDOA 4WL7A 3LZMA 4DQ7A 2FYCA 4B1AA 109LA 1OUAA 2G4NA 2B6ZA 1IC5Y 3OE6A 3EMLA 4H8XA 5B05A 1QUTA 2ZQ3A 3AW7A 2XTHA 218LA 4NSIA 1DQJC 4MSTA 1C66A 4AQNA 1UC0A 1IOSA 1LHIA 4ARMA 1AT6A 195LA 1DKJA 1L76A 1GFGA 3AB6A 1C10A 2LZTA 1W08A 1L89A 2CDSA 2BQAA 2F30A 4I7JA 2W1YA 1TAYA 3BKVA 2DQJY 228LA 1SX7A 1GBSA 1DYCA 1ZVYB 261LA 4GCEA 5E9RA 1GB5A 3LN2A 146LA 1OUEA 4G4BA 3HUAA 1W6ZA 4D9ZA 3HT8A 1NHEA 226LA 1XGUC 2OTZX 2F47A 5C6LA 5DLAA 1JSFA 1QTVA 2DQEY 4TTDA 1D3MA 5KXLA 1GFVA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1UID A;  1REY A;  5FHW A;  1TBY A;  5F16 A;  1LZ6 A;  209L A;  3W6F A;  4DJH A;  1NKH A;  3OJP A;  2D6B A;  3DKE X;  1MLC E;  3SB8 A;  216L A;  4ARM B;  2B6X A;  2A7D A;  1C6L A;  2HUL A;  4N5R A;  1GE0 A;  1L08 A;  200L A;  3CDQ A;  4HTQ A;  4EMN A;  1LSC A;  1GF9 A;  1HFX A;  1VFB C;  3A6C Y;  3A67 Y;  4HJZ A;  4W52 A;  1L45 A;  1XEI A;  1GFT A;  4ZIX A;  4RLM A;  4H8Z A;  2NTG A;  3SB5 A;  2B75 A;  3LYZ A;  3OE8 A;  2PC2 A;  3QY4 A;  1FN5 A;  1C08 C;  5A3Z A;  4GCB A;  1QUO A;  108L A;  252L A;  2OE4 X;  2BLY A;  3C8Q A;  3HDE A;  5APC A;  4HV2 A;  1C6I A;  4B49 A;  1C68 A;  3AW6 A;  1HML A;  1KY1 A;  1L47 A;  1BGI A;  5LVI A;  3B0O A;  1YL1 X;  163L A;  1C6G A;  1QSW A;  2Z2F A;  4W55 A;  1G1W A;  4PRU A;  1DZB X;  1T6V L;  3EMS A;  4HV1 A;  4Z41 A;  2RBS A;  5K7O A;  5ILF A;  1CV1 A;  1CU5 A;  2D4I A;  5KKJ A;  1B5U A;  4FDY A;  126L A;  3LYM A;  4LFP A;  3WUM A;  5LYZ A;  4DKL A;  3HBE X;  5KXN A;  1CKD A;  2RB2 X;  3QE8 A;  1ALC A;  4H9C A;  3C80 A;  1LSB A;  4XN6 A;  1LGX A;  5KJ9 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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