1L13A

Contributions of hydrogen bonds of thr 157 to the thermodynamic stability of phage t4 lysozyme
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGRWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Contributions of hydrogen bonds of Thr 157 to the thermodynamic stability of phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1988-02-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l13A00
1OV7A 1L51A 1L20A 2A4TA 1C64A 4W59A 1D3MA 3DN1A 3GULA 1SWZA 3NYAA 231LA 4ZPUA 3NY8A 1L0KA 1G0GA 1KY0A 1LGXA 4I7PA 2OE9X 130LA 1G0KA 222LA 1WTHA 108LA 3G3VA 1L92A 4S0WA 1KY1A 1CUPA 238LA 1D2WA 1DYAA 3V2YA 3F8VA 1T97A 4EKRA 1L63A 1L16A 2RBRA 177LA 150LA 1G1VA 1L34A 3HTBA 1QTCA 1L46A 209LA 3ODUA 1G1WA 1C6GA 1L40A 2OEAX 146LA 3HWLA 191LA 1L22A 1L18A 4I7QA 1JTNA 237LA 2ANVA 4W54A 4LDOA 4EKQA 1LGWA 1QTHA 3CDRA 1L82A 1L85A 1CV3A 3F9LA 1C6IA 1G06A 3SB9A 2RB1X 3C8QA 3DN8A 3HUAA 2RBOA 1SSWA 1L56A 1C6HA 167LA 1KW5A 1QTVA 1SX2A 107LA 3DKEX 1PQMA 2B7XA 1QUOA 1C62A 1LI3A 3CDOA 1KW7A 198LA 1L60A 165LA 1C6PA 2O79A 1L98A 2LC9A 1L14A 245LA 1DYEA 1L03A 1CU2A 2F2QA 3HT6A 1L15A 3OE0A 1LYHA 215LA 3G3WA 4I7NA 206LA 1C65A 219LA 1ZURA 260LA 189LA 1P2LA 1QT3A 199LA 158LA 1C6AA 156LA 217LA 2B75A 1L88A 113LA 1L19A 3QAKA 2OE4X 1QS9A 1DYFA 2B6YA 1G0MA 1C6EA 1OWZA 1PQIA 2OTYX 4I7RA 3OE6A 1LYJA 251LA 142LA 228LA 2RB0X 3HUQA 131LA 4EKPA 1L09A 1L25A 1G0PA 262LA 3GUKA 3SBAA 1C69A 1QT5A 1L62A 1QUGA 1C6KA 2QARC 186LA 1OVKA 1C6BA 1XJUA 1P7SA 3C7YA 3DN2A 2B70A 1CUQA 216LA 4GBRB 159LA 1KS3A 1C6FA 1L12A 3D4SA 1OVHA 1L10A 2RH1A 4W53A 1CV4A 192LA 1LYGA 1L67A 1L55A 3C8RA 3HT7A 225LA 1L31A 4I7TA 4W51A 102LA 1L76A 1QSBA 1OV5A 1QTBA 3SB8A 1QT6A 4W55A 1P56A 1L84A 2CUUA 141LA 1SSYA 1LLHA 1QT7A 4I7MA 1L37A 1C66A 1C6CA 176LA 1XJTA 187LA 1PQDA 1LI6A 1LYDA 1L11A 1TLAA 2RBQA 188LA 1C6TA 4ARLA 2OU9A 1OYUA 1CX7A 181LA 1QUDA 255LA 4W56A 4W58A 2HULA 220LA 1L65A 250LA 182LA 1L27A 2LZMA 1L01A 236LA 1L90A 1LGUA 257LA 1L86A 1L38A 3DNAA 210LA 4IAPA 1T8GA 1L26A 147LA 1C6NA 1DYGA 2RB2X 3LZMA 164LA 1KNIA 1L72A 190LA 1L21A 1L06A 248LA 2LCBA 4LDLA 1PQKA 3SB6A 1C61A 1L32A 3SBBC 4LDEA 1L49A 3C81A 1LW9A 3DN3A 