1JKAA

Human lysozyme mutant with glu 35 replaced by asp
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWDSGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME
publication title Importance of van der Waals contact between Glu 35 and Trp 109 to the catalytic action of human lysozyme.
pubmed rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 51
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1996-11-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1jkaA00
3A92A 4C5FA 4UWNA 2MEIA 3OJPA 1VDSA 4NHSA 1LZYA 1LZDA 1YROA 1TBYA 1IOQA 5F9XA 153LA 2W1YA 3AYQA 3N9EA 3EO5A 3TXEA 2BQAA 4B0DA 1IWYA 5B05A 5I4WA 1D6PA 1UIDA 1DPWA 4DDBA 3AZ6A 4OOOA 4U3XB 1F0WA 4XJBA 4BS7A 1LHMA 4PJ2C 1XGPC 4M6DA 5LYTA 1LKSA 4GN3A 1B7SA 2LZ2A 2ZQ3A 4Z46A 1FKVA 5FDJA 1DZBX 1B2KA 1YL1X 4H8YA 4LYMA 4QY9A 4TUNA 1AT5A 4NSHA 1DKJA 2Z38A 4HJYA 4LFXA 1LSNA 1MELL 1IY3A 1LJ4A 1EQEA 4WLXA 5EBHA 1JSFA 1GBZA 1LJGA 1W6ZA 4AGAA 193LA 1JITA 1TEWA 4I0CA 1CKCA 4GN5C 3TMVA 3AGIA 3W6FA 1LMNA 4Z98A 4J7VA 2LYMA 5KXOA 1B5YA 2ZIKA 1D9UA 135LA 1JEFA 1GE2A 1LZBA 1OUGA 3HBHA 4NGYA 4NGLA 3TXGA 5F14A 4NIJA 1DXJA 6LYTA 1JWRA 4GCBA 4LZTA 4RDSA 1WQQA 4NHPA 3J6KA 1B7OA 2Z39A 3TXJA 4H8XA 1C10A 1LYZA 1LTMA 1J1XY 1WQRA 1WTNA 1UICA 1UIEA 1VDTA 2DQEY 4LT0A 3FI7A 1XFPL 2XTHA 1BWHA 1C7PA 4NFVA 4RLMA 2EPEA 5D5FA 1B0DA 1GAZA 1GFVA 3A3RX 1LJEA 1JTTL 4BADA 4NGIA 1EQ5A 2BQHA 2MEBA 1LZ4A 1WQOA 2ZQ4A 4WO9A 3TMXA 2MEGA 2ZNXY 1IP3A 5FCPA 8LYZA 1VFBC 1GF8A 2A7DA 2AUBA 1WVVA 1LJ3A 2NWDX 4Z3MA 2DQHY 5KXZA 3WPKA 1GXXA 4QGZA 4HPEA 1HENA 1N4FA 2D91A 1JJ1A 1UIFA 1VDPA 1GF6A 2YBMA 3CSQA 5KJ9A 5KY1A 1UACY 1ZV5L 1BWJA 3RT5X 3WU8A 3TXKA 4N5RA 1LSBA 3AW6A 3T36A 4DD1A 1UA6Y 2DKVA 4NGKA 4GCDA 3LZTA 3W6DA 4NGWA 2W1XA 4CHXA 1B7QA 1CKGA 1JIYA 2BPUA 4XJGA 2DQDY 1FLWA 2XBSA 1BB3A 3OK0A 3W3EA 3ZVQB 2G4NA 4H93A 5IELA 4IJ4A 4ETAA 5DL9A 4H91A 5HNCA 4J1BA 1GAYA 5I54A 5F9UA 1DI4A 1IWZA 1UIGA 3WYHA 4PHIA 2YBLA 1HFXA 2F4GA 3ATNA 1EL1A 3W6EA 1HERA 5HLLA 4XENA 3MGWA 4DWXA 1BVKC 1HEOA 4LFPA 5I53A 1TAYA 1HSWA 1RE2A 3A93A 4WLYA 1CNSA 1H6MA 3P66A 1UUZC 1GBYA 5L9JA 