142LA

Role of backbone flexibility in the accommodation of variants that repack the core of t4 lysozyme
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMAQQKRWDEVAVNAAKSRWYNQTPNRAKRVITTLRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title The role of backbone flexibility in the accommodation of variants that repack the core of T4 lysozyme.
pubmed rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 61
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1993-10-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 142lA00
2B74A 239LA 146LA 3DN8A 219LA 2OTZX 1L64A 1L60A 1C6TA 3HT7A 253LA 4I7TA 1L96A 242LA 1L06A 144LA 173LA 123LA 1PQOA 1QTHA 1QSQA 3NYAA 3OE6A 1L38A 4I7MA 4W56A 1G06A 1L24A 1JTNA 118LA 4I7LA 2OE4X 1G0KA 3QAKA 166LA 2B6XA 1P56A 1L86A 2LCBA 2RBRA 1D2WA 1QTVA 3PDSA 1L81A 158LA 3FADA 1KY0A 1L51A 152LA 1G0QA 1L58A 3HTBA 1L55A 145LA 1I6SA 3C82A 4W51A 251LA 1QTCA 1G0JA 3GUMA 177LA 3CDTA 2RBQA 183LA 1L36A 192LA 1SSYA 1L31A 1L33A 4W55A 4ARJA 6LZMA 2NTGA 147LA 137LA 2LZMA 1NHBA 2IGCA 165LA 1C6KA 1QUHA 238LA 245LA 1L74A 4YXAC 4GRVA 3GUPA 1D3JA 1L85A 1CUQA 174LA 3G3VA 1L61A 4LDLA 1LWGA 2B6TA 3OE8A 1C6JA 1C60A 1OWZA 1QT4A 4YXCA 237LA 1L72A 1QT5A 257LA 1DYFA 1QUOA 1QTDA 126LA 1L26A 3GUOA 1L88A 240LA 244LA 1P46A 3OE9A 226LA 3NY9A 1QTZA 1OVKA 1SX7A 127LA 176LA 3C8SA 119LA 1C6LA 163LA 4EKSA 186LA 227LA 1C63A 1CV3A 1P64A 3DKEX 1L50A 159LA 3C83A 3F8VA 2RBSA 3DNAA 155LA 148LE 1L08A 1QTBA 1L20A 1C6DA 1P37A 1P2RA 218LA 1L23A 225LA 1C6BA 103LA 171LA 1L98A 2B6ZA 3GUJA 3HTFA 1C68A 1L76A 1D3NA 1L42A 3C80A 1QUDA 2RBPA 1L29A 1QT6A 1L12A 1T8AA 1P3NA 1T6HA 170LA 1C6IA 2RB0X 3C8QA 3HH6A 5I14A 1L48A 189LA 1QS5A 1C64A 1L11A 1KY1A 1G0GA 1L89A 232LA 1L05A 1L47A 3CDVA 1L32A 3G3WA 1L43A 1L54A 1L92A 3FA0A 2RBNA 1LWKA 1L10A 1L69A 129LA 1XEPA 143LA 1C6HA 1ZYTA 4ARLA 110LA 151LA 2RBOA 1C67A 1L95A 2CUUA 4ARMA 2F47A 1L01A 1L56A 164LA 3SBBC 1LYHA 111LA 255LA 1WTHA 1OYUA 2OTYX 2RAYX 200LA 3HT9A 3HT8A 1G1VA 1CV1A 262LA 4W59A 215LA 1L99A 185LA 1LYIA 1CU5A 1P2LA 188LA 4PK0A 4I7JA 1CU2A 1PQDA 112LA 182LA 2NTHA 2O79A 1L49A 231LA 1C6CA 1OV7A 2Z6BA 4S0WA 1XJUA 149LA 230LA 1L91A 1QS9A 1G1WA 236LA 175LA 