1L93A

Similar hydrophobic replacements of leu 99 and phe 153 within the core of t4 lysozyme have different structural and thermodynamic consequences
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAMINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Similar hydrophobic replacements of Leu99 and Phe153 within the core of T4 lysozyme have different structural and thermodynamic consequences.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1992-01-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l93A00
197LA 1L79A 258LA 2OTZX 1QUGA 4EKSA 3HT9A 181LA 4EXMA 1PQJA 1P6YA 1SWYA 3HDEA 2RBSA 3L2XA 4I7OA 4IAPA 2RBRA 1L81A 4W52A 129LA 1OVKA 2B6WA 1P5CA 1L31A 1L22A 1L96A 2B72A 4ARMB 1P37A 1PQDA 107LA 4YXAC 4I7LA 192LA 200LA 1LPYA 247LA 4OO9A 1C6JA 138LA 1C6IA 3HTBA 2IGCA 1ZYTA 1L84A 1L52A 1L50A 2B73A 2CUUA 218LA 1CV6A 1G1VA 1L53A 1C6GA 1L35A 1C67A 1T8AA 1L80A 2B75A 1QUHA 2Q9EA 1C64A 1P56A 236LA 115LA 3UONA 140LA 211LA 257LA 1L71A 1LW9A 109LA 167LA 1L21A 2O4WA 1JQUA 1LWGA 2OU9A 165LA 163LA 3OE9A 4LZMA 1LYHA 1LI3A 250LA 1L67A 1QTBA 1C6LA 234LA 6LZMA 4PJZA 196LA 1PQMA 1CV3A 1L68A 1CV0A 217LA 1XEPA 3GUNA 1L07A 228LA 1KY1A 3HU9A 4I7RA 4LDLA 120LA 1C60A 1DYFA 3G3XA 1QT4A 1C6KA 1L26A 1L77A 155LA 1TLAA 1L42A 3FA0A 3DMXA 2RAYX 4ARQB 1C6TA 110LA 122LA 3FI5A 4W55A 1QUOA 212LA 1LYIA 1P7SA 1DYAA 1C69A 3GULA 3CDOA 1CU3A 162LA 1L56A 1OWZA 3HTDA 256LA 2O7AA 5LZMA 1CU2A 1L41A 4EKQA 4PK0A 4EPFA 1G06A 1L55A 131LA 225LA 4AQNA 1L00A 2B70A 123LA 1L60A 1LGWA 1C6DA 4DKLA 1K28A 2HUKA 2LC9A 1L17A 1QSBA 1CV1A 3CDVA 3HUQA 3DN4A 3C8SA 3DN6A 1L66A 1L44A 103LA 178LA 1C6NA 3V2YA 1PQKA 3GUJA 1QTDA 1L87A 2OE9X 3HDFA 1C62A 1L76A 252LA 3OE8A 2RBPA 4I7PA 3EMLA 1DYGA 1C6BA 1D3JA 1SX7A 7LZMA 1QT3A 205LA 4W58A 144LA 1L69A 3DN8A 1OVJA 1PQIA 3GUPA 3C8QA 1WTHA 1L75A 3C7YA 3DKEX 3HUKA 3PDSA 1DYCA 1L13A 1G0KA 186LA 3HUAA 1SSYA 1QTZA 2NTGA 1L10A 2HULA 1L37A 249LA 262LA 241LA 3HT7A 1OV5A 3HTGA 1L18A 4ARPA 2B6YA 1CU0A 1L09A 2RH1A 3CDTA 1B6IA 1QS9A 1C6CA 1L90A 1L27A 1OV7A 3F9LA 3HH3A 2RBOA 161LA 4EJ4A 1L63A 159LA 102LA 1L03A 1G0GA 260LA 125LA 1LI2A 244LA 119LA 1CU5A 1L0JA 160LA 2RB0X 1LLHA 198LA 3OE6A 4W54A 2Z6BA 