3HTBA

2-propylphenol in complex with t4 lysozyme l99a/m102q
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
163
structure length
163
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPDLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINQVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPDRAKRVITTFRTGTWDAYKN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Predicting ligand binding affinity with alchemical free energy methods in a polar model binding site.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 163
sequence length 163
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2009-06-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3htbA00
1L82A 1LGWA 3HT7A 2RBQA 181LA 246LA 1P5CA 1CU5A 2B6YA 2Q9DA 4EKSA 4I7LA 1ZWNA 260LA 3OE6A 1L65A 4EJ4A 1OWYA 3HTGA 1L60A 2IGCA 1D3MA 1L34A 259LA 3F9LA 1G0MA 4LZMA 1ZYTA 3C83A 1TLAA 109LA 3PDSA 4LDOA 3GUKA 238LA 4YX7C 3HH4A 3JR6A 4GRVA 1WTHA 251LA 2B6WA 4I7TA 1L0KA 3HUAA 1L09A 1LYDA 2QB0B 1G0LA 1L36A 1NHBA 261LA 2F32A 123LA 4ZPUA 234LA 2O7AA 4E97A 228LA 2HULA 6LZMA 171LA 1C6LA 169LA 256LA 247LA 1G0GA 2RBOA 1LGUA 211LA 155LA 3CDOA 1C68A 150LA 1L72A 1P3NA 1QTVA 145LA 3DN1A 4W52A 1P46A 1G06A 4EPFA 1C6FA 2RH1A 1C6MA 1OV5A 4PJZA 3SBBC 1L0JA 210LA 1L96A 1QTDA 1L62A 1L97A 3DMZA 2OU8A 1B6IA 4OO9A 3C7WA 3C8RA 2O79A 4PK0A 4ARQB 1L03A 119LA 187LA 4EKPA 192LA 7LZMA 249LA 4DKLA 199LA 3V2YA 1OVHA 1L95A 1L76A 1LWKA 3HH3A 4ARMA 1QUOA 2OE7X 1C6NA 118LA 1L56A 1L43A 244LA 235LA 3C7YA 1CUQA 1L87A 3CDRA 4IAPA 1L27A 1L12A 3FI5A 130LA 1D3JA 1CUPA 1OVKA 4W57A 1C61A 1C6IA 1G07A 147LA 4EXMA 1PQMA 206LA 4I7RA 1PQDA 107LA 1L14A 1PQKA 1JQUA 3HWLA 1P7SA 184LA 1L24A 3DN0A 1L85A 144LA 2LC9A 149LA 1L48A 1P2LA 3K2RA 4W53A 108LA 1G0JA 3DMVA 220LA 4I7JA 214LA 1L84A 1L71A 1I6SA 2QARC 3OE8A 4W55A 127LA 2B6TA 1PQOA 3C80A 1L64A 1L74A 2B72A 1CVKA 177LA 1C60A 1L30A 103LA 2F47A 2RAYX 3GUNA 1CTWA 3SB6A 162LA 215LA 1QSBA 3C8QA 223LA 1L20A 1T8GA 3PBLA 1PQIA 1KW7A 152LA 3FA0A 2OU9A 126LA 1T97A 1LGXA 2RBPA 3DN4A 1LI3A 3GUPA 242LA 1DYGA 2O4WA 2CUUA 1L37A 1OYUA 239LA 2L78A 1C6GA 2A4TA 2RBRA 4I7NA 1CU6A 196LA 1CU0A 241LA 1L17A 1LPYA 1L28A 1L57A 3NY8A 1QS5A 1L68A 165LA 1L46A 1SWZA 1L38A 213LA 