254LA 4I7QA 131LA 1CX7A 1G07A 4ZPUA 216LA 1DYBA 1L75A 1C61A 1C6EA 205LA 7LZMA 4W57A 1CU6A 3RUNA 1D2YA 184LA 2B7XA 1LGWA 2OE7X 1L02A 206LA 249LA 1C6FA 2O4WA 2OEAX 1L67A 187LA 3HWLA 1KNIA 222LA 162LA 114LA 1L94A 1LI2A 139LA 4I7RA 1DYGA 3V2WA 243LA 1L70A 2QB0B 4ARQA 1G0PA 3DMVA 142LA 1L03A 1L34A 220LA 1JQUA 4OO9A 4W54A 1ZURA 3ODUA 102LA 161LA 1L14A 4I7OA 1D3MA 1QUGA 2F2QA 3HT6A 1CV0A 107LA 195LA 1L97A 1EPYA 1LYJA 246LA 196LA 3CDQA 3K2RA 1L21A 190LA 199LA 4AQNA 3L64A 1P7SA 3HDEA 3GUIA 180LA 252LA 4DJHA 4LZMA 1LI3A 2L78A 128LA 221LA 3OE0A 3F9LA 1G0MA 1T8GA 1L15A 214LA 1L27A 3DN2A 211LA 247LA 1SSWA 1DYAA 4GBRB 3GULA 3SB8A 3DN1A 1D9WA 172LA 1LI6A 2RB1X 3V2YA 2B6WA 1P6YA 115LA 3SN6R 3JR6A 3HUKA 2B73A 120LA 233LA 2HUKA 1L65A 1L68A 197LA 3C8RA 1SX2A 4W52A 1L00A 228LA 1L62A 1G0LA 2F32A 4ARMB 1LW9A 2A4TA 1CV5A 2OU8A 1CUPA 1L84A 1C6MA 4EJ4A 1C62A 1L09A 1L93A 1QT3A 181LA 109LA 256LA 2B70A 2RH1A 1ZWNA 1P36A 1CVKA 3HUQA 1L59A 1LPYA 3HH3A 3SB5A 2Q9DA 1DYCA 1JTMA 141LA 1LYDA 1C6QA 3EMLA 209LA 4IAPA 3DMZA 1C6NA 3C7ZA 1L19A 224LA 1LYEA 1L83A 1XJTA 2O7AA 2ANXA 4W58A 4YX7C 1L45A 169LA 1CU0A 1CU3A 122LA 4EKPA 1PQKA 1OVHA 1L80A 1L35A 212LA 3SB7A 4EKRA 3HUAA 261LA 1T97A 3G3XA 168LA 104LA 1L17A 3GUNA 3SB9A 1L73A 4ARPA 4LDOA 2ANVA 108LA 4ARQB 1C65A 210LA 1C66A 1L87A 1CV4A 1QT7A 1L57A 1L18A 1L39A 157LA 3FI5A 3C81A 5LZMA 178LA 3DN0A 191LA 248LA 3LZMA 3RZEA 3D4SA 150LA 1PQMA 1T8FA 4I7KA 1LGXA 1PQJA 4EKQA 1CX6A 1L71A 2Q9EA 1OV5A 223LA 1L44A 213LA 3HU9A 4EPFA 4EXMA 1DYDA 2RAZX 3HU8A 1LYGA 2OU9A 235LA 3UONA 1K28A 1D3FA 1L25A 4PJZA 1LYFA 3GUKA 1LLHA 1L22A 1PQIA 2B75A 1KS3A 2HUMA 1P5CA 198LA 1C69A 3HH4A 1CTWA 4W53A 3PBLA 1L07A 1L52A 3HH5A 1L28A 4E97A 138LA 1C6PA 1OVJA 1OWYA 130LA 2B6YA 1C6GA 1L13A 1QSBA 3CDRA 156LA 4I7SA 3SBAA 1L66A 258LA 2LC9A 3C7WA 4DAJA 1LGUA 217LA 1DYEA 1B6IA 1L82A 3SB6A 250LA 3C7YA 1L53A 259LA 201LA 4I7PA 3HTDA 3HDFA 4I7NA 1SWYA 1TLAA 260LA 125LA 241LA 1KW7A 1L63A 4DKLA 234LA 1L79A 3VW7A 113LA 1L90A 1L41A 1C6AA 1L30A 1SWZA 1L16A 4EPIA 167LA 1L37A 3HTGA 3DN3A 3CDOA 4LDEA 1QT8A 1KW5A 160LA 3NY8A 1L77A 1L0JA 2QARC 229LA 2B72A 3DN4A 2OU0X 1L0KA 4K5YA 140LA 1L46A 3DN6A 2OE9X 1L40A 3DMXA 1CV6A 