3HT8A

5-chloro-2-methylphenol in complex with t4 lysozyme l99a/m102q
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPDLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINQVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPDRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Predicting ligand binding affinity with alchemical free energy methods in a polar model binding site.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2009-06-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3ht8A00
1C61A 4LDLA 2RB0X 1L45A 1L55A 1LI2A 1QTDA 1P3NA 174LA 3OE6A 159LA 1QTVA 3HTDA 1G0QA 1C6JA 103LA 247LA 3OE0A 3DN2A 1DYDA 2OU9A 3DMZA 1CU5A 1L26A 4YXCA 3DN3A 1L29A 217LA 113LA 1KW5A 1L94A 3GUOA 1KS3A 2B6TA 3DN8A 3CDRA 1LGUA 1ZYTA 1LYIA 123LA 5LZMA 1QT5A 1P2LA 118LA 1D2WA 1L14A 4EPIA 2LZMA 1L56A 1XJTA 200LA 1L05A 229LA 4OO9A 243LA 4ARJA 212LA 1JTNA 1SX2A 1L83A 2F2QA 2RBSA 3HDEA 1G0GA 3GUMA 3C83A 180LA 1L91A 1WTHA 4ARLA 3CDTA 1L47A 3QAKA 2OE4X 240LA 1L00A 1OV7A 228LA 1QUGA 1L75A 160LA 109LA 1C6IA 157LA 3SBBC 3D4SA 1PQKA 3HT8A 1L36A 4PK0A 184LA 3C82A 163LA 2RH1A 3G3VA 1C6PA 3K2RA 3L64A 4I7RA 127LA 1P7SA 1L65A 233LA 3HWLA 3DMVA 1L87A 4DJHA 197LA 1L09A 2OE7X 138LA 1L04A 1D3FA 4EKRA 2IGCA 3RZEA 1C6FA 216LA 147LA 2CUUA 1DYBA 1EPYA 2ANVA 1C6HA 2RBOA 4W57A 1DYGA 1L82A 1K28A 1LYEA 2B72A 4W54A 1L43A 235LA 1C6EA 1D2YA 3NY9A 3EMLA 141LA 1QS9A 1G0PA 125LA 206LA 1QTZA 2QARC 178LA 131LA 3RUNA 167LA 2B73A 1PQOA 4I7MA 137LA 254LA 1QT8A 1CV0A 1C67A 3V2WA 3GUJA 4EKPA 1QS5A 4YX7C 224LA 1L38A 4ARMB 1CX6A 4I7TA 1L85A 1C6NA 145LA 3JR6A 221LA 1KW7A 1L58A 169LA 2B6ZA 1D9WA 2B6WA 3DNAA 245LA 4DAJA 1P5CA 1L18A 4EKSA 168LA 1L68A 2NTHA 1L49A 183LA 1OWYA 3C8RA 196LA 2A4TA 1L59A 1CV4A 3SB8A 2NTGA 1G07A 1LYDA 1C6QA 1QT7A 110LA 1CU2A 120LA 1L48A 1L06A 3GULA 227LA 3C81A 171LA 1L97A 4ARQA 1XEPA 3UONA 1L22A 1L72A 182LA 2B70A 4ARMA 1L23A 2LC9A 1C63A 1L0JA 195LA 1C6BA 1SWYA 1L74A 1L79A 1T8FA 250LA 1C69A 248LA 1L10A 148LE 1L21A 1L90A 239LA 3HH4A 4LZMA 1QTCA 1L62A 223LA 4LDEA 1OV5A 158LA 104LA 1P2RA 230LA 1PQMA 1LW9A 1L02A 3HTGA 1C65A 255LA 1L70A 253LA 1QSQA 3HUKA 2HULA 2B7XA 199LA 2QB0B 1OVHA 1L54A 3L2XA 