3AJNA 4R0FA 1GFTA 4NHIA 1CKFA 1BGIA 3ZVQA 1IR7A 1B7LA 5B06A 1ALCA 2BQJA 1JSEA 1WTMA 2YSSC 4HTKA 1LSGA 5M1YA 5LXWA 4B1AA 1PZYA 3F6ZA 1XGTC 4IATA 1WVUA 2ZWBA 1GB8A 4WG1A 3A90A 5APDA 4GLAA 3CT0A 1LZCA 3CT5A 4H9FA 2D4JA 2EIZC 3A34A 4H9EA 4ZEEA 1O23A 2C8PA 5F16A 2XBRA 3N9CA 4ML7A 4NWEA 4YF2A 3WUNA 1GB0A 1LZAA 1OUBA 5HNLA 1CKHA 1HEQA 3TMUA 1BB5A 1SLYA 4AXTA 4ET8A 2F30A 4N8ZA 4H9BA 1I1ZA 1LSDA 1YKZX 1J1PY 1LJNA 1LMCA 1QDTA 1IWUA 2ZYCA 4B4JA 5FELA 1UIHA 1FKQA 3IJVA 3WL2A 1DKKA 1Z55A 2MEFA 5APCA 4PRQA 4CFOA 1ZVHL 1HEWA 1YL0X 3N9AA 1IORA 1HELA 3AZ7A 4NEBA 1CKDA 1NWGA 2CWIA 3WH1A 1LOZA 4ETEA 2HEFA 1XGRC 3E3DA 2I25L 2HECA 1BB7A 2H5ZA 1GF9A 2Y8PA 1B5VA 4NG1A 5D5CA 5T3FA 2D6BA 1GFRA 1RJCB 5A3EA 1GB5A 4WM1A 5KXPA 5KXLA 1VDQA 2DBTA 3LYZA 1G7LC 4OOTA 2F4AA 3ZEKA 4ETBA 3IWRA 4J1AA 1F10A 1G7HC 1YAOA 2Z2EA 1KIQC 4P2EA 5KKJA 1I20A 1IVMA 3P64A 4L41A 1GFJA 2YBJA 3W6AA 2Q0MX 1IY4A 4LYOA 3VWOA 1YANA 3EXDA 1VEDA 3G3AB 1TCYA 1XEJA 1JISA 1T6VL 1GF5A 1FLYA 2YDGA 4NGZA 4NGVA 3B0IA 5KKIA 3A94A 4Z41A 5F81A 1JKAA 1LSMA 154LA 133LA 2PC2A 3TXDA 2W1MA 5ILCA 1GFAA 1IR9A 1J1OY 2I6ZA 3RNXA 2CJLA 4GLVA 5B59A 1IR8A 2I26L 1LSYA 4W96A 5FHWA 4HV2A 4DD3A 1QQYA 1JKDA 5APFA 2Z18A 4LYTA 1E8LA 2HU1A 5HQ1A 1ZMYL 1B5WA 1IC5Y 1NF5A 3CSRA 2FYCA 5LVGA 1LMOA 1GFHA 1GE1A 2ZNWY 4RLNA 4UWVA 5AMYA 3WW5A 2CDSA 1YAMA 1LZEA 1ZVYB 4OWHA 4MCKA 4DT3A 2Z19A 3QY4A 2BQBA 4G4CA 5A3ZA 3LN2A 1KIRC 4EOFA 3TXHA 1FBIX 2X0AA 5LYMA 4ZFPA 2Z37A 1RFPA 1IWXA 4A7DA 1OUJA 1FN5A 3TXIA 4NSIA 5LVIA 4CGEA 3AZ4A 4DDAA 3TXFA 4DDCA 1GF4A 1GEZA 1GHLA 3ULRA 1D6QA 5ILFA 1QTEA 3A6CY 2FYDA 3P68A 1LCNA 4C3WA 1QUSA 4H9AA 5B07A 5K7OA 1AZFA 4B4EA 4XJIA 5IHGA 4HV1A 3KAMA 3AGGG 1LJKA 1B5XA 4PRUA 1GDXA 1GFKA 5LAFA 4NSJA 4TX7A 3CSZA 4E3UA 4ETDA 1IX0A 1CJ7A 4X3BA 2BQNA 2BLXA 1REMA 3P65A 1GB9A 1V7SA 4HTQA 4YEOA 4UWUA 1JHLA 2H9KA 5B1FA 3LYMA 4CJ2A 4EMNA 2H9JA 1B5UA 4HJVA 5KXRA 4B4IA 7LYZA 5LYZA 4ETCA 1XEIA 2BQDA 4IASA 1YKYX 1DPXA 1LSZA 2ZYPA 4YOPA 3HBDA 4HP0A 1LJIA 1GF3A 2BAAA 4OWCA 3AZ5A 5DM9A 1UC0A 4KT3A 4ZIXA 1NDMC 2HTXA 2D4IA 1BVXA 1I56A 1HMKA 2F2NA 4NWHA 5DN4A 4RW2A 