3L2XA

Crystal structure of spin labeled t4 lysozyme mutant 115-119rx
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFCNSLCMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Crystal Structure of Spin Labeled T4 Lysozyme Mutant 115-119RX
rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2009-12-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3l2xA00
3K2RA 1L27A 1C66A 5I14A 113LA 1KW7A 1L03A 3GUIA 1L73A 244LA 4ZPUA 226LA 2OTZX 1L74A 1L70A 256LA 2HUMA 3HUAA 1L54A 1QTVA 1SX2A 1L77A 1L61A 1CTWA 2QB0B 3UONA 144LA 1L62A 1P6YA 1D2YA 1QT7A 1ZURA 3NYAA 1SWYA 176LA 1QUHA 1QT3A 2CUUA 1G0QA 1L93A 4W56A 3HH5A 3HU8A 4ARLA 161LA 192LA 1L23A 1SX7A 260LA 1C6FA 156LA 1L11A 1LYEA 2OTYX 3DMXA 1L36A 1L13A 1C63A 1D2WA 115LA 4LDLA 1C6AA 1L94A 2RBQA 160LA 4I7MA 258LA 1C6LA 4AQNA 3NY8A 3G3WA 3GUJA 1L68A 206LA 236LA 257LA 2B6ZA 4LDOA 1G1WA 175LA 103LA 2F32A 1P37A 262LA 2RB2X 140LA 4OO9A 223LA 1L26A 1L30A 1P56A 1CX6A 2IGCA 2RBRA 1L24A 2B7XA 4DAJA 1L39A 1C62A 1PQDA 4I7LA 1KW5A 2HULA 3HT8A 2RAZX 1L15A 1OWZA 4EJ4A 3LZMA 1L38A 259LA 172LA 201LA 1DYCA 1L28A 1KS3A 1C6CA 4W54A 211LA 3RUNA 142LA 3SB8A 1L00A 148LE 139LA 1P3NA 2Q9EA 3GUOA 1L80A 1L10A 1G0GA 227LA 1L53A 4I7KA 1L55A 1LLHA 1L60A 231LA 1QUGA 2B75A 1JTMA 1OVHA 1L14A 3HTFA 1L42A 1L44A 129LA 2OE4X 1G1VA 3C8SA 4I7NA 1L79A 2LCBA 171LA 1LYJA 2O7AA 1XJUA 3GUNA 1L83A 1CV0A 205LA 151LA 1QTHA 4YXAC 141LA 1L0JA 4GBRB 1L64A 2RH1A 1OWYA 4ARQA 1L89A 169LA 182LA 4ARPA 167LA 1C6KA 2RB0X 3HTDA 250LA 1L63A 3CDRA 1L22A 188LA 4EKRA 220LA 1CV6A 261LA 1OVKA 3SB5A 3VW7A 2B73A 1L57A 131LA 2B6YA 1L19A 1L86A 1ZYTA 3SB7A 1CU0A 3C7WA 1LI2A 3V2WA 1LYDA 3SB6A 3C83A 1L0KA 1C6BA 3HT6A 107LA 239LA 218LA 1LWGA 3DN4A 145LA 164LA 3C82A 2F2QA 1QT8A 3DN6A 1B6IA 1L21A 3DKEX 3FADA 3OE6A 243LA 1C6TA 1L46A 2ANXA 1K28A 6LZMA 1L66A 1L88A 3ODUA 241LA 1L50A 1C6IA 3CDTA 112LA 1L67A 1DYGA 1L37A 1L34A 3C7YA 1LYHA 185LA 3DN1A 2B6XA 2Q9DA 183LA 1DYFA 1I6SA 2OU9A 1L43A 4PK0A 1C6JA 195LA 212LA 1L01A 235LA 1L71A 3G3VA 4PJZA 1WTHA 4EKQA 159LA 1L31A 1QT6A 1OYUA 1L81A 4ARMA 1PQJA 1L12A 1L07A 1L92A 1L95A 210LA 225LA 1C6HA 1DYBA 1LYFA 