1L11A

Contributions of hydrogen bonds of thr 157 to the thermodynamic stability of phage t4 lysozyme
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGLWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Contributions of hydrogen bonds of Thr 157 to the thermodynamic stability of phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 57
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1988-02-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l11A00
171LA 1P5CA 1QT8A 1L13A 3HT9A 126LA 4IAPA 1G0LA 1L54A 2RBSA 1DYFA 3HTFA 2HUMA 1LYFA 1L19A 1CU5A 2OE9X 3CDTA 1L37A 3C80A 3HUAA 1B6IA 3HU8A 2LC9A 4K5YA 2B70A 3DN0A 1XJTA 231LA 1PQDA 1LI2A 1WTHA 1P56A 1KY1A 3HUKA 3HDFA 102LA 1D3FA 2Q9EA 1LYGA 197LA 1L58A 1L04A 1SX7A 1C6LA 1D9WA 4LDLA 3GUIA 242LA 217LA 1PQOA 183LA 2ANXA 131LA 3PDSA 1L56A 1L97A 1L82A 5LZMA 1P64A 1DYEA 1CUPA 177LA 1LYJA 1L33A 4EKQA 2HUKA 166LA 1L03A 122LA 262LA 1I6SA 189LA 3HTGA 4LDOA 128LA 1QT3A 2RBRA 1ZYTA 112LA 1LI3A 2OEAX 4I7MA 3FADA 1C6KA 120LA 190LA 1CX6A 137LA 1L73A 2NTGA 1LW9A 3HT8A 257LA 1C6EA 1D2YA 4EJ4A 4LZMA 1DYCA 2O7AA 1L51A 232LA 1D3JA 220LA 1L96A 1L34A 142LA 2OTZX 1C6AA 1L18A 229LA 2RB0X 2OU8A 150LA 1QTHA 1QSQA 1C68A 1L98A 4ARLA 1C6HA 138LA 2OE7X 3C82A 3QAKA 182LA 4I7JA 3V2YA 205LA 218LA 1L30A 1G0KA 1L36A 1L44A 3SB9A 1QTVA 2RAZX 115LA 1C6CA 237LA 151LA 1G0PA 1L64A 1KS3A 1LGXA 4W52A 1QS9A 3NYAA 1OYUA 1D3MA 1XJUA 1L25A 3CDVA 244LA 3NY8A 1L10A 1L40A 1L68A 3DN6A 4W59A 1L45A 1L59A 185LA 3GUNA 200LA 187LA 1CU0A 2OU0X 3DN4A 2LCBA 1L74A 2B74A 1LI6A 1L55A 1DYBA 3DN3A 1C6JA 1OVHA 4W55A 1L14A 1L87A 3FI5A 1P3NA 4AQNA 1L85A 3DN2A 3JR6A 1L49A 123LA 1L17A 261LA 2CUUA 230LA 240LA 2RBOA 1C6IA 141LA 1LWKA 1L93A 1QT4A 2B6ZA 1L83A 1L99A 1CUQA 172LA 1PQMA 1QS5A 1QUHA 223LA 2B75A 212LA 1L02A 1G0QA 5I14A 239LA 1C67A 4ARQA 1K28A 260LA 3HU9A 1G0JA 1LYEA 2F2QA 3G3XA 1L20A 1L43A 226LA 3HH6A 3EMLA 1L29A 1QT6A 2B6XA 1QUOA 1OVKA 3DN1A 2RBPA 1CVKA 1KW7A 1L95A 2Q9DA 2RBNA 1TLAA 2B6YA 246LA 4ZPUA 4PK0A 1QT7A 3DMVA 3GUJA 1L26A 233LA 1L66A 158LA 1L48A 250LA 213LA 167LA 3L2XA 256LA 3HH5A 1L0KA 1CU6A 1OWZA 4I7LA 4GRVA 155LA 4W53A 1L21A 1QSBA 163LA 