223LA 1L30A 1NHBA 4LZMA 3GUPA 1G0LA 3FADA 1P3NA 173LA 5LZMA 1P46A 162LA 151LA 1QUHA 2ANXA 3DMZA 3C7WA 6LZMA 1L91A 2O4WA 2O7AA 244LA 139LA 2RAZX 3L2XA 2F47A 1DYBA 137LA 123LA 3GUNA 212LA 1CV0A 1G0QA 3HH4A 2B6TA 2L78A 1G0JA 3C82A 1P2RA 185LA 127LA 4I7KA 243LA 4AQNA 1OWYA 1L75A 200LA 5I14A 3C8SA 1L61A 4I7OA 2Q9DA 253LA 1CV1A 3HU8A 1L07A 2OE7X 246LA 1L66A 1LYIA 1EPYA 3HTGA 1T6HA 3CDQA 3K2RA 1D2YA 1L50A 2RBPA 1G07A 129LA 3PDSA 233LA 175LA 2B73A 3FA0A 2B6XA 3DMVA 1L94A 3JR6A 4W57A 1LWGA 1L36A 4EKSA 3DN4A 1C67A 4YXAC 1L73A 143LA 180LA 3HT8A 1CTWA 1L53A 1P64A 1L83A 1SWYA 1LYEA 1L68A 171LA 3DN0A 224LA 1I6SA 218LA 118LA 3C83A 3GUOA 1CX6A 1L08A 2RAYX 1D3JA 1CV6A 1L39A 3RUNA 240LA 196LA 3SB7A 4ARQB 1L95A 4YXCA 1D3FA 1L0JA 3GUJA 4EPIA 2B74A 4EPFA 163LA 197LA 1L81A 2B6WA 2B6ZA 4DKLA 138LA 1P5CA 2IGCA 1QTZA 3V2WA 2RBNA 1K28A 166LA 145LA 1L13A 160LA 4I7JA 1L69A 261LA 140LA 3G3XA 3HU9A 3HTDA 1P6YA 4OO9A 4W52A 2Q9EA 3VW7A 241LA 3HH3A 110LA 1L45A 4EJ4A 1L57A 3RZEA 178LA 1DYDA 120LA 3NY9A 1LWKA 1L79A 1QT8A 213LA 239LA 249LA 3HDEA 1CU6A 232LA 1L35A 1LI2A 3CDTA 3GUIA 4DJHA 1C6JA 3CDVA 169LA 3HH5A 161LA 1PQJA 3HTFA 3GUMA 4ARMA 1L59A 221LA 1C63A 1L44A 1L04A 252LA 3EMLA 3UONA 1ZWNA 3HUKA 7LZMA 3HH6A 1JQUA 4EXMA 1C6MA 1L05A 1CV5A 114LA 1CU3A 1T8FA 3L64A 4DAJA 229LA 226LA 3PBLA 4E97A 157LA 1DYCA 1L52A 172LA 1L87A 2HUMA 112LA 1L80A 247LA 235LA 125LA 2RBSA 2OU8A 1C60A 184LA 230LA 1L48A 4I7LA 1L02A 1QSQA 1QTDA 1L00A 126LA 4ARMB 115LA 1T8AA 119LA 1LYFA 201LA 174LA 183LA 1L41A 1P36A 111LA 3FI5A 1C6LA 195LA 122LA 1C6QA 1L33A 1SX7A 4ARPA 1L74A 4ARJA 4K5YA 103LA 128LA 3C7ZA 2NTGA 1L77A 3OE9A 3SB5A 1QS5A 4YX7C 1L17A 4ARQA 205LA 1L93A 3DMXA 4GRVA 3DN6A 1L70A 1D3NA 3C80A 259LA 1L64A 1L71A 4PK0A 1L99A 1L29A 3SN6R 1L96A 1C68A 2OTZX 2OU0X 1L28A 1ZYTA 234LA 2Z6BA 104LA 4I7SA 1L42A 148LE 170LA 1L47A 256LA 1L54A 1P37A 144LA 1L89A 1PQOA 155LA 149LA 1L43A 1CVKA 1D9WA 168LA 2B72A 109LA 2NTHA 3HT9A 1LPYA 152LA 1CU0A 3HDFA 1C6DA 258LA 1QT4A 1JTMA 1XEPA 2HUKA 1L23A 1B6IA 1L97A 1OVJA 227LA 211LA 214LA 254LA 3OE8A 242LA 1L58A 4PJZA 1L24A 2F32A 1CU5A 2QB0B