3L2XA 2RB2X 1L04A 2HULA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2B74A 146LA 219LA 3A67Y 1LJJA 4I7TA 4OWBA 1L96A 4DD2A 2A7FA 1FDLY 3WH1A 5C6IA 1LZEA 4I7MA 123LA 3NYAA 1G06A 1HMKA 2D4KA 1GF3A 118LA 4TUNA 1YAPA 2OE4X 4WLDA 1HSWA 1YL1X 1LJ4A 2EQLA 4UWNA 1QTVA 1LSZA 1L81A 2DKVA 1KY0A 4HV1A 4PRUA 1GFRA 1D6QA 1LYSA 1VATA 177LA 1G7HC 193LA 3RNXA 1L36A 1L33A 4W94A 137LA 3AZ5A 165LA 1OUAA 2XTHA 245LA 4GCEA 1D3JA 2HEAA 1FLWA 2DQHY 4BADA 4LDLA 4AXTA 1C6JA 1C60A 1J1PY 1QT4A 1RI8B 4YXCA 1LZNA 1EQ5A 1QT5A 1DYFA 3RW8A 1IR8A 1IOCA 2FYDA 1LZ9A 3OE9A 226LA 2BQFA 4N1EI 3NY9A 1QTZA 1IP3A 4HJZA 3A90A 176LA 3C8SA 1W08A 1CV3A 4DQ7A 3VWOA 2WARA 1WVUA 3C83A 1JJ3A 3WUAA 4M4OA 1GB0A 155LA 1L20A 218LA 1C6BA 1PZYA 1IX0A 1L42A 1P2CC 1QUDA 3CT1A 3IJUA 4PJ2C 1HEMA 1QT6A 1HNLA 3RU5A 1UIAA 1L48A 4NHIA 1F0WA 5KXTA 1DXJA 1REXA 3B0IA 1YAQA 5L9JA 1KY1A 4NWEA 5HQ1A 1L47A 5FELA 4XN6A 3WW5A 1H6MA 5KXWA 1D0MA 3FA0A 1GB2A 1L10A 1XEPA 3B72A 1LMCA 1L95A 2YBNA 1LSFA 1L56A 2HTXA 4PPOA 111LA 4GCCA 262LA 3CT0A 215LA 4J1AA 1CKHA 2EKSC 4TWSA 1CU5A 3EBAB 4TSCA 1LSDA 4KL7A 1L49A 230LA 2HU3A 254LA 4I7QA 4CJ2A 3OK0A 1CJ7A 1VAUA 1C6EA 184LA 2B7XA 249LA 2F2NA 1WTMA 1C6FA 162LA 1O23A 4N0JA 114LA 1LI2A 1DYGA 2W1LA 3MGWA 1L70A 2QB0B 1I20A 3W6FA 5IELA 1YANA 1AZFA 5APDA 1L34A 5I53A 5LINA 4W54A 161LA 3F6ZA 1HHLA 107LA 1JUGA 3TXKA 4B4IA 246LA 1LAAA 3WULA 1LZ5A 3CB7A 5D5CA 199LA 4AQNA 1B7OA 4QY9A 1GBOA 3HDEA 1B5XA 1CJ9A 3TMUA 1GB9A 1KXWA 1LI3A 4TSBA 1JHLA 1JKCA 3OE0A 1LJGA 1OUJA 1MELL 4GN5C 1OUHA 1DI5A 1IC5Y 1LI6A 3V2YA 3QNGA 3JR6A 2G4PA 3HUKA 1ZVHL 4KPMA 1IR9A 3CSQA 120LA 4H91A 1L68A 5A3ZA 197LA 2F32A 1L62A 1CV5A 4BAPA 5KXKA 1DKKA 1GF9A 1RJCB 1QT3A 181LA 4NGWA 133LA 1LZ1A 1LYYA 1UBZA 2B70A 1ZWNA 3B6LA 3WU8A 4RW1A 1T6VL 1ZVYB 1LSCA 1IWWA 3HH3A 2Q9DA 3A91A 1JTMA 2AUBA 5LAGA 1LYDA 3CT5A 4IAPA 1L19A 1TAYA 1LYEA 1CKGA 4OWAA 1BB3A 2O7AA 1CU3A 122LA 1IP7A 154LA 1OVHA 1GBSA 4HP0A 3EMSA 4G4CA 4ZFPA 1T97A 168LA 104LA 3SB9A 4H9BA 2IHLA 3WMKA 1GFHA 1VDSA 210LA 134LA 3WU9A 4B0DA 1CJ6A 1ALCA 3A8ZA 3FI5A 1B5UA 1F10A 150LA 1GB3A 4I7KA 4DWXA 1VEDA 2DQGY 1CX6A 4RLMA 2Q9EA 1QSWA 4UWUA 3TXJA 3BKHA 4EPFA 2RSCA 4NGZA 2RAZX 235LA 2CJLA 5KKIA 4FJRA 1K28A 