1C6CA

T4 lysozyme mutant c54t/c97a/l99a in the presence of 16 atm argon
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords PROTEIN (LYSOZYME)
publication title Size versus polarizability in protein-ligand interactions: binding of noble gases within engineered cavities in phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-12-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1c6cA00
1L77A 1LI3A 220LA 1L50A 1L08A 1G0LA 1LYFA 1D3NA 1L42A 147LA 3SBBC 1CU0A 1L43A 2RBPA 1L01A 248LA 1L15A 1L12A 182LA 1D9WA 3V2YA 1QTVA 1L37A 1L96A 3SB7A 1T8AA 250LA 4I7SA 1PQMA 3HDFA 2OU0X 1L24A 1SX2A 2F47A 2OTYX 1L39A 2F32A 1LI6A 2B72A 1L09A 1L68A 1CUPA 189LA 262LA 234LA 1L02A 3C8QA 167LA 1C68A 129LA 1G0GA 216LA 225LA 2B6XA 1L13A 2LC9A 3HUAA 1L00A 1L53A 3DN4A 2RBOA 1NHBA 1KW7A 1L46A 1L80A 1L86A 1OV5A 130LA 4W54A 2B6YA 4K5YA 3L64A 1LYGA 1C69A 196LA 1L11A 187LA 3LZMA 3CDTA 2O7AA 3RZEA 3HT7A 1L36A 3GUIA 2OEAX 1QTBA 178LA 1QUOA 3G3VA 1CU2A 3F8VA 260LA 1L41A 218LA 1L03A 1L34A 4EKSA 1L52A 3GUPA 1JTNA 3JR6A 1P3NA 200LA 2B73A 1L47A 1OVJA 229LA 198LA 228LA 4ARJA 1G1VA 3HTFA 1L23A 4I7TA 151LA 150LA 221LA 3SB9A 3C80A 4W52A 3C7ZA 1L18A 4AQNA 2B74A 1CUQA 1QTDA 1CV0A 1G07A 230LA 3GUKA 197LA 4ARLA 2CUUA 1DYEA 2ANVA 1L26A 2QARC 1CX7A 1L76A 119LA 169LA 1L17A 3HH4A 3HUKA 1KY1A 1CU6A 1L90A 242LA 254LA 1C6GA 188LA 1PQKA 1PQJA 1C65A 1LGXA 4I7PA 1P6YA 3ODUA 1C66A 217LA 1D2WA 1JQUA 1QT4A 142LA 238LA 1L59A 3SBAA 191LA 4I7QA 1L25A 256LA 4ARQB 3F9LA 1L81A 2B75A 1QUDA 249LA 1L88A 3HDEA 3EMLA 3K2RA 199LA 1QS5A 146LA 155LA 3G3WA 244LA 214LA 128LA 1L05A 2B6TA 1QT6A 3VW7A 2B70A 3DMVA 152LA 120LA 162LA 171LA 1C64A 1QTHA 1LGWA 138LA 160LA 3FADA 1L38A 3G3XA 1LWKA 2RAZX 1L79A 1DYDA 1PQIA 2B6WA 1C6PA 2RB1X 3QAKA 1SWYA 1LYIA 4I7OA 1DYFA 158LA 1P7SA 103LA 2Z6BA 4ARMA 1L31A 1JTMA 115LA 3HT9A 1T8GA 7LZMA 3HTDA 1B6IA 3UONA 164LA 1C6TA 1OYUA 210LA 1LPYA 166LA 2Q9EA 2B6ZA 1L44A 3GUJA 3HUQA 195LA 1C6IA 4PK0A 1P37A 1C6KA 1SWZA 215LA 2O79A 1L49A 1C6FA 1L92A 1T6HA 247LA 1L95A 3GUNA 123LA 2A4TA 1KY0A 3GULA 192LA 4I7RA 137LA 1C6HA 3PBLA 1C6NA 1L64A 1L91A 3C83A 4EKRA 148LE 156LA 1OV7A 3C81A 1C61A 3NYAA 