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LSGA 4H92A 1OV7A 4DD3A 4N8ZA 2A4TA 4W59A 1D3MA 4XJIA 3DN1A 1EQ4A 3NYAA 1BB4A 1LGXA 5F9UA 130LA 4A7DA 1L92A 3BKVA 1KY1A 4ETDA 2YBMA 1GXXA 1T97A 1LZAA 1HMLA 7LYZA 4G4BA 1UUZC 5DL9A 5KXNA 1G1VA 3HTBA 2ZILA 1GAZA 3HFMY 1QTCA 1BB6A 3N9EA 5HMVA 1L46A 209LA 3ODUA 4DD7A 4DD1A 1IWWA 3CB7A 2G4QA 1IP5A 4W54A 4YF2A 4LDOA 4XJGA 3TMXA 3CDRA 1L82A 1D6QA 1LMAA 3SB9A 3HBDA 3DN8A 3F6ZA 3W6CA 4GN5C 4WL6A 1C6HA 4DWXA 1DPWA 1IP3A 1JEFA 1PQMA 2GV0A 5KXWA 2LYZA 3EMSA 1KW7A 1C46A 3AB6A 3FI7A 3AZ6A 165LA 3A93A 1C6PA 2O79A 5LAGA 1YKZX 3WVYA 1KXXA 1HF4A 2BPUA 2MECA 1QDRA 4NHIA 3OE0A 215LA 1G7HC 219LA 3AW7A 1P2LA 3T36A 5F14A 3QAKA 1QS9A 4J7VA 4XJBA 1LSCA 1LZEA 1OWZA 1GF8A 5LA8A 1LYJA 1FLWA 228LA 1BGIA 1L25A 2BLXA 4XJFA 3W6DA 262LA 5B05A 4ZIXA 1B7OA 1QUGA 2Z38A 1GFKA 3C7YA 1CUQA 1LZSA 1GB8A 4W53A 1CV4A 1L67A 1L31A 4I7TA 1QSBA 2BQOA 4G4HA 4QEQA 1SSYA 1WQMA 4I7MA 5KKJA 1PQDA 4NGZA 2C8PA 5LYTA 2RBQA 2BQMA 1C6TA 5EBHA 132LA 1OUJA 4RW1A 220LA 1JKBA 1T6VL 4NHSA 3IJVA 2Q0MX 236LA 1L90A 3WMKA 1B7QA 1L86A 1LSZA 3WXUA 1XEKA 1B5XA 2Z18A 5A3EA 3K3TA 1LZ5A 1IR9A 3W3EA 190LA 248LA 2LZTA 1PQKA 1OQMA 1UCOA 4H9CA 3SBBC 1UIAA 1JKCA 2Z2FA 5LIOA 3TXEA 1L30A 1LZRA 1TDYA 2YBHA 4LZMA 5FEKA 3GUPA 1G0LA 1LZYA 4NHPA 2LHMA 135LA 5AMYA 4OWEA 1LSBA 162LA 1YIKA 1QUHA 3DMZA 1YAPA 5KY1A 2CJLA 139LA 2RAZX 1OUGA 123LA 3N9AA 1P2CC 212LA 4PGJB 1AT5A 1CV0A 4RW2A 3LN2A 5F9XA 2L78A 1G0JA 4YOPA 1UICA 5KXYA 4H91A 4AQNA 4NGJA 1L61A 253LA 3HU8A 3WW6A 4WOAA 1LYIA 1C7PA 2XQOA 4XJHA 3K2RA 1L50A 129LA 3PDSA 1NBYC 4U3XB 2B6XA 3AGHA 4H9HA 1FKQA 3DN4A 1HEMA 1LMNA 5ILFA 1WQRA 2RSCA 4YXAC 4M6DA 2B5ZA 1L73A 3GXKA 1FDLY 1P64A 1IR7A 1BWHA 3DN0A 2RAYX 3A3QA 2BQNA 4ARQB 1L95A 1JISA 3KAMA 3SP3A 3GUJA 4EPIA 2B74A 2LYMA 3EBAB 2B6WA 2ZNXY 4WM2A 1P5CA 1YQVY 2HTXA 1QSAA 2YVBA 1LJHA 2CDSA 4H1PA 1IOSA 261LA 3G3XA 1DZBX 1IO5A 4W52A 4J1AA 4PRUA 110LA 1LHHA 4C5FA 1L57A 3RZEA 1DYDA 4ETCA 3W6EA 2DQEY 4RLMA 1AM7A 5DN5A 239LA 4DYGA 1F6SA 3HDEA 232LA 4HTNA 5B1FA 2CGIA 3CDVA 169LA 3HH5A 1PQJA 1C63A 1IP6A 1L04A 2MEFA 3EMLA 4NSJA 3UONA 3HUKA 4H9IA 1BB5A 5LINA 4QY9A 1JUGA 1CU3A 3E3DA 1IP7A 3PBLA 4WMGA 2ZQ3A 235LA 3WPLA 184LA 5C6JA 1HEWA 