182LA

Specificity of ligand binding in a buried non-polar cavity of t4 lysozyme: linkage of dynamics and structural plasticity
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Specificity of ligand binding in a buried nonpolar cavity of T4 lysozyme: linkage of dynamics and structural plasticity.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1995-04-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 182lA00
238LA 1PQOA 1C67A 1L96A 2OTZX 255LA 1KW5A 1C66A 2RH1A 1L59A 1L85A 166LA 1C6AA 2RBPA 3F9LA 1WTHA 231LA 256LA 3ODUA 1C6PA 1G0MA 1DYBA 3CDTA 2B72A 4EKSA 3HU8A 3FA0A 2RB0X 1L18A 3UONA 1P5CA 113LA 2ANVA 197LA 1QTCA 2RAZX 250LA 2B74A 1QUDA 2RB1X 3DN3A 3HTGA 4IAPA 1C6DA 258LA 1CV6A 1QT6A 2OTYX 3D4SA 4EKQA 107LA 165LA 3OE9A 138LA 4PJZA 177LA 1L61A 234LA 2IGCA 1L25A 2OE9X 217LA 1L41A 1QS9A 3C83A 192LA 1CV3A 151LA 1T8FA 4AQNA 3LZMA 1OV5A 1QUOA 1C6LA 3CDRA 2OEAX 1CX7A 1L87A 4PK0A 3HDFA 262LA 1SX2A 143LA 1L55A 1XJUA 1D3FA 126LA 1C6JA 4YXAC 162LA 1D2WA 1QUGA 1L71A 1L98A 3DMZA 1CV5A 1L28A 1LWGA 2B6TA 4EJ4A 1G07A 142LA 168LA 1CU5A 1KY1A 213LA 1QTDA 160LA 1P6YA 122LA 4W53A 1SWZA 170LA 1D9WA 3SN6R 1P36A 1L90A 185LA 111LA 1I6SA 1C63A 1L92A 1C6TA 1L62A 200LA 5I14A 1C6QA 4GRVA 1SSWA 115LA 3C82A 1JQUA 1T8AA 110LA 3DN4A 1L57A 2Q9DA 3QAKA 1L79A 4LZMA 1L15A 1D2YA 4EKRA 1C6BA 130LA 2QARC 172LA 2F47A 1L22A 3HT8A 1CV0A 1G0LA 247LA 236LA 1DYFA 3JR6A 1LPYA 1CU3A 1L16A 1PQMA 1L51A 4W55A 1NHBA 182LA 4I7MA 3RZEA 254LA 4I7TA 129LA 4ARQB 3SB8A 139LA 245LA 1KS3A 196LA 1L11A 4I7JA 4ZPUA 174LA 257LA 3CDVA 3NYAA 1L0JA 4S0WA 239LA 4DKLA 1QS5A 216LA 188LA 2OU0X 215LA 1PQIA 243LA 1C64A 1L27A 2O4WA 3GUOA 1L63A 1L68A 4OO9A 1L76A 1L54A 1L84A 1QSBA 3DNAA 1G0KA 1K28A 163LA 1JTMA 219LA 221LA 181LA 4I7RA 3SB7A 227LA 2LC9A 1OWZA 3SB5A 1L52A 156LA 1L34A 1L05A 1T8GA 1XEPA 3PBLA 1B6IA 3C7YA 4W51A 1L83A 1G0QA 1L94A 112LA 3DN0A 118LA 149LA 1L46A 230LA 1L93A 3DKEX 178LA 242LA 3GULA 1ZURA 3DN6A 159LA 237LA 1CVKA 167LA 175LA 1G1WA 1QSQA 1L37A 1T97A 1OVJA 3FADA 1C6FA 1L39A 206LA 211LA 1L45A 104LA 1C68A 4LDLA 1C6MA 183LA 3HH6A 3HU9A 2Z6BA 2HULA 1CUPA 1P3NA 1D3NA 1QTBA 2RBQA 2ANXA 205LA 4K5YA 