1CV3A

T4 lysozyme mutant l121m
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMMQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME
publication title Methionine and alanine substitutions show that the formation of wild-type-like structure in the carboxy-terminal domain of T4 lysozyme is a rate-limiting step in folding.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-08-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1cv3A00
3G3XA 1L69A 1P2LA 1T6HA 169LA 254LA 183LA 162LA 1JTNA 1L38A 1L28A 1QTHA 211LA 170LA 163LA 1KS3A 1L36A 3ODUA 2RB0X 165LA 2RBNA 3C8RA 1LGUA 2B6ZA 1C6PA 1L14A 3G3WA 4W55A 1LYFA 146LA 3HDEA 1LLHA 188LA 3HTGA 157LA 244LA 1DYEA 233LA 3HTDA 1L10A 3L2XA 1L61A 235LA 1C64A 1L48A 3DMXA 1P36A 137LA 178LA 1WTHA 3PDSA 1C6QA 1CU2A 1OV7A 1QS9A 250LA 1T8AA 1L64A 4YX7C 145LA 131LA 1L43A 1G1VA 1L63A 1L66A 152LA 1P37A 1PQIA 1CX7A 103LA 217LA 125LA 166LA 1CV0A 251LA 1P7SA 4I7LA 1L04A 1L21A 1G0KA 1C69A 1L33A 257LA 1KY0A 3HH5A 224LA 4AQNA 3RZEA 3C7ZA 102LA 112LA 3SB5A 1L18A 1C6NA 1QTDA 1L96A 215LA 109LA 2B74A 192LA 1LW9A 1I6SA 1L52A 1XJTA 2F47A 3C83A 2LC9A 1L46A 1TLAA 3OE8A 177LA 3HTBA 1P64A 1L94A 1L75A 1L74A 222LA 196LA 4DJHA 1L23A 181LA 119LA 1CV1A 1L87A 4I7MA 3FADA 1L97A 3HUKA 2LZMA 3K2RA 138LA 1G0LA 4I7JA 150LA 256LA 1CV4A 1EPYA 1CTWA 252LA 1L77A 240LA 230LA 4PJZA 1C6BA 3QAKA 126LA 1QT6A 4W56A 1CVKA 108LA 172LA 4EPIA 1P3NA 3C81A 1T8FA 1XEPA 3UONA 1OVKA 3OE0A 144LA 3HT9A 3C80A 3DKEX 167LA 1L13A 2CUUA 4LZMA 180LA 1G0GA 1L11A 4W51A 1LGXA 4I7KA 2O4WA 227LA 1L85A 3CDVA 115LA 2OEAX 1C6LA 1L58A 1L45A 1LYJA 1DYGA 171LA 148LE 1C68A 1CU5A 4ARPA 3C7YA 1G07A 1P2RA 4W57A 1L0JA 1QUDA 1P6YA 3SB7A 3DN8A 143LA 3HT7A 1C6IA 184LA 2B72A 164LA 1L03A 2RBRA 4I7TA 3SB9A 3GUMA 1L88A 1L27A 1QT4A 155LA 3V2WA 2F2QA 4ZPUA 3NY8A 1L70A 1C6GA 1L31A 1L51A 3SB6A 1KW7A 1L89A 1LI6A 114LA 3NY9A 1LI2A 1LWKA 3DNAA 4E97A 3GUIA 1QT7A 4YXCA 1C6DA 1PQMA 1OYUA 1L0KA 229LA 1L08A 168LA 3DMZA 1L82A 200LA 2RB2X 3F8VA 3HH3A 4LDLA 1SX7A 2ANXA 2IGCA 3RUNA 4W58A 4W54A 3GULA 234LA 1L55A 3C82A 1DYFA 4W52A 2RH1A 151LA 2RBQA 1CU3A 2RB1X 1PQDA 113LA 2OE7X 4I7NA 1L99A 2L78A 191LA 1L80A 