2ZIKA 5LVJA 1L25A 1BB6A 1L22A 4DD9A 2B75A 1KS3A 2HUMA 1JTTL 1LMOA 3W6EA 4E97A 4WM1A 3WVXA 5I4YA 138LA 1C6PA 130LA 1C6GA 3CDRA 1L66A 1GBYA 3TMXA 217LA 4LT0A 5LXWA 1IP1A 250LA 1JISA 5JENB 3G3BB 4CGEA 1HELA 260LA 125LA 1LZSA 1FKQA 4NSIA 1UIDA 3VW7A 113LA 1L90A 1L16A 4EMNA 2I25L 2PC2A 1MLCE 1LSGA 3CDOA 5KXRA 4HJVA 1V7SA 1SQ2L 1L0JA 1LHLA 4Z41A 3AW7A 1HFZA 5APCA 4PRQA 1L46A 3DN6A 2OE9X 5DL9A 1GFGA 1GFTA 3DMXA 3L2XA 2RB2X 4H94A 1IY3A 239LA 3A34A 1L64A 4G4BA 5FEKA 4M6DA 1C6TA 1LHHA 4YEMA 1LTMA 5AMYA 242LA 3T6UA 4NY5A 1L06A 3AZ4A 1LZRA 208LA 1JTNA 4QDNA 1P56A 1D2WA 4BS7A 2BAAA 4NHSA 1UIGA 1AT6A 5I4WA 1G0QA 1WTNA 2H9KA 4II8A 4DD1A 1VDTA 1YQVY 1G0JA 3GUMA 1IOSA 5DLAA 2VB1A 2XBRA 2MEHA 183LA 1SSYA 1IP4A 6LZMA 2NTGA 2LZMA 1IORA 1LZCA 1C6KA 1OUFA 1QUHA 3LYMA 238LA 4NGIA 1L74A 1UICA 1NDMC 1WQNA 4LGKA 4EOFA 1CUQA 1L61A 4H92A 1GF8A 1AM7A 4H8ZA 4KXIA 1J1XY 5C6JA 126LA 1L26A 1REMA 3GUOA 3RZ4A 240LA 1VDQA 2ZWBA 1SX7A 127LA 1C6LA 163LA 1UIBA 2HEBA 186LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2B74 A;  146L A;  219L A;  3A67 Y;  1LJJ A;  4I7T A;  4OWB A;  1L96 A;  4DD2 A;  2A7F A;  1FDL Y;  3WH1 A;  5C6I A;  1LZE A;  4I7M A;  123L A;  3NYA A;  1G06 A;  1HMK A;  2D4K A;  1GF3 A;  118L A;  4TUN A;  1YAP A;  2OE4 X;  4WLD A;  1HSW A;  1YL1 X;  1LJ4 A;  2EQL A;  4UWN A;  1QTV A;  1LSZ A;  1L81 A;  2DKV A;  1KY0 A;  4HV1 A;  4PRU A;  1GFR A;  1D6Q A;  1LYS A;  1VAT A;  177L A;  1G7H C;  193L A;  3RNX A;  1L36 A;  1L33 A;  4W94 A;  137L A;  3AZ5 A;  165L A;  1OUA A;  2XTH A;  245L A;  4GCE A;  1D3J A;  2HEA A;  1FLW A;  2DQH Y;  4BAD A;  4LDL A;  4AXT A;  1C6J A;  1C60 A;  1J1P Y;  1QT4 A;  1RI8 B;  4YXC A;  1LZN A;  1EQ5 A;  1QT5 A;  1DYF A;  3RW8 A;  1IR8 A;  1IOC A;  2FYD A;  1LZ9 A;  3OE9 A;  226L A;  2BQF A;  4N1E I;  3NY9 A;  1QTZ A;  1IP3 A;  4HJZ A;  3A90 A;  176L A;  3C8S A;  1W08 A;  1CV3 A;  4DQ7 A;  3VWO A;  2WAR A;  1WVU A;  3C83 A;  1JJ3 A;  3WUA A;  4M4O A;  1GB0 A;  155L A;  1L20 A;  218L A;  1C6B A;  1PZY A;  1IX0 A;  1L42 A;  1P2C C;  1QUD A;  3CT1 A;  3IJU A;  4PJ2 C; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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