1L19A 1CU5A 3HWLA 1T8FA 4IAPA 2RBRA 211LA 1L48A 173LA 3C82A 4W58A 253LA 1T97A 1P5CA 1L58A 1DYCA 1SSWA 2ANXA 3HH6A 1SSYA 1SX7A 2LZMA 1L22A 1L61A 112LA 1L70A 1LYHA 1PQDA 3HU9A 111LA 168LA 4EKPA 2OU8A 1QSQA 2RBNA 3CDVA 4W53A 1LWGA 1L21A 1P46A 1P64A 1C6LA 1L20A 1L0KA 4ARQA 1LYDA 3GUOA 184LA 3HH5A 2OU9A 1C6MA 3CDOA 1L98A 1QT3A 107LA 1QTZA 143LA 1C6AA 144LA 1QTCA 174LA 1L74A 126LA 1G0PA 3C7YA 1L04A 1LW9A 243LA 4LDOA 1L54A 2L78A 1L55A 1LYEA 3NY9A 4S0WA 3SB8A 4I7MA 2RB2X 1CV3A 1DYAA 1L0JA 3OE8A 180LA 1L07A 4W57A 4EXMA 212LA 1XJTA 3C8SA 1DYBA 2OTZX 2RBQA 219LA 1G0KA 3DMZA 1G1WA 241LA 1L87A 1I6SA 165LA 1C6CA 6LZMA 131LA 1QUGA 1C67A 1P2RA 1D3FA 1L93A 1PQOA 259LA 1L29A 1QT7A 109LA 1C6JA 161LA 3OE9A 1CV6A 4EPFA 1L62A 4LDEA 3HT8A 4EPIA 1D2YA 237LA 1L30A 3SB5A 4I7KA 4LZMA 190LA 3DN0A 3V2WA 127LA 1WTHA 213LA 1G06A 1L14A 4YX7C 3L2XA 3HT6A 1L16A 1TLAA 231LA 240LA 5I14A 2LCBA 3SN6R 3DN8A 3HH3A 1CV5A 3DMXA 258LA 141LA 3NY8A 1G0JA 3OE0A 159LA 1L65A 1L89A 1DYGA 145LA 1CVKA 209LA 3DN6A 4I7LA 1D3JA 1K28A 4DAJA 1G0MA 1C62A 261LA 1L69A 2OE9X 1QT8A 183LA 1L35A 181LA 2NTGA 236LA 1QSBA 246LA 252LA 108LA 4OO9A 3FA0A 1L84A 2OE4X 1L63A 1L56A 149LA 2OE7X 1LLHA 1L40A 4ZPUA 1L71A 1C6EA 2RBSA 140LA 4W56A 1L27A 2F2QA 1C63A 4I7JA 3HTBA 4EKQA 1L32A 1L82A 175LA 3DN1A 3D4SA 1KNIA 205LA 4ARMB 4GBRB 3DNAA 2Q9DA 186LA 1G0QA 4YXAC 1L99A 2RH1A 2RB0X 1L60A 3RUNA 1P56A 113LA 1L28A 1L66A 1OVHA 239LA 4W59A 4EJ4A 1L06A 206LA 157LA 1D3MA 3OE6A 1C6DA 1CX6A 257LA 4ARPA 1LGUA 255LA 2IGCA 1OWZA 227LA 1CV1A 104LA 1L85A 4W55A 1L45A 102LA 1L83A 251LA 1L10A 1C60A 139LA 3DKEX 1CTWA 235LA 3FI5A 1KW5A 1P36A 125LA 201LA 1L97A 1L51A 3C8RA 2NTHA 1LI2A 185LA 1XJUA 2B7XA 1ZWNA 1LYJA 233LA 1L67A 122LA 163LA 1C6QA 3HTGA 114LA 4GRVA 4W51A 2HULA 226LA 2HUKA 3CDQA 1QS9A 177LA 1L94A 1ZYTA 170LA 1CV4A 1L75A 1ZURA 4DJHA 1P2LA 1OWYA 232LA 3GUMA 1EPYA 1L73A 3DN2A 3HU8A 222LA 3DN3A 1QT5A 2RAYX 1L57A 1XEPA 223LA 2O4WA 4DKLA 3C7WA 3SB6A 5LZMA 2HUMA 3CDRA 224LA 245LA 1L33A 4PJZA 4E97A 1OVKA 3PDSA 176LA 4LDLA 172LA 110LA 1C6BA 118LA 1QUHA 4YXCA 1KS3A 4I7NA 2QB0B 1CU3A 1L72A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