2OU8A 128LA 159LA 3HUQA 3FI5A 1D3JA 1CUQA 3PBLA 219LA 1C6JA 161LA 1L56A 3FA0A 246LA 3G3VA 118LA 3DN0A 1L54A 1P56A 1L81A 1D3MA 4OO9A 3DN4A 3VW7A 3CDQA 3HWLA 213LA 4ARLA 1L15A 3HDFA 2HUMA 1DYCA 1QTBA 1G06A 1OWZA 242LA 239LA 1C65A 1L06A 1L72A 1L95A 3HT8A 3JR6A 1D3NA 1L26A 4K5YA 1QUOA 223LA 122LA 123LA 3F9LA 2RAYX 1CV6A 4LDOA 225LA 1L34A 129LA 2A4TA 1KNIA 3D4SA 175LA 6LZMA 1C6TA 1L25A 3HH4A 4I7OA 4LDEA 232LA 3HT6A 1P5CA 2ANVA 1CUPA 1LWGA 212LA 210LA 4PK0A 2B7XA 1ZWNA 4YXAC 1SSYA 221LA 142LA 2Q9EA 149LA 1L68A 3GUNA 176LA 1C61A 1L90A 1L76A 206LA 4IAPA 1SWYA 1CV5A 160LA 1LYIA 1L92A 228LA 1L42A 130LA 1QT3A 1L71A 1CX6A 1C63A 214LA 243LA 199LA 2F32A 111LA 2HUKA 258LA 2HULA 1C67A 1G0PA 1SX2A 1K28A 1L00A 5LZMA 1QUHA 261LA 4W53A 1QTCA 3SN6R 2QARC 1CU6A 1D3FA 3HU9A 1QTZA 3GUOA 2Z6BA 4EKRA 147LA 1C6AA 2RBOA 1L49A 2OU0X 1L20A 1OVHA 3HH6A 4DAJA 1L91A 2RBPA 1QT8A 197LA 262LA 1G0JA 3SBBC 2O79A 4EKPA 1JTMA 248LA 1L19A 247LA 4EPFA 220LA 3GUJA 1C6HA 1D2WA 1L32A 1PQKA 1L07A 3CDRA 2OTYX 1L02A 1PQJA 139LA 4S0WA 1QS5A 4EKQA 1LI3A 1L39A 1L35A 1L50A 218LA 1L40A 5I14A 110LA 2B73A 3L64A 1L98A 237LA 1L47A 201LA 3SB8A 1L93A 1L53A 4I7PA 3DN1A 1C6CA 1DYBA 1C6KA 185LA 226LA 2LCBA 1KY1A 1PQOA 1LYHA 1LYGA 1QSQA 3OE6A 4ARMA 2B6TA 3C8QA 1DYAA 2OU9A 141LA 1OV5A 182LA 1L84A 255LA 2RBSA 1B6IA 3EMLA 1CU0A 104LA 238LA 1L41A 231LA 245LA 4I7QA 1SSWA 1L29A 259LA 1QT5A 2B75A 1G0QA 4DKLA 3GUPA 189LA 3GUKA 120LA 7LZMA 253LA 1JQUA 1LGWA 1QSBA 216LA 1L59A 1L79A 3HUAA 1T97A 1L17A 3OE9A 209LA 2RAZX 4ARMB 174LA 3NYAA 4I7SA 1L01A 1OVJA 3V2YA 3C8SA 205LA 1L30A 1L67A 1L44A 1LYDA 140LA 1KW5A 3HTFA 3LZMA 1P46A 156LA 4EKSA 1LYEA 1L22A 4EJ4A 1G1WA 241LA 3DN3A 3SBAA 195LA 2B70A 1T8GA 186LA 249LA 1QUGA 3DMVA 2OE4X 236LA 4GBRB 1ZURA 173LA 3DN2A 2B6WA 1G0MA 1L16A 1NHBA 4GRVA 1XJUA 2OE9X 190LA 1C6EA 1L60A 1CV3A 1DYDA 260LA 2NTGA 4EXMA 1L12A 4ARQA 1OWYA 187LA 1LPYA 3HU8A 2OTZX 1L62A 2O7AA 1QTVA 3C7WA 1L37A 1C60A 1C6MA 1D2YA 158LA 4ARJA 1C62A 2Q9DA 2B6XA 2NTHA 107LA 1L57A 1SWZA 1ZYTA 2B6YA 1L24A 1L09A 1L86A 1C6FA 198LA 3CDTA 3DN6A 127LA 1L65A 1C66A 1L05A 2QB0B 4W59A 4ARQB 1L73A 1D9WA 3CDOA 1L83A 