3DN3A

Iodopentafluorobenzene binding in the hydrophobic cavity of t4 lysozyme l99a mutant
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Halogenated benzenes bound within a non-polar cavity in T4 lysozyme provide examples of I...S and I...Se halogen-bonding.
pubmed doi rcsb
source organism Bacteriophage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2008-07-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3dn3A00
4W58A 4LZMA 1LYEA 225LA 2CUUA 4EKRA 1D3JA 1L21A 1L56A 1L15A 2OTYX 2NTGA 4E97A 178LA 1CU5A 1QT3A 237LA 1CU6A 1JTNA 211LA 181LA 1L81A 107LA 2B70A 3RZEA 1L47A 240LA 2B6TA 4W57A 3HH4A 4GBRB 1L92A 160LA 1CU3A 1CV0A 1LI2A 2B72A 2RB1X 1C6FA 156LA 158LA 1L44A 148LE 1EPYA 1L79A 1CV6A 2LCBA 157LA 1CV4A 183LA 4W59A 4W52A 1D9WA 3HDEA 1QTCA 1L58A 1T6HA 1L19A 1L87A 3CDRA 1L82A 3UONA 3OE8A 1CUPA 1L70A 3SB8A 3HTGA 1DYEA 155LA 150LA 1L93A 1QUDA 223LA 108LA 3NY9A 1CU0A 139LA 1D3MA 3SN6R 3DN2A 1C61A 233LA 220LA 1L66A 1QT4A 104LA 2Q9DA 4I7RA 1L34A 4ARJA 3OE0A 1CTWA 1QUHA 254LA 1SSYA 1L31A 1L83A 3SB6A 122LA 120LA 224LA 259LA 4YXAC 1L68A 2LZMA 1CVKA 4ZPUA 1C6QA 1T8FA 1WTHA 2IGCA 4LDOA 1C68A 1B6IA 1L36A 102LA 4I7TA 2NTHA 118LA 1OWZA 1C6JA 3HUQA 1P3NA 144LA 1P6YA 1C63A 1G07A 3GULA 1LGXA 4S0WA 1G06A 1SWYA 3L64A 260LA 2Z6BA 3DN4A 4I7JA 163LA 1L24A 1T97A 241LA 232LA 1LI6A 1C69A 4DAJA 3SB5A 1L52A 1QTBA 1L41A 5LZMA 4I7PA 4ARMA 1L39A 164LA 4I7KA 1P7SA 2B74A 126LA 177LA 1QT8A 1LI3A 3OE9A 4I7QA 1T8AA 1SWZA 3HT9A 3HU8A 142LA 145LA 1L30A 1OV7A 215LA 1L10A 2OU8A 1QT7A 3HUKA 171LA 3HH6A 2F2QA 1L14A 4EKSA 2OE9X 2RB0X 2RBOA 218LA 1C64A 239LA 2RH1A 1L00A 3FADA 1G0KA 167LA 256LA 109LA 1QTZA 1L69A 1QUGA 231LA 1OWYA 146LA 214LA 235LA 3HH3A 1PQOA 1L61A 162LA 1D3NA 1LYIA 1P36A 3CDOA 1QTHA 1P64A 228LA 3HT7A 4PK0A 103LA 4ARMB 217LA 4ARPA 185LA 1OVJA 123LA 1L32A 1L60A 1L43A 250LA 1L0JA 3VW7A 4EPFA 2RBNA 188LA 180LA 251LA 3DN8A 1L88A 1PQKA 2OU9A 3CDTA 1L50A 1PQDA 2A4TA 152LA 4I7SA 4W53A 110LA 2F32A 1L26A 192LA 1JTMA 1L07A 1L91A 1KW7A 1L01A 3DMZA 1DYAA 1L67A 2O4WA 1LGUA 1LYJA 219LA 3FI5A 3GUPA 166LA 196LA 3V2WA 197LA 245LA 1CX7A 2QB0B 3SBAA 127LA 1L95A 3K2RA 