3OE0A 1L35A 1PQJA 1ZWNA 2B70A 1L00A 1LYIA 241LA 1L30A 3DN2A 3G3VA 1P2LA 2B73A 1P2RA 2RAYX 3DN1A 1CU2A 1L40A 1CUQA 1TLAA 171LA 199LA 1DYEA 1L19A 3NY9A 1QT5A 3DMVA 1DYDA 3V2YA 1L48A 1L12A 1LW9A 131LA 3HUAA 198LA 1L14A 224LA 249LA 3HTDA 4I7OA 4ARQA 3HT7A 232LA 1L08A 218LA 4DJHA 3NY8A 1L97A 4ARMB 3HUQA 3GUKA 1D3MA 3HH5A 1C6NA 4W57A 222LA 1L31A 1QT3A 3GUPA 3C8QA 3RUNA 248LA 4W58A 176LA 2LCBA 173LA 3HDEA 161LA 1QT4A 1G0JA 2B6XA 191LA 1L17A 3CDQA 1G0GA 4I7PA 1LI2A 3HT6A 1LYFA 2HUKA 1CU0A 1L49A 1C6EA 2B6WA 1LYHA 4GBRB 2LZMA 1LGXA 2QB0B 251LA 3HH4A 4ARJA 3GUNA 1C6HA 1L88A 3OE6A 128LA 1L21A 3V2WA 2Q9EA 3HUKA 3HTBA 1KW7A 1C6IA 4EKPA 1LYJA 1QT7A 4W54A 3HTFA 1L38A 1CX6A 2B6ZA 229LA 1OWYA 1L24A 2B75A 186LA 3EMLA 1L50A 1L33A 184LA 1L47A 1L66A 1QUHA 225LA 1L99A 119LA 4I7NA 3OE8A 150LA 109LA 1DYCA 1LI3A 3CDOA 246LA 123LA 3SBBC 1L86A 1L95A 2B6YA 1JTNA 2RBRA 1XJTA 1CTWA 1L36A 1LYGA 1LLHA 1SWYA 1CV1A 7LZMA 1SSYA 3HT9A 1OVKA 155LA 1C62A 3C80A 252LA 1C61A 214LA 1EPYA 260LA 4E97A 1DYAA 189LA 1L44A 1P46A 3C7ZA 1KNIA 1L10A 228LA 2OE7X 209LA 141LA 1OV7A 3C7WA 1L64A 1PQDA 1P37A 2F2QA 2A4TA 4YX7C 1CV4A 220LA 3PDSA 223LA 1L0KA 3G3WA 148LE 1G06A 195LA 2OU9A 190LA 3SB9A 1OYUA 1QT8A 144LA 1LYDA 3DMXA 2RB2X 1L43A 1L69A 233LA 3GUMA 2F32A 1QTHA 1LWKA 4ARMA 1L03A 1LYEA 1L72A 4ARPA 127LA 253LA 6LZMA 1G1VA 1L65A 2L78A 3L2XA 3G3XA 1L77A 1C69A 210LA 3C8SA 3SB6A 1L13A 4EXMA 147LA 140LA 1L82A 2HUMA 212LA 4W56A 1L60A 2RBSA 1L91A 1L81A 1C65A 120LA 4I7SA 244LA 1ZYTA 4DAJA 1L26A 1PQKA 4ARLA 3DN8A 3K2RA 1L06A 1L42A 261LA 4I7KA 2RBNA 1P64A 1SX7A 1CU6A 1L89A 157LA 1L01A 1L58A 1G0PA 114LA 1L07A 1OVHA 1L74A 2OE4X 3HH3A 1L53A 3FI5A 4W52A 1LGUA 169LA 4I7QA 1L70A 235LA 180LA 152LA 164LA 1LGWA 1C6KA 1L67A 1QTZA 1L23A 1L32A 4LDOA 4YXCA 1L73A 145LA 1DYGA 3VW7A 4W59A 2NTGA 1P56A 2O7AA 103LA 1P7SA 3HWLA 1C6CA 3L64A 4EPIA 5LZMA 2O79A 3GUIA 1L09A 1L75A 1C60A 158LA 4EPFA 1L56A 1L80A 102LA 201LA 1LI6A 146LA 3C8RA 1C6GA 2CUUA 1L29A 3GUJA 4LDEA 3SBAA 1L04A 2RBOA 259LA 187LA 1L20A 226LA 2NTHA 1T6HA 3C81A 1D3JA 1QTVA 4I7LA 2B7XA 137LA 1L02A 1KY0A 3F8VA 240LA 108LA 2OU8A 125LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L96A 2OTZX 1GB8A 1L59A 1BHZA 1BGIA 166LA 1JUGA 1WTHA 2ZQ3A 231LA 256LA 1G0MA 1DYBA 1LKRA 3CT0A 3FA0A 3UONA 3D9AC 2DQFC 1IORA 2Z2EA 2F4AA 3P4ZA 3A6BY 1EQ4A 3A3RX 4O34A 3ZVQA 1LSFA 1Z55A 138LA 1JKDA 1L41A 1LMPA 2W1YA 3CT1A 4PHIA 3T6UA 1LHKA 4AQNA 1YAPA 1OV5A 1T6VL 2BQFA 1L87A 2YBHA 4UWUA 3HDFA 1XJUA 4DDAA 3D3DA 1LJ3A 1QUGA 1HSXA 1LJGA 3DMZA 1QUSA 1JISA 4ML7A 5LINA 1WQQA 1LZGA 213LA 2MEEA 1LZ9A 4W53A 1B2KA 1UUZC 1D9WA 3LYMA 185LA 1IEEA 1C6TA 1L62A 4CHXA 5I14A 5KXLA 2BQBA 4GRVA 1UC0A 4WL7A 1T8AA 2D4KA 1L57A 1L79A 1IWYA 1GB0A 3B6LA 1C6BA 5KY1A 1REMA 4LFXA 1L22A 4PGJB 3HT8A 4TTDA 4EOFA 1G0LA 247LA 1JJ1A 2Z38A 1BB4A 1L16A 4H9EA 4W55A 2IFFY 4I7TA 4ARQB 4PJ2C 5II3A 139LA 1D9UA 2ZYPA 245LA 3LYZA 1KS3A 1L11A 153LA 4I7JA 1NWGA 5A3ZA 3CDVA 3NYAA 4S0WA 239LA 4DKLA 4J0LA 3M3UA 3P64A 4B4JA 4MR1A 1PQIA 4KPMA 4LFPA 2EQLA 1L27A 2O4WA 1L63A 1L84A 1L54A 3DNAA 2Z39A 1K28A 6LYZA 1JTMA 4I7RA 1SQ2L 2LC9A 3SB5A 5LYZA 1LHJA 156LA 1QDRA 1L34A 5F81A 1G7MC 3WW5A 1XEPA 1GFAA 1GF4A 1G0QA 1L94A 3DN0A 118LA 149LA 4NGKA 1XGPC 3DKEX 2XBSA 178LA 1GFEA 4NHPA 5HNCA 1C08C 1GXV2 3GULA 159LA 2D91A 175LA 1QSQA 4QEQA 3AB6A 1OVJA 1LYOA 1B7SA 1LMNA 5KXSA 1L39A 1IOTA 206LA 4YEMA 2MEBA 1B7LA 1IWUA 2Z6BA 1XFPL 4H8XA 3TXBA 1CUPA 2DQIY 2LYZA 205LA 3OE0A 1JSEA 4L41A 1OP9B 3K3TA 2VB1A 1D6QA 1LZ6A 3WU9A 4H9CA 3G3VA 3TXDA 1GFUA 2B73A 1TCYA 4WLTA 5HMVA 1LZAA 199LA 1QT5A 3DMVA 1DYDA 2MEGA 1L48A 1B5XA 3A3QA 1KIRC 131LA 1EL1A 4G4HA 3HTDA 1CJ6A 4ARQA 3HT7A 1B5UA 3KAMA 4H1PA 3HUQA 5FCPA 3GUKA 2LZTA 5L3IA 1D3MA 2A7FA 4XJDA 1XGUC 222LA 1L31A 3RUNA 1GB3A 173LA 3HDEA 161LA 1LSCA 1GF8A 4B0DA 3CDQA 3M18B 1WQRA 1LTMA 4NGOA 1JKBA 1LYFA 3BKHA 2MEIA 1TEWA 1LYHA 4GBRB 4B1AA 4WO9A 1GEZA 3GUNA 4GN4A 1GDXA 1V7TA 4HV2A 3V2WA 1G7HC 1LMTA 2Z18A 1KIQC 4OOOA 7LYZA 1C6IA 3ULRA 4CFPA 1L38A 4DWXA 5I54A 2B6ZA 1DKJA 1OWYA 1L24A 1L33A 1WTMA 1KXYA 207LA 119LA 3AZ6A 1DYCA 3CDOA 1XGQC 4NSGA 1L86A 1CKGA 3B72A 5KXOA 1CTWA 1L36A 1LYGA 1YKXX 3LZ2A 1LSMA 3G3AB 7LZMA 1LSBA 3C80A 4WO6A 1EPYA 3WU7A 1P46A 1QUTA 4NY5A 4DD2A 1L10A 1GXXA 141LA 5DN5A 1L64A 1LJIA 4XJHA 2F2QA 4LT1A 2F30A 1CV4A 223LA 3G3WA 148LE 3W6CA 4HTQA 3AW6A 2OU9A 1B7RA 3SB9A 1OYUA 3DMXA 1WQOA 3QE8A 1BVKC 1L43A 1LWKA 1L03A 1QTEA 4ARPA 1LKSA 2X0AA 253LA 2BQHA 1G1VA 1GE2A 1WQNA 3F6ZA 1UIFA 3CB7A 1C69A 1DZBX 1GPQC 140LA 3LYOA 1J1PY 1EQEA 5B1GA 4YM8A 4BS7A 2LHMA 2RBSA 1CKHA 1LJNA 1RE2A 4NGYA 2G4NA 1ZYTA 4DAJA 2YSSC 1OUIA 2CDSA 1GAYA 1GBWA 1BB3A 1G7IC 3A6CY 3TXGA 5IELA 2H5ZA 1B9OA 2RBNA 1P64A 5B59A 157LA 4WM2A 5K7OA 1IC4Y 114LA 4DQ5A 1WQMA 3GXKA 4H94A 5KKIA 3AYQA 3FI5A 1HELA 1LGUA 1QTZA 1LGWA 3CSQA 1XGTC 1L67A 4DQJA 4CGEA 4W59A 1LSPA 3HWLA 3L64A 2O79A 1L09A 1C60A 4OW1A 4EPFA 1LI6A 5I53A 4PRUA 1C6GA 5I4YA 1IX0A 2RBOA 259LA 1IR8A 1BB7A 1LSAA 5LAFA 3A95A 5C6JA 1GFHA 1QTVA 137LA 5LIOA 1WVUA 4XJGA 1KY0A 2YBNA 1N4FA 2I26L 2DQDY 1PQOA 4TSBA 1KW5A 2RH1A 4HV1A 1NBYC 1LHIA 4YOPA 4ZIXA 4XYYA 3CDTA 4E3UA 5DM9A 2B72A 4HPEA 4AXTA 1P5CA 2ANVA 3W6FA 1UA6Y 1RI8B 1OUEA 2B74A 2B5ZA 4IAPA 3HTGA 3WU8A 1QT6A 2OTYX 1IWWA 107LA 234LA 1UCOA 2IGCA 217LA 2BQGA 192LA 1CV3A 4HTNA 3TMVA 4ETDA 4H93A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1L96 A;  2OTZ X;  1GB8 A;  1L59 A;  1BHZ A;  1BGI A;  166L A;  1JUG A;  1WTH A;  2ZQ3 A;  231L A;  256L A;  1G0M A;  1DYB A;  1LKR A;  3CT0 A;  3FA0 A;  3UON A;  3D9A C;  2DQF C;  1IOR A;  2Z2E A;  2F4A A;  3P4Z A;  3A6B Y;  1EQ4 A;  3A3R X;  4O34 A;  3ZVQ A;  1LSF A;  1Z55 A;  138L A;  1JKD A;  1L41 A;  1LMP A;  2W1Y A;  3CT1 A;  4PHI A;  3T6U A;  1LHK A;  4AQN A;  1YAP A;  1OV5 A;  1T6V L;  2BQF A;  1L87 A;  2YBH A;  4UWU A;  3HDF A;  1XJU A;  4DDA A;  3D3D A;  1LJ3 A;  1QUG A;  1HSX A;  1LJG A;  3DMZ A;  1QUS A;  1JIS A;  4ML7 A;  5LIN A;  1WQQ A;  1LZG A;  213L A;  2MEE A;  1LZ9 A;  4W53 A;  1B2K A;  1UUZ C;  1D9W A;  3LYM A;  185L A;  1IEE A;  1C6T A;  1L62 A;  4CHX A;  5I14 A;  5KXL A;  2BQB A;  4GRV A;  1UC0 A;  4WL7 A;  1T8A A;  2D4K A;  1L57 A;  1L79 A;  1IWY A;  1GB0 A;  3B6L A;  1C6B A;  5KY1 A;  1REM A;  4LFX A;  1L22 A;  4PGJ B;  3HT8 A;  4TTD A;  4EOF A;  1G0L A;  247L A;  1JJ1 A;  2Z38 A;  1BB4 A;  1L16 A;  4H9E A;  4W55 A;  2IFF Y;  4I7T A;  4ARQ B;  4PJ2 C;  5II3 A;  139L A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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