234LA

T4 lysozyme mutant m106l
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQLGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Context-dependent protein stabilization by methionine-to-leucine substitution shown in T4 lysozyme.
pubmed rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1997-10-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 234lA00
4DJHA 1L79A 1C67A 1D3FA 174LA 1L88A 129LA 1LWGA 1I6SA 2LZMA 1L23A 3HWLA 1L62A 3DN3A 164LA 1L11A 4I7JA 1C6QA 1QS9A 219LA 4EKQA 3L2XA 206LA 2B7XA 1QS5A 1G0JA 4I7SA 1XJUA 158LA 4ARJA 4PJZA 3OE9A 4OO9A 2OEAX 125LA 1L0JA 1P5CA 1C6IA 2O7AA 1L27A 186LA 1QT7A 1P37A 146LA 3C82A 4I7LA 175LA 1DYEA 128LA 1L84A 1C6NA 1G0KA 1L35A 242LA 190LA 2NTGA 2RB2X 1L14A 1CVKA 1OWYA 108LA 3GUPA 4ARQA 4W51A 2RBQA 1L43A 163LA 3HH6A 1T6HA 1QUOA 4ARLA 1PQOA 182LA 1L22A 2RBRA 2OU8A 4YXCA 1OWZA 4EPIA 1L00A 1L70A 251LA 1L38A 3EMLA 2OTYX 4E97A 2RAZX 1LYJA 2QB0B 1CV5A 4YX7C 191LA 1L76A 1L83A 1L87A 1L67A 3L64A 1L72A 3DNAA 1PQJA 1L95A 200LA 1L45A 1DYGA 6LZMA 245LA 3CDRA 172LA 149LA 1QTDA 3SBBC 3DN1A 4ARQB 112LA 1L44A 2B6ZA 3GUKA 3GUOA 1QT8A 4LDOA 1XEPA 4DAJA 1L56A 1L52A 139LA 1PQDA 1OVKA 214LA 1L51A 2B6WA 2B70A 3PBLA 262LA 3PDSA 4EXMA 3C7ZA 1L09A 235LA 198LA 1L74A 3V2WA 104LA 1L80A 3NY8A 1T8FA 1L21A 1L60A 1C6LA 224LA 1L64A 1L93A 1CU3A 1D3MA 151LA 1SSWA 2ANVA 1L36A 2B6YA 1L63A 3OE6A 2L78A 1L77A 1LYHA 3VW7A 1G1WA 141LA 1G0QA 1LPYA 1C6MA 1QTZA 181LA 248LA 196LA 1L89A 2O4WA 197LA 1C61A 3FI5A 1P36A 1L30A 1L18A 3HH5A 1OVJA 1OVHA 4I7RA 159LA 2ANXA 1L16A 1LYGA 243LA 4PK0A 1C68A 1CV1A 1L42A 247LA 1L12A 176LA 103LA 1CUPA 1C66A 3RUNA 223LA 255LA 166LA 1C65A 1G07A 4IAPA 1L85A 1C6EA 212LA 4W52A 1L29A 4S0WA 236LA 2Q9DA 1L66A 4I7OA 1L50A 209LA 2Q9EA 213LA 4ARMB 3DKEX 1L05A 3HUQA 4EPFA 260LA 259LA 3DN8A 118LA 2F32A 1L55A 1L98A 1NHBA 3F8VA 227LA 3SB8A 1CU6A 2RBSA 3HUKA 1DYCA 120LA 144LA 2B73A 211LA 1QTVA 241LA 228LA 1L34A 3SN6R 2A4TA 4I7TA 2CUUA 1L08A 225LA 7LZMA 1L26A 3CDTA 3DN0A 3HU8A 165LA 1L48A 1C6CA 1L71A 4ZPUA 1LI3A 137LA 1D3JA 1WTHA 1L0KA 150LA 2B72A 1C6PA 115LA 1L68A 1C6HA 4K5YA 1G06A 162LA 3GUJA 3HT6A 3HT8A 3HTDA 