4I7RA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1EQEA 4N0JA 1L69A 1P2LA 1T6HA 169LA 1GB6A 1KIPC 4G4HA 162LA 2BQFA 3ODUA 1B7OA 4LGKA 2HEAA 1LMCA 4WO9A 3C8RA 1C6PA 1CJ6A 3G3AB 2DQGY 5JENB 1LYFA 4NG1A 1DYEA 3WULA 233LA 1L48A 5HMVA 1GB2A 153LA 1BVKC 1HFZA 1WTHA 1WVVA 3P4ZA 1OV7A 1IY3A 1QS9A 4J1BA 1L64A 4YX7C 1VFBC 4NGKA 1HFXA 1I20A 5FHWA 1PQIA 2CJLA 103LA 217LA 3WVYA 1BB5A 4WMGA 5D5FA 4Z41A 1L21A 1G0KA 2CGIA 134LA 1KY0A 5F14A 4AQNA 3RZEA 3C7ZA 3B0IA 4H91A 102LA 112LA 3CB7A 3A91A 4DD9A 1L96A 1DQJC 2B74A 1FLWA 5LXWA 1I6SA 1L52A 3CT1A 4O34A 2F47A 1TLAA 1CKFA 4DD7A 3J4GA 3HTBA 1P64A 1L94A 1DKJA 1GBXA 2Z12A 3EBAB 1HEOA 181LA 1G0LA 1LHLA 3FI7A 150LA 1B7LA 252LA 4OOTA 1LZCA 230LA 5L3HA 4PJZA 4H1PA 1QT6A 1CVKA 108LA 3AW6A 3QY4A 4EPIA 1LZ9A 3N9CA 1G7JC 3DKEX 1HC0A 4LZMA 1YILA 1JJ1A 4ETEA 4H9CA 1G0GA 1V7SA 4YM8A 3AGHA 1D0KA 4XJFA 2OEAX 1C43A 1JITA 1LJGA 1LYYA 4W57A 1L0JA 1P6YA 2HECA 3DN8A 3HT7A 184LA 3WW5A 1C10A 1UIDA 1GB3A 4I7TA 3SB9A 2MEEA 2YBJA 1GDXA 1TEWA 3A6CY 5J7CA 4UWVA 4XN6A 1FLQA 1L70A 4OOOA 1L31A 1LJKA 3B0KA 1IIZA 1L89A 1LI6A 4TWSA 3DNAA 4XJHA 1J1PY 2MEBA 2BQEA 1EQ5A 5HMJA 2XBRA 200LA 2RB2X 3QE8A 4IASA 4QGZA 1JKBA 3RUNA 4I8SA 1YKYX 1N4FA 3GULA 5IELA 2YSSC 1ZVHL 3A95A 2RB1X 1L99A 4GN5C 3AB6A 4J7VA 4ZIXA 1CUQA 1T6VL 7LYZA 3A93A 3A90A 3DN0A 1LZ8A 4H90A 4HJYA 1NF5A 1B7PA 1UACY 4LT3A 1C45A 4NGVA 4ARLA 5B07A 1DYCA 1GB9A 5LINA 2DBTA 1FN5A 3F9LA 1HERA 2RAYX 1CV6A 4TUNA 4TSBA 129LA 1B7QA 135LA 2BAAA 4LDEA 232LA 4DDBA 212LA 210LA 4PK0A 2B7XA 2W1MA 3GUNA 176LA 4H9IA 1OUCA 1L90A 1V7TA 2F2NA 228LA 1YAPA 1IR8A 1L42A 2MECA 3ZVQB 1W08A 4N1CC 4YEMA 1DPWA 3CSRA 4IATA 4N9RA 1G0PA 1K28A 1LSDA 2DQHY 4W53A 4AGAA 2QARC 4CFPA 1QDRA 1C6AA 2RBOA 1QDTA 3HH6A 1L91A 2Z2EA 4HP0A 2RBPA 3AZ5A 4N8ZA 197LA 3TMWA 1IP4A 2O79A 1BWJA 4GLAA 1IWWA 5HNCA 1B5VA 3WU7A 3GUJA 1VAUA 4NSHA 1D0MA 3CDRA 139LA 4J1AA 4GLVA 4OWCA 218LA 1L50A 5I14A 110LA 3L64A 1FLYA 237LA 1LJHA 4PRQA 3AGGG 3SB8A 1WTNA 1L93A 1L53A 4I7PA 3DN1A 1CKGA 3W3EA 1I56A 4WM1A 3GXKA 4CJ2A 4NHSA 1EL1A 4BAPA 1QSQA 1IWZA 3HFMY 4DDAA 141LA 182LA 5LVGA 5K7OA 2DQEY 1TCYA 4GCBA 4ZEEA 2RSCA 1LAAA 5KXSA 3TXGA 4XYYA 4Z46A 3CQLA 3WXTA 1JQUA 1QSWA 4DQ7A 1QSBA 2LYOA 