1L52A 1CU3A 1CTWA 261LA 164LA 1L80A 1JQUA 1TLAA 1QT4A 1L67A 140LA 3DMXA 4W56A 2Q9EA 232LA 4I7QA 1L34A 3CDVA 3C8QA 1CX7A 1P46A 3LZMA 4K5YA 3GUKA 2B6YA 3PBLA 1QUDA 4EPFA 3OE9A 2Q9DA 4EJ4A 1CV5A 1L07A 3OE8A 1SSWA 3C7ZA 4PJZA 4W58A 186LA 3C80A 149LA 1L77A 2OTYX 3DN1A 3PDSA 226LA 3GUPA 3NY8A 3SB7A 4W53A 1P37A 1G0LA 3V2YA 4ARQB 1G0KA 225LA 3HU9A 177LA 142LA 237LA 1L37A 1LLHA 3F9LA 3GUIA 1QUOA 3GUNA 1CU6A 1T8GA 214LA 220LA 1C6KA 3CDOA 3G3WA 4W52A 1P56A 1OVKA 2O79A 3DN4A 3HUQA 156LA 1P64A 4ZPUA 4I7SA 2HUMA 4LDOA 1OVJA 1JTMA 1C6DA 2O4WA 1L42A 1LYFA 1L0KA 1L19A 251LA 1C60A 190LA 257LA 2LCBA 1OYUA 210LA 1L39A 2OE9X 3NYAA 2B74A 146LA 4I7NA 2OU0X 1G1VA 1L32A 1DYFA 2OTZX 5I14A 1P6YA 3HH3A 1C6TA 1CUQA 1L76A 2L78A 3HT6A 165LA 1L69A 2OU8A 1L57A 1L30A 1C6AA 1DYCA 4IAPA 1PQIA 3SN6R 1P36A 1L20A 1L41A 1L50A 4GBRB 112LA 1KNIA 2B75A 1L53A 2B6XA 242LA 3G3XA 1DYAA 1LPYA 1L08A 1DYEA 2RAYX 3CDQA 1I6SA 1G0MA 1L95A 3HT9A 115LA 1L12A 3FADA 1G0JA 234LA 222LA 181LA 122LA 1B6IA 1D3MA 1L35A 1L93A 201LA 3DKEX 241LA 1T97A 1L98A 130LA 150LA 1LGWA 139LA 170LA 244LA 258LA 1LI6A 1D3JA 175LA 1L66A 1G1WA 1ZURA 151LA 128LA 1C62A 2ANXA 3HU8A 4DKLA 1C6LA 7LZMA 172LA 114LA 1L40A 1NHBA 3C7WA 205LA 162LA 1CU0A 1L31A 3HT7A 1QTHA 1SX7A 4I7PA 3SBAA 1D3NA 1L46A 187LA 252LA 1QTBA 1T6HA 3ODUA 1LYHA 1CV1A 260LA 1L96A 2RB2X 1ZWNA 1CUPA 1L13A 4YXAC 2F32A 1L89A 111LA 1L60A 1L33A 1SWZA 2RBPA 215LA 1C68A 3FA0A 3HTBA 1C6GA 1L73A 1L16A 2F47A 1L71A 4W55A 4I7OA 152LA 1L51A 4EKQA 1KY0A 4S0WA 2HUKA 1LYGA 1LYJA 1KY1A 249LA 1L44A 1L99A 2RBQA 3HUAA 102LA 1CV3A 4I7LA 2RBRA 3HDFA 161LA 4I7KA 4W59A 1C6CA 1C6MA 1G06A 3C7YA 3DN0A 189LA 1L11A 1L86A 1L25A 1L61A 4GRVA 209LA 4AQNA 6LZMA 1PQJA 155LA 3HH6A 185LA 2OEAX 2RBNA 1L17A 1CVKA 3SB9A 4E97A 3FI5A 1CV6A 1L27A 1OWZA 1L28A 1L64A 4W51A 2RB1X 3HTFA 1QT6A 2RAZX 4ARPA 1XJUA 218LA 2O7AA 1L03A 192LA 108LA 1LWKA 2Z6BA 4I7JA 1PQDA 231LA 262LA 1L63A 1C66A 198LA 3SB6A 1L01A 1QSBA 176LA 3C8SA 144LA 3SB5A 166LA 1L15A 1QUHA 211LA 1T8AA 119LA 107LA 191LA 259LA 1L81A 246LA 219LA 1LWGA 3F8VA 1SSYA 3HH5A 213LA 1C64A 256LA 143LA 1QT3A 3DN6A 1LI3A 129LA 173LA 3VW7A 1L24A 188LA 1L88A 1L92A 238LA 1LGXA 236LA 4EXMA 