2MECA 1GXV2 4G9SA 1LZ1A 1OQMA 3QNGA 1IP2A 5KXKA 1D0LA 1LHHA 1IOTA 1D0KA 1RI8B 1XEKA 2HU3A 4MR1A 4NHQA 1REZA 1FDLY 4LYZA 3QE8A 5C6IA 1CJ9A 1BB4A 3HBEX 4NY5A 1LPIA 4WL7A 1OUCA 1UCOA 1G7MC 4GN4A 1A4VA 1GE4A 1GD6A 1AKIA 4FDYA 5E9RA 3WPLA 2BQMA 1LMQA 4WO6A 1KXXA 1NQIA 1LZ9A 2HEDA 2YBIA 1HEMA 3G3BB 1XSFA 3AW7A 3M18B 1GE0A 4KL7A 4PGJB 5FSTA 1HSXA 4XJHA 1F6RA 1GBOA 2C8OA 1FLQA 3LZ2A 4NGJA 1OUAA 1BB6A 1LZNA 1LMTA 1B7NA 1AM7A 1LYYA 2LHMA 1OUDA 2W1LA 4KXIA 4YM8A 1REXA 1REYA 3RU5A 4YEMA 4LYBA 1KXWA 132LA 5LVKA 1YILA 2XJWA 1T3PA 4XYYA 3TXBA 1JPOA 1XGQC 5J7CA 1IO5A 4I8SA 4DYGA 4WM6A 2HEAA 5KXTA 4OWBA 1QTKA 1JUGA 1IC4Y 207LA 1EQ4A 3WXUA 1YAQA 4O34A 5DN5A 4WLDA 4M4OA 5LAGA 4GCCA 5LVHA 1IWWA 1IC7Y 1DI3A 5C6LA 4WM4A 2WARA 3K3TA 1HF4A 3A96A 2MEAA 2GV0A 2FBDA 4WMGA 1IOCA 1RCMA 4GCEA 1IWVA 2HEEA 4OWAA 4WLTA 1H87A 1UIAA 4TSCA 4NHTA 4H90A 3WU9A 1OP9B 1C45A 1BQLY 2YBNA 3LHMA 5I5QA 3WMKA 9LYZA 1IP5A 3CT1A 3A95A 4WOAA 5L3IA 3FE0A 4ANRA 1G7JC 1OUEA 1DI5A 4NG8A 3AB6A 4H1PA 5HMVA 3T6UA 1VAUA 1QUTA 4H9IA 3WW6A 1LZRA 1YAPA 208LA 2MEDA 1F6SA 1HFZA 4PPOA 5APEA 1V7TA 1NMMA 4DD0A 1NHEA 1LHIA 1BWIA 1IP7A 3P4ZA 4FJRA 3SP3A 4MSTA 1QIOA 4WM2A 3TMWA 1AT6A 4XJFA 1B9OA 1HFYA 2BQFA 3A91A 3RZ4A 1JKCA 2HUBA 1CJ6A 1DQJC 4KPMA 5LIOA 1LKRA 2BQLA 1B7PA 2DQFC 4DC4A 1LYSA 4N0JA 3B6LA 1LZSA 4H8ZA 3A6BY 5I4YA 1LHKA 5KXXA 1C46A 4XADA 3W6CA 2DQGY 2BQIA 3WVYA 3CB7A 1KXYA 3B0OA 1QSWA 1LZ6A 1NDGC 4TWSA 1LZ8A 1VATA 4H94A 3WU7A 1P2CC 4DD9A 3ATOA 5II3A 1HC0A 1WQMA 2ZIJA 1GE3A 1LHLA 1JTOL 4LT2A 3BKVA 1D0MA 2VB1A 3B0KA 1OUIA 1HHLA 3D9AC 3HFMY 4YENA 1KIPC 2DQJY 3LYOA 4XJDA 2B5ZA 2LYOA 5LA8A 2A7FA 4H9HA 1LMAA 3LYTA 1GFGA 1WQPA 1GB6A 4NGOA 5LINA 1XGUC 1LMPA 2DQAA 1LSCA 3BKHA 4XN6A 3D3DA 1GF7A 4LT1A 4QEQA 1YIKA 2BLYA 5B1GA 2BQCA 3GXRA 2LYZA 4HPIA 1HMLA 1LZTA 3W6BA 4WL6A 1B7RA 4D9ZA 4BAFA 1IWTA 1JTPL 1LJFA 3GXKA 3B72A 4G4BA 4HJZA 4N1CC 2RSCA 5FEKA 1OUHA 1GB2A 4OW1A 2IHLA 5JENB 3A8ZA 1LSEA 1MLCE 1C08C 2G4QA 1TDYA 6LYZA 4HSFA 2Z12A 4BAPA 1B7MA 1IP4A 1INUA 1GWDA 1IP1A 2HEBA 5IDDA 4TTDA 5LVJA 4TSBA 2YBHA 3WXTA 1LYOA 1C43A 1NBZC 1GB7A 