1L90A 2OU0X 184LA 1SX7A 3LZMA 159LA 3HTDA 3GUIA 4ARLA 3HWLA 2ANVA 1L53A 4W56A 4EXMA 3L2XA 169LA 1PQMA 1CU2A 4AQNA 1P56A 213LA 1QTVA 151LA 3GUMA 1PQJA 129LA 1L11A 2O7AA 252LA 2F47A 1LW9A 113LA 1QT6A 3DKEX 1G0MA 1CV5A 1CV3A 1C6CA 1LYGA 1ZURA 1QT5A 2B75A 4I7NA 1L03A 4YX7C 1C6HA 3C83A 1L98A 1L35A 3HU9A 1L75A 1L99A 1XJTA 1L27A 1L77A 3PBLA 6LZMA 3F9LA 4DJHA 2RAZX 1L65A 1C65A 1P5CA 1NHBA 4EJ4A 1D3FA 221LA 1LYHA 2RBPA 1XJUA 1G0LA 3C7ZA 3DN6A 189LA 1OYUA 7LZMA 1L71A 1L42A 3HTFA 1SX2A 234LA 4OO9A 1L38A 4EKPA 1L02A 1KNIA 1L17A 3GUKA 1L59A 1T8GA 3HTBA 3DN1A 1L08A 2B6ZA 226LA 1DYBA 173LA 1L29A 244LA 1JQUA 165LA 1C6NA 4I7LA 2HUMA 174LA 2RBSA 175LA 1L57A 227LA 1L25A 1L76A 212LA 1TLAA 1PQIA 229LA 4W51A 1L51A 1L06A 201LA 130LA 1C6AA 1DYDA 1G1VA 258LA 3GUJA 149LA 1C60A 1L72A 262LA 3CDQA 2B6WA 147LA 1G1WA 1LPYA 253LA 4LDEA 1L94A 1KY1A 199LA 3C7WA 1C62A 4IAPA 111LA 242LA 1QS9A 1QSQA 198LA 1C6LA 4W54A 119LA 3HH5A 2B6YA 2O79A 3DMVA 1L18A 1L96A 2OE7X 1C6IA 3G3VA 3DN0A 1LGWA 4I7OA 1CX6A 3F8VA 3C82A 2HUKA 205LA 2RAYX 1KS3A 176LA 2RB2X 191LA 1K28A 200LA 2OTZX 1OVKA 1L37A 1D2WA 1DYFA 4K5YA 2B7XA 1LLHA 2RBQA 238LA 2ANXA 4EPIA 216LA 1C6PA 1L28A 1L05A 115LA 1L97A 1ZWNA 4PJZA 3D4SA 1ZYTA 3SB9A 3HT6A 1L40A 3NY8A 4LDLA 3C80A 1L54A 172LA 1C6MA 1KY0A 4W55A 131LA 4ARQA 1P37A 3C7YA 143LA 1L85A 125LA 1C6BA 236LA 1L45A 1P2RA 1L33A 3EMLA 1L63A 1L64A 1L09A 243LA 1C67A 1DYCA 112LA 3SB7A 137LA 1C6EA 1L20A 1QTDA 3RUNA 1L55A 1L73A 261LA 1KW5A 3OE6A 1P2LA 1L84A 140LA 1L48A 1L22A 3HDFA 1P46A 1QUOA 209LA 1LWKA 186LA 1L23A 161LA 3G3XA 2RBRA 3DN3A 1SSWA 1OV5A 1L04A 1C6KA 4ARQB 2B73A 257LA 1G0QA 2LC9A 3C8SA 1L0KA 3NYAA 5I14A 3HUAA 4I7MA 1G0JA 3C8QA 3DNAA 3JR6A 1G0PA 2L78A 3G3WA 206LA 3SBBC 3GUOA 1OVHA 246LA 1L49A 1XEPA 1C6GA 3FA0A 2B6XA 141LA 3C81A 1I6SA 1L89A 1QSBA 128LA 187LA 1L12A 1DYGA 182LA 2QARC 1C66A 3PDSA 1C6DA 1L80A 2OE4X 1CV1A 3C8RA 230LA 248LA 3CDVA 2OEAX 3V2YA 4GRVA 4DKLA 1D2YA 3HT8A 114LA 1L86A 170LA 1LYDA 1QS5A 2Q9EA 210LA 1CUQA 255LA 1C6TA 1LYFA 1L74A 222LA 247LA 168LA 3QAKA 4YXCA 1G0GA 190LA 1L13A 1L46A 3DMXA 1L16A 1L62A 138LA 249LA 3GUNA 4EKQA 195LA 1LWGA 2HULA 3ODUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
