6LZMA

Comparison of the crystal structure of bacteriophage t4 lysozyme at low, medium, and high ionic strengths
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Comparison of the crystal structure of bacteriophage T4 lysozyme at low, medium, and high ionic strengths.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1991-01-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 6lzmA00
247LA 170LA 129LA 1LWKA 3HH6A 4W57A 1QSBA 125LA 3HUQA 2ANVA 3HU9A 131LA 1L33A 3HDFA 1L35A 228LA 1L41A 145LA 3C80A 1G0QA 1KW5A 3V2YA 1C65A 3F8VA 1L08A 2RBRA 4W52A 1L85A 1C69A 2Q9DA 3UONA 165LA 3GUMA 2RBQA 1L36A 171LA 3HTDA 1DYDA 1QS5A 1QTDA 2B72A 1L93A 210LA 1PQDA 248LA 4GRVA 213LA 1L59A 1PQOA 1L57A 1L47A 1D3NA 1G0JA 2HUMA 1C6CA 1QUOA 2RBPA 1L22A 167LA 3DN2A 3EMLA 4ARPA 1C6EA 219LA 4ARMA 137LA 1G0KA 206LA 240LA 3SBAA 3GUOA 4YX7C 1L40A 1L01A 4ZPUA 3L2XA 2NTHA 1OV5A 221LA 1L96A 1SX2A 4IAPA 4DJHA 3C8SA 3DMXA 3DN6A 3C8QA 1L54A 226LA 3OE6A 1CV6A 1L83A 122LA 2O4WA 1L17A 4W54A 114LA 1P37A 1L45A 4LDOA 1L73A 1L84A 1L15A 1DYBA 1LGUA 3DMVA 3HWLA 4EKPA 1L62A 215LA 3L64A 3V2WA 176LA 1T97A 1L42A 260LA 2RBNA 196LA 259LA 1CX7A 1XEPA 1L89A 3DN0A 1CU2A 1LW9A 1CV5A 1CU3A 1XJUA 1P5CA 1L50A 1L37A 1D2YA 4W53A 218LA 2F32A 250LA 1QTZA 3HH4A 1SSYA 143LA 1C6QA 141LA 112LA 231LA 2Q9EA 3SB5A 1QUGA 3C7WA 140LA 1QS9A 1C6FA 1L00A 1KNIA 1L80A 1L16A 1KY1A 241LA 1ZWNA 224LA 229LA 246LA 1L13A 4EXMA 1C6MA 3HT7A 6LZMA 1L97A 2CUUA 1KW7A 1T8AA 1ZURA 254LA 3LZMA 4DAJA 1P64A 1C6TA 3F9LA 2RAZX 119LA 1QT8A 217LA 4ARMB 181LA 1P3NA 1L75A 237LA 2OU9A 2RAYX 5I14A 1SWZA 2OTZX 1C6PA 4W59A 118LA 3CDTA 3HTBA 1L87A 3SB7A 107LA 4I7OA 1L99A 2QARC 185LA 252LA 227LA 126LA 1SX7A 1QTHA 1PQIA 4I7PA 3C7ZA 236LA 1G0LA 2OEAX 1C67A 2ANXA 1L32A 161LA 222LA 1L31A 253LA 249LA 2F47A 1L70A 157LA 223LA 1L72A 1NHBA 1QUHA 1C6KA 3QAKA 2O79A 1QT3A 159LA 191LA 1L26A 182LA 1L71A 4EJ4A 4I7SA 3SN6R 1D3MA 2B6WA 4I7RA 2OE7X 251LA 1L92A 4EKQA 1P56A 1L0JA 147LA 168LA 3CDQA 1L39A 1C62A 1P2RA 255LA 4I7KA 1OWYA 200LA 130LA 2RBOA 1L29A 1P2LA 2LCBA 3GUKA 1L20A 3HDEA 1D3FA 1QT6A 4LDLA 1L25A 1C68A 1CV0A 2A4TA 261LA 3HTFA 1LYIA 5LZMA 1C6IA 