162LA 4W51A 1L69A 1L12A 1L89A 1L11A 170LA 1L0JA 3OE0A 3F9LA 1L09A 130LA 1P6YA 258LA 3HDEA 1LWGA 1SSWA 1L75A 196LA 195LA 1NHBA 4E97A 1L79A 254LA 1L63A 1L27A 248LA 3CDOA 3K2RA 3SBAA 3OE9A 3C81A 178LA 1QTDA 1CV3A 1L70A 241LA 3GULA 4W56A 161LA 1D2WA 125LA 1C6FA 3GUPA 221LA 3DNAA 3G3WA 1PQJA 1QTBA 3ODUA 4I7NA 209LA 3G3VA 4I7TA 127LA 4EKSA 147LA 2O4WA 227LA 4W54A 199LA 1LYIA 3HT6A 1SX2A 1G0MA 143LA 1T8FA 1L72A 144LA 156LA 245LA 206LA 1L71A 3GUOA 1SWYA 4ARQB 1L92A 4ARMA 3VW7A 1QTZA 1C66A 3RUNA 2IGCA 1L81A 4W58A 169LA 1L31A 108LA 1OV7A 1L50A 198LA 180LA 1QUDA 3HTBA 1L42A 4EXMA 157LA 4EPFA 3HUQA 103LA 1QUGA 1P7SA 4YXAC 186LA 1L86A 1L28A 4EKRA 1C69A 247LA 2RAYX 140LA 2B73A 4I7PA 1G06A 149LA 1G0GA 3DMXA 1CV4A 1C6DA 1SSYA 1C6PA 1CV6A 4ARJA 111LA 1L67A 2OE4X 1SWZA 201LA 225LA 3DKEX 7LZMA 4PJZA 211LA 1G07A 3HH3A 235LA 3CDRA 1C6TA 2OTYX 160LA 1KY0A 164LA 148LE 3SBBC 3DN8A 1L24A 3NY9A 259LA 2B6WA 118LA 1T97A 2B6TA 1L15A 110LA 1C64A 1CX7A 3SB7A 3OE8A 3GUMA 2NTHA 1L39A 1L41A 192LA 2ANVA 146LA 152LA 145LA 4EKPA 3L64A 191LA 188LA 1QTCA 109LA 114LA 4ARPA 2F32A 1L77A 2RBQA 252LA 1CV1A 214LA 243LA 1L61A 228LA 253LA 4S0WA 215LA 1ZWNA 3HWLA 3DMZA 139LA 1C60A 1CV5A 1CV0A 219LA 1L62A 3C8SA 3CDQA 1C65A 119LA 1KNIA 210LA 1CTWA 1C6MA 4ARMB 2A4TA 1L57A 3C7ZA 3FA0A 1LYDA 1L53A 1OVJA 224LA 168LA 1L84A 2B72A 2HULA 173LA 3C83A 4DJHA 129LA 1L94A 1PQIA 236LA 3GUKA 1P37A 1CU3A 3LZMA 3HT7A 4I7OA 1LGUA 1JTMA 1L46A 181LA 174LA 1C6GA 1L23A 3SB8A 1D3NA 1JTNA 4I7QA 1L05A 1C6NA 4I7SA 6LZMA 1CU2A 1T6HA 1KW5A 1LLHA 4DKLA 1L47A 1L00A 1OV5A 165LA 2OU9A 3F8VA 1L22A 222LA 2RB1X 251LA 3SN6R 1L76A 1L65A 1L91A 3C8RA 4LDEA 1C62A 1L60A 1L06A 1LPYA 1T8AA 3D4SA 3SB6A 1L08A 176LA 1L32A 1P2RA 2F47A 1P46A 1DYGA 1L52A 113LA 238LA 1L88A 2QARC 2QB0B 1EPYA 3SB5A 3V2WA 1QT5A 1JQUA 184LA 1L16A 1L80A 1G1WA 3PBLA 4I7KA 4YX7C 2B7XA 104LA 1C6BA 1ZURA 4GBRB 1C6QA 2LZMA 4I7RA 1OWYA 1P36A 1C63A 3HH4A 3C8QA 175LA 216LA 2L78A 4EPIA 3C7YA 3OE6A 159LA 1DYDA 3HTDA 255LA 1L01A 1L07A 1T8GA 2RH1A 3C7WA 1LYHA 1L35A 2Z6BA 4OO9A 4YXCA 107LA 1L38A 2RB2X 1XEPA 1L90A 1LGWA 1P2LA 249LA 3UONA 1G1VA 2O79A 1C61A 3RZEA 1DYAA 4W57A 234LA 