5KJ9A 5IDDA 5D5FA 1BVKC 2W1LA 1GF9A 201LA 1REZA 1JPOA 183LA 1L41A 3TMUA 5KXMA 4WLYA 1LMOA 3J6KA 1L33A 2HEAA 5B59A 3A6BY 1L74A 103LA 4NSHA 1LSAA 3WH1A 1L93A 259LA 1L99A 1WVVA 3RW8A 2MEDA 1C68A 1L28A 4CGEA 104LA 4GCFA 5M1YA 5LVJA 148LE 1UACY 1L54A 1C45A 144LA 4DDBA 1IC5Y 149LA 1D9UA 168LA 1QTEA 2NTHA 1LMTA 1CU0A 3RT5X 2BQLA 1OUEA 5LA5A 2IHLA 1OVJA 4IJ4A 3QE8A 1PS5A 214LA 242LA 1L58A 4GN4A 1SX2A 4H8XA 1LZTA 1OUHA 4UWVA 2XJWA 1IWZA 3GULA 3NY8A 1G0GA 1V7TA 4B4EA 4ML7A 3ATNA 1WTHA 108LA 1D0KA 4WM4A 4OWBA 1IY3A 1L63A 1A4VA 1LSNA 4N0JA 177LA 5ILCA 1VFBC 4GCDA 1IEEA 4N1CC 4B1AA 1LKSA 1CKCA 1C6GA 1LJFA 1WVUA 2DQAA 3HWLA 191LA 4B49A 2MEGA 1CJ7A 4I7QA 4CFPA 3BKHA 2D4IA 5E9RA 1OUBA 3F9LA 1G06A 1LZBA 2YBLA 3C8QA 4DQ5A 1VEDA 2Z19A 1L56A 2D4KA 167LA 3N9CA 5KXZA 3B6LA 3D3DA 4WM5A 1LI3A 3HBHA 4KL7A 1LJJA 1LZ9A 4RLNA 2I6ZA 1BQLY 1LZDA 1LMCA 1L03A 1YILA 2HUBA 2IFFY 1LYHA 4YM8A 1GDWA 1JIYA 1WQOA 2W1YA 3AGGG 1QT3A 1JJ1A 1C6AA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1LSG A;  4H92 A;  1OV7 A;  4DD3 A;  4N8Z A;  2A4T A;  4W59 A;  1D3M A;  4XJI A;  3DN1 A;  1EQ4 A;  3NYA A;  1BB4 A;  1LGX A;  5F9U A;  130L A;  4A7D A;  1L92 A;  3BKV A;  1KY1 A;  4ETD A;  2YBM A;  1GXX A;  1T97 A;  1LZA A;  1HML A;  7LYZ A;  4G4B A;  1UUZ C;  5DL9 A;  5KXN A;  1G1V A;  3HTB A;  2ZIL A;  1GAZ A;  3HFM Y;  1QTC A;  1BB6 A;  3N9E A;  5HMV A;  1L46 A;  209L A;  3ODU A;  4DD7 A;  4DD1 A;  1IWW A;  3CB7 A;  2G4Q A;  1IP5 A;  4W54 A;  4YF2 A;  4LDO A;  4XJG A;  3TMX A;  3CDR A;  1L82 A;  1D6Q A;  1LMA A;  3SB9 A;  3HBD A;  3DN8 A;  3F6Z A;  3W6C A;  4GN5 C;  4WL6 A;  1C6H A;  4DWX A;  1DPW A;  1IP3 A;  1JEF A;  1PQM A;  2GV0 A;  5KXW A;  2LYZ A;  3EMS A;  1KW7 A;  1C46 A;  3AB6 A;  3FI7 A;  3AZ6 A;  165L A;  3A93 A;  1C6P A;  2O79 A;  5LAG A;  1YKZ X;  3WVY A;  1KXX A;  1HF4 A;  2BPU A;  2MEC A;  1QDR A;  4NHI A;  3OE0 A;  215L A;  1G7H C;  219L A;  3AW7 A;  1P2L A;  3T36 A;  5F14 A;  3QAK A;  1QS9 A;  4J7V A;  4XJB A;  1LSC A;  1LZE A;  1OWZ A;  1GF8 A;  5LA8 A;  1LYJ A;  1FLW A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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