1XJTA

Crystal structure of active form of p1 phage endolysin lyz
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
178
structure length
178
Chain Sequence
GGAICAIAVMITIVMGNGNVRTNQAGLELIGNAEGCRRDPYMCPAGVWTDGIGNTHGVTPGVRKTDQQIAADWEKNILIAERCINQHFRGKDMPDNAFSAMTSAAFNMGCNSLRTYYSKARGMRVETSIHKWAQKGEWVNMCNHLPDFVNSNGVPLRGLKIRREKERQLCLTGLVNEH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Disulfide isomerization after membrane release of its SAR domain activates P1 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage p1
total genus 49
structure length 178
sequence length 178
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2004-09-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1xjtA00
108LA 192LA 1LI2A 1QS9A 1C69A 1CX6A 1QTCA 260LA 137LA 1C6TA 1L33A 3DNAA 3CDTA 3SB5A 4ARQA 3NYAA 3DMZA 2OTZX 173LA 1L87A 1JTMA 3C8RA 110LA 4LDOA 3D4SA 163LA 1P46A 1LYJA 1L01A 150LA 2B72A 1L67A 3HDFA 1CV4A 1G0GA 1C60A 186LA 3HTGA 167LA 3V2YA 1XJTA 2B6ZA 2OU0X 251LA 3LZMA 156LA 1C6KA 3PDSA 1P3NA 4S0WA 3FADA 1L94A 1L10A 2Z6BA 3HTDA 2B6YA 1LWKA 1L06A 1SX2A 1OV5A 1L50A 103LA 3HH4A 162LA 257LA 250LA 206LA 4I7LA 3C7WA 1C67A 4AQNA 3SB9A 157LA 1L99A 3C7ZA 1L26A 183LA 3C82A 205LA 169LA 1DYEA 142LA 1T8FA 1QT7A 3HH5A 1L96A 1L38A 4W57A 1L28A 3HUQA 1OVJA 243LA 1DYDA 1P56A 129LA 4IAPA 1L31A 1T8AA 1L46A 1L05A 1L41A 1L93A 1C6EA 2B6XA 109LA 4LDLA 1QTDA 1L42A 3OE6A 155LA 146LA 1C6HA 1LGUA 1L40A 3C80A 1L75A 222LA 1C62A 4ARMB 2RB0X 201LA 221LA 1L97A 1G1WA 219LA 1DYGA 197LA 115LA 1L63A 2OEAX 1SWZA 1L70A 209LA 139LA 3GUJA 255LA 236LA 6LZMA 1C6AA 113LA 1P36A 3DN6A 1C63A 187LA 1QUGA 4OO9A 3CDOA 1QUHA 3RZEA 1L57A 1L80A 2LCBA 3DMVA 1D2YA 1T97A 4ARPA 2LZMA 239LA 102LA 3ODUA 1L95A 3L64A 1G06A 4W59A 4PK0A 1OYUA 1L37A 224LA 1LWGA 3HH6A 1ZYTA 1L12A 4GBRB 1PQMA 1L29A 1LGXA 198LA 1LI3A 3F8VA 254LA 1EPYA 1CUQA 1L11A 3HU8A 259LA 1LW9A 3GULA 1QT6A 1DYFA 1CX7A 2O7AA 1L34A 1L60A 1L08A 144LA 1XJUA 220LA 1L56A 1L49A 3HH3A 1C6FA 3GUOA 7LZMA 218LA 3RUNA 2Q9EA 174LA 1C6DA 4E97A 1T6HA 2HULA 4W54A 1CU6A 1L74A 4DKLA 2OU9A 2RBPA 3DN2A 5LZMA 1QTBA 4ARQB 1CV1A 1P5CA 2B70A 3SBAA 1KNIA 196LA 1CTWA 3G3WA 3GUMA 4W51A 3SB6A 111LA 161LA 1JTNA 1L36A 1P7SA 1L20A 1QT5A 1L66A 4W53A 