4DAJA 1PQKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L13A 1G0LA 1LHIA 2BQKA 3LN2A 2ZIJA 1L19A 2Q0MX 2OE9X 4J1BA 4CGEA 3HUAA 1JJ3A 2LC9A 1C45A 1ZVYB 1B7MA 2YBMA 1LSYA 1WTHA 1P56A 1KY1A 3HUKA 102LA 4H9CA 3E3DA 2Q9EA 5KY1A 1LYGA 1SX7A 3RZ4A 1C6LA 3HBHA 217LA 1PQOA 4RLMA 1NDGC 5LZMA 4NHSA 1P64A 4RW2A 2BQAA 5FCPA 1YILA 2N5ZA 4H9FA 4J7VA 1GFGA 128LA 2YSSC 1ZMYL 2ZWBA 4DC4A 112LA 2HEFA 5LAFA 4ETBA 3FADA 4G4BA 1EQEA 1LZCA 190LA 1CX6A 137LA 1LW9A 1D2YA 1BVXA 2MEGA 3AW6A 4LYBA 5I4YA 4GLAA 4LZMA 4UWUA 1D3JA 220LA 3IWRA 4N9RA 1L34A 4LZTA 1GFHA 2OTZX 2WARA 1LKRA 150LA 1L98A 4ANRA 1GE2A 2FBDA 2NWDX 1HMKA 182LA 4NGZA 1L36A 1QTVA 1IP5A 1IOQA 1IO5A 1LGXA 1HC0A 1J1PY 1D3MA 2H5ZA 1VDPA 244LA 3NY8A 4PRQA 1V7SA 1BVKC 1L10A 1L40A 1L45A 1GF0A 2OU0X 3DN4A 5II3A 3LYOA 4WG7A 3AZ7A 2Z39A 3J6KA 1B5WA 1L49A 123LA 2RBOA 3TMVA 1WQQA 2Z19A 4NG1A 1L93A 1G7MC 1D6PA 1QS5A 2B75A 4II8A 1JPOA 4LYOA 212LA 1L02A 1QDTA 1G0QA 1O23A 3A34A 1FKVA 3K3TA 1JWRA 1B7OA 1L20A 1L43A 1YL1X 3HH6A 3EMLA 1L29A 1QT6A 1IWWA 1QUOA 1OVKA 2RBPA 1TLAA 4N1CC 4PK0A 2G4QA 1L48A 2LZ2A 256LA 2CDSA 1HFZA 2ZILA 2W1MA 1L21A 2I26L 4MSTA 4W51A 1L69A 2AUBA 1L11A 170LA 1IP4A 4NEBA 2ZQ3A 1L09A 1IC5Y 1RFPA 195LA 1NHBA 3A96A 3CQLA 4YEOA 1L70A 3GULA 4HTKA 2F2NA 2ZIKA 4EMNA 1PQJA 1LJHA 1QTBA 5T3FA 209LA 3G3VA 1LJNA 127LA 1OP9B 3TXBA 4NGWA 227LA 1XEIA 4YENA 3HT6A 1SX2A 1NBYC 2A7FA 1T8FA 1CJ9A 144LA 156LA 4LGKA 206LA 1L71A 1B0DA 3GUOA 2BQGA 3TMUA 1L92A 3RUNA 1GPQC 2MEBA 1GXXA 1T3PA 3KAMA 5F14A 1IX0A 4LYTA 3VWOA 1AT5A 1J1XY 169LA 1L31A 1OUDA 2D91A 5HNCA 157LA 1OUEA 4XENA 2MEFA 5LYMA 247LA 140LA 3A8ZA 149LA 1CV4A 1BWJA 1C6PA 4DDBA 111LA 1L67A 4BAFA 1SWZA 201LA 3DKEX 1KIQC 3FI7A 1C6TA 1JKDA 3AYQA 1KY0A 164LA 3WU8A 3SBBC 1LCNA 3DN8A 3QNGA 1OQMA 5LXWA 1HSXA 1IP2A 1LZGA 1PZYA 1XGTC 1CX7A 4XADA 4OWAA 4GCEA 3OE8A 2NTHA 5F9XA 3ZVQB 3EMSA 4H8ZA 1L41A 2W1LA 2YDGA 4G4HA 3L64A 191LA 109LA 1LKSA 2RBQA 252LA 1LZ6A 3WH1A 4S0WA 215LA 4ET8A 4WM1A 1LJJA 1ZVHL 5KXXA 4O34A 1C65A 3N9EA 1QQYA 1KNIA 1CTWA 3AW7A 3C7ZA 4KPMA 4DJHA 129LA 4N0JA 236LA 1CU3A 1YKZX 1JTMA 3T36A 5L3IA 1L23A 3CSQA 3HBEX 1JTNA 3B0OA 5B05A 1L05A 1C6NA 1WTMA 4I7SA 