225LA 2HUBA 4DDAA 3T6UA 2NTGA 4E97A 4NGZA 1LJNA 4H94A 4H9IA 5A3EA 1JTNA 3RU5A 1VDQA 4H9CA 2B70A 3RZEA 240LA 2NWDX 2B6TA 5IDDA 5KKJA 3HH4A 4IJ4A 4UWNA 1L92A 2PC2A 4N0JA 4DD2A 1JSEA 158LA 1LSYA 1LMOA 1B7QA 1JEFA 4W59A 1L58A 1L19A 3A93A 2F4AA 4OOOA 1L82A 1L70A 1L93A 155LA 1QUDA 223LA 1H87A 1UIFA 3NY9A 4Z98A 3SN6R 1QT4A 104LA 2ZNXY 1EQEA 1CTWA 1QUHA 5AMYA 3F6ZA 4LT3A 1JKAA 224LA 2G4NA 3KAMA 3A90A 5KXYA 1WTHA 3AJNA 1L36A 4WLTA 1H6MA 3GULA 4TSBA 2EPEA 4S0WA 2MEFA 4I7JA 163LA 241LA 1C69A 5LA5A 3SB5A 1BB3A 5LZMA 4ARMA 2C8PA 1QT8A 5B07A 1SWZA 1LJGA 1WTMA 2DQEY 3HUKA 1OV7A 1QT7A 4NGKA 171LA 4YEMA 2XBRA 1C7PA 1G7LC 1C64A 218LA 239LA 2D91A 256LA 109LA 4MR1A 214LA 3EXDA 3HH3A 1PQOA 1JJ1A 1LYIA 4RW1A 5DL9A 5B06A 217LA 2DQGY 2DQJY 133LA 5C6LA 3VW7A 4EPFA 3LYTA 1HHLA 1GFRA 2OU9A 2BQHA 1L50A 4W53A 1GF8A 1DXJA 3RW8A 1YL0X 1DYAA 4H93A 2O4WA 3WPKA 3AGGG 1CX7A 4GCFA 2QB0B 1L95A 4IASA 4U3XB 3AZ7A 2XJWA 3RNXA 1SX7A 1OQMA 1CNSA 3GUIA 1E8LA 4CFPA 4GN4A 2ANVA 1L53A 4W56A 3WULA 2HU3A 2YBLA 3HBDA 1PQMA 2LYOA 4AQNA 1LZSA 2CWIA 1W08A 2BQCA 1L11A 1LMQA 1IC4Y 1IVMA 1QT6A 4XN6A 4NGIA 1QDRA 1CV5A 1C6CA 1C6HA 3WW5A 3C83A 5APEA 1L99A 1L77A 2RAZX 1YANA 1NDMC 2X0AA 1CJ8A 1C65A 4NEBA 1D3FA 1LYHA 5APFA 2DQFC 1AM7A 4HTNA 1I56A 4EKPA 1IWTA 4N8ZA 1LMAA 4B4EA 1OUAA 2W1MA 4I8SA 165LA 1C6NA 227LA 1LHHA 4HJYA 1L76A 1LSGA 1YAMA 4H9HA 201LA 1LZ8A 1DYDA 149LA 1HF4A 3A92A 1JKBA 2B6WA 253LA 4LDEA 2I6ZA 199LA 1IORA 4XJFA 1IWWA 1QSQA 1VDSA 4WG1A 198LA 1C6LA 1AT6A 4LYOA 4A7DA 4AGAA 4I0CA 4I7OA 5B1GA 3C82A 4NSHA 2RAYX 1GE3A 4NHQA 4XJBA 2OTZX 1OVKA 1MELL 3CSRA 1L37A 1D2WA 2YVBA 2ZWBA 3TMWA 4NHSA 5KXLA 2C8OA 4EPIA 216LA 2DKVA 1SLYA 2D6BA 1LSEA 5KXKA 1XGTC 4WM3A 4H9BA 1FKQA 1L40A 3NY8A 1L54A 5KXMA 1LMPA 4YOPA 4ARQA 2CGIA 4TWSA 1P37A 125LA 1NF5A 1P2RA 1LSBA 243LA 1FLYA 112LA 1KIRC 1L20A 1QTDA 1L55A 1L73A 3FI7A 1IIZA 1L48A 5A3ZA 4HTQA 4KT3A 1NBZC 161LA 1WQNA 1NBYC 1GFJA 2XQOA 4NGLA 1SSWA 1OV5A 1F6SA 1LZCA 1C6KA 3B6LA 2LC9A 3AW7A 3C8SA 4WM4A 4PJ2C 1CJ6A 4I7MA 4TTDA 3C8QA 5B05A 3G3WA 1LZBA 206LA 1OVHA 1LMCA 1L49A 1YKZX 2MEIA 1C6GA 1GE0A 3FA0A 3J4GA 3C81A 