220LA 1BVXA 5KXNA 1IWWA 3T6UA 1RE2A 3SBBC 5ILCA 1L01A 1OUEA 1L15A 4M6DA 3KAMA 1WQPA 1OUDA 3SB7A 4HV2A 3CT1A 2HU3A 3WL2A 2BQIA 4G4CA 2F47A 1HNLA 1L39A 1CUPA 3D9AC 133LA 189LA 5KXPA 234LA 1L02A 167LA 225LA 2RSCA 216LA 2ZILA 1XGPC 1L00A 3DN4A 1QDTA 2RBOA 4H91A 1L86A 4HP0A 1IY4A 3AB6A 1YIKA 3RZ4A 1LHKA 4PRUA 3WW6A 2A7FA 3CDTA 3IWRA 3WVYA 1QTBA 1QUOA 5M1YA 1CKCA 3F8VA 1BVKC 1L03A 3WPLA 3GUPA 1BQLY 2B73A 1AT5A 3GXRA 1L47A 229LA 1LZ4A 2D4IA 3HTFA 1UIEA 2HECA 3TMXA 4YEMA 221LA 3C7ZA 3LYTA 1B7OA 5LYTA 4LT0A 4ARLA 2CUUA 4MCKA 1H87A 1DYEA 1L26A 1GF5A 4HTNA 1NMMA 1L76A 1GB9A 1XFPL 1KY1A 4IJ4A 1CU6A 1L90A 3EBAB 2Z39A 3WULA 1PQJA 1LGXA 5KXYA 1C66A 1INUA 1D2WA 3ZEKA 4NSHA 1QT4A 1L59A 4I7QA 1L25A 3A90A 3HDEA 3CT5A 1GXXA 3W3EA 199LA 6LYTA 5DN5A 4BADA 5DM9A 1YKZX 5E9RA 4CHXA 4PRQA 3QE8A 1L05A 1QT6A 1UIBA 3DMVA 5IDDA 4DD7A 162LA 171LA 1LGWA 1UIAA 2Q0MX 4GN4A 4B0DA 1LHLA 4I7OA 1HENA 4NGOA 103LA 2Z2EA 1JTMA 115LA 3HT9A 3BKVA 4IASA 3UONA 164LA 1C6TA 132LA 4LYZA 210LA 5D5CA 166LA 4B4EA 1GBSA 1JITA 1EQ4A 3GUJA 195LA 1GD6A 4PK0A 1P37A 1C6KA 4WLTA 4N5RA 3B72A 1SLYA 2O79A 1HSWA 2BQNA 5LXWA 2A4TA 2DQEY 4KT3A 3WXTA 4GCCA 5B05A 4I7RA 1C6HA 1UC0A 3PBLA 148LE 156LA 3C81A 1C61A 3M18B 3AZ4A 3NYAA 3AZ7A 1E8LA 1P2CC 211LA 1OQMA 1LYOA 4YEOA 1IR8A 2BQAA 4W58A 1GF6A 1GBYA 1SSWA 2ANXA 4LYCA 4LT2A 1SX7A 1UIHA 1JSFA 3VWOA 1L70A 1PQDA 1A4VA 3LZTA 4TX7A 1YAQA 1QSQA 3TXIA 1B5ZA 4W53A 1GXV2 1LWGA 1L20A 1GFGA 3OK0A 4ARQA 4WLDA 4NG8A 1L98A 1IC7Y 2BQDA 1C43A 1L74A 1CJ8A 3CSRA 1L04A 3IJVA 4YF2A 1JEFA 4I7MA 1CV3A 1C7PA 1L07A 4W57A 4DD9A 1JPOA 1GE1A 2DBTA 2XBSA 2RBQA 219LA 1JKBA 4ANRA 2LYOA 3WUNA 165LA 1IR7A 1GFAA 4GN3A 3LYZA 1QUGA 1D3FA 1GWDA 1NHEA 1L29A 2PC2A 1FKVA 4EPFA 1D2YA 237LA 1UIFA 4WLYA 1L30A 4LZMA 1ZVHL 4N1CC 1YKXX 1REYA 127LA 1WTHA 1UIGA 4J1BA 5F9XA 1OUHA 3HBEX 9LYZA 1LZAA 4NSGA 1IWXA 3HT6A 1DI3A 4FJRA 3WU8A 1C46A 1GE0A 1LTMA 258LA 3NY8A 1G0JA 3OE0A 1LSPA 5LIOA 3DN6A 3RW8A 1K28A 4LGKA 1C62A 261LA 1L69A 2LHMA 2OE9X 181LA 4H9HA 2NTGA 252LA 1QSBA 3FA0A 3P64A 1GFJA 4CJ2A 1HERA 1FLUA 1BWIA 1DPWA 1NF5A 1L71A 5LA5A 1C6EA 140LA 4R0FA 3AW6A 3HTBA 4XJIA 2BQHA 4EKQA 3HBHA 1WTNA 4DT3A 4B4JA 