1KW5A 4XJBA 2BPUA 1FDLY 1L47A 3D3DA 3FE0A 1HHLA 3CT0A 6LYZA 3F8VA 1LYYA 2Z2EA 251LA 4DD3A 5LVGA 4TWSA 1ALCA 2XBRA 1OUHA 4W94A 1L32A 4QY9A 1GB6A 2G4PA 1GFTA 1EPYA 1GF7A 1LHKA 1QT5A 2BLXA 3V2WA 4NY5A 4LFXA 1LSMA 5AMYA 1G1WA 2Z37A 4HPEA 1CJ7A 3G3AB 4BAPA 1C63A 3EO5A 175LA 1QDRA 1LMPA 1BB3A 2IFFY 159LA 3OE6A 1DYDA 1UIDA 1LMQA 4HV1A 3A6CY 1LJFA 3C7WA 1GDWA 3GXKA 1LYHA 4ZIXA 1LYOA 107LA 1VAUA 1L90A 1LGWA 1P2LA 3UONA 1C61A 4DQ7A 4EOFA 4W57A 234LA 1DPXA 3RU5A 4D9ZA 1PQKA 3AZ6A 1P5CA 3HT9A 1DYFA 5ILFA 4AGAA 1WTNA 1LZAA 2G4NA 4XJHA 1CU5A 3C80A 4E3UA 1B6IA 3HU8A 1G7HC 1WQPA 1XJTA 4H92A 1GAZA 1PQDA 4NWHA 1LZDA 3HDFA 1D3FA 2ZNXY 1L04A 1BHZA 4ETCA 193LA 1VATA 1IVMA 2ANXA 1GBZA 5HLLA 1L56A 1L97A 2W1YA 1D0MA 1UIFA 5LVJA 1DYEA 2PC2A 177LA 1LYJA 2HEEA 1L33A 3TMXA 4DD2A 4EKQA 1L03A 122LA 189LA 1AZFA 4LDOA 1C43A 4UWVA 1HF4A 1YAPA 4I7MA 1EL1A 2HEBA 3J4GA 3AGGG 257LA 3T6UA 4QEQA 5FELA 1GB7A 1RI8B 4NHPA 5JENB 1GDXA 3WU7A 1L51A 5E4PA 2D4IA 5J7CA 5KXZA 1GB3A 4N5RA 1C6AA 4GN4A 229LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1L13 A;  1G0L A;  1LHI A;  2BQK A;  3LN2 A;  2ZIJ A;  1L19 A;  2Q0M X;  2OE9 X;  4J1B A;  4CGE A;  3HUA A;  1JJ3 A;  2LC9 A;  1C45 A;  1ZVY B;  1B7M A;  2YBM A;  1LSY A;  1WTH A;  1P56 A;  1KY1 A;  3HUK A;  102L A;  4H9C A;  3E3D A;  2Q9E A;  5KY1 A;  1LYG A;  1SX7 A;  3RZ4 A;  1C6L A;  3HBH A;  217L A;  1PQO A;  4RLM A;  1NDG C;  5LZM A;  4NHS A;  1P64 A;  4RW2 A;  2BQA A;  5FCP A;  1YIL A;  2N5Z A;  4H9F A;  4J7V A;  1GFG A;  128L A;  2YSS C;  1ZMY L;  2ZWB A;  4DC4 A;  112L A;  2HEF A;  5LAF A;  4ETB A;  3FAD A;  4G4B A;  1EQE A;  1LZC A;  190L A;  1CX6 A;  137L A;  1LW9 A;  1D2Y A;  1BVX A;  2MEG A;  3AW6 A;  4LYB A;  5I4Y A;  4GLA A;  4LZM A;  4UWU A;  1D3J A;  220L A;  3IWR A;  4N9R A;  1L34 A;  4LZT A;  1GFH A;  2OTZ X;  2WAR A;  1LKR A;  150L A;  1L98 A;  4ANR A;  1GE2 A;  2FBD A;  2NWD X;  1HMK A;  182L A;  4NGZ A;  1L36 A;  1QTV A;  1IP5 A;  1IOQ A;  1IO5 A;  1LGX A;  1HC0 A;  1J1P Y;  1D3M A;  2H5Z A;  1VDP A;  244L A;  3NY8 A;  4PRQ A;  1V7S A;  1BVK C;  1L10 A;  1L40 A;  1L45 A; 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