2IFFY 1YQVY 4W94A 5HMJA 4GCFA 1HNLA 1LAAA 4J0LA 2Z2FA 4HTNA 5KXMA 134LA 1LJHA 4LGKA 1GBXA 3EMSA 1GFUA 4ET9A 1JJ3A 5L3HA 2N5ZA 4DD2A 1LZ5A 1QDRA 4NSGA 3IJUA 4H9CA 5E4PA 4WM3A 5C6JA 1NBYC 3A67Y 1B5ZA 1GB3A 2LZTA 5KXWA 1IP6A 3WUMA 3A3QA 2G4PA 2MEEA 194LA 1GPQC 3M3UA 4CFPA 5I4XA 1BHZA 1QSAA 3CQLA 3WPJA 4WG7A 1LSAA 5KXYA 1IOSA 2BQGA 4LYCA 1HEPA 5DLAA 1IEEA 1GFEA 2EQLA 2EKSC 2MEHA 5LA5A 4H92A 1JJ0A 5KXNA 4G49A 1UBZA 4R6CA 1NKHA 4RW1A 1LSPA 1LSFA 1PS5A 2DQIY 2ZILA 1LZGA 1GDWA 1GF0A 4G4HA 1UIBA 4WM5A 2BQOA 4DD7A 4N9RA 4LT3A 4QDNA 1GEVA 1GBSA 3RW8A 1LJJA 3J4GA 1SQ2L 3WVXA 1G7IC 1YKXX 1IIZA 1OUFA 4N1EI 1FLUA 4OWEA 3WULA 1CJ8A 4II8A 2BQKA 2YVBA 5KXSA 1W08A 1WQNA 2BQEA 2D4KA 1JKBA 3EBAB 1GBWA 3AGHA 2DQCY 3WUAA 2CGIA 2FBBA 1LHJA 1A2YC 4B49A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2MEIA 1VDSA 1XJUA 1YROA 1QUOA 1TBYA 4K5YA 153LA 4LDOA 1L89A 1IWYA 1UIDA 4OOOA 1OV5A 4BS7A 1LHMA 2RAZX 1XGPC 3SB8A 5LYTA 243LA 1LKSA 2LZ2A 4H8YA 238LA 1MELL 4WLXA 1EQEA 1T8FA 4AGAA 256LA 3QAKA 114LA 3RUNA 4GN5C 3W6FA 135LA 195LA 4NGYA 1CV3A 1DXJA 3J6KA 2NTHA 3TXJA 1C63A 1L47A 1LYZA 1LTMA 1LGWA 4LT0A 1UICA 138LA 1C7PA 4NFVA 1QUHA 1GAZA 1GFVA 3A3RX 2BQHA 1LZ4A 3TMXA 1L12A 1QSQA 1DYGA 4DJHA 1LJ3A 3WPKA 4HPEA 1HENA 1UIFA 1VDPA 3CSQA 1QT3A 5KJ9A 1ZV5L 185LA 4N5RA 2DKVA 1JIYA 155LA 3SBAA 1FLWA 1PQMA 3GULA 2G4NA 1L31A 5F9UA 1DI4A 1IWZA 3DN3A 7LZMA 1HFXA 1EL1A 4DWXA 1CTWA 3A93A 229LA 1H6MA 157LA 4NHIA 3ZVQA 1C66A 3HH3A 1OWYA 2YSSC 5M1YA 1L91A 4W52A 4GLAA 147LA 2D4JA 1QTVA 1P2LA 2Z6BA 3N9CA 3WUNA 1GB0A 170LA 1CKHA 1HEQA 1LYHA 3DKEX 1I1ZA 215LA 1LJNA 2RBOA 5FELA 1L06A 180LA 1FKQA 1UIHA 1XJTA 1CUPA 1Z55A 222LA 5APCA 4I7RA 3N9AA 3AZ7A 3HUKA 2RBPA 1LOZA 4ETEA 4DQJA 1L69A 1BB7A 2Y8PA 188LA 4NG1A 3L64A 1RJCB 5A3EA 1GB5A 5KXLA 5KXPA 1VDQA 4OOTA 2F4AA 4J1AA 1F10A 1P5CA 2ANXA 1YAOA 257LA 1KIQC 5KKJA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3A92 A;  4C5F A;  4UWN A;  2MEI A;  3OJP A;  1VDS A;  4NHS A;  1LZY A;  1LZD A;  1YRO A;  1TBY A;  1IOQ A;  5F9X A;  153L A;  2W1Y A;  3AYQ A;  3N9E A;  3EO5 A;  3TXE