3DN3A 3HT7A 3DN1A 1C61A 1KS3A 1QUDA 2IGCA 1G0KA 1L53A 216LA 1CV5A 3CDRA 1L35A 4W56A 1L77A 1KW7A 2QARC 3NY8A 1D3JA 1PQDA 4ARLA 4YX7C 3DN8A 158LA 1LPYA 3HUKA 147LA 1L19A 4DAJA 1P2RA 1L71A 176LA 189LA 4EPFA 160LA 2B7XA 1C6QA 1L03A 1G07A 3UONA 3SB7A 1DYBA 1L18A 3G3XA 4I7MA 3C8QA 2NTHA 1SWYA 164LA 2QB0B 3EMLA 1JQUA 1KY1A 1L73A 130LA 159LA 112LA 228LA 166LA 1L61A 1QUOA 3HUAA 3SBBC 1L68A 3NY9A 2O4WA 2F32A 188LA 2RBQA 1L54A 1L72A 1QT8A 1L04A 240LA 3PBLA 1P6YA 1L16A 3JR6A 1QT4A 2RBOA 1L21A 1OWYA 3V2WA 2A4TA 3F9LA 1C6PA 1D2WA 180LA 3CDVA 1C65A 1P64A 3DKEX 253LA 3CDQA 148LE 1L25A 200LA 1L88A 4I7PA 1CV3A 107LA 126LA 4ARMA 2B6WA 212LA 123LA 1G0JA 3HT8A 3C81A 3GUPA 249LA 261LA 2F2QA 104LA 2L78A 1K28A 1G0PA 3HWLA 1CU0A 177LA 1L55A 3HT9A 1C6LA 3FA0A 119LA 3DN0A 2RH1A 4PJZA 4EXMA 1OVKA 114LA 1C6IA 245LA 172LA 1CU5A 152LA 4LZMA 1D3NA 1L23A 256LA 1L47A 1L92A 1LLHA 1SSYA 3VW7A 1L79A 1PQKA 2F47A 1TLAA 4W58A 5I14A 3G3VA 122LA 181LA 213LA 1B6IA 3K2RA 1L45A 1L59A 2ANVA 1D3MA 1SX7A 2HUMA 4W55A 2B6TA 1L44A 1L83A 2LC9A 258LA 1D9WA 3FI5A 151LA 1C6NA 3GUIA 175LA 241LA 1C6CA 171LA 4I7TA 1L98A 128LA 1T8GA 4W52A 1L24A 2OE4X 2Q9DA 3OE9A 2RAZX 215LA 2RBRA 1ZURA 1L58A 1G0QA 1OWZA 1L89A 1C66A 237LA 3C83A 195LA 1CVKA 1QSBA 141LA 247LA 2OE9X 143LA 231LA 2B75A 1LYIA 227LA 1L14A 170LA 3L2XA 1LYEA 2ANXA 3SN6R 149LA 1LYHA 1C64A 252LA 1LYDA 1L90A 1L48A 1L64A 1L65A 1L69A 1XEPA 3OE0A 4YXAC 4I7OA 191LA 127LA 211LA 1L00A 1C6JA 168LA 4GRVA 1WTHA 4DJHA 3HDEA 1L32A 1L02A 4ZPUA 3DN4A 1QS5A 4LDEA 1CV0A 3OE8A 2RBNA 235LA 4ARJA 2RB2X 2NTGA 1OVHA 1ZWNA 4EJ4A 1DYAA 1LI6A 3QAKA 217LA 1OV7A 1KY0A 3GUKA 233LA 2RB1X 242LA 3C8SA 2B73A 120LA 1L39A 190LA 2OU8A 3HT6A 2B74A 125LA 4I7KA 118LA 1LYFA 4I7NA 1L91A 1I6SA 1KW5A 1L51A 1G0LA 1PQOA 1L84A 238LA 229LA 1L81A 1PQIA 1LYGA 182LA 2OE7X 1L13A 3C7YA 4I7JA 1L0JA 4EKRA 4I7QA 1L15A 232LA 1QT3A 4I7RA 226LA 4YXCA 1L0KA 210LA 1L09A 3GUNA 1L43A 4K5YA 184LA 248LA 1QTZA 3DMXA 1QTHA 4EKSA 3HTBA 1L07A 1L52A 140LA 1CU3A 1C6GA 1C68A 2RBSA 1NHBA 1C6BA 199LA 1L86A 1G0MA 4EKPA 2CUUA 2HUKA 4EKQA 2RAYX 145LA 234LA 3SB8A 1QTVA 1DYCA 1SSWA 2OTYX 1CU2A 1QSQA 214LA 131LA 2O79A 185LA 262LA 1L82A 165LA 4EPIA 1L17A 244LA 138LA 1L85A 1P37A 223LA 1LGWA 1D3FA 1L30A 178LA 1CUPA 1P2LA 1PQJA 1G1VA 1L76A 225LA 4I7SA 1L27A 230LA 1L22A 1CV6A 3HTFA 246LA 3HU9A 1L62A 1C6MA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