1L84A 126LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4NSHA 1C61A 2RB0X 1LI2A 159LA 1QTVA 2Z37A 1C6JA 103LA 247LA 3DN2A 2OU9A 4XJFA 1L26A 1DI4A 1JKCA 1GBXA 4G4CA 1KS3A 3DN8A 5B1FA 4LYMA 3A90A 2BLXA 2ZWBA 3CDRA 3TXEA 2F2NA 1LYIA 4GCCA 3IWRA 1YIKA 1D2WA 2W1LA 2XBRA 5K7OA 3N9AA 1L56A 1XJTA 200LA 1L05A 4OO9A 212LA 3OK0A 3GUMA 5T3FA 4ARLA 4P2EA 2YVBA 1REYA 4YEMA 5D5CA 1YL0X 3P4ZA 1OV7A 1HMKA 1QUGA 160LA 7LYZA 1RCMA 1WVVA 1L36A 163LA 1LKSA 2CJLA 2RH1A 4I7RA 1LYYA 4PPOA 1AZFA 1GFEA 1FKVA 3HWLA 3DMVA 4WLDA 1L87A 4DJHA 3MGWA 1HSXA 2OE7X 1VATA 3CT1A 1D3FA 1HEOA 216LA 2CUUA 1EPYA 1C6HA 1LYZA 2RBOA 1FLUA 4W57A 1LJKA 1XFPL 1LYEA 1UIGA 1XGPC 4ETEA 1L43A 1GFJA 1LJIA 2DQAA 2ZNWY 178LA 131LA 3P66A 2B73A 137LA 1LSZA 1CV0A 1GF3A 1IC5Y 1JITA 4LZTA 1YKZX 4WO9A 3TXBA 224LA 4NHQA 4ARMB 3LYZA 3JR6A 221LA 1KW7A 2MEIA 4IJ4A 2G4PA 3DNAA 3LYTA 4DAJA 4OWAA 1P5CA 1IO5A 1L18A 1IEEA 5HMVA 168LA 1L68A 3QY4A 4NHSA 5LVGA 4BADA 183LA 1CNSA 5LYTA 1GB5A 4LYOA 1UIFA 5LAFA 1VAUA 3GULA 1GE4A 227LA 4H93A 1IWUA 3C81A 1L97A 1SQ2L 4NHIA 1L72A 2LYOA 4LT0A 2Z2EA 2LC9A 2BQNA 6LYTA 1L79A 250LA 1L10A 1BVKC 4WM1A 4XADA 3TXDA 4XENA 1DI5A 3EXDA 1OV5A 1DPXA 3WW5A 3WVYA 1LHHA 230LA 1GE0A 2ZYCA 5KKJA 1LSFA 4BAFA 1UICA 3K3TA 1C65A 2MEDA 5KXOA 1WQQA 1J1XY 3HUKA 2B7XA 199LA 3W6EA 4H90A 1L54A 1OUGA 1L52A 4FDYA 134LA 1IWTA 4NGYA 1TLAA 1L67A 3DMXA 3WU8A 232LA 1IWWA 4L41A 3F6ZA 1FBIX 1CX7A 1REMA 4WLTA 2B6YA 1NBYC 2Q9DA 3IJUA 1H87A 3OE8A 5KXXA 1DPWA 2F4AA 1QUSA 5KXRA 3NY8A 1BB3A 3SB7A 1P37A 1G0LA 4DD2A 225LA 3A6CY 177LA 5E4PA 1GBWA 1GAYA 2CWIA 4NGOA 3QNGA 3G3WA 2F30A 4TUNA 4W52A 1FN5A 4I7SA 4RDSA 2O4WA 1L42A 4AXTA 1L0KA 1L19A 251LA 4UWUA 190LA 4H9AA 257LA 2LCBA 1L39A 4NSGA 3NYAA 1Z55A 1GB7A 2B74A 2N5ZA 3AZ4A 1TBYA 1G1VA 4H9FA 2YBLA 5KXWA 4PHIA 5I14A 1WQMA 165LA 2X0AA 1IP7A 4XJDA 1DYCA 4IAPA 4DQ7A 1P36A 1YKYX 1V7SA 1GWDA 1HEPA 4HJVA 5I4XA 1LMPA 1KNIA 1L53A 2H5ZA 3CB7A 1YKXX 3G3XA 1F6SA 1GF4A 1QDTA 1C46A 1XGUC 1REZA 5B05A 1L95A 4DDCA 115LA 5DN5A 3SP3A 4H9BA 234LA 1L35A 1L93A 3N9EA 1LZSA 150LA 2A7FA 2YSSC 244LA 3LYOA 1LI6A 1C43A 5KJ9A 1W08A 1GXV2 151LA 1JTPL 2ANXA 1NMMA 4GN5C 1DXJA 114LA 162LA 1L31A 1UUZC 3HT7A 4I7PA 3AW6A 2I25L 