1L07A 3CDQA 131LA 3FADA 1L02A 244LA 3HU9A 3GUNA 3G3XA 3C8SA 4DKLA 192LA 155LA 1L58A 1CV0A 156LA 1JQUA 1LI6A 1QUGA 221LA 1L28A 1LGWA 1PQIA 1JTNA 1C6KA 3HUAA 178LA 187LA 253LA 3G3VA 145LA 3NY9A 201LA 3HTFA 3SB9A 1B6IA 180LA 1L31A 1L81A 1QSQA 3DMXA 1CU0A 1G0LA 3SB7A 1K28A 1KY0A 1LYEA 1L24A 218LA 1L86A 2OU9A 122LA 4GRVA 1C6GA 142LA 183LA 2LC9A 170LA 1C6FA 4ARPA 1D2WA 2O79A 3CDOA 169LA 217LA 1L91A 1OV5A 2HULA 1LWKA 2RH1A 4W57A 3HT7A 1KY1A 1C62A 168LA 3HH3A 1LYDA 1L33A 1L03A 2OTZX 1PQMA 3OE8A 1L37A 1SSYA 1QUHA 4LDEA 1ZWNA 1L06A 152LA 1C6BA 229LA 1L54A 1L15A 1QTCA 252LA 3HT9A 113LA 1LGXA 1DYAA 1G0GA 1G1VA 3C8RA 1C63A 220LA 1L53A 2B74A 2IGCA 3HH4A 1L32A 114LA 1QSBA 195LA 3HTBA 1CV3A 230LA 4EJ4A 3GULA 1EPYA 1L46A 1QT3A 3GUIA 1KS3A 1SWZA 188LA 1QT4A 3JR6A 2Z6BA 1QTBA 107LA 1L65A 140LA 1P7SA 4W54A 2F2QA 3UONA 261LA 4AQNA 189LA 1QT5A 123LA 199LA 3NYAA 1ZURA 216LA 1QT6A 2OE4X 222LA 1P64A 1L97A 1TLAA 4W55A 3HTGA 111LA 1C60A 1L82A 1C69A 1L13A 250LA 4I7NA 1L25A 1PQKA 3FA0A 2OU0X 1L73A 1L49A 3HDEA 1L90A 2RB0X 4GBRB 1L04A 234LA 1T97A 210LA 3DMVA 231LA 1L92A 1L94A 148LE 1CV4A 2F47A 1CU5A 2B75A 3RZEA 110LA 1OYUA 1L17A 215LA 1LW9A 232LA 1SX2A 2OE7X 184LA 249LA 1T8AA 2LCBA 1KW5A 4EKRA 3C81A 4I7PA 3F9LA 157LA 1L01A 3HDFA 1CU2A 1CV6A 1KW7A 1CUQA 1P56A 1L75A 1LGUA 3G3WA 1XJTA 1LYIA 1L41A 119LA 1P6YA 1ZYTA 4LZMA 257LA 1L59A 2RAYX 246LA 1T8GA 1JTMA 173LA 1CX7A 1L99A 160LA 130LA 4I7KA 1L19A 3DN4A 1LI2A 127LA 1DYFA 1P3NA 3CDVA 1L96A 1QTHA 3SB6A 4YXAC 1C6AA 1CTWA 3C7WA 1L39A 5LZMA 4W56A 3SB5A 1L57A 2NTHA 3C7YA 1LYFA 3D4SA 4EKPA 102LA 143LA 147LA 1CX6A 238LA 226LA 4W59A 1G0MA 233LA 1DYBA 3C8QA 3SBAA 177LA 1D9WA 1OV7A 2RBNA 1P2RA 2HUMA 4I7MA 1C64A 1SX7A 3K2RA 5I14A 240LA 3C83A 138LA 1KNIA 1L69A 1C6DA 3DN6A 1L47A 3GUMA 126LA 1QUDA 1P46A 1L61A 205LA 1C6JA 1L10A 256LA 2RBOA 2B6XA 4W53A 2QARC 1L20A 3V2YA 3DN2A 2B6TA 1SWYA 1LLHA 3LZMA 2RB1X 3DMZA 161LA 4ARMA 109LA 3QAKA 4W58A 4EKSA 1D2YA 2OE9X 1G0PA 254LA 1DYDA 4I7QA 2RBPA 4LDLA 3ODUA 239LA 3OE0A 171LA 1C6TA 185LA 167LA 2HUKA 258LA 1D3NA 3C80A 1L40A 237LA 1P2LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3TXBA 1LHJA 