A;  2BQA A;  4B0D A;  1IWY A;  5B05 A;  5I4W A;  1D6P A;  1UID A;  1DPW A;  4DDB A;  3AZ6 A;  4OOO A;  4U3X B;  1F0W A;  4XJB A;  4BS7 A;  1LHM A;  4PJ2 C;  1XGP C;  4M6D A;  5LYT A;  1LKS A;  4GN3 A;  1B7S A;  2LZ2 A;  2ZQ3 A;  4Z46 A;  1FKV A;  5FDJ A;  1DZB X;  1B2K A;  1YL1 X;  4H8Y A;  4LYM A;  4QY9 A;  4TUN A;  1AT5 A;  4NSH A;  1DKJ A;  2Z38 A;  4HJY A;  4LFX A;  1LSN A;  1MEL L;  1IY3 A;  1LJ4 A;  1EQE A;  4WLX A;  5EBH A;  1JSF A;  1GBZ A;  1LJG A;  1W6Z A;  4AGA A;  193L A;  1JIT A;  1TEW A;  4I0C A;  1CKC A;  4GN5 C;  3TMV A;  3AGI A;  3W6F A;  1LMN A;  4Z98 A;  4J7V A;  2LYM A;  5KXO A;  1B5Y A;  2ZIK A;  1D9U A;  135L A;  1JEF A;  1GE2 A;  1LZB A;  1OUG A;  3HBH A;  4NGY A;  4NGL A;  3TXG A;  5F14 A;  4NIJ A;  1DXJ A;  6LYT A;  1JWR A;  4GCB A;  4LZT A;  4RDS A;  1WQQ A;  4NHP A;  3J6K A;  1B7O A;  2Z39 A;  3TXJ A; 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 1LSE A;  1MLC E;  1C08 C;  2G4Q A;  1TDY A;  6LYZ A;  4HSF A;  2Z12 A;  4BAP A;  1B7M A;  1IP4 A;  1INU A;  1GWD A;  1IP1 A;  2HEB A;  5IDD A;  4TTD A;  5LVJ A;  4TSB A;  2YBH A;  3WXT A;  1LYO A;  1C43 A;  1NBZ C;  1GB7 A;  2IFF Y;  1YQV Y;  4W94 A;  5HMJ A;  4GCF A;  1HNL A;  1LAA A;  4J0L A;  2Z2F A;  4HTN A;  5KXM A;  134L A;  1LJH A;  4LGK A;  1GBX A;  3EMS A;  1GFU A;  4ET9 A;  1JJ3 A;  5L3H A;  2N5Z A;  4DD2 A;  1LZ5 A;  1QDR A;  4NSG A;  3IJU A;  4H9C A;  5E4P A;  4WM3 A;  5C6J A;  1NBY C;  3A67 Y;  1B5Z A;  1GB3 A;  2LZT A;  5KXW A;  1IP6 A;  3WUM A;  3A3Q A;  2G4P A;  2MEE A;  194L A;  1GPQ C;  3M3U A;  4CFP A;  5I4X A;  1BHZ A;  1QSA A;  3CQL A;  3WPJ A;  4WG7 A;  1LSA A;  5KXY A;  1IOS A;  2BQG A;  4LYC A;  1HEP A;  5DLA A;  1IEE A;  1GFE A;  2EQL A;  2EKS C;  2MEH A;  5LA5 A;  4H92 A;  1JJ0 A;  5KXN A;  4G49 A;  1UBZ A;  4R6C A;  1NKH A;  4RW1 A;  1LSP A;  1LSF A;  1PS5 A;  2DQI Y;  2ZIL A;  1LZG A;  1GDW A;  1GF0 A;  4G4H A;  1UIB A;  4WM5 A;  2BQO A;  4DD7 A;  4N9R A;  4LT3 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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