5LVIA 4Z41A 1RI8B 252LA 5F81A 1HEMA 2LHMA 1KXWA 1MELL 2RB2X 4DD7A 1OUBA 4WOAA 2F32A 1L33A 1C68A 3WU7A 4TWSA 1GFAA 1C6GA 1L73A 1JJ0A 1L71A 2YBIA 4WM3A 1LZ1A 152LA 4NGVA 3W6AA 1UIHA 1KY0A 4S0WA 2ZQ3A 4RLMA 1LYGA 1LYJA 2FYCA 4BAPA 1XGQC 1GPQC 1LZYA 4BS7A 2RBQA 2Z12A 1A2YC 1DI3A 1WQRA 1LHIA 5IHGA 5L3HA 1FLYA 1UIDA 4WLYA 3DN0A 4J7VA 4QEQA 1O23A 2Z38A 3RZ4A 1VEDA 5C6IA 209LA 1PQJA 4E97A 1L17A 1CVKA 3A34A 2MEAA 1L27A 3AZ7A 1L64A 4W51A 2DQDY 2MEFA 1B7RA 1F10A 3HTFA 2D4JA 3AB6A 1QT6A 2RAZX 3RU5A 2BQMA 2HEEA 4U3XB 1GF8A 192LA 262LA 1C66A 1LCNA 2HECA 1VDTA 1LJJA 1BWIA 1T8AA 3HH5A 259LA 3F8VA 1LZGA 5J7CA 1BVXA 213LA 1NKHA 4NG8A 1LZDA 3VW7A 188LA 2BQHA 1L92A 126LA 4CHXA 1JKDA 3AGGG 1L55A 4WG7A 174LA 3T36A 1LJFA 1G0QA 4IASA 5A3ZA 4ET9A 3DMZA 3DN3A 1KW5A 1L94A 1YILA 1B2KA 2B6TA 4DC4A 4LGKA 1XEJA 1ZYTA 1WTNA 123LA 5LZMA 1P2LA 2D91A 3FI7A 4H9IA 5FEKA 5JENB 4EPIA 1LMTA 229LA 4LYCA 1L83A 2RBSA 4UWNA 1F0WA 1G0GA 3BKVA 1IY4A 5APEA 1L47A 4GN4A 4NEBA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4NSH A;  1C61 A;  2RB0 X;  1LI2 A;  159L A;  1QTV A;  2Z37 A;  1C6J A;  103L A;  247L A;  3DN2 A;  2OU9 A;  4XJF A;  1L26 A;  1DI4 A;  1JKC A;  1GBX A;  4G4C A;  1KS3 A;  3DN8 A;  5B1F A;  4LYM A;  3A90 A;  2BLX A;  2ZWB A;  3CDR A;  3TXE A;  2F2N A;  1LYI A;  4GCC A;  3IWR A;  1YIK A;  1D2W A;  2W1L A;  2XBR A;  5K7O A;  3N9A A;  1L56 A;  1XJT A;  200L A;  1L05 A;  4OO9 A;  212L A;  3OK0 A;  3GUM A;  5T3F A;  4ARL A;  4P2E A;  2YVB A;  1REY A;  4YEM A;  5D5C A;  1YL0 X;  3P4Z A;  1OV7 A;  1HMK A;  1QUG A;  160L A;  7LYZ A;  1RCM A;  1WVV A;  1L36 A;  163L A;  1LKS A;  2CJL A;  2RH1 A;  4I7R A;  1LYY A;  4PPO A;  1AZF A;  1GFE A;  1FKV A;  3HWL A;  3DMV A;  4WLD A;  1L87 A;  4DJH A;  3MGW A;  1HSX A;  2OE7 X;  1VAT A;  3CT1 A;  1D3F A;  1HEO A;  216L A;  2CUU A;  1EPY A;  1C6H A;  1LYZ A;  2RBO A;  1FLU A;  4W57 A;  1LJK A;  1XFP L;  1LYE A;  1UIG A;  1XGP C;  4ETE A;  1L43 A;  1GFJ A;  1LJI A;  2DQA A;  2ZNW Y;  178L A;  131L A;  3P66 A;  2B73 A;  137L A;  1LSZ A;  1CV0 A;  1GF3 A;  1IC5 Y; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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