1I6SA 1L89A 1QSBA 2VB1A 5LVIA 1GE1A 1YAOA 1XGQC 5DLAA 182LA 3W6EA 3B0IA 4H9EA 3WXUA 2LZTA 2DQIY 3TMXA 3C8RA 3CDVA 2HEFA 4GRVA 1LZ5A 3WXTA 1RCMA 3P65A 1GBYA 1LYDA 1QS5A 4GCBA 5LYMA 1IWZA 1LJFA 1OUEA 1LZ6A 1IP5A 1LTMA 4MSTA 4PHIA 4KPMA 3GUNA 1JTTL 4EKQA 2Y8PA 1I1ZA 4B0DA 2AUBA 1B7OA 4W58A 1LYEA 2BQLA 3RZ4A 1IP1A 2CUUA 1L21A 1GFKA 4AXTA 211LA 4PPOA 1L81A 1L47A 4Z3MA 4NG8A 1LZTA 4ZFPA 5LIOA 2D4JA 5LYZA 1LAAA 2B72A 2RB1X 1C6FA 1GB8A 1L79A 5M1YA 2Z12A 2LCBA 2ZYPA 157LA 1CV4A 1GBOA 1QTCA 3A95A 2A7FA 1T6HA 2D4KA 1L87A 3CDRA 5E9RA 3UONA 2ZIKA 135LA 3OE8A 5HNCA 3SB8A 3HTGA 1DYEA 1SQ2L 1YAPA 1VDPA 108LA 1LKSA 134LA 1UIBA 1C61A 220LA 1L66A 1UIDA 2BQNA 4OWBA 4ARJA 1GE4A 1XGUC 3OE0A 4ZEEA 2Z2FA 1IO5A 1L83A 3SB6A 120LA 1G7HC 4B1AA 4B4IA 4XJHA 4LDOA 1B6IA 1NMMA 3EMSA 3OJPA 1C6JA 3B0KA 3HUQA 144LA 1P6YA 5II3A 3A67Y 2LHMA 1G06A 260LA 3WUNA 2D4IA 4NY5A 5F9UA 1L24A 232LA 1LI6A 4IATA 4DAJA 154LA 2BPUA 1GFAA 1T3PA 4I7KA 4DQ7A 126LA 4WO6A 3W6BA 4G4BA 142LA 215LA 1L10A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 225L A;  2HUB A;  4DDA A;  3T6U A;  2NTG A;  4E97 A;  4NGZ A;  1LJN A;  4H94 A;  4H9I A;  5A3E A;  1JTN A;  3RU5 A;  1VDQ A;  4H9C A;  2B70 A;  3RZE A;  240L A;  2NWD X;  2B6T A;  5IDD A;  5KKJ A;  3HH4 A;  4IJ4 A;  4UWN A;  1L92 A;  2PC2 A;  4N0J A;  4DD2 A;  1JSE A;  158L A;  1LSY A;  1LMO A;  1B7Q A;  1JEF A;  4W59 A;  1L58 A;  1L19 A;  3A93 A;  2F4A A;  4OOO A;  1L82 A;  1L70 A;  1L93 A;  155L A;  1QUD A;  223L A;  1H87 A;  1UIF A;  3NY9 A;  4Z98 A;  3SN6 R;  1QT4 A;  104L A;  2ZNX Y;  1EQE A;  1CTW A;  1QUH A;  5AMY A;  3F6Z A;  4LT3 A;  1JKA A;  224L A;  2G4N A;  3KAM A;  3A90 A;  5KXY A;  1WTH A;  3AJN A;  1L36 A;  4WLT A;  1H6M A;  3GUL A;  4TSB A;  2EPE A;  4S0W A;  2MEF A;  4I7J A;  163L A;  241L A;  1C69 A;  5LA5 A;  3SB5 A;  1BB3 A;  5LZM A;  4ARM A;  2C8P A;  1QT8 A;  5B07 A;  1SWZ A;  1LJG A;  1WTM A;  2DQE Y;  3HUK A;  1OV7 A;  1QT7 A;  4NGK A;  171L A;  4YEM A;  2XBR A;  1C7P A;  1G7L C;  1C64 A;  218L A;  239L A;  2D91 A;  256L A;  109L A;  4MR1 A;  214L A;  3EXD A;  3HH3 A; 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