1LGWA 115LA 2RB1X 198LA 1OV7A 3D4SA 1CU0A 4ARQA 1DYGA 187LA 3NYAA 4EPFA 1P7SA 160LA 172LA 169LA 1LI6A 1ZYTA 2RH1A 178LA 4W56A 4EPIA 3GUJA 1QT5A 3HTGA 177LA 1C64A 1L95A 1QUDA 138LA 3GUNA 1T8FA 2B6TA 158LA 4EKSA 3HT9A 1L07A 1P46A 1QTCA 1G0GA 220LA 1L02A 2B7XA 1C63A 3CDRA 230LA 3SB8A 3DNAA 4AQNA 146LA 1C61A 1P6YA 2IGCA 1CU5A 1T8GA 1CX6A 1TLAA 3FADA 1L52A 2OTYX 1L10A 1EPYA 166LA 2RBSA 1L53A 1G07A 1QT4A 1I6SA 1L60A 4I7QA 175LA 3DN3A 3PBLA 1OVJA 1LYJA 1L76A 1C6DA 1LYEA 1C6GA 1L05A 4LZMA 150LA 1L27A 2RB2X 239LA 1LWGA 4LDEA 1XJTA 1L18A 3DN4A 1LI2A 1QTBA 4W55A 1DYEA 1L64A 2L78A 1L28A 174LA 3DMZA 2B6YA 4I7TA 111LA 1L09A 3SB9A 1D2WA 1L48A 1LYHA 258LA 3SBBC 163LA 1DYFA 1PQMA 1C6LA 151LA 2HULA 7LZMA 155LA 1C6BA 113LA 3HUAA 109LA 1B6IA 2LC9A 152LA 256LA 2F2QA 2NTGA 4ARQB 3OE8A 1L23A 3PDSA 1SWYA 3HU8A 4GBRB 173LA 1OYUA 1KS3A 162LA 1QSQA 2RB0X 1CU6A 1G1VA 1L86A 110LA 103LA 3FI5A 1OVHA 242LA 1G1WA 1L91A 1L06A 2B70A 1L79A 3DN1A 1L46A 1L49A 186LA 188LA 4W58A 4EKRA 257LA 1L77A 201LA 139LA 1PQJA 102LA 120LA 2OE4X 1QTVA 1SSWA 148LE 3GUPA 1L21A 1L34A 4YXAC 238LA 1L74A 1L98A 262LA 4S0WA 1L14A 3SB6A 1L68A 190LA 1L55A 3RZEA 1LI3A 1LYDA 1OVKA 3OE9A 1CV4A 1G0PA 211LA 197LA 2HUKA 1K28A 1CTWA 4YXCA 2B6XA 2B74A 2B6ZA 3G3VA 3NY9A 209LA 3HUKA 1G06A 1KY0A 127LA 1C6HA 1C66A 3CDOA 1C6NA 1L66A 1JQUA 1L43A 232LA 1LGXA 180LA 4E97A 234LA 1JTNA 1LYFA 3RUNA 183LA 1CV1A 1WTHA 1CV3A 184LA 1QT7A 1LYGA 245LA 156LA 1PQKA 4ARLA 4I7LA 128LA 189LA 3HT8A 3G3XA 1L03A 4K5YA 3DKEX 1L24A 3GULA 199LA 3HT6A 1LLHA 1L69A 4W51A 4DKLA 1T6HA 1CUQA 3DN8A 1OWZA 3C82A 3CDVA 1D3JA 214LA 1L58A 216LA 3OE0A 233LA 243LA 4OO9A 1CVKA 2B73A 3NY8A 3FA0A 1DYCA 3JR6A 1DYAA 3K2RA 2OU0X 3C7YA 123LA 1L44A 3C8RA 1L56A 1L90A 4I7NA 192LA 3C83A 1P36A 2LZMA 142LA 225LA 2B75A 2OE9X 2OU8A 1L12A 164LA 1D9WA 1L65A 1L30A 1L67A 3HH3A 1L61A 144LA 1L51A 108LA 1L19A 1L04A 104LA 235LA 4PJZA 244LA 1L11A 1L63A 1L81A 3VW7A 1JTMA 1C6AA 4I7JA 4PK0A 195LA 4ARJA 3GUIA 149LA 1L82A 1LPYA 212LA 1L0KA 1G0MA 2O7AA 3G3WA 3C81A 1CUPA 1C60A 205LA 1L94A 2QB0B 1L38A 3HH5A 3ODUA 4I7MA 1L88A 1C6JA 2Z6BA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