1EQ4A 1T97A 4ARMB 2RAZX 1L01A 3P64A 1L67A 1LYDA 1KW5A 1P46A 4QEQA 4WLDA 1BQLY 2F30A 5E4PA 1LSEA 241LA 5E9RA 2XJWA 2C8PA 9LYZA 2OE4X 1DKKA 3W6AA 2B6WA 1L16A 1XJUA 3TMVA 1LZAA 5I54A 2C8OA 1C6EA 4EXMA 1LMOA 1Z55A 1OWYA 1GF4A 4E3UA 1YKZX 1C6MA 2ZIJA 1GB0A 4G9SA 2Q9DA 1RE2A 1ZYTA 1E8LA 5L9JA 1L09A 5LYZA 2HU1A 2DQFC 5DL9A 5DM9A 1IWYA 4W59A 1XGTC 5DLAA 4CFOA 1VATA 3AW7A 1B5ZA 254LA 1JJ0A 3MGWA 5A3EA 1L38A 1L28A 1QTHA 163LA 2RB0X 1DXJA 1JKCA 1YAOA 3RT5X 2D4KA 2RBNA 5KXLA 1LGUA 5FCPA 2G4QA 1L14A 1YL1X 3G3WA 146LA 1BB3A 3HTGA 1O23A 3L2XA 1L61A 1C64A 4DD3A 4B0DA 137LA 178LA 4NGWA 2BPUA 1C6QA 3LYTA 2IHLA 2BQJA 5KXXA 1L43A 1JTPL 1P37A 4OWEA 1CX7A 4MR1A 1QQYA 166LA 1CKHA 1HENA 1P2CC 1P7SA 2D6BA 257LA 1QTKA 4Z98A 1TAYA 1UIEA 2B5ZA 3HH5A 4NWHA 1HELA 4LT0A 1WQRA 109LA 1NBYC 4LFXA 3OE8A 177LA 1LJNA 4NGIA 5FEKA 4WG1A 3FADA 1L97A 2LZMA 138LA 3N9AA 1GF3A 1LZDA 1WQQA 5KXNA 1CV4A 1EPYA 4GN4A 1L77A 5FDJA 5KXZA 1CKDA 4NG8A 2HEDA 3QAKA 126LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1EQE A;  4N0J A;  1L69 A;  1P2L A;  1T6H A;  169L A;  1GB6 A;  1KIP C;  4G4H A;  162L A;  2BQF A;  3ODU A;  1B7O A;  4LGK A;  2HEA A;  1LMC A;  4WO9 A;  3C8R A;  1C6P A;  1CJ6 A;  3G3A B;  2DQG Y;  5JEN B;  1LYF A;  4NG1 A;  1DYE A;  3WUL A;  233L A;  1L48 A;  5HMV A;  1GB2 A;  153L A;  1BVK C;  1HFZ A;  1WTH A;  1WVV A;  3P4Z A;  1OV7 A;  1IY3 A;  1QS9 A;  4J1B A;  1L64 A;  4YX7 C;  1VFB C;  4NGK A;  1HFX A;  1I20 A;  5FHW A;  1PQI A;  2CJL A;  103L A;  217L A;  3WVY A;  1BB5 A;  4WMG A;  5D5F A;  4Z41 A;  1L21 A;  1G0K A;  2CGI A;  134L A;  1KY0 A;  5F14 A;  4AQN A;  3RZE A;  3C7Z A;  3B0I A;  4H91 A;  102L A;  112L A;  3CB7 A;  3A91 A;  4DD9 A;  1L96 A;  1DQJ C;  2B74 A;  1FLW A;  5LXW A;  1I6S A;  1L52 A;  3CT1 A;  4O34 A;  2F47 A;  1TLA A;  1CKF A;  4DD7 A;  3J4G A;  3HTB A;  1P64 A;  1L94 A;  1DKJ A;  1GBX A;  2Z12 A;  3EBA B;  1HEO A;  181L A;  1G0L A;  1LHL A;  3FI7 A;  150L A;  1B7L A;  252L A;  4OOT A;  1LZC A;  230L A;  5L3H A;  4PJZ A;  4H1P A;  1QT6 A;  1CVK A;  108L A;  3AW6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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