108LA 1GBWA 1SLYA 4H9HA 1C6TA 1L33A 4RW1A 3CDTA 1DKKA 2MEHA 2F2NA 3WPKA 1D0LA 1AKIA 3C8RA 163LA 1LYJA 1LJJA 186LA 1LZTA 4P2EA 3V2YA 1XGTC 2B6ZA 3B6LA 1C6KA 2EIZC 1G7JC 1LOZA 4EOFA 3SP3A 1L06A 1B5ZA 5ILCA 1QDRA 1KXWA 5J7CA 3LYZA 1CKDA 3TXIA 257LA 1QUSA 3W6AA 1IIZA 1REYA 1L99A 4M4OA 183LA 1DZBX 1T8FA 2CDSA 1KXXA 2A7FA 4W96A 4LFXA 1BB3A 1OVJA 2FBBA 129LA 1L31A 1INUA 3EXDA 1T8AA 1YAOA 2DQJY 1C6EA 1D6PA 1QTDA 1JSEA 3OE6A 1OUBA 1C6HA 1BGIA 2DQFC 4IASA 5LYMA 4LZTA 1LHHA 5B06A 3QY4A 1C45A 1LZCA 255LA 1JWRA 1C6AA 4W94A 3DN6A 1FKQA 187LA 1QUGA 4OO9A 1HELA 3AZ5A 1L57A 1L80A 1T97A 2D4KA 1B9OA 3ODUA 3L64A 1G06A 3J6KA 4W59A 1LPIA 1LWGA 1TEWA 4B49A 1ZYTA 2BQNA 1LSGA 1VFBC 2W1XA 1CUQA 1LHJA 4DT3A 1N4FA 1IR8A 4BS7A 1NBZC 1L34A 5L3HA 1GPQC 1YROA 1XJUA 1L56A 2WARA 1L49A 4OWHA 4HTQA 3RUNA 4BAPA 2HU1A 4B4EA 4NY5A 1C6DA 3A6CY 4E97A 4DKLA 1CU6A 5ILFA 5LA8A 1GFVA 5LZMA 1YL1X 1P5CA 4GCFA 3SBAA 1KNIA 196LA 1YQVY 111LA 2BPUA 161LA 1LSFA 1L20A 1LJ3A 1IP5A 2IGCA 1OUDA 4ETBA 4W56A 2QARC 4ARLA 1FBIX 5KXMA 4QY9A 2F4GA 4HSFA 1IX0A 4ANRA 1GFJA 2DQDY 176LA 5LA5A 2ZILA 4H9AA 3UONA 4H8YA 4GN5C 3SB7A 1DYBA 5T3FA 4I7MA 1HFZA 4G49A 4TUNA 1SWYA 4YF2A 4ML7A 207LA 164LA 4II8A 3EMLA 1JQUA 1L73A 130LA 3W3EA 4NIJA 1OUHA 3HUAA 3TMXA 1IC7Y 1GF9A 2RBQA 1L54A 1LAAA 5KXSA 1QT8A 240LA 3PBLA 1P6YA 1QT4A 2RBOA 1JEFA 1LMAA 4NGOA 4C3WA 148LE 1LSDA 1LSCA 1V7TA 1KIPC 1LJHA 126LA 4ARMA 2B6WA 123LA 1G0JA 5LVKA 3ATNA 4WLTA 1RE2A 261LA 4GN3A 1L55A 1B7QA 4X3BA 1LHKA 1C6LA 4H9BA 4NGZA 1OVKA 135LA 3RW8A 1C6IA 8LYZA 1A2YC 4R0FA 1NWGA 1D3NA 2X0AA 256LA 1QSWA 4DD9A 1SSYA 4I0CA 1L79A 4GLAA 3A91A 1GB9A 5F16A 181LA 4G4CA 3W6EA 4YEOA 213LA 3M18B 1L45A 3CT5A 1RJCB 1C6NA 175LA 2RSCA 1JJ3A 2LHMA 1C6CA 171LA 1HMLA 4I7TA 2YBIA 4EMNA 1YILA 2MEBA 2RAZX 2RBRA 1ZURA 5KKJA 5KXKA 4BAFA 1OUIA 5HLLA 195LA 4NWEA 3D9AC 231LA 3L2XA 1LYEA 3SN6R 2YDGA 3WPJA 4LYCA 4G4HA 4YXAC 1ALCA 211LA 3GXRA 1HSXA 1JKBA 1WTHA 4DJHA 3HDEA 3WMKA 4DD1A 4LDEA 1O23A 3MGWA 2RBNA 1B5WA 235LA 4XJHA 1OVHA 1ZWNA 1FLWA 1LI6A 1B2KA 217LA 2ZWBA 3VWOA 3GUKA 3C8SA 5LYZA 3TXGA 4OWAA 