1C65A 2NTHA 1C66A 2RBSA 4I7PA 113LA 1C64A 3HDEA 3EMLA 2ANVA 3CDQA 3SB9A 1CV3A 1D9WA 172LA 1P56A 4ARMB 1DYDA 151LA 1L26A 3HTDA 1L44A 3GULA 3UONA 1C6BA 1L41A 1L33A 219LA 1L73A 4EKRA 1G0KA 1L90A 1L45A 1SX2A 156LA 216LA 1L19A 1L47A 253LA 1L42A 128LA 231LA 2RAZX 1P37A 4EKQA 1DYAA 1LWGA 1L23A 3HUQA 1L61A 3LZMA 1QT8A 3C82A 1CV1A 1L35A 1LI2A 1T8FA 1L75A 218LA 3GUJA 212LA 1L10A 164LA 1C67A 1L99A 221LA 2RB2X 1C6QA 230LA 2B75A 4GBRB 1QSQA 142LA 1OWZA 180LA 1L05A 3ODUA 237LA 186LA 3C81A 2OEAX 3HDFA 1OVJA 1SSWA 3SBAA 175LA 1L06A 2B6ZA 236LA 120LA 161LA 3HU8A 4ARPA 255LA 4K5YA 1C69A 1L98A 3HUKA 1L66A 1JTNA 183LA 1QT7A 1SWYA 2B74A 1QUGA 2OTZX 143LA 3OE9A 3FADA 104LA 1G0PA 224LA 3GUMA 1EPYA 4LDLA 1XJTA 4AQNA 129LA 1L21A 3C7ZA 158LA 226LA 3DN3A 1KY1A 5LZMA 1T6HA 1L92A 1P36A 1L04A 191LA 229LA 257LA 4EPIA 3HTBA 1G1VA 1QTZA 1LYFA 1D3NA 1G0QA 1QUHA 4ARJA 189LA 2F2QA 1L80A 200LA 1L16A 1D2WA 209LA 1L08A 174LA 1C6DA 122LA 217LA 160LA 190LA 166LA 1JTMA 3DN6A 2RB0X 233LA 3HT6A 1L29A 1KNIA 3F8VA 250LA 1CV6A 1LYJA 1SSYA 1C6AA 1L39A 1L67A 1L02A 4I7SA 3DN8A 2B6XA 1L53A 2B73A 1C6CA 3DKEX 1L94A 3DNAA 3HH5A 1C6HA 114LA 1QT5A 3SB5A 111LA 1L52A 1L93A 1LYIA 201LA 110LA 198LA 1L11A 1LYEA 4I7QA 1DYCA 1CV4A 3SN6R 1L51A 4W58A 4I7OA 1DYEA 262LA 2B7XA 3HTFA 2NTGA 1L77A 1T8AA 3D4SA 1L69A 1L86A 3OE0A 1C6EA 1L55A 2Z6BA 1D3FA 4I7KA 3G3WA 3L2XA 1L18A 137LA 140LA 1KY0A 1L59A 1L25A 258LA 4W59A 1L15A 1CU3A 3QAKA 1C63A 1C6PA 1L01A 1L00A 3SB7A 254LA 1OV7A 222LA 1K28A 2OTYX 3SB8A 1L31A 245LA 1L49A 1LYHA 3HT9A 1LI6A 112LA 3V2WA 3HH6A 195LA 3NY9A 1L91A 1D2YA 1KW5A 4LDEA 1L89A 3HU9A 3NYAA 4I7MA 1DYFA 2HUMA 1L79A 115LA 1L50A 1L83A 4YXCA 1LW9A 4YXAC 1CV0A 1SX7A 146LA 1L81A 1C6JA 2LCBA 1QS9A 1P6YA 1CV5A 1QTBA 1L13A 1L70A 2OU0X 4ARLA 2Q9EA 157LA 138LA 3L64A 1QT4A 1KS3A 240LA 148LE 1L32A 1L88A 3GUOA 1P64A 1C62A 2HUKA 5I14A 163LA 1CX7A 2OE9X 125LA 1QT6A 1XEPA 4W54A 3HT8A 3RUNA 2RBNA 3DN2A 2RB1X 3CDTA 243LA 1CU2A 182LA 3RZEA 1DYBA 188LA 3G3VA 248LA 1XJUA 197LA 1L63A 1L40A 3GUIA 141LA 167LA 252LA 3DMXA 1P2RA 1LLHA 4W56A 4DJHA 1C6KA 1ZURA 176LA 205LA 4W51A 170LA 1G1WA 139LA 1QTHA 1L22A 173LA 4ARQA 1L54A 102LA 1QT3A 2LZMA 1L07A 1QUDA 3CDVA 3VW7A 2ANXA 1C6TA 1LYGA 4DAJA 1QTCA 