1KNIA 4ARMB 4GBRB 4J1AA 1G0QA 4J0LA 4LT3A 4NGLA 2HEEA 2W1XA 5IELA 1YAOA 5KXOA 1L60A 1HFZA 113LA 4WMGA 4WM5A 1L06A 1G7JC 1UBZA 1CX6A 4ARPA 3AGGG 1D6QA 1L85A 1JJ3A 3A3QA 5LINA 2MEEA 1L83A 1LJFA 2Y8PA 3FI5A 1B5YA 1L97A 1D9UA 1LSCA 2C8OA 5J7CA 193LA 3HTGA 1FBIX 2HULA 226LA 4OOOA 4WG1A 4XJGA 3EXDA 177LA 1L94A 5II3A 1B5XA 1CV4A 1CKHA 5FSTA 1L75A 1ZURA 1GE2A 4NIJA 5C6IA 4U3XB 1OWYA 5KXLA 4H9IA 4TSBA 3HU8A 2EPEA 3W6AA 1B7LA 1WQMA 1GPQC 1J1OY 223LA 5APEA 4RLMA 3SB6A 2ZQ3A 1HFXA 2DQJY 1KXYA 4PJZA 1F0WA 1GFVA 4CGEA 4DQ5A 4B49A 5FDJA 1ZV5L 110LA 4NGKA 135LA 1C6BA 1GBWA 1DI5A 4YXCA 4NWHA 2BQEA 1T6VL 4H9FA 208LA 1V7TA 1L50A 2EQLA 1LHJA 1G0LA 5B1GA 1L42A 1UCOA 1AM7A 2XTHA 1LZSA 1IP3A 4WM1A 182LA 1DQJC 2LYMA 1L96A 250LA 1OUFA 3ZVQB 2MEIA 4WO9A 1SX2A 2F32A 1LI6A 2B72A 1J1XY 262LA 5KKJA 2YBNA 1LYZA 3C8QA 1L53A 1JUGA 4YM8A 5I53A 2YBJA 1OV5A 130LA 2IFFY 2X0AA 2B6YA 1IVMA 1MLCE 3LZMA 3RU5A 2O7AA 2VB1A 1JSEA 3GUIA 2OEAX 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 220L A;  1BVX A;  5KXN A;  1IWW A;  3T6U A;  1RE2 A;  3SBB C;  5ILC A;  1L01 A;  1OUE A;  1L15 A;  4M6D A;  3KAM A;  1WQP A;  1OUD A;  3SB7 A;  4HV2 A;  3CT1 A;  2HU3 A;  3WL2 A;  2BQI A;  4G4C A;  2F47 A;  1HNL A;  1L39 A;  1CUP A;  3D9A C;  133L A;  189L A;  5KXP A;  234L A;  1L02 A;  167L A;  225L A;  2RSC A;  216L A;  2ZIL A;  1XGP C;  1L00 A;  3DN4 A;  1QDT A;  2RBO A;  4H91 A;  1L86 A;  4HP0 A;  1IY4 A;  3AB6 A;  1YIK A;  3RZ4 A;  1LHK A;  4PRU A;  3WW6 A;  2A7F A;  3CDT A;  3IWR A;  3WVY A;  1QTB A;  1QUO A;  5M1Y A;  1CKC A;  3F8V A;  1BVK C;  1L03 A;  3WPL A;  3GUP A;  1BQL Y;  2B73 A;  1AT5 A;  3GXR A;  1L47 A;  229L A;  1LZ4 A;  2D4I A;  3HTF A;  1UIE A;  2HEC A;  3TMX A;  4YEM A;  221L A;  3C7Z A;  3LYT A;  1B7O A;  5LYT A;  4LT0 A;  4ARL A;  2CUU A;  4MCK A;  1H87 A;  1DYE A;  1L26 A;  1GF5 A;  4HTN A;  1NMM A;  1L76 A;  1GB9 A;  1XFP L;  1KY1 A;  4IJ4 A;  1CU6 A;  1L90 A;  3EBA B;  2Z39 A;  3WUL A;  1PQJ A;  1LGX A;  5KXY A;  1C66 A;  1INU A;  1D2W A;  3ZEK A;  4NSH A;  1QT4 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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