170LA 3HH6A 5LYZA 1QSBA 1HEQA 1TDYA 131LA 1FLQA 1NBYC 1L41A 4LYCA 1B5UA 4CFPA 1C65A 3F8VA 5APFA 1V7SA 1C69A 4HJYA 3GUMA 2RBQA 1QS5A 1VAUA 1G7MC 2BQDA 1SQ2L 4J1AA 4DD0A 1JHLA 2H9JA 1PQOA 2CGIA 4BAPA 1UIHA 4TUNA 1O23A 1D0LA 1QUOA 1RE2A 1QUSA 5IELA 5KXZA 1GBYA 1OUHA 4ARMA 137LA 4J1BA 4ET8A 1BQLY 3L2XA 3F6ZA 1OV5A 221LA 4NHPA 1L96A 1SX2A 4IAPA 1LSEA 1GFKA 1WQMA 1WQQA 2YBMA 3N9EA 3A6CY 4NSHA 1OUGA 1HF4A 4W94A 3TXFA 4W54A 114LA 1IWUA 3WXTA 1P37A 1FLUA 1L73A 2H5ZA 1L84A 1L15A 1OUCA 1DYBA 2BQKA 1REMA 1BWHA 1LGUA 3OJPA 215LA 1T97A 2RBNA 1LYOA 4DQ5A 4H8YA 196LA 5ILCA 3DN0A 3W6AA 4H9IA 3GXKA 3LYTA 135LA 2F2NA 2F32A 1I20A 1SSYA 5KKJA 4M6DA 1C6QA 4KXIA 3CSRA 3SB5A 4OW1A 4G49A 1LZ1A 1ZWNA 1C6MA 1KW7A 1D9UA 3LZMA 1T3PA 1C6TA 1IEEA 2HU1A 3F9LA 1NWGA 2ZWBA 119LA 1LSZA 181LA 1GE3A 237LA 2DKVA 1LSFA 4WMGA 1SWZA 1LSGA 4W59A 2BQAA 2Q0MX 1L87A 4J7VA 4I7OA 1L99A 2ZILA 2DQEY 227LA 1SX7A 3LZ2A 5KXWA 4I7PA 1JIYA 2YVBA 5L3IA 1L32A 161LA 1L31A 2W1YA 5KXNA 2F47A 1L70A 157LA 2XBSA 4XJFA 4HJZA 3RU5A 1DI4A 1LZCA 1BVKC 4WLTA 1B7LA 1C6KA 2O79A 191LA 1L26A 1L71A 4EJ4A 1D3MA 1ZMYL 4LYMA 2FYDA 3A92A 3ATNA 2HEDA 4RW1A 1UA6Y 1IWZA 1LMAA 5LINA 4XENA 1OUAA 4LT2A 168LA 4EPIA 1FKVA 4N9RA 1L29A 2LCBA 3GUKA 2CWIA 1DI3A 1IP2A 3HDEA 2DQAA 2A7FA 4LDLA 1CV0A 3HTFA 3LHMA 5M1YA 1UICA 2MEEA 3G3BB 115LA 1IC4Y 3WPLA 198LA 4WM3A 1LZ5A 3HBDA 1LJNA 1DYGA 3B0KA 4EPFA 172LA 1GEVA 2RH1A 2MEGA 1TAYA 3HTGA 1HERA 5DLAA 138LA 4C3WA 2VB1A 1UIBA 3BKVA 1P46A 1VDSA 1HSXA 220LA 3CDRA 4HV2A 1WQRA 4H9EA 2YBHA 146LA 1MELL 1T8GA 3WUNA 2OTYX 3LN2A 1EPYA 2Z39A 166LA 4H91A 3W6EA 1QT4A 3AZ4A 1L60A 4I7QA 4DWXA 4TSCA 175LA 2F4AA 1CKGA 4GLAA 1LYJA 1HC0A 3WU7A 1L27A 3D3DA 2RB2X 1CKDA 5I4YA 1LI2A 4NFVA 4DQJA 1QTBA 2L78A 1L28A 174LA 1B2KA 4BS7A 1B5WA 4IJ4A 208LA 3M3UA 258LA 4E3UA 1GBZA 1C6BA 113LA 4N8ZA 1C10A 2LC9A 1B0DA 4QEQA 256LA 5KXPA 4B0DA 3B0IA 1UUZC 4GBRB 4DD9A 5HLLA 1L86A 1OVHA 1GBOA 1GF5A 1L79A 1PS5A 1GDXA 188LA 4W58A 4WO6A 201LA 6LYZA 2CDSA 4B49A 1LKSA 1LZSA 1KXXA 4PGJB 1REYA 1L34A 4YXAC 3SB6A 4ZEEA 2MEAA 1L68A 4Z98A 153LA 3SP3A 3OE9A 4B4JA 197LA 2A7DA 2B6XA 3G3VA 4CGEA 1OUEA 127LA 1C6HA 4P2EA 4XADA 3A91A 2HEFA 