2RB1X 1D9WA 1L72A 1L25A 1L47A 1LGXA 2OTYX 1L51A 3OE0A 1QS5A 1L30A 1C6PA 1LYDA 1XJTA 1L54A 1SWZA 111LA 206LA 1OWYA 213LA 4GBRB 1L97A 1L20A 3DMVA 1L95A 3G3VA 1G0JA 1I6SA 4I7MA 1QT5A 2ANXA 3V2WA 156LA 104LA 3F8VA 4I7QA 1C66A 1D3NA 4W57A 148LE 1L11A 1L98A 1P2LA 4W56A 151LA 232LA 4DJHA 1L04A 1L92A 259LA 4I7NA 1CX6A 1L83A 1L70A 4DAJA 1C61A 1L02A 130LA 4I7KA 1L48A 248LA 4I7JA 1L32A 3C82A 220LA 3DN0A 226LA 3C83A 3SN6R 1KW5A 216LA 1D3FA 180LA 214LA 3CDRA 4W53A 215LA 1G0PA 2OU8A 1PQOA 1T97A 3L64A 2B7XA 2F2QA 1C6AA 1L05A 157LA 1L49A 3SB5A 182LA 1C6QA 114LA 1T6HA 1L61A 3PBLA 1QSQA 235LA 3SB9A 255LA 1LYGA 1L58A 1CX7A 128LA 175LA 2NTHA 1D2YA 1DYBA 2RB2X 1KS3A 3QAKA 3HT8A 1CU6A 1L57A 4EKPA 1NHBA 1L36A 229LA 1L15A 1G0MA 3NY9A 1L59A 1JTMA 164LA 4ARQA 176LA 1C6HA 1C6FA 1L12A 1L91A 221LA 1L46A 5I14A 224LA 209LA 2RAZX 1L06A 201LA 1L85A 3DMZA 1QT8A 1L19A 1QUDA 3HTFA 2B74A 1SX2A 1CVKA 4W51A 1L99A 1XJUA 254LA 245LA 126LA 3C7ZA 230LA 239LA 147LA 1D2WA 1L94A 3DN1A 173LA 3FADA 2F32A 168LA 169LA 195LA 1DYEA 1P64A 4EPIA 227LA 1L88A 1QTCA 4S0WA 191LA 1L62A 1L82A 2QB0B 1SSWA 4ARLA 2A4TA 4W59A 3GUIA 1L39A 145LA 3CDQA 1L23A 2L78A 210LA 4GRVA 1L86A 4LDEA 251LA 1L89A 2LCBA 2OE4X 3DN2A 3C8RA 1L93A 3VW7A 1L74A 3HWLA 1CTWA 1L33A 1LGUA 242LA 1QTVA 1C63A 1L34A 139LA 172LA 1LYEA 3NY8A 231LA 3JR6A 1L29A 3HH5A 3SBAA 4K5YA 2B6ZA 1KNIA 143LA 1DYDA 4ARMA 190LA 183LA 1G07A 1L40A 4I7SA 141LA 1L08A 184LA 1L65A 1L45A 142LA 1L24A 2Q9DA 118LA 223LA 3RZEA 1L73A 1L43A 113LA 1LYJA 1T8GA 112LA 185LA 3DNAA 3C80A 3GUKA 2LZMA 1G1WA 1OVHA 2O79A 3LZMA 1P3NA 240LA 4E97A 1T8FA 1KY0A 3D4SA 3NYAA 2B6XA 1P2RA 2QARC 243LA 246LA 1KW7A 2B6TA 3SB8A 1L01A 1CV4A 1L0KA 1ZURA 1C65A 219LA 2OE7X 150LA 152LA 1LYFA 1L64A 137LA 149LA 4ZPUA 2OU0X 1L28A 1P36A 4YXCA 3RUNA 3SB6A 2ANVA 233LA 3ODUA 1C6MA 177LA 3HT6A 1L16A 2RBQA 1C6EA 1L38A 146LA 261LA 1QT7A 237LA 4I7TA 4YX7C 188LA 1CUQA 3HH4A 171LA 1OYUA 3G3WA 1ZWNA 127LA 2OEAX 3C7WA 1EPYA 108LA 1P46A 3C81A 187LA 1LWKA 3DN3A 1CUPA 3GUMA 3K2RA 199LA 253LA 170LA 238LA 1D3MA 1QT6A 2RBNA 4ARJA 1JTNA 1L14A 3HU8A 4EKRA 2HUMA 4LDOA 3HH6A 166LA 3SBBC 3GUOA 3SB7A 1G0LA 1QTHA 174LA 1LI6A 2F47A 1CV5A 1G0QA 158LA 222LA 189LA 1C68A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