3LYMA 4E3UA 129LA 1DKKA 3A6BY 4N1CC 1IOSA 1JSEA 4I7JA 1IC7Y 4M4OA 3A8ZA 4EKQA 1LSAA 3WW6A 3HBEX 206LA 2B7XA 3A34A 3P66A 3WPJA 4I7SA 1IORA 5KXZA 4PJZA 4C3WA 1L0JA 3WUAA 2A7FA 1C6IA 1L27A 4B49A 186LA 1QT7A 1P37A 2BLXA 1UIEA 3C82A 1C6NA 1G0KA 4NHSA 4WM5A 4HPIA 3LYTA 4G4BA 2RB2X 1L14A 1WVUA 2F4GA 1KXXA 1IR9A 1T6HA 1LJGA 1PQOA 4YXCA 1L22A 2OU8A 1L38A 2OTYX 1IWYA 4RLNA 4E97A 1LYJA 2LZ2A 2W1LA 4YX7C 4TX7A 1UICA 1L76A 1L87A 3B72A 1L45A 4W94A 4LT2A 4UWUA 3HFMY 1QTDA 3SBBC 3WPLA 4OW1A 3DN1A 4DDBA 112LA 1LZTA 3GUKA 153LA 2A7DA 4HP0A 1FLQA 1L56A 3P68A 1LZBA 1L52A 4LFPA 3PDSA 1B2KA 3PBLA 3E3DA 1RCMA 3C7ZA 1L09A 5HNCA 198LA 4WM3A 104LA 4LT1A 3NY8A 1C6LA 4BS7A 1UIHA 4LYCA 1JWRA 4YENA 5F14A 3K3TA 5B06A 1JISA 4NG1A 3OJPA 1IC5Y 141LA 1D9UA 1UIFA 1D0LA 3W3EA 5HLLA 5KXLA 1LPIA 4LYOA 1XEKA 1L30A 1L18A 1J1OY 2ANXA 1RI8B 4NY5A 247LA 1L42A 1JJ3A 176LA 1C66A 3RUNA 1G07A 4ML7A 1L85A 3B0KA 4PGJB 1C6EA 212LA 1QIOA 2Q9DA 1GBOA 4I7OA 2ZIKA 5KXOA 1F6SA 1VATA 1VFBC 213LA 1L05A 4EPFA 4H9FA 1H6MA 3P65A 1BVKC 8LYZA 1LSMA 4NHIA 1LMCA 4TSBA 3TXFA 2B73A 1T3PA 1NKHA 3SN6R 1L34A 2CUUA 5E9RA 4N0JA 4ETDA 3DN0A 3HU8A 165LA 4CFOA 3EO5A 137LA 3WYHA 2B72A 2ZILA 1L68A 3J6KA 1C6HA 1QDTA 5ILCA 3GUJA 1UIDA 2XJWA 1JTOL 3GUNA 1HEQA 3G3XA 3C8SA 1L58A 1D0MA 1JQUA 5IHGA 5FDJA 1LSEA 1MELL 1XSFA 1UUZC 1DXJA 4CJ2A 3HUAA 2BQMA 4WM6A 145LA 1FKQA 3P64A 5LVIA 1D6PA 1L31A 1BB7A 1DPWA 3DMXA 1IP5A 1K28A 1LYEA 218LA 5A3ZA 3AJNA 122LA 1LZ1A 2BQLA 4Z46A 2F30A 142LA 2LC9A 1NDMC 1C6FA 4ARPA 5KXMA 1IOQA 2Z12A 4GCDA 1OV5A 2HULA 1KY1A 5KXNA 3HH3A 1LYDA 1LZ9A 3HBDA 5T3FA 5LIOA 1L33A 3CT0A 1NWGA 2DQIY 4DDCA 1BB4A 2Z2EA 6LYTA 3RZ4A 1L54A 1LTMA 1QTCA 1G0GA 1WTMA 2B74A 2IGCA 154LA 3HTBA 195LA 230LA 1BWJA 1WQRA 2ZYCA 4EJ4A 5B59A 1EPYA 1LMNA 3GUIA 1SWZA 2ZQ3A 1FLWA 2RSCA 4W54A 3UONA 1VDTA 1QT5A 1XEJA 4DD1A 2OE4X 222LA 2IHLA 1P64A 3B0OA 1L97A 1GPQC 1TLAA 2X0AA 3HTGA 4TTDA 1GF5A 4A7DA 1L82A 1JEFA 4NHQA 1O23A 250LA 2CGIA 1CKCA 5B07A 3IJVA 4BADA 1KIQC 4L41A 2Q0MX 1MLCE 1UBZA 1NHEA 4GBRB 1DI5A 6LYZA 3DMVA 4NGLA 1Z55A 1JUGA 1LJNA 3N9CA 1OYUA 1WVVA 1LW9A 3LZTA 1SX2A 2XQOA 1B5UA 4ET9A 3ZVQB 2NWDX 1OUCA 2Z18A 3C81A 3F9LA 