1C6NA 248LA 2LZMA 4I7JA 126LA 1CVKA 1QS9A 1P36A 1L98A 3CDVA 1C6PA 3GUPA 1C6MA 1P46A 2B72A 4DKLA 3C81A 1L91A 2Z6BA 4LZMA 3HDFA 1P5CA 198LA 1L82A 1L02A 1DYAA 128LA 1L29A 1OV5A 215LA 1G0KA 186LA 1L52A 184LA 3HH4A 155LA 2L78A 1CV1A 1L18A 1CU5A 1G0MA 254LA 1L69A 1QTBA 108LA 109LA 1L75A 246LA 219LA 1T97A 3C8RA 1L56A 1CUQA 1L33A 1CV5A 1DYDA 1KNIA 138LA 162LA 228LA 166LA 1L90A 3C7ZA 125LA 1T8FA 232LA 181LA 4I7SA 1L72A 174LA 1T8GA 4S0WA 4I7PA 1L40A 1LGWA 150LA 1L85A 3FA0A 2B6WA 1EPYA 3NY9A 1L20A 238LA 1SSWA 173LA 3OE8A 214LA 3DN2A 104LA 3HTGA 4E97A 137LA 5LZMA 3GUKA 1L16A 2RAYX 1QT5A 3HH3A 1CU6A 2OU0X 1G06A 3OE0A 1LGUA 189LA 2RBSA 1QSBA 1QUOA 1L04A 4I7OA 3DMVA 3DMZA 3RZEA 217LA 3DN0A 3HWLA 3PDSA 1C6QA 230LA 3F8VA 147LA 2ANVA 249LA 3JR6A 1LGXA 1L48A 1LYGA 1QTDA 1QS5A 4EKPA 2B6TA 221LA 3DNAA 1JQUA 1C68A 1D9WA 1CU2A 1L84A 1OV7A 178LA 1G0JA 123LA 1L96A 1C61A 114LA 222LA 251LA 3SBAA 1L17A 1P2LA 2F47A 4DJHA 1D3FA 4W51A 1L06A 3F9LA 3HH6A 187LA 152LA 1XJTA 119LA 245LA 3HTBA 190LA 3HDEA 3PBLA 3DN3A 1L97A 1TLAA 1L65A 2LC9A 111LA 1C60A 3GULA 4I7TA 1L58A 1C64A 1L45A 1CU3A 1QSQA 233LA 1QT4A 2B70A 1L25A 1KY0A 146LA 4ARQB 200LA 3SB9A 130LA 3HUKA 237LA 3EMLA 224LA 1PQKA 1LI6A 242LA 3SN6R 3DN8A 1P2RA 1P64A 3G3XA 1C67A 3HUQA 157LA 1L09A 4I7RA 1CV4A 1NHBA 4GRVA 4W55A 1L99A 1QTCA 1C6EA 3V2YA 2A4TA 2NTGA 1DYEA 1T6HA 1G0LA 1CV3A 4YX7C 4EXMA 4EPIA 1L47A 7LZMA 1QTZA 1L05A 1L76A 209LA 3GUMA 4ARJA 2B74A 149LA 2O79A 158LA 3C80A 1SSYA 2O4WA 1JTNA 1D3MA 1L32A 1XEPA 253LA 1CX7A 1L08A 4W57A 4W53A 234LA 3L64A 213LA 1SWZA 3CDQA 120LA 1T8AA 3OE9A 1PQOA 122LA 1D3JA 4W52A 1L41A 1L87A 3C8QA 110LA 4W59A 177LA 1L49A 4LDEA 1PQIA 2OE7X 1PQMA 4YXCA 216LA 165LA 1G0PA 2RB1X 247LA 3CDOA 4ARMB 197LA 143LA 2RBOA 168LA 127LA 1OVJA 1G07A 2QARC 163LA 1L59A 2OU8A 1LI3A 1ZWNA 1D3NA 3HT7A 3HT9A 199LA 1C6GA 4K5YA 4EPFA 1CUPA 1L51A 1LW9A 1C69A 170LA 1LPYA 2NTHA 255LA 3HU9A 102LA 4W58A 3SBBC 4IAPA 1LWKA 1LYIA 3D4SA 252LA 2OEAX 2RBNA 229LA 3FI5A 4EKSA 196LA 2RBPA 3QAKA 4I7QA 3L2XA 1C65A 1QUDA 2HUKA 1L35A 1P7SA 180LA 1KY1A 240LA 2OE9X 1C6DA 191LA 118LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1REXA 