197LA 1B7QA 258LA 2DQHY 4HP0A 4HTKA 4EKSA 4NGJA 1P6YA 1J1XY 3E3DA 4ZFPA 3RW8A 1QUTA 2FYCA 1L31A 4LYMA 1OUCA 3TXFA 4LYTA 1P37A 4YXAC 1LPYA 1C6JA 1RI8B 138LA 3W3EA 3HTBA 1UIAA 2B73A 218LA 1T3PA 1NMMA 1A2YC 4XN6A 4ETEA 1C46A 1FBIX 2B75A 1YQVY 1WQMA 5L3HA 1GE1A 140LA 4GCFA 4XADA 5JENB 1GFUA 1LW9A 1IO5A 165LA 1KXWA 3OE9A 4RLNA 1GE0A 1L67A 1VEDA 2DQJY 1Z55A 4DQ5A 2H5ZA 5KXNA 1EQ5A 1XGTC 4B4EA 1B7MA 1LKRA 1FDLY 2ZNXY 4WM2A 2DQFC 1C60A 6LYZA 2MEGA 1C6KA 1IWYA 1L77A 2BQDA 3B72A 1C6TA 4OWEA 4KT3A 1FLUA 4NHTA 1LYIA 1P7SA 2F2NA 1LJNA 4DC4A 1LMCA 1CJ8A 1P2CC 3WXUA 1CU3A 2BQKA 1L56A 1CJ9A 4DDAA 8LYZA 1L41A 3CB7A 4EKQA 4EPFA 5LVKA 3TMVA 1L55A 2Z38A 5IDDA 4BADA 1L60A 4DKLA 1K28A 1QSBA 1CV1A 1YL1X 2N5ZA 3DN6A 1LZ6A 1DPWA 1RJCB 1HNLA 178LA 4CFPA 1C6NA 1PQKA 1L87A 4LZTA 1LSMA 3HDFA 1L76A 3J4GA 5DM9A 4B0DA 2BPUA 1TEWA 1D3JA 4WO6A 5KXYA 1GF6A 3DN8A 4WMGA 4GLAA 3C8QA 2W1MA 1L75A 3HUKA 3PDSA 4NHSA 1L13A 1G0KA 186LA 2NTGA 3TXHA 5F16A 1L37A 249LA 262LA 3HTGA 4WG7A 2B6YA 4NGWA 4Z3MA 1LJFA 1QS9A 1C6CA 3F9LA 3HH3A 4I8SA 4DT3A 1L63A 2HEBA 1UCOA 102LA 1WVUA 1LI2A 244LA 1CU5A 5KJ9A 160LA 4LFPA 2I26L 2RB1X 1D9WA 5F9XA 2OTYX 5LYTA 1L51A 5F9UA 1QS5A 4RDSA 1B5YA 1CKHA 3W6BA 1C6PA 1LYDA 4DYGA 4H9CA 1L54A 1LMOA 4PRUA 111LA 206LA 4NWEA 5EBHA 1LKSA 4CGEA 1IY3A 4TUNA 1LSBA 2ANXA 104LA 1GB3A 3A6BY 1GB9A 1GF4A 1LYZA 4I7QA 1C66A 1D3NA 148LE 2NWDX 2DQDY 3TXKA 1GB0A 5KXMA 3TXGA 1L83A 4WM5A 4DAJA 4HV2A 1B5VA 1L02A 4I7KA 4WLDA 4NGYA 4XYYA 1L48A 248LA 1L32A 3DN0A 226LA 3C83A 2BAAA 1KW5A 216LA 180LA 214LA 4G4CA 215LA 4MCKA 2LHMA 1PQOA 1BB4A 1C7PA 2BQIA 4NGVA 1C6AA 4XJBA 4XJGA 2MEAA 1AZFA 3N9AA 2ZWBA 3WPJA 1C6QA 1JHLA 1JSFA 1B7RA 1A4VA 1L58A 4WO9A 4CHXA 175LA 2Z2FA 3RZ4A 3QAKA 1IP4A 3AJNA 1IEEA 4NGIA 1LSAA 1DXJA 1PZYA 1L15A 1OUFA 1L59A 1GFKA 164LA 4ARQA 1OUIA 4H91A 2MECA 1L91A 1JITA 4OWCA 4Z41A 1L46A 5I14A 4N0JA 1L06A 201LA 5IHGA 1CNSA 1L85A 1LHIA 3DMZA 2HEEA 1L19A 1KIRC 1QUDA 2B74A 3HTFA 1GB5A 135LA 3WUAA 1BVXA 3AW7A 4TTDA 4QGZA 9LYZA 1HMKA 245LA 1GBSA 4GCEA 1L94A 1DKKA 3FADA 4NSIA 1NF5A 1G7MC 3FE0A 4QEQA 4UWUA 4EPIA 3P66A 1L62A 2CGIA 4YF2A 1WQQA 4ARLA 