1GFTA 4XJIA 2BQLA 3RT5X 1LYGA 2OE7X 3CB7A 4HPEA 1CKHA 232LA 1QT3A 1GBOA 4G4BA 226LA 1GHLA 1CKFA 1L43A 1GFRA 184LA 4ET9A 1L07A 1C6GA 2BAAA 2BQFA 2ZYPA 1NHBA 1C6BA 1L86A 2H9JA 4AXTA 1IVMA 4ZEEA 1HEMA 1JJ0A 5APEA 2AUBA 1SSWA 4NGVA 1JISA 3BKVA 1L82A 2BQHA 1LKSA 1LMPA 244LA 1IWZA 138LA 1L85A 223LA 4C5FA 1P2LA 3RNXA 1CV6A 3HTFA 246LA 4LYBA 5DN5A 4DQ5A 1XGQC 2HEFA 1LZ1A 1QS9A 5HQ1A 4DWXA 4DDBA 1G7MC 173LA 1LHMA 4DQJA 1D6QA 1MLCE 4Z3MA 4LDOA 1P46A 1L01A 1L67A 1UIBA 3HDFA 3TMUA 3HTGA 4ETDA 2OU0X 2HEDA 251LA 3P65A 1F0WA 1HEOA 2DQEY 1L10A 3HTDA 1TDYA 3CQLA 2NWDX 3HH4A 1B0DA 5LAFA 1AM7A 250LA 5KY1A 4I7LA 4TWSA 4G9SA 2W1MA 1C67A 1GFGA 1L26A 3C82A 205LA 1DYEA 1UA6Y 3AJNA 4LYMA 3P64A 4W57A 5LAGA 1DYDA 4DC4A 4IAPA 5I5QA 4HV1A 5C6LA 4DDAA 1IP7A 1L46A 4NWHA 1G7HC 3N9AA 1L42A 2F30A 1XEKA 1L40A 3C80A 1L75A 4ARMB 2DQCY 2RB0X 4NGIA 201LA 5I4YA 1L97A 3WPLA 3WXUA 1LYZA 1GB7A 197LA 115LA 1SWZA 1LSPA 4DQ7A 139LA 5APFA 5LVJA 236LA 2W1YA 5C6JA 1P36A 5FDJA 4LT2A 1QUHA 4TSBA 2HTXA 1YL0X 1JKAA 1NHEA 1UICA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 108L A;  1GBW A;  1SLY A;  4H9H A;  1C6T A;  1L33 A;  4RW1 A;  3CDT A;  1DKK A;  2MEH A;  2F2N A;  3WPK A;  1D0L A;  1AKI A;  3C8R A;  163L A;  1LYJ A;  1LJJ A;  186L A;  1LZT A;  4P2E A;  3V2Y A;  1XGT C;  2B6Z A;  3B6L A;  1C6K A;  2EIZ C;  1G7J C;  1LOZ A;  4EOF A;  3SP3 A;  1L06 A;  1B5Z A;  5ILC A;  1QDR A;  1KXW A;  5J7C A;  3LYZ A;  1CKD A;  3TXI A;  257L A;  1QUS A;  3W6A A;  1IIZ A;  1REY A;  1L99 A;  4M4O A;  183L A;  1DZB X;  1T8F A;  2CDS A;  1KXX A;  2A7F A;  4W96 A;  4LFX A;  1BB3 A;  1OVJ A;  2FBB A;  129L A;  1L31 A;  1INU A;  3EXD A;  1T8A A;  1YAO A;  2DQJ Y;  1C6E A;  1D6P A;  1QTD A;  1JSE A;  3OE6 A;  1OUB A;  1C6H A;  1BGI A;  2DQF C;  4IAS A;  5LYM A;  4LZT A;  1LHH A;  5B06 A;  3QY4 A;  1C45 A;  1LZC A;  255L A;  1JWR A;  1C6A A;  4W94 A;  3DN6 A;  1FKQ A;  187L A;  1QUG A;  4OO9 A;  1HEL A;  3AZ5 A;  1L57 A;  1L80 A;  1T97 A;  2D4K A;  1B9O A;  3ODU A;  3L64 A;  1G06 A;  3J6K A;  4W59 A;  1LPI A;  1LWG A;  1TEW A;  4B49 A;  1ZYT A;  2BQN A;  1LSG A;  1VFB C;  2W1X A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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