3A3RX 4H9BA 4ZEEA 1LMOA 1L73A 3CT1A 1P2CC 4ZPUA 1L74A 5KXZA 256LA 1VEDA 1IY3A 2MEHA 1L77A 1J1PY 2DQCY 5L9JA 1GB2A 4DWXA 3AZ7A 3B0IA 1BB6A 1T3PA 1SWYA 2HTXA 1XEKA 3CSRA 4DT3A 3HH5A 2BAAA 4G4HA 4WM5A 1SX7A 2OTYX 3DMXA 4RDSA 3LYZA 1C6AA 1L94A 160LA 4I7MA 1C6LA 1LHHA 4ET9A 5FCPA 4AQNA 1JWRA 3GUJA 1LMPA 4LDOA 2RB2X 3E3DA 262LA 5LA5A 4W96A 1L26A 1L30A 1P56A 1CX6A 2IGCA 4ETDA 4LT2A 1LHJA 5DN4A 1B7QA 1GB5A 4I7LA 1KW5A 2HULA 8LYZA 1JJ0A 1L38A 1AT5A 1IP3A 1DYCA 1IC7Y 1QSAA 1AZFA 148LE 2FYDA 2Q9EA 3WMKA 3W6FA 3GUOA 5FEKA 4R6CA 227LA 1L53A 3WW6A 1YAQA 1L55A 2AUBA 3TXKA 231LA 1LSCA 2BQCA 1HFXA 2HEBA 1L14A 4PPOA 3C8SA 1CJ7A 3CB7A 4H94A 4G4CA 2O7AA 3T6UA 1L83A 4CFPA 141LA 4GBRB 1BHZA 3WULA 1L89A 169LA 3P64A 4ARPA 1C6KA 2RB0X 250LA 3AJNA 3AGIA 1WQRA 261LA 1FDLY 2B6YA 1L19A 1L86A 1ZYTA 4OWAA 3A3QA 4LT1A 3EO5A 2DKVA 1GAZA 218LA 1BWJA 1HEMA 2ZILA 1L21A 3FADA 2CWIA 112LA 1L67A 3EMSA 3AYQA 1LYHA 5LVKA 1GF6A 2NWDX 183LA 3TXBA 1XGPC 1QDRA 1C7PA 2YBLA 4PK0A 1C6JA 4W94A 235LA 2BQEA 2H9KA 5DLAA 3G3VA 1L81A 4ARMA 1IOTA 4C5FA 3WU7A 1L92A 1L95A 210LA 1LOZA 4P2EA 1DYBA 1OP9B 1LHLA 1P36A 5F16A 1L98A 1B0DA 1UC0A 3M3UA 1IIZA 3B6LA 3GUPA 5KY1A 3HDFA 4TUNA 1D0KA 4NGVA 1LJKA 1L02A 1DYAA 128LA 1GDWA 1TBYA 3ATNA 2D4KA 5F81A 2L78A 1KXWA 1L18A 2MECA 1YKYX 1QTBA 1AM7A 1LZ1A 1G7MC 4E3UA 1T97A 1L56A 3B0OA 4GCDA 1CV5A 3QY4A 138LA 4LZTA 3P68A 3C7ZA 1YANA 125LA 2LYMA 1L72A 4B49A 1T8GA 1L40A 2H9JA 150LA 3FA0A 1QTEA 1TAYA 4UWNA 3P66A 3A95A 1GF5A 1L20A 238LA 2A7DA 1JTTL 173LA 3DN2A 4IATA 104LA 1LZEA 1LZSA 1OUCA 1RJCB 1QT5A 1GPQC 4XJFA 1LGUA 189LA 1HHLA 1QSBA 1L04A 4I7OA 4GCCA 3KAMA 3RZEA 217LA 3HWLA 4OWHA 1C6QA 1DI3A 3F8VA 1SLYA 147LA 4NHTA 2F30A 5KXXA 1GB3A 221LA 1V7TA 5B1FA 1C10A 3W6DA 1LZAA 1JITA 1FLWA 123LA 1C61A 114LA 1GFUA 1LMQA 2F47A 3TMVA 3TXDA 3TXEA 4W51A 2YBJA 2DQIY 152LA 1C08C 119LA 1HENA 1LSNA 5HLLA 3DN3A 2LC9A 3WU8A 4I7TA 1C60A 5IDDA 1CU3A 4BS7A 1QSQA 4GLAA 1CKCA 1B5ZA 146LA 4OWCA 1LZYA 1JTOL 2XQOA 1PQKA 242LA 1LJ4A 1P2RA 1Z55A 1REYA 2XBRA 1OUFA 1QTCA 1C6EA 4N0JA 1DQJC 1JJ1A 3A8ZA 4J1AA 5KXYA 1QTZA 1L05A 4Z98A 4YF2A 2FBDA 1NQIA 1CJ9A 