3OK0A 1GBWA 2BAAA 1CV1A 1WTHA 3W6DA 3FE0A 156LA 1PQKA 4ARLA 1CKHA 1GFGA 5T3FA 1L03A 4KPMA 2ZQ3A 5IDDA 4DKLA 1GDWA 1OWZA 1GBXA 4O34A 1D3JA 1GE2A 2W1MA 214LA 233LA 4MSTA 1CVKA 4I0CA 2Z37A 4PRUA 1LSBA 3NY8A 1LKRA 3TMWA 4ETEA 2G4QA 1RI8B 4GN3A 4I7NA 1P36A 2LZMA 3TXKA 1JJ0A 5KXTA 1L65A 4LFXA 1L51A 1L19A 1L04A 4DD3A 5D5FA 1YQVY 5FDJA 4L41A 1JTMA 2CJLA 1B5YA 1RCMA 4W96A 149LA 1QDRA 1DZBX 1G0MA 4FJRA 205LA 3HH5A 1L94A 3ODUA 3ZVQA 1C6JA 2LYZA 1IWXA 247LA 3A3RX 2X0AA 2BQFA 4W57A 2LYMA 5LVJA 2N5ZA 3AB6A 145LA 2BLYA 3C80A 1KW5A 1IP6A 1UIDA 1IWVA 3V2YA 4N1CC 1GB0A 2G4NA 3UONA 3WVYA 1L36A 1GWDA 1DYDA 2B72A 1QUTA 2YBNA 2Z38A 4GLVA 1GE4A 1IC7Y 213LA 1C46A 4H92A 3RT5X 4NSIA 1L47A 4N1EI 1G0JA 1LMOA 2HUMA 167LA 4NG8A 3DN2A 2ZNWY 1UIEA 4ARPA 4HSFA 4G4BA 5KXSA 4LT3A 4N0JA 1QQYA 3SBAA 3GUOA 4ZPUA 1N4FA 5A3EA 4NEBA 5LIOA 4NSJA 3DMXA 5LVIA 3HFMY 1LYZA 2XTHA 3OE6A 1LHIA 1CV6A 5KXRA 122LA 134LA 4GCEA 2H9KA 4ET9A 5I4WA 1J1OY 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 170L A;  3HH6 A;  5LYZ A;  1QSB A;  1HEQ A;  1TDY A;  131L A;  1FLQ A;  1NBY C;  1L41 A;  4LYC A;  1B5U A;  4CFP A;  1C65 A;  3F8V A;  5APF A;  1V7S A;  1C69 A;  4HJY A;  3GUM A;  2RBQ A;  1QS5 A;  1VAU A;  1G7M C;  2BQD A;  1SQ2 L;  4J1A A;  4DD0 A;  1JHL A;  2H9J A;  1PQO A;  2CGI A;  4BAP A;  1UIH A;  4TUN A;  1O23 A;  1D0L A;  1QUO A;  1RE2 A;  1QUS A;  5IEL A;  5KXZ A;  1GBY A;  1OUH A;  4ARM A;  137L A;  4J1B A;  4ET8 A;  1BQL Y;  3L2X A;  3F6Z A;  1OV5 A;  221L A;  4NHP A;  1L96 A;  1SX2 A;  4IAP A;  1LSE A;  1GFK A;  1WQM A;  1WQQ A;  2YBM A;  3N9E A;  3A6C Y;  4NSH A;  1OUG A;  1HF4 A;  4W94 A;  3TXF A;  4W54 A;  114L A;  1IWU A;  3WXT A;  1P37 A;  1FLU A;  1L73 A;  2H5Z A;  1L84 A;  1L15 A;  1OUC A;  1DYB A;  2BQK A;  1REM A;  1BWH A;  1LGU A;  3OJP A;  215L A;  1T97 A;  2RBN A;  1LYO A;  4DQ5 A;  4H8Y A;  196L A;  5ILC A;  3DN0 A;  3W6A A;  4H9I A;  3GXK A;  3LYT A;  135L A;  2F2N A;  2F32 A;  1I20 A;  1SSY A;  5KKJ A;  4M6D A;  1C6Q A;  4KXI A;  3CSR A;  3SB5 A;  4OW1 A;  4G49 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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