3AB6A 1VDQA 1CJ6A 4DD3A 4OOTA 1QQYA 1L41A 4LZMA 1TAYA 1CNSA 246LA 2ZQ4A 3IWRA 2LHMA 3CSRA 4H9CA 3AZ6A 1P3NA 3CDVA 1IP3A 2YBIA 1OUEA 1L39A 4FDYA 102LA 143LA 1LSDA 238LA 3WPKA 4IASA 1HEOA 2MEEA 177LA 1XGUC 2MEIA 1SX7A 1LJFA 5FHWA 4ETAA 1L69A 5APCA 2CJLA 1DQJC 1YILA 3GUMA 4ETEA 4DQ5A 1L10A 1SWYA 1QSAA 1EQEA 4PRUA 4ARMA 4W58A 4EKSA 3B0IA 2RBPA 4H8XA 4LDLA 5L9JA 2D4JA 258LA 1FKVA 237LA 1JTTL 1QUSA 1LWGA 4LZTA 3HWLA 2W1MA 2LYMA 1QS9A 219LA 1REMA 4LT3A 1C08C 1B0DA 1G0JA 4I8SA 1IP1A 4ARJA 1B7RA 3OE9A 4OO9A 3WW5A 1GEVA 3TMWA 5KXKA 3HBHA 2O7AA 2HEFA 4I7LA 4RLMA 1VDPA 1L84A 3ATOA 1L35A 5IDDA 3FE0A 1CVKA 1SLYA 4XENA 4QGZA 108LA 4NSGA 4ARQA 3D9AC 4W51A 1GXXA 1DKJA 2H9KA 3W6CA 3HH6A 1QUOA 5HMVA 1REZA 5LYTA 4EPIA 1YQVY 3EMLA 1EQ4A 1HELA 5KXTA 2QB0B 3SP3A 1CV5A 5F9UA 4H9BA 3A96A 1L67A 3L64A 1LHLA 3DNAA 3J4GA 1GFGA 1YAMA 1PQJA 4NWEA 1LJ4A 200LA 1DYGA 172LA 1GB3A 4LT0A 2B6ZA 3GUOA 4WO6A 4H1PA 4DAJA 4XJGA 4H90A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3TXB A;  1LHJ A;  3LYM A;  4E3U A;  129L A;  1DKK A;  3A6B Y;  4N1C C;  1IOS A;  1JSE A;  4I7J A;  1IC7 Y;  4M4O A;  3A8Z A;  4EKQ A;  1LSA A;  3WW6 A;  3HBE X;  206L A;  2B7X A;  3A34 A;  3P66 A;  3WPJ A;  4I7S A;  1IOR A;  5KXZ A;  4PJZ A;  4C3W A;  1L0J A;  3WUA A;  2A7F A;  1C6I A;  1L27 A;  4B49 A;  186L A;  1QT7 A;  1P37 A;  2BLX A;  1UIE A;  3C82 A;  1C6N A;  1G0K A;  4NHS A;  4WM5 A;  4HPI A;  3LYT A;  4G4B A;  2RB2 X;  1L14 A;  1WVU A;  2F4G A;  1KXX A;  1IR9 A;  1T6H A;  1LJG A;  1PQO A;  4YXC A;  1L22 A;  2OU8 A;  1L38 A;  2OTY X;  1IWY A;  4RLN A;  4E97 A;  1LYJ A;  2LZ2 A;  2W1L A;  4YX7 C;  4TX7 A;  1UIC A;  1L76 A;  1L87 A;  3B72 A;  1L45 A;  4W94 A;  4LT2 A;  4UWU A;  3HFM Y;  1QTD A;  3SBB C;  3WPL A;  4OW1 A;  3DN1 A;  4DDB A;  112L A;  1LZT A;  3GUK A;  153L A;  2A7D A;  4HP0 A;  1FLQ A;  1L56 A;  3P68 A;  1LZB A;  1L52 A;  4LFP A;  3PDS A;  1B2K A;  3PBL A;  3E3D A;  1RCM A;  3C7Z A;  1L09 A;  5HNC A;  198L A;  4WM3 A;  104L A;  4LT1 A;  3NY8 A;  1C6L A;  4BS7 A;  1UIH A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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