2O79A 5AMYA 1IP5A 1I1ZA 1YIKA 1WQPA 2Z37A 3RW8A 1LJEA 1XEPA 2MEDA 1CX7A 1GBYA 213LA 3L64A 1VAUA 3CDQA 5HMJA 4W52A 1L41A 1YKZX 4W59A 177LA 1L49A 1XGRC 165LA 2RB1X 1B5VA 2G4NA 4HPIA 3A90A 127LA 5KXPA 5DL9A 5KXWA 3CSQA 4B4EA 4H92A 2OU8A 1LI3A 1ZWNA 4K5YA 1LW9A 1C69A 170LA 1LAAA 2W1YA 1LPYA 3HU9A 4ANRA 2G4PA 5APEA 196LA 2RBPA 3SP3A 5APDA 1NBYC 3AGHA 1KY1A 240LA 4TX7A 1L27A 1C66A 5I14A 3GUIA 1KW7A 1LZBA 4NY5A 2I25L 1LHIA 2HUMA 2YDGA 1NHEA 3ZEKA 1IP6A 1OUGA 2QB0B 3UONA 2BQKA 2Z2FA 5KXSA 5ILCA 1BB3A 4H9AA 3CT5A 1ZURA 3NYAA 5C6IA 2CJLA 2I26L 2Z18A 176LA 4EMNA 4B1AA 2H5ZA 3MGWA 1LSYA 2CUUA 1L93A 2LZTA 1FBIX 1LMCA 2ZQ4A 1HSWA 1L23A 3IJVA 156LA 2FYCA 115LA 4LDLA 5T3FA 1PZYA 4H90A 258LA 3HBHA 1DXJA 4LYOA 1LSDA 2B6ZA 175LA 1P37A 5LVJA 2Z19A 2IHLA 223LA 5KKIA 2RBRA 4NSGA 3CT0A 1PQDA 2HECA 1WQNA 2RAZX 3A6CY 4EJ4A 4H9FA 3FI7A 1EQ4A 1NBZC 3WVXA 5LYMA 1H6MA 5APCA 4N5RA 3RUNA 3SB8A 4HP0A 1L00A 1GF0A 2MEBA 1WQOA 1LLHA 1L60A 1REMA 2BQGA 2YBNA 3ATOA 1L42A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1REX A;  3A3R X;  4H9B A;  4ZEE A;  1LMO A;  1L73 A;  3CT1 A;  1P2C C;  4ZPU A;  1L74 A;  5KXZ A;  256L A;  1VED A;  1IY3 A;  2MEH A;  1L77 A;  1J1P Y;  2DQC Y;  5L9J A;  1GB2 A;  4DWX A;  3AZ7 A;  3B0I A;  1BB6 A;  1T3P A;  1SWY A;  2HTX A;  1XEK A;  3CSR A;  4DT3 A;  3HH5 A;  2BAA A;  4G4H A;  4WM5 A;  1SX7 A;  2OTY X;  3DMX A;  4RDS A;  3LYZ A;  1C6A A;  1L94 A;  160L A;  4I7M A;  1C6L A;  1LHH A;  4ET9 A;  5FCP A;  4AQN A;  1JWR A;  3GUJ A;  1LMP A;  4LDO A;  2RB2 X;  3E3D A;  262L A;  5LA5 A;  4W96 A;  1L26 A;  1L30 A;  1P56 A;  1CX6 A;  2IGC A;  4ETD A;  4LT2 A;  1LHJ A;  5DN4 A;  1B7Q A;  1GB5 A;  4I7L A;  1KW5 A;  2HUL A;  8LYZ A;  1JJ0 A;  1L38 A;  1AT5 A;  1IP3 A;  1DYC A;  1IC7 Y;  1QSA A;  1AZF A;  148L E;  2FYD A;  2Q9E A;  3WMK A;  3W6F A;  3GUO A;  5FEK A;  4R6C A;  227L A;  1L53 A;  3WW6 A;  1YAQ A;  1L55 A;  2AUB A;  3TXK A;  231L A;  1LSC A;  2BQC A;  1HFX A;  2HEB A;  1L14 A;  4PPO A;  3C8S A;  1CJ7 A;  3CB7 A;  4H94 A;  4G4C A;  2O7A A;  3T6U A;  1L83 A;  4CFP A;  141L A; 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