1L39A 1IR8A 1QTEA 2L78A 4GRVA 4W96A 2LCBA 1YIKA 1G7HC 3VW7A 2ZIKA 5KXWA 194LA 1QTVA 1L34A 139LA 1L29A 1IP7A 4K5YA 1UIGA 4ARMA 1BGIA 5ILFA 4XENA 5B1GA 1DI3A 5HMJA 1LSPA 113LA 3FI7A 4LT2A 112LA 4IJ4A 3C80A 1OVHA 1HEPA 1LTMA 4NSJA 4HJVA 4ZEEA 240LA 3M3UA 4NHPA 1UIEA 246LA 2YVBA 2B6TA 1ZURA 2OE7X 1LSNA 2DQIY 4WM6A 1BQLY 1LZTA 1L64A 1XGQC 4YM8A 5F14A 3G3AB 4LYCA 1VFBC 1QSWA 237LA 4J1AA 1CUQA 3HH4A 1TBYA 4DQJA 3HFMY 2ZQ4A 1CKFA 3EBAB 1HF4A 1GBZA 1EPYA 4ETBA 1LJ3A 3GUMA 1CUPA 1D0MA 238LA 1D3MA 4II8A 2RBNA 3TMUA 1JTNA 2HECA 1IWVA 1VATA 1L14A 1LSDA 1VDTA 4EKRA 1AKIA 3HH6A 5LYZA 3AGIA 1G0QA 4H9IA 2CJLA 1LSYA 3WVYA 1XEKA 1GFVA 2OTZX 4OWHA 1OUJA 1CKCA 3HT9A 3QE8A 2IFFY 3HDEA 1GE4A 3WW6A 2I6ZA 1G7IC 2LYMA 1L81A 129LA 1GFRA 1OVKA 2B6WA 1L22A 2B72A 5I4XA 1PQDA 4N5RA 1JKBA 192LA 247LA 1LZ5A 2DQAA 4OO9A 1C6IA 1GB2A 2IGCA 1ZYTA 1L84A 1L50A 1LZYA 2CUUA 1CV6A 3J6KA 1G1VA 208LA 1L35A 1UICA 1L80A 1QUHA 1C64A 3W6DA 4HJZA 1P56A 3ATNA 1ZVYB 4DD2A 3UONA 1IIZA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 197L A;  1B7Q A;  258L A;  2DQH Y;  4HP0 A;  4HTK A;  4EKS A;  4NGJ A;  1P6Y A;  1J1X Y;  3E3D A;  4ZFP A;  3RW8 A;  1QUT A;  2FYC A;  1L31 A;  4LYM A;  1OUC A;  3TXF A;  4LYT A;  1P37 A;  4YXA C;  1LPY A;  1C6J A;  1RI8 B;  138L A;  3W3E A;  3HTB A;  1UIA A;  2B73 A;  218L A;  1T3P A;  1NMM A;  1A2Y C;  4XN6 A;  4ETE A;  1C46 A;  1FBI X;  2B75 A;  1YQV Y;  1WQM A;  5L3H A;  1GE1 A;  140L A;  4GCF A;  4XAD A;  5JEN B;  1GFU A;  1LW9 A;  1IO5 A;  165L A;  1KXW A;  3OE9 A;  4RLN A;  1GE0 A;  1L67 A;  1VED A;  2DQJ Y;  1Z55 A;  4DQ5 A;  2H5Z A;  5KXN A;  1EQ5 A;  1XGT C;  4B4E A;  1B7M A;  1LKR A;  1FDL Y;  2ZNX Y;  4WM2 A;  2DQF C;  1C60 A;  6LYZ A;  2MEG A;  1C6K A;  1IWY A;  1L77 A;  2BQD A;  3B72 A;  1C6T A;  4OWE A;  4KT3 A;  1FLU A;  4NHT A;  1LYI A;  1P7S A;  2F2N A;  1LJN A;  4DC4 A;  1LMC A;  1CJ8 A;  1P2C C;  3WXU A;  1CU3 A;  2BQK A;  1L56 A;  1CJ9 A;  4DDA A;  8LYZ A;  1L41 A;  3CB7 A;  4EKQ A;  4EPF A;  5LVK A;  3TMV A;  1L55 A;  2Z38 A;  5IDD A;  4BAD A;  1L60 A;  4DKL A;  1K28 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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