225LA 168LA 4S0WA 178LA 227LA 185LA 3G3XA 3C8SA 131LA 2OE4X 159LA 1CX6A 232LA 1PQJA 2B70A 1L58A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4HPEA 5KXWA 4O34A 3T36A 181LA 246LA 2B6YA 4KL7A 5T3FA 3TXKA 4H93A 4N8ZA 1OWYA 4Z46A 1V7TA 5HNCA 4LZMA 1G7LC 1HMLA 1WQMA 3WMKA 1TLAA 109LA 2BLXA 4YX7C 3LYOA 1WTHA 251LA 4DDCA 4I7TA 1C7PA 7LYZA 2FBDA 3AGGG 1G0LA 1L36A 5HQ1A 1Z55A 4LT2A 4WLYA 2F32A 1LJKA 4UWVA 234LA 1JKCA 1G7JC 1B5XA 1LJFA 169LA 247LA 2EIZC 4KPMA 1YL1X 2XBSA 1QIOA 4CJ2A 2DQJY 4WM3A 1G06A 3WU8A 1OV5A 4PJZA 1JTTL 1QSAA 1L97A 4OO9A 3C7WA 1XEKA 119LA 4EKPA 1FN5A 3AW7A 1LZBA 1G7HC 2EQLA 1HSXA 1JEFA 2OE7X 5B07A 1JJ0A 3BKHA 5B05A 133LA 4NSJA 235LA 1IOQA 3F6ZA 208LA 4DQ5A 4NGWA 5IELA 4WM4A 193LA 4G4CA 1G07A 4D9ZA 1N4FA 1PQDA 107LA 1WQOA 3RT5X 2DQCY 144LA 2LC9A 2Z12A 4GLAA 2MEBA 1L48A 1P2LA 3WW5A 1G0JA 3W6AA 4NGVA 1UIEA 1L84A 3G3AB 3AYQA 4RLMA 1B5WA 1KXYA 1UIDA 4H94A 2GV0A 1JSFA 103LA 1GBOA 1XEIA 4NGOA 162LA 1GBXA 223LA 3PBLA 1CJ8A 3AGIA 2OU9A 1LI3A 2N5ZA 1B7RA 1L37A 1OYUA 239LA 3LYZA 4XJHA 4R6CA 1LTMA 241LA 2HEFA 4C5FA 1LPYA 1ZMYL 1ZVHL 1L38A 4LYTA 1UACY 3TXDA 3HDEA 4U3XB 2IFFY 3SB9A 1GXXA 1IWWA 172LA 4ANRA 1GBZA 1IC5Y 2XBRA 1BWJA 132LA 1YL0X 1GBSA 3GULA 3UONA 1C6BA 1L41A 4HTQA 4LZTA 1BHZA 1L45A 1SX2A 3W6FA 4LFXA 128LA 1CJ9A 2RAZX 1UICA 3B72A 4DQJA 1LI2A 212LA 3WUMA 1C67A 221LA 1GFHA 1GB2A 1C6QA 1TCYA 1QSQA 1OWZA 237LA 3OK0A 2A7FA 4BS7A 2OEAX 1OVJA 1SSWA 4X3BA 1QDRA 161LA 1C46A 255LA 1L98A 4HTNA 1L66A 183LA 1EQ5A 2B74A 1I20A 143LA 2DQEY 2Z2EA 1XJTA 4AQNA 3C7ZA 158LA 4H9CA 1KY1A 4N5RA 5EBHA 3AZ7A 1QTZA 4MSTA 1HFYA 2F2QA 1L16A 4ETAA 1HC0A 122LA 2DQGY 217LA 2BQFA 4XADA 5DN5A 2D4IA 190LA 166LA 2XJWA 5LVKA 2YBJA 1GXV2 3GXRA 1LYJA 1LSZA 4LT1A 4H8XA 2ZIJA 1GE2A 1HFZA 1LSFA 4DDAA 1BQLY 3DKEX 3AGHA 3GXKA 3SB5A 3A92A 4TWSA 3SP3A 1L11A 1LYEA 1IX0A 2B5ZA 4W58A 1IP7A 1IORA 4KXIA 1DYEA 5LAGA 2B7XA 1GF3A 1LHLA 1H6MA 3D4SA 1C6EA 3CT1A 1D6PA 4NHQA 4DWXA 1QQYA 4W59A 1KIRC 3QAKA 5E9RA 5KXRA 4HV1A 3EXDA 1WTNA 4QY9A 1K28A 1XEJA 1L31A 5I54A 5I53A 1LAAA 1JJ1A 1LI6A 3NY9A 1L91A 1D2YA 4FJRA 1UCOA 1DYFA 1F0WA 4FDYA 3A91A 5IDDA 4YXAC 6LYTA 1CKHA 1SX7A 146LA 1INUA 1L81A 2VB1A 1OUBA 4ZEEA 3A90A 5KXSA 1L13A 3M3UA 5LYZA 138LA 5KY1A 2LZ2A 3W3EA 1D0LA 3GUOA 1OUIA 1CX7A 1GAZA 1GWDA 3RZ4A 1CJ7A 1LJ4A 1JSEA 1IWZA 3RZEA 3WYHA 1LKSA 5FDJA 1LZNA 4DDBA 3HBEX 1XJUA 3GUIA 2YBMA 167LA 1P2RA 1GF5A 4W56A 1LZGA 3TMVA 176LA 1IEEA 2HU1A 3HBHA 3TXIA 207LA 102LA 2BQBA 2LZMA 3VW7A 2NWDX 5ILCA 1IY3A 4S0WA 185LA 1UC0A 131LA 2OE4X 4G49A 2LHMA 1VDQA 4ET8A 1L58A 1BB6A 1C10A 1YKYX 2RBQA 2BQLA 2Q9DA 5LXWA 1LSGA 1JPOA 1ZWNA 260LA 5F81A 4EJ4A 1L60A 259LA 3AB6A 1HEOA 1IO5A 1ZYTA 3C83A 4N1EI 1J1PY 3GUKA 238LA 4I8SA 2ZYCA 5LINA 3HH4A 3B0OA 4LT0A 4H8YA 3HUAA 4WM6A 1L09A 1NHBA 4TSBA 1OUDA 1MELL 2O7AA 5LVGA 2HULA 6LZMA 2W1MA 1JKDA 3P64A 2HU3A 1G0GA 2MEDA 1YAQA 3EO5A 1LZ9A 1P3NA 4J7VA 5A3ZA 4W52A 5ILFA 5I4YA 1GE3A 1LSAA 3SBBC 4P2EA 4WL7A 210LA 4H9IA 4DC4A 1QUSA 1XGUC 5FCPA 1L62A 1AT6A 1B6IA 5LIOA 5LAFA 4PK0A 1L03A 4GCCA 187LA 3ZVQA 4NG1A 5LVIA 249LA 1LHJA 1SQ2L 3FE0A 3AW6A 1KIPC 1L95A 1D9UA 1LWKA 1CNSA 4ARMA 4II8A 4TTDA 4YEMA 5C6IA 1CUQA 1L87A 3CDRA 3A3RX 4IAPA 1XFPL 1FLUA 1L12A 3FI5A 5I4XA 4UWUA 1GF9A 4NEBA 1OVKA 4H9EA 1C61A 1OUAA 4HV2A 147LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4HPE A;  5KXW A;  4O34 A;  3T36 A;  181L A;  246L A;  2B6Y A;  4KL7 A;  5T3F A;  3TXK A;  4H93 A;  4N8Z A;  1OWY A;  4Z46 A;  1V7T A;  5HNC A;  4LZM A;  1G7L C;  1HML A;  1WQM A;  3WMK A;  1TLA A;  109L A;  2BLX A;  4YX7 C;  3LYO A;  1WTH A;  251L A;  4DDC A;  4I7T A;  1C7P A;  7LYZ A;  2FBD A;  3AGG G;  1G0L A;  1L36 A;  5HQ1 A;  1Z55 A;  4LT2 A;  4WLY A;  2F32 A;  1LJK A;  4UWV A;  234L A;  1JKC A;  1G7J C;  1B5X A;  1LJF A;  169L A;  247L A;  2EIZ C;  4KPM A;  1YL1 X;  2XBS A;  1QIO A;  4CJ2 A;  2DQJ Y;  4WM3 A;  1G06 A;  3WU8 A;  1OV5 A;  4PJZ A;  1JTT L;  1QSA A;  1L97 A;  4OO9 A;  3C7W A;  1XEK A;  119L A;  4EKP A;  1FN5 A;  3AW7 A;  1LZB A;  1G7H C;  2EQL A;  1HSX A;  1JEF A;  2OE7 X;  5B07 A;  1JJ0 A;  3BKH A;  5B05 A;  133L A;  4NSJ A;  235L A;  1IOQ A;  3F6Z A;  208L A;  4DQ5 A;  4NGW A;  5IEL A;  4WM4 A;  193L A;  4G4C A;  1G07 A;  4D9Z A;  1N4F A;  1PQD A;  107L A;  1WQO A;  3RT5 X;  2DQC Y;  144L A;  2LC9 A;  2Z12 A;  4GLA A;  2MEB A